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人工湿地(SEEP)中重要微生物基因的分布
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作者 宋成 安德烈欧格母 《科技创新导报》 2014年第31期119-121,共3页
该论文旨在调查人工湿地SEEP的生态效益和影响。SEEP是与蓄水池相关的雨水生态建设项目的简称。该蓄水池具有不可否认的价值,但是却长期被人们忽视。经过集中调查研究之后,发现这和整个环境具有联系。例如,(1)产生数吨温室气体。(2)处... 该论文旨在调查人工湿地SEEP的生态效益和影响。SEEP是与蓄水池相关的雨水生态建设项目的简称。该蓄水池具有不可否认的价值,但是却长期被人们忽视。经过集中调查研究之后,发现这和整个环境具有联系。例如,(1)产生数吨温室气体。(2)处理受污染的水源,例如从水中清除N和P资源。(3)关于碳、氮和硫循环的其他生态有利影响。因此,非常值得探索其功能并建立对湿地功能非常重要的基因分布基准线。该文通过使用DNA提取和PCR技术对SEEP中每个区划的不同基因种类(例如,dsr B、mcr A、nir K、nir S和amo A基因)进行了研究并将在此进行报告。 展开更多
关键词 SEEP 人工湿地 dsrb基因 mcrA基因 NIRK nirS基因和amoA基因
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养殖池塘黄河鲤肠道硫酸盐还原菌群落特征解析
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作者 马丽美 蔡慧敏 +7 位作者 梁晓敏 游富 江爱霞 杨国坤 张新党 常绪路 张艳敏 孟晓林 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2022年第6期3-9,共7页
为探究鱼类肠道硫酸盐还原菌(sulfate-reduction bacteria,简称SRB)的群落特征,本研究选用黄河鲤(Cyprinus carpio L.)为研究对象,通过SRB功能基因(dsrB)高通量测序技术,对黄河鲤前、中和后肠SRB功能群进行检测。研究结果显示:黄河鲤肠... 为探究鱼类肠道硫酸盐还原菌(sulfate-reduction bacteria,简称SRB)的群落特征,本研究选用黄河鲤(Cyprinus carpio L.)为研究对象,通过SRB功能基因(dsrB)高通量测序技术,对黄河鲤前、中和后肠SRB功能群进行检测。研究结果显示:黄河鲤肠道SRB主要分布在中肠和后肠,中肠SRB主要包括变形菌门(Proteobacteria)的脱硫球茎菌属(Desulfobulbus)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、互营杆菌属(Syntrophobacter),厚壁菌门(Firmicutes)的脱亚硫酸菌属(Desulfitobacterium)和绿弯菌门(Chloroflexi)的暖绳菌属(Caldilinea);后肠SRB主要分布在变形菌门的脱硫球茎菌属、脱硫弧菌属、脱硫菌属(Desulfotalea)、互营杆菌属、脱硫念珠菌属(Desulfomonile)和鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)。依据高通量测序结果的FAPROTAX(Functional Annotation of Prokaryotic Taxa)数据库代谢功能预测显示,黄河鲤肠道SRB主要参与硫化合物呼吸、硫酸盐呼吸和化能异养功能。 展开更多
关键词 黄河鲤(Cyprinus carpio L.) 肠道菌群 硫酸盐还原菌(SRB) dsrb高通量 功能预测
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Molecular Characterization of Sulfate-Reducing Bacteria Community in Surface Sediments from the Adjacent Area of Changjiang Estuary 被引量:3
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作者 ZHANG Yu ZHEN Yu +2 位作者 MI Tiezhu HE Hui YU Zhigang 《Journal of Ocean University of China》 SCIE CAS 2016年第1期107-116,共10页
Sulfate-reducing bacteria(SRB),which obtain energy from dissimilatory sulfate reduction,play a vital role in the carbon and sulfur cycles.The dissimilatory sulfite reductase(Dsr),catalyzing the last step in the sulfat... Sulfate-reducing bacteria(SRB),which obtain energy from dissimilatory sulfate reduction,play a vital role in the carbon and sulfur cycles.The dissimilatory sulfite reductase(Dsr),catalyzing the last step in the sulfate reduction pathway,has been found in all known SRB that have been tested so far.In this study,the diversity of SRB was investigated in the surface sediments from the adjacent area of Changjiang Estuary by PCR amplification,cloning and sequencing of the dissimilatory sulfite reductase beta subunit gene(dsr B).Based on dsr B clone libraries constructed in this study,diversified SRB were found,represented by 173 unique OTUs.Certain cloned sequences were associated with Desulfobacteraceae,Desulfobulbaceae,and a large fraction(60%) of novel sequences that have deeply branched groups in the dsr B tree,indicating that novel SRB inhabit the surface sediments.In addition,correlations of the SRB assemblages with environmental factors were analyzed by the linear model-based redundancy analysis(RDA).The result revealed that temperature,salinity and the content of TOC were most closely correlated with the SRB communities.More information on SRB community was obtained by applying the utility of Uni Frac to published dsr B gene sequences from this study and other 9 different kinds of marine environments.The results demonstrated that there were highly similar SRB genotypes in the marine and estuarine sediments,and that geographic positions and environmental factors influenced the SRB community distribution. 展开更多
关键词 硫酸盐还原菌 表层沉积物 群落分布 长江口 分子特征 邻近海域 亚硫酸盐还原酶 基因序列
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江苏无锡健康与肠病人群肠道脱硫弧菌数量及肠道菌群多样性 被引量:15
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作者 丁俊荣 张秋香 +4 位作者 刘小鸣 王刚 田丰伟 张灏 陈卫 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第8期1033-1039,共7页
【目的】研究息肉、溃疡性结肠炎、直肠结肠癌和健康人群肠道中脱硫弧菌数量的差异,及不同人群肠道菌群的多样性,分析脱硫弧菌数量及肠道菌群多样性与肠道疾病之间的潜在关系。【方法】采用实时荧光定量PCR(RT-PCR)的方法,对58名受试者... 【目的】研究息肉、溃疡性结肠炎、直肠结肠癌和健康人群肠道中脱硫弧菌数量的差异,及不同人群肠道菌群的多样性,分析脱硫弧菌数量及肠道菌群多样性与肠道疾病之间的潜在关系。【方法】采用实时荧光定量PCR(RT-PCR)的方法,对58名受试者肠道脱硫弧菌的数量进行定量分析。采用PCR-DGGE技术,对不同人群的肠道脱硫弧菌和肠道菌群结构进行分析,结合16S rRNA V3区测序分析不同人群肠道菌群多样性的差异。【结果】RT-PCR分析显示,所有受试者均为脱硫弧菌阳性,其中息肉(2.9×106cfu/mL)和溃疡性结肠炎人群(1.2×106cfu/mL)肠道中脱硫弧菌的数量明显高于健康人群(7.0×105cfu/mL),直肠结肠癌人群(6.8×105cfu/mL)肠道中脱硫弧菌的数量与健康人群无明显差异。DGGE图谱聚类分析结果表明,肠道疾病人群肠道中脱硫弧菌的菌群相似度较高,而与健康人群之间的差异较大。16S rRNA V3区基因测序显示肠道疾病人群与健康人群在肠道菌群多样性和优势菌群方面均有明显差异。【结论】通过RT-PCR与DGGE相结合的方法,说明肠道脱硫弧菌数量的增多是息肉和溃疡性结肠炎疾病的一个重要特征,且其菌群组成在肠道疾病人群与健康人群之间存在明显差异。与健康人群相比,肠道疾病人群的肠道微生物多样性升高,优势菌群发生偏移,菌群失衡。 展开更多
关键词 荧光定量PCR DGGE 脱硫弧菌 肠道疾病 16S RRNA dsrb
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青藏高原湖泊沉积物硫酸盐还原菌种群分布 被引量:6
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作者 杨渐 蒋宏忱 +4 位作者 孙永娟 吴耿 侯卫国 董海良 赖忠平 《盐湖研究》 CSCD 2013年第1期7-13,共7页
采用聚合酶链式反应(PCR,Polymerase Chain Reaction)、变性梯度凝胶电泳(DGGE,Denaturing Gra-dient Gel Electrophoresis)与实时荧光定量聚合酶链式反应(Q-PCR,Quantitative PCR)相结合的综合分析技术,研究了青藏高原洱海、青海湖、尕... 采用聚合酶链式反应(PCR,Polymerase Chain Reaction)、变性梯度凝胶电泳(DGGE,Denaturing Gra-dient Gel Electrophoresis)与实时荧光定量聚合酶链式反应(Q-PCR,Quantitative PCR)相结合的综合分析技术,研究了青藏高原洱海、青海湖、尕海1、尕海2、小柴旦湖沉积物硫酸盐还原菌多样性及丰度。研究结果显示,5个盐湖沉积物中dsrB(编码亚硫酸还原酶β亚基,为硫酸盐还原菌所共有)基因的丰度为每克沉积物1.71×108~1.55×109拷贝,与盐度无明显相关性;所获得的dsrB基因序列分属于3个科:Desulfobacter-aceae,Desulfobulbaceae和Peptococcaceae。其中,Desulfobacteraceae科是主要类群。硫酸盐还原菌多样性(DGGE结果)与盐度呈现出负相关性。故在所研究的盐湖中,盐度可能不是影响硫酸盐还原菌种群分布的唯一因素,可能还受其它未知环境因素的影响,有待于进一步研究。 展开更多
关键词 dsrb基因 DGGE 硫酸盐还原菌 青藏高原湖泊
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深部热水硫酸盐还原菌微滴数字PCR检测技术的建立与应用 被引量:3
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作者 赵佳怡 甄世军 +4 位作者 张翠云 殷密英 张胜 何泽 宁卓 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第11期3756-3767,共12页
【背景】地下深部存在一个生物圈,深部沉积岩、玄武岩、花岗岩和变质岩等岩性环境的微生物群落已被调查,而地下深部碳酸盐岩岩溶-裂隙热储层微生物群落特征仍然不清。硫酸盐还原菌(sulfate-reducing bacteria,SRB)是地下深部频繁检出的... 【背景】地下深部存在一个生物圈,深部沉积岩、玄武岩、花岗岩和变质岩等岩性环境的微生物群落已被调查,而地下深部碳酸盐岩岩溶-裂隙热储层微生物群落特征仍然不清。硫酸盐还原菌(sulfate-reducing bacteria,SRB)是地下深部频繁检出的微生物。【目的】建立快速准确定量深部热水硫酸盐还原菌的微滴数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)技术。【方法】以SRB的功能基因dsrB为检测目标,优化SRB ddPCR技术的退火温度,考察其线性范围、敏感性、重复性和特异性,并将该技术用于实际样品的检测。【结果】SRB ddPCR技术的最佳退火温度为54℃,检测的线性范围为1.1×10^0-1.1×10^5copies/μL-DNA,相关系数R^2为0.996,检出限为1copy/μL-DNA,重复性的相对标准差优于9%,对3种非SRB人工构建的质粒均没有扩增,显示该技术具有很好的线性关系、敏感性、重复性和特异性。利用该技术对冀中地热区深部热水、浅层水和土壤样品进行了检测,平均含量分别为(4.0±8.4)×10^3 copies/mL、(1.6±3.5)×10^2 copies/mL和(1.5±1.2)×10^3 copies/g-dw。与浅层水和土壤相比,深部热水富含SRB菌。【结论】为了提高地下深部生物圈认识和合理开发利用深部热水,建立了一种快速、灵敏、准确的SRB ddPCR检测技术,同时为其他指示菌检测技术的建立提供了参考。 展开更多
关键词 硫酸盐还原菌 ddPCR dsrb 深部热水
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河套平原不同深度高砷地下水硫酸盐还原菌群落分布特征及环境意义
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作者 成语 宋腾龙 +1 位作者 田雪歌 王艳红 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期2372-2388,共17页
【目的】探究不同深度的高砷含水层中硫酸盐还原菌的丰度、群落组成和多样性的差异,并结合硫酸盐硫同位素等多种水化参数,揭示不同深度高砷地下水中硫酸盐还原菌群落分布特征及其环境意义。【方法】以我国典型高砷地下水分布区河套平原... 【目的】探究不同深度的高砷含水层中硫酸盐还原菌的丰度、群落组成和多样性的差异,并结合硫酸盐硫同位素等多种水化参数,揭示不同深度高砷地下水中硫酸盐还原菌群落分布特征及其环境意义。【方法】以我国典型高砷地下水分布区河套平原为研究区,采集不同深度含水层中的高砷地下水样品,测定水化参数,采用qPCR对样品16S rRNA基因和dsrB基因进行定量;通过dsrB基因高通量测序对硫酸盐还原菌群落进行分析,并将dsrB基因相对丰度、群落组成及多样性与水化因子结合,进行统计学分析。【结果】基于dsrB基因的定量结果表明,浅层地下水中dsrB基因相对丰度高于深层地下水。浅层地下水中,dsrB基因相对丰度与CH_(4)浓度呈显著正相关,且δ^(34)S-SO_(4)^(2–)与CH_(4)浓度显著正相关。而深层高砷地下水中,dsrB基因相对丰度与SO_(4)^(2–)浓度、DOC浓度存在显著正相关性。高通量测序结果表明,深层地下水中硫酸盐还原菌的α多样性显著高于浅层地下水。研究区内硫酸盐还原菌可分为264个OTUs,以Desulfobacterales、Nitrospirales、Rhodospirillales、Syntrophobacterales等10个目为主。不同种属硫酸盐还原菌在深、浅层地下水的丰度及影响丰度的环境因子存在一定差异,其中浅层地下水中Nitrospirales的相对丰度与As_(T)浓度和δ^(34)S-SO_(4)^(2–)呈正相关,指示出硫酸盐还原菌中Nitrospirales类群在浅层地下水砷的迁移转化中的重要作用。RDA结果表明,As_(T)浓度、CH_(4)浓度和Fe^(2+)浓度是控制研究区地下水中硫酸盐还原菌群落分布的关键环境因子。【结论】深、浅层高砷地下水中,硫酸盐还原菌多样性、种属构成与多样性存在显著差异,且受到了不同水化参数影响。 展开更多
关键词 高砷地下水 硫酸盐还原菌 dsrb基因 高通量测序 qPCR
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