一种基于PPI网络的乳腺癌差异基因分析算法

为了提高对于乳腺癌差异基因筛选的准确率,从分子层面出发,结合拷贝数与基因表达两方面特征,分析了乳腺癌差异表达基因,研究了乳腺癌的发病机制,为乳腺癌的诊疗提供了新的研究思路.在癌症基因组图谱中下载乳腺癌的拷贝数和基因表达数据,利用R软件通过卡方检验提取乳腺癌拷贝数差异基因,结合edgeR差异基因分析算法,筛选乳腺癌差异表达基因,利用ks检验关联两方面差异基因,分析其相关性,结合string数据库构造蛋白质互作网络,筛选核心基因,通过生存分析和GO富集分析验证结果的准确性.以基因差异表达倍数大于1,p值小于0.05为标准,筛选出基因表达差异基因共有10 579个,上调基因7 543个,下调基因3 036个,经验证发现,ATAD2B等8个基因与乳腺癌的发生发展密切相关.

幽门螺旋杆菌感染对胃癌的影响研究

目的 探讨未感染幽门螺旋杆菌（HP）的胃癌样本与感染HP的胃癌样本之间的差异.方法 提取TCGA数据库中胃癌样本基因表达量（MRNA）的数据.根据胃癌样本中有无HP感染将样本分为2组,通过edgeR算法分别对比表达量数据,并得到差异基因.再将得到的两组差异基因分别进行富集分析,最后比较两组富集分析的结果,得出未感染HP的胃癌样本与感染HP的胃癌样本之间富集通路的差异.结果 由KEGG数据库可知,未感染HP的胃癌样本在代谢途径、蛋白质消化和吸收、脂肪消化和吸收、胃酸分泌、胰腺分泌、cAMP信号通路、血管平滑肌收缩方面与癌旁比较,差异有统计学意义（P〈0.00001）.感染HP的胃癌样本在细胞因子-细胞因子受体相互作用方面与癌旁比较,差异有统计学意义（P〈0.00001）.结论 HP感染导致细胞因子-细胞因子受体相互作用异常.可能有2种不同的胃癌亚型,分别对于代谢途径、蛋白质消化和吸收、脂肪消化和吸收、胃酸分泌、胰腺分泌、cAMP信号通路、血管平滑肌收缩方面与细胞因子-细胞因子受体相互作用方面产生影响.