Claudin-6基因在食管鳞状细胞癌组织中的表达

目的观察Claudin-6基因在食管鳞状细胞癌及正常食管上皮组织中的表达,探讨claudin-6基因与食管鳞状细胞癌发生及进展的关系。方法应用免疫组织化学法及原位杂交法检测claudin-6及其mRNA在食管鳞状细胞癌及正常食管上皮组织中的表达。结果在正常食管上皮组织及食管鳞状细胞癌中,claudin-6及mRNA的阳性表达率分别为25.0%、64.3%及25.0%、69.0%,组间阳性表达率差异有统计学意义(χ^(2)=5.834,P<0.05;χ^(2)=5.787,P<0.05)。Claudin-6及其mRNA在食管鳞状细胞癌中表达与患者的性别、年龄、浸润深度及有无淋巴结转移无相关性(P>0.05),但与肿瘤组织分化程度相关(P<0.05)。结论Claudin-6基因在食管鳞状细胞癌组织中呈高表达,提示claudin-6表达上调与食管鳞状细胞癌的发生和分化密切相关。

小麦倒春寒响应基因TaJAZ6的克隆、表达模式及亚细胞定位分析

JAZ蛋白在植物生长发育和胁迫信号通路中具有关键作用。为探究JAZ蛋白在小麦倒春寒中的调控机制,从小麦幼穗中克隆了TaJAZ6基因,并对其分子特征、表达特性与亚细胞定位进行分析。结果表明,该基因CDS序列全长为549 bp,编码178个氨基酸,预测编码蛋白质的分子质量为18.376 ku,理论等电点为9.37,不稳定系数为62.44,属于不稳定蛋白。该基因编码蛋白质具有1个TIFY结构域和1个CCT_2结构域。系统进化树分析发现,该蛋白质与野生二粒小麦和乌拉尔图小麦TIFY 11b蛋白亲缘关系最近。TaJAZ6基因启动子区除含有CAAT-box、TATA-box等基础作用元件外,还含有激素类响应元件、光响应元件、低温响应元件、防御和应激反应元件等。实时荧光定量PCR分析发现,TaJAZ6基因在根、茎、叶和幼穗中均有表达,根系中表达量最高。TaJAZ6基因还受低温和茉莉酸甲酯(MeJA)的诱导表达,低温胁迫下,TaJAZ6在矮抗58(耐倒春寒)和郑麦366(倒春寒敏感)根、茎和叶中表达趋势相同,均显著升高;喷施300,350μmol/L的MeJA之后再低温处理TaJAZ6在2个小麦品种中表达量均显著下降。TaJAZ6在低温胁迫后的幼穗中表达量出现相反的趋势,在矮抗58幼穗中表达量显著下降,在郑麦366幼穗中则显著上升,推测该基因可能负调控了小麦倒春寒胁迫防御反应。通过喷施MeJA显著降低了低温胁迫下2个小麦品种幼穗中TaJAZ6基因的相对表达量,同时提高了小麦的结实粒数。亚细胞定位试验显示,TaJAZ6蛋白定位于细胞核中。以上研究结果表明,TaJAZ6可能在小麦响应倒春寒胁迫过程中发挥重要作用。

假基因FMO6P抑制胃癌侵袭转移作用及其机制探索

目的:探究胃癌中假基因FMO6P表达、临床意义及其调控胃癌细胞转移潜能的作用和分子机制。方法:通过实时定量反转录聚合酶链式反应(qRT-PCR)检测胃癌组织和细胞株FMO6P表达水平。构建过表达及敲低FMO6P胃癌细胞株,通过transwell实验检测细胞的侵袭和迁移能力。在裸鼠皮下或腹腔中接种FMO6P过表达胃癌细胞,检测其体内增殖和转移潜能改变。使用Western blot实验检测胃癌细胞敲低或过表达FMO6P后E-钙黏着蛋白、N-钙黏着蛋白、ZEB1、MMP2等上皮-间质转化(EMT)标志物的表达水平和AKT/mTOR通路的活化水平。结果:FMO6P在胃癌组织中表达显著降低,并与肿瘤大小、TNM分期显著相关。过表达FMO6P抑制胃癌细胞的侵袭和迁移能力,并显著降低胃癌细胞在裸鼠体内的皮下成瘤能力和腹腔种植能力。下调FMO6P促进胃癌细胞的侵袭和迁移能力,过表达FMO6P促进胃癌细胞中E-钙黏着蛋白的表达,降低N-钙黏着蛋白、ZEB1和MMP2的水平,并抑制AKT/mTOR信号通路的活化。结论:假基因FMO6P可能通过阻断AKT/mTOR信号抑制胃癌细胞的体内、外侵袭转移潜能。

UGT1A6基因多态性对癫痫患者丙戊酸钠血药浓度的Meta分析

目的:探讨UGT1A6 A541G、A552C基因多态对丙戊酸钠血药浓度的影响。方法:计算机检索PubMed、Medline、Cochrane Library、EMbase、CNKI、万方数据库,检索年限从建库至2024年4月,收集UGT1A6基因多态性与丙戊酸钠血药浓度文献,提取数据与质量评价,采用Revman5.3软件进行Meta分析。结果:共纳入文献11篇,999例癫痫患者。Meta分析结果显示,在UGT1A6 A541G基因中,除AG vs GG[MD=0.16,95%CI(-0.39,0.70),P=0.50]外,AA vs AG[MD=0.53,95%CI(0.32,0.75),P<0.00001],AA vs GG[MD=0.67,95%CI(0.10,1.23),P=0.02],AA vs AG+GG[MD=0.61,95%CI(0.45,0.76)P<0.00001],两者差异均具有统计学意义,说明癫痫患者UGT1A6 A541G AA型丙戊酸钠血药浓度高于AG型或/和GG型。在UGT1A6 A552C中,除AC vs CC[MD=0.21,95%CI(-0.31,0.74),P=0.43]外,AA vs AC[MD=0.90,95%CI(0.77,1.03),P<0.00001],AA vs CC[MD=0.90,95%CI(0.77,1.03),P<0.00001],AA vs AC+CC[MD=1.58,95%CI(1.07,2.10),P<0.00001],两者差异均具有统计学意义,说明UGT1A6 A552C AA型丙戊酸钠血药浓度高于AC型或/和CC型。结论:癫痫患者UGT1A6 A541G和A552C基因多态性与丙戊酸钠血药浓度具有相关性,且基因突变可能导致丙戊酸钠血药浓度降低。

老年舒张性心力衰竭合并肌少症患者可溶性生长刺激表达基因2蛋白、肌红蛋白、白细胞介素-6水平与心功能的相关性

目的 探讨老年舒张性心力衰竭(DHF)合并肌少症患者外周血可溶性生长刺激表达基因2蛋白(sST2)、肌红蛋白(Myo)、白细胞介素-6(IL-6)水平与心功能的相关性。方法 将122例DHF患者根据有无肌少症分为DHF合并肌少症组60例和DHF组62例,另将健康体检者58例、单纯肌少症患者60例分别纳入对照组、单纯肌少症组,检测各组外周血sST2、Myo、IL-6水平和心功能指标[左室射血分数(LVEF)、心排血量(CO)、心率(HR)、每搏输出量(SV)和心脏指数(CI)]。采用Pearson相关分析法分析sST2、Myo、IL-6与各心功能指标的相关性。绘制受试者工作特征(ROC)曲线,分析sST2、Myo、IL-6单独及联合诊断DHF合并肌少症的效能。结果 与对照组、单纯肌少症组相比,DHF组、DHF合并肌少症组sST2、Myo、IL-6水平和HR均升高,LVEF、CO、SV和CI均降低,差异有统计学意义(P<0.05);与DHF组相比,DHF合并肌少症组sST2、Myo、IL-6水平和HR均升高,LVEF、CO、SV和CI均降低,差异有统计学意义(P<0.05)。sST2、Myo、IL-6均分别与LVEF、CO、SV、CI呈负相关(P<0.001),均与HR呈正相关(P<0.001);sST2、Myo、IL-6、LVEF、SV是DHF合并肌少症的独立影响因素(P<0.05);sST2、Myo、IL-6联合诊断DHF合并肌少症的曲线下面积为0.936,诊断效能优于三者单独检测。结论 老年DHF合并肌少症患者外周血sST2、Myo、IL-6水平显著升高,且sST2、Myo、IL-6均与心功能指标显著相关,三者联合检测对DHF合并肌少症的诊断效能较高。

白介素1β及白介素6基因单核苷酸多态性与食管癌放疗后肺部感染的关联

目的分析人白介素1β(interleukin 1β,IL-1β)、白介素6(interleukin 6,IL-6)基因单核苷酸多态性与食管癌放疗后肺部感染的关联,并探讨其生理病理的调控作用。方法选取新乡医学院第三附属医院2019年1月~2022年7月收治的115例食管癌患者为研究对象,根据放疗后是否出现感染分为感染组(n=28)和非感染组(n=87),检测IL-1β基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点-511C/T(rs16944)、-31C/T(rs1143627)和IL-6基因单核苷酸多态性位点IL-6-572C/G(rs1800796)、IL-6-174G/C(rs1800795)的多态性,采用Spearman相关检验分析IL-1β、IL-6基因单核苷酸多态性与食管癌放疗后肺部感染的关系,多因素Logistic回归分析影响食管癌放疗后肺部感染的相关因素。结果两组患者性别、年龄、BMI、临床分期等基线资料比较,差异无统计学意义(P>0.05);放疗时间、肿瘤长度、肿瘤位置比较差异有统计学意义(P<0.05);IL-1β基因的rs16944、rs1143627位点,IL-6基因的rs1800796、rs1800795位点的基因型分布均符合Hardy-Weinberg遗传平衡定律(P>0.05);两组IL-1β基因rs16944位点基因型频率,CC、CT、TT基因型频率,C、T等位基因频率,差异均无统计学意义(P>0.05);rs1143627位点CC、CT、TT基因型频率,C、T等位基因频率差异均有统计学意义(P<0.05);IL-6基因rs1800796位点CC、CG、GG基因型频率,C、G等位基因频率差异均有统计学意义(P<0.05),rs1800795位点CC、CG、GG基因型频率,C、G等位基因频率差异均无统计学意义(P>0.05);Spearman相关检验分析显示,IL-1βrs1143627(C/T)位点、IL-6 rs1800796(C/T)位点基因多态性与食管癌放疗后肺部感染具有显著相关性(P<0.05);多因素Logistic回归分析显示,放疗时间、肿瘤长度、肿瘤位置、IL-1βrs1143627位点、IL-6 rs1800796位点单核苷酸多态性是影响食管癌患者放疗后肺部感染的多因素(P<0.05)。结论IL-1β基因rs1143627(C/T)位点多态性及IL-6基因rs1800796(C/G)位点多态性与食管癌放疗后肺部感染有关,其中rs1143627位点T等位基因、rs1800796位点G等位基因可能是易感基因。

贵州地区急性淋巴细胞白血病儿童TPMT、NUDT15基因多态性与6-MP耐受性分析

目的观察贵州地区ALL儿童TPMT、NUDT15基因多态性,探讨其与6-MP耐受性的关系。方法收集贵阳市儿童医院血液科住院的贵州地区ALL儿童。Sanger法检测患者NUDT15c.415C>T和TPMT*2、TPMT*3A、TPMT*3B、TPMT*3C基因型。所有ALL儿童均按CCLG-2008方案化疗,每周1次监测血常规及肝肾功能。根据2016新编WHO化疗药物毒性反应分度标准,出现Ⅲ~Ⅳ度与6-MP相关的毒性反应,称为6-MP不耐受(除外感染、其他药物影响)。分析TPMT、NUDT15基因多态性与6-MP不耐受的相关性。结果共纳入患者60例,检测到TPMT突变(中间代谢型)3例(5%),正常代谢型57例(95%)。NUDT15基因CT型12例(20%),TT型1例(1.7%),CC型(野生型)47例(78.3%)。NUDT15基因突变率21.7%(13/60)显著高于TPMT基因突变率5%(3/60),差异有统计学意义(P=0.007)。TPMT突变型3例均发生6-MP不耐受(100%),NUDT15突变型13例中11例发生6-MP不耐受(84.6%)。结论TPMT、NUDT15基因突变与6-MP不耐受相关(P<0.05),联合检测TPMT、NUDT15基因对调整6-MP使用,减少6-MP不良反应提供依据。

马铃薯G6PDH基因家族鉴定及其在损伤块茎的表达分析

【目的】葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PDH)在植物响应非生物胁迫中发挥重要作用,鉴定马铃薯中G6PDH基因家族,并分析其在损伤块茎的表达模式,为深入研究马铃薯G6PDH基因在损伤胁迫中的作用提供参考。【方法】利用生物信息学对马铃薯G6PDH基因家族进行鉴定,并对该基因家族成员编码蛋白的染色体分布、蛋白理化性质和二级结构、进化关系、基因结构、保守基序和启动子顺式作用元件,以及在不同器官和损伤块茎中的表达模式进行分析。【结果】在马铃薯基因组中共鉴定到4个StG6PDHs家族成员,分别分布在4条染色体上,命名为StG6PDH1-StG6PDH4。根据亚细胞定位和系统进化分析,StG6PDH1、StG6PDH3和StG6PDH4位于叶绿体,属于质体型;StG6PDH2位于细胞质,属于胞质型。马铃薯G6PDH蛋白的氨基酸个数介于511-596 aa,分子量为58.48-66.65 kD,等电点为5.83-8.57,不稳定系数为39.79-47.53。蛋白二级结构以α-螺旋和无规则卷曲占比最多,β-转角最少。此外,StG6PDHs启动子含大量植物激素、光和胁迫响应元件。4个StG6PDHs在马铃薯根、茎、叶和块茎均有表达,且在叶片中的表达高于其他组织。StG6PDHs各成员共同参与马铃薯块茎对损伤胁迫的响应,其中,StG6PDH1、StG6PDH2和StG6PDH3在块茎损伤后36 h内上调表达,StG6PDH4在损伤后下调表达。【结论】在马铃薯中共鉴定出4个StG6PDHs基因家族成员,不均匀地分布于4条染色体上,其中,1个为胞质型,3个为质体型。StG6PDHs启动子区有光、激素和胁迫响应元件。损伤块茎中StG6PDHs的表达具有差异性,各成员协同调控了马铃薯块茎对损伤胁迫的应答。

IL-1、IL-1β、IL-6、IL-10基因多态性与糖尿病性牙周炎发生的关系分析

目的分析白介素-1(IL-1)、白介素-1β(IL-1β)、白介素-6(IL-6)、白介素-10(IL-10)基因多态性与糖尿病性牙周炎发生的关系。方法选取2021年6月至2022年6月石家庄市第二医院口腔科收治的糖尿病性牙周炎患者60例(观察组)及同期接受口腔检查健康人群60名(对照组)为研究对象,比较两组血清、龈沟液IL-1、IL-1β、IL-6、IL-10表达水平,检测全血DNA中IL-1、IL-1β、IL-6、IL-10基因多态性,分析其与糖尿病性牙周炎易感性的关系。结果观察组血清、龈沟液中IL-1、IL-1β、IL-6、IL-10水平明显高于对照组(t=31.987、28.911、14.201、16.562、21.315、19.146、-45.554、-57.942,P<0.05),各组龈沟液中IL-1、IL-1β、IL-6、IL-10水平明显高于血清中表达,差异有统计学意义(t=-4.080、-10.316、-10.686、10.713;t=-9.567、-6.422、-9.904、3.944,P<0.05)。观察组IL-1基因rs7413228、IL-1β基因rs2356789、IL-6基因rs5357964、IL-10基因rs4543211位点与糖尿病性牙周炎发生相关(P<0.05)。IL-1基因rs7413228位点等位基因T、IL-1β基因rs2356789位点等位基因T、IL-10基因rs4543211位点等位基因G分布频率与糖尿病性牙周炎发生相关(P<0.05)。IL-1基因rs7413228、IL-1β基因rs2356789、IL-6基因rs5357964、IL-10基因rs4543211位点多态性是糖尿病性牙周炎发生的独立影响因素(P<0.05)。结论IL-1、IL-1β、IL-6、IL-10基因多态性与糖尿病性牙周炎易感性相关,临床可通过检验患者基因多态性评估糖尿病性牙周炎发生风险。

尼罗罗非鱼claudin-5基因克隆及其在无乳链球菌胁迫下的表达分析

【目的】克隆尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)紧密连接蛋白5(claudin-5)基因,分析其在无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)刺激下的表达模式,为进一步了解该基因功能提供依据。【方法】根据NCBI已公布的尼罗罗非鱼基因组预测序列(GenBank登录号:XM_005473513.4),选取其claudin-5基因的CDS区,设计claudin-5基因的克隆及实时荧光定量PCR引物。利用生物信息学对克隆得到的claudin-5进行理化性质和进化分析,采用qRT-PCR分析尼罗罗非鱼claudin-5在各组织中及无乳链球菌刺激下的表达模式。【结果】通过PCR克隆技术获得尼罗罗非鱼claudin-5基因全长序列,共651 bp,编码216个氨基酸;蛋白分子量约23 kD,理论等电点(pI)为8.53;具有4个跨膜结构域和3个蛋白激酶C(PKC)磷酸化位点。尼罗罗非鱼与奥利亚罗非鱼(O.aurea)的claudin-5氨基酸序列相似性高达97.55%;系统发育进化树结果也显示,二者claudin-5氨基酸序列聚为一支,表明二者具有较近的亲缘关系。尼罗罗非鱼claudin-5在脑部的表达量极高,是血细胞等组织的300倍左右,具有明显的组织特异性。经无乳链球菌刺激后,尼罗罗非鱼脑和头肾的claudin-5表达量在12 h时达到最高值,在24 h时有所下调,其中在脑部的表达量于48 h表达量最低,但仍高于0 h,而在头肾的表达量在48~96 h时出现明显上调后下降;肠中claudin-5表达量在无乳链球菌刺激后6~12 h时上升缓慢,在48 h时表达量大幅度上调,并达到最高值,之后在48~96 h时出现下调,但低于0 h;肝脏中claudin-5表达量在无乳链球菌刺激后出现明显下调,在24 h略有回升然后继续下调。【结论】尼罗罗非鱼claudin-5基因在脑组织的表达量极高,具有明显的组织特异性,其编码蛋白在宿主抵抗无乳链球菌入侵的过程中发挥重要作用,尤其是通过血脑屏障抵抗无乳链球菌,保护中枢神经系统。

m^(6)A相关基因在激素性股骨头坏死中的生物信息学分析

背景:m^(6)A修饰与股骨头坏死的发生发展相关,但在激素性股骨头坏死中的作用尚不清楚。目的:基于GEO数据库,采用生物信息学方法分析激素性股骨头坏死中表达差异的m^(6)A基因及互作miRNAs,探寻其潜在发病机制。方法:在GEO数据库中检索并下载与激素性股骨头坏死相关的mRNA表达谱数据集(GSE123568),通过R软件对数据集进行差异基因筛选及GO功能、KEGG通路富集分析。识别差异基因中的m^(6)A差异表达基因(m^(6)A-DEGs)并对其进行GO功能与KEGG通路富集分析,比较m^(6)A-DEGs的表达量并分析它们之间的相关性。最后通过Cytoscape构建m^(6)A-DEGs的PPI互作网络及筛选核心基因。使用TargetScan,miRTarBase和miRBD数据库预测m^(6)A-DEGs相关的潜在miRNAs,同时使用ChIPBase及hTFtarget数据库预测7个核心基因潜在转录因子,然后分别构建m^(6)A-miRNA与转录因子m^(6)A调控网络。最后使用数据集GSE74089验证7个核心m^(6)A-DEGs的表达水平。结果与结论:①从数据集中共筛选出2460个差异表达的基因,其中1455个上调,1005个下调。②从数据集中筛选出了14个m^(6)A-DEGs,包括3个下调和11个上调基因,m^(6)A-DEGs在激素性股骨头坏死中的表达具有显著差异(P<0.05),Spearman分析表明它们之间具有一定相关性。③m^(6)A-DEGs的GO和KEGG富集分析主要集中在骨髓细胞分化与发育、免疫受体与细胞因子受体活性、破骨细胞分化、AMPK与白细胞介素17信号通路。④m^(6)A-DEGs前7个核心基因包括YTHDF3,YTHDF1,YTHDF2,ALKBH5,METTL3,HNRNPA2B1及HNRNPC,它们在miRTarBase,miRDB和TargetScan数据库中共有44个miRNA重叠,在ChIPBase及hTFtarget数据库中共有79个重叠转录因子。⑤在GSE74089数据集中有6个核心m^(6)A-DEGs的表达水平与GSE123568数据集一致。⑥结果证实,根据生物信息学方法筛选的7个m^(6)A-DEGs可能通过调控多个miRNA、转录因子和AMPK及白细胞介素17信号通路表达,进而影响激素性股骨头坏死中骨髓细胞分化发育与破骨细胞分化,为进一步深入研究激素性股骨头坏死的发病机制和靶向治疗提供了数据支持和研究方向。

中国沙棘HrNHX6基因的生物信息学分析及其在盐胁迫下的表达模式

Na^(+)/H^(+)逆向转运蛋白(NHX)广泛存在于多种生物中,可调节植物响应盐胁迫.本研究对中国沙棘HrNHX6进行结构预测和分析,并采用qRT-PCR技术分析不同浓度NaCl胁迫下HrNHX6基因的表达情况.结果如下:①HrNHX6基因总长为1347 bp,与月季花等植物NHX6基因具有较高的同源性.②HrNHX6为稳定的疏水性蛋白,定位于高尔基体膜中,不具有信号肽,含7个跨膜螺旋结构,且α-螺旋和无规则卷曲为其二级结构的主要构成元件,具有多个修饰位点.③盐胁迫下中国沙棘根、茎、叶中的HrNHX6基因表达上调,说明HrNHX6基因在中国沙棘响应盐胁迫的过程中可能发挥着重要的调控作用.本研究结果可为阐明中国沙棘应对盐胁迫的机制奠定基础.

盐生草根系基因HgAKR6C的克隆与初步功能分析

醛酮还原酶(AKR)是构成Shaker型K+通道蛋白的保守核心结构域,在植物应对非生物胁迫时起到关键作用。本研究采用西北旱区典型盐生植物盐生草作为研究材料,基于课题组前期盐生草根系盐胁迫转录组学数据分析结果,筛选并克隆得到耐盐基因HgAKR6C。HgAKR6C基因蛋白质编码区(CDS)全长951 bp,共编码氨基酸317个。系统发育进化树分析表明,HgAKR6C与拟南芥中AtAKR6C1基因亲缘关系最近。亚细胞定位表明该基因可能主要定位于细胞质和细胞核中。qRT-PCR结果表明HgAKR6C在盐处理24 h时表达量达到峰值。构建酵母异源表达载体转化缺陷型菌株发现,HgAKR6C基因可能参与Na+的外排和介导K+的吸收。综上所述,HgAKR6C具有调节盐生草耐盐性的功能,而盐生草根系耐盐基因HgAKR6C的调控机制还需进一步的研究验证。

鸡FGF6基因生物学特性及其多态性与经济性状的关联分析

旨在探究鸡成纤维细胞生长因子6(fibroblast growth factor 6,FGF6)基因的生物学特性,挖掘FGF6基因单核苷酸多态性(SNP)位点并分析其与经济性状的相关性,为后续研究鸡FGF6基因对生长性状的影响提供参考。本研究对FGF6蛋白序列进行生物信息学分析;基于768只固始鸡-安卡鸡F_2资源群的GBS数据及相关经济性状表型数据对FGF6基因包含启动子2 kb区域SNP位点进行筛选,并进行连锁不平衡和关联分析,探究FGF6基因SNP和单倍型与鸡经济性状的相关性。生物信息学分析结果显示,鸡FGF6氨基酸序列与火鸡同源性为91.26%;系统进化分析表明,鸡FGF6与火鸡亲缘关系最近,其次是绿海龟,与斑马鱼遗传距离最远;保守性分析显示不同物种间FGF6保守性较高。鸡FGF6蛋白为亲水性蛋白、存在1个跨膜区,主要定位于细胞质;其二级、三级结构相符。鸡FGF6蛋白被22个磷酸化位点和1个N-糖基化位点修饰;与其受体家族FGFR1~4和EGF存在互作关系。鸡FGF6基因启动子区域筛选到6个SNPs位点,均位于1号内含子上;多态性分析显示6个SNPs位点存在高多态性,其中5个处于哈代-温伯格平衡,呈强连锁状态(D′=1,r^(2)=1)。关联分析结果显示,rs73399071位点与F_2资源群不同阶段体重(BW)、胫长(SL)、胫围(SG)、体斜长(BSL)等17个生长性状指标显著相关(P<0.05),与全净膛重(EW)、半净膛重(SEW)、屠体重(CW)、胸肌重(BMW)等10个屠体性状指标显著相关(P<0.05),与肉质性状的关联未达到显著水平(P>0.05),与高密度脂蛋白(HDL)和胆碱酯酶(ChE)显著相关(P<0.05),CC基因型个体的大部分性状表型均值高于GG基因型个体;单倍型组合分析显示不同阶段CCTTCCTTCC组合个体的体重均高于其他单倍型组合个体。本研究结果为进一步探究鸡FGF6基因的功能提供理论参考,筛选到FGF6基因存在5个与固始鸡-安卡鸡F_2资源群体重、体尺、屠体性状和血液生化指标显著关联的SNPs位点,为鸡育种提供候选的分子标记,为地方鸡标记辅助选择提供新的思路。

杨树桑黄6-磷酸海藻糖合成酶基因克隆鉴定与表达分析

对杨树桑黄(Sanghuangporus vaninii)6-磷酸海藻糖合成酶基因(SvTPS)进行克隆和生物信息学分析,并进行原核表达;采用荧光定量PCR方法研究SvTPS在杨树桑黄菌丝体和不同年份子实体中的表达情况,测定菌丝体和不同年份子实体中SvTPS活性。结果表明:SvTPS DNA序列长度为1894 bp,编码576个氨基酸。SvTPS相对分子质量为65130,等电点为6.21,脂肪系数为88.14,平均亲水系数为-0.281,不稳定系数为42.41。SvTPS氨基酸序列与暴马桑黄(S.baumii)的相似性最高,仅有一个TPS单结构域;SvTPS二级结构中α-螺旋、β-折叠、延伸链、无规卷曲占比分别为48.61%、5.56%、15.62%、30.21%。三年生子实体SvTPS的表达量最高,菌丝体的表达量最低。菌丝体的SvTPS活性最低;随着栽培时间增加,SvTPS活性增加,三年生子实体的最高。研究结果为进一步探讨SvTPS在杨树桑黄生长发育过程中的功能提供参考。

大豆海藻糖-6-磷酸磷酸酶基因GmTPP的鉴定及其在生长发育和非生物胁迫响应中的表达分析

海藻糖在植物代谢、生长发育和抗逆性中起着重要作用。海藻糖-6-磷酸磷酸酶(TPP)基因对海藻糖的生物合成至关重要。大豆是重要豆类作物,种子含有丰富的蛋白质和油脂,其TPP基因家族少有报道。为分析TPP基因在大豆中的结构和功能,利用生物信息学方法在大豆全基因组中筛选得到15个GmTPP基因。系统发育分析表明,这15个GmTPP可分为3个亚家族,每个GmTPP含有9~11个内含子,同一亚家族的GmTPP基因的内含子数目相同。顺式作用元件分析表明,GmTPP基因参与植物激素和环境胁迫反应。此外,还利用转录组数据研究这些GmTPP在不同组织中的表达模式以及对不同的非生物胁迫的表达特征。结果显示,GmTPP在大豆各个组织器官中均有特定的表达模式,在盐胁迫、干旱胁迫处理下表达不同。该研究不仅为揭示GmTPP基因家族在大豆海藻糖调控中的作用奠定了基础,也为利用TPP基因家族提高大豆抗逆性提供一定的参考价值。

银川市2016-2022年手足口病柯萨奇病毒A6型分离株VP1基因特征分析

目的 分析银川市2016-2022年引起手足口病的柯萨奇病毒A6型(CV-A6)VP1的基因特征,为手足口病的防治工作提供有效的参考依据。方法 收集2016-2022年银川市手足口病所有CV-A6核酸呈阳性的标本进行病毒分离培养,应用一步法聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增其VP1区完整基因核酸片段进行核苷酸序列测定,利用测序结果进行系统发育树构建、同源性分析及氨基酸突变位点分析。结果 2016-2022年银川市共分离到手足口病CV-A6型毒株90株,测序后成功获得CV-A6 VP1区全长序列的毒株83株。完整VP1区基因均由915个核苷酸组成,编码305个氨基酸。系统发育分析显示,2016-2022年银川市83株CV-A6分离株均属于D3基因亚型的D3a分支;同源性分析表明,银川市83株CV-A6分离株与原型株Gdula株(AY421764-USA-1949)之间核苷酸相似性为82.1%~84.1%,氨基酸相似性为76.2%~80.5%,遗传距离较远;银川市83株CV-A6分离株与原型株Gdula株的VP1区氨基酸序列比较发现32个氨基酸位点出现变异。结论 2016-2022年银川市手足口病83株CV-A6分离株均属于D3基因亚型的D3a分支。加强对CV-A6的持续监测及基因特征分析,对科学防控CV-A6引起的手足口病及其疫苗研发具有重要意义。

马铃薯StNAC6基因克隆及干旱胁迫表达分析

NAC对植物种子发育、细胞分裂分化、侧根形成等都有直接影响,它与DNA元件相结合发挥作用,能够有效提高植物的抗逆性。通过PCR方法从马铃薯冀张薯8号中克隆获得了1个StNAC6基因,并对StNAC6基因进行生物信息学分析,包含序列比对、理化性质预测、进化分析等。使用冀张薯8号组培苗作为试验材料,用浓度为10%、15%和20%的聚乙二醇6000(PEG-6000)处理0、6、12、24 h后,分析干旱胁迫下的表达模式,并在马铃薯开花期,采取不同的组织(花、根、茎、叶、块茎、葡匐茎)进行组织表达分析。结果表明,马铃薯NAC6基因全长为876 bp,共编码291个氨基酸,包含1个NAM结构域;等电点为7.04,相对分子量为33.61915 ku;StNAC6蛋白均含有丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸3种氨基酸磷酸化位点,属于不稳定亲水性蛋白;StNAC6第74、262位氨基酸存在N-糖基化位点;预测StNAC6定位于细胞核。荧光定性PCR结果显示,在不同含量PEG胁迫处理下,马铃薯StNAC6基因的相对表达量不相同,存在明显差异,说明该基因参与干旱应答响应;StNAC6基因在马铃薯茎、花中的相对表达量最高,说明其可能参与马铃薯生长调控。研究结果可为今后深入探究马铃薯NAC6转录因子的功能和调控机制奠定基础。

拟南芥中异源过表达CsLOX6和CsHPL2基因提高植株耐盐性和耐旱性

探究CsLOX6基因和CsHPL2基因对拟南芥(Arabidopsis thaliana)生长以及对干旱和盐胁迫抗性的影响,以野生型拟南芥(WT)、转基因型拟南芥(OE-CsLOX6、OE-CsHPL2)、突变体型拟南芥(TB-Atlox5)为材料,通过表型观察、转录组和代谢组学分析等方法评估4种拟南芥的耐旱性、耐盐性。结果表明,OE-CsLOX6的地上部鲜重和根长均显著高于其他基因型植株,地下部鲜重明显高于其他基因型植株;OE-CsHPL2的地上部鲜重、地下部鲜重和根长明显低于其他基因型植株。OE-CsLOX6、OE-CsHPL2和WT的代谢物含量存在较大差异,OE-CsLOX6和WT有64个差异代谢物,其中有6个上调,58个下调;OE-CsHPL2和WT有63个差异代谢物,其中有9个上调,54个下调。过表达CsLOX6基因和CsHPL2基因可以提高拟南芥对盐胁迫和干旱胁迫的抗性。在盐胁迫和干旱胁迫下,OE-CsLOX6、OE-CsHPL2的丙二醛含量要显著低于野生型植株,膜质过氧化程度低,SOD、POD和CAT活性要明显高于野生型,提高了植株的抗氧化能力,叶片长势明显优于野生型植株。

婴儿神经轴索营养不良致病基因PLA2G6突变分析

目的探讨婴儿神经轴索营养不良(INAD)PLA2G6基因突变的致病特点,丰富INAD的基因突变谱,为INAD相关遗传咨询提供依据。方法收集1例先证者的家系相关临床资料,采用三人家系全外显子组测序对先证者及其父母进行测序分析,筛选可能的致病突变位点,Sanger测序验证突变位点,结合生物信息学分析对突变位点的致病性进行预测,最后通过羊水穿刺检查为孕妇提供产前诊断。结果全外显子测序结果显示临床表现为精神运动发育倒退的先证者为PLA2G6基因c.1A>G(p.M1?)和c.2242G>A(p.A748T)复合杂合突变,其父亲为c.1A>G(p.M1?)杂合突变携带者,母亲为c.2242G>A(p.A748T)杂合突变携带者。根据美国医学遗传学与基因组学学会变异评级相关指南,c.1A>G(p.M1?)为致病性突变,c.2242G>A(p.A748T)为意义未明突变。产前诊断胎儿为c.1A>G(p.M1?)杂合突变携带者,现该孕妇已足月顺产一男活婴,产后随访7个多月生长状况良好。结论PLA2G6基因c.1A>G(p.M1?)和c.2242G>A(p.A748T)复合杂合突变为该先证者患INAD的遗传病因,其中c.2242G>A(p.A748T)为新发现的变异位点,这扩大了INAD的基因突变图谱,全外显子测序数据为该家系提供了精准的遗传咨询和产前诊断。