EGRADE/G—MV-8000Ⅱ普通文本终端图形系统

本文从系统实现角度介绍了一个在美国DG公司MV-8000Ⅱ计算机上开发的将原来只能在图形工作站上运行的CAD系统——GRADE/G移植到普通文本终端(CD-460)的系统软件EGRADE/G。该软件的开发成功不仅使MV-8000Ⅱ在不花任何费用的情况下就扩充了众多(仿真)图形工作站,而且还为高级程序设计语言FORTRAN与GRADE/G之间建立起一套图形接口函数库。另外,本文还概要地展示了GRADE/G图形文件(.md)的内部结构,这对于MV用户利用其它高级语言开发GRADE/G系统下的CAD应用系统将有很大的帮助。

细粒棘球蚴DNA损伤修复蛋白RAD51的生物信息学分析及初步验证

目的利用生物信息学软件预测和分析细粒棘球蚴DNA损伤修复蛋白(EgRAD51)的分子特性,为EgRAD51的功能和药物靶点研究奠定基础。方法在NCBI数据库中检索下载EgRAD51蛋白的氨基酸序列,采用ProtParam预测EgRAD51蛋白的理化性质,SignalP-5预测信号肽,ProtScale预测其亲疏水性,TMHMM分析跨膜区域,EukmPLoc2.0预测基亚细胞定位,SOMPA和Swissmodel预测其二、三级结构,NetPhos3.1、NetOGlyc4.0及NetNGlyc1.0预测磷酸化位点,ABC pred和SYFPEITHI数据库预测其T、B细胞表位。采用MEGA11软件对不同物种来源的RAD51蛋白进行多序列比对并构建系统进化树。采用qRT-PCR检测不同药物干预后EgRAD51 mRNA表达水平。结果预测EgRAD51氨基酸数378个,分子式为C1839H2950N508O544S20,分子质量为41.52193 ku,pI值为7.95;该蛋白无信号肽和无跨膜区,定位于细胞核内;含有32个丝氨酸磷酸化位点,26个苏氨酸磷酸化位点,9个酪氨酸磷酸化位点,4个O-糖基化潜在位点,1个N-糖基化位点;含PRK09302超级家族保守结构域及RAD51C重组酶保守结构域;二级结构中α-螺旋占45.24%,延伸主链占15.08%,β-转角占3.97%,无规则卷曲占35.71%,为低聚单体;含有13个B细胞抗原表位,具有能与HLA-A*02-01的结合能力,且能被分子呈递。同源性及系统进化分析显示,EgRAD51与多房棘球绦虫RAD51的氨基酸序列一致,与亚洲带绦虫、中殖孔绦虫、血吸虫、欧洲锥虫等亲缘关系较近,与智人、果蝇、中华枝睾吸虫、带翅棘球蚴亲缘关系较远。qRT-PCR检测不同药物干预组的EgRAD51 mRNA较空白对照组均上调。结论EgRAD51蛋白定位于细胞核内,含有丰富的B细胞抗原表位,具有能与HLA-A*02-01的结合能力,是一个具有潜在研究价值的药物靶点。

siRNA特异性干扰EgRad9基因表达对细粒棘球蚴原头节DNA氧化损伤机制的影响

目的研究小干扰RNA(small interfering RNA,si RNA)特异性干扰Eg Rad9基因表达后对细粒棘球蚴原头节DNA氧化损伤机制的影响。方法利用电穿孔法将Eg Rad9-si RNA干扰序列和阴性对照干扰序列转染细粒棘球蚴原头节,实验分为Eg Rad9-si RNA-354、-614、-971干扰组,阴性对照组和空白对照组。电转染3 d后,加入自然状态下原头节最大耐受浓度的H_2O_2处理1 h,伊红染液染色后,倒置荧光显微镜下观察原头节活性并计算存活率。收集各组原头节的培养液,进行碱性磷酸酶活性的检测。电转染3 d后,加入自然状态下原头节耐受H_2O_2的最大耐受浓度处理1 h后,TRIzol法提取总RNA。实时荧光定量PCR(q RT-PCR)检测Eg Rad9m RNA的表达。采用彗星实验检测干扰Eg Rad9基因表达后细粒棘球蚴原头节DNA氧化损伤情况,活性氧(reactive oxygen species,ROS)检测试剂盒检测干扰Eg Rad9基因表达后细粒棘球蚴原头节体内ROS的含量,采用SPSS 22.0统计学软件进行数据分析。结果自然状态下细粒棘球蚴原头节体外耐受H_2O_2的最大浓度为0.4 mmol/L,干预时间为1 h;电穿孔法可将绿色荧光干扰序列有效的导入原头节体内,实验组和阴性对照组的原头节体内均有明亮的绿色荧光斑点;而空白对照组原头节体内无绿色荧光斑点。Eg Rad9-si RNA-354、-614、-971干扰组原头节的存活率分别为(42.99±4.03)%、(29.86±5.87)%和(56.48±4.64)%,初步筛选最有效干扰序列为Eg Rad9-si RNA-614。si RNA-354、-614、-971干扰组碱性磷酸酶活性分别为0.024±0.001、0.004±0.001、0.039±0.002,其中Eg Rad9-si RNA-614组碱性磷酸酶活性与阴性对照组(0.095±0.001)和空白对照组(0.099±0.001)相比,差异均有统计学意义(t=10.227、10.934,均P<0.01),表明该组原头节Eg Rad9基因经干扰后对其活性影响最大,最有效干扰序列为Eg Rad9-si RNA-614。Eg Rad9-si RNA-354、614、971干扰组Eg Rad9 m RNA表达量分别为0.432±0.055、0.291±0.079、0.612±0.032,其中经Eg Rad9-si RNA-614序列干扰后,Eg Rad9 m RNA表达量与阴性对照组(1.001±0.020)和空白对照组(1.001±0.012)相比均显著下调(t=7.874、7.663,均P<0.01),可确定最有效干扰序列为Eg Rad9-si RNA-614。相同电泳条件下,Eg Rad9-si RNA-614干扰组原头节DNA碎片离开核向阳极迁移,形成拖尾;Eg Rad9-si RNA-614干扰组彗星尾距OTM值为13.901±2.263,与阴性对照组(0.074±0.020)和空白对照组(0.047±0.034)相比,差异有统计学意义(t=12.845、13.251,均P<0.01)。经Eg Rad9-si RNA-614序列干扰后,原头节体内ROS含量为13.024±0.154,与阴性对照组(2.728±0.083)和空白对照组(2.555±0.007)相比,差异有统计学意义(t=9.296、10.134,均P<0.01)。结论Eg Rad9基因在细粒棘球蚴原头节DNA氧化损伤过程中发挥重要作用,Eg Rad9-si RNA-614干扰片段可特异性干扰Eg Rad9基因的表达,并降低原头节修复DNA氧化损伤的能力。