HS5-1增强子eRNA PEARL对原钙粘蛋白α基因簇的表达调控

远端增强子对关键靶基因的表达调控通常可以决定细胞的命运和功能,激活的增强子可以双向转录产生长非编码(long noncoding)增强子RNA(enhancer RNA,eRNA)调控靶基因表达,课题组前期研究发现增强子eRNA能够通过形成R环(R-loop)来促进增强子与靶基因的染色质远距离互作,引起局部三维基因组TAD(topologically associated domain)的改变。为了进一步探究eRNA在基因转录过程中的生物学功能,本研究选取原钙粘蛋白(protocadherin,Pcdh)基因簇的增强子eRNA PEARL(Pcdh eRNA associated with R-loop formation)作为研究对象,通过CRISPR(clustered regularly interspaced short palindromic repeats)DNA片段编辑技术、逆转录PCR、荧光定量PCR等遗传学和分子生物学实验,揭示了增强子eRNA PEARL对Pcdhα基因簇表达的促进作用。首先,本研究通过分析不同组织中HS5-1增强子eRNA发现其表达具有组织特异性;其次,通过CRISPR诱导HS5-1增强子内CTCF结合位点的反转或缺失会造成增强子eRNA PEARL转录水平降低至2%~10%,同时Pcdhα基因簇的转录水平也会降低至原来的13%~68%;最后,利用CRISPR DNA片段编辑技术删除HS5-1 eRNA双向转录起始位点或反转eRNA PEARL的转录起始位点后,Pcdhα基因簇的转录水平下降了约60%或40%,表明HS5-1增强子eRNA在调控基因表达中发挥重要作用。以上研究结果进一步证实了HS5-1增强子的转录产物可以调控Pcdhα基因簇的表达,为后续研究原钙粘蛋白基因簇在大脑中的表达调控机制提供了新的思路或方向。

eRNA在泌尿系肿瘤发生、发展中的研究进展

非编码RNA是近年来肿瘤研究的热点,其在多种不同疾病的发生和进展中发挥着不同的作用。增强子RNA(eRNA)是从增强子转录过来的非编码RNA,近年来随着高通量测序技术(RNA-seq、ChIP-seq、ATAC-seq、RIP-seq、Hi-C等)的迅速发展,对于eRNA的研究也逐渐成为基础和临床研究的热点。eRNA在多种泌尿系肿瘤的发生、发展中均有着重要的作用,并且其表达具有组织特异性,有望成为指导临床诊断、治疗、预后预测的分子指标。本文简短地总结了eRNA的产生、分类、分子特征、作用机制,以及其在泌尿系肿瘤中的研究进展。

eRNA通过不同类型的增强子功能性地决定重新编程的转录过程

哺乳类基因组中含有数千个转录增强子，发挥着调节细胞特异性的基因表达功能。尚不清楚这些增强子如何作用于可选择的结合位点，又如何与信号依赖的转录因子发生反应。

增强子RNA RASSF8-AS1在胃腺癌中的临床意义与分子机制

目的 探究增强子RNA RASSF8-AS1在胃腺癌(STAD)中的表达和关键靶基因预测,分析RASSF8-AS1与临床病理特征、预后的关系,探索RASSF8-AS1在STAD发生发展中的作用机制。方法在UCSC Xena数据库中下载33类肿瘤的表达数据、生存数据和临床数据。采用Kaplan-Meier生存分析和相关性分析确定关键eRNA及其调控基因为eRNA-靶基因对。使用R语言ggboxplot命令分析RASSF8-AS1表达与患者临床病理的相关性,利用GO和KEGG富集分析探索RASSF8-AS1在STAD中参与的信号途径。使用逆转录聚合酶链式反应(RT-qPCR)验证RASSF8-AS1在正常和胃腺癌细胞系中的表达量。结果 RASSF8-AS1的表达水平与患者的年龄、临床分级、临床分期显著相关(χ^(2)=4.356、4.166、6.452,P均<0.05)。RT-qPCR结果表明,与正常细胞相比,胃癌细胞中RASSF8-AS1和RASSF8的表达水平显著降低,差异有统计学意义(HR=0.044,95%CI:0.032~0.056,P<0.05)。RASSF8-AS1高表达组患者的总体生存率显著低于低表达组患者,差异有统计学意义(P<0.05)。GO分析结果表明,RASSF8-AS1参与了细胞外基质组织构建、细胞黏附、化学突触传递的调节、胶原代谢等多种生物过程。KEGG通路分析中,间质发展、细胞外基质组织、膜电位的调节等信号途径被富集。结论 RASSF8-AS1是胃癌中与生存相关的关键eRNA,可能成为胃癌患者早期诊断的潜在生物标志物和潜在的治疗靶点。

增强子RNA FGB在结直肠癌肝转移中的作用

目的研究增强子RNA(eRNAs)在结直肠癌肝转移中的调控作用,并进一步明确eRNA FGB在结直肠癌肝转移中的作用。方法从美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库下载获得105例原发性结直肠癌GSE178120和283例结直肠癌肝转移GSE15921组织的基因表达图谱,采用WGCNA分析、lasso回归分析、多重Cox回归分析、Pearson相关性分析结合生存分析,明确结直肠癌肝转移的核心eRNA基因。采用CCK8法、克隆形成和transwell法研究eRNA(FGB)基因对细胞增殖、迁移和侵袭性的影响。结果生物信息学分析筛选出2个具有重要预后意义的eRNA(FGB和SLC38A4)(P<0.05),同时FGB(P=0.00423)对比SLC38A4(P=0.01478)的统计学意义更为显著。体外细胞实验结果,明确FGB的过表达可以抑制结直肠细胞系的增殖和克隆形成能力,同时抑制结直肠癌细胞的转移。结论eRNA在结直肠癌肝转移的调控机制中发挥重要作用,FGB参与了结直肠癌肝转移的分子机制调控,这为结直肠癌肝转移的早期诊断和治疗提供了新的研究策略。

增强子RNA RASSF8-AS1在胃腺癌中的临床意义与分子机制

目的探究增强子RNA RASSF8-AS1在胃腺癌(STAD)中的表达和关键靶基因预测,分析RASSF8-AS1与临床病理特征、预后的关系,探索RASSF8-AS1在STAD发生发展中的作用机制。方法在UCSC Xena数据库中下载33类肿瘤的表达数据、生存数据和临床数据。采用Kaplan-Meier生存分析和相关性分析确定关键eRNA及其调控基因为e RNA-靶基因对。使用R语言ggboxplot命令分析RASSF8-AS1表达与患者临床病理的相关性,利用GO和KEGG富集分析探索RASSF8-AS1在STAD中参与的信号途径。使用逆转录聚合酶链式反应(RT-qPCR)验证RASSF8-AS1在正常和胃腺癌细胞系中的表达量。结果RASSF8-AS1的表达水平与患者的年龄、临床分级、临床分期显著相关(χ^(2)=4.356、4.166、6.452,P均<0.05)。RT-qPCR结果表明,与正常细胞相比,胃癌细胞中RASSF8-AS1和RASSF8的表达水平显著降低,差异有统计学意义(HR=0.044,95%CI:0.032~0.056,P<0.05)。RASSF8-AS1高表达组患者的总体生存率显著低于低表达组患者,差异有统计学意义(P<0.05)。GO分析结果表明,RASSF8-AS1参与了细胞外基质组织构建、细胞黏附、化学突触传递的调节、胶原代谢等多种生物过程。KEGG通路分析中,间质发展、细胞外基质组织、膜电位的调节等信号途径被富集。结论RASSF8-AS1是胃癌中与生存相关的关键eRNA,可能成为胃癌患者早期诊断的潜在生物标志物和潜在的治疗靶点。

神经生长因子高亲和力受体互补核糖核酸探针的研究

目的 制备用地高辛标记的神经生长因子高亲和力受体 (TrkA)正、反义互补核糖核酸 (cRNA)探针的研究。方法 设计TrkA引物 ,构建pGEM TEasy TrkA重组质粒 ,分别用ApaⅠ和SacⅠ进行酶切得到线性DNA片段 ,以SP6和T7RNA聚合酶转录合成带有地高辛标记的高比活度的正、反义单链cRNA探针。结果 经斑点杂交证实 ,该探针敏感性高、特异性强。TrkA ApaⅠ探针稀释 12 5 0 0倍后的浓度为 40ng μl;TrkA SacⅠ稀释 1∶2 5 0 0倍后的浓度为 8ng μl;。 结论 成功制备了地高辛标记的TrkAcRNA探针 ,为毒理学中有关TrkAmRNA在组织。

生物信息学方法预测增强子及其作用位点综述

对于多细胞真核生物来说,细胞的特异性功能是十分重要的。这就要求在相同遗传物质的基础上,细胞能够通过不同的基因表达模式来适应环境的变化。基因表达调控的因素有很多,近年来随着对基因组非编码区的研究,发现了一些非编码的DNA序列对于基因表达调控具有重要意义。增强子是对基因表达调控具有重要作用的非编码序列元件之一。一些增强子能够通过转录产生具有调控功能的RNA,也被称为增强子RNA(enhancer RNA,eRNA)。因此对于增强子的序列特征、作用位点以及在特定时间和特定组织中表达模式的研究成为了基因表达调控领域的一个重要问题。

右心DDD起搏的同位素位相分析

目的 :用平衡法核素心室显像 (ERNA)位相分析方法评价右心DDD起搏的心室激动顺序和心室同步性。方法 :对 10例正常者及 10例植入DDD起搏器的病态窦房结综合征或间歇Ⅱ°房室阻滞患者行ERNA。在起搏心律和窦性心律下采集数据 ,分析处理位相 ,比较两者的相角程、心室激动顺序、最早激动点与X线定位的心室电极位置。结果 :正常者位相图示双心室色阶均一 ,心室直方图窄 ,相角程为 5 1.75°± 5 .81° ,心室激动顺序从室间隔近端或左室基底部向心尖方向扩散。行DDD起搏者起搏时右室激动早于左室 ,相角程显著增宽(6 4 .13°± 16 .81°vs 5 2 .88°± 9.2 6° ,P <0 .0 1) ,心室激动顺序发生改变 ,从右室心尖部向心底部和左室扩散 ,最早激动点为右室心尖部和室间隔远端 ,与X线显示右室电极位置一致。 2组观测者自身心律时的相角程无显著差别 (P >0 .0 5 ) ,起搏时的相角程差异显著 (P <0 .0 5 )。结论 :单纯右心室起搏改变心室激动顺序 ,增加心室不同步性 ;位相分析可以准确定位心室起搏电极位置。

生姜提取物的防污活性研究

以翡翠贻贝(Perna viridisLinnaeus)足部收缩实验和白脊藤壶(Balanus albicostatasPilsbry)金星幼体附着抑制实验检测了生姜(Zingiber officinaleRoscoe)不同组分的防污活性.实验结果表明,在翡翠贻贝足部收缩实验中,生姜的六种提取物防污活性高低及其与硫酸铜的防污活性比较结果如下:乙醇冷提组分=乙醇热提组分>乙酸乙酯热提组分>乙酸乙酯冷提组分>硫酸铜>水冷提组分>水热提组分;在白脊藤壶金星幼体附着抑制实验中,生姜的六种提取物的防污活性高低排序如下:乙醇热提组分>乙醇冷提组分>乙酸乙酯冷提组分>乙酸乙酯热提组分>水冷提组分>水热提组分.本研究结果表明生姜的乙醇冷提组分、乙醇热提组分、乙酸乙酯冷提组分和乙酸乙酯热提组分均具有较高的防污活性,揭示了生姜在海洋防污中有很大的应用和发展潜力,为寻找新型的环保型海洋防污材料以及进一步研究提供了理论依据.

DNA/RNA提取及处理方法对评价沉积物中纤毛虫分子多样性的影响

环境DNA(eDNA)技术结合高通量测序已广泛应用于评价微型生物多样性与群落构成。相较于eDNA,RNA在环境中易降解,环境RNA(eRNA)可更准确地反映群落近期生命活性状态。理论上,基于eRNA检获的生物多样性要低于eDNA检获的总体多样性。但前期已发表研究显示同一站点eDNA获得的多样性低于eRNA检获量,推测可能原因包括:1)样本量不同;2)RNA中存在DNA污染。为验证假设,本研究以陆架区2个站位沉积物中的纤毛虫为实验对象,系统性比较4种DNA/RNA提取方法:DNA直接提取(0.9 g沉积物),大样本量DNA直接提取(2 g),DNA洗脱法(2 g),RNA直接提取法(2 g);以及3种RNA提取后的处理方法:无DNA酶反转录,含DNA酶反转录,先纯化RNA再反转录。研究结果表明,大样本量(2 g)DNA直接提取法所检获的可操作分类单元(OTUs)约为小样本量(0.9 g)的2倍。相同样本量下,DNA洗脱法检获的OTUs最多,而DNA直接提取检获的OTUs低于有/无DNA酶反转检获的数量,先纯化再反转录所获得OTUs最少。就群落构成而言,DNA洗脱法和RNA纯化可有效降低浮游类群比例,可更真实展现底栖群落的构成。综上,建议使用DNA洗脱法评价沉积物中微型生物的总体多样性;采用eRNA研究具有生命活性的生物群落时,反转录之前可纯化RNA,以获得更加准确的具有生命活性的群落信息。

The untold story between enhancers and skeletal muscle development

Currently,enhancers have key transcriptional regulatory roles in muscle development.Skeletal muscle formation involves various molecules,and in animals,enhancers are one of the main types of transcriptional regulatory regions that are of great importance to regulate myogenic gene expression.In muscle development,enhancers can generate enhancer RNAs(eRNAs)that are involved in the regulation of gene transcription.The regulation of gene expression by eRNAs offers great potential in improving animal production traits.Herein we comprehensively review the roles of enhancers in muscle formation and its potential function in skeletal muscle development.This review will describe the future application of enhancers in skeletal muscle development and discuss the prospects that enhancer studies offer for agriculture,biotechnology,and animal breeding.

第9届“爱尔纳·突击”国际侦察兵竞赛参赛队员的机能监测

通过实验法,访谈法和观察法,对“爱尔纳.突击”国际侦察兵竞赛,我军参赛队进行机能监测和科研保障,并对保障效果进行了分析。

增强子RNA研究现状

增强子是真核生物基因表达调控的主要顺式作用元件,能有效促进基因表达。活化的增强子可以转录生成增强子RNA(enhancerRNAs,eRNAs),其合成受到信号系统和信号转录因子的约束。eRNAs与其他转录本(如lncRNAs和mRNAs)相比,其长度更短、稳定性更差、组织特异性更强。此外,eRNAs对增强子与启动子之间的染色质环(looping)的形成和稳定有一定的作用,并能促进靶基因的表达。目前,越来越多的研究发现eRNAs在发育和疾病发生等生物学过程中扮演着重要角色,但是其功能研究一直进展缓慢,调控机制尚不清楚。本文概述了eRNAs的特征、研究方法和功能特性,探讨了eRNAs作为潜在治疗靶标的可能性,以期为eRNAs的后续研究提供参考。

原发性扩张型心肌病核素心室造影的特点

本文总结了临床确诊为原发性扩张型心肌病患者共３３例，以左室扩大为主者１０例，左、右心室均扩大者２３例，对照组１５例，均经核素心室造影检查。结果表明，两组患者的左、右心室收缩和舒张功能均较对照组明显降低，双心室扩大组的收缩功能降低较左室扩大组更明显，两者有显著差异，舒张功能亦均下降，但两组无明显差异。这说明原发性扩张型心肌病的心功能损害累及收缩和舒张的全过程，以收缩功能损害更为严重。

“爱尔纳·突击”国际侦察兵竞赛项目特征及对参赛队员体能的要求

通过对近几年我军参加“爱尔纳·突击”国际侦察兵竞赛情况的分析及对相关资料的参考,总结了我军参加“爱尔纳·突击”国际侦察兵竞赛的项目特征,全面论述了不同体能素质在“爱尔纳·突击”

针刺推拿+心理疏导+康复训练联合西药治疗多发性末梢周围神经炎随机平行对照研究

[目的]观察针刺推拿+心理疏导+康复训练联合西药治疗多发性末梢周围神经炎疗效。[方法]使用随机平行对照方法,将80例住院患者按病志号抽签简单随机分为两组。对照组40例泼尼松龙100ug/次,口服;维生素B12100ug/次,口服;维生素B1100mg+0.9%生理盐水150m L,静滴,1次/d;川芎嗪注射液60mg+5%葡萄糖溶液200m L,静滴,1次/d;面神经炎巯丁二钠270μg、氯化亚锡-680μg、二巯丁二钠0.5g+0.9%生理盐水200m L,静滴,1次/d;根据神经炎范围和部位半导体激光物理调节适合的剂量模式,20min/次,1次/d。治疗组40例针刺印堂、四白、牵正、风池、合谷、下关、太冲、颊车、翳风、曲池、承浆、迎香等,合谷、风池、太冲),泻法,徐进疾出;下关、颊车、迎香平刺,平补平泻;其他面部腧穴,补法,轻轻抽动面部穴位,留针20min,1次/d,疼痛严重穴位注射普鲁卡因;按摩太阳、阳白、颧髎、颊车、地仓、合谷、三阴交、曲池、足三里、阿是穴等;轮刮上、下眼睑各30次,再按揉眼皮30次,10min/d,局部腧穴得气为度;心理疏导:与患者交流沟通,讲解相关知识和注意事项,帮助患者树立治疗信心;康复训练:引导患者进行正确的按摩、运动面部肌肉、肢体训练,如闭眼、皱眉、鼓腮等,远端麻木肢体辅助运动;西药治疗同对照组。连续治15d为1疗程。观测临床症状、神经功能、不良反应。连续治疗1疗程,判定疗效。[结果]治疗组痊愈19例,显效13例,有效7例,无效1例,总有效率97.50%;对照组痊愈10例,显效14例,有效8例,无效8例,总有效率80.00%;治疗组疗效优于对照组(P<0.05)。[结论]针刺推拿+心理疏导+康复训练联合西药治疗多发性末梢周围神经炎,疗效满意,无严重不良反应,值得推广。

增强子RNA的功能特性及其在人类疾病中的重要调控作用

增强子是基因组上一段可以被转录调控蛋白识别并结合的区域,作为顺式调控元件和启动子共同参与基因转录过程。增强子在激活状态下,打开局部染色质并暴露DNA基序以吸引转录因子,从而进一步招募RNA聚合酶产生一类非编码RNA,即增强子RNA(enhancer RNA,eRNA)。eRNA可促进增强子与启动子特异性染色质远程互作参与基因转录调节,或与转录因子等调控蛋白结合促进基因转录,具有多样的功能和调控机制,从而在细胞的发育和分化、疾病发生发展等众多生物过程中起重要作用。该文就e RNA特性、功能、鉴定、数据库资源,以及eRNA在人类神经系统疾病、癌症、免疫代谢类疾病、心血管疾病等中的功能作用研究进展作一系统综述,探讨eRNA的未来研究方向,及在疾病中作为潜在治疗靶点的可能及目前存在的挑战。

核素心室造影评价系统性红斑狼疮病人的心室功能

应用核素心室造影评价35例系统性红斑狼疮（SLE）病人亚临床心脏受累期心功能的变化。结果显示，SLE病人左室收缩功能参数如左室射血分数、峰射血率、前1／3射血分数及峰射血时间均无显著性改变；活动期和非活动期病人左室舒张功能参数如峰充盈率、前1／3充盈分数明显降低，活动期更明显；62．5％的活动期和36．4％的非活动期病人前1／3充盈分数降低（＜20％）；活动期病人左室相角程标准差增大，收缩同步性减低；活动期和非活动期病人右室功能均降低。提示SLE病人即使左室收缩功能正常也存在左室舒张功能和右室功能障碍。

心脏右侧DDD起搏对心功能和心室收缩同步性的影响

目的 用平衡法核素心室显像（equilibrium radionuclide angiography,ERNA）方法评价心脏右侧DDD起搏对心功能和心室同步性的影响。方法10例病态窦房结综合征或间歇二度房室阻滞患者植入DDD起搏器。患者植入起搏器后行ERNA检查,用程控仪调整起搏器参数,分别在起搏情况下和窦性心律情况下采集数据,通过半自动处理数据获得心功能参数,对采集的数据进行位相分析（Phase analysis）处理,了解心室激动顺序,计算出相角程（Phase shift）来评估心室激动的同步性。结果患者在起搏时,左心室1/3EF比窦性心律时明显减低[（0.23±0.06）对（0.28±0.05）,P=0.01]。位相分析显示起搏时右心室激动早于左心室,相角程增宽[（64.13±16.81）°对（52.88±9.26）°,P=0.007]。在窦性心律时心室激动顺序为从室间隔近端或左心室基底部向心尖方向扩散,起搏心律时心室激动顺序发生改变,从右心室心尖部向心底部和左心室扩散。结论 单纯右心室起搏增加心室不同步性,影响左心室收缩功能。