Analysis of microsatellite instability in stool DNA of patients with colorectal cancer using denaturing high performance liquid chromatography

AIM： To evaluate the usefulness of denaturing high performance liquid chromatography （DHPLC） for analyzing microsatellite instability （MSI） status in stool DNA of patients with colorectal cancer. METHODS： A total of 80 cancer tissues from patients with primary sporadic colorectal tumor （proximal cancer： 27, distal cancer： 53） and matched stool （which were employed for comparison with the tissues） were analyzed for MSI status in BAT 26. DNA samples extracted from stool were evaluated by nested polymerase chain reaction （PCR） and DHPLC for MSI analysis. RESULTS： Six cases （7.5%） of MSI were identified in BAT 26 from 80 cancer tissues. All the stool DNA samples from patients whose cancer tissue showed IVlSI also displayed MSI in BAT 26. CONCLUSION： As MSI is one of the established fecal DNA markers to screen colorectal cancer, we propose to use DHPLC for the IVlSI analysis in fecal DNA.

食品中五种致病性弧菌MPCR-DHPLc检测方法的建立

采用试剂盒法提取5种致病性弧菌(霍乱弧菌、副溶血性弧菌、创伤弧菌、溶藻弧菌和拟态弧菌)的基因组DNA。分别合成5对特异性引物,对PCR反应体系进行优化后,建立了5种致病性弧菌间的MPCR-DHPLC检测方法。二重PCR-DHPLC检测灵敏度可达到100CFU/ml。建立的MPCR-DHPLC方法在食品中弧菌的检测上具有很好的应用价值。

DHPLC对猪肌肉组织差异表达EST的鉴定

采用DHPLC系统和LabWork4 0图像分析软件 ,对大白猪和广东地方品种蓝塘猪眼肌组织差异显示EST进行鉴定 ,两种方法均证实了差异显示条带的真实性。结果表明 :用DHPLC系统能够准确而简捷的检测不同组织中mRNA表达的差异 ,是 1种鉴定基因表达差异的有效方法 ,在研究基因表达 。

四种重要致病性分枝杆菌DHPLC检测鉴别方法的建立

目的运用多重核酸扩增（PCR）联合变性高效液相色谱（denaturing high-performance liquid chromatography,DHPLC）分析技术原理,针对结核分枝杆菌、牛分枝杆菌、禽分枝杆菌以及副结核分枝杆菌建立多重PCR-DHPLC快速检测方法,实现同时检测鉴别四种重要致病性分枝杆菌。方法根据四种分枝杆菌特异基因序列分别设计菌种特异核酸扩增引物,通过筛选优化试验建立四重核酸扩增体系,对核酸扩增产物采用DHPLC设备进行检测分析,每一菌种的核酸扩增产物分别形成DHPLC特征峰图。对结核分枝杆菌等51株分枝杆菌标准株和分离株样品以及沙门氏菌等22株常见微生物样品进行特异性检测试验 对四种分枝杆菌特异的核酸扩增产物分别制备克隆质粒,通过对梯度稀释的阳性质粒的检测试验,进行多重PCR-DHPLC灵敏度测试 对疑似病人痰液样品和疑似发病牛的组织样品进行检测,并与细菌分离培养法进行比较以验证临床检测效果。结果该方法能快速检测鉴别上述四种分枝杆菌,检测灵敏度达到102~103基因拷贝,从131份疑似病人临床样品中检出91份结核分枝杆菌阳性,从40份来自疑似发病牛群的临床样品中检出31份牛分枝杆菌阳性,检出率均高于细菌分离培养法。结论研究表明所建立的多重PCR-DHPLC方法能快速检测鉴别四种重要致病性分枝杆菌,为人畜结核、副结核病诊断提供一种新型分子生物学技术手段。

应用DHPLC筛查人类mtDNA高变区I的异质性

[目的]检测人类mtDNA HVI区的异质性,建立有效的筛查低水平异质性DNA的技术。[方法]扩增人mtDNA 的 HVI区内269 bp的片段,以不同比例混合相差一个碱基的2种DNA片段的PCR扩增产物,配制异质性DNA模型,用变性高效液相色谱技术(DHPLC)检测,确定最佳检测条件。[结果]应用DHPLC检测HVI区的片段(269 bp),最低可检测出含量为5％的异质性样本。在80例无关个体的mtDNA样本中,共检测到15例具有异质性。[结论]所建立的PCR-DHPLC方法可用于检测mtDNA的异质性。

用dHPLC技术检测线粒体DNA编码区单核苷酸多态性

目的研究线粒体DNA(m tDNA)编码区单核苷酸多态性,建立检测m tDNA编码区单核苷酸多态性(SNP)的变性高效液相色谱(dHPLC)方法。方法设计针对线粒体DNA编码区nt10287-10679及nt8507-8805引物,应用dHPLC技术检测其序列多态性。结果100例中国汉族无关个体中,m tDNA nt10287-10679检出13个SNP位点,13种单倍型,基因多样性(H)为70.79%,偶合概率(P)为29.92%;m tDNA nt8507-8805检出10个SNP位点,12种单倍型,H为70.42%,P为30.28%;两段序列联合起来共检出23个SNP位点,23种单倍型,H为84.14%,P为16.70%。结论所建立的dHPLC方法可用于快速、准确地检测m tDNA编码区序列多态性;m tDNA编码区多态性位点作为m tDNA控制区多态性位点的补充,联合应用可以提高m tDNA的个体识别能力。

Ⅰ型鸭肝炎病毒PCR-DHPLC检测方法的建立

用RT-PCR结合变性高效液相色谱技术(DHPLC),建立Ⅰ型鸭肝炎病毒的快速检测方法。根据获得的Ⅰ型鸭肝炎病毒(DHV I)RNA聚合酶基因序列,应用Primer Premier5.0软件设计了1对引物,RT-PCR扩增产物经变性高效液相色谱进行快速检测。以正常鸭胚尿囊液、正常鸭肝组织、鸭瘟病毒、番鸭细小病毒、鹅细小病毒、H5N1亚型禽流感病毒、鸭源新城疫病毒、传染性法氏囊病病毒作对照进行特异性检测;将强毒株核酸稀释成不同梯度,做灵敏度检测;同时将该方法与病毒分离和荧光定量RT-PCR方法做人工感染样品的平行检测。结果表明,该方法有很好的特异性,且灵敏度高,检测限可达到4 pg的DHV I核酸模板,与荧光定量PCR检测结果一致。PCR-DHPLC对DHVⅠ强毒株人工感染鸭组织脏器的检测结果与荧光定量PCR检测结果的阳性检出率均为100%,对脑、脾、肺病料的检出率显著(P≤0.01)高于病毒分离,PCR-DHPLC与荧光RT-PCR检测方法相比较,两种方法检测DHVⅠ的符合率为100%。研究表明该方法可用于诊断Ⅰ型鸭肝炎病毒,是一种有效的新方法。

应用DHPLC进行线粒体异质性突变分析

目的:检测人类线粒体DNA异质性从而建立有效的筛查低水平异质性DNA的方法。方法:选择包含Ⅱ型糖尿病高突变位点的人mtDNA 3083～3339 nt片段进行PCR扩增,以不同比例混合相差一个碱基的两种DNA片段的PCR扩增产物,建立不同比例异质性DNA模型。确定最佳检测条件后分别用变性高效液相色谱技术(DHPLC)和DNA测序技术进行分析和比较。结果:应用DHPLC检测mtDNA 3083～3339 nt(257 bp),最低可检测出该区域含量为5%的异质性样本,而DNA测序技术只能检测出异质性含量大于20%的样本。结论:成功建立分析mtDNA3083～3339 nt片段异质性突变的方法,该方法可用于检测低水平的mtDNA异质性。

DHPLC与ABI377系统的微卫星检测效果比较

利用猪SCAU-LL资源群,根据猪USDA-MARC2.0连锁图谱,选取4号染色体上微卫星标记SW 1678,用变性高效液相色谱(DHPLC)系统和AB I377系统分析了F2代64个个体的微卫星多态性,比较了这2个分析系统在进行微卫星分型中的效率和利弊.2个系统检测到57个样品的基因型相同,有相同的2个样品未检测到产物.另外有3个样品,DHPLC检测出基因型,AB I377未检测到,有2个样品AB I377检测出基因型,而DHPLC未检测到.2个系统检测微卫星多态性的相同率达92.2%,DHPLC未检出率6.3%,AB I377未检出率7.8%,2个系统检测的灵敏度和准确度基本接近,但是DHPLC的检测成本低于AB I377的检测成本.

禽肉产品中禽流感与新城疫多重PCR-DHPLC检测方法的建立

应用多重RT-PCR反应(mRT-PCR)结合变性高效液相色谱(DHPLC)技术建立禽产品中禽流感病毒和新城疫病毒的快速检测方法。以禽流感病毒NP基因和新城疫病毒F基因各设计1对引物,经优化单相RT-PCR(sRT-PCR)反应体系,建立多重RT-PCR(mRT-PCR)同时检测禽流感和新城疫,其PCR扩增产物经DHPLC技术进行快速检测分析后,检测极限分别达10-0.5ELD50/0.1mL和10-1.5ELD50/0.1mL。与普通凝胶电泳比较,敏感性高2个数量级。特异性试验表明,mRT-PCR-DHPLC仅检测到禽流感病毒与新城疫病毒,而对其他5种禽类病原体和SPF鸡胚尿囊液均未检测到阳性吸收峰。所建立的方法检测不同亚型禽流感病毒29株、不同来源及不同毒力的新城疫病毒16株,结果与实时荧光定量PCR检测结果完全一致;与病原分离法同时检测人工感染鸡的组织脏器,两种方法检测禽流感的符合率为94.4%(34/36),检测新城疫的符合率为95.4%(21/22)。病原分离法的检出率虽高于DHPLC方法,但经统计学分析两者差异不显著,两种方法同时对27份进口鸡胗样品与90份棉拭子样品进行检测,阴性符合率为100%,可适用于进出口禽肉产品的检测。

运用DHPLC技术进行脊髓性肌萎缩症SMN-T基因缺失检测的初步研究

目的评价变性高效液相色谱技术(denaturinghighperformanceliquidchromatography,DHPLC)在脊髓性肌萎缩症(spinalmuscularatrophy,SMA)端粒运动神经元生存基因(survivalmotorneurontelomericcopy,SMN-T)缺失筛查中的应用价值。方法应用扩增限制性长度多态性技术(PCR-RFLP)、DHPLC及DNA测序技术对51例SMA患儿及其双亲与67例非SMA患儿SMN-T与着丝粒运动神经元生存基因(survivalmotorneuroncentromericcopy,SMN-C)碱基差异位点exon7(C/T)与exon8(G/A)进行检测。结果PCR-RFLP与DHPLC技术均同时检出45例SMA患儿SMN-T基因exon7+8或exon7纯合缺失,DNA测序证实了PCR-RFLP与DHPLC检测的可靠性。在DHPLC检测中发现,6例非SMN-T纯合缺失患儿的SMN-T与SMN-C基因拷贝数存在不平衡;在SMN-T基因纯合缺失患儿双亲中,75.5%(77/102例)的个体两基因拷贝数存在不平衡;在非SMA对照组中,22.4%的个体(15/67例)两基因拷贝数存在不平衡,两组个体基因拷贝不平衡频率差异有显著性。结论DHPLC技术不仅能快速有效地检出SMN-T基因的纯合缺失,而且通过比较SMN-T与SMN-C基因拷贝数平衡与否,可初步提示患儿SMN-T基因杂合缺失状态与双亲基因缺失的携带者状态,为进一步的基因突变筛查与产前诊断提供依据。

Primer Extension-DHPLC检测线粒体DNA 12SrRNA常见耳聋相关突变方法的建立~△

目的建立针对线粒体DNA 12SrRNA基因常见耳聋相关突变的Primer Extension-DHPLC(PE-DHPLC)基因诊断新方法。方法将包含线粒体DNA 12SrRNA 961insC、T1095C、C1494T、A1555G 4种不同突变的4例外周血DNA样本和4例正常对照标本经测序验证,PCR扩增靶序列,设计延伸引物,延伸后得到线粒体DNA 12SrRNA基因961insC、T1095C、C1494T、A1555G 4个常见突变的特异性延伸片段,用全变性高效液相色谱分析延伸片段混合物,分离图谱鉴定被检样本的基因型。结果 4例包含线粒体DNA 12SrRNA基因4种耳聋相关突变的DNA样本均扩增出包含4种突变的975 bp特征性条带,PE-DHPLC检测结果显示突变者有引物峰和突变峰两个峰,完全可以鉴别出4种突变,而4例正常对照标本仅显示单个引物峰。结论本实验建立了Primer Extension-DHPLC的线粒体相关耳聋突变分析新方法,可用于耳聋的基因诊断。

应用MPCR-DHPLC技术检测转基因大豆及其食品

利用多重PCR结合DHPLC技术,建立了高通量快速筛选检测转基因大豆及其食品的方法,确立了转基因大豆品系鉴定方法。该筛选方法的检测灵敏度为0.078 ng.μL-1,质粒检测灵敏度为1×103拷贝.μL-1。利用该方法对转基因大豆GT-40-3-2、Mon89788、A5704-12和大豆食品曲奇饼干、含大豆的调味粉、干豆腐及非转基因黑大豆进行验证,效果良好。所建立的PCR-DHPLC检测方法能同时快速准确的检测大豆及加工食品中转基因成分。

DHPLC在检测Miyoshi肌病家系致病基因突变中的应用

目的检测Miyoshi肌病家系成员的DYSF基因突变,探讨变性高效液相色谱分析法(DHPLC)在基因研究中的效能。方法用RT-PCR技术扩增DYSF基因的编码序列,利用变性高效液相色谱分析技术(DHPLC)对PCR产物进行突变筛选,出现异常峰型的片段进行核苷酸序列测定,明确突变位点。结果患者DYSF基因存在6429delG突变。结论DHPLC能有效地用于基因突变的检测,该方法快速高效,可作为大样本筛查突变位点的一种便捷可靠手段。

DHPLC-mtDNA控制区多态性分析系统的建立

目的基于变性高效液相色谱技术,建立一种不需测序和杂交的新的mtDNA控制区多态性分析系统。方法mtDNA控制区序列(包括HVⅠ,HVⅡ和HVⅢ)被分为4个扩增片段,采用配对分析突变检测模式进行DHPLC分析。对DHPLC检测条件(包括柱温和洗脱梯度等)进行优化。对100个不同类型差异序列的组合配对以检验该方法的检测效力。结果10组序列相同的样本配对DHPLC图谱均只显示1个样品峰。对序列相差1个碱基～7个碱基、插入(/缺失)1个碱基、插入(/缺失)2个碱基等类型的90个扩增片段组合,用DHPLC进行分析,均得到≥2个样本峰的DHPLC图谱,序列差异检出率达100%。该技术可检测的异质性DNA成分的最小百分含量为10%。结论DHPLC-mtDNA控制区多态性分析系统快速、经济和实用,在检测mtDNA异质性方面较直接测序更灵敏。

基于DHPLC技术的Wilson病基因诊断

目的建立并应用高效液相色谱(DHPLC)技术检测Wilson病(WD)ATP7B基因第8外显子突变。方法采用聚合酶链式反应(PCR)扩增WD基因第8外显子片段,扩增产物直接进行DHPLC检测分析,根据色谱峰型不同确定测序样品,经测序后确定突变类型。结果203例先证者中WD基因外显子8基因突变阳性检出率为55.2%,Arg778Leu纯合突变22例,杂合突变90例,基因突变频率为33.0%。共发现3种错义突变、1种移码插入突变和1种多态性位点(C2310G),且多态位点C2310G与Arg778Leu突变完全连锁。其中76例先证者带有Arg778Leu杂合错义突变,22例为Arg778Leu纯合错义突变,10例为Arg778Gln杂合错义突变,2例Tyr713Silent错义突变(C2139G),2例为杂合2304C插入突变。结论WD基因外显子8是ATP7B基因的第一突变热区。DHPLC技术是一种高效、灵敏、快速简便的基因突变检测方法。可用于WD的临床基因诊断。

应用DHPLC筛查黑白头发mtDNA控制区的异质性研究

目的探讨黑头发和白头发线粒体DNA(mtDNA)控制区的异质性。方法将人头发mtDNA控制区扩增成5个部分互相重叠的片段,利用已建立的DHPLC技术分析中国汉族正常人与Alzheimer病同个体黑头发和白头发mtDNA控制区的异质性。结果 50例中国汉族正常人同个体中黑头发和白头发mtDNA控制区的异质性为10%和20.4%,Alzheimer病黑头发和白头发mtDNA控制区的异质性为16.4%和30%。结论同个体中黑头发和白头发线粒体DNA(m tDNA)控制区异质性与衰老相关。

多重PCR-DHPLC快速检测食品中产志贺毒素大肠杆菌

应用多重PCR(motiplex PCR)结合变性高效液相色谱技术(denaturing high-performance liquid chromatography,DHPLC)建立了快速检测食品中产志贺毒素大肠杆菌O111和O157的方法。以基因wzx O111、rfb EO157为靶基因,建立多重PCR-DHPLC方法,进行特异性和灵敏度测试,同时进行RT-PCR检测比较灵敏度。该方法具有良好特异性,可以一次PCR扩增同时检测O111、O157;灵敏度达到25 CFU/m L。129份牛肉样品中检出1例O111,3例O157阳性;74份鸡肉样品中检测出O111、O157阳性各1例,67份蔬菜样品中未检测到O111、O157。本文建立O111、O157多重PCR-DHPLC检测方法,操作简便,特异性强,适用于产志贺毒素大肠杆菌筛选检测。

靶序列富集多重PCR结合DHPLC同时检测5种食源性致病菌

目的建立同时检测沙门氏菌、单核细胞增生李斯特氏菌、大肠埃希氏菌O157、金黄色葡萄球菌和志贺氏菌5种食源性致病菌的简便、灵敏的高通量方法。方法根据GenBank公布的5种致病菌的特异性靶基因序列,设计5对特异性引物,与通用引物连接构成复合引物。经过反应条件的优化,建立了5种致病菌的靶序列富集多重PCR(target enriched multiplex PCR,Tem-PCR)扩增方法,扩增产物采用变性高效液相色谱(denaturing high-performance liquid chromatography,DHPLC)技术进行检测。结果采用Tem-PCR-DHPLC方法,检测48株试验菌株,未发现非特异性结果。对5种致病菌检测灵敏度,除金黄色葡萄球菌为620 cfu/mL外,其余都小于100 cfu/mL。对4种样品的检测结果与国家标准方法相符合。结论 Tem-PCR-DHPLC检测方法,相比传统多重PCR方法,能有效地解决引物扩增效率不均衡的问题,不需优化引物浓度,方法特异性强,灵敏度高,具有较好的实用性。

荷斯坦奶牛凝血因子Ⅺ缺乏症的PCR-DHPLC检测方法的建立

为了有效地检测荷斯坦奶牛凝血因子Ⅺ缺乏症,试验以制备的纯合突变、野生型基因为模板,优化PCR反应体系,制备异源双链体系,建立多聚酶链反应-变性高效液相色谱(PCR-DHPLC)的检测方法,确定最佳的检测条件,并用建立的方法对120个样本进行检测,再与传统的方法进行比较和验证。结果表明:所建立的PCR-DHPLC方法可以用于检测牛凝血因子Ⅺ缺乏症,与传统方法的检测结果一致。说明PCR-DHPLC方法是一种高通量、准确性高、特异性好的检测方法。