基于高通量测序与培养基鉴定法分析不同省份不同养殖模式下小龙虾菌群的多样性

本研究以安徽霍邱、江苏盱眙、湖北荆州三地的小龙虾作为研究对象,在荆州另取稻虾互作和养殖塘两种模式的环境样本。利用高通量技术做菌相分析,利用培养基鉴定法进行分离纯化鉴定,验证优势菌种类和数量。结果表明:荆州两组小龙虾初始菌数略低于盱眙和霍邱小龙虾,选择培养基上差别较小。高通量测序结果表明,科水平上三地小龙虾的优势菌主要为气单胞菌科和肠杆菌科;稻虾塘土壤菌群丰度远高于养殖塘,水体菌群较相似。属水平上,荆州稻虾塘、养殖塘、盱眙和霍邱四组小龙虾样本菌群丰度存在差异,但气单胞菌属和不动杆菌属都占较高比例,依次为41.8%、1.8%,12.4%、11.4%,24.5%、27.5%,40.1%,13.0%。荆州稻虾塘小龙虾优势菌还包括乳球菌属和柠檬酸杆菌属,养殖塘样本存在哈夫尼亚菌属和乳球菌属,盱眙与霍邱小龙虾样本优势菌均有微小杆菌属和柠檬酸杆菌属。培养基结果表明三地小龙虾优势菌均主要为气单胞菌属、哈夫尼亚菌属和柠檬酸杆菌属,与高通量结果相符。

春季稻虾轮作系统微生物群落特征分析

为分析春季不同时间稻虾田微生物群落的构成,采用Illumina Miseq高通量测序技术对克氏原螯虾肠道及养殖环境细菌群落组成进行分析。结果显示,所有样品共检测得到16966个分类操作单元(operational taxonomic units,OTUs),4月底泥样本OTUs最多为3677,虾肠道最少为757。Alpha多样性分析显示,底泥菌群丰度和多样性较高;稻虾轮作系统中优势菌群为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)。4—5月所有样品中的优势类群均为变形菌门,6月克氏原螯虾肠道的优势类群为厚壁菌门。放线菌门在水体中的占比高于肠道和底泥。主坐标分析(PCoA)和样品层级聚类分析(UPGMA)发现,不同月份的底泥和水体菌群按物种聚类到一起,但6月的克氏原螯虾肠道与底泥菌群相似度较高。综合分析,春季稻虾轮作系统中,克氏原螯虾肠道菌群组成与外界养殖环境存在相关性,不同月份各样品菌群的多样性和组成虽有差异但相对稳定。