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Development and Application of First-Principles Electronic Structure Approach for Molecules in Solution Based on Fully Polarizable Continuum Model
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作者 ZHAN Chang-Guo 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2011年第1期1-10,共10页
关键词 摘要 编辑部 编辑工作 读者
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Studies of Solvent Effects on Structure and Low Frequency Vibrational Spectra of 2,4-Dinitrotoluene
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作者 WANG Lin JIN Ming-xing LIU Hang DING Da-jun 《Chemical Research in Chinese Universities》 SCIE CAS CSCD 2009年第3期373-376,共4页
Solvent effects on 2,4-dinitrotoluene(2,4-DNT) molecule in different solvents(toluene, ethanol, and water) were studied via DFT PCM method at B3LYP/6-311+G(d,p) level. The influences of these solvents on the mo... Solvent effects on 2,4-dinitrotoluene(2,4-DNT) molecule in different solvents(toluene, ethanol, and water) were studied via DFT PCM method at B3LYP/6-311+G(d,p) level. The influences of these solvents on the molecular structure, vibrational spectra, charge distribution, and dipole moment were studied as well. The results show that PCM computations are successful in describing the vibrational spectra of 2,4-DNT molecules in these solutions and the solvent effects on the low frequency vibrational spectra are weak. 展开更多
关键词 Density functional theory solvent effect Polarizable continuum model 2 4-Dinitrotoluene
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亚硝基苯与甲醛的反应机理和溶剂效应的理论研究 被引量:1
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作者 黎安勇 郑天龙 苗树青 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2008年第13期1529-1533,共5页
采用密度泛函理论方法RB3LYP/6-311++G(d,p)研究了亚硝基苯与甲醛在单重态势能面上分别在气相和溶剂中的反应机理.找到两条反应通道:协同机理和分步机理,均生成实验产物N-苯基氧肟酸C6H5NOHCHO.计算结果表明:亚硝基苯与甲醛在气相中分... 采用密度泛函理论方法RB3LYP/6-311++G(d,p)研究了亚硝基苯与甲醛在单重态势能面上分别在气相和溶剂中的反应机理.找到两条反应通道:协同机理和分步机理,均生成实验产物N-苯基氧肟酸C6H5NOHCHO.计算结果表明:亚硝基苯与甲醛在气相中分步机理为主要通道.采用导电极化连续介质模型研究了反应体系在水、乙醇、乙腈、二氯甲烷、四氢呋喃、环己烷溶液中反应的溶剂化效应,这些溶剂可降低反应的活化能,但反应对溶剂的极性不敏感.无论在气相还是溶剂中,亚硝基苯与甲醛的分步机理为优势通道. 展开更多
关键词 亚硝基苯 甲醛 溶剂效应 极化连续模型
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溶剂对2-(N-甲基)氨基-5-硝基吡啶光学性质的影响
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作者 黄志敏 韩奎 +3 位作者 李海鹏 逯振平 张文涛 唐刚 《中国矿业大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第6期858-863,共6页
基于自洽反应场(SCRF)中的极化连续介质模型(PCM),采用从头算HF/6-31G方法优化了标题分子2-(N-甲基)氨基-5-硝基吡啶在不同溶剂中的几何结构,采用含时密度泛函方法,在B3LYP理论水平下,利用6-31+G(d,p)基组,计算了不同溶剂中该分子的紫... 基于自洽反应场(SCRF)中的极化连续介质模型(PCM),采用从头算HF/6-31G方法优化了标题分子2-(N-甲基)氨基-5-硝基吡啶在不同溶剂中的几何结构,采用含时密度泛函方法,在B3LYP理论水平下,利用6-31+G(d,p)基组,计算了不同溶剂中该分子的紫外吸收光谱.系统研究了溶剂对2-(N-甲基)氨基-5-硝基吡啶分子的构型、紫外吸收光谱和非线性光学(NLO)性质的影响.结果表明:随着溶剂相对介电常数rε的增大,2-(N-甲基)氨基-5-硝基吡啶分子电偶极矩、线性极化率和第一超极化率都增大,并且在rε>10后,溶剂对分子构型、分子NLO性质以及分子吸收峰的影响趋于平缓.此外,氢键对分子NLO性质的影响较大,但PCM模型不能较好的描述这种氢键作用. 展开更多
关键词 极化连续介质模型(PCM) 溶剂效应 第一超极化率 氢键作用
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MD/QM/CSM方法计算β-环糊精及其衍生物对二甲四氯的包合机理 被引量:3
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作者 周玉梅 周宝晶 +4 位作者 聂雪玫 叶仁龙 贡雪东 朱卫华 肖鹤鸣 《化工进展》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第12期4185-4190,共6页
利用β-环糊精(β-CD)及其衍生物控制二甲四氯农药分子的释放是目前研究的热点。本文使用一种最近发展的分子动力学/量子力学/连续介质溶剂模型(MD/QM/CSM)方法计算β-CD及其甲基、羟丙基衍生物对二甲四氯(MPCA)农药分子的包合机理。揭... 利用β-环糊精(β-CD)及其衍生物控制二甲四氯农药分子的释放是目前研究的热点。本文使用一种最近发展的分子动力学/量子力学/连续介质溶剂模型(MD/QM/CSM)方法计算β-CD及其甲基、羟丙基衍生物对二甲四氯(MPCA)农药分子的包合机理。揭示了溶剂效应在决定对这3种CD相对包合能力时发挥了主导作用,而真空包合自由能顺序与溶剂中的正好相反。算得的3个体系包合能力强弱排序为:DM-β-CD>HP-β-CD>β-CD,与实验测量结果一致,且线性相关度达到R=0.99。结果表明:MD/QM/CSM方法对于计算不同主体的超分子复合物体系的相对稳定性是可靠的。 展开更多
关键词 计算化学 热力学性质 隐溶剂模型 包合自由能 环糊精
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XH-NH_3(X=F,Cl,Br)质子传递的溶剂效应:簇模型,连续介质模型和离散-连续组合模型的比较
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作者 曹志霁 莫亦荣 +1 位作者 林梦海 张乾二 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第18期1683-1688,共6页
分别采用分子簇模型、连续介质模型和离散 -连续组合模型研究了XH NH3 (X =F ,Cl ,Br)分子内质子传递的溶剂效应 .结果表明 ,对于弱酸性化合物FH NH3 ,其溶剂效应主要为短程作用 ,3个H2 O分子即可使其发生质子传递 ,而简单的连续介质模... 分别采用分子簇模型、连续介质模型和离散 -连续组合模型研究了XH NH3 (X =F ,Cl ,Br)分子内质子传递的溶剂效应 .结果表明 ,对于弱酸性化合物FH NH3 ,其溶剂效应主要为短程作用 ,3个H2 O分子即可使其发生质子传递 ,而简单的连续介质模型得到的仍为分子化合物形式 ,需进一步包含溶剂效应短程作用 .对于强酸性化合物ClH NH3 和BrH NH3 ,较弱的溶剂效应即可促使其发生质子传递 ,分子簇模型和连续介质模型均可合理描述 ,且与离散 -连续组合模型的结果相近 .离散 -连续组合模型既在从头算水平考虑了溶质分子和第一溶剂化层中溶剂分子间的短程作用 ,又包含了溶剂效应的长程静电作用 ,能更准确地描述溶剂化作用 ,且对弱酸性化合物和强酸性化合物体系均适用 . 展开更多
关键词 质子传递 溶剂效应 分子簇模型 连续介质模型 离散-连续组合模型 FH-NH3 ClH-NH3 Br-NH3 量子化学
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甲酸苯酯氨解反应的机理和溶剂效应的理论研究 被引量:2
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作者 金鹿 吴勇 +3 位作者 薛英 郭勇 谢代前 鄢国森 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第9期873-878,共6页
采用密度泛函理论方法B3LYP/6-31G(d,p)研究了甲酸苯酯与氨在气相中的反应机理.考虑了两条可能的反应途径:中性协同的和中性分步的机理.采用自洽反应场极化连续模型(CPCM模型)研究了反应体系在水、乙醇和乙腈溶液中反应的溶剂化效应.计... 采用密度泛函理论方法B3LYP/6-31G(d,p)研究了甲酸苯酯与氨在气相中的反应机理.考虑了两条可能的反应途径:中性协同的和中性分步的机理.采用自洽反应场极化连续模型(CPCM模型)研究了反应体系在水、乙醇和乙腈溶液中反应的溶剂化效应.计算结果表明气相和溶液中协同机理均是最优途径.水、乙醇和乙腈溶剂可降低协同途径的活化能,溶剂化效应的大小对溶剂的极性不敏感. 展开更多
关键词 氨解反应 甲酸苯酯 溶剂效应 极化连续模型
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5-氟胞嘧啶与H_2O脱氨基反应的理论研究(英文)
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作者 陈泽琴 《西华师范大学学报(自然科学版)》 2010年第2期154-162,共9页
采用MP2/6-31+G(d)和B3LYP/6-31+G(d)理论方法研究了5-氟胞嘧啶水解脱氨基生成5-氟尿嘧啶的反应机理.确定了两条脱氨基反应途径:五步反应机理(途径A)和两步反应机理(途径B).并利用自洽反应场极化连续模型(CPCM模型)在气相优化结构的基... 采用MP2/6-31+G(d)和B3LYP/6-31+G(d)理论方法研究了5-氟胞嘧啶水解脱氨基生成5-氟尿嘧啶的反应机理.确定了两条脱氨基反应途径:五步反应机理(途径A)和两步反应机理(途径B).并利用自洽反应场极化连续模型(CPCM模型)在气相优化结构的基础上研究了反应体系在水溶液中反应的溶剂化效应,结果表明溶剂水有利于降低两条反应途径速控步骤的能垒,但由于在气相和溶液中两条反应途径均涉及较高的能垒,因此5-氟胞嘧啶利用这两条途径进行脱氨基反应都是不可能的,从而强调了脱氨基酶的重要作用.该结论有助于更好地了解取代氟原子和水溶剂对这个重要反应的影响. 展开更多
关键词 5-氟胞嘧啶 脱氨基反应 溶剂效应 极化连续模型
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胸腺嘧啶与臭氧反应机理的理论研究
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作者 陈泽琴 《湛江师范学院学报》 2011年第3期70-74,共5页
采用理论计算方法研究了胸腺嘧啶与臭氧的反应机理.在气相中,所有稳定点的几何构型都采用B3LYP/6-311++G(d,p)方法进行全优化,并利用导电极化连续介质模型对气相优化构型在水溶液中进行单点计算以确定水的溶剂效应.该文主要考虑了两条... 采用理论计算方法研究了胸腺嘧啶与臭氧的反应机理.在气相中,所有稳定点的几何构型都采用B3LYP/6-311++G(d,p)方法进行全优化,并利用导电极化连续介质模型对气相优化构型在水溶液中进行单点计算以确定水的溶剂效应.该文主要考虑了两条反应路径(path A和path B).计算结果表明:path A和path B均为可能的反应路径,其中path B的活化能略低于path A,因而表现为最优反应路径. 展开更多
关键词 胸腺嘧啶 臭氧 溶剂效应 导电极化连续介质模型
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SH2域与磷酸化多肽相互作用的连续溶剂模型研究
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作者 袁海斌 向明礼 +3 位作者 邓小强 陈俐娟 石兵 杨胜勇 《西南民族大学学报(自然科学版)》 CAS 2007年第3期546-550,共5页
使用连续溶剂模型方法研究了SH2结构域与磷酸化多肽pYXXX(X为20种常见氨基酸残基中的任意一种)之间的相互作用.首先计算了已知的SH2域-磷酸化酪氨酸多肽复合物之间的结合能,理论计算的结果与实验测得的亲合能之间的相关系数为0.91,验证... 使用连续溶剂模型方法研究了SH2结构域与磷酸化多肽pYXXX(X为20种常见氨基酸残基中的任意一种)之间的相互作用.首先计算了已知的SH2域-磷酸化酪氨酸多肽复合物之间的结合能,理论计算的结果与实验测得的亲合能之间的相关系数为0.91,验证了理论模型的正确性.然后,用该模型方法计算了SH2域与pYXXX之间的结合能,分析了磷酸化酪氨酸多肽pYXXX中+1,+2,+3位置上残基对结合能的影响.结果表明+2,+3位置上残基的变化对结合能影响较大,+2位置上带负电的残基和+3位置上的疏水性残基有利于SH2域与pYXXX之间的相互作用,这与实验结果一致. 展开更多
关键词 SH2域 磷酸化酪氨酸多肽 连续溶剂模型 结合能
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计算受体和配体结合自由能的新方法 被引量:1
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作者 于玲 杨忠志 《分子科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期303-306,共4页
利用ABEEMσπ浮动电荷力场与连续介质模型相结合的方法,计算了受体和配体的结合自由能.将结合自由能分解为真空中的力场作用项、溶剂化能量以及熵效应.由于ABEEMσπ/MM方法充分考虑了外界环境发生变化引起的体系中各个位点之间的电荷... 利用ABEEMσπ浮动电荷力场与连续介质模型相结合的方法,计算了受体和配体的结合自由能.将结合自由能分解为真空中的力场作用项、溶剂化能量以及熵效应.由于ABEEMσπ/MM方法充分考虑了外界环境发生变化引起的体系中各个位点之间的电荷极化,因而极大地提高了结合自由能的计算精度.利用该方法计算的2个复合物的结合自由能与实验值的偏差均小于0.5kJ/mol. 展开更多
关键词 浮动电荷力场方法 连续介质模型 结合自由能 受体和配体
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Theoretical study on the hydrolysis mechanism of N,N-dimethyl-N′-(2′,3′-dideoxy-3′-thiacytidine)formamidine
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作者 ZHANG Chang1 & XUE Ying2? 1 College of Chemistry and Environment Protection Engineering, Southwest University for Nationalities, Chengdu 610041, China 2 College of Chemistry, Sichuan University, Chengdu 610064, China 《Science China Chemistry》 SCIE EI CAS 2008年第10期911-917,共7页
The hydrolysis mechanisms of N,N-dimethyl-N′-(2′,3′-dideoxy-3′-thiacytidine)formamidine (FA-3TC) in the gas phase and in aqueous solution were studied by use of the density functional theory B3LYP/6-31+G(d, p) met... The hydrolysis mechanisms of N,N-dimethyl-N′-(2′,3′-dideoxy-3′-thiacytidine)formamidine (FA-3TC) in the gas phase and in aqueous solution were studied by use of the density functional theory B3LYP/6-31+G(d, p) method. Two possible reaction pathways in the title reaction were considered. In one pathway water attacks the C=N double bond first (path A) while in the other water attacks the C—N single bond first (path B). The calculated results indicate that the first step in both pathways is the rate-limiting process and path A is more favorable than path B in the gas phase. The effect of solvent water on the title reaction was assessed at the B3LYP/6-31+G(d, p) level of theory based on the po-larizable continuum model (CPCM). In water the first mechanism (path A) is also favored. 展开更多
关键词 N N-dimethyl-N′-(2′ 3′-dideoxy-3′-thiacytidine)formamidine hydrolysis solvent effect B3LYP polarizable continuum model
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