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题名环状RNA在口腔白斑和口腔扁平苔藓中的共同表达
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作者
杨靖雯
宋雨翰
徐思明
葛姝云
周海文
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机构
上海交通大学医学院附属第九人民医院口腔黏膜病科
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出处
《口腔疾病防治》
2023年第11期774-785,共12页
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基金
国家自然科学基金项目(81170968)
上海交通大学医学院第九人民医院与上海交通大学口腔医学院研究型学科基金项目资助(KQYJXK2020)。
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文摘
目的 探讨环状RNA在口腔白斑(oral leukoplakia,OLK)和口腔扁平苔藓(oral lichen planus,OLP)疾病发生发展中的共同表达,为研究OLK与OLP的发病机制及癌变机制提供基础。方法 本研究获得医院伦理审批。采用高通量测序技术检测OLK、OLP、口腔鳞状细胞癌和正常口腔黏膜组织中差异表达的circRNA,采用qRTPCR、酶耐受实验和sanger测序筛选并验证OLK与OLP中共同显著差异表达circRNA,并对关键circRNA扩大样本量验证;采用GO和KEGG富集分析差异circRNA可能涉及的生物学过程及信号通路;采用TargetScan与MiRanda预测circRNA下游的miRNA并绘制ceRNA网络。结果 OLK与OLP共同差异表达的circRNA共49个,包括30个上调和19个下调的circRNA;经验证,筛选的3个上调circRNA(circHLA-C,circTTN,circRNF13)和2个下调circRNA(circSEPN2,circALDH3A2)表达趋势与测序结果一致。其中circHLA-C是具有反式剪接位点的关键circRNA,经扩大样本量验证,circHLA-C在OLK与OLP中显著上调。ROC曲线分析显示,OLK中circHLA-C曲线下面积为0.955,OLP中circHLA-C曲线下面积为0.988。GO功能富集显示与免疫功能生物学过程密切相关,KEGG通路分析中富集分数最高的信号通路是“自然杀伤细胞介导的细胞毒性”,HLA-C在这些通路中显著富集,ceRNA网络分析表明circHLA-C可能与多种癌症相关miRNA相互作用,如hsa-miR-26a-5p、hsa-miR-129-5p和hsa-miR-29a-3p。结论 OLK与OLP存在相同差异表达的circRNA,circHLA-C是OLK与OLP共有的最显著上调的circRNA;circHLA-C可能会成为OLP与OLK诊断和预后的潜在生物标志物。
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关键词
环状RNA
circhla-c
口腔白斑病
口腔扁平苔藓
口腔黏膜潜在恶性疾病
癌变
生物标志物
高通量测序
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Keywords
circRNA
circhla-c
oral leukoplakia
oral lichen planus
oral potentially malignant disorders
malignant transformation
biomarkers
high-throughput sequencing
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分类号
R78
[医药卫生—口腔医学]
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题名口腔白斑病组织中环状RNA的差异表达谱分析
被引量:1
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作者
徐思明
宋雨翰
邵彦雄
陶岚
周海文
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机构
上海交通大学医学院附属第九人民医院·口腔医学院口腔黏膜病科
上海交通大学医学院附属第九人民医院·口腔医学院口腔综合科
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出处
《口腔疾病防治》
2021年第5期296-305,共10页
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基金
国家自然科学基金项目(81170968)。
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文摘
目的探讨环状RNA(circRNA)在口腔白斑(oral leukoplakia,OLK)组织及正常口腔黏膜组织(nor⁃mal oral mucosal,NOM)中表达谱的差异及临床意义。方法采用高通量测序技术检测6对OLK和NOM组织中差异表达circRNA,利用qRT⁃PCR验证所筛选的10个circRNA在6对OLK与NOM组织中的表达情况。通过酶耐受实验和sanger测序验证目标circRNA成环情况,对20对OLK与NOM组织中目标circHLA⁃C进行qRT⁃PCR验证。分别使用UCSC基因组浏览器对circHLA⁃C进行可视化分析;利用GO和KEGG富集分析对差异表达circRNA进行功能分析;TargetScan、MiRanda预测目标circRNA下游miRNA、mRNA,并构建竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)网络。结果测序数据显示OLK组织中共有366个显著差异表达的cir⁃cRNA,包括65个上调和301个下调circRNA。经qRT⁃PCR验证,筛选的10个circRNA中有7个表达结果同测序一致。且经酶耐受和sanger测序验证,确定上调的circHLA⁃C是具有反式剪接位点的真正的circRNA。相关性分析显示circHLA⁃C与OLK的异常增生程度呈正相关。ROC曲线分析提示circHLA⁃C具有诊断OLK的潜在价值,且具有较高的准确性和特异性。结论circRNA在OLK组织中异常表达,上调的circHLA⁃C表达可能与OLK异常增生程度相关,对OLK诊断具有指导价值。
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关键词
环状RNA
口腔白斑病
癌前病变
高通量测序
差异表达谱
ceRNA
miRNA
circhla⁃c
上皮异常增生
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Keywords
circRNA
oral leukoplakia
premalignant lesion
high⁃throughput sequencing
differential ex⁃pression profile
competing endogenous RNA
miRNA
circhla⁃c
epithelial dysplasia
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分类号
R781.5
[医药卫生—口腔医学]
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