Copines蛋白家族在肾透明细胞癌中的潜在预后价值

目的探讨Copines蛋白家族(CPNEs)在肾透明细胞癌(KIRC)中的潜在预后价值。方法在GEPIA、HPA、Kapian-Meier Plotter、cBioPortal GeneMANIA、STRING、TIMER2.0等数据库中对KIRC患者的CPNEs表达差异、生存预后、临床分期、基因突变、蛋白互作、免疫浸润等数据进行生物信息学分析和整理。结果CPNE1、CPNE2、CPNE5、CPNE7、CPNE8在KIRC组织中表达水平均显著升高(P<0.05),CPNE3、CPNE4、CPNE6在KIRC组织中表达水平均显著降低(P<0.05),CPNE1、CPNE3、CPNE7的mRNA的表达水平与KIRC的临床分期明显相关(P<0.05)。高表达CPNE1、CPNE7的KIRC患者的总体生存率(OS)明显低于低表达的患者(P<0.05),低表达CPNE3、CPNE6的KIRC患者的OS明显低于高表达的患者(P<0.05)。此外,差异表达的CPNEs的功能主要依赖于钙依赖性磷脂结合蛋白参与的信号通路的跨膜运输和与蛋白质的相互作用。CPNEs在KIRC中的表达与多种免疫细胞的浸润显著相关,包括B细胞、CD8^(+)T细胞、CD4^(+)T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞和树突状细胞等6种类型。结论CPNE1、CPNE3、CPNE7可能是KIRC预后潜在的生物标志物。

毛果杨copine/BONZAI基因家族全基因组鉴定与组织表达特异性分析

利用copine蛋白保守序列进行blastx同源比对,鉴定毛果杨copine/BONZAI基因家族,构建系统进化树;通过在线网站进一步分析毛果杨copine蛋白的理化性质、结构和功能。利用数据库数据对copine/BONZAI基因在根、茎和叶等组织器官中的表达模式进行分析。结果显示,毛果杨含有3个copine/BONZAI基因,分别为PtBON1、PtBON2和PtBON3,氨基酸残基数分别为573 aa、576 aa、579 aa;相对分子质量分别为62865.57、63191.81、63980.64 kD;平均理论等电点分别为5.38、5.33、5.99。PtBONs具有明显的疏水区和亲水区,没有Coil区,N端不存在信号肽,不具有跨膜结构域,均为非分泌蛋白。PtBONs二级结构中最主要的结构元件是α-螺旋和无规则卷曲。通过STRING和KEGG预测copine蛋白参与了植物与病原体相互作用过程。本研究结果为今后研究杨树copine蛋白的细胞信号转导通路机制及温度介导的抗病调控机制等提供理论依据。