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Explicit solvent model for spectral shift of acrolein and simulation with molecular dynamics 被引量:1
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作者 ZHU Quan LIU Jifeng +2 位作者 FU Kexiang HAN Keli LI Xiangyuan 《Chinese Science Bulletin》 SCIE EI CAS 2006年第24期2951-2958,共8页
By introducing the concept of spring energy of permanent dipole and taking the conforma-tions of solvent molecules into account,the formulas of electrostatic solvation energy in equilibrium and nonequilibrium are deri... By introducing the concept of spring energy of permanent dipole and taking the conforma-tions of solvent molecules into account,the formulas of electrostatic solvation energy in equilibrium and nonequilibrium are derived from the explicit solvent scheme,with the spatial distribution of the discrete permanent charges and induced dipoles of the sol-vent molecules involved. The energy change of sol-ute due to the variation of wave function from the case of vacuum to that in solution is estimated by treating the solvent effect as external field in the it-eration cycles of the self-consistent field. The ex-pression for spectral shift is deduced and applied to the processes of light absorption and emission in solution. According to the new formulations,the av-eraged solvent electrostatic potential/molecular dy-namics program is modified and adopted to investi-gate the equilibrium solvation energy of water mole-cule and spectral shift of acrolein. 展开更多
关键词 丙烯醛 分子动力学 溶剂模型 谱移 非平衡溶剂化 静电自由能
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亚临界水中葡萄糖转化生成5-羟甲基糠醛的理论研究 被引量:1
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作者 阎智锋 连洁 +5 位作者 赵舟 何春启 岳秀萍 王玉萍 吴杏 卢建军 《燃料化学学报》 CSCD 北大核心 2021年第8期1122-1131,共10页
采用色散修正的密度泛函理论,分别采用隐性溶剂模型和显性溶剂模型,对比研究了亚临界水中葡萄糖异构化为果糖以及果糖脱水制备5-羟甲基糠醛(5-HMF)的反应机理。结果表明,显性溶剂模型更接近真实反应情况,溶剂水分子能够参与反应并在质... 采用色散修正的密度泛函理论,分别采用隐性溶剂模型和显性溶剂模型,对比研究了亚临界水中葡萄糖异构化为果糖以及果糖脱水制备5-羟甲基糠醛(5-HMF)的反应机理。结果表明,显性溶剂模型更接近真实反应情况,溶剂水分子能够参与反应并在质子迁移过程起催化作用。葡萄糖异构化反应的控速步骤为开环葡萄糖的醛-烯醇异构化,其活化能取决于开环葡萄糖中α−H提取的难易程度及生成的碳负离子的稳定性。果糖脱水反应控速步骤为呋喃果糖的第一次分子内脱水,所需活化能取决于呋喃果糖C(2)位OH质子化脱水后形成的碳正离子的稳定性。本工作揭示了Brønsted碱对葡萄糖异构化反应及Brønsted酸对果糖脱水反应促进作用的根本原因,为葡萄糖降解转化催化剂的调控及溶剂的筛选提供理论依据。 展开更多
关键词 色散修正密度泛函理论 显性溶剂模型 葡萄糖 果糖 5-HMF
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地质流体中络合物同位素平衡分馏系数的第一性原理计算 被引量:1
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作者 孙明光 王佳新 袁顺达 《矿床地质》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期372-382,共11页
地质流体中不同络合物之间的稳定同位素平衡分馏系数是利用稳定同位素示踪地质流体演化过程的必要前提。但由于受实验条件的限制,流体中部分元素不同络合物之间的同位素分馏系数难以通过实验精确测定。基于第一性原理的理论计算是获得... 地质流体中不同络合物之间的稳定同位素平衡分馏系数是利用稳定同位素示踪地质流体演化过程的必要前提。但由于受实验条件的限制,流体中部分元素不同络合物之间的同位素分馏系数难以通过实验精确测定。基于第一性原理的理论计算是获得溶液中不同络合物之间稳定同位素平衡分馏系数的一种重要手段,能够获取各种极端条件下同位素分馏系数。在应用第一性原理计算溶液中不同络合物间同位素平衡分馏系数时,需要对溶液的动态特性和水分子之间的相互作用进行模拟。目前,显式溶剂模型和隐式溶剂模型是模拟地质流体中水溶液环境的2种主要模型,均已成功应用于同位素分馏系数的计算。文章系统介绍了这2种模型的计算方法,并且对比研究了这2种模型计算约化配分函数比(β)的优势及不足,结果显示,2种模型的主要差异表现在3个方面:(1)计算耗时的不同,隐式溶剂模型计算的原子数目少,结构单一,因此耗时少;显式溶剂模型计算的原子数目多,结构复杂多样,因此在同一计算和理论水平条件下,耗时比隐式溶剂模型多;(2)水分子数和构型的不同,隐式溶剂模型只有一个构型,因而不能评估络合物构型对β值的影响;而显式溶剂模型能够通过添加不同数量的水分子及建立不同的初始构型有效评估水分子数量及构型对计算结果的影响;(3)隐式溶剂模型将溶质周围的水环境定义为具有均匀介电常数的连续介质,没有充分考虑水的动态特性和水分子之间的相互作用,导致计算结果误差较大;而显式溶剂模型能更好的处理水分子的动态特征及分子间形成的氢键,计算结果更为准确。通过2种模型的对比研究表明,显式溶剂模型能够更好的模拟水分子和溶质间的相互作用,计算获得的各络合物之间的同位素平衡分馏系数更为准确。本研究结果可以为今后开展相关同位素分馏计算时选择何种模型提供重要依据。 展开更多
关键词 地球化学 第一性原理 同位素分馏 络合物 含矿流体 显式溶剂模型和隐式溶剂模型
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表面改性聚氨酯与凝血因子间作用的数值模拟
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作者 周红霞 朱皓淼 李利 《稀有金属材料与工程》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2014年第S1期361-364,共4页
以血液中的凝血因子IX中Calcium-binding EGF-like domain作为研究对象,对蛋白质(片段)与不同亲水性结构修饰的聚氨酯材料表面相互作用体系进行分子动力学模拟;分析结果显示:阴离子型和两性亲水性结构修饰的聚氨酯材料表面对蛋白质自然... 以血液中的凝血因子IX中Calcium-binding EGF-like domain作为研究对象,对蛋白质(片段)与不同亲水性结构修饰的聚氨酯材料表面相互作用体系进行分子动力学模拟;分析结果显示:阴离子型和两性亲水性结构修饰的聚氨酯材料表面对蛋白质自然状态的维持程度较好。 展开更多
关键词 分子动力学模拟 显性溶剂环境 蛋白质-材料表面相互作用 血液相容性
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