紧密连接蛋白claudin-10基因5′调控区序列的生物信息学分析

目的:研究紧密连接蛋白对claudin-10基因转录调控机制,并对潜在的转录因子结合位点进行分析。方法:利用BLAST比对分析TATA-box、GC-box和CAAT-box;利用在线分析软件Neural NetworkPromoter Prediction、PROMOTERSCAN和PROMOTER2.0分析claudin-10基因5′调控区序列中启动子;利用在线分析软件EMBOSS和CpGIsland Searcher分析claudin-10基因5′调控区序列中CpG岛位置;利用在线分析软件TFSEARCH分析claudin-10基因5′调控区序列中潜在的转录因子结合位点。结果:claudin-10基因5′调控区序列中存在1个CAAT-box和3个GC-box,没有TATA-box;claudin-10基因可能存在4个启动子位点;CpG岛为444bp区间(1700bp-2143bp)或834bp区间(1367bp-2200bp);评分在85分以上时,该区域具有159个潜在的转录因子结合位点;评分在90分以上时,该区域具有48个潜在的转录因子结合位点;评分在95分以上时,该区域具有9个潜在的转录因子结合位点。结论:通过生物信息学的方法对于claudin-10基因转录起始位点、启动子区域和潜在的转录因子结合位点进行预测,对于科研具有十分重要的指导意义,但最终的结论还需要实验来证实。

紧密连接蛋白claudin-10基因5′调控区序列的生物信息学分析

目的:拟对claudin-10基因转录起始位点和启动子区域进行预测,并对潜在的转录因子结合位点进行分析。方法:利用BLAST比对分析TATA-box、GC-box和CAAT-box;利用在线分析软件Neural Network Promoter Prediction、PROMOTER SCAN和PROMOTER 2.0分析claudin-10基因5′调控区序列中启动子;利用在线分析软件EMBOSS和CpG Island Searcher分析claudin-10基因5′调控区序列中CpG岛位置;利用在线分析软件TFSEARCH分析claudin-10基因5′调控区序列中潜在的转录因子结合位点。结果:claudin-10基因5′调控区序列中存在1个CAAT-box和3个GC-box,没有TATA-box;claudin-10基因可能存在4个启动子位点;CpG岛为444bp区间(1 700～2 143bp)或834bp区间(1 367～2 200bp);评分在85分以上时,该区域具有159个潜在的转录因子结合位点;评分在90分以上时,该区域具有48个潜在的转录因子结合位点;评分在95分以上时,该区域具有9个潜在的转录因子结合位点。结论:通过生物信息学的方法对于claudin-10基因转录起始位点、启动子区域和潜在的转录因子结合位点进行预测,对于科研具有十分重要的指导意义,但最终的结论还需要实验来证实。

编辑ZmCCT10、ZmCCT9、ZmGhd7基因的串联DsRed荧光表达盒的CRISPR/Cas9系统的构建及验证

CCT家族基因影响植物开花,在玉米中,ZmCCT10、ZmCCT9基因是光周期敏感基因,ZmGhd7基因是与开花期相关的基因。利用CRISPR/Cas9技术靶向编辑ZmCCT10、ZmCCT9、ZmGhd7基因为研究基因的功能和快速改良玉米的开花期提供了可能。本研究以玉米ZmCCT10、ZmCCT9、ZmGhd7基因为编辑对象,以KN5585为稳定转化受体、以CML312SR、LCL-1、LCL-2为预改良的晚熟材料受体,首先通过Sanger测序验证了3个基因靶标区域在4份玉米材料中的保守性,其次根据sgRNA设计原则选择了1个sgRNA复合编辑3个基因,并利用同源重组方法构建了将由胚特异性启动子Zm3896驱动的DsRed表达盒和由ZmU6-2启动子驱动的sgRNA表达盒串联的CRISPR/Cas9基因编辑敲除载体CCT-CPD,然后采用酶切法和Sanger测序法分析T0代KN5585中3个基因的突变率和突变类型,验证了该系统的基因编辑效果,最后通过对稳定遗传转化植株所结籽粒在籽粒水平、组织水平进行DsRed荧光标记表型鉴定,验证了该系统中DsRed荧光筛选标记的有效性。在此基础上,通过杂交育种法以晚熟材料为母本、以T1代KN5585阳性株为父本获得F1并经过DsRed荧光筛选获得含有有效编辑转基因元件的晚熟材料。本研究构建的编辑ZmCCT10/ZmCCT9/ZmGhd7基因的串联DsRed荧光表达盒的CRISPR/Cas9系统为创制单基因突变体,双基因突变体,三基因突变体奠定了基础,该系统中DsRed荧光筛选标记的应用可以快速筛选区分有无转基因成分的玉米籽粒,成本低,鉴定效率高,具有大规模籽粒筛选的潜力,本研究为鉴定ZmCCT10、ZmCCT9、ZmGhd7三个基因的功能和创制玉米光周期钝感材料奠定了材料基础和高效的技术基础。

尼罗罗非鱼claudin-5基因克隆及其在无乳链球菌胁迫下的表达分析

【目的】克隆尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)紧密连接蛋白5(claudin-5)基因,分析其在无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)刺激下的表达模式,为进一步了解该基因功能提供依据。【方法】根据NCBI已公布的尼罗罗非鱼基因组预测序列(GenBank登录号:XM_005473513.4),选取其claudin-5基因的CDS区,设计claudin-5基因的克隆及实时荧光定量PCR引物。利用生物信息学对克隆得到的claudin-5进行理化性质和进化分析,采用qRT-PCR分析尼罗罗非鱼claudin-5在各组织中及无乳链球菌刺激下的表达模式。【结果】通过PCR克隆技术获得尼罗罗非鱼claudin-5基因全长序列,共651 bp,编码216个氨基酸;蛋白分子量约23 kD,理论等电点(pI)为8.53;具有4个跨膜结构域和3个蛋白激酶C(PKC)磷酸化位点。尼罗罗非鱼与奥利亚罗非鱼(O.aurea)的claudin-5氨基酸序列相似性高达97.55%;系统发育进化树结果也显示,二者claudin-5氨基酸序列聚为一支,表明二者具有较近的亲缘关系。尼罗罗非鱼claudin-5在脑部的表达量极高,是血细胞等组织的300倍左右,具有明显的组织特异性。经无乳链球菌刺激后,尼罗罗非鱼脑和头肾的claudin-5表达量在12 h时达到最高值,在24 h时有所下调,其中在脑部的表达量于48 h表达量最低,但仍高于0 h,而在头肾的表达量在48~96 h时出现明显上调后下降;肠中claudin-5表达量在无乳链球菌刺激后6~12 h时上升缓慢,在48 h时表达量大幅度上调,并达到最高值,之后在48~96 h时出现下调,但低于0 h;肝脏中claudin-5表达量在无乳链球菌刺激后出现明显下调,在24 h略有回升然后继续下调。【结论】尼罗罗非鱼claudin-5基因在脑组织的表达量极高,具有明显的组织特异性,其编码蛋白在宿主抵抗无乳链球菌入侵的过程中发挥重要作用,尤其是通过血脑屏障抵抗无乳链球菌,保护中枢神经系统。

IL-1、IL-1β、IL-6、IL-10基因多态性与糖尿病性牙周炎发生的关系分析

目的分析白介素-1(IL-1)、白介素-1β(IL-1β)、白介素-6(IL-6)、白介素-10(IL-10)基因多态性与糖尿病性牙周炎发生的关系。方法选取2021年6月至2022年6月石家庄市第二医院口腔科收治的糖尿病性牙周炎患者60例(观察组)及同期接受口腔检查健康人群60名(对照组)为研究对象,比较两组血清、龈沟液IL-1、IL-1β、IL-6、IL-10表达水平,检测全血DNA中IL-1、IL-1β、IL-6、IL-10基因多态性,分析其与糖尿病性牙周炎易感性的关系。结果观察组血清、龈沟液中IL-1、IL-1β、IL-6、IL-10水平明显高于对照组(t=31.987、28.911、14.201、16.562、21.315、19.146、-45.554、-57.942,P<0.05),各组龈沟液中IL-1、IL-1β、IL-6、IL-10水平明显高于血清中表达,差异有统计学意义(t=-4.080、-10.316、-10.686、10.713;t=-9.567、-6.422、-9.904、3.944,P<0.05)。观察组IL-1基因rs7413228、IL-1β基因rs2356789、IL-6基因rs5357964、IL-10基因rs4543211位点与糖尿病性牙周炎发生相关(P<0.05)。IL-1基因rs7413228位点等位基因T、IL-1β基因rs2356789位点等位基因T、IL-10基因rs4543211位点等位基因G分布频率与糖尿病性牙周炎发生相关(P<0.05)。IL-1基因rs7413228、IL-1β基因rs2356789、IL-6基因rs5357964、IL-10基因rs4543211位点多态性是糖尿病性牙周炎发生的独立影响因素(P<0.05)。结论IL-1、IL-1β、IL-6、IL-10基因多态性与糖尿病性牙周炎易感性相关,临床可通过检验患者基因多态性评估糖尿病性牙周炎发生风险。

白细胞介素10受体A基因突变导致的极早发型炎症性肠病临床特点及基因分析

目的总结白细胞介素10受体A(interleukin 10 receptor A,IL-10RA)基因突变导致的极早发型炎症性肠病(very early onset inflammatory bowel disease,VEO-IBD)患儿临床特点和遗传学特征。方法回顾性分析2007年3月到2019年5月在首都医科大学附属北京儿童医院院消化科住院的慢性腹泻的患儿中,确诊为VEO-IBD的患儿,其中病因为IL-10RA基因突变的患儿15例,对照组为15例非IL-10RA突变所致VEO-IBD患儿,统计分析其临床特点及基因报告。结果IL-10RA基因突变所致的VEO-IBD患儿,克罗恩病(Crohn s disease,CD)11例,溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)4例,临床症状以慢性腹泻(15/15例,100.0%)、便血(15/15例,100.0%)为主,肠外表现依次为口腔黏膜溃疡(6/15例,40.0%)、皮肤红斑(5/15例,33.3%);肛周表现依次为直肠会阴瘘5例(5/15,33.3%),肛瘘4例(4/15,26.7%),肛裂3例(3/15,20.0%),直肠会阴瘘、皮赘并存1例(1/15,6.7%);全身表现为IL-10RA基因突变组营养不良13例(13/15例,86.7%),肛周病变13例(13/15例,86.7%);对照组营养不良6例(6/15例,40.0%),肛周病变5例(5/15例,33.3%),此两项指标与IL-10RA基因突变组相比,差异有统计学意义(P<0.05)。15例IL-10RA突变患儿中,共检测到9个突变位点,其中c.301c>T(p.R101W)和c.537G>A(p.T179T)为最常见的突变位点。IL-10RA突变导致炎症因子增高,引起肠道炎症反应。凝血酶原时间和部分凝血活酶时间均明显延长。结论IL-10RA基因突变导致的VEO-IBD患儿发病年龄早,除消化道症状外,肠外表现和肛周病变较为常见,结肠镜下病变特点以结肠多发溃疡最常见,其次为炎性息肉。c.301c>T(p.R101W)和c.537G>A(p.T179T)为最常见的基因突变位点。IL-10RA突变导致炎症因子增高,引起肠道炎症反应。

大豆GmZAT10基因克隆与表达分析

非生物胁迫对植物的生长和发育具有严重的影响.研究发现植物中存在NAC、bZIP、WRKY、AP2/ERF、MYC、bHLH、C2H2等一系列可以调控非生物胁迫的转录因子.为了揭示GmZAT10基因的功能,从大豆中克隆出GmZAT10基因,并对该基因进行载体构建、生物信息学分析、亚细胞定位和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)等研究.结果表明,GmZAT10全长702bp,共编码233个氨基酸,分子量为59.14kDa,等电点为4.85;亚细胞定位结果显示GmZAT10定位于细胞核和细胞膜中;通过同源蛋白序列对比显示,GmZAT10蛋白具有两个C2H2锌指结构域,含有植物所特有的QALGGH和C2H2保守序列.通过qRT-PCR技术检测大豆不同组织和不同处理条件下GmZAT10基因的表达情况可知,该基因在大豆根中表达量较高,并且受到高低温、NaCl和ABA诱导表达.结果表明GmZAT10在大豆非生物胁迫中发挥作用.

甜菜镉胁迫应答基因ZAT10的克隆与功能预测

【目的】为了预测甜菜锌指蛋白BvZAT10(LOC 104901462)的结构特点和功能。【方法】以甜菜‘780016B/12优’为试验材料,对BvZAT10基因进行了克隆及生物信息学分析,并利用甜菜响应镉胁迫的转录表达谱数据探究了该基因在镉胁迫下的应答特性。【结果】BvZAT10编码区全长729 bp,编码242个氨基酸,是一种碱性不稳定亲水性蛋白,具有2个C2H2型锌指结构域。该基因编码蛋白共有36处磷酸化修饰位点,蛋白结构以无规则卷曲为主,系统发育分析发现BvZAT10与菠菜和藜麦的ZAT10亲缘关系最近。BvZAT10启动子序列包含植物激素响应、光响应及抗逆相关的多种作用元件。在1、3、5 mmol/L CdCl_(2)处理下,BvZAT10及其预测调控的大部分靶基因,如金属耐受蛋白11(BVRB_2g037080)和ABCG家族成员22(BVRB_5g109050)等,均受到了镉胁迫的正向调控。【结论】推测BvZAT10可能直接或间接地在甜菜应答镉胁迫中发挥重要作用,可将其作为潜在优势抗逆基因深入开展后续研究。

鸡HOXC10基因多态性与背羽性状的关联性研究

试验旨在研究HOXC10基因多态性与清远麻鸡背羽性状的关联性,为适宜优质肉鸡的品种选育提供理论资料。试验以208只清远麻鸡作为研究对象,测定其99日龄时背羽的性状指标,包括背羽长度、重量、羽根长度和羽根直径,利用直接测序法检测HOXC基因第二内含子的单核苷酸多态性(SNP)。结果显示:共筛选出6个SNPs,分别为SNP1(g.865129G>C)、SNP2(g.865204G>T)、SNP3(g.865226C>T)、SNP4(g.866122T>A)、SNP5(g.826133A>G)、SNP6(g.866270C>T)。将不同位点SNPs的基因型与背羽性状进行关联分析发现,SNP1与背羽羽根长度极显著相关(P<0.01),SNP2与背羽羽根长度显著相关(P<0.05),SNP3与背羽羽根直径极显著相关(P<0.01)。研究表明,清远麻鸡HOXC10基因的单核苷酸多态性对背羽性状有显著相关性,可作为鸡背羽性状选育的分子标记。

柯乐猪KRT10基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

【目的】研究角蛋白10(keratin 10,KRT10)基因多态性对柯乐猪繁殖性状的影响,以提高柯乐猪的繁殖力。【方法】以255头柯乐猪为研究对象,采用PCR产物测序、DANMAN序列比对软件及人工校对相结合的方法鉴定KRT10基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点,利用SHEsis在线软件分析SNP位点的群体遗传特性,通过RNAfold在线工具对SNP位点进行生物信息学分析,使用SPSS 22.0软件中的一般线性模型分析KRT10基因SNP位点与柯乐猪繁殖性状的关联性。【结果】在柯乐猪KRT10基因中共鉴定到3个SNPs位点:第4内含子的g.21643703 C>T和g.21643714 G>A;第5外显子的g.21643741 G>A。g.21643741 G>A突变导致密码子由AAG突变为AAA,编码氨基酸均为赖氨酸(K),为同义突变,引起编码的mRNA二级结构发生改变。3个SNPs位点均检测到3种基因型,g.21643703 C>T和g.21643741 G>A属于中度多态位点(0.25A)属于低度多态位点(PIC<0.25)。g.21643703 C>T和g.21643741 G>A位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),g.21643714 G>A位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05);3个SNPs位点间均不存在强连锁不平衡。KRT10基因3个SNPs位点共产生4种单倍型和10种双倍型。关联分析结果表明,g.21643703 C>T位点对柯乐猪初生窝重、断奶仔数和断奶窝重的影响均达到显著水平(P<0.05);g.21643714 G>A位点对柯乐猪总产仔数和断奶窝重的影响均达到显著水平(P<0.05);g.21643741 G>A位点对柯乐猪总产仔数、产活仔数、断奶仔数和断奶窝重的影响均达到显著水平(P<0.05)。双倍型H3H3对柯乐猪总产仔数、产活仔数、断奶仔数和断奶窝重的影响最明显。【结论】KRT10基因中存在的3个SNPs位点对柯乐猪繁殖性状有显著影响,其中H3H3为有利双倍型,可作为柯乐猪繁殖性状选择的遗传标记。

滇龙胆草中香叶醇10-羟化酶基因的克隆、蛋白结构及表达分析

本研究基于滇龙胆草转录组数据分析,使用RT-PCR技术克隆获得两条香叶醇10-羟化酶基因,命名为GrG10H1和GrG10H2。使用在线软件对其进行了生物信息学分析,两条基因全长分别为1548 bp、1482 bp。系统进化分析显示该基因与细胞色素P450家族中CYP76B亚家族亲缘关系最近。通过对该蛋白进行三维结构预测、同源模建和分子对接,分析了GrG10H蛋白活性口袋中可能参与催化功能发挥的关键氨基酸残基。荧光定量PCR表明GrG10H1基因在叶中表达水平最高,茎次之,根最低。而GrG10H2基因在根和叶中表达水平较高,在茎中几乎不表达。本研究还建立了能够生产龙胆苦苷的愈伤组织细胞培养体系,为进一步解析龙胆苦苷生物合成机制奠定了基础。

SOX10基因在神经嵴衍生细胞发育中的作用

SOX10(SRY-box 10)属于SOX(SRY-related HMG-box)转录因子家族,该家族以能介导Sox蛋白与DNA结合的HMG(high mobility group)盒子为特征。神经嵴细胞(neural crest cells,NCCs)是可迁移的多能细胞,在其整个发育过程中分化成许多细胞类型,包括内耳的前庭耳蜗神经胶质细胞、神经系统的胶质细胞、皮肤的黑色素细胞、颅面复合体的骨骼和结缔组织细胞及心血管的平滑肌细胞等。SOX10是NCCs的多能性的维持和神经嵴衍生细胞的生存所必需的。SOX10基因通过参与神经嵴衍生细胞的发育以多种途径对内耳发育进行调控,本文将已有SOX10对神经嵴衍生细胞发育中所起作用的相关文献进行梳理做一综述,以期更深一步了解SOX10基因在内耳发育中的调控机制,从而能够对SOX10突变所致综合征型耳聋做出更好的干预。

IL-10基因多态性与急性肾损伤的关系及其相关机制

目的探讨白细胞介素-10(IL-10)基因多态性与急性肾损伤(AKI)的关系及其相关机制。方法前瞻性选取2021年3月至2023年3月我院收治的100例AKI患者作为研究组,遵循1∶1配对原则,纳入同期100例健康体检者作为对照组。比较2组一般资料、IL-10基因型及基因频率分布,采用logistic回归方程分析AKI发病影响因素,采用多因子降维法(MDR)分析IL-10基因多态性与常规危险因素交互作用。结果研究组血肌酐(sCr)、尿素氮(BUN)、尿蛋白定量均高于对照组,IL-10-1082位点GG基因型比例低于对照组,AA基因型及A等位基因比例高于对照组(P<0.05)。logistic回归分析显示,BUN(OR=4.487)、尿蛋白定量(OR=5.905)、sCr(OR=3.573)、1082位点AA基因型(OR=4.823)、A等位基因(OR=4.479)是AKI发病的危险因素(P<0.05)。交互作用显示,IL-10-1082位点多态性×sCr、IL-10-1082位点多态性×BUN、IL-10-1082位点多态性×尿蛋白定量、IL-10-1082位点多态性×sCr×BUN×尿蛋白定量模型检验准确度、交叉一致性较好(P<0.05)。结论IL-10基因多态性与AKI的发生密切相关。

新生儿感染性疾病中IL-6、IL-10水平变化与基因多态性的相关性

目的:探讨IL-6和IL-10及其基因多态性与新生儿感染性疾病(NID)之间的关系。方法:收集2022年10月至2023年6月在温州市人民医院诊断的50例NID患儿为病例组,20例健康对照样本为对照组。检测了IL-6、IL-10水平以及IL-6、IL-10基因区域的单核苷酸多态性(SNP),并进行Hardy-Weinberg平衡性检验、等位基因频率分析、χ2检验及相关性分析等统计学处理,以评估SNP与疾病和炎症因子表达水平的关联。结果:在病例组中,IL-6表达水平显著高于对照组(P<0.05)。相关性分析显示,rs1518111和rs1554286等位基因频率与IL-6表达呈显著正相关(r=0.377,P=0.007;r=0.399,P=0.004)。进一步的基因型分析表明,携带rs1518111CC基因型和rs1554286AA基因型的个体表现出更高的IL-6表达水平(t=2.819,P=0.007;t=3.012,P=0.004)。结论:IL-6表达升高在NID的发生中起着重要作用。IL-6基因区域内的rs1518111和rs1554286位点多态性可显著影响IL-6的表达水平,调控炎症反应过程,从而可能改变新生儿对感染的易感性和病情严重程度。

IL-10-1082G/A基因多态性与急性呼吸窘迫综合征风险的相关性

目的探讨IL-10-1082G/A基因多态性与急性呼吸窘迫综合征(ARDS)风险的相关性。方法选取2022年1月-2022年12月本院急诊医学科收治的ARDS患者83例为ARDS组,同时选取本院体检健康的受试者80例作为对照组。收集受试者的空腹静脉血进行DNA提取,针对IL-10-1082G/A基因位点进行PCR扩增,采用ABI 3730XL遗传分析仪进行Sanger测序,确定IL-10-1082A/G的基因型和等位基因频率。结果IL-10-1082A/G显示了一个390 bp的基因片段和249 bp、196 bp的等位基因特异性片段,IL-10-1082A/G基因型包括野生纯合型AA基因型、突变纯合型GG基因型和突变杂合型AG基因型;对照组和ARDS组的IL-10-1082A/G位点各基因型符合Hardy-Weinberg平衡定律;与对照组相比,ARDS组IL-10-1082A/G位点AG、GG及G等位基因频率显著升高(P<0.05);IL-10-1082A/G位点AG基因型人群较AA型患者ARDS易感性增加(OR=2.97,95%CI=1.09~6.53,P=0.015),G等位基因型ARDS易感性增加(OR=2.16,95%CI=1.01~6.93,P=0.024)。纳入了性别、年龄、BMI、吸烟史等调整因素进行多因素Logistic分析,结果发现,IL-10-1082A/G位点AG基因型(OR=3.13,95%CI=1.19~4.52,P=0.009)和G等位基因型(OR=2.39,95%CI=1.42~5.87,P=0.036)ARDS易感性也增加。结论IL-10-1082A/G位点多态性与ARDS的易感性有关,尤其是共显性IL-10-1082A/G位点AG基因型和G等位基因可增加ARDS的发病风险。

子宫内膜癌组织中IGF2BP1mRNA,PEG10mRNA表达及与增殖基因表达的相关性和预后研究

目的研究子宫内膜癌(endometrial carcinoma,EC)组织中胰岛素样生长因子2 mRNA结合蛋白1(insulinlike growth factor 2 mRNA binding protein 1,IGF2BP1)mRNA,父系表达遗传印记基因10(patrilineal expression of genetic imprinting gene 10,PEG10)mRNA表达及与增殖基因表达的相关性及预后。方法选取2017年1月~2019年1月湖北理工学院附属妇幼保健院诊治的100例EC患者。实时荧光定量PCR检测EC癌组织和癌旁组织中IGF2BP1 mRNA,PEG10 mRNA及增殖细胞核抗原(proliferating cell nuclear antigen,PCNA)mRNA,细胞周期素D1(cyclin D1)mRNA,细胞周期蛋白依赖激酶4(cyclin dependent kinase 4,CDK4)mRNA表达。免疫组织化学检测IGF2BP1,PEG10蛋白表达。相关性采用Pearson相关分析。Kaplan-Meier曲线分析不同IGF2BP1,PEG10表达组EC患者的预后差异。COX回归分析EC患者的预后影响因素。结果EC癌组织中IGF2BP1 mRNA(1.84±0.33),PEG10 mRNA(2.12±0.40),PCNA mRNA(3.14±0.42),cyclinD1 mRNA(2.81±0.36),CDK4 mRNA(2.37±0.34)高于癌旁组织(0.78±0.21,0.91±0.25,0.74±0.13,0.67±0.21,0.59±0.18),差异具有统计学意义(t=25.652~54.588,均P<0.05)。癌组织中IGF2BP1(70.00%),PEG10(72.00%)蛋白阳性率高于癌旁组织(100%,9.00%),差异具有统计学意义(χ^(2)=75.000,82.363,均P<0.05)。EC中IGF2BP1 mRNA,PEG10 mRNA表达与PCNA mRNA,cyclinD1 mRNA,CDK4 mRNA表达呈正相关(r=0.562~0.625,均P<0.05)。EC中IGF2BP1 mRNA与PEG10 mRNA表达呈显著正相关(r=0.663,P<0.05)。FIGO分期Ⅲ期、并发淋巴结转移EC癌组织中IGF2BP1(86.49%,87.50%),PEG10(89.19%,90.63%)阳性率高于FIGO分期Ⅰ~Ⅱ期(60.32%,61.90%)、无淋巴结转移(61.77%,63.24%),差异具有统计学意义(χ^(2)=6.863~8.608,均P<0.05)。IGF2BP1阳性组患者三年总体生存率70.00%(49/70)低于阴性组的90.00%(27/30);PEG10阳性组患者三年总体生存率为69.44%(50/72),低于阴性组的92.86%(26/28),差异具有统计学意义(Log-rankχ^(2)=4.133,5.491,P=0.042,0.019)。FIGO分期Ⅲ期(OR=1.449,95%CI:1.148~1.830)、并发淋巴结转移(OR=1.442,95%CI:1.124~1.850),IGF2BP1阳性(OR=1.637,95%CI:1.239~2.163)及PEG10阳性(OR=1.576,95%CI:1.136~1.187)是影响EC患者生存预后的独立危险因素(均P<0.05)。结论EC中IGF2BP1,PEG10表达升高,两者与增殖基因表达呈正相关,是EC预后评估的肿瘤标志物。

WNT10A基因突变导致非综合征型先天缺牙的表型与基因型分析

目的:分析WNT10A基因突变所导致非综合征型先天缺牙(NSTA)的临床表型特点及其与基因型的关系。方法:在PubMed数据库检索2007年1月至2023年12月发表的WNT10A突变相关NSTA文献,由两名研究者按照纳排标准独立筛选并提取数据,主要分析病例的临床表型特点(包括性别、年龄、缺牙部位、缺牙数目)和基因突变位点特征。结果:共纳入35篇文献及225例患者和45种WNT10A突变。患者年龄分布在6~54岁之间,女性患者多于男性,平均缺牙数为9.5颗,以Ⅱ型先天缺牙(多数牙先天缺失)为主,主要缺牙部位为下颌及上颌第二前磨牙和上颌侧切牙,左右同名牙常同时缺失,c.682T>A(p.Phe228Ile)突变最常见。结论:WNT10A突变导致的先天缺牙具有选择性,最常导致下颌第二前磨牙、上颌第二前磨牙和上颌侧切牙缺失,且存在基因型和表型之间的显著关联。

人claudin-10基因启动子转录调控的初步分析

[目的]构建不同长度的人claudin-10基因上游启动子荧光素酶报告基因载体,并在LO2细胞中比较其活性。[方法]以人LO2肝细胞基因组DNA为模板,PCR扩增获得claudin-10基因5'侧翼序列,并将其插入p MD18-T载体;PCR扩增获得不同长度的claudin-10基因上游启动子区序列,构建p GL3-Basic系列荧光素酶基因报告载体。瞬时转染LO2细胞,双荧光素酶报告基因分析系统检测转录活性。[结果]成功构建6个不同长度的人claudin-10基因上游启动子区(-1 451/+100bp、-1 022/+100bp、-1 005/+100bp、-677/+100bp、-377/+100bp和-108/+100bp)的报告载体;启动子活性实验结果表明:当claudin-10启动子片段从-1 005 bp截短至-677 bp,从-108 bp截短至+100 bp时活性显著下降(P<0.05);其余截短时活性无改变(P>0.05)。[结论]claudin-10启动子-1 005bp^-677bp和-108bp^+100bp区是claudin-10基因的主要转录调控区。

甘蔗ScPR10基因的克隆及其响应赤条病菌侵染的表达特征分析

PR10是一种病程相关蛋白(pathogenesis-related protein,PR),在植物生长发育、应激生物和非生物胁迫时发挥重要作用。本研究利用RT-PCR技术从甘蔗赤条病抗病品种新台糖22号和感病品种闽糖11-610叶片克隆获得ScPR10基因,并利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)、转录组和蛋白质组分析,研究在接种燕麦食酸菌燕麦亚种(Acidovorax avenae subsp.avenae,Aaa)之后这2个品种ScPR10基因的转录和蛋白表达模式。序列分析显示,本研究克隆获得2个ScPR10基因,编码187个氨基酸,比其他植物PR10蛋白多了27个氨基酸,含有保守结构域P-loop和Bet v 1;与已报道的甘蔗、高粱和斑茅的PR10亲缘关系较近。在Aaa胁迫下,RT-qPCR分析表明抗病、感病品种ScPR10基因的表达量均显著上调,尤其在接种24 h时,表达量最高,分别为对照的27.2倍和39.7倍;转录组数据分析结果显示,该基因表达水平在抗病、感病品种上均显著提高,尤其在接种72 h时,表达量最高,log2 FC值为5.3~5.4。蛋白互作预测发现,ScPR10与植物PDR型ABCG转运蛋白(Cluster-13677.282407)、蛋白激酶(Cluster-13677.166559)之间存在互作关系。蛋白质组数据分析显示,在Aaa接种24 h时,抗病、感病品种ScPR10均为上调表达,log2FC值为1.65~1.69;与ScPR10互作的PDR型ABCG转运蛋白成员的表达量在抗病、感病品种上有不同程度提高;蛋白激酶表达量在感病品种上有显著提高,但是,在抗病品种上表达量没有显著变化。本研究结果表明,ScPR10可能与PDR型ABCG转运蛋白正向协同参与甘蔗寄主应答Aaa病菌侵染的防御响应。

TLR10基因多态性与HBeAg阳性慢性乙型肝炎患者PEG-IFNα治疗临床转归的相关性分析

目的:探讨分析TLR10基因多态性与HBeAg阳性慢性乙型肝炎(CHB)患者聚乙二醇化干扰素α(PEG-IFNα)治疗临床归转的相关性。方法:选取2019年8月至2020年8月收治的92例HBeAg阳性CHB患者,均予以PEG-IFNα进行治疗,6个月后根据HBeAg、HBeAb情况将患者分为应答组44例和非应答组48例。提取全血基因组DNA,测定TLR10基因多态性点位(RS10004195位点和RS11096957位点),分析其不同点位基因型和等位基因分布与乙型肝炎病毒感染的关系,进而探讨TLR10基因多态性与临床转归的相关性。结果:TLR10基因RS10004195位点基因型中,应答组AA+AT型基因分布频率为77.27%显著高于非应答组的52.08%,A等位基因频率65.91%显著高于非应答组的41.67%,差异有统计学意义(P<0.05);TLR10基因RS11096957位点基因型中,应答组AC+AA型基因分布频率为70.45%,与非应答组的62.50%差异无统计学意义(P>0.05),应答组A等位基因频率为61.36%显著高于非应答组的39.58%,差异有统计学意义(P<0.05);TLR10基因RS10004195位点中,A型基因、A等位基因频率和RS11096957位点中A等位基因频率是HBeAg阳性CHB患者PEG-IFNα治疗临床转归的独立危险因素(OR>1,P<0.05)。结论:TLR10基因RS10004195位点A型基因携带、A等位基因频率,RS11096957位点A等位基因频率是HBeAg阳性CHB患者PEG-IFNα治疗临床转归的独立危险因素,对CHB患者治疗应答反应具有较好评估作用,可为临床治疗提供指导依据。