新颖栽培丹参材料的rDNA内外转录间隔区(ITS和ETS)分子标记鉴定

本研究对前期发现的2个新颖多年生大紫花单株(V-HNYZ-bV-1和W-SXXA-bV-1)和1个二年生白花丹参(Salvia miltiorrhiza)栽培居群(W-SCHY-W-1)材料,进行了基于其rDNA内、外转录间隔区(ITS和ETS)的分子标记鉴定。结果表明:W-SXXA-bV-1和V-HNYZ-bV-1的ITS的GC含量均较高,W-SCHY-W-1的ITS和ETS的GC含量最低;新颖材料W-SXXA-bV-1和V-HNYZ-bV-1的ITS序列变异率较高,均高于W-SCHY-W-1,而对于ETS序列,W-SXXA-bV-1和V-HNYZ-bV-1接近(7.1%~6.5%),但低于W-SCHY-W-1(8.2%);W-SXXA-bV-1与V-HNYZ-bV-1亲缘关系较近,W-SXXA-bV-1、V-HNYZ-bV-1和W-SCHY-W-1均与Q-DZH-V-4亲缘关系较远,V-HNYZ-V-1与Q-DZH-V-4亲缘关系很近。上述结果与栽培形态观察结果都高度一致表明:W-SXXA-V-1和V-HNYZ-V-1是康定或甘西鼠尾草,新颖单株材料W-SXXA-bV-1可能为W-SXXA-V-1的突变体,V-HNYZ-V-1和Q-DZH-V-4同为荔枝草,V-HNYZ-bV-1可能为混杂在V-HNYZ-V-1中的康定或西藏鼠尾草,与W-SXXA-bV-1非常相似。W-SCHY-W-1为粘毛鼠尾草。

栽培丹参居群外转录间隔区(ETS)遗传多样性分析

为了解栽培丹参居群核糖体RNA基因外转录间隔区(ETS)的遗传多样性及其系统发育关系,该研究以征集到的国内40份栽培丹参居群为材料,采用PCR首次成功扩增了栽培丹参居群的ETS序列,利用生物信息学手段对其序列进行了分析比较.结果表明:40个栽培丹参居群的ETS序列长度为421~433 bp,其中32个栽培丹参居群ETS序列长度为422 bp;GC含量为56.8%~62.8%,向GC方向偏斜;共有241个单核苷酸多态性(SNP)变异位点,变异率高达54.8%,有205个简约信息位点;基于ETS序列的SNP指纹可以鉴定14个栽培丹参居群.贝叶斯分析表明:其最佳核苷酸替代模型为HKY+I.对ETS序列的遗传多样性分析表明:栽培丹参在物种水平上存在非常丰富的遗传多样性.中性检验显示其在p>0.10的水平差异不具有统计学意义,符合中性进化模型.基于ETS序列的系统进化树表明:40个栽培丹参居群聚类在2个系支上,其中最大似然法(ML)和邻近连接法(NJ)聚类结果一致,较最大简约法更适合丹参ETS聚类分析.

苜蓿黄萎病菌中国菌株生物学特性研究

为了解我国苜蓿黄萎病菌的生物学特性,于2007-2008年间对苜蓿黄萎病菌进行了分离、鉴定及生物学特性研究。采用常规组织分离法从新疆伊犁地区新源县苜蓿黄萎病标样中分离到一种真菌(VA001),依据Koch′s法则,并结合形态学、培养特性及ITS序列分析,鉴定为黑白轮枝菌(Verticillium albo-atrum Reinke et Berthold)。适合该菌生长的培养基有甜瓜培养基、马铃薯蔗糖培养基、马铃薯培养基,适合产孢的培养基有马铃薯葡萄糖培养基、甜瓜培养基、梅干培养基。在碳源和氮源中,麦芽糖(Maltose)、乳糖(Lactose)、甘露醇(Mannitolum)、赖氨酸(Lysine)、牛肉膏(Beef extract)、氨基乙酸(Aminoacetic acid)、组氨酸(Histidine)有利于病菌的生长;蔗糖(Sugar)、果糖(Fructose)、乳糖(Lactose)、硝酸钠(Sodium nitrate)、丙氨酸(Alanine)有利于病菌的产孢。苜蓿黄萎菌生长和产孢的适宜pH值为7.0-9.5,温度为25℃。

基于ITS2序列的藁本与常见混伪品的分子鉴定

本文对药材藁本及其常见混伪品的rDNA ITS2进行了PCR扩增、测序，并运用MEGA软件对该区进行序列分析，比较了ITS2碱基序列的差异及其规律，同时为药材藁本及混伪品的指纹图谱鉴别提供分子标记。结果显示辽藁本的种内差异较小，而与其主要混伪品间存在较大的变异，差异性范围为5．7％～35．3％。根据ITS2序列特征构建的系统树，药材藁本的样品紧密的聚在一起，和其混伪品可以明确区分，支持率为100％。此外，ITS2的二级结构可作为鉴定药材藁本及混伪品种的一个方法，具有一定的系统学及分类学意义。本研究表明rDNA ITS2序列分析可作为药材藁本与混伪品的一种有效的分子鉴定方法，具有重要的应用价值。

一种红菜薹新病害的病原鉴定及生物学特性研究

2010-2011年在湖北省红菜薹(Brassica campestris L.ssp.chinensis L.var.utilis Tsen et Lee)栽培中发现一种新病害,并从该红菜薹新病害发病叶片分离得到了病原菌hctyk1,观察该病原菌的孢子形态,分析了病原菌的ITS序列,研究了病原菌的生物学特性。结果表明,该病原菌为链格孢[Alternaria alternata(Fr.:Fr.)Keissler],病原菌r DNA-ITS区序列已在Gen Bank上登录(登录号:JQ885954)。该菌菌丝生长致死温度为50℃;适宜pH为8;在供试的几种碳源、氮源中,最适的碳源是葡萄糖,最适的氮源是酵母浸出液。

北柴胡与银州柴胡的ITS条形码鉴定研究

目的：建立基于内转录间隔区（ITS）序列的北柴胡与银州柴胡分子鉴定新方法。方法：以来自北京、宁夏、山西、甘肃、河北的10个居群共125份北柴胡及银州柴胡样品为实验材料,提取其总DNA,并PCR扩增其ITS序列,对序列进行双向测序,应用Clustal X及BLAST查错,用MAGA 5.0进行序列分析,计算种内、种间遗传距离,构建邻接树,并统计不同单倍型的分布情况。结果：北柴胡与银州柴胡的ITS序列全长为604 bp,有7个变异位点,共计6种单倍型,其中单倍型1为银州柴胡所特有,单倍型2~6为北柴胡所特有;ITS序列种内最大遗传距离0.005,种间最小遗传距离0.007。结论：利用ITS序列可快速准确地鉴定北柴胡与银州柴胡。

不同产地菊苣的ITS序列分析及模式识别研究

目的通过分析不同产地菊苣Cichorium intybus和毛菊苣C.glandulosum核糖体基因内部转录间隔区(ribosomalDNA internal transcribed spacer,rDNA-ITS)序列,为菊苣药材鉴定和品种鉴别提供DNA分子标记。方法采用广谱植物基因组DNA快速提取试剂盒提取14个产地的菊苣和毛菊苣样本的总DNA,利用ITS序列扩增通用引物PCR扩增rDNA-ITS序列并测序。运用DNAMAN V6软件比较两品种菊苣样品ITS序列的差异。所有样品ITS序列上的差异碱基经数学处理后使用SPSS 17.0软件对其进行聚类分析。结果菊苣ITS序列种内相似度基本上在99.2%以上,毛菊苣ITS序列种内相似度在99.8%以上,而两品种间ITS序列相似度在99.2%以下。两品种菊苣的ITS序列上分别有多个特异性信息位点。聚类分析实现了两品种菊苣ITS序列差异的识别。结论 rDNA-ITS序列是菊苣和毛菊苣药材鉴定和品种鉴别的有效分子标记。