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基于左归丸作用于高糖负荷小鼠胚胎细胞RNA-seq数据的3种差异基因分析方法的比较与分析
被引量:
1
1
作者
梁琦
冯前进
+3 位作者
屈志鹏
王颖丽
白特玛喀
宋强
《世界中西医结合杂志》
2017年第5期650-657,672,共9页
目的以具体实验数据为例探讨在使用RNA测序技术时如何选择恰当的数据处理方法。方法以左归丸作用于高糖负荷的小鼠胚胎的转录组数据为例,分别运用目前通过转录组数据进行差异表达基因分析常用的cuffdiff、DESeq-2、edgeR 3种数据处理方...
目的以具体实验数据为例探讨在使用RNA测序技术时如何选择恰当的数据处理方法。方法以左归丸作用于高糖负荷的小鼠胚胎的转录组数据为例,分别运用目前通过转录组数据进行差异表达基因分析常用的cuffdiff、DESeq-2、edgeR 3种数据处理方法对数据进行了处理。结果不同的数据处理方法得到的差异基因数及后续的分析结果均出现了明显的不同。纵使基于共同的计算理念,参数选择的不同除了导致差异基因数的不同之外,差异基因在组间的差异程度上也会受到很大影响。这种差异会导致对相应研究目的的阐释出现偏差。结论在运用生物信息学恰当地处理和分析RNA测序技术带来的海量数据时,根据研究内容选择恰当的基因表达差异分析方法至关重要。
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关键词
RNA测序技术
中医药研究
cuffdiff
DESeq2
edgeR
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职称材料
题名
基于左归丸作用于高糖负荷小鼠胚胎细胞RNA-seq数据的3种差异基因分析方法的比较与分析
被引量:
1
1
作者
梁琦
冯前进
屈志鹏
王颖丽
白特玛喀
宋强
机构
山西中医学院
阿德莱德大学分子和生物医学科学学院
北京中医药大学
出处
《世界中西医结合杂志》
2017年第5期650-657,672,共9页
基金
国家国际科技合作专项项目基金资助(2012DFA31330)
文摘
目的以具体实验数据为例探讨在使用RNA测序技术时如何选择恰当的数据处理方法。方法以左归丸作用于高糖负荷的小鼠胚胎的转录组数据为例,分别运用目前通过转录组数据进行差异表达基因分析常用的cuffdiff、DESeq-2、edgeR 3种数据处理方法对数据进行了处理。结果不同的数据处理方法得到的差异基因数及后续的分析结果均出现了明显的不同。纵使基于共同的计算理念,参数选择的不同除了导致差异基因数的不同之外,差异基因在组间的差异程度上也会受到很大影响。这种差异会导致对相应研究目的的阐释出现偏差。结论在运用生物信息学恰当地处理和分析RNA测序技术带来的海量数据时,根据研究内容选择恰当的基因表达差异分析方法至关重要。
关键词
RNA测序技术
中医药研究
cuffdiff
DESeq2
edgeR
Keywords
RNA - sequencing
Chinese medicine research
cuffdiff
DESeq2
EdgeR
分类号
R285 [医药卫生—中药学]
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题名
作者
出处
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被引量
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1
基于左归丸作用于高糖负荷小鼠胚胎细胞RNA-seq数据的3种差异基因分析方法的比较与分析
梁琦
冯前进
屈志鹏
王颖丽
白特玛喀
宋强
《世界中西医结合杂志》
2017
1
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职称材料
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