基于SNP芯片的贵州香禾糯遗传多样性分析及核心种质构建

以317份贵州香禾糯种质资源为试验材料,10份籼稻材料为对照,采用1 K mGPS SNP芯片对供试材料的遗传多样性和遗传结构进行分析,在此基础上构建贵州香禾糯核心种质并进行评价。结果表明,1 K mGPS SNP芯片在317份香禾糯材料中共获得731个良好多态性SNP位点,多态性标记比例为17.89%,最小等位基因频率为0.0505~0.5000,观测杂合度为0~0.6940,期望杂合度为0.0959~0.5000,多态性信息含量为0.0913~0.5736。基于IBS遗传距离的NJ聚类分析将327份水稻材料分为籼、粳两个亚群,其中317份贵州香禾糯划分为粳稻亚群。利用Core Hunter 3对香禾糯原种质设置5%、10%、15%、20%、25%、30%等6种抽样比例,遗传多样性参数的t检验表明,15%的抽样比例即可保持遗传多样性参数的最大化,同时剔除了许多冗余材料,最终确定47份香禾糯资源为构建的核心种质。

基于SSR标记不同距离聚类与抽样方法构建辣椒核心种质库

为最大限度地保存辣椒原群体的遗传变异度,利用SSR分子标记技术比较不同距离聚类和抽样方法构建辣椒的核心种质库。结果表明:在马氏距离下,4种抽样比例中当抽样比例达20%和25%时均值差异百分率MD%为0;在相同欧氏距离下,4种抽样比例中,以10%、15%和20%比例进行抽样均值差异百分率(MD%)为0。在采用的8种聚类方法中,只有最短距离法均值差异百分率(MD%)为最小值0。不同取样法,变异系数变化率为多次聚类偏离度取样法(107.06%)>多次聚类随机取样法(101.18%)>多次聚类优先取样法(59.57%)。从97份参试材料中筛选出沿河2、德江5、石阡3、台江1、仁怀4、务川2、遵义5、河南1和海南1共计9份核心种质,均匀分布于不同的类群中。结论:在欧氏距离下,按10%比例进行抽样,用多次聚类随机取样法取样、最短遗传距离法进行聚类分析为构建辣椒核心种质库的最佳选择。

基于农艺性状鹰嘴豆抗旱核心种质库构建

【目的】运用多年田间试验及种质遗传多样性分析筛选出100份抗旱性表现优异种质为参试材料,结合田间抗旱鉴定构建鹰嘴豆抗旱核心资源库,为鹰嘴豆抗旱种质利用提供基础材料。【方法】比较随机取样、位点优先取样、偏离度取样策略及取样比例,采用均值差异百分率、方差差异百分率、极差符合率以及变异系数变化率评价各核心子集农艺性状的变异保有量,筛选构建抗旱核心库。利用主成分分析确定鹰嘴豆抗旱种质核心库。【结果】采用的位点优先取样方法40%取样比例下构建的核心种质与原种质在多样性上无显著差异。并且检验种质各性状的均值与原种质符合率均大于96.33%,变异系数符合率大于97.25%,优于其它2种取样策略。主成分分析4个主成分包含各质量性状85%以上遗传多样性信息,确定构建的40份核心种质资源能够代表原种质资源遗传多样性。【结论】位点优先取样策略下,40%的取样比例所建立的鹰嘴豆抗旱核心种质资源库可以代表原种质资源的遗传多样性。

亚麻种质资源聚类分析及核心品种抽取方法

对亚麻种质资源进行了聚类分析并探讨了核心品种的抽取方法。以134份亚麻品种为材料,通过14个性状的分析,采用离差平方和法进行聚类,根据树状图,将该亚麻群体分为7个类群,对各类群品种性状进行了分析。根据取样比例,将该群体分为23个组,在各组内,采用随机抽样、按样品间最小遗传距离和最大遗传距离抽样三种方法,构建了3个亚麻核心种质库,并加以比较。结果显示最大遗传距离法构建的核心种质库,能最大限度地保存原群体的遗传多样性。