全基因组测序分析生畜肉中沙门氏菌血清型、耐药性与毒力因子

了解市售生畜肉中沙门氏菌(Salmonella)血清型、序列型(sequence typing,ST)分布、耐药性和毒力因子特征,探讨ST与耐药性和毒力的关系。收集2020—2023年从生畜肉中分离的68株沙门氏菌,用血清凝集法鉴定其血清型,微量肉汤稀释法进行药物敏感检测;全基因组测序分析多位点序列分型、耐药基因与毒力因子,并结合系统发育树分析其相关性。结果表明:68株沙门氏菌可分为14种血清型,以鼠伤寒沙门氏菌和肠炎沙门氏菌为主,ST以ST19、ST34和ST11为主;多重耐药菌株占比69.12%(47/68),对氨苄西林(76.47%)、四环素(55.88%)和萘啶酸(52.94%)耐药率较高;68株沙门氏菌均携带菌毛吸附相关因子、镁离子转运相关因子、非菌毛类吸附相关因子、调控相关因子和分泌系统相关因子;生畜肉中污染的沙门氏菌血清型种类多样,耐药性严重且携带多种毒力因子,需要加强畜类养殖和生产销售的管理。

基于决策树的川滇地区地震序列类型判定特征重要性研究

基于1966—2021年川滇地区225次5级以上地震目录、地震序列目录和历史地震震源机制资料,参考以往研究和震后趋势预测实践经验,构建了10个基于地震观测数据的机器学习序列类型判定特征样本数据集。基于地震序列分类定义,设置多震型、主余型、孤立型三类样本“标签”。对样本进行不均衡处理、对特征参数进行缺失处理后,采用决策树模型对特征参数的重要性进行研究。结果显示:不同时间段特征参数重要性类别有一定差异,随着序列数据资料的增加,序列类型判断更倚重动态的序列数据资料;主震震源机制相关参数和主震参数对序列分类有较高的贡献率,序列参数对序列分类贡献率不高。整体而言,模型给出的结果与实际经验性预报方法较为一致。

血清学检测和基因分型在ABO疑难血型鉴定中的性能评价

目的分析血清学检测和基因分型在ABO疑难血型鉴定中的应用。方法对106例ABO疑难血型实施血清学检测(吸收放散试验)等,同时对其实施基因分型检测(荧光定量PCR试验),以基因测序结果为金标准,评估血清学检测和基因分型所得结果与基因测序一致性,比较两种检查方式灵敏度、特异度。结果以基因测序为金标准,血清学检测所得结果一致性为中度,基因分型检测所得结果一致性很好。通过比较血清学检测和基因分型灵敏度、特异度可知,两种检查方式所得特异度、灵敏度差异有统计学意义,基因分型灵敏度、特异度更高(P<0.05)。结论基因分型检测和血清学检测有各自的优缺点,但总体上来说,基因分型检测具有更高的准确性和可靠性,更快速、高效。

2014—2022年北京市肠道门诊分离的肠出血性大肠埃希菌分子分型特征分析

目的 了解北京市肠出血性大肠埃希菌(enterohemorrhagic Escherichia coli,EHEC)分子特征及流行趋势。方法 收集2014—2022年北京市肠道门诊分离到的肠出血性大肠埃希菌,通过药敏试验及全基因组测序及数据分析,以了解病原的药物敏感性及分子特征。结果 共收集到14株EHEC,其中4株为多耐药菌株;多位点序列分型(multi-locus sequence type, MLST)分析ST11型占比最高(5/14);血清分型O157:H7占比最高(6/14);全基因组单核苷酸分型(whole genome single nucleotide polymorphism, wgSNP)结果显示6株O157:H7菌株分成一簇,其他菌株分成一簇;14株北京分离到的EHEC和美国国家生物技术信息中心(NCBI)网站下载的678株中国及周边国家分离的大肠埃希菌全基因组数据wgSNP分型,没有形成明显的地域性聚集,均以散发分布为主。结论 EHEC仍是北京市肠道传染病重要的病原菌,需要进一步加强EHEC监测。

中国页岩气新区带、新层系和新类型勘探进展、挑战及对策

近年来,中国页岩气聚焦“三新”(尚未开展工作或工作程度低的新区带、新层系及新类型)领域,加大理论攻关与勘探力度,页岩气增储上产再上新台阶。基于中国页岩气“三新”领域理论与勘探新进展,分析其勘探特点、变化趋势和发展前景,探索中国特殊页岩气地质理论,明确页岩气发展挑战与对策。结果表明:中国在四川盆地及邻区创新建立了五峰组-龙马溪组特色的高-过成熟度海相页岩气富集理论,累计发现页岩气田9个,探明页岩气地质储量近3×10^(12)m^(3),形成了450×10^(8)m^(3)/a的页岩气产能,年产页岩气250×10^(8)m^(3)。明确了近年来中国页岩气“三新”领域勘探具三大特点:①四川盆地及邻区五峰组-龙马溪组在深层、极浅层勘探取得重大新发展;②四川盆地筇竹寺组和吴家坪组等多个新层系实现新突破;③鄂尔多斯盆地西缘乌拉力克组获得新发现,东缘山西组取得新突破。页岩气“三新”领域的勘探实现了三大战略性转变:①目标由单一类型、单一盆地和单一层系转变为多类型、多盆地和多层系;②选区由盆内或盆缘为主转变为盆内、盆缘兼顾盆外弱改造区;③思路由纯粹富有机质页岩转变为富有机质页岩系统。通过梳理中国页岩气“三新”领域勘探挑战,指出“三新”领域是中国页岩气可持续发展的方向,并提出了下一步发展对策。

生鲜蔬菜来源的蜡样芽胞杆菌毒力基因分布与MLST分析

为了解生鲜蔬菜来源蜡样芽胞杆菌的分子流行病学特征,采用PCR技术对来自5种生鲜蔬菜的37株蜡样芽胞杆菌分离株进行了毒力基因(nheA、nheB、nheC、hblA、hblC、hblD、entFM、cytK、ces)检测和多位点序列分型(MLST)分析。结果表明:37株分离株除呕吐毒素基因ces未检出外,其他8个毒力基因均有检出,其中溶血性肠毒素基因nheB的检出率最高,为94.6%,其次为溶血素基因hblC、hblD、hblA和肠毒素基因entFM,检出率均超过80%,溶血性肠毒素基因nheA和nheC检出率较低,分别为78.4%和64.9%;细胞毒素基因cytK的检出率最低,为29.7%。根据毒力基因携带模式,将37株分离菌株分成14个型别,II型携带率最高,携带Hbl和Nhe两种基因的型别有I型、II型和IV型。MLST分析则发现,37株分离菌株可分为30个ST型和5个CC群。ST4和ST378为主要ST型;CC142分布最广泛,不仅包含的ST型最多,而且携带5种毒力型别。以上结果表明,上海市蔬菜中蜡样芽胞杆菌具有潜在肠毒性危害并在遗传上呈现出多样性。该结果对蔬菜中蜡样芽胞杆菌引起食物的监控、预警和爆发后感染源追踪具有指导意义。

基于ISSR-PCR体系鉴别樟芝单核体交配型

通过原生质体单核化技术获得樟芝单核体,基于内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列进行鉴定,采用14个引物对简单重复序列区间(inter-simple sequence repeats,ISSR)进行多态性扩增,筛选条带清晰、重复性好的引物用于樟芝单核体的交配型鉴定。结果表明,通过原生质体单核化技术获得31个樟芝单核体,经ITS序列分析确定获得的单核体为樟芝。以单核体S2、S10、S14、S27的DNA为模板,对14条ISSR引物进行初步筛选,得到4个条带清晰、重复性好的引物P7、P9、P21、P25用于交配型鉴定。单核体S9和S25为同一交配型,两者与S2为不同交配型,通过镜检进一步验证S9、S25可以与S2形成具有锁状联合的双核菌株。该方法可明显缩短樟芝单核体交配型的鉴定时间。

基于高通量测序分析毛菊苣醇提物对db/db小鼠肠道菌群的影响

该文探究毛菊苣醇提物对糖尿病小鼠(db/db小鼠)肠道菌群的影响。该研究以m/m小鼠为正常对照组(CON组),db/db小鼠随机分为模型组(MOD组)、二甲双胍组(MET组)、毛菊苣醇提物低剂量组(CGL组)、毛菊苣醇提物高剂量组(CGH组)。灌胃给药8周,对小鼠体质量、空腹血糖、肝脏总胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)进行分析,对小鼠粪便进行16S rRNA测序分析,探究毛菊苣醇提物对小鼠肠道菌群的影响。毛菊苣醇提物高剂量组可调节db/db小鼠体质量及血糖,显著降低db/db小鼠TC、TG水平(P<0.05);测序结果显示CON组、MOD组、CGH组三组小鼠肠道菌群情况存在差异,毛菊苣醇提物给药可改善db/db小鼠的肠道菌群失调,上调db/db小鼠肠道菌群中有益菌双歧杆菌属(Bifidobacterium)、Romboutsia、普雷沃氏菌属(Prevotella)菌群相对丰度。研究证明了毛菊苣醇提物给药能调节db/db小鼠肠道菌群,通过提高有益菌相对丰度调节糖脂代谢,可为新疆地产毛菊苣药材资源的开发利用提供全新的研究思路。

2型糖尿病合并感染患者肺炎克雷伯菌分布及预后影响因素分析

目的:探讨2型糖尿病(T2DM)合并感染患者肺炎克雷伯菌(KP)分布及预后影响因素分析。方法:选择226例T2DM患者为研究对象,根据是否合并KP感染分为未感染组(n=170)和感染组(n=56),分析T2DM患者感染的危险因素。收集T2DM合并感染患者KP标本,记录标本来源并进行菌种鉴定和药敏试验,并对所有菌株进行多位点序列(MLST)分型,记录预后情况。结果:基础疾病、抗生素使用、侵入性操作、血清白蛋白(ALB)、糖化血红蛋白(HbA1c)、空腹血糖(FPG)为影响T2DM发生感染的危险因素(均P<0.05)。T2DM合并感染患者体内分离56株肺炎克雷伯菌,肺炎克雷伯菌在痰液中的占比最高为44.62%,其次为尿液19.64%,血液中占比16.07%,脓液中占比12.5%,其他标本占比7.14%。56株KP总耐药率最高为氨苄西林,最低为亚胺培南,痰液标本中KP对头孢呋辛、头孢哌酮、庆大霉素耐药率高于非痰液标本,非痰液标本中KP对头孢他啶高于痰液标本(均P<0.05)。56株肺炎克雷伯菌MLST分型共发现42个ST型,ST-20型、36型、65型、347型、660型各2株,分别占3.57%,23型4株占7.14%,ST-17、25、29、35、37、45、86、189、208、211、218、322、355、412、490、519、557、595、726、776、1049、1092、1103、1319、1569、1916、2059、3014、3140、3536、4023、4194、4262、4412、4857型各1株,分别占1.78%,其他ST型7株占比12.5%。56例T2DM合并KP感染患者预后良好患者52例,预后不良患者4例,预后良好率为92.86%。结论:T2DM合并感染患者KP主要分布在痰液和尿液中,基础疾病、抗生素使用、侵入性操作、ALB、HbA1c、FPG是影响KP感染发生危险因素,T2DM合并KP感染患者根据药敏结果选择用药,有利于患者预后。

高通量测序技术对杀菌型益生菌含乳饮料菌群结构分析

目的分析杀菌型益生菌含乳饮料中菌群组成结构,并探究宣称添加益生菌的真实性和合规性。方法本研究以高通量测序技术为基础,从市售11批次杀菌型益生菌含乳饮料中全基因组提取,进行V3/V4变异区序列的聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增后,整理及统计样品测序序列数目,操作分类单元(operational taxonomic unit,OUT)归类,生成稀释曲线、Alpha多样性、聚类、丰度分布曲线与分析菌群结构和菌种标示合规性。结果共得到39231条优质序列,分布在210~518 bp范围内;共注解到16个门、37个纲、71个目、129个科、265个属;从门分类水平主要为厚壁菌门(Firmicutes 91.66%),从纲的分类水平主要为芽孢杆菌纲(Bacill 90.43%),从目的分类水平主要为乳杆菌目(Lactobacillales 82.74%);优势菌种为德氏乳杆菌保加利亚亚种、嗜热链球菌;同时产品有检出携带致病性非益生菌菌群。11种产品标签标示与实际检测到菌株完全一致的仅有1批次。结论本研究建立的高通量测序技术能准确、快速地探究杀菌型益生菌含乳饮料中微生物菌群多样性和潜在的致病性,市售产品益生菌种类丰富,但同质化程度较高,产品间菌群分布均匀度差异大。

骨质疏松椎体骨折磁共振STIR信号改变与CT骨折线类型的关系

目的探讨骨质疏松椎体骨折磁共振(MRI)-短反转时间反转恢复序列(STIR)信号改变与电子计算机断层扫描(CT)骨折线类型的关系。方法回顾性分析收治的108例骨质疏松椎体骨折患者临床资料以及MRI、CT影像学征象。比较不同MRI-STIR信号改变患者的CT骨折线类型及CT值。结果经MRI检查,入组患者骨折椎体数共121节,STIR序列呈现黑色线信号45节,无同源高信号36节,同源高信号40节;CT显示,骨折线嵌插型51节,开裂型33节,微骨折型37节。MRI-STIR序列呈现黑色线信号的患者椎体CT骨折线为嵌插型阳性率高于无同源高信号和同源高信号,差异有统计学意义(P<0.05);MRI-STIR序列呈现同源高信号的患者椎体CT骨折线为微骨折型阳性率高于黑色线信号和无同源高信号,差异有统计学意义(P<0.05)。MRI-STIR序列呈现黑色线信号的患者椎体CT值低于无同源高信号和同源高信号,差异有统计学意义(P<0.05)。结论MRI-STIR信号改变与CT骨折线类型存在一定相关性。STIR序列呈现黑色线信号的患者出现椎体嵌插型骨折风险更高,且预后较差。

沙门菌分子分型技术研究进展

与传统分型技术相比,分子分型技术以其高分辨率、高重复性、标准化等优点,已成为沙门菌致病性、遗传关联性、溯源和传播路径等研究领域的重要工具。目前,沙门菌分子分型技术主要包括三大类,其中基于限制性内切酶的分子分型方法以脉冲场凝胶电泳和扩增片段多态性为主,基于PCR扩增的分子分型方法以肠杆菌基因间重复共有序列PCR和多位点可变串联重复序列为主,基于测序的分子分型方法以多位点序列分型、规律的成簇间隔短回文重复序列和全基因组测序为主。这三大类分子分型技术均具有灵敏度高、重复性好、结果准确等优点,有助于揭示不同沙门菌间的宿主传播关系、地域传播关系。但这些方法也都存在不同程度的应用局限性,在实际应用中可根据实验室条件及研究需求选择其中一种或联合使用多种分型技术,从而达到对沙门菌精准分型的目的。本文对限制性内切酶、PCR扩增以及测序这三大类沙门菌分子分型方法的国内外相关研究成果进行总结归纳,以期为食品中沙门菌监测、风险评估以及溯源和预警提供参考。

河南省花生青枯病菌的分子鉴定及其生物学特性研究

为了明确河南省花生青枯病的病原菌分类属性,对采自河南省内不同市的30个青枯病菌株在16S rDNA序列、碳水化合物利用、致病性、演化型及序列变种等方面进行了鉴定。30个青枯病菌株的16S rDNA测序结果表明,引起河南花生青枯病的病原为茄科雷尔氏菌(Ralstonia solanacearum);所有青枯病菌株可侵染茄子、辣椒、马铃薯、烟草和番茄,但不侵染姜,属于生理小种1号;根据能否利用3种双糖和3种己醇的能力,可将其中4个菌株归于生化型Ⅱ,10个菌株归于生化型Ⅲ,16个菌株归于生化型V;所有青枯病菌株均能用多重PCR扩增得到144 bp演化型Ⅰ特异条带和280 bp茄科雷尔氏菌特异条带,表明青枯病原菌均属于茄科雷尔氏菌演化型Ⅰ,即亚洲组13;利用egl基因的系统发育进化分析表明,来自河南的30个菌株与Gx525、Ah-XnJn-12-6、HA2-1聚为一支,属于序列变种14。

江苏省2016—2021年临床分离铜绿假单胞菌耐药及基因组特征分析

目的了解江苏地区临床分离的铜绿假单胞菌耐药情况及基因特征。方法收集2016—2021年江苏地区各哨点医院临床分离的铜绿假单胞菌,采用肉汤稀释法对分离株进行10类19种抗菌药物的敏感性测定,对分离株行全基因组测序并多位点序列分型,综合抗菌药物耐药性数据库(CARD)扫描分析耐药基因。结果2016—2021年通过致病菌识别网12个市的哨点医院收集患者分离的铜绿假单胞菌101株。药敏试验结果显示,全部菌株对共计6类8种抗菌药物全部耐药,包括酰胺醇类抗生素氯霉素、磺胺类的复方磺胺甲口恶唑、头孢菌素类的头孢噻肟和头孢唑林、四环素类的四环素、青霉素类的氨苄西林及氨苄西林/舒巴坦以及β-内酰胺类的阿莫西林/克拉维酸;45.54%的分离株为碳青霉烯类耐药菌株,对亚胺培南、美罗培南两种碳青霉烯类抗生素的耐药率已分别达45.54%、39.60%;耐10种以上抗生素的菌株达63.36%;共发现35种耐药表型,其中1株菌对19种抗菌药物广泛耐药,耐药谱为AMC-AM-SAM-CZ-CTX-C-TE-SXT的菌株最多(31.69%,32株)。多位点序列分析发现75个ST型,聚类发现ST 262处于中心点,并遗传进化出11个亚型或分支。全基因组扫描发现6类18种抗菌药物耐药基因,crp P基因的携带情况与表型完全一致。结论2016—2021年江苏地区临床分离的铜绿假单胞菌耐药情况严重,两种碳青霉烯类抗生素的耐药率、耐10种以上抗生素的菌株比例高于国内其他省份,应引起高度重视。

内蒙古锡林浩特地区晚新生代火山喷发序列研究

火山喷发序列是恢复火山活动历史的重要基础。锡林浩特火山群是大兴安岭-大同新生代火山喷发带中火山数量最多、喷发时间最长的火山群。本文从火山地质学入手,查明了火山堆积物之间及与沉积地层(离石黄土、马兰黄土和黑土)的叠置关系,并根据火山结构组成、形貌特征、喷发类型、火山岩类型及火山锥体的风化降解程度等,结合光释光(OSL)、^(14)C等定年方法,对火山喷发序列进行综合研究,确定了喷发相对时序和绝对年龄。锡林浩特火山群火山活动具有周期性变化规律,其喷发序列由老到新依次为:上新世,早更新世,中更新世早期、中更新世晚期,晚更新世早、中、晚和末期,以及全新世,共9个火山喷发旋回。晚更新世是火山喷发的鼎盛时期。首次确定了鸽子山火山的最晚喷发年龄距今约6800年,为广义活火山。不同旋回火山喷发方式及火山风化降解程度差异较大。上新世为裂隙式喷发,早、中更新世主要是裂隙-中心式喷发,晚更新世以来为中心式喷发。中心式喷发火山类型有斯通博利型、夏威夷型、玛珥型和亚布里尼型,其中玛珥型火山在本区属首次发现。中更新世及以前的火山锥基本已剥蚀殆尽,晚更新世以来的火山地貌形态保存尚好。每个喷发旋回几乎都呈现从碱性玄武岩向拉斑玄武岩演化的特征,反映了本区深部岩浆房演化与构造活动强度的周期性变化规律。

分离自非血液无菌体液的金黄色葡萄球菌耐药性和分子特征分析

目的了解上海交通大学医学院附属新华医院分离自无菌体液的金黄色葡萄球菌的耐药性特点和分子分型特征,为临床抗感染治疗提供参考。方法收集该院2010年12月—2022年6月住院患者分离自无菌体液(不包括血液)的金黄色葡萄球菌,抗菌药物敏感性试验使用VITEK®-2 Compact全自动微生物分析系统,采用聚合酶链反应(PCR)法对所有菌株进行多位点序列分型(MLST),采用PCR法对MRSA进行SCCmec分型。结果共收集80株金黄色葡萄球菌,分离自成人的菌株占73.8%,分离自儿童的菌株占26.2%。菌株对青霉素耐药率最高(93.8%),其次是苯唑西林(50.0%)、红霉素(46.7%)、四环素(30.2%)、环丙沙星(30.2%),未检出对利奈唑胺和万古霉素耐药菌株,MRSA总检出率为50.0%,MRSA对多数抗菌药物的耐药率均高于MSSA。对所有菌株进行MLST分型,优势型别为ST5(20.0%)、ST398(12.5%)、ST7(8.8%)和ST239(8.8%),检出1株胸水来源的新型别菌株ST7981;分离自成人的菌株主要型别是ST5(20.3%),分离自儿童的菌株主要型别是ST5(19.0%)和ST398(19.0%)。对MRSA菌株进行SCCmec分型,共检出SCCmecⅠ、SCCmecⅢ、SCCmecⅣc、SCCmecⅤ4种亚型,SCCmecⅠ型菌株多为ST59型,SCCmecⅢ型菌株多为ST630型,SCCmecⅣc型菌株多为ST239型,SCCmecⅤ型菌株多为ST5型,另有10株未能分类,MRSA的主要流行克隆株为ST5-SCCmecⅤ型和ST239-SCCmecⅣc型。结论本研究中金黄色葡萄球菌的优势型别为ST5,MRSA菌株的主要流行克隆株为ST5-SCCmecⅤ型和ST239-SCCmecⅣc型。MRSA的耐药性明显高于MSSA,提示临床医师应更加重视金黄色葡萄球菌感染的治疗,同时加强院感防控。

甘肃省及周边地区畜禽屠宰及市售环节沙门菌的分离鉴定及生物学特性分析

[目的]为合理防控沙门菌感染,本试验针对甘肃省及周边地区畜禽屠宰及市售环节沙门菌的感染情况开展研究。[方法]通过细菌分离培养、生化试验及分子生物学方法进行细菌分离鉴定,采用玻片凝集法和多位点序列分型(MLST)确定沙门菌血清型。采用结晶紫染色定量法评价分离株生物被膜形成能力,通过药敏试验检测分离菌对常用抗菌药的敏感性,评估4种市售消毒剂对沙门菌的灭菌效果,并确定其最小抑菌浓度(MIC)。[结果]细菌分离培养结果显示,疑似沙门菌分离株在BS平板上菌落呈黑色有金属光泽、棕褐色或灰色;在XLD平板上菌落有光泽且中心呈黑色,或呈现全部黑色的菌落;镜检显示为革兰阴性短杆菌。生化鉴定结果显示,分离菌硫化氢、葡萄糖、鸟氨酸、赖氨酸脱羧酶反应结果呈阳性;尿素酶、氰化钾、乳糖、蛋白胨水反应结果呈阴性。PCR扩增沙门菌特异性基因invA获得大小约为284 bp的目的条带,共分离到95株沙门菌,均属于肠道沙门菌的3种血清型——鼠伤寒沙门菌、德尔卑沙门菌、里森沙门菌。多位点序列分型共鉴定出3种,分别为ST34、ST469、ST40型。所有分离株均可形成生物被膜。药敏试验结果显示,所有菌株对米诺环素、万古霉素完全耐药,对阿米卡星、头孢曲松、卡那霉素、头孢唑啉、头孢氨苄、庆大霉素等敏感性较强,75.78%的菌株具有多重耐药性。4种消毒剂对分离株MIC存在差异,0.2%甲醛溶液的MIC为0.125~0.25 mg/mL,0.2%苯扎溴铵的MIC为0.0625~0.125 mg/mL,0.5%碘溶液的MIC为0.3125~0.625 mg/mL,2%氢氧化钠的MIC为1.25~2.5 mg/mL。[结论]德尔卑沙门菌、鼠伤寒沙门菌和里森沙门菌是当前屠宰场中沙门菌的主要血清型,具有生物被膜形成能力和多重耐药性,给公共卫生带来很大威胁。本研究为加强甘肃省及周边地区屠宰场及市售环节卫生管理提供科学依据。

基于NCBI数据库的皮氏不动杆菌分子分型及blaOXA基因分析

目的分析全球皮氏不动杆菌的分布特点、序列分型(ST)及blaOXA基因分布,为感染防控及临床用药提供参考。方法采用Aspera软件从NCBI批量下载所有皮氏不动杆菌基因组序列(截止日期为2023年11月30日),并使用perl脚本从下载的gbk文件中批量提取菌株元信息。使用自制的Perl程序从每个皮氏不动杆菌基因组序列文件中提取该基因的核苷酸编码序列作为分析数据库。从网站下载不动杆菌属7个管家基因的等位基因序列作为查询数据库进行BLASTN比较分析,确定每个基因组的ST。从NCBI病原细菌耐药基因数据库下载耐药基因blaOXA的核苷酸序列,采用自我编写的AMRG软件进行blaOXA基因的分布分析。结果共获取305株皮氏不动杆菌的基因组,主要分离自1990年至2020年,分离率呈逐年增长趋势,其中2015年分离率最高。美国、中国、德国的分离率位居前三位,分别为29.5%(90株)、15.7%(48株)、13.4%(41株)。180株(59.0%)标本来源为人类,其中,痰液[42株(23.3%)]、血液[27株(15.0%)]和皮肤软组织[15株(8.3%)]位居前三位。305株皮氏不动杆菌共鉴定出79种ST,其中,ST93(14.4%)、ST64(12.1%)和ST63(11.8%)占比较高。美国、中国、德国分别以ST64、ST63、ST93流行分布为主。305株皮氏不动杆菌中除6株不携带blaOXA基因外,其余299株菌共携带31种blaOXA变异体,其中252个blaOXA基因具有碳青霉烯酶水解活性,另有146株携带blaOXA-500基因。结论皮氏不动杆菌全球流行分布存在地域差异,D型碳青霉烯酶基因blaOXA的高度流行提示其潜在多药耐药趋势,值得临床监测。

苏州市空肠弯曲菌耐药与分子特征分析

目的了解苏州市空肠弯曲菌的耐药情况和分子特征。方法对2018年-2022年苏州市分离的空肠弯曲菌进行全基因组测序分析了解毒力基因、耐药基因、多位点序列分型(Multi-locus sequence typing,MLST)等分子特征,通过琼脂稀释法了解其耐药表型。结果61株空肠弯曲菌被分为42个ST型别,以ST464占比最高(9.8%),包含12个CC群,以CC21占比最高(19.7%)。61株菌共检出18种耐药基因,97种毒力基因。药敏试验耐药率排前3位的抗生素分别是萘啶酸,四环素和环丙沙星,耐药率分别为90.2%,88.5%和73.8%,对红霉素100.0%敏感,多重耐药率达到41.0%。结论苏州市空肠弯曲菌多重耐药率高,携带耐药基因和毒力基因较多,克隆群以CC21为主,但ST型别较为分散,呈现较高的遗传多样性。

血流感染肺炎克雷伯菌毒力基因分布和临床分子特征

目的分析血流感染肺炎克雷伯菌的毒力基因分布和临床分子特征。方法收集2016年1月—2017年3月南昌大学第二附属医院158株肺炎克雷伯菌非重复临床分离株。采用自动化鉴定药敏仪进行菌种鉴定和体外药物敏感性试验。采用拉丝试验筛选高毒力肺炎克雷伯菌(hvKP)。采用聚合酶链反应(PCR)检测肺炎克雷伯菌毒力基因、耐药基因和5种常见荚膜血清型。对菌株进行多位点序列分型(MLST)和同源性分析。收集感染患者相关临床资料,比较碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(CRKP)和常用抗菌药物敏感肺炎克雷伯菌(SKP)感染患者的临床特征。结果158株肺炎克雷伯菌中,CRKP 22株(13.9%),SKP 29株(18.4%)。CRKP菌株均为多重耐药菌,全部表达碳青霉烯类耐药基因blaKPC-2,其中1株同时携带金属酶碳青霉烯类耐药基因blaIMP-4。拉丝试验结果显示,51株血流感染肺炎克雷伯菌中,有13株为hvKP,其中CRKP 2株、SKP 11株。SKP菌株uge、iutA、mrkD、alls、aerobactin基因检出率高于CRKP菌株,ybtA基因检出率高于CRKP菌株(P<0.05)。荚膜血清分型结果显示,51株血流感染肺炎克雷伯菌中,K1和K2各4株,K57有1株,均为SKP菌株;CRKP未检出常见荚膜血清型。MLST分型结果显示,51株CRKP和SKP以ST11型为主(24/51),22株CRKP均为ST11型,SKP中ST23型、ST11型、ST65型分别为4、2、2株。同源性分析结果显示,51株CRKP和SKP中,有21株同源性>70%,其中A型(5株)、B型(9株)、C型(3株)均为ST11型CRKP,4株ST23型SKP均为D型。CRKP和SKP感染患者接受侵入性操作、使用碳青霉烯类抗菌药物和预后差异均有统计学意义(P<0.05),年龄、性别、基础疾病和科室分布差异均无统计学意义(P>0.05)。结论肺炎克雷伯菌毒力基因ybtA、uge、mrkD、alls、iutA和aerobactin可作为hvKP的毒力标记物。CRKP菌株耐药基因复杂多样,感染患者预后差,建议临床尽早进行CRKP筛查。