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基于网络药理学和分子对接技术探讨三七-淫羊藿治疗股骨头坏死的作用机制
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作者 丰哲 魏纪湖 +5 位作者 林泽宏 吕和 冯琳 陶奕孜 蒲张林 鲁世金 《广西医学》 CAS 2024年第1期112-121,共10页
目的运用网络药理学和分子对接技术探究三七-淫羊藿治疗股骨头坏死(ONFH)的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台筛选三七-淫羊藿的活性成分及其作用靶点,利用GeneCards®数据库、OMIM®数据库筛选ONFH的相关靶点... 目的运用网络药理学和分子对接技术探究三七-淫羊藿治疗股骨头坏死(ONFH)的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台筛选三七-淫羊藿的活性成分及其作用靶点,利用GeneCards®数据库、OMIM®数据库筛选ONFH的相关靶点,取交集后获得三七-淫羊藿治疗ONFH的潜在作用靶点。通过Cytoscape软件构建药物-活性成分-作用靶点网络,筛选关键活性成分。通过STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白-蛋白相互作用网络,筛选核心靶点。使用DAVID数据库对潜在作用靶点进行功能富集分析和通路富集分析。最后,对关键活性成分与核心靶点蛋白进行分子对接验证。结果最终获得三七-淫羊藿活性成分30个及其作用靶点214个,ONFH的相关靶点2112个。取交集后得到三七-淫羊藿治疗ONFH的潜在作用靶点131个。槲皮素、木犀草素、山柰酚、脱水淫羊藿素为三七-淫羊藿治疗ONFH的关键活性成分,蛋白激酶B1、血管内皮生长因子A、原癌基因c-Jun、肿瘤蛋白p53、白细胞介素1β为三七-淫羊藿治疗ONFH的核心靶点。三七-淫羊藿治疗ONFH的潜在作用靶点主要涉及对脂多糖的反应、对外来刺激的反应、细胞缺氧反应等生物过程,以及白细胞介素17信号通路、丝裂原活化蛋白激酶信号通路、糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B信号通路等信号通路。分子对接结果显示,关键活性成分与核心靶点蛋白均具有较好的结合活性(结合能≤-5 kcal/mol)。结论三七-淫羊藿治疗ONFH的作用机制可能与调控免疫-炎症反应、调控破骨细胞与成骨细胞的凋亡和分化、改善血运等有关。 展开更多
关键词 股骨头坏死 三七 淫羊藿 网络药理学 分子对接 作用机制
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自然资源业务系统与省级“互联网+政务服务”一体化平台整体对接方法研究与实现
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作者 彭海波 胡强 吴志春 《自然资源信息化》 2024年第1期23-28,共6页
自然资源政务服务业务系统与“互联网+政务服务”一体化平台有效对接,对于提升自然资源部门政务服务能力具有重要意义。本文针对自然资源部门业务系统众多、业务系统建设方式不一、网络部署环境多样的情况,探索了一种自然资源业务系统... 自然资源政务服务业务系统与“互联网+政务服务”一体化平台有效对接,对于提升自然资源部门政务服务能力具有重要意义。本文针对自然资源部门业务系统众多、业务系统建设方式不一、网络部署环境多样的情况,探索了一种自然资源业务系统与省级“互联网+政务服务”一体化平台“总对总”的整体对接方法,采用“一个政务数据资源中心、多个应用对接模块”的建设方式,搭建了省级自然资源政务数据共享交换平台,实现了业务系统与省级“互联网+政务服务”一体化平台的整体对接。实践表明,该方法简化了业务系统与其他外部系统对接方式的流程管理,促进了系统互联互通、数据共享共用,提升了政务服务效能。 展开更多
关键词 自然资源 业务系统 一体化平台 互联网+ 政务服务 共享交换 系统对接 “总对总”
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基于网络药理学和分子对接探讨三七-骨碎补治疗股骨头坏死的作用机制
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作者 李俊辰 王更宏 +3 位作者 徐西林 李志刚 申意伟 张晓峰 《辽宁中医药大学学报》 CAS 2024年第1期138-144,共7页
目的 基于网络药理学和分子对接探究“三七-骨碎补”药对治疗股骨头坏死的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对“三七-骨碎补”药对的活性成分及成分靶点进行采集、筛选,通过CNKI、PubMed数据库对其进行补充,... 目的 基于网络药理学和分子对接探究“三七-骨碎补”药对治疗股骨头坏死的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对“三七-骨碎补”药对的活性成分及成分靶点进行采集、筛选,通过CNKI、PubMed数据库对其进行补充,并利用UNIPORT数据库对靶点进行转换;通过GeneCards、TTD和OMIM数据库收集股骨头坏死的作用靶点,取得交集靶点后导入STRING数据库,生成PPI网络,并通过Cytoscape 3.9.0软件构建中药-活性成分-靶点网络;通过DAVID数据库对核心靶点进行GO功能富集分析与KEGG通路富集分析。结果 共得到“三七-骨碎补”药对的20个活性成分和229个潜在靶点,1386个股骨头坏死的靶点。GO富集分析主要包括炎症反应、凋亡过程、调节血管生成、与雌性激素响应等功能;KEGG富集分析主要包括脂质与动脉硬化、白细胞介素-17信号通路、类风湿性关节炎等信号通路。结论 “三七-骨碎补”药对治疗股骨头坏死具有成分多、靶点广、通路复杂的特点,可能通过IL6、TNF、TP53等靶点以及脂质代谢、白细胞介素-17等信号通路共同发挥治疗股骨头坏死的作用。 展开更多
关键词 网络药理学 三七 骨碎补 股骨头坏死 分子对接
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基于网络药理学和实验验证探究左归丸抑制头颈部鳞状细胞癌的作用机制
4
作者 周仕敏 谭雅琴 +1 位作者 张丽 邓志鹏 《安徽医药》 CAS 2024年第7期1312-1317,I0001,I0002,共8页
目的基于网络药理学和体外实验探究左归丸作用于头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)的靶点并分析潜在机制。方法自2022年11月至2023年3月分别通过TCMSP、BATMAN-TCM、GeneCards、CTD、OMIM数据库筛选左归丸的活性成分并筛选左归丸作用于HNSCC的潜... 目的基于网络药理学和体外实验探究左归丸作用于头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)的靶点并分析潜在机制。方法自2022年11月至2023年3月分别通过TCMSP、BATMAN-TCM、GeneCards、CTD、OMIM数据库筛选左归丸的活性成分并筛选左归丸作用于HNSCC的潜在靶点;使用String数据库构建潜在靶点互作网络,并进行多步拓扑分析筛选出核心靶点;使用DAVID和Metascape数据库对潜在靶点进行富集分析;最后运用Auto Dock Vina进行核心成分与靶点的分子对接并通过细胞计数试剂盒(CCK-8)、蛋白质印迹法验证左归丸对HNSCC的治疗作用及机制。结果左归丸的8种活性成分具有487个药物靶点,其中440个为HNSCC相关基因;两步拓扑结构分析得到表皮生长因子(EGFR)、细胞周期蛋白D1(CCND1)、热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA1)、核因子kappa B激酶亚基β抑制剂(IKBKB)和螺旋环螺旋结构域扩散激酶(CHUK)5个核心靶点;富集结果提示左归丸通过影响多种生物学功能和信号通路在HNSCC中发挥作用;分子对接结果显示,左归丸与核心靶点之间结合稳定。体外实验显示,与对照组相比,左归丸处理组显著抑制了WSU-HN6和CAL-27细胞增殖能力(P<0.001)并且可以降低CCND1,IKBKB和CHUK(P<0.05)的蛋白表达水平。结论左归丸能够靶向多条促癌信号通路从而对HNSCC起到抑制作用。 展开更多
关键词 左归丸 头颈鳞癌 网络药理学 分子对接 作用机制
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六味地黄丸合四妙丸治疗股骨头坏死的网络药理学和分子对接机制研究
5
作者 杨勇 唐瑞 张汉庆 《中医临床研究》 2024年第25期72-79,共8页
目的:运用网络药理学和分子对接技术探讨六味地黄丸合四妙丸治疗股骨头坏死的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出六味地黄丸合四妙丸的活性成分;利用UniProt数据库预测活性成分作用靶点,通过GeneCards和O... 目的:运用网络药理学和分子对接技术探讨六味地黄丸合四妙丸治疗股骨头坏死的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出六味地黄丸合四妙丸的活性成分;利用UniProt数据库预测活性成分作用靶点,通过GeneCards和OMIM数据库预测股骨头坏死疾病靶点。通过STRING数据库构建潜在作用靶点和蛋白质-蛋白质相互作用网络并通过Cytoscape 3.10.1软件筛选出关键靶点。通过DAVID工具进行潜在靶点的基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果:六味地黄丸合四妙丸治疗股骨头坏死的有效成分主要为槲皮素、汉黄芩素、山柰酚;作用的核心靶点为白细胞介素(Interleukin,IL)-6、肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)、IL-1B、肿瘤蛋白p53(Tumor Protein p53,TP53)、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3(Caspase-3,CASP3)、表皮生长因子受体(Epidermal Growth Factor Receptor,EGFR)、雌激素受体1(Estrogen Receptor 1,ESR1)、基质金属蛋白酶(Matrix Metallopeptidase,MMP)9、缺氧诱导因子-1A(Hypoxia Inducible Factor-1A,HIF-1A)、过氧化物酶体增殖物激活受体重组蛋白(Peroxisome Proliferator Activated Receptor,PPAR)γ等。关键作用通路为晚期糖基化终末产物-受体(Advanced Glycation End-Products,AGE-RAGE)信号通路、IL-17信号通路、脂质与动脉粥样硬化通路、癌症信号通路等。分子对接显示核心成分与核心靶点有较好的结合活性。结论:本研究初步揭示了六味地黄丸合四妙丸的核心活性成分及其多成分、多靶点、多通路治疗股骨头坏死的作用机制,为临床上股骨头坏死保髋治疗提供用药思路和依据。 展开更多
关键词 六味地黄丸 四妙丸 股骨头坏死 网络药理学 分子对接
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基于GEO芯片挖掘联合网络药理学及分子对接探讨当归补血汤治疗股骨头坏死分子机制 被引量:1
6
作者 黄为 黄有荣 +5 位作者 章晓云 韦宗波 叶来生 冯海波 李宏宇 孟林 《特产研究》 2023年第6期18-29,共12页
通过GEO数据挖掘、网络药理学和分子对接的方法来探讨当归补血汤治疗股骨头坏死的分子机制。使用TCMSP、Uniprot等数据库选取当归补血汤的活性成分及对应靶点,利用GEO数据库、GeneCards、OMIM及PharmGkb等数据库获得股骨头坏死的治疗靶... 通过GEO数据挖掘、网络药理学和分子对接的方法来探讨当归补血汤治疗股骨头坏死的分子机制。使用TCMSP、Uniprot等数据库选取当归补血汤的活性成分及对应靶点,利用GEO数据库、GeneCards、OMIM及PharmGkb等数据库获得股骨头坏死的治疗靶点,借助Venny在线作图平台得到当归补血汤治疗股骨头坏死的共同靶点。采用Cytoscape软件构建“当归补血汤活性成分-作用靶点”以及“当归补血汤-活性成分-股骨头坏死”网络及核心靶蛋白相互作用网络。借助DAVID数据库对当归补血汤治疗股骨头坏死的共同靶点进行GO功能分析和KEGG富集分析。运用PyMOL、Chem3D及AutoDockTools等软件将关键有效成分与核心靶点进行分子对接。结果显示,当归补血汤关键活性成分为山柰酚、槲皮素、芒柄花素、7-O-甲基-异微凸剑叶莎醇和异鼠李素等,当归补血汤治疗股骨头坏死的核心靶点为IL-6、VEGFA、MMP9、TNF及IL-1β等;GO功能分析主要涉及转录的正调控,DNA模板基因表达的正调控、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的负调控、细胞增殖的正调控、炎症反应、凋亡过程的正调控、对药物的反应、凋亡过程的负调控、细胞增殖的负调控等生物过程;KEGG通路富集分析主要涉及PI3K-Akt、MAPK、TNF、IL-17等相关通路;分子对接验证表明,当归补血汤治疗股骨头坏死的关键活性成分与核心靶点对接的结合能均低于-5 kJ/mol,提示有较好的结合活性。当归补血汤可能通过多成分、多靶点、多途径的方式对股骨头坏死发挥治疗作用,进一步阐明了当归补血汤治疗股骨头坏死的潜在药理机制,为该药物的研究进一步提供前期依据。 展开更多
关键词 当归补血汤 GEO芯片挖掘 网络药理学 分子对接 股骨头坏死 分子机制
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基于网络药理学和分子对接探讨高频调髓中药治疗股骨头坏死的作用机制 被引量:1
7
作者 汪正明 王瑞 +4 位作者 金钊锴 吕帅洁 金红婷 肖鲁伟 詹红生 《特产研究》 2023年第4期74-81,共8页
运用网络药理学和分子对接方法,探讨熟地、牛膝、茯苓、肉苁蓉和菟丝子等高频调髓中药治疗股骨头坏死(Osteonecrosis of the femoral head,ONFH)的作用机制。借助TCMSP平台,获取高频调髓中药的活性成分与潜在作用靶点,将上述药物作用靶... 运用网络药理学和分子对接方法,探讨熟地、牛膝、茯苓、肉苁蓉和菟丝子等高频调髓中药治疗股骨头坏死(Osteonecrosis of the femoral head,ONFH)的作用机制。借助TCMSP平台,获取高频调髓中药的活性成分与潜在作用靶点,将上述药物作用靶点在Uniprot数据库中进行标准化处理。通过GeneCards和OMIM两大疾病数据库,获取得到ONFH疾病相关基因靶点,对所得到的已规范化的药物活性成分与疾病靶点进行整理合并,得到交集基因靶点。通过Cytoscape软件和String数据库,绘制药物-活性成分-靶点-疾病网络和构建蛋白互作网络,分析网络中关键活性成分和蛋白靶点。利用R软件对交集基因进行基因本体(Geneontology,GO)功能和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopediaof Genesand Genomes,KEGG)通路富集分析,得到交集基因富集的功能与信号通路。为了验证药物活性成分与作用靶点结合的稳定性,使用AutoDockTools和AutoDock Vina软件进行分子对接验证,并在PyMOL软件中进行可视化分析,共得到5味调髓中药54个活性成分,1074个药物靶点,195个作用基因靶点,ONFH相关疾病靶点1219个。调髓中药有效作用靶点与疾病交集靶点39个。GO功能分析得到1619个条目,包括1517个生物过程,10个细胞组成及92个分子功能,其主要与血管生成、骨、脂质代谢和炎症反应等过程相关。KEGG通路富集分析得到119条通路,主要有AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路和IL-17信号通路等。分子对接结果显示,槲皮素、汉黄芩素和山柰酚等关键活性成分与IL6、P53和VEGF等核心蛋白具有良好的亲和力。本研究表明,高频调髓中药可通过调节免疫炎症反应、血管生成和骨代谢等过程,而达到治疗ONFH的作用,其具有多成分、多靶点和多途径的综合治疗作用特性。 展开更多
关键词 调髓 中药 股骨头坏死 网络药理学 分子对接
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基于分子动力学模拟与分子对接技术从分子层面预测活骨方对激素性股骨头坏死的干预作用
8
作者 高爽 赫龙 +5 位作者 申意伟 徐西林 张鑫 张宁 张晓峰 李小冬 《中国医院用药评价与分析》 2023年第4期393-399,403,共8页
目的:基于分子动力学模拟与分子对接技术从分子层面预测活骨方对激素性股骨头坏死(SONFH)的干预作用。方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台与BATMAN-TCM数据库筛选活骨方的活性成分和作用靶点,整合人类孟德尔遗传综合数据库与GeneC... 目的:基于分子动力学模拟与分子对接技术从分子层面预测活骨方对激素性股骨头坏死(SONFH)的干预作用。方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台与BATMAN-TCM数据库筛选活骨方的活性成分和作用靶点,整合人类孟德尔遗传综合数据库与GeneCards数据库的检索结果以明确SONFH相关靶点,借助Cytoscape 3.8.1软件,进行靶点网络、蛋白质-蛋白质相互作用网络的构建,并对其开展基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最后,运用分子对接及分子动力学模拟的方法,从分子层面预测活骨方作用于SONFH相关靶点的结合位点及结合能力。结果:筛选得到活骨方治疗SONFH相关活性成分200个,如二氢卡拉酮、米替隆、新隐丹参酮Ⅱ、棕榈酸和新隐丹参酮C等;与SONFH交集靶点119个,以及20个核心靶点,如癌组织基因、酪氨酸激酶、丝裂原激活的蛋白激酶1、雌激素受体1、白细胞介素6、血管内皮生长因子A和肿瘤坏死因子等。GO和KEGG富集分析结果显示,活骨方治疗SONFH主要涉及上皮细胞增殖、类固醇激素反应正调控等4134种生物学功能;157条信号通路(含磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B、丝裂原激活的蛋白激酶以及癌症相关通路等)与SONFH存在联系。分子对接和分子动力学模拟显示,新隐丹参酮C与核心蛋白HSP90AA1形成的对接体最稳定。结论:活骨方中米替隆、新隐丹参酮C和棕榈酸等活性成分可通过释放抗炎因子、抑制细胞凋亡和免疫反应等作用治疗SONFH。 展开更多
关键词 活骨方 激素性股骨头坏死 网络药理学 分子对接 分子动力学模拟
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基于网络药理学和分子对接探析当归-川芎药对治疗股骨头坏死的作用机制 被引量:1
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作者 黄克松 郑昊天 +1 位作者 高向明 吕子豪 《中医临床研究》 2023年第25期15-20,共6页
目的:运用网络药理学及分子对接技术研究当归-川芎药对治疗股骨头坏死的多靶点作用机制。方法:采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索当归-川芎的有效成分及其作用靶点;采用GeneCards、OMIM、DrugBank等数据库检索股骨头坏死... 目的:运用网络药理学及分子对接技术研究当归-川芎药对治疗股骨头坏死的多靶点作用机制。方法:采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索当归-川芎的有效成分及其作用靶点;采用GeneCards、OMIM、DrugBank等数据库检索股骨头坏死的疾病靶点;采用Cytoscape 3.9.1建立化合物-靶点-通路-疾病网络;使用STRING构建蛋白质-蛋白质相互作用网络;应用Metascape库进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;运用IGEMDOCK软件进行分子对接并进行对接效果的打分。结果:当归-川芎药对具有9个有效成分,有效成分的基因靶点与股骨头坏死基因靶点的交集基因有30个。通过对药物-有效成分-靶点-股骨头坏死调控网络的可视化分析,发现有效成分中的β-谷甾醇及杨梅酮所对应的交集基因最多。运用蛋白质-蛋白质相互作用网络预测到半胱氨酸蛋白酶3(Caspase 3,CASP3)、转录因子激活蛋白-1亚基(Transcription factor activator protein-1 subunit,JUN)、前列腺素G/H合酶2(Prostaglandin G/H Synthase 2,PTGS2)等30个基因是当归-川芎治疗股骨头坏死所干预的重要靶点。富集分析结果分析显示,当归-川芎有效成分在脂代谢相关生物过程、核受体相关分子作用、膜转运相关细胞组分中均可干预股骨头坏死。分子对接结果显示,当归-川芎药对中的叶酸、川芎萘呋内酯、川芎醌均与主要靶点结合良好,且较股骨头坏死有效药物结合趋势更强。结论:当归-川芎治疗股骨头坏死主要是作用于CASP3、JUN、PTGS2等30个基因,并在分子层面起到改善股骨头坏死脂代谢及微循环障碍等作用。 展开更多
关键词 当归 川芎 股骨头坏死 网络药理学 分子对接
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大调曲子《码头调》与《借云馆曲谱·马头调》之比较 被引量:4
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作者 仲立斌 《黄钟(武汉音乐学院学报)》 CSSCI 北大核心 2008年第3期32-38,共7页
大调曲子是流传于河南及其邻近地区的的一种曲牌体的说唱音乐形式,其形成的时间未见史料记载,一般认为是在明中后期至清乾隆年间。这种自娱的说唱音乐形式主要保存在河南省南阳地区一带。文章从《码头调》名称的由来以及古代文献中的《... 大调曲子是流传于河南及其邻近地区的的一种曲牌体的说唱音乐形式,其形成的时间未见史料记载,一般认为是在明中后期至清乾隆年间。这种自娱的说唱音乐形式主要保存在河南省南阳地区一带。文章从《码头调》名称的由来以及古代文献中的《码头调》、《码(马)头调》在中国传统音乐中的存在形式、大调曲子中的《码头调》、《借云馆曲谱》中的《马头调》、《借云馆曲谱.五瓣梅》中的《马头调》与大调曲子《码头调》的比较等方面对大调曲子中的《码头调》与《借云馆曲谱.马头调》 展开更多
关键词 大调曲子 说唱音乐 《码头调》 《马头调》 比较
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墩底分浇式船闸闸首底板算法研究 被引量:12
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作者 周清华 边立明 徐泽中 《水运工程》 北大核心 2003年第1期43-46,共4页
描述了结合Biot固结理论和邓肯—张E—μ本构模型的非线性有限元法,实例计算结果验证了该实例原型观测资料得出的结论。
关键词 墩底分浇式船闸 算法 闸首 坞式底板 预留缝 固结 非线性 有限元
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水下自主航行器回坞控制和仿真的研究
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作者 方凤玲 卢正华 +2 位作者 史剑光 金波 杨灿军 《广东第二师范学院学报》 2015年第3期75-82,共8页
水下自主航行器的回坞定位导航控制的任务是使水下自主航行器在洋流的影响下以一定的航艏向和姿态驶向接驳系统,并完成入坞这一过程.回坞过程分为3个阶段:远距离追踪式回航阶段、近距离中心线回航阶段、末端姿态调整阶段.针对不同阶段... 水下自主航行器的回坞定位导航控制的任务是使水下自主航行器在洋流的影响下以一定的航艏向和姿态驶向接驳系统,并完成入坞这一过程.回坞过程分为3个阶段:远距离追踪式回航阶段、近距离中心线回航阶段、末端姿态调整阶段.针对不同阶段分别采用不同的引导方式:视线法、横向误差法、设计参考航向法实现回坞过程的路径规划,用Proportional Integral Derivative(PID)控制法对回坞过程进行运动控制,并且利用数学模型在Matlab/simulink中对回坞定位导航控制进行仿真.仿真结果显示了文章所采用定位导航控制的有效性. 展开更多
关键词 水下自主航行器 回坞 PID 视线法 横向误差法 设计参考航向法
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基于网络药理学和分子对接探析淫羊藿-牛膝药对治疗股骨头坏死的作用机制 被引量:5
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作者 石威 张俊忠 +4 位作者 解鹏超 侯燕 余昕 李磊 姜红江 《西部中医药》 2022年第4期35-41,共7页
目的:基于网络药理学方法探析淫羊藿-牛膝药对治疗股骨头坏死的药效物质基础与潜在的分子作用机制。方法:通过中药系统药理数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP... 目的:基于网络药理学方法探析淫羊藿-牛膝药对治疗股骨头坏死的药效物质基础与潜在的分子作用机制。方法:通过中药系统药理数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)挖掘中药淫羊藿、牛膝的主要化学成分,根据ADME筛选出药物活性成分和药物作用的有效蛋白质靶点并通过Uniprot数据库对靶点信息进行标准化;通过GeneCard、OMIM、DrugBank数据库检索股骨头坏死主要作用靶点,借助Cytoscape软件制作PPI互作网络图,并进一步挖掘出更为重要的靶点蛋白;根据Metascape数据库进行GO分析和KEGG通路富集分析,最后对有效成分和核心靶点的结合度进行分子对接验证。结果:淫羊藿-牛膝药对调治股骨头坏死的核心活性成分为槲皮素、山柰酚、汉黄芩素等,核心靶点有TP53、PPARG、PTGS2等。淫羊藿-牛膝药对调治股骨头坏死的生物学通路主要作用于癌症通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路以及HIF-1信号通路等。分子对接结果示山柰酚与TP53、槲皮素与TP53结合力强。结论:淫羊藿-牛膝药对通过槲皮素、山柰酚等成分作用于TP53、PPARG等靶点,癌症通路、PI3K-Akt、MAPK、HIF-1等信号通路密切参与其中,在调治股骨头坏死中发挥了抗炎、恢复成骨细胞等作用。 展开更多
关键词 网络药理学 分子对接 淫羊藿 牛膝 股骨头坏死 分子机制
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采用水上深基坑围护法建造特大型船坞坞口的创新设计 被引量:12
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作者 李小军 陈映华 宣庐峻 《岩土工程学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第B11期1560-1564,共5页
中船长兴造船基地1~4号船坞是国内规模最大的船坞工程,其中的1、2号坞由于受诸多因素的影响,总体上未采用常规的大围堰包围干施工方案,而是创造性地先利用二个独立的水上深基坑围护建造坞口,后用坞门挡水干施工坞室结构。本文简要介绍... 中船长兴造船基地1~4号船坞是国内规模最大的船坞工程,其中的1、2号坞由于受诸多因素的影响,总体上未采用常规的大围堰包围干施工方案,而是创造性地先利用二个独立的水上深基坑围护建造坞口,后用坞门挡水干施工坞室结构。本文简要介绍了在长江口这样一个自然条件比较恶劣的水域,利用钢板桩进行水上深基坑围护建造特大型船坞坞口的设计方案,并对本工程区别于常规陆上深基坑工程的特点及难点进行了详细的分析,以期为类似的船坞工程和水上基坑围护工程提供借鉴和参考,并对正在进行的工程施工起一定的指导作用。 展开更多
关键词 坞口 水上基坑 设计研究 施工
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基于网络药理学和分子对接技术分析健脾活骨方治疗股骨头坏死的作用机制 被引量:8
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作者 孙诗艺 颜炎 +2 位作者 吴子轩 陈卫衡 何海军 《中药新药与临床药理》 CAS CSCD 北大核心 2022年第10期1357-1365,共9页
目的 基于网络药理学和分子对接技术分析健脾活骨方(党参、赤芍、半夏等)治疗股骨头坏死的作用机制。方法 通过TCMSP数据库,OMIM、DisGeNET、GeneCards数据库,获取健脾活骨方有效成分及股骨头坏死相关基因集。利用STRING平台和Cytoscape... 目的 基于网络药理学和分子对接技术分析健脾活骨方(党参、赤芍、半夏等)治疗股骨头坏死的作用机制。方法 通过TCMSP数据库,OMIM、DisGeNET、GeneCards数据库,获取健脾活骨方有效成分及股骨头坏死相关基因集。利用STRING平台和Cytoscape 3.9.1软件,构建并可视化中药-化合物-靶点-疾病多层次分子网络。再运用R软件开展基于GO及KEGG通路数据库的富集分析。最后,利用PyMol软件等开展分子对接虚拟计算。结果 网络分析结果表明,健脾活骨方缓解股骨头坏死的潜在活性成分72个,主要包括槲皮素、木犀草素、山柰酚等;候选靶点256个,如白细胞介素(IL)-6、AKT1、肿瘤坏死因子(TNF)等。进一步的功能挖掘结果显示,健脾活骨方缓解股骨头坏死的候选核心网络靶点主要通过调节TNF信号通路、IL-17信号通路、NF-κB信号通路、Toll样受体信号通路、HIF-1信号通路等,实现对病理状态下异常细胞凋亡过程的矫正,同时,也改善细胞对缺氧、脂多糖、肿瘤坏死因子和炎症刺激的应答能力。分子对接虚拟计算结果表明,健脾活骨方所含的槲皮素、木犀草素、山柰酚等成分与AKT1、TNF、IL-6等候选核心网络靶点有着较好的结合活性。结论 健脾活骨方通过调节骨代谢、减轻炎症反应等缓解股骨头坏死的主要病理环节,具有多成分、多靶点、多途径的作用特点,为深入挖掘该方的作用机制及明确其临床定位奠定了数据基础,也提供了新的研究思路和线索。 展开更多
关键词 健脾活骨方 党参 赤芍 半夏 股骨头坏死 网络药理学 分子对接
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基于网络药理学分析桃红四物汤治疗股骨头坏死的机制 被引量:12
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作者 王雷 陈坤 《实用临床医药杂志》 CAS 2021年第2期10-15,19,共7页
目的利用网络药理学方法探索桃红四物汤治疗股骨头坏死的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、GeneCards、OMIM、Drugbank数据库获取桃红四物汤治疗股骨头坏死活性成分与靶点,构建活性成分-靶点互作网络,绘制蛋... 目的利用网络药理学方法探索桃红四物汤治疗股骨头坏死的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、GeneCards、OMIM、Drugbank数据库获取桃红四物汤治疗股骨头坏死活性成分与靶点,构建活性成分-靶点互作网络,绘制蛋白互作(PPI)网络并进行分子对接,最后行GO富集和KEGG通路富集分析。结果从桃红四物汤中筛选出活性成分69个,作用于股骨头坏死的主要活性成分为槲皮素、山奈酚、木犀草素;关键靶点为血管内皮生长因子(VEGF)、白细胞介素-6(IL-6)及成骨细胞特异性转录因子2(Runx2)。分子对接服务器分析发现,桃红四物汤的活性成分与关键靶点能够紧密结合。GO富集分析显示,分子功能主要包括转录因子结合、类固醇激素受体活性、蛋白激酶结合等方面。生物过程主要涉及到细胞因子介导的信号通路、对类固醇激素的反应及细胞凋亡信号通路等生物学过程,细胞组成主要包括核转录因子复合体、蛋白激酶复合体、蛋白质-DNA复合物等。KEGG富集分析获取相关信号通路为VEGF、Janus激酶/信号转导与转录激活子(JAK/STAT)及核转录因子-kappa B(NF-κB)信号通路。结论桃红四物汤治疗股骨头坏死的作用机制在于应用槲皮素、山奈酚、木犀草素等活性成分,以VEGF、IL-6及Runx2为靶点,通过VEGF、JAK/STAT及NF-κB信号通路参与治疗股骨头坏死。 展开更多
关键词 桃红四物汤 网络药理学 股骨头坏死 分子对接 作用机制
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壮瑶药生骨汤治疗激素性股骨头缺血性坏死的临床疗效评价及网络药理学机制初探 被引量:3
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作者 王伟伟 欧志学 +3 位作者 章晓云 李时斌 周毅 李统 《湖南中医药大学学报》 CAS 2022年第4期642-650,共9页
目的 运用Meta分析对壮瑶药生骨汤治疗激素性股骨头缺血性坏死的临床疗效进行系统评价,并运用网络药理学对其作用机制进行初探。方法 检索相关数据库,时间从建库至2021年1月,查找对象为生骨汤治疗激素性股骨头缺血性坏死的随机对照试验... 目的 运用Meta分析对壮瑶药生骨汤治疗激素性股骨头缺血性坏死的临床疗效进行系统评价,并运用网络药理学对其作用机制进行初探。方法 检索相关数据库,时间从建库至2021年1月,查找对象为生骨汤治疗激素性股骨头缺血性坏死的随机对照试验研究,采用RevMan 5.3软件对纳入文献进行质量评价以及Meta分析。并运用网络药理学筛选生骨汤成分、靶点以及激素性股骨头缺血性坏死靶点,进行映射,映射结果采用生物信息学进行注释,并运用分子对接技术对其进行验证。结果 (1)共纳入5篇文献,394例患者,结果提示生骨汤可显著提高临床总有效率和综合疗效评分,降低患者空骨陷窝概率。(2)网络药理学分析得到活性成分40个,共有靶点94个,关键成分为木犀草素、去甲汉黄芩素、牵牛花色素、2’-羟基染料木素、染料木素,蛋白质相互作用网络图以及关键蛋白模块图提示壮瑶药生骨汤主要通过诱导SRC、VEGFA、MMP9、PLG、MAPK14等核心靶点起到治疗作用。(3)GO、KEGG富集分析结果显示,生骨汤通过以上关键核心靶点影响PI3K/Akt、HIF-1、MAPK等主要信号通路,集中调控蛋白水解、信号传导、胶原分解代谢等生物过程来发挥治疗激素性股骨头缺血性坏死作用。(4)分子对接结果显示,关键活性成分与核心靶点结合能均小于参考值,具有较好结合活性。结论 壮瑶药生骨汤能显著提高激素性股骨头缺血性坏死患者临床总有效率和综合疗效评分,降低其空骨陷窝概率;其中木犀草素、去甲汉黄芩素、牵牛花色素、2’-羟基染料木素、染料木素等为关键活性成分,通过调节新生血管生成、凝血系统以及骨细胞的增殖、凋亡、分化等达到治疗效果。 展开更多
关键词 生骨汤 激素性股骨头缺血性坏死 META分析 网络药理学 分子对接 壮瑶药
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基于网络药理学和分子对接技术的生姜挥发油治疗头风病作用机制研究 被引量:4
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作者 晏菲 高佳蓉 +4 位作者 张小飞 邹俊波 贾妍卓 王雯翡 史亚军 《天然产物研究与开发》 CAS CSCD 2021年第6期1032-1044,共13页
通过网络药理学和分子对接的方法探讨生姜挥发油治疗头风病的作用机制。采用气相色谱-质谱(GC-MS)联用技术测定生姜挥发油的化学成分,通过TCMSP和Swiss Target Prediction在线分析工具对生姜挥发油的靶点进行预测,通过Drugbank、OMIM和D... 通过网络药理学和分子对接的方法探讨生姜挥发油治疗头风病的作用机制。采用气相色谱-质谱(GC-MS)联用技术测定生姜挥发油的化学成分,通过TCMSP和Swiss Target Prediction在线分析工具对生姜挥发油的靶点进行预测,通过Drugbank、OMIM和DisGeNET数据库对头风病疾病的靶点进行预测,绘制维恩图获得两者交集。应用String数据库构建蛋白—蛋白相互作用(PPI)网络,采用Cytoscape 3.7.2软件对交集靶点进行可视化分析。使用R语言ClusterProfiler包进行基因本体(GO)富集分析与KEGG富集分析。最后利用Discovery Studio 4.0软件对与头风病相关的核心靶点进行分子对接。检测得到生姜挥发油化学成分53种,预测治疗头风病相关的靶点130个。GO富集分析与KEGG富集分析分别得到1361个可能与生姜挥发油治疗头风病作用机制有关的富集项以及77个可能是生姜挥发油治疗头风病通路的富集项。分子对接结果显示,核心靶点与金合欢醛、可巴烯、橙花叔醇有较强的的亲和力。生姜挥发油治疗头风病可能是通过APP、OPRM1、ADRA2A等关键靶点发挥作用,同时通过调控神经活性配体—受体相互作用通路、Ca^(2+)信号通路、含血清素的神经突触等多种信号通路发挥作用。生姜挥发油治疗头风病是多成分、多靶点、多通路的作用结果,这为生姜挥发油治疗头风病的进一步研究提供了一定的理论基础。 展开更多
关键词 生姜挥发油 头风病 网络药理学 分子对接 作用机制
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牛膝-续断治疗股骨头坏死的作用机制 被引量:3
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作者 李金宗 侯德才 巩雪 《中医药临床杂志》 2022年第7期1294-1301,共8页
目的:采用网络药理学研究方法探究牛膝-续断药对治疗股骨头坏死的作用机制。方法:通过数据库搜索并根据生物利用度筛选牛膝-续断药对活性化学成分,预测靶点,与检索出的股骨头坏死致病基因取交集获得共同靶点。对共同靶点实现PPI分析,得... 目的:采用网络药理学研究方法探究牛膝-续断药对治疗股骨头坏死的作用机制。方法:通过数据库搜索并根据生物利用度筛选牛膝-续断药对活性化学成分,预测靶点,与检索出的股骨头坏死致病基因取交集获得共同靶点。对共同靶点实现PPI分析,得出核心靶点,并进行GO及KEGG富集分析。分析“中药-靶点-疾病-通路”相互作用关系,拓扑分析得出核心成分。最后模拟分子对接,对亲和力加以验证。结果:牛膝-续断药对含27个活性成分,202个药物活性靶点,股骨头坏死含靶点2302个,二者有125个共同靶点。GO富集分析主要包括脂质代谢异常、细胞吞噬与凋亡等功能途径;KEGG通路分析主要包括脂质与动脉粥样硬化、L-17信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、缺氧诱导因子-1信号通路等。结论:牛膝-续断可通过拮抗炎症反应、减轻脂质代谢异常、抑制细胞凋亡、提高机体免疫力等方面,多成分、多靶点、多通路治疗股骨头坏死。通过干预动脉粥样硬化脂质与动脉粥样硬化,流体切应力与动脉粥样硬化通路,恢复血运供给,达到从瘀论治。 展开更多
关键词 牛膝 续断 股骨头坏死 网络药理学 信号通路 分子对接
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大型原料场码头进料系统稳定性的提升
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作者 许保亮 《冶金设备管理与维修》 2020年第2期27-30,共4页
改进了堆取料机二尾车摘挂钩系统结构,变“滑动摩擦摘钩”为“滚动摩擦摘钩”.调整了限位和修改了PLC程序.对皮带机伸缩头支架结构和定位方式、链条连接方式和选型等进行了改进.改进提升了码头进料系统的稳定性,大大降低了码头料线的故... 改进了堆取料机二尾车摘挂钩系统结构,变“滑动摩擦摘钩”为“滚动摩擦摘钩”.调整了限位和修改了PLC程序.对皮带机伸缩头支架结构和定位方式、链条连接方式和选型等进行了改进.改进提升了码头进料系统的稳定性,大大降低了码头料线的故障率,提高了作业效率. 展开更多
关键词 码头料线 堆取料机 伸缩头 格雷母线 料场
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