基于TCGA数据库探讨fibronectin 1在甲状腺癌中的表达及临床意义

目的:研究fibronectin 1(FN1)在甲状腺癌的表达情况,探讨FN1与临床参数的关系,预测其在肿瘤发生发展中的可能机制。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载甲状腺癌中FN1的RNA SEqV2资料和临床信息,分别采用SPSS进行数据统计比较甲状腺癌组织和非肿瘤甲状腺组织中FN1的表达,利用linkedomics在线分析系统总结fibronectin 1与临床病理参数的关系,使用Kaplan-Meier Plotter进行无复发生存期比较,通过linkedomics在线系统中的基因富集分析(GSEA)分析预测可能相关的信号通路。结果:FN1在甲状腺癌组织中的mRNA表达显著增多(16.663 0±0.378 6 vs 12.182 4±0.139 6,P <0.000 1;16.724 4±0.124 1 vs 12.182 4±0.139 6,P <0.000 1),在乳头状甲状腺癌中的表达偏高( P =0.197×10^-33 ),随T分期增加表达逐渐升高( P =3.321×10^-8 ),在淋巴结转移N 1中表达显著增高( P =9.963×10^-16 ),随病理分级增加表达升高( P =2.780×10^-9 )和随残余增多时表达量升高( P =7.481×10^-3 )。高表达FN1的患者无复发生存期显著短于低表达患者(HR 高表达=2;P HR =0.026<0.05)。FN1高表达样本富集了NF-κB通路,肿瘤坏死因子(TNF)信号通路中激活的PI3K/AKT途径,细胞黏附分子(cell adhesion molecules)中激活的Claudin-1-Notch pathway-EMT途径和甲状腺激素合成(thyroid hormone synthesis)中抑制的PAX8/PPARγ途径等基因集。验证实验结果发现甲状腺癌的肿瘤基质中FN1表达、mRNA转录水平和蛋白表达显著升高。结论:甲状腺癌中FN1上调表达,符合肿瘤研究的相关通路,可以作为预测淋巴结转移和判断预后的重要因子。

miR-133a-5p对胃贲门腺癌细胞增殖、黏附和M1型巨噬细胞极化的影响

目的:探究miR-133a-5p调控血清外泌体源性纤连蛋白1(fibronectin1,FN1)的表达对胃贲门腺癌(gastric cardia adenocarcinoma,GCA)细胞增殖、黏附和M1型巨噬细胞极化的影响。方法:借助GEO数据库分析GCA组织中的差异表达基因,进行功能富集分析。采用qPCR检测FN1在GCA组织、血清、血清外泌体和细胞中的表达。向GCA患者血清外泌体中转染FN1的过表达载体及其对照质粒,向HGC-27细胞中转染miR-133a-5p模拟物及其对照,将转染后的HGC-27细胞和外泌体共培养,再将此细胞与THP-1细胞共培养。采用CCK-8和细胞黏附实验分别检测各组HGC-27细胞的增殖和黏附情况,WB法、ELISA分别检测细胞中CD86、iNOS的水平以及对巨噬细胞分泌IL-6、IL-1β的影响。采用双荧光素酶报告基因实验验证FN1 mRNA和miR-133a-5p之间的相互作用关系。结果:与健康人对照组相比,GCA组织、血清、血清外泌体和细胞中的FN1表达水平显著上调(均P<0.05),FN1高表达的血清外泌体与GCA患者的TNM分期(P=0.0329)和淋巴结转移有关联(P=0.0127)。富含FN1的血清外泌体能够被GCA细胞内化,与过表达FN1的外泌体共培养能够提高HGC-27细胞的增殖和黏附能力,抑制THP-1细胞中IL-6、IL-1β、CD86和iNOS的表达,抑制M1型巨噬细胞极化(P<0.05或P<0.01)。miR-133a-5p在GCA组织和细胞中较对照组显著降低,可负调控FN1的表达,过表达miR-133a-5p能够通过降低GCA细胞增殖和黏附能力,促进IL-6、IL-1β、CD86和iNOS的表达,部分逆转FN1对GCA细胞恶性行为的促进作用(P<0.05或P<0.01)。结论:miR-133a-5p可通过抑制血清外泌体分泌FN1对GCA细胞的恶性行为起抑制作用,对M1型巨噬细胞极化起促进作用。

胃癌组织Trx-1、FN1表达及其与临床病理特征和患者生存的关系

目的探讨胃癌组织硫氧还蛋白-1(Trx-1)、纤维连接蛋白1(FN1)表达及其与临床病理特征和患者生存的关系。方法收集接受胃癌根治术切除标本105例,并切取距离肿瘤边缘5 cm以上的癌旁组织作为对照,通过免疫组化检测胃癌及癌旁组织中Trx-1、FN1的表达情况,分析Trx-1、FN1表达与临床病理特征及生存的关系。结果胃癌组织中Trx-1、FN1均呈高水平表达(P<0.05),癌旁组织中Trx-1、FN1呈低表达(P<0.05);Trx-1表达与胃癌组织分化、浸润深度有关(P<0.05),FN1表达与胃癌组织分化、浸润深度、淋巴结转移有关(P<0.05);随访105例中,3年总生存率为58.10%,Trx-1高表达组3年生存率为45.00%,低于低表达组的75.56%(P<0.05);FN1高表达组3年生存率为46.88%,低于低表达组的75.61%(P<0.05)。结论Trx-1、FN1在胃癌组织中均呈高表达,与胃癌的侵袭、发展相关,可能参与了肿瘤恶化的调控,并影响患者生存情况。

基于数据库数据分析脑胶质瘤组织中FN1基因的表达变化及其预后预测效能

目的 观察纤维连接蛋白1(FN1)基因在胶质瘤组织中的表达变化,并探讨其与患者临床病理特征和预后的相关性。方法 基于TCGA数据库和GTEx数据库中胶质瘤及正常脑组织转录组数据,分析FN1基因在胶质瘤与正常脑组织中的表达差异及与患者临床病理特征的相关性。用Kaplan-Meier生存分析及ROC分析FN1基因在胶质瘤患者预后中的价值。使用ssGSEA算法及TIMER数据库进行肿瘤免疫细胞浸润分析。利用clusterProfiler包进行KEGG通路及GO功能富集分析。通过STRING数据库得到FN1蛋白互作网络。利用cancerSEA数据库进行FN1基因表达与肿瘤细胞功能状态的相关性分析。结果 FN1基因在胶质瘤组织中表达明显上调(P<0.01),并与肿瘤分级增加、IDH分型、1p19q缺失、年龄以及胶质瘤的组织病理学分型有关(P均<0.001)。FN1基因高表达是胶质瘤患者的不良预后因素。FN1基因表达与肿瘤微环境中B细胞、CD4^(+)T细胞、CD8^(+)T细胞、树突状细胞、中性粒细胞、巨噬细胞等免疫细胞免疫浸润有关(P均<0.001)。FN1基因表达与肿瘤血管内皮细胞增生、肿瘤细胞分化呈正相关(r分别为0.58、0.47,P均<0.001),与肿瘤细胞DNA损伤、细胞周期呈负相关(r分别为-0.52、-0.45,P均<0.01)。FN1基因有关的生物过程共有351条,包括补体激活等;细胞组分共有28条,包括免疫球蛋白复合物等;分子功能共有94条,包括抗原结合等。KEGG分子信号通路29条,主要包括细胞因子-细胞因子受体相互作用等。FN1的互作蛋白主要有ITGB1、ITGB3、ITGA3等。结论 FN1基因在胶质瘤组织中的表达上调,是预后不良的指标;与肿瘤免疫细胞浸润及胶质瘤细胞功能状态相关;FN1基因有关的生物功能与补体激活、免疫球蛋白复合物、抗原结合等有关,参与的信号通路要包括细胞因子-细胞因子受体相互作用等,互作蛋白主要有ITGB等。