基于RT-dd PCR技术的食品中诺如病毒定量检测

目的:构建基于逆转录微滴式聚合酶链式反应(reverse transcriptase droplet digital polymerase chain reaction,RT-ddPCR)技术的食品中诺如病毒(norovirus,NoV)定量检测方法。方法:筛选引物探针,建立并优化GI、GII型NoV和MS2噬菌体一步法RT-ddPCR检测体系,确定特异性。利用NoV RNA标准物质和MS2噬菌体RNA确认RT-ddPCR检测体系的定量限、准确度和重复性。制备人工阳性样品,分析MS2噬菌体对定量结果的影响。结果:3个RT-ddPCR检测体系具有良好的特异性、准确度和重复性,NoV RT-ddPCR检测体系的定量限包含10~4~10~0拷贝/μL 5个数量级,MS2噬菌体RT-ddPCR检测体系定量限与NoV相当,添加与不添加MS2噬菌体的人工阳性样品的定量结果无显著差异(P≥0.05)。结论:NoV RT-ddPCR检测体系可准确定量NoV RNA,MS2噬菌体不影响定量结果,可作为过程控制的模式病毒被添加到食品中,指示回收率,计算食品中NoV实际载量。

A群轮状病毒一步法RT-ddPCR方法的建立

目的:建立A群轮状病毒(rotavirus,RV)一步法反转录微滴式数字聚合酶链式反应(reverse transcriptase droplet digital polymerase chain reaction,RT-ddPCR)方法。方法:筛选特异性引物探针,建立并优化一步法RT-ddPCR方法,确定特异性;制备含A群RV目的片段的RNA标准物质,确定建立方法的检测限、准确度、重复性和复现性。A群RV阳性粪便样品梯度稀释后制作染毒液,制备人工染毒样品,分离病毒与食品基质,浓缩得到病毒悬液,提取RNA后,比较不同食品基质中一步法RT-ddPCR检测结果。结果:建立的一步法RT-ddPCR方法定量限为58000.00~5.80拷贝/μL,具有良好的特异性、准确性、灵敏度、重复性和复现性。各染毒水平下A群RV检出量和回收率在不同食品基质中存在显著性差异(P<0.05)。结论:研究建立的一步法RT-ddPCR方法可准确定量A群RV RNA,食品基质可影响一步法RT-ddPCR检测结果,通过病毒回收率可计算食品中A群RV的实际载量。

苹果茎沟病毒微滴数字RT-PCR检测方法的建立和应用

我国是第一大苹果生产国。苹果茎沟病毒(apple stem grooving virus,ASGV)在我国各苹果产区分布广泛,侵染果树导致树势变弱,生长量减少,果实品质下降,严重威胁我国苹果产业的可持续发展。病毒检测是果树病毒病防控的重要前提。本研究根据苹果茎沟病毒外壳蛋白基因保守序列,设计了引物和探针,建立了微滴数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)检测方法。所建立的检测方法能特异性检出苹果茎沟病毒,检测重复性好,灵敏度比qRT-PCR法高10倍,可适用于田间样品及组培苗检测。该方法的建立为苹果茎沟病毒的检测提供了重要的技术手段。

玉米矮花叶病毒微滴数字RT-PCR检测方法的建立

为准确检测进境玉米可能携带的玉米矮花叶病毒(maize dwarf mosaic virus,MDMV),基于MDMV外壳蛋白(coat protein,CP)保守基因序列,筛选3对引物和2组探针,并优化退火温度,构建基于微滴数字RT-PCR(droplet digital reverse transcription-polymerase chain reaction,ddRT-PCR)的MDMV精准检测方法。该方法可特异性检测MDMV,对MDMV CP阳性质粒样品的检测灵敏度可以达到1×10^(3)拷贝/μL,对69份进口玉米种子检测,检出5批次玉米种子携带MDMV,而荧光定量RT-qPCR仅检出4批次玉米种子,表明建立的ddRT-PCR相对于RT-qPCR有更高的灵敏度和可靠性,可用于玉米上MDMV的检测鉴定。