蕨类植物rbcL基因正选择和负选择位点的鉴定

基于分支模型、位点模型及分支-位点模型对蕨类的rbcL基因所受到的选择压力进行了分析。结果显示:分支模型下检测到大部分分支处于负选择,仅4个分支处于正选择压力下,并且仅2分支具有统计上的显著性;在位点模型下,通过比较模型M1a/M2a和M7/M8,在氨基酸水平上模型M2a和模型M8均鉴定出98L位点被正选择;在模型M8下,鉴定负向选择位点共228个,占总序列的83.82%,从而揭示出负选择对rbcL基因的进化起着非常重要的作用;在分支位点-模型c下鉴定出262A被正选择。98L、262A位点分别位于rbcL羧基末端α/β桶结构域的第3和第8个α螺旋上。蕨类通过该结构域的适应性进化,适应白垩纪被子植物兴起而引发的陆地生态系统改变,研究结果为以后实验分析提供了首选位点。