福州旗山野生蕉(Musa spp.,AB Group)试管苗Mn-SOD基因克隆及生物信息学分析

以旗山野生蕉(Musa spp.,AB group)试管苗幼嫩叶片为材料,利用RT-PCR结合RACE技术克隆获得野生蕉试管苗Mn-SOD基因c DNA序列。结果表明:旗山野生蕉Mn-SOD的c DNA全长序列共831 bp,其中5′UTR为137 bp,3′UTR为151 bp,3′端含有17个poly(A)尾。开放阅读框(ORF)共有543个碱基组成,编码181个氨基酸。蛋白理化性质预测结果显示:Mn-SOD蛋白分子量为20 108.8 u,等电点7.92,属于碱性蛋白。

福州宦溪野生蕉(Musa spp.,AB group)CHUP1基因克隆及其生物信息学分析

CHUP1(chloroplast unusual positioning 1)参与了叶绿体移动信号转导过程,对植物避免光伤害及提高光合效率方面具有重要作用,并且与植物抗寒性有密切关系。本研究以福州宦溪野生蕉(Musa spp.AB group)叶片为材料,采用同源克隆的方法,分离出CHUP1基因cDNA和DNA序列,GenBank登录号分别为JX123753、JX880084,命名为Mu-CHUP1。Mu-CHUP1 cDNA全长3 232 bp,ORF 2 931 bp,编码976个氨基酸。福州宦溪野生蕉Mu-CHUP1 cDNA序列与小果野蕉(M.acuminata,AA Group)全基因组测序中的CHUP1 cDNA序列的相似性为84.71%;福州宦溪野生蕉Mu-CHUP1 ORF的DNA序列含8个内含子、9个外显子,而小果野蕉全基因组测序中的CHUP1基因组DNA序列则有11个内含子、12个外显子,两者相差较大。生物信息学预测分析表明,Mu-CHUP1磷酸化位点多达62个,并且含有3个保守结构域,可能与其行使多样性的功能有关。

基于主题建模技术的克隆群映射方法

针对对源代码进行拷贝、粘贴及修改活动会导致软件中出现大量的克隆代码的问题,将主题建模技术应用于克隆代码,提出一种克隆群映射方法。运用主题建模技术将映射问题由高维的代码空间转化到低维的主题空间上,通过主题的映射间接实现映射相邻版本克隆群的目的。对4款开源软件进行方法评估,实验结果表明,使用该方法的查全率和查准率均高达0.99,其能够有效准确地实现相邻版本的克隆群映射。

赣油茶25个优良无性系品质评价

以油茶Camellia oleifera茶油产量、果实经济性状及其脂肪酸组成成分为综合指标,评价了赣油茶各无性系品质,旨在为油茶良种选育及优中选优提供科学依据。采用主成分分析的方法对25个赣无性系的品质进行了比较与优劣排序。研究结果表明:赣油茶各无性系间性状差异明显,达到中等强度的变异;评价油茶品质的11个性状指标中,鲜果含油率、干出籽率、亚油酸、产油量和油酸起决定作用;品质优劣依次为赣石84-8,赣无1,赣无11,赣石83-4,赣抚20,赣无16,赣71,赣石83-1,赣6,赣无24,赣石84-3,赣8,赣兴48,赣55,赣永6,赣兴46,赣68,赣无15,赣70,赣无12,赣无2,赣77024,赣190,赣447,赣永5。

尿路感染大肠埃希菌ST131克隆株的分子生物学特征分析

目的了解福州某医院尿路感染大肠埃希菌ST131克隆株分子生物学特征。方法收集该院2014年8月-2015年8月尿培养临床分离大肠埃希菌357株,采用多重PCR对其进行系统发育分型,采用纸片扩散法进行药敏试验,通过PCR和多位点序列分型(MLST)对大肠埃希菌B2型菌株筛选出ST131型别,对其进行毒力基因和耐药基因检测。分析ST131和非ST131克隆株在毒力基因分布和耐药性的差异。结果 357株大肠埃希菌系统发育分型B2型162株,占45.4%。55株(34.0%)ST131克隆株均属于B2型,其分为两种血清型:O25b-ST131(36株,65.5%)和O16-ST131(19株,34.5%)。毒力基因iutA、kpsMT K5和traT在ST131克隆株的流行率显著高于B2型非ST131克隆株(P<0.05)。ST131克隆株对头孢唑林、头孢噻肟、头孢吡肟、甲氧苄啶-磺胺甲唑、环丙沙星和左氧氟沙星的耐药率显著高于非ST131克隆株(P<0.05)。结论该院尿路感染的大肠埃希菌中存在强毒力和多重耐药的大肠埃希菌ST131克隆株,须高度重视。提示O16-ST131亚克隆可能是大肠埃希菌ST131的重要类型,未来的研究不该忽视O16-ST131亚克隆群。

赣系油茶10个无性系始果期果实性状分析

采用主成分分析法对赣系油茶10个优良无性系始果期果实形态和品质等性状指标进行分析和综合评价,结果表明:各无性系的果高、果径等果形指标存在显著差异,产油量、千粒重、鲜出籽率和干籽含油率等可作为主要经济品质性状。赣无1、赣永5、赣石84-8及赣石84-3等无性系其果实具有较好的经济性状。

Ⅰ群禽腺病毒五邻体基因的克隆及原核表达

根据GenBank中I群禽腺病毒(AAV)基因组序列,设计了1对特异性引物。以CELO毒株基因组DNA为模板,通过PCR扩增出结构蛋白五邻体基因(penton),将其克隆到原核表达载体pGEX-4T-1的EcoR I和Xho I位点,构建了原核表达载体pGEX-penton。将其转化到感受态细胞DH5α中,经IPTG诱导,SDS-PAGE分析,获得了45.9 ku的融合蛋白。用不同的IPTG浓度和时间诱导表达,得出诱导的最佳IPTG浓度为1.5 mmol/L,最佳时间为4 h。用尿素提取包涵体表达产物,得到penton纯化蛋白,浓度为2.98 mg/mL。经Western-bolt分析,该蛋白具有良好的反应原性。

中华鳖HMG1基因的克隆与序列分析

为了解中华鳖(Pelodiscus sinensis)HMG1(High mobility group 1)的基因结构,利用RT-PCR,从中华鳖肝脏组织的总RNA中,克隆并测序了中华鳖HMG1cDNA片段,结果表明,中华鳖HMG1基因的开放读码框(Open reading frame,ORF)长度为606 bp,编码202个氨基酸。中华鳖HMG1多肽链主要包含三个保守的区域:位于多肽链N端的HMG盒区1(第9—80个氨基酸之间);位于多肽链中心的HMG盒区2(第89—162个氨基酸之间);位于多肽链C端的富含酸性氨基酸区域(第163—202个氨基酸之间)。在2个HMG盒区范围内,中华鳖HMG1多肽链与红原鸡、人、虹鳟等物种的HMG1多肽链相比,氨基酸同源性依次为96.5%、74%和67%。排序比较显示,不同物种HMG1多肽链之间的富含酸性氨基酸区域的长度是不同的,暗示了HMG1多肽链富含酸性氨基酸区域的长度可能受到选择压力的影响,但这种选择压力没有使谷氨酸和天冬氨酸这两种酸性氨基酸之间区分开来。系统发生分析表明,脊椎动物HMG1基因的HMG盒区1和盒区2分别形成了2个亚族。本研究首次报道爬行动物的HMG1基因。

立枯丝核菌不同融合群菌株GPD基因的克隆及序列特征分析

利用同源克隆的方法对11个立枯丝核菌标准融合群菌株的GPD基因进行了分离。分析发现不同融合群立枯丝核菌GPD基因在外显子数目、编码蛋白长度及内含子剪切方式等方面存在差异,如AG-2-2ⅢB、AG-2-2Ⅳ、AG-8三个融合群的GPD基因的外显子个数为10个,其他融合群均为11个;AG-8融合群的GPD基因的编码蛋白长度为267个氨基酸,其余融合群的GPD基因的编码蛋白长度约为340个氨基酸。AG-2-2ⅢB、AG-2-2Ⅳ、AG-8三个融合群的GPD基因在98、98、272氨基酸位点的内含子发生了缺失。基于蛋白序列的进化分析表明不同融合群之间GPD基因编码蛋白存在明显差异,可以有效地将不同融合群菌株区分开来;同时,不同物种之间GPD基因在进化上仍具有一定保守性,立枯丝核菌自身的GPD基因蛋白序列归为一类且与担子菌门同源性最高。这些结果表明进行保守基因序列差异分析是进行立枯丝核菌分类分群研究的新思路。

类似S-层蛋白的苏云金芽胞杆菌伴胞晶体蛋白基因的克隆

芽胞杆菌CTC菌株被鉴定为苏云金芽胞杆菌 ,鞭毛血清型H2 ,幕虫亚种 ;产生卵圆形伴胞晶体 ,伴胞晶体蛋白为 1 0 0kD ;测定了该蛋白的N 末端序列 ,该序列与炭疽芽胞杆菌的细胞表面S 层蛋白具 92 %～ 93%相似性 ;根据Southern杂交制作了该晶体蛋白基因ctc所在位置的限制性酶切图谱 ,分别克隆了该基因 5′和 3′端所在的 2 9kbXbaI片段和 3 1kbClaIDNA片段 ,彼此间具 0 6kb重叠 ,通过拼接获得含完整ctc基因的克隆。含该基因的大肠杆菌与表达S 层蛋白的大肠杆菌具相似生长特征。初步表明CTC菌株的伴胞晶体由细胞表面S 层蛋白组成。苏云金芽胞杆菌区别于蜡状芽胞杆菌和炭疽芽胞杆菌的唯一标准是能形成伴胞晶体 ,由于S 层是细胞表面的结构成分 。

人高迁移率族蛋白1基因的克隆和表达

目的 :克隆人高迁移率族蛋白 1(HMG 1)编码基因 ,构建重组表达载体并对其诱导表达 .方法 :通过RT PCR方法扩增出人外周血单个核细胞中HMG 1的编码基因 ,克隆于载体pGEM Teasy,测序分析后亚克隆于表达载体 pGEX 4T 2 ,测序证实序列正确后转化大肠杆菌DH5α ,经IPTG诱导 4h后可表达Mr 约 5 6 0 0 0的融合蛋白GST HMG1.结果 :克隆了人HMG 1的编码基因 ,构建了融合蛋白的重组表达质粒 pGEX HMG1,表达的融合蛋白产物经凝胶薄层扫描检测 ,占全菌总蛋白的 0 .2 3.结论 :获得了人HMG 1编码基因及其原核表达产物 ,对研究人HMG

Ⅰ群禽腺病毒Hexon蛋白的截短表达与鉴定

本研究利用PCR方法扩增出Ⅰ群禽腺病毒FAVⅠhexon基因主要抗原区,连接于表达载体pGEX-4T-1中,构建成重组质粒pGEX-hexon,并转化大肠杆菌DH5α,用IPTG诱导表达,对表达的Hexon蛋白进行SDS-PAGE电泳和Western-blot分析。结果显示,试验成功扩增获得hexon基因主要抗原区序列,大小为1020bp。重组蛋白主要以包涵体形式存在,融合蛋白大小为63.1ku,与预测值相符。经Western-blot分析,表明重组蛋白与FAVⅠ的阳性血清发生特异性反应,具有良好的反应原性,为FAVⅠ诊断试剂盒的研制奠定基础。

ICR小鼠肠道中乳酸菌组成的克隆文库研究

目的对健康雄性ICR小鼠肠道内乳酸菌的组成结构进行研究。方法收集10只健康雄性ICR小鼠的新鲜粪便样品,提取粪便样品中微生物的总DNA,采用乳酸菌类群特异性引物(Lac1)和细菌通用性引物(1391r)的组合扩增16SrRNA基因并构建乳酸菌特异性克隆文库,研究小鼠肠道内各种乳酸菌的组成和比例。结果克隆文库的分析结果表明罗伊乳杆菌(Lactobacillus reuteri)和约氏乳杆菌(Lactobacillus johnsonii)为ICR小鼠肠道内的优势种,其他还包括鼠乳杆菌(Lactobacillus murinus)、阴道乳杆菌(Lactobacillus vaginalis)、肠乳杆菌(Lacto-bacillus intestinalis)等乳酸菌以及一个潜在的乳酸菌新种。结论健康ICR小鼠肠道内乳酸菌的多样性较高;L.re-uteri种可能具有较高的菌株水平多样性。

人RHD基因的克隆和鉴定

目的克隆人RHD基因,并对其进行鉴定。方法以RhD阳性志愿者骨髓为材料,用TRIzol试剂提取总RNA;设计、合成人RHD基因扩增引物,RT-PCR方法扩增RHD基因片段;T/A克隆后将其亚克隆入pET28a(+)载体中,经酶切、PCR和测序对重组质粒进行鉴定。结果骨髓总RNA被成功提取;RT-PCR成功扩增出RHD基因片段,其大小与预期约509 bp基本一致;T/A克隆后再将其亚克隆,通过酶切和PCR证明RHD基因成功亚克隆入pET28a(+)载体中;基因测序结果比对显示,与已公布的RHD基因(GenBank登录号为NM016124)序列基本一致,同源性为98%。结论成功克隆了RHD基因,这将为进一步研究奠定基础。

小鼠高迁移率族蛋白1cDNA克隆、原核表达与鉴定

目的:克隆并原核表达小鼠高迁移率族蛋白1(high mobility group box1,HMGB1)。方法:从小鼠脾脏细胞中提取总RNA,应用RT-PCR获得小鼠HMGB1cDNA,经PCR扩增小鼠HMGB1基因;通过T-A克隆将该基因构建到PMD-18T载体中,测序鉴定;将该基因插入pET-28a(+)表达载体,IPTG诱导后,可表达相对分子质量约30 kDa的蛋白。蛋白质印迹鉴定表达的目的蛋白。结果:经RT-PCR扩增得到648 bp的DNA片段,序列分析显示与基因库中报道的已知序列完全一致;构建了含有HMGB1编码序列的原核表达载体,经诱导表达、蛋白质印迹鉴定,获得相对分子质量约30 kDa的融合蛋白。结论:成功克隆和表达了小鼠HMGB1基因,为HMGB1蛋白的功能试验奠定了基础。

天宝蕉HOS1基因启动子克隆及生物信息学分析

以天宝蕉叶片为材料,分离天宝蕉HOS1基因的启动子,并进行生物信息学分析。结果表明:天宝蕉HOS1启动子与马来西亚小果野蕉HOS1启动子序列相似性达到92.43%,并含有35种类型顺式作用元件,其中含有多种类型的激素应答作用元件和非生物胁迫有关的顺式作用元件,可能与天宝蕉的冷胁迫应答有密切关系;天宝蕉HOS1启动子预测含有2个CpG岛,暗示天宝蕉的冷胁迫应答与甲基化也有密切的关系。

人着色性干皮病D组基因的克隆及其真核表达

着色性干皮病D组蛋白(Xeroderma pigmentosum group D,XPD)是基础转录因子ⅡH(Transcript factorⅡH,TFⅡH)复合体的第二大亚基,它在转录和核苷酸剪切修复过程中都发挥着重要作用。我们利用人宫颈鳞癌上皮细胞(HeLa细胞)中提取的总RNA进行逆转录酶-聚合酶链反应(Reverse transcriptase-polymerase chain reac-tion,RT-PCR),克隆出人全长XPD cDNA,把此基因按野生型插入表达绿色荧光蛋白的pEGFP-N2质粒,构建了pEGFP-N2/XPD重组体质粒,并将其转染入整合有乙肝病毒X蛋白(Hepatitis B virus X protein,HBx)的人肝癌细胞Hep3B,分析重组细胞的XPD表达水平、HBx表达水平和细胞增殖力,为进一步研究XPD的各种生物学活性及作用机制奠定了基础。

A组人轮状病毒全基因组克隆和基因型分析

运用基因克隆和重组技术,从一急性胃肠炎患儿样品中克隆到一株轮状病毒(RV)全基因组cDNA。核苷酸序列测定结果表明,该株RV基因组11条RNA共含有18613个核苷酸(3302bp^751bp),编码5791个氨基酸。全基因组研究结果表明,该株RV(TB-Chen)为A组,II亚组,基因型为G2P[4]/NSP4[A]。这是首个A组人RV全基因组研究结果的报道,对研究和开发RV疫苗具有积极的意义。

斑点热群立克次体中国分离株rOmpA基因片段的克隆和序列分析

用Rr190.70p-602n引物扩增了斑点热群立克次体（spottedfevergrouprickettsiae，SFGR）中国分离株（BJ－90株、Ha－91株和HLJ－054株）及SFGR国际标准株西伯利亚立克次体（Rickettsiasibiricu）246株和派克立克次体（R.parkeri）的rOmpA基因片段，将PCR产物克隆入pGEM－T载体中，用双脱氧法进行序列测定，并与SFGR的rOmpA基因已知序列进行了比较。结果表明，SFGR国际标准株间rOmpA基因片段的核苷酸同源性为90.06%～96.62%，推定氨基酸的同源性为83.05％～94.35％，中国分离株与国际标准株及参考株rOmpA基因片段比较的结果发现：BJ－90株及Ha－91株与西伯利亚立克次体标准株的核苷酸同源性分别为99．06％和98．31％，推定氨基酸的同源性则为98.87％和96.61％，HL－93株和HLJ-054株与日本立克次体（R.japonica）核苷酸同源性较高，分别为96.62％和95.68％，推定氨基酸的同源性为92．09％和89．27％。在中国分离株内，BJ-90株和Ha－91株的核昔酸同源性高达99．20％，推定氨基酸的同源性为97．74％，HIJ－054株和HL－93株rOmpA基因片段的核苷酸及推定氨基酸的同源性分别为98.12％，94.92％。因此认为在中国广阔的地域内，除HLJ-054株和HL-93株可能为SFGR的新成员外。

海岸带风口沙地木麻黄无性系造林与根系生长特性

从 2 0 0 0年 5月起在福建省东山县赤山林场临海风口干旱沙地进行 3年试验研究 ,从 7个参试无性系中选择惠 1#、粤 70 1#、东 980 1#等 3个造林保存率达 6 1 9%～ 6 9 5 %的无性系 ,在此类特殊困难立地防护林植物材料选择方面取得突破。通过对风口沙地前沿高地和后沿低洼地 2种微地形条件木麻黄无性系造林效果的比较分析 ,后者造林保存率提高约 5 % ,且林木生长较快。 2种微地形条件林木根系生长状况 ,风口前沿高地林木根系分布深、数量多、结构密集、吸收根系网络发达 ,有助于逃避大气干旱和土壤干旱。并揭示根系分布深度、数量、密集程度、网络结构与土壤含水率大体呈负相关的趋势。研究揭示 ,风口干旱沙地造林成活的机制 ,是由于林木形成发达、庞大的根系网络的生理和形态特性 ,以适应干旱生境和保证造林成活。不同造林方式的试验结果表明 ,丛状、团状等植生组造林方式可提高保存率约 10 % ,在生产实践上有推广应用价值。