以高耐热玉米品种郑单958、低耐热玉米品种先玉335为材料,以正常生长条件为对照,在花期进行高温胁迫,通过miRNA高通量测序筛选玉米花粉中的差异表达miRNA,然后预测其靶基因,并对靶基因的本体特征和代谢通路进行富集分析。结果表明,共筛...以高耐热玉米品种郑单958、低耐热玉米品种先玉335为材料,以正常生长条件为对照,在花期进行高温胁迫,通过miRNA高通量测序筛选玉米花粉中的差异表达miRNA,然后预测其靶基因,并对靶基因的本体特征和代谢通路进行富集分析。结果表明,共筛选到818个miRNA前体序列。在郑单958高温胁迫花粉与对照花粉对比组(HT958 vs CK958)中共筛选到19个显著差异表达miRNA序列,其中15个miRNA序列上调表达,4个下调表达,3个miRNA序列达到极显著水平(P<0.01)。对这19个显著差异表达miRNA的靶基因进行预测,共获得了503个基因转录本,其富集较多的GO生物学过程条目分别为转录调控DNA-模板、微管生物学过程、磷酸化作用、RNA聚合酶Ⅱ正向调控转录过程、甲基化作用等,KEGG富集较显著的代谢通路分别是谷胱甘肽代谢、碳代谢、花生四烯酸代谢、糖酵解/糖异生、叶酸生物合成等。在先玉335高温胁迫花粉与对照花粉对比组(HT335 vs CK335)中共筛选到15个显著差异表达miRNA序列,其中7个miRNA序列上调表达,8个下调表达,1个miRNA序列达到了极显著水平(P<0.01)。对这15个显著差异表达miRNA的靶基因进行预测,共获得了454个基因转录本,其富集较多的GO生物学过程条目分别为转录调控DNA-模板、磷酸化作用、蛋白质磷酸化作用、蛋白质水解、DNA修复等,富集较显著的KEGG代谢通路分别是其他多糖降解、亚油酸代谢、代谢通路、硫胺素代谢、内质网内蛋白质加工过程等。在郑单958高温胁迫花粉与先玉335高温胁迫花粉对比组(HT985 vs HT335)中共筛选到85个显著差异表达miRNA序列,其中35个miRNA序列为上调表达,50个为下调表达,24个miRNA序列达到了极显著水平(P<0.01)。对这85个显著差异表达miRNA的靶基因进行预测,共获得了2 286个基因转录本,其富集较多的GO生物学过程条目分别为转录调控DNA-模板、磷酸化作用、蛋白质磷酸化、蛋白质水解、跨膜转运等,富集较显著的代谢通路分别是鞘脂类代谢、淀粉和蔗糖代谢、其他多糖降解、代谢通路、半胱氨酸及甲硫氨酸代谢等。在HT958 vs CK958与HT335 vs CK335对比组中共筛选到94个显著差异表达miRNA序列,其中(预测全新)PC-3p-10069_1143、(预测全新)PC-3p-18335_646、(玉米)zma-miR164f-5p等28个miRNA序列达到了极显著水平(P<0.01)。对这94个显著差异表达miRNA的靶基因进行预测,共获得了4 569个基因转录本,其富集较多的GO生物学过程条目分别为转录调控DNA-模板、磷酸化作用、蛋白质磷酸化、蛋白质转运、蛋白质水解等,其富集较显著的KEGG代谢通路分别是内质网内蛋白质加工过程、真核生物核糖体生物合成、剪接体、鞘脂类代谢、内吞作用等。展开更多
目的探讨血清微小RNA(miRNA)-106a和miRNA-20a水平与新生儿呼吸窘迫综合征(NRDS)严重程度及预后的相关性。方法选取2021年3月至2024年4月在西安交通大学附属红会医院就诊的156例NRDS患儿为NRDS组,其中男77例,女79例,出生胎龄(33.87±...目的探讨血清微小RNA(miRNA)-106a和miRNA-20a水平与新生儿呼吸窘迫综合征(NRDS)严重程度及预后的相关性。方法选取2021年3月至2024年4月在西安交通大学附属红会医院就诊的156例NRDS患儿为NRDS组,其中男77例,女79例,出生胎龄(33.87±2.01)周。根据NRDS患儿胸部影像检查结果将其分为轻度组(50例)、中度组(74例)和重度组(32例)。根据NRDS患儿结局将其分为预后良好组132例和预后不良组24例。另选取同期在西安交通大学附属红会医院体检的健康早产儿150例作为对照组,其中男77例,女73例,出生胎龄(34.05±1.83)周。采用定量聚合酶链式反应(qPCR)测定血清miRNA-106a和miRNA-20a水平;采用Pearson相关分析NRDS患儿血清miRNA-106a和miRNA-20a水平与新生儿急性生理评分(SNAPPE-Ⅱ)、1 min Apgar评分的相关性;采用受试者操作特征曲线(ROC)评价血清miRNA-106a和miRNA-20a水平预测NRDS患儿预后的价值。采用t检验、χ^(2)检验。结果NRDS组患儿血清miRNA-106a和miRNA-20a水平低于对照组[(0.97±0.30)比(1.70±0.53)、(0.88±0.32)比(1.57±0.55)],差异均有统计学意义(t=14.750、13.346,均P<0.05)。重度组、中度组、轻度组血清miRNA-106a和miRNA-20a水平及1 min Apgar评分比较,差异均有统计学意义(均P<0.05)。预后不良组NRDS患儿血清miRNA-106a和miRNA-20a水平低于预后良好组[(0.40±0.19)比(1.07±0.36)、(0.39±0.17)比(0.97±0.34)],SNAPPE-Ⅱ评分高于预后良好组[(34.25±6.50)分比(18.10±3.58)分],差异均有统计学意义(t=13.438、12.718、11.850,均P<0.05)。血清miRNA-106a和miRNA-20a水平与SNAPPE-Ⅱ评分呈负相关(均P<0.05),与1 min Apgar评分呈正相关(均P<0.05)。miRNA-106a、miRNA-20a预测NRDS患儿预后不良的灵敏度分别为95.8%、91.7%,特异度分别为93.2%、89.4%,曲线下面积(AUC)分别为0.961(95%CI 0.929~0.992)、0.938(95%CI 0.900~0.976),表明这些生物标志物预测NRDS患儿预后准确度较高。miRNA-106a联合miRNA-20a的灵敏度和特异度分别为91.7%、97.7%,AUC为0.984(95%CI 0.967~1.000),表明联合检测具有更高的预测效能。结论血清miRNA-106a和miRNA-20a水平在NRDS患儿中降低,且其水平随NRDS患儿严重程度加重而逐渐降低,二者在预测NRDS患儿预后中具有重要价值。展开更多
文摘以高耐热玉米品种郑单958、低耐热玉米品种先玉335为材料,以正常生长条件为对照,在花期进行高温胁迫,通过miRNA高通量测序筛选玉米花粉中的差异表达miRNA,然后预测其靶基因,并对靶基因的本体特征和代谢通路进行富集分析。结果表明,共筛选到818个miRNA前体序列。在郑单958高温胁迫花粉与对照花粉对比组(HT958 vs CK958)中共筛选到19个显著差异表达miRNA序列,其中15个miRNA序列上调表达,4个下调表达,3个miRNA序列达到极显著水平(P<0.01)。对这19个显著差异表达miRNA的靶基因进行预测,共获得了503个基因转录本,其富集较多的GO生物学过程条目分别为转录调控DNA-模板、微管生物学过程、磷酸化作用、RNA聚合酶Ⅱ正向调控转录过程、甲基化作用等,KEGG富集较显著的代谢通路分别是谷胱甘肽代谢、碳代谢、花生四烯酸代谢、糖酵解/糖异生、叶酸生物合成等。在先玉335高温胁迫花粉与对照花粉对比组(HT335 vs CK335)中共筛选到15个显著差异表达miRNA序列,其中7个miRNA序列上调表达,8个下调表达,1个miRNA序列达到了极显著水平(P<0.01)。对这15个显著差异表达miRNA的靶基因进行预测,共获得了454个基因转录本,其富集较多的GO生物学过程条目分别为转录调控DNA-模板、磷酸化作用、蛋白质磷酸化作用、蛋白质水解、DNA修复等,富集较显著的KEGG代谢通路分别是其他多糖降解、亚油酸代谢、代谢通路、硫胺素代谢、内质网内蛋白质加工过程等。在郑单958高温胁迫花粉与先玉335高温胁迫花粉对比组(HT985 vs HT335)中共筛选到85个显著差异表达miRNA序列,其中35个miRNA序列为上调表达,50个为下调表达,24个miRNA序列达到了极显著水平(P<0.01)。对这85个显著差异表达miRNA的靶基因进行预测,共获得了2 286个基因转录本,其富集较多的GO生物学过程条目分别为转录调控DNA-模板、磷酸化作用、蛋白质磷酸化、蛋白质水解、跨膜转运等,富集较显著的代谢通路分别是鞘脂类代谢、淀粉和蔗糖代谢、其他多糖降解、代谢通路、半胱氨酸及甲硫氨酸代谢等。在HT958 vs CK958与HT335 vs CK335对比组中共筛选到94个显著差异表达miRNA序列,其中(预测全新)PC-3p-10069_1143、(预测全新)PC-3p-18335_646、(玉米)zma-miR164f-5p等28个miRNA序列达到了极显著水平(P<0.01)。对这94个显著差异表达miRNA的靶基因进行预测,共获得了4 569个基因转录本,其富集较多的GO生物学过程条目分别为转录调控DNA-模板、磷酸化作用、蛋白质磷酸化、蛋白质转运、蛋白质水解等,其富集较显著的KEGG代谢通路分别是内质网内蛋白质加工过程、真核生物核糖体生物合成、剪接体、鞘脂类代谢、内吞作用等。
文摘目的探讨血清微小RNA(miRNA)-106a和miRNA-20a水平与新生儿呼吸窘迫综合征(NRDS)严重程度及预后的相关性。方法选取2021年3月至2024年4月在西安交通大学附属红会医院就诊的156例NRDS患儿为NRDS组,其中男77例,女79例,出生胎龄(33.87±2.01)周。根据NRDS患儿胸部影像检查结果将其分为轻度组(50例)、中度组(74例)和重度组(32例)。根据NRDS患儿结局将其分为预后良好组132例和预后不良组24例。另选取同期在西安交通大学附属红会医院体检的健康早产儿150例作为对照组,其中男77例,女73例,出生胎龄(34.05±1.83)周。采用定量聚合酶链式反应(qPCR)测定血清miRNA-106a和miRNA-20a水平;采用Pearson相关分析NRDS患儿血清miRNA-106a和miRNA-20a水平与新生儿急性生理评分(SNAPPE-Ⅱ)、1 min Apgar评分的相关性;采用受试者操作特征曲线(ROC)评价血清miRNA-106a和miRNA-20a水平预测NRDS患儿预后的价值。采用t检验、χ^(2)检验。结果NRDS组患儿血清miRNA-106a和miRNA-20a水平低于对照组[(0.97±0.30)比(1.70±0.53)、(0.88±0.32)比(1.57±0.55)],差异均有统计学意义(t=14.750、13.346,均P<0.05)。重度组、中度组、轻度组血清miRNA-106a和miRNA-20a水平及1 min Apgar评分比较,差异均有统计学意义(均P<0.05)。预后不良组NRDS患儿血清miRNA-106a和miRNA-20a水平低于预后良好组[(0.40±0.19)比(1.07±0.36)、(0.39±0.17)比(0.97±0.34)],SNAPPE-Ⅱ评分高于预后良好组[(34.25±6.50)分比(18.10±3.58)分],差异均有统计学意义(t=13.438、12.718、11.850,均P<0.05)。血清miRNA-106a和miRNA-20a水平与SNAPPE-Ⅱ评分呈负相关(均P<0.05),与1 min Apgar评分呈正相关(均P<0.05)。miRNA-106a、miRNA-20a预测NRDS患儿预后不良的灵敏度分别为95.8%、91.7%,特异度分别为93.2%、89.4%,曲线下面积(AUC)分别为0.961(95%CI 0.929~0.992)、0.938(95%CI 0.900~0.976),表明这些生物标志物预测NRDS患儿预后准确度较高。miRNA-106a联合miRNA-20a的灵敏度和特异度分别为91.7%、97.7%,AUC为0.984(95%CI 0.967~1.000),表明联合检测具有更高的预测效能。结论血清miRNA-106a和miRNA-20a水平在NRDS患儿中降低,且其水平随NRDS患儿严重程度加重而逐渐降低,二者在预测NRDS患儿预后中具有重要价值。