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COL1A1和COL1A2基因生信分析及其在梅花鹿不同组织中的表达谱
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作者 杨远青 廖朝美 +5 位作者 杨红 王正刚 袁超 杨洋 周明帅 赵佳福 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第3期656-663,共8页
【目的】探明COL1A1(Collagen type I alpha 1 chain,I型胶原蛋白α1链)和COL1A2(Collagen type I alpha 2 chain,I型胶原蛋白α2链)基因在梅花鹿不同组织中的表达谱,解析其对梅花鹿组织发育的影响,为影响梅花鹿重要经济性状的候选基因... 【目的】探明COL1A1(Collagen type I alpha 1 chain,I型胶原蛋白α1链)和COL1A2(Collagen type I alpha 2 chain,I型胶原蛋白α2链)基因在梅花鹿不同组织中的表达谱,解析其对梅花鹿组织发育的影响,为影响梅花鹿重要经济性状的候选基因筛选提供依据。【方法】采用RT-qPCR方法检测COL1A1和COL1A2基因在雄性梅花鹿心脏、肝脏和脾脏等16个组织器官中的表达水平;结合NetPhos 3.1、Motif Search和ProtParam等系列软件预测分析COL1A1和COL1A2基因的生物信息及其在梅花鹿不同组织中的表达谱,并在此基础上构建COL1A1和COL1A2氨基酸序列的系统发育进化树。【结果】COL1A1和COL1A2基因CDS区分别编码1463和1364个氨基酸,理论PI分别为5.60和9.19,COL1A1和COL1A2均是一种具有信号肽和磷酸化位点的亲水性稳定蛋白质;二者蛋白二级及三级结构均以无规则卷曲构成;与其他动物相比,鹿COL1A1和COL1A2基因均与反刍动物山羊、绵羊和牛的同源性最高,其中,鹿COL1A1基因与山羊、牛、绵羊的同源性分别为99.5%、99.5%和99.2%,鹿COL1A2基因与牛、绵羊、山羊的同源性分别为99.1%、99.0%和98.9%,亲缘关系最近。RT-qPCR结果显示,COL1A1和COL1A2基因在梅花鹿不同组织中均有表达,其中COL1A1基因在心脏、背最长肌和腿肌中的表达较高,显著高于其他组织,COL1A2基因在心脏、肝脏、肾脏和瓣胃中的表达较高,均显著高于其他组织;此外,COL1A1在肌肉组织中的表达较高,COL1A2较低;二者在其余组织中的表达具有一高一低,相互协同的作用趋势。【结论】COL1A1和COL1A2可能通过相互协同共同维持组织结构及组织发育,相关结果为后续深入研究COL1A1和COL1A2影响梅花鹿生长发育奠定基础。 展开更多
关键词 col1A1 col1A2 梅花鹿 组织表达 生物信息学分析
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胃癌中COL6基因家族的生物信息学分析
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作者 王彦凤 马磊 +1 位作者 王宝祯 陈静 《宁夏医科大学学报》 2024年第2期137-145,共9页
目的通过生物信息学方法系统性地分析COL6基因家族各成员在胃癌中的作用。方法利用TIMER2.0和GEPIA2数据库分析COL6家族基因在胃癌组织中的表达与不同病理分期的关系。通过Kaplan-Meier Plotter数据库分析COL6基因家族各成员表达水平与... 目的通过生物信息学方法系统性地分析COL6基因家族各成员在胃癌中的作用。方法利用TIMER2.0和GEPIA2数据库分析COL6家族基因在胃癌组织中的表达与不同病理分期的关系。通过Kaplan-Meier Plotter数据库分析COL6基因家族各成员表达水平与胃癌患者总生存期(OS)和无复发生存期(RFS)之间的关系。通过cBioPortal数据库分析胃癌患者中COL6基因的遗传变异、共表达与邻近基因网络情况。通过STRING数据库和仙桃学术绘制COL6家族蛋白互作网络图,并进行功能富集分析,分析其作用机制。结果在胃腺癌中,COL6基因家族(COL6A1、COL1A2、COL6A3、COL6A4P1、COL6A4P2、COL6A5和COL6A6)的表达相对于邻近的正常组织上调,且COL6A1(P=0.000367)、COL6A2(P=0.00017)、COL6A3(P<0.001)、COL6A4P1(P=0.864)、COL6A4P2(P=0.355)、COL6A5(P=0.187)和COL6A6(P=0.302)的表达与胃癌患者的病理分期相关。高表达的COL6A1(P=0.047)、COL6A2(P=0.017)、COL6A3(P=0.02)、COL6A5(P=0.028)和COL6A6(P=0.025)胃癌患者生存率均较低,而COL6A4P1(P=0.006)、COL6A4P2(P=0.0091)和COL6A6(P=0.002)与患者的转移或复发相关。KEGG功能富集分析显示差异表达的COL6A1、COL6A2、COL6A3、COL6A4P1、COL6A4P2、COL6A5、COL6A6的细胞功能与病灶黏附、细胞外基质受体相互作用信号通路有关。结论COL6家族是胃癌预后的潜在生物标志物,且与胃癌的免疫浸润相关。 展开更多
关键词 col6家族 胃癌 生物标志物 预后
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COL1A2在头颈部鳞癌中的差异表达及功能分析
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作者 李钰颖 刘洁兰 +4 位作者 侯沅林 卢诗丽 胡婷 吴彬 唐玉莲 《右江医学》 2024年第2期121-126,共6页
目的 采用生物信息学方法探讨COL1A2在头颈部鳞癌(HNSC)中的表达及相关功能。方法 利用TIMER2.0数据库分析COL1A2基因在泛癌中的表达;通过GEPIA数据库、UALCAN数据库分析该基因在HNSC与正常组织中的差异表达情况;并利用STRING数据库构建... 目的 采用生物信息学方法探讨COL1A2在头颈部鳞癌(HNSC)中的表达及相关功能。方法 利用TIMER2.0数据库分析COL1A2基因在泛癌中的表达;通过GEPIA数据库、UALCAN数据库分析该基因在HNSC与正常组织中的差异表达情况;并利用STRING数据库构建COL1A2基因蛋白互作网,DAVID数据库分析与该基因互作蛋白基因的相关功能;最后通过GCBI基因雷达数据库预测该基因可能参与的调控网络和转录因子。结果 COL1A2在多种肿瘤中高表达,且在头颈部鳞癌组织与正常组织中有差异表达。COL1A2及相关蛋白基因功能富集分析发现其参与了4个细胞组分、5个分子功能、11个生物学程序、7条信号通路,在基因调控网及转录因子预测发现,COL1A2与多种蛋白、转录因子、lncRNA、micRNA等相互调控。结论 COL1A2与HNSC的发生、发展可能是通过PI3K-Akt信号通路等多种途径、多种蛋白、转录因子共同调控的结果。 展开更多
关键词 col1A2 生物信息学 头颈部鳞癌 基因表达
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基于生物信息学分析COL1A1在脑胶质瘤中的表达及临床意义
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作者 曾叶旻虓 蔡成龙 陆潞 《右江医学》 2024年第4期296-302,共7页
目的研究COL1A1基因在脑胶质瘤中的表达情况并分析该基因与脑胶质瘤患者临床特征及预后的关系,同时探究COL1A1的免疫抑制靶点,为今后脑胶质瘤免疫治疗研究提供理论基础。方法从中国胶质瘤基因组图谱(CGGA)、癌症和肿瘤基因图谱(TCGA)官... 目的研究COL1A1基因在脑胶质瘤中的表达情况并分析该基因与脑胶质瘤患者临床特征及预后的关系,同时探究COL1A1的免疫抑制靶点,为今后脑胶质瘤免疫治疗研究提供理论基础。方法从中国胶质瘤基因组图谱(CGGA)、癌症和肿瘤基因图谱(TCGA)官方数据库中下载脑胶质瘤的基因表达谱与临床资料数据。使用GraphPad Prism 9软件分析COL1A1与脑胶质瘤分期关系。使用R4.1.2软件及R Studio软件绘制Pheatmap、Heatmap、Ggplot2、Circos图分析COL1A1的表达与脑胶质瘤患者临床信息、预后以及免疫抑制靶点的关系。使用GO、KEGG富集分析研究COL1A1基因功能。使用GSVA富集方法分析脑胶质瘤中特定基因集的富集分数。使用STRING数据库分析与COL1A1基因相互作用的基因网格数。结果WHOⅢ期患者的COL1A1基因表达量显著高于WHOⅠ期和WHOⅡ期的患者,差异均有统计学意义(DataSetmRNAseq_325,P<0.0001;DataSetmRNAseq_693,P=0.0018)。随着COL1A1表达升高,Non-codel 1P19q、Wildtype IDH、un-methylated MGMT等胶质瘤特异性标志物的表达也更密集。Heatmap生存分析图显示,高表达COL1A1基因的患者总体生存率低于低表达患者。GO分析与KEGG分析结果显示,COL1A1基因可能通过细胞胞外区(extracellular region)、内质网内腔(endoplasmic reticulum lumen)、细胞外间隙(extracellular space)、细胞外基质结构成分(extracellular matrix structural constituent)、细胞胶原结合(collagen binding)、整合素结合蛋白(integrin binding)发挥其生物学功能。GSVA富集分析结果符合GO、KEGG分析结果,COL1A1基因表达与上述基因功能呈正相关。Circos图提示,与脑胶质瘤最密切的免疫检查点是信号调节蛋白(SIRP)。STRING数据库结果显示,与COL1A1基因相互作用的基因共有10个。结论COL1A1基因与脑胶质瘤分期密切相关,与患者预后、疾病的恶性进展特征有关,可作为胶质瘤潜在的分子标志物。 展开更多
关键词 脑胶质瘤 col1A1基因 生存预后
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circ_0010423通过吸附miR-423-5p和miR-3184-5p上调COL1A1对宫颈癌恶性生物学行为的影响
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作者 毛雪宝 王秀虹 +3 位作者 邱彬 李美灵 马丹 蒋金朋 《现代肿瘤医学》 CAS 2024年第11期2001-2009,共9页
目的:探讨环状RNA circ_0010423对宫颈癌细胞增殖、侵袭、迁移和上皮间充质转化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)的影响及机制。方法:采用qRT-PCR检测40对宫颈癌组织与癌旁组织、5种宫颈癌细胞株(HeLa、ME180、CaSki、HCC94和Si... 目的:探讨环状RNA circ_0010423对宫颈癌细胞增殖、侵袭、迁移和上皮间充质转化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)的影响及机制。方法:采用qRT-PCR检测40对宫颈癌组织与癌旁组织、5种宫颈癌细胞株(HeLa、ME180、CaSki、HCC94和SiHa)与正常宫颈上皮细胞株(End1/E6E7)中circ_0010423、miR-423-5p、miR-3184-5p及Ⅰ型胶原α1(collagen type I alpha 1 chain,COL1A1)的表达;SiHa细胞株中转染sh-NC(sh-NC组)、sh-circ_0010423(sh-circ_0010423组)、sh-circ_0010423+control vector(sh-circ_0010423+control vector组)及sh-circ_0010423+COL1A1 vector(sh-circ_0010423+COL1A1 vector组),CCK-8实验检测细胞增殖,Transwell侵袭和迁移实验检测细胞侵袭和迁移,Western blot法检测EMT标记物(E-cadherin、N-cadherin及Vimentin蛋白)表达;通过生信分析、荧光素酶及RIP实验验证circ_0010423与miR-423-5p、miR-3184-5p的靶向关系,miR-423-5p、miR-3184-5p与COL1A1的靶向关系。结果:与癌旁组织和正常宫颈上皮细胞株比较,宫颈癌组织和细胞株中circ_0010423、COL1A1表达水平升高,miR-423-5p、miR-3184-5p表达水平降低(P<0.05)。与sh-NC组比较,sh-circ_0010423组SiHa细胞24 h、48 h、72 h OD值、侵袭、迁移细胞数、N-cadherin、Vimentin蛋白表达水平均降低,E-cadherin蛋白表达升高(P<0.05)。COL1A1是miR-423-5p、miR-3184-5p靶基因,circ_0010423作为miR-423-5p、miR-3184-5p分子海绵解除对COL1A1的抑制作用。与sh-circ_0010423+control vector组比较,sh-circ_0010423+COL1A1 vector组SiHa细胞24 h、48 h、72 h OD值、侵袭、迁移细胞数、N-cadherin、Vimentin蛋白表达水平均升高,E-cadherin蛋白表达降低(P<0.05)。结论:circ_0010423在宫颈癌组织和细胞中表达上调,并可以通过吸附miR-423-5p和miR-3184-5p上调COL1A1表达,促进SiHa细胞增殖、侵袭、迁移及EMT,导致宫颈癌发展。 展开更多
关键词 circ_0010423 宫颈癌细胞 miR-423-5p miR-3184-5p col1A1
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萆薢分清颗粒对单侧输尿管梗阻肾纤维化大鼠mTOR、α-SMA、Col-Ⅰ蛋白表达影响研究
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作者 李根生 马鸿斌 +3 位作者 魏锦慧 何彩苹 翟书玲 马海兰 《现代中西医结合杂志》 CAS 2024年第2期167-172,183,共7页
目的 观察萆薢分清颗粒对单侧输尿管梗阻大鼠肾纤维化相关蛋白雷帕霉素靶蛋白(mTOR)、α-平滑肌肌动蛋白(α-SMA)、Ⅰ型胶原(Col-Ⅰ)的影响,探讨萆薢分清颗粒的肾脏保护作用。方法 取60只SPF级雄性SD大鼠,从中随机取10只作为空白组,其... 目的 观察萆薢分清颗粒对单侧输尿管梗阻大鼠肾纤维化相关蛋白雷帕霉素靶蛋白(mTOR)、α-平滑肌肌动蛋白(α-SMA)、Ⅰ型胶原(Col-Ⅰ)的影响,探讨萆薢分清颗粒的肾脏保护作用。方法 取60只SPF级雄性SD大鼠,从中随机取10只作为空白组,其余50只大鼠采用单侧输尿管梗阻术构建肾纤维化模型。将造模成功大鼠随机分为模型组、氯沙坦组及萆薢分清高、中、低剂量组,每组10只,萆薢分清高、中、低剂量组分别给予13.12 mL/(kg·d)、6.56 mL/(kg·d)、3.28 mL/(kg·d)萆薢分清颗粒溶液灌胃,氯沙坦组给予氯沙坦2.62 mL/(kg·d)灌胃,空白组和模型组给予等量生理盐水灌胃,均1次/d,连续灌胃4周。末次灌胃结束后检测尿白蛋白与尿肌酐的比值(ACR)、24 h尿蛋白量及血肌酐(SCr)、血尿素氮(BUN)水平,HE染色、Masson染色观察肾脏病理形态,免疫组化法及Western blot法分别检测大鼠肾脏组织中mTOR、α-SMA、Col-Ⅰ表达情况。结果 与空白组比较,模型组大鼠ACR、24 h尿蛋白量及SCr、BUN水平均明显升高(P均<0.05);肾脏发生明显纤维化病变;肾组织中mTOR、α-SMA、Col-Ⅰ阳性表达平均光密度值和蛋白相对表达量均明显升高(P均<0.05)。与模型组比较,氯沙坦组与萆薢分清高、中剂量组大鼠ACR、24 h尿蛋白量及SCr、BUN水平均明显降低(P均<0.05);肾纤维化病变较轻;肾组织中mTOR、α-SMA、Col-Ⅰ阳性表达平均光密度值和蛋白相对表达量均明显降低(P均<0.05)。结论 萆薢分清颗粒可减轻单侧输尿管梗阻大鼠肾纤维化,保护残存肾功能,机制可能与下调mTOR、α-SMA、Col-Ⅰ表达有关。 展开更多
关键词 单侧完全性输尿管梗阻 肾纤维化 大鼠 萆薢分清颗粒 雷帕霉素靶蛋白 α-平滑肌肌动蛋白 Ⅰ型胶原
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LncRNA COL1A2-AS1调控人瘢痕疙瘩成纤维细胞功能的研究 被引量:1
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作者 詹明峰 张文娟 +2 位作者 孙士芳 尚佩生 沈晓峰 《河北医药》 CAS 2023年第17期2565-2570,共6页
目的研究长链非编码RNA(LncRNA)Ⅰ型胶原α2自然反义转录物1(COL1A2-AS1)对人瘢痕疙瘩成纤维细胞增殖、凋亡、迁移的影响。方法在COL1A2-AS1的功能研究中将人成纤维细胞分为3组:空白组、空载组、COL1A2-AS1-过表达组。qRT-PCR检测miR-18... 目的研究长链非编码RNA(LncRNA)Ⅰ型胶原α2自然反义转录物1(COL1A2-AS1)对人瘢痕疙瘩成纤维细胞增殖、凋亡、迁移的影响。方法在COL1A2-AS1的功能研究中将人成纤维细胞分为3组:空白组、空载组、COL1A2-AS1-过表达组。qRT-PCR检测miR-181a-5p、TGF-β1、Smad7、Col-Ⅲ、COL1A2-AS1的表达。CCK-8法检测细胞增殖率,流式细胞术检测细胞凋亡,Transwell法检测细胞迁移,Western blot检测TGF-β1、Smad7、Col-Ⅲ蛋白的表达水平。双荧光素酶报告实验验证COL1A2-AS1与所预测的靶标miR-181a-5p的结合关系。结果与空载组比较,COL1A2-AS1-过表达组的人成纤维细胞增殖OD值、迁移细胞数以及Col-Ⅲ的表达都明显下调(P<0.05),而TGF-β1和Smad7的表达水平都明显升高(P<0.05)。与空载组比较,COL1A2-AS1-过表达组细胞的凋亡率增加(P<0.05)。另外,与空载组比较,COL1A2-AS1-过表达组明显抑制miR-181a-5p的表达(P<0.05),且经过双荧光素酶报告实验验证COL1A2-AS1和miR-181a-5p可直接结合。结论COL1A2-AS1直接靶向抑制miR-181a-5p的表达,并抑制人瘢痕疙瘩成纤维细胞的增殖和迁移,促进细胞的凋亡。 展开更多
关键词 col1A2-AS1 miR-181a-5p 瘢痕疙瘩 成纤维细胞 细胞凋亡
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COL4A4基因新突变致常染色体显性遗传Alport综合征一例并文献复习
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作者 郭婷 张建 +7 位作者 丁樱 杨晓青 翟文生 宋纯东 张霞 张博 高旭光 刘丽雅 《中国全科医学》 CAS 北大核心 2023年第18期2306-2310,共5页
Alport综合征(AS)是慢性肾脏病和终末期肾脏病(ESRD)的重要病因之一,是继常染色体显性遗传性多囊肾后第二常见的遗传性肾脏疾病。常染色体显性遗传是AS中非常少见的遗传方式,既往报道常染色体显性遗传AS(ADAS)患者进展至ESRD年龄较晚。... Alport综合征(AS)是慢性肾脏病和终末期肾脏病(ESRD)的重要病因之一,是继常染色体显性遗传性多囊肾后第二常见的遗传性肾脏疾病。常染色体显性遗传是AS中非常少见的遗传方式,既往报道常染色体显性遗传AS(ADAS)患者进展至ESRD年龄较晚。本文报道1例因发现尿检异常4年于2019-09-05就诊于河南中医药大学第一附属医院儿科肾脏病区确诊为ADAS患者的临床资料及基因检测结果并复习相关文献。报道了COL4A4基因新发变异c.3506-3528del(p.G1169Efs*13)所致ADAS家系(该家系中1名成员在31岁时已进展至ESRD)的临床、肾脏病理及基因突变情况,并总结了中国ADAS的文献报道,对该病的基因和临床表型、预后之间的关系做了较全面地分析。由于ADAS发病率低,此家系报道扩展了AS的基因突变谱,有助于提高临床医生对罕见发病的ADAS的认识和及时诊治。 展开更多
关键词 肾炎 遗传性 ALPORT综合征 常染色体显性遗传 基因检测 col4A4 终末期肾脏病 病例报告
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前交叉韧带损伤与胶原蛋白基因COL1A1、COL5A1及COL12A1的相关性 被引量:5
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作者 陈鸿 史荔 +6 位作者 张俊 赵道洪 史磊 陆秦楠 张启 段祺辉 舒嵩华 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2017年第12期1849-1854,共6页
背景:目前前交叉韧带损伤发生的病因尚不清楚,有学者认为内部因素和外部因素共同作用导致前交叉韧带的损伤,而作为内部危险因素之一的遗传因素逐渐受到人们的重视。有研究显示,胶原蛋白基因COL1A1,COL5A1和COL12A1与部分高加索人群前交... 背景:目前前交叉韧带损伤发生的病因尚不清楚,有学者认为内部因素和外部因素共同作用导致前交叉韧带的损伤,而作为内部危险因素之一的遗传因素逐渐受到人们的重视。有研究显示,胶原蛋白基因COL1A1,COL5A1和COL12A1与部分高加索人群前交叉韧带损伤相关。目的:探索COL1A1,COL5A1和COL12A1基因多态性与中国汉族人群前交叉韧带损伤发生的关系。方法:收集105名前交叉韧带损伤的汉族患者和110例无前交叉韧带损伤史的汉族个体作为对照,通过限制性片段长度多态性分析、测序技术对COL1A1基因内含子1区的rs1800012,COL5A1基因3’-UTR区的rs12722和rs13946,COL12A1基因外显子65和29区的rs970547和rs240736进行检测并分型。结果与结论:COL1A1和COL5A1基因的rs1800012,rs12722和rs13946基因型、基因表型及单倍型在前交叉韧带损伤病例和对照组中未见显著差异;COL12A1基因的rs970547和rs240736基因型、基因表型及单倍型在前交叉韧带损伤病例和对照组中未见显著差异。但在2组男性前交叉韧带患者中rs970547基因频率差异有显著性意义。说明在中国汉族人群,COL1A1基因Sp1结合位点rs1800012不是中国汉族人群前交叉韧带损伤发生的易感位点;COL5A1基因rs12722和rs13946与中国汉族人群前交叉韧带损伤发生的关联作用不大;COL12A1基因的rs970547和rs240736与中国男性前交叉韧带损伤有一定相关性,携带有COL12A1基因rs970547 A等位基因及AA基因型的男性个体可能增加前交叉韧带损伤的患病风险。 展开更多
关键词 组织构建 组织工程 中国汉族人群 前交叉韧带损伤 胶原蛋白基因 col1A1 col5A1 col12A1 单核苷酸多态性 易感性
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黄芪注射液通过miR-29a-3p/COL1A1信号轴干预肺纤维化的机制研究 被引量:1
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作者 周飘 杜婧 +4 位作者 吴程 周芮 安丽萍 王飞 杜全宇 《中华中医药学刊》 CAS 北大核心 2023年第3期107-110,I0026,共5页
目的探究黄芪注射液对肺纤维化的干预作用及可能机制。方法利用TargetScanHuman网站预测miR-29a-3p的靶基因。气管内注入博来霉素以构建肺纤维化大鼠模型。大鼠随机分为假手术组、博来霉素组、吡非尼酮组、黄芪注射液低剂量组和高剂量组... 目的探究黄芪注射液对肺纤维化的干预作用及可能机制。方法利用TargetScanHuman网站预测miR-29a-3p的靶基因。气管内注入博来霉素以构建肺纤维化大鼠模型。大鼠随机分为假手术组、博来霉素组、吡非尼酮组、黄芪注射液低剂量组和高剂量组,分别予生理盐水腹腔注射、吡非尼酮灌胃、黄芪注射液低剂量和高剂量腹腔注射。连续给药28 d后,用肺功能仪测定肺通气指标,Masson染色和天狼猩红染色观察肺组织镜下胶原沉积情况,实时定量聚合酶链反应(real-time quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)检测肺组织miR-29a-3p和Ⅰ型胶原α1链基因(type I alpha 1 chain collagen gene,COL1A1)mRNA表达量。结果miR-29a-3p与COL1A1之间具有良好的靶向调控关系。与假手术组相比,博来霉素组大鼠肺动态顺应性(Cydn)显著下降,而吸气相气道阻力(RL)、呼气相气道阻力(Re)显著提高,肺组织COL1A1 mRNA表达显著提高且镜下胶原沉积明显增多(P<0.01)。与博来霉素组相比,各给药组Cydn显著提高,而RL、Re显著下降(P<0.01),黄芪低、高剂量组用力肺活量(FVC)显著提高(P<0.05,P<0.01),各给药组肺组织miR-29a-3p表达均有上升趋势,但仅黄芪低剂量组与博来霉素组比较差异有显著统计学意义(P<0.01),各给药组肺组织COL1A1 mRNA表达显著下降且镜下胶原沉积明显减少(P<0.01)。结论黄芪注射液能够通过miR-29a-3p/COL1A1信号轴减少肺内胶原沉积并改善博来霉素诱导的肺纤维化大鼠模型的肺通气障碍。 展开更多
关键词 黄芪注射液 肺纤维化 miR-29a-3p col1A1 胶原沉积
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浅色黄姑鱼Ⅰ型胶原蛋白α2(COL1A2)基因的克隆及表达分析
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作者 荣华 凌钰 +5 位作者 豆腾飞 黄英 王晓雯 孔令富 毕保良 王金浩 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2023年第5期786-794,共9页
【目的】通过克隆浅色黄姑鱼(Nibea coibor)Ⅰ型胶原蛋白α2(COL1A2)基因,分析其分子特征、组织分布及表达差异,为鱼类胶原蛋白代谢机制研究奠定理论基础。【方法】通过cDNA末端快速扩增(rapid amplification of cDNA ends,RACE)技术获... 【目的】通过克隆浅色黄姑鱼(Nibea coibor)Ⅰ型胶原蛋白α2(COL1A2)基因,分析其分子特征、组织分布及表达差异,为鱼类胶原蛋白代谢机制研究奠定理论基础。【方法】通过cDNA末端快速扩增(rapid amplification of cDNA ends,RACE)技术获得浅色黄姑鱼COL1A2基因全长序列,利用生物信息学分析方法对其进行系统分析,探讨其分子特征及组织表达谱。【结果】COL1A2 cDNA序列长5826 bp,编码1352个氨基酸。BLAST同源性比对和系统进化树分析表明:浅色黄姑鱼与大黄鱼(Larimichthys crocea)同属石首鱼科(Sciaenidae),亲缘关系最近,且两者COL1A2的氨基酸序列同源性最高(96.60%)。生物信息学分析显示:COL1A2多肽链包含脊椎动物Ⅰ型胶原蛋白的所有特征,如相同的信号肽、C-前肽和N-前肽结构域以及三重螺旋结构域等。qRT-PCR结果显示:鱼鳔中COL1A2基因的表达显著高于其他组织(P<0.05),且胶原蛋白在不同组织中的分布规律与其一致。【结论】本研究首次克隆了浅色黄姑鱼COL1A2基因(GenBank登录号:MK641513),该基因的组织表达特异性是引起胶原蛋白差异化沉积的原因之一。研究结果有助于深入探究胶原蛋白的生物合成途径及调控机制。 展开更多
关键词 浅色黄姑鱼 col1A2 CDNA克隆 表达分析 组织分布
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甘菊ClCOL16基因的克隆与功能初步研究
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作者 陈新娜 张利英 +3 位作者 喻锌 陈东亮 黄丛林 李彦慧 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期366-373,共8页
CO基因通过光周期途径整合昼夜规律、光信号以及分生组织相关基因来调节开花时间,在植物成花过程中起着至关重要的作用。该研究利用RT-PCR法从甘菊(Chrysanthemum lavandulifolium)中克隆得到一个CO家族基因,命名为ClCOL16(GenBank登录... CO基因通过光周期途径整合昼夜规律、光信号以及分生组织相关基因来调节开花时间,在植物成花过程中起着至关重要的作用。该研究利用RT-PCR法从甘菊(Chrysanthemum lavandulifolium)中克隆得到一个CO家族基因,命名为ClCOL16(GenBank登录号:AOA52174);采用农杆菌介导的花序浸染法转化拟南芥,抗性筛选并经过PCR鉴定得到T3代转基因植株;随机抽取6个转基因拟南芥株系与野生型(WT)共同于长日照环境(16 h/8 h光暗交替)培养,观察其表型,并于定植后37 d检测WT和转基因拟南芥植株叶片的ClCOL16表达,以明确甘菊ClCOL16基因在植物光周期调控开花中的作用,为进一步解析菊花花期调控机理奠定基础。结果显示:(1)甘菊ClCOL16基因含有一个1 278 bp的编码框,编码425个氨基酸;ClCOL16编码蛋白含有一个B-box和一个CCT保守结构域,为典型的CO家族第Ⅲ组成员。(2)NCBI同源比对分析显示,ClCOL16蛋白与除虫菊COL16蛋白(GenBank登录号:GEZ38716.1)的一致性最高,达到94.38%。(3)荧光定量分析显示,ClCOL16基因为组成型表达,在叶片中的表达量最高,其表达受生物钟调节,在短日照调控下表现出明显的昼夜节律。(4)异位表达结果显示,与野生型拟南芥相比,转ClCOL16基因拟南芥株系的花期提前了7 d,莲座叶减少了3~4片,叶片中ClCOL16基因的表达量均显著提高,表明ClCOL16基因能够促进转基因拟南芥开花。研究推测,甘菊ClCOL16基因可能是甘菊响应光信号、参与菊花光周期开花途径调控的重要基因。 展开更多
关键词 甘菊 col16 花期调控 异位表达
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儿童Alport综合征COL4A5基因型及临床特点分析
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作者 黄唯 刘翠华 +5 位作者 李纪同 刘玉洁 李玉柳 田明 曹广海 张书锋 《中国当代儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期732-738,共7页
目的探讨儿童Alport综合征(Alportsyndrome,AS)致病基因COL4A5基因型与临床表型的特点。方法回顾性分析19例存在COL4A5基因突变的AS患儿的基因检测结果和临床资料。结果19例COL4A5基因突变导致的AS患儿中,1例(5%)存在COL4A5基因新突变位... 目的探讨儿童Alport综合征(Alportsyndrome,AS)致病基因COL4A5基因型与临床表型的特点。方法回顾性分析19例存在COL4A5基因突变的AS患儿的基因检测结果和临床资料。结果19例COL4A5基因突变导致的AS患儿中,1例(5%)存在COL4A5基因新突变位点c.3372A>G(p.P1124=),其表现为AS合并IgA血管炎肾炎;3例(16%)存在COL4A5基因大片段缺失,其中2例(例7为新突变位点:loss51-53)起病即存在肉眼血尿和蛋白尿,1例(例13,存在新突变位点:loss3-53)仅有镜下血尿;其余15例(79%)患儿均为AS的常见临床表型,其中7例存在COL4A5基因新突变位点。3例(16%)患儿合并COL4A4基因突变,1例(5%)合并COL4A3基因突变,在这些双基因突变患儿中有2例起病即为肉眼血尿合并蛋白尿。结论该研究拓展了AS致病基因COL4A5的基因型和表型谱;发生COL4A5基因大片段缺失突变或COL4A5合并COL4A3或COL4A4的双基因突变患儿的临床表现更严重。 展开更多
关键词 ALPORT综合征 col4A5基因 基因型 临床表型 儿童
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LncRNA COL11A1-208在胃癌中的表达及对细胞增殖、侵袭和迁移的影响
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作者 陈冲 徐康 +2 位作者 童诚 崔建华 张祖芳 《中国实验诊断学》 2023年第11期1320-1325,共6页
目的探究长链非编码RNA(LncRNA)COL11A1-208在胃癌(GC)中的表达及对细胞增殖、侵袭和迁移的影响。方法收集49例GC患者的癌组织及癌旁组织标本,体外培养人正常胃黏膜上皮细胞(GES-1)及人GC细胞(AGS、MGC-803、MKN-45、BGC-823、SGC-7901)... 目的探究长链非编码RNA(LncRNA)COL11A1-208在胃癌(GC)中的表达及对细胞增殖、侵袭和迁移的影响。方法收集49例GC患者的癌组织及癌旁组织标本,体外培养人正常胃黏膜上皮细胞(GES-1)及人GC细胞(AGS、MGC-803、MKN-45、BGC-823、SGC-7901),qRT-PCR检测癌旁组织、癌组织及各GC细胞中COL11A1-208表达情况。对SGC-7901细胞进行转染并将其分为Ctrl组(未进行转染)、pcDNA3.1组(转染pcDNA3.1载体)、pcDNA3.1-COL11A1-208组(转染pcDNA3.1-COL11A1-208)、si-NC组(转染si-NC)、si-COL11A1-208组(转染si-COL11A1-208),qRT-PCR验证转染效果;CCK-8实验、克隆形成实验检测各组SGC-7901细胞增殖;Transwell实验检测各组SGC-7901细胞侵袭;划痕愈合实验检测各组SGC-7901细胞迁移;Western Blot检测各组SGC-7901细胞增殖、侵袭和迁移相关蛋白[Ki67、细胞周期蛋白D1(Cyclin D1)、基质金属蛋白酶9(MMP9)、神经型钙黏附蛋白(N-cadherin)]表达。结果与癌旁组织比较,GC癌组织中COL11A1-208表达增加(P<0.05);与GES-1细胞比较,AGS细胞、MGC-803细胞、MKN-45细胞、BGC-823细胞、SGC-7901细胞中COL11A1-208表达均增加(P<0.05),且SGC-7901细胞增加更多;与Ctrl组、pcDNA3.1组、si-NC组比较,pcDNA3.1-COL11A1-208组SGC-7901细胞中COL11A1-208表达增加(P<0.05),SGC-7901细胞增殖率、克隆数、侵袭数、划痕面积愈合率及Ki67、Cyclin D1、MMP9、N-cadherin表达均增加(P<0.05),si-COL11A1-208组SGC-7901细胞中COL11A1-208表达减少(P<0.05),SGC-7901细胞增殖率、克隆数、侵袭数、划痕面积愈合率及Ki67、Cyclin D1、MMP9、N-cadherin表达均减少(P<0.05)。结论COL11A1-208在GC中高表达,其可促进SGC-7901细胞增殖、侵袭和迁移,COL11A1-208可能为GC一个潜在的生物标志物。 展开更多
关键词 长链非编码RNA col11A1-208 胃癌 增殖 侵袭 迁移
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乳腺癌中COL17A1表达的意义及其免疫相关性
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作者 仝洁 陆进 +3 位作者 荀丽雪 丁渡山 杨帆 张浩轩 《中国医科大学学报》 CAS 北大核心 2023年第4期318-326,共9页
目的基于生物信息学分析乳腺癌中COL17A1表达的意义及其免疫相关性。方法利用各种数据库分析COL17A1在乳腺癌中的表达情况、差异表达基因、基因本体论(GO)功能注释和京都基因和基因组数据库(KEGG)通路富集分析、与淋巴细胞浸润和趋化因... 目的基于生物信息学分析乳腺癌中COL17A1表达的意义及其免疫相关性。方法利用各种数据库分析COL17A1在乳腺癌中的表达情况、差异表达基因、基因本体论(GO)功能注释和京都基因和基因组数据库(KEGG)通路富集分析、与淋巴细胞浸润和趋化因子相关性以及患者生存预后分析。Western blotting和实时定量PCR(qRT-PCR)检测乳腺癌细胞中COL17A1的表达。结果与正常乳腺组织比较,COL17A1在乳腺癌不同状态(肿瘤分期,年龄,绝经前、中、后和淋巴结转移等)均表达降低(均P<0.05);并且COL17A1低表达与患者低生存率相关。COL17A1差异表达基因的GO功能分析结果显示主要富集在表皮发育与形成、细胞-细胞间连接和钙离子结合等;KEGG通路富集分析显示主要富集在PI3K-AKT信号通路。Western blotting和qRT-PCR检测结果显示,与MCF-10A细胞比较,不同乳腺癌细胞中COL17A1的表达均显著降低(均P<0.0001)。乳腺癌组织中COL17A1与CCL14、CCL21、CX3CL1和CCL19等趋化因子和CCR6、CX3CR1等趋化因子受体水平相关(均P<0.001);COL17A1与Th17细胞、活化B细胞和肥大细胞等免疫淋巴细胞浸润相关(均P<0.001)。结论乳腺癌组织和细胞中COL17A1呈低表达;COL17A1低表达与患者不良预后显著相关。COL17A1可作为乳腺癌免疫治疗的潜在靶点。 展开更多
关键词 乳腺癌 col17A1表达 生物信息学
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全杜仲胶囊对犬股骨头坏死骨组织病理变化及RUNX2、COL-1蛋白表达的影响
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作者 邓小磊 尹鹏开 +1 位作者 魏巍 侯德才 《中华中医药学刊》 CAS 北大核心 2023年第10期238-241,I0042,I0043,共6页
目的 观察全杜仲胶囊对犬股骨头骨组织中的变化及对转录因子(RUNX2)、1型胶原蛋白(COL-1)蛋白表达的影响,探讨其修复股骨头坏死的机制。方法 选取健康成年比格犬(雌雄各6只,共12只,分笼饲养),随机数字表法分为正常组、模型组、全杜仲胶... 目的 观察全杜仲胶囊对犬股骨头骨组织中的变化及对转录因子(RUNX2)、1型胶原蛋白(COL-1)蛋白表达的影响,探讨其修复股骨头坏死的机制。方法 选取健康成年比格犬(雌雄各6只,共12只,分笼饲养),随机数字表法分为正常组、模型组、全杜仲胶囊组、仙灵骨葆胶囊组,每组3只。除正常组外,其余3组均采用液氮冷冻法制备双侧股骨头坏死模型。术后第2天开始药物干预,正常组等量生理盐水灌胃,连续12周。观察犬的一般情况,苏木精-伊红染色法(HE)观察犬股骨头组织形态学改变;实时逆转录PCR(Real time RT-PCR)检测RUNX2、COL-1mRNA表达;免疫组化法检测RUNX2、COL-1蛋白表达。结果 与模型组相比较,HE病理染色方面,全杜仲组及仙灵骨葆胶囊组骨小梁面积、骨小梁体积有所恢复;免疫组化方面,与模型组相比,全杜仲胶囊组、仙灵骨葆胶囊组RUNX2蛋白和COL-1蛋白表达上升(P<0.05);Real time RT-PCR检测结果显示RUNX2、COL-1mRNA表达上升(P<0.05)。结论 全杜仲胶囊可以改善犬股骨头坏死组织的变化,这可能是通过调节COL-1及RUNX2蛋白及mRNA的表达调节骨代谢,进而达到防治股骨头坏死的目的。 展开更多
关键词 全杜仲胶囊 股骨头坏死 RUNX2 col-1
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以COL4A5基因突变为主Alport综合征临床分析
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作者 刘益男 张永桃 +4 位作者 余韶卫 罗立荣 黄逸辉 于生友 于力 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2023年第21期2768-2774,共7页
目的对COL4A5基因突变的X连锁遗传的Alport综合征(X-linked Alport syndrome,XLAS)患儿的临床表型及基因突变类型进行分析,探讨XLAS患儿与肾病综合征肾炎型的关系。方法纳入2016年4月至2023年4月期间在医院经二代测序发现COL4A5基因突... 目的对COL4A5基因突变的X连锁遗传的Alport综合征(X-linked Alport syndrome,XLAS)患儿的临床表型及基因突变类型进行分析,探讨XLAS患儿与肾病综合征肾炎型的关系。方法纳入2016年4月至2023年4月期间在医院经二代测序发现COL4A5基因突变最终确诊为Alport综合征的32例患儿,回顾性分析其临床病理特征与基因突变特点。结果XLAS患儿平均起病年龄(3.68±2.07)岁,平均确诊年龄(6.56±2.95)岁,以孤立性血尿起病12例(37.5%),以血尿和蛋白尿起病8例(25%),以肾病综合征肾炎型起病12例(37.5%),患儿家族史阳性有11例(34.4%),眼部病变3例(9.37%),耳部病变6例(18.75%),后期随访发现7例(21.87%)患儿已发展为慢性肾脏病(chronic kidney disease,CKD)。21例患儿行肾脏组织穿刺活检,电镜表现为基底膜变薄(弥漫性或节段性)13例(61.9%),基底膜厚薄不均8例(38.09%);光镜:局灶节段肾小球硬化(FSGS)2例(9.52%),系膜增生性肾小球肾炎(Ms PGN)11例(52.38%),微小病变(MCD)8例(38.09%)。基因突变类型分为错义突变12例(37.5%)、剪切位点突9例(28.12%)、无义突变6例(18.75%)、缺失突变3例(9.37%)、移码突变2例(6.25%)。遗传突变22例(68.75%);自发突变10例(27.02%)。结论XLAS患儿在疾病早期临床表现和病理特征均不典型,进展缓慢,部分患儿早期易误诊为肾病综合征肾炎型,对于疑似本病尽早完善基因检测,合理药物选择,科学预测预后。 展开更多
关键词 col4A5 ALPORT综合征 肾病综合征肾炎型 临床
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COL4A1基因相关脑穿通畸形1例报告并文献复习
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作者 蒋琼 朱会 +6 位作者 王齐艳 罗泽民 龙萍萍 曾兰 石镜懿 周家吉 朱书瑶 《中国生育健康杂志》 2023年第4期370-372,387,共4页
本文报道1例COL4A1基因变异相关的脑穿通畸形患儿。该患儿为2岁9月男性,胎儿期超声示双侧脑室不等大,生后全面发育落后,反复癫疒间发作,偏瘫,社交障碍、兴趣单一,MRI示脑穿通畸形。脑电图可见多灶性棘波/尖波。儿童孤独症评定量表(CARS... 本文报道1例COL4A1基因变异相关的脑穿通畸形患儿。该患儿为2岁9月男性,胎儿期超声示双侧脑室不等大,生后全面发育落后,反复癫疒间发作,偏瘫,社交障碍、兴趣单一,MRI示脑穿通畸形。脑电图可见多灶性棘波/尖波。儿童孤独症评定量表(CARS)重度异常。家系Trio全外显子测序检测发现患儿COL4A1基因存在c.2245G>A(p.G749S)新生杂合变异。Sanger测序未发现其父母携带上述突变。该突变在人类基因数据库中已有2个家系报道,国内尚无报道。COL4A1基因变异是婴儿脑发育不良的重要因素,常有癫疒间,偏瘫,全面发育落后,需及时完成基因测序以提供有效的遗传咨询。 展开更多
关键词 col4A1 基因变异 脑穿通畸形
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COL4A1是胃腺癌患者预后不良的独立预测因素 被引量:1
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作者 鲁修明 李小祺 +1 位作者 徐皓 姚寒晖 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期123-130,共8页
目的:Ⅳ型胶原蛋白α1(COL4A1)已被报道可促进不同癌型进展,本研究探讨其在胃腺癌(STAD)中的表达、生物学作用及预后意义。方法:运用生物信息学方法,使用GEPIA、The HumanProtein Atlas、TCGA、LinkedOmics等数据库预测COL4A1在STAD中... 目的:Ⅳ型胶原蛋白α1(COL4A1)已被报道可促进不同癌型进展,本研究探讨其在胃腺癌(STAD)中的表达、生物学作用及预后意义。方法:运用生物信息学方法,使用GEPIA、The HumanProtein Atlas、TCGA、LinkedOmics等数据库预测COL4A1在STAD中的表达、生物学作用及预后意义。基于TCGA数据库构建预测STAD患者预后的Nomogram模型。通过体外实验研究COL4A1对AGS增殖、迁移及对PI3K-AKT信号通路的影响。结果:(1)COL4A1在STAD组织中高表达;在结直肠癌、淋巴瘤、头颈部癌、胃癌、肝癌等组织中显著上调。COL4A1高表达患者的预后低于低表达患者(P<0.05);(2)COL4A表达水平与B细胞水平呈负相关(P<0.05);与CD4 T细胞、CD8 T细胞、中性粒细胞、巨噬细胞及树突状细胞水平呈正相关(P<0.05)。COL4A1表达水平与较多药物敏感相关,如生物靶向治疗肿瘤药物(乐伐替尼、埃罗替尼、依鲁替尼)或治疗STAD患者常见化疗药物紫杉醇及奥沙利铂;(3)多因素Cox风险比例回归模型分析结果显示,COL4A1、年龄、TNM分期(Ⅲ期及Ⅳ期)、放射治疗(否)是STAD患者病死的危险因素(P<0.05)。内部数据集验证结果显示C-index为0.727(95%CI:0.651~1.000)。一年、三年及五年决策曲线分析结果显示,该Nomogram模型的临床净收益明显高于单个指标;(4)在AGS细胞中抑制COL4A1可抑制细胞活力、集落形成能力及迁移和侵袭能力。蛋白质印迹分析显示,抑制COL4A1可显著降低p-AKT和p-PI3K表达水平(P<0.05),但不影响AKT和PI3K的总表达水平(P>0.05)。结论:COL4A1表达水平是STAD患者预后不良的独立预测因素,可作为评估预后的肿瘤标志物,而靶向COL4A1的药物开发可能为STAD的治疗开辟新的治疗策略。 展开更多
关键词 胃腺癌 col4A1 TCGA GEO NOMOGRAM 预后
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Aberrant expression of COL4A1 in age-related cataract and its effect on cell proliferation,apoptosis and gene expression changes 被引量:1
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作者 Dan Zhu Peng Li +2 位作者 Li Wang Yuan He Hui-Zi Zhang 《International Journal of Ophthalmology(English edition)》 SCIE CAS 2023年第3期333-341,共9页
AIM:To evaluate the regulation of the aberrant expression of collagen typeⅣalpha 1 chain(COL4A1)in the development of age-related cataract(ARC).METHODS:Quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction(qRT... AIM:To evaluate the regulation of the aberrant expression of collagen typeⅣalpha 1 chain(COL4A1)in the development of age-related cataract(ARC).METHODS:Quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction(qRT-PCR)and Western blot analysis were employed to evaluate the expression of COL4A1 in ARC patients and healthy controls.The proliferation,apoptosis,cell cycle and epithelial-mesenchymal transition(EMT)of human lens epithelial cell(HLE-B3)were further analyzed under the condition of COL4A1 gene silence.Alteration of gene expression at mRNA level after knockdown COL4A1 were also evaluated by qRT-PCR on HLE-B3 cells.RESULTS:The aberrant expression of COL4A1 was identified a clinically associated with the ARC.Silencing of COL4A1 promoted the apoptosis and inhibited the proliferation of HLE-B3 by blocking the cell cycle.Moreover,COL4A1 gene silence didn’t affect the cytoskeleton of HLE-B3 but down-regulated the Collagen typeⅣAlpha 2 Chain(COL4A2),paired box 6(PAX6),procollagen-lysine 2-oxoglutarate 5-dioxygenases 1(PLOD1)and procollagenlysine 2-oxoglutarate 5-dioxygenases 2(PLOD2)expression levels in HLE-B3 cells.Silencing the COL4A1 gene induced EMT of the HLE-B3 cells by promoting the transforming growth factor beta(TGF-β)expression.CONCLUSION:Silencing of COL4A1 induces S-phase arrest,also inhibits the proliferation and enhance HLE-B3 apoptosis and EMT,and down-regulates the expression of COL4A2,PAX6,PLOD1 and PLOD2.Thus,the expression alteration of COL4A1 may play a critical role in the pathogenesis of ARC. 展开更多
关键词 age-related cataracts col4A1 human lens epithelial cell
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