庆阳驴mtDNA D-loop区遗传多样性及起源分析

[目的]研究庆阳驴养殖群体的遗传多样性与母系起源,了解其遗传信息,为保护庆阳驴种质资源、选育和遗传改良工作提供理论依据。[方法]随机选取133头庆阳驴,对其线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)D-loop区序列进行PCR扩增、测序及比对,并探讨庆阳驴的遗传多样性与母系起源。[结果]在获得的520 bp D-loop碱基序列中,AT含量(57.3%)高于GC含量(42.8%),表现出碱基的偏倚性;检测到38个变异位点,包含8个碱基对的转换;其核苷酸多样性(Pi)、单倍型多样性(Hd)、平均核苷酸差异(K)分别为0.01591、0.895和8.274,与欧洲家驴和中国家驴研究的平均值相比较低,说明该驴品种核苷酸变异较为贫乏。庆阳驴mtDNA D-loop区存在35个单倍型,单倍型之间的遗传距离为0.002~0.042。系统进化结果显示,庆阳驴存在2个线粒体支系,表明其具有2个母系起源,且遗传距离表明,庆阳驴与克罗地亚家驴之间的遗传距离较近。[结论]本研究从分子水平初步揭示庆阳驴核苷酸变异比较贫乏,杂交程度高,mtDNA遗传多态性正逐步丧失,应加强庆阳驴品种的遗传资源保护工作。

建水黄褐鸭线粒体D-loop区遗传多样性分析

[目的]了解建水黄褐鸭系统发育、遗传分化和遗传多样性。[方法]选取18只建水黄褐鸭、4只北京鸭、6只揭阳鸭和6只克里莫M18,利用PCR技术对其mtDNA D-loop区序列进行扩增,结合NCBI部分野鸭和家鸭序列,利用MEGA、DNAsp、Arlequin软件进行聚类分析、遗传分化和遗传多样性分析。[结果]建水黄褐鸭与绿头鸭及斑嘴鸭2种野鸭亲缘关系更近;遗传分化指数和遗传距离均以建水黄褐鸭和北京鸭之间最大;建水黄褐鸭、北京鸭、揭阳鸭和克里莫M18这4个群体中建水黄褐鸭群体遗传多样性最低。[结论]建水黄褐鸭可能有绿头鸭和斑嘴鸭2个母系起源;建水黄褐鸭群体遗传多样性偏低,为今后更好地利用地方畜禽资源,应采取相应措施保护其遗传多样性。

苏姜猪mtDNA D-loop序列的遗传多样性分析

【目的】通过对苏姜猪线粒体DNA(mtDNA)D-loop高变区Ⅰ的序列扩增测序,探究苏姜猪种群的种质资源特性和遗传多样性。【方法】采集苏姜猪核心群100头经产母猪耳组织,提取DNA后扩增苏姜猪核心群母猪mtDNA D-loop高变区Ⅰ的基因片段并测序,运用NCBI在线BLAST对测序序列与参考序列进行比对、校正并寻找同源序列,确定mtDNA D-loop高变区Ⅰ序列的长度和位置;使用DnaSP v.5.10.1软件统计获得群体中核苷酸多态位点和变异位点数量,分析单倍型多样度(Hd)、核苷酸多样性(Pi)、平均核苷酸差异度(K)等参数;使用Mega 7.0软件对不同单倍型进行基于Kimura’s 2-prarmetermodel的遗传距离计算,采用邻接法(Neighbor-Joining,NJ)对苏姜猪的4个单倍型、17个中国地方猪种、欧洲家猪(登录号:AF034253.1)的mtDNA D-loop高变区Ⅰ序列构建系统发育树。【结果】对100头苏姜猪的mtDNA D-loop序列高变区Ⅰ进行扩增测序,获得长度为429 bp的有效序列,获得的序列中,AT含量为63.1%,GC含量为36.9%;中性检验Tajima’s D值为-1.80517(P<0.05),证实苏姜猪种群显著性偏离中性检验;被测序列中检测到19个变异位点,定义了4个单倍型,单倍型多样度为0.578,核苷酸多样性为0.0032;种群内4个单倍型之间的平均遗传距离在0.004~0.031之间。系统发育树结果显示,群体分为国内和国外2个类群,苏姜猪4个单倍型都聚集在国内分支上,其中单倍型H2和二花脸猪聚为一类,单倍型H4和姜曲海、皖南花猪等聚为一类。【结论】苏姜猪种群mtDNA D-loop高变区Ⅰ多态位点比例高,单倍型多样度高,核苷酸多样性低;苏姜猪群体内优势单倍型的遗传距离较近,占比较高,反映出苏姜猪群体母系来源较少。

基于线粒体DNAD-loop全序列的麒麟鸡遗传多样性研究

【目的】从线粒体DNA(mtDNA)D-loop全序列角度评估麒麟鸡的遗传多样性水平,以期阐明麒麟鸡的品种形成。【方法】通过PCR产物直接测序法对麒麟鸡保种群的黄羽、白羽和黑羽3个资源群及8个地方鸡品种进行mtDNA D-loop全序列测定,分析遗传变异,并进行中性检测,构建单倍型中介网络图,探究麒麟鸡的群体历史。【结果】麒麟鸡mtDNAD-loop全序列为1231~1232bp,C+G含量(39.8%)低于T+A含量(60.2%),总体核苷酸多样性为0.00630±0.00054,明显高于其他8个地方鸡品种。3个资源群黄羽、白羽和黑羽麒麟鸡的单倍型多样性分别为0.777±0.076、0.816±0.060、0.710±0.057,核苷酸多样性分别为0.00699±0.00115、0.00662±0.00090、0.00546±0.00062,遗传多样性水平基本上与群体规模呈正相关。麒麟鸡与8个地方鸡的双参数遗传距离为0.008~0.009,净遗传距离为0.003~0.005,均大于其他地方鸡之间的遗传距离。90份麒麟鸡样本共检测到45个突变位点,定义了17个单倍型,其中独享型单倍型9个,单倍型多样性为0.773±0.039。黄羽、白羽和黑羽麒麟鸡的单倍型数量分别为12、7、5个。8个地方鸡品种定义了19个单倍型,其中河田鸡的单倍型数量最多(8个),宁都黄鸡的最少(3个),没有与麒麟鸡共享的单倍型。中性检测结果显示,除了黑羽麒麟鸡外,供试鸡种在品种水平上近期均未经历明显的种群扩张。麒麟鸡单倍型类群主要分布在进化枝A、B、C和E,优势单倍型类群是B(30.0%)和E(64.4%);8个地方鸡单倍型类群主要为A和B。【结论】独特的单倍型提示麒麟鸡具有独立的品种形成历史,相对较高的遗传多样性水平将有利于其保护和利用工作的开展。

基于线粒体D-loop区序列的4个黄尾鲴养殖群体遗传多样性分析

【目的】黄尾鲴(Xenocypris davidi)是以腐殖质、有机碎屑为饵料,兼食浮游生物和底栖动物的的淡水经济鱼类,是浙江省自然水域鱼类增殖放流的主要品种之一。了解人工繁育对黄尾鲴遗传多样性的影响,可为自然水域黄尾鲴的增殖放流策略设计和实施提供参考。【方法】对浙江长兴、八里店、双浦和湖南醴陵4个黄尾鲴养殖群体的线粒体DNA(mtDNA)D-loop序列进行PCR扩增和测序,通过序列分析研究4个群体的遗传多样性。【结果】黄尾鲴线粒体D-loop序列长度为1038~1093 bp,碱基A+T含量(65.3%)显著高于C+G含量(34.7%),平均转换/颠换比值(TS/TV)为4.6。在128条黄尾鲴的D-loop序列中共检测到101个变异位点,包括97个简约信息位点;界定了19种单倍型,其中长兴、双浦、八里店和醴陵群体的单倍型数目分别为5、12、4和2;单倍型多样性(h)介于0.226~0.915之间,核苷酸多样性(π)介于0.00640~0.01433之间。4个黄尾鲴养殖群体的遗传多样性具有一定差异,不同养殖群体间遗传距离为0.03782~0.88756,遗传分化系数为0.78903(P<0.01),群体内变异占整个遗传变异的21.10%,其中长兴群体和八里店群体的遗传分化系数最低,双浦和醴陵群体的遗传分化系数最高,遗传变异主要发生在群体间。【结论】4个黄尾鲴养殖群体的遗传多样性具有一定差异。黄尾鲴遗传变异和种群结构的信息可为其遗传多样性变化的研究提供参考,有助于黄尾鲴的资源保护。

基于线粒体Cytb基因和D-loop区的鸭绿江流域细鳞鱼群体遗传多样性

旨在研究鸭绿江流域(丹东段)细鳞鱼野生群体与养殖群体的遗传多样性,并探究其种质资源情况。基于细鳞鱼线粒体DNA Cytb基因和D-loop区序列,对宽甸(KD)和丹东江域(DD)2个野生细鳞鱼群体和1个养殖群体的遗传结构与遗传多样性等进行比较研究。结果表明:Cytb基因1141 bp,A+T含量53.55%,G+C含量46.45%,D-loop区序列988 bp,A+T含量62.75%,G+C含量37.25%;基于Cytb和D-loop序列在90个样本中分别检测到42和56个多态性位点,定义了21和26种单倍型,其中KD、DD和YZ群体Cytb基因的单倍型数分别为14、10和7,KD、DD和YZ群体D-loop区单倍型数分别为16、15和10;遗传多样性分析Cytb基因表现出高单倍型多样性(0.986)和低核苷酸多样性(0.00466),而D-loop区表现出高单倍型多样性(0.981)和高水平的核苷酸多样性(0.01982),基于Cytb基因和D-loop区序列KD和DD群体分别具有4个和2个相同单倍型,说明2个细鳞鱼野生群体间的分化程度较小,而养殖群体与野生群体间遗传分化为中度;分子方差分析(AMOVA)发现群体内部的遗传变异(Cytb:73.38%;D-loop:85.91%)占比明显高于群体间的遗传变异(Cytb:26.62%;D-loop:14.09%),表明鸭绿江流域(丹东段)细鳞鱼群体遗传变异主要来源于群体内,不同地理群体间的遗传变异不大;群体单倍型系统发育树表明,KD、DD和YZ群体间互有交叉,均未表现出明显的地理聚集,3个群体间尚未出现明显的地理谱系结构,结果与遗传多样性研究一致。Tajima’s D和Fu and Li’s中性检验显著偏离中性,推测细鳞鱼KD和DD群体可能经历过群体扩张事件,随后处于相对平衡稳定状态。

线粒体DNA D-Loop区突变与弱精症的相关性

目的:探讨精子线粒体DNAD-Loop区基因突变和弱精症的相关性。方法:收集2019年7月至2021年3月温州市中医院诊治的134例弱精症患者(弱精症组)和129例同期健康男性(对照组)的精液,提取精子细胞DNA,采用聚合酶链反应(PCR)对线粒体DNA D-Loop区进行扩增并测序,测序结果与剑桥标准序列(r CRS)进行比对,分析弱精症患者精子细胞线粒体DNA D-Loop区的基因突变情况。结果:两组中发生率>5%的突变有62种,大部分位于HV-1区和HV-2区(87.78%),突变类型以替换突变为主(87.03%)。分析显示,有11种突变在弱精症组和对照组之间的差异有统计学意义(P<0.05),这些突变可能增加或降低弱精症风险。结论:精子线粒体DNA D-Loop区具有较高突变率,可能在弱精症发生发展中发挥重要作用。

皖南牛mtDNA D-loop区遗传多样性和系统进化分析

采用DNA提取及PCR扩增技术,对30头皖南母牛的mtDNA D-loop区的全序列进行扩增与分析。利用Genbank数据库,下载国内外部分黄牛品种mtDNA D-loop区的全序列,再使用Clustalx、Dnasp5.0等生物软件,对其全序列进行比对和对单倍型多样度、核苷酸多样度等展开分析。皖南牛mtDNA D-loop区序列长度均在962~1052 bp的区间内,共发现68个变异位点,其中单一信息位点共有18个,简约信息位点共有50个。构成13种单倍型,其单倍型多样性(Hd)的均值为0.6483,核苷酸多样性(Pi)的均值为0.0131,其序列之间核苷酸的差异平均数(k)为11.589,A、C、G、T碱基含量平均占比分别为33.26%,25.23%,13.39%,28.12%。通过遗传距离和N-J系统进化树得知,皖南牛和威宁黄牛、湘西牛、大别山牛和吉安黄牛亲缘关系较近。皖南牛的遗传多样性和群体变异程度较低。研究结果可为皖南牛遗传资源的保护开发提供科学依据和理论参考。

基于线粒体COI和D-loop序列的黑龙江流域蛇[鱼句]种群遗传结构分析

以线粒体COI和D-loop序列为分子标记,基于88个样本研究了黑龙江流域3个蛇[鱼句](Saurogobio dabryi)种群的遗传多样性和遗传结构。结果表明,比对剪切后的COI和D-loop序列长度分别为582~583 b、834~583 b,基于COI序列总体的单倍型多样性(0.377 3)略低于基于D-loop序列的单倍型多样性(0.577 0),但基于两个序列总体的核苷酸多样性指数相等,且仅有0.000 9。群体间遗传距离分别为0.000 9(COI)和0.000 9~0.001 0(D-loop),群体间遗传分化指数分别为-0.004 9~0.007 6(COI)和-0.002 8~0.011 4(D-loop),遗传分化均不显著(P>0.05)。分子方差分析(AMOVA)显示,群体内遗传变异占总变异的100.02%(COI)和99.49%(D-loop),总的遗传变异主要源自群体内。单倍型系统发育树和TCS网络图表明,所有的单倍型随机地聚集在一起,没有形成明显的地理格局。中性检验和核苷酸错配分析显示,3个蛇[鱼句]群体历史上发生过种群扩张事件。综上,3个蛇[鱼句]群体遗传多样性水平相对较低,群体间没有显著的遗传分化,可以将3个群体视为一个遗传管理单元。这些发现将丰富蛇[鱼句]现有的遗传信息,并为制定黑龙江流域蛇[鱼句]资源保护策略提供参考。

玉龙雪山乌鸡mtDNA D-loop区遗传多样性分析

为阐明玉龙雪山乌鸡的遗传背景信息,试验采用线粒体DNA D-loop区序列为遗传标记,对采自核心产区的55只玉龙雪山乌鸡样品进行群体变异检测,并将所得数据与已发表的云南12个地方鸡种数据进行联合分析。结果显示:在所有个体中共检测到25个多态位点,包含单一信息位点2个,简约信息位点23个,核苷酸替换主要为转换,转换与颠换比为6.40。在该群体中共定义了14种单倍型,其单倍型数多样度为0.867±0.027,核苷酸多样度为0.01074±0.00114,群体内平均遗传距离为0.011±0.003。玉龙雪山乌鸡与云南其他地方鸡群体间的平均遗传距离在0.013(宁蒗高原鸡)~0.019(大围山微型鸡)之间,遗传分化系数Fst值在0.078(宁蒗高原鸡)~0.543(兰坪绒毛鸡)之间。在世系组成上,玉龙雪山乌鸡中含有B、E、F和G世系,占比分别为20.00%、3.64%、9.09%和67.27%,总体上玉龙雪山乌鸡群体中云南及周边地区的地方鸡血源在76.36%以上。结果揭示,玉龙雪山乌鸡的遗传多样性相对丰富,与云南其他地方鸡种间存在不同程度的遗传分化,其母系世系组成与云南其他地方鸡有较大差异。

北京油鸡线粒体D-loop区遗传多样性及系统进化研究

为了从母系遗传的角度探讨北京油鸡的遗传多样性和系统进化,研究测定了165只北京油鸡线粒体DNA(mtDNA)D-loop区全序列,分析其遗传多样性并结合NCBI下载的43个其他鸡种序列构建了系统发育树。结果显示,北京油鸡mtDNA D-loop区全序列长度1231~1232 bp,存在一处碱基缺失;共发现26处单核苷酸变异位点,组成了13种单倍型;核苷酸多样性为0.00427±0.00074,单倍型多样性为0.563±0.047,核苷酸平均差异数为5.258;北京油鸡13种单倍型可划分为A、B、C、E四个分支,其中C分支为优势分支,占检测个体的73.3%。结果表明,北京油鸡线粒体遗传多样性呈中等水平,保种效果较好。

张掖肉牛线粒体DNA D-loop区遗传多样性研究

为研究张掖肉牛的遗传多样性及母系起源,利用特异性引物扩增mtDNA D-loop区全序列,采用最大似然法构建了张掖肉牛mtDNA D-loop区分子系统树,对核苷酸多态性和遗传距离进行了分析。结果表明,构建的166头张掖肉牛mtDNA D-loop区全序列分子系统树分为3组(普通牛、瘤牛、牦牛),其中,普通牛血统基因型组占比80.7%,有93种单倍型(Hd=0.988),核苷酸变异度π=0.005 79;瘤牛血统基因型组占比13.2%,有6种单倍型(Hd=0.476),核苷酸变异度π=0.001 19;牦牛血统基因型组占比6.1%,有5种单倍型(Hd=0.867),核苷酸变异度π=0.009 65。张掖肉牛与中国北方牛的遗传距离比较近(Fst=0.01)。综上所述,张掖肉牛具有混合母系起源的特点,但受普通牛的影响较大,亲缘关系明显表现出了中国北方黄牛的地理生态分布特征,该研究结果可为张掖肉牛生态区的分布提供理论依据,也可为遗传育种提供参考。

崇仁麻鸡mtDNA D-loop区遗传结构与遗传多样性分析

为研究崇仁麻鸡线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)D-loop区遗传多样性和遗传结构,试验采用PCR产物直接测序的方法,测定崇仁麻mtDNA D-loop区的全序列,并与其他5个红色原鸡亚种进行系统进化关系分析。结果显示:30个样本的mtDNA D-loop区序列长度范围为1231~1232 bp,共发现27个多态位点,单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异(K)数值分别为0.947、0.00689和8.476。群体中16种单倍型划分为A、B、C和E单倍型类群。研究表明,崇仁麻鸡具有较高的线粒体遗传多样性,可能来源于不同的母系。

基于线粒体D-loop序列的不同群体刀鲚遗传多样性研究

以线粒体DNA D-loop部分基因序列为分子标记,研究辽河群体(LH)、大洋河群体(DYH)、鸭绿江群体(YLJ)、太湖群体(TH)4个地理群体的刀鲚(Coilia nasus)遗传多样性。结果显示:辽河群体、大洋河群体和鸭绿江群体刀鲚的单倍型多样性指数分别为0.85700、0.84400和0.85700,明显高于太湖刀鲚群体的单倍型多样性指数0.41700(P<0.05);核苷酸多样性指数分别为0.00263、0.00318和0.00351,明显高于太湖群体刀鲚的核苷酸多样性指数0.00091(P<0.05)。以上结果表明,辽宁地区刀鲚的遗传多样性较太湖群体丰富,其中鸭绿江群体遗传多样性最丰富,从侧面证明辽宁沿海地区适合刀鲚种群生长。此外,辽河、大洋河和太湖刀鲚群体的Tajima′s D值分别为-0.72673、-1.10277和-1.36240,鸭绿江刀鲚群体的Tajima′s D值为-1.76179,显著偏离中性(P<0.05),表明其种群史上可能经历过扩张。4个群体间的遗传距离为0.00177~0.00323,明显低于刀鲚与七丝鲚(Coilia grayi)、刀鲚与凤鲚(Coilia mystus)种间的遗传距离,Fst值为0.00543<0.05000,说明4个群体间未发生分化。以NJ和MP两方法构建的分子系统发育树结果支持4个群体刀鲚间未发生分化这一结果。

昭通牛mtDNA D-loop区遗传多样性分析

【目的】阐明昭通牛群体遗传背景信息。【方法】采用PCR产物直接测序技术对98头昭通牛样品的mtDNA D-loop区全序列变异进行检测,进一步将昭通牛的数据与已发表的云南文山牛、德宏高峰牛、滇中牛和迪庆牛的mtDNA数据进行联合分析。【结果】昭通牛mtDNA D-loop区序列共检测到73个核苷酸替换位点和3个插入/缺失。核苷酸替换位点约占检测核苷酸位点总数的8.13%,其中18个为单一信息位点,55个为简约信息位点,碱基替换主要为转换。在昭通牛群体中共确定36种单倍型,其中38.78%的个体属于H01~H09单倍型,源于瘤牛已发现的2个mtDNA世系,I1世系占37.76%,I2世系占1.02%;其余61.22%昭通牛个体分布于H10~H36单倍型中,都源于已发现的普通牛mtDNA世系,其中T2世系占5.10%,T3世系占43.88%,T4世系占12.24%。昭通牛群体的单倍型多样度为0.880±0.027,核苷酸多样度为0.024 43±0.000 94,群体内遗传距离为0.026±0.004,群体内遗传多样性指数为0.027±0.004。昭通牛与迪庆牛间的遗传距离和遗传分化最小,与德宏高峰牛间的遗传距离和遗传分化最大。【结论】昭通牛遗传多样性较丰富,与云南本地其他牛种存在一定遗传分化,在母系起源上为瘤牛和普通牛2个血统的混合起源,但受普通牛的影响较大。

贵州黄牛mtDNA D-loop遗传多样性研究

对贵州4个地方黄牛品种共计82个个体的线粒体DNA D-loop区全序列910bp进行分析，检测到31种单倍型，其核苷酸多态位点65个，约占所测核苷酸总长的7．14％，其中有62个转换，2个颠换，1个转换／颠换共存。贵州4个黄牛品种mtDNA D-loop区核苷酸多样度（π值）为2．16％～2．61％，单倍型多样度（H）为0．695～0．909，表明贵州黄牛mtDNA遗传多样性比较丰富。根据单倍型构建了贵州4个黄牛品种的NJ分子系统树。聚类表明，贵州黄牛有普通牛和瘤牛2大母系起源，其影响较为均一。并探讨了用核苷酸多样度π值的大小来衡量黄牛群体遗传分化程度的可行性。

赤眼鳟线粒体D-loop和Cyt b基因序列的对比分析

研究了长江和珠江野生赤眼鳟Squaliobarbus curriculus共4个群体24个个体的线粒体控制区(D-loop)和细胞色素b(Cyt b)基因序列,通过PCR扩增与测序,分别获得了长度为598 bp和752 bp的D-loop和Cyt b基因片段。分析表明,D-loop序列共定义了18个单倍型,存在34个简约信息位点,67个多态性位点,发生转换40次,颠换15次,插入/缺失14次。A、T、C、G平均含量分别为33.7%、35.1%、17.5%、13.7%。Cyt b序列共定义了18个单倍型,存在68个简约信息位点,72个多态性位点,发生转换60次,颠换15次,无插入/缺失位点。A、T、C、G平均含量分别为29.3%、26.4%、29.8%、14.5%。Cyt b除简约信息位点百分比大于D-loop外,多态位点百分比和单突变位点百分比均小于D-loop,说明D-loop具有较快的进化速率。D-loop序列的单倍型多样性(H)、平均核苷酸差异数(K)、核苷酸多样性(π)分别0.963 8、16.543 5和0.028 4,Cyt b的H、K和π分别为0.971 0、31.855 1和0.042 6,显示赤眼鳟具有较高的遗传多样性水平,且遗传变异主要存在于群体间。分析群体间的遗传距离和FST值,D-loop和Cyt b都一致表明:长江和珠江水系间存在明显的遗传分化,系统树和分子变异等级分析(AMOVA)也支持这一观点。同一水系群体间的遗传差异较小,Cyt b则更小;不同水系群体间的遗传差异较大,Cyt b则更大。故,Cyt b呈现出"小则越小,大则越大"的态势。分析其原因,可能与D-loop和Cyt b进化速率密切相关。

牦牛线粒体DNA D-loop区序列测定及其在牛亚科中分类地位的研究

根据普通牛线粒体DNA序列设计引物,获得了九龙牦牛线粒体D-loop区全序列,并以羊亚科绵羊属绵羊作为外类群利用D-loop区序列对牛亚科代表性物种（牦牛、野牦牛、普通牛、瘤牛、美洲野牛、欧洲野牛和亚洲水牛）进行了系统发育分析。结果发现：牦牛线粒体DNA D-loop区序列全长893 bp,与普通牛源序列的同源性为87.4%,其中有17个碱基的缺失;在牛亚科内,牦牛、野牦牛与美洲野牛（美洲野牛属）间的序列差异百分比最小,为6.2%～6.8%,而与牛属中普通牛、瘤牛间的序列差异百分比较大,为10.0%～11.3%;系统发育分析发现：牦牛、野牦牛首先与美洲野牛聚为一类,说明牦牛、野牦牛与美洲野牛属间的遗传相似性较高、亲缘关系较近,而与牛属间的遗传相似性较低、亲缘关系较远;结合古生物学、形态学、分子生物学的证据,支持将牦牛、野牦牛划分为牛亚科中一个独立属即牦牛属的观点。

西藏牦牛mtDNA D-loop区的遗传多样性及其遗传分化

通过测定和分析西藏11个牦牛类群114个个体的mtDNA D-loop区全序列,对西藏牦牛的遗传多样性、类群间的亲缘关系及其遗传分化进行了研究。结果表明:①西藏牦牛mtDNA D-loop区全序列长度为890—896 bp,4种核苷酸T、C、A、G的平均比例分别为28.5%、25.3%、32.4%、13.8%,西藏牦牛mtDNA D-loop区富含碱基A+T,表现出一定的碱基偏好性。②共检测到130个变异位点,占分析总位点数的14.33%;其中单一多态位点85个,占多态位点总数的65.38%,简约信息位点45个,占多态位点总数的34.62%。序列变异中碱基缺失、插入和碱基替换等均有,其中碱基替换变异类型中转换114次,颠换12次,在转换变异类型中以A/G、T/C为主,占95.61%,在颠换变异类型中以A/T为主,占75%。③在114个个体中鉴定出90种单倍型,单倍型多样性为0.981±0.008,核苷酸多样性为0.01056±0.00701,均说明西藏牦牛具有丰富的单倍型类型。④90种单倍型分为2个聚类簇(Ⅰ、Ⅱ),聚类簇Ⅰ包含80种单倍型,占全部单倍型的88.89%,涵盖本研究中所有的西藏牦牛类群;聚类簇Ⅱ中有10种单倍型,占单倍型总数的11.11%,涉及的类群有工布江达、帕里、丁青、巴青、江达、类乌齐、桑桑、桑日、斯布,说明西藏牦牛可能有2个母系起源。⑤西藏牦牛类群间核苷酸分歧度(Dxy)在0.503%—1.416%之间,聚类分析和AMOVA分析显示西藏牦牛可分为两大类,康布牦牛、嘉黎牦牛为一类,其余的牦牛类群为另一类。

我国主要地方绵羊品种mtDNA D-loop区PCR-RFLP研究

利用5种限制性内切酶(HinfⅠ,MspⅠ,Sau3AⅠ,XspⅠ,TaqⅠ),采用PCRRFLP技术研究了我国9个地方绵羊品种以及2个引入品种共计83只绵羊个体线粒体DNADloop区的多态性。结果表明,我国主要地方绵羊品种线粒体DNADloop区存在两种基本单体型,提示我国主要地方绵羊品种起源于两个母系祖先。线粒体DNADloop区多态度为0.0421%,说明我国地方绵羊品种线粒体DNA多态度较为贫乏。