双序列比对基础和应用实例

首先介绍序列比对的分子生物学基础,即核酸序列基本单元核苷酸和蛋白质序列基本单元氨基酸。文中以精心设计的图表列出四种核苷酸和二十种氨基酸的名称、性质和分类。第2节简述序列比对基础,包括相似性和同源性基本概念、整体比对和局部比对、点阵图方法、动态规划和启发式算法、计分矩阵和空位罚分,以及常用软件和分析平台。第3节介绍核酸序列比对中常用计分矩阵DNAfull,蛋白质序列比对中常用计分矩阵BLOSUM62和PAM250。第4-8节则以血红蛋白、多肽毒素、植物转录因子、癌胚抗原和唾液酸酶为例,介绍双序列比对的具体应用。通过这些实例,说明如何选择分析平台和比对程序、如何设置计分矩阵和空位罚分,如何分析比对结果及其生物学意义。文末进行简要总结。

用MDM积分法作点阵图比较蛋白质序列的同源性

用Ｃ语言设计了一个比较蛋白质序列同源性的程序，它采用Ｄａｙｈｏｆｆ的ＭＤＭ积分法（ＭＤＭｓｅｏｒｉｎｇｍｅｔｈｏｄ），结果以点阵图的形式呈现，能直观而灵敏地反映蛋白质序列的同源性。该程序运行速度快，结果直观可靠，是分子生物学研究中的一个有力工具．