利用cvTree方法构建及分析tRNA序列的亲缘关系进化网络

本文利用cvTree和复杂网络理论相结合的方法,构建了3420条tRNA序列亲缘关系进化网络。计算了相关网络的平均度、平均聚类系数和平均最短路径随进化距离Dis变化的关系。同时还分析和讨论了tRNA序列之间的亲缘关系及其进化机制,观察到一个与其它方法不同的结果:随着亲缘距离Dis的增加,网络的度分布先是从power-law分布转变为Gussian分布,然后又从Gussian分布转变为反power-law分布。本研究结果说明由cvTree方法和复杂网络理论相结合的方法研究tRNA基因序列的进化的结果也许更加符合其进化历程。

基于cvtree方法和复杂网络理论的癌症进化树分析

进化树是一种能够形象直观地反映出生物进化关系的树型结构图。本文从脑癌、宫颈癌、食道癌、胃癌、胶质瘤、肝细胞癌、肝癌、脑膜瘤、口腔癌、骨肉瘤、胰腺癌、肾癌、眼癌、鳞状细胞癌、甲状腺癌等15种癌症的核酸序列出发,将cvtree方法与复杂网络理论相结合,构建了亲缘关系进化网络,并根据所得网络参数构建进化树。通过分析进化树图形,给出了相关癌症的进化关系,为今后对癌症的进一步研究提供了新的视角。研究结果表明,某些种类的癌症跟其它种类的进化关系较近,而某些种类的癌症则跟其它的进化关系较远;同时,在cvtree方法中取不同的串长值和不同的亲缘距离下,得到的进化树,所反映的进化趋势呈现出一定的规律。

原癌基因网络的最小生成树分析

人类原癌基因是与人类癌症关系非常密切的基因,当它的结构发生改变或过度表达时,就有可能使正常细胞发生癌变而导致癌症。本文通过构建复杂网络,然后根据Prim算法,做出最小生成树网络的方法,并分析网络的平均度、平均聚类系数和平均最短路径这三个主要参数来研究原癌基因序列之间的进化和亲缘关系。