利用HRM功能标记检测黑龙江省水稻种质资源Wx和fgr的基因型分布

水稻直链淀粉含量与香味作为水稻重要的品质性状,一直是水稻研究热点。HRM(高分辨率熔解曲线)技术作为近年来新兴的PCR分析技术,拥有简便、快速及分辨率高等特点,备受关注。为明确黑龙江省种质资源中Wx及fgr基因的分布情况,利用HRM功能标记Wx–a/b和fgr-E7FNP,在67份部分黑龙江省主栽品种及优异种质资源中进行基因分型,结果表明,67份种质均含有纯合Wxb基因;4份种质含有纯合的fgr基因,分别为哈99352、龙粳香1号、中龙香粳1号及龙交103970,其余63份种质含纯合野生型BAD2基因。

食管癌化疗耐药相关基因的初步筛选及其临床意义

目的初步筛选食管癌细胞中的耐药相关基因,分析其与食管癌患者预后不良的相关性,探讨其调控食管癌耐药的潜在机制。方法分析GDSC数据库中收录的食管癌细胞系对药物敏感性的数据,筛选出同时对顺铂和多西他赛相对敏感或耐药的细胞系;借助R语言edgeR软件包,以log2(变化倍数)大于1或小于–1且P<0.05为筛选标准,对两组细胞系转录组数据进行差异表达基因分析;选择在耐药组中相对高表达的基因进行GO生物学过程富集聚类分析,了解其可能调控的与耐药相关的信号通路;结合文献报道,获得新的可能与化疗耐药相关的基因。在食管癌患者肿瘤组织的转录组数据中分析所获得的基因的表达水平与患者临床病理特征及预后的相关性,最终通过STRING数据库在线预测与筛选获得的基因表达产物互作的蛋白,分析其发挥作用的潜在机制。结果初步筛选获得同时对顺铂和多西他赛相对耐药和敏感的食管癌细胞系各5株;分析耐药和敏感两组细胞系的转录组数据,最终共筛选获得1097个差异表达基因,包括在耐药组中高表达的基因532个、低表达的基因565个。将耐药组高表达的基因进行GO富集分析,发现受体蛋白酪氨酸激酶通路被显著富集,该通路中的差异表达基因FGR的表达水平与临床食管癌患者肿瘤T分期(P=0.021)、临床分期(P=0.007)及预后(P=0.0021)显著相关。蛋白相互作用分析表明,FGR与多个蛋白直接或间接互作,FGR可能主要以激酶的形式发挥作用。结论受体蛋白酪氨酸激酶通路与食管癌细胞耐药显著相关,该信号通路中的FGR基因表达水平与食管癌患者的临床病理分期及预后显著相关,其可能通过磷酸化下游靶蛋白进而调控食管癌细胞的耐药。

特种稻红米与香味分子标记多重PCR体系的构建与应用

红米具有较高的营养价值和药用价值,被誉为一种具有特殊功能和用途的水稻,即特种稻。但红米的口感较差;而香米,另一种众所周知的特种稻,则拥有较好的食味品质和经济价值。本研究选用控制种皮颜色的红米基因Rc和香味基因fgr的功能性分子标记,通过优化d NTPs以及引物浓度,建立了一套多重PCR体系,同时能检测水稻红米基因和香味基因的基因型;并利用该PCR体系可对红米和白香米水稻杂交后高世代群体进行检测。本研究进一步证明,本PCR体系检测准确率高,可明显提高育种的选育效率。