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不同温度条件下鲁氏耶尔森氏菌的链特异性转录组分析 被引量:5
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作者 刘韬 魏文燕 +5 位作者 刘家星 杨马 谢恒 何晟毓 杨倩 汪开毓 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期969-976,共8页
为鉴定鱼源鲁氏耶尔森氏菌(Yersinia ruckeri)SC09菌株水生环境中不同温度的转录组水平上的差异,研究采用链特异性转录组测序(Strand-specific RNA-seq)技术对菌体生理温度(28℃)和实验培养温度(37℃)下进行链特异性测序,原始数据质控后... 为鉴定鱼源鲁氏耶尔森氏菌(Yersinia ruckeri)SC09菌株水生环境中不同温度的转录组水平上的差异,研究采用链特异性转录组测序(Strand-specific RNA-seq)技术对菌体生理温度(28℃)和实验培养温度(37℃)下进行链特异性测序,原始数据质控后,筛选得到差异表达基因,通过KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库对差异表达基因进行富集分析,并利用Rockhopper软件筛选出的重要原核生物基因簇进行验证。结果显示,共筛选获得173个显著差异表达基因(P<0.05),其中包括58个上调基因,主要富集到一些特殊的碳水化合物代谢相关的通路中;以及115个下调基因,主要富集到双组份信号系统中与三羧酸循环相关的代谢通路上,同时部分基因富集到编码鞭毛素相关的基因簇中。结果表明,相对于37℃的实验室培养温度,在水生环境的生理温度条件下(28℃)SC09菌株拥有较高的运动性和较强的葡萄糖代谢,但相对的SC09菌株代谢一些特殊糖类的能力减弱。 展开更多
关键词 鲁氏耶尔森氏菌 转录组测序 差异分析 KEGG 鞭毛基因簇
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一种lacZ报告基因T载体的构建及其在沙门氏菌鞭毛主调控基因flhDC表达活性测定中的应用 被引量:4
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作者 刘蕾 李永霞 +2 位作者 刘金泽 王明晓 余旭平 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第9期711-716,共6页
为研究5'-非翻译区(UTR)对沙门氏菌鞭毛主调控基因flhDC表达的影响,本研究以鼠伤寒沙门氏菌542(STM542)基因组DNA为模板,扩增含不同长度5'-UTR的flhDC全长基因(共5种),并将其克隆至含阿拉伯糖启动子的质粒PBAD33中。通过测定含... 为研究5'-非翻译区(UTR)对沙门氏菌鞭毛主调控基因flhDC表达的影响,本研究以鼠伤寒沙门氏菌542(STM542)基因组DNA为模板,扩增含不同长度5'-UTR的flhDC全长基因(共5种),并将其克隆至含阿拉伯糖启动子的质粒PBAD33中。通过测定含阿拉伯糖的半固体平板上包含不同长度flhDC基因的重组大肠杆菌菌落的直径,初步评估不同5'-UTR调控序列对flhDC基因表达的影响。为精确测定不同调控序列的活性差异,本实验室进一步构建了以lacZ为报告基因的T载体,并将扩增的对应于前4种flhDC基因调控序列片段克隆于构建的T载体,通过测定其β-半乳糖苷酶活性获得相应调控序列的活性参数。结果显示,在阿拉伯糖诱导下,对应于1572bp的flhDC基因片段的调控序列活性最低,对应于1201bp的flhDC基因片段的调控序列活性最高,本实验为进一步研究flhDC基因的调控功能奠定基础。 展开更多
关键词 flhDC基因 鞭毛 lacZ报告基因 T载体
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幽门螺杆菌flaA基因在大肠杆菌中的表达与鉴定
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作者 夏晓燕 段广才 +2 位作者 代丽萍 郗园林 范清堂 《郑州大学学报(医学版)》 CAS 北大核心 2004年第5期752-755,共4页
目的 :观察幽门螺杆菌 (H .pylori )flaA基因在大肠杆菌中的表达。方法 :用PCR方法扩增flaA基因 ,然后插入原核表达载体pMAL c2x进行融合表达。采用蛋白印迹法对表达产物进行鉴定。结果 :特异PCR和酶切鉴定证实flaA基因克隆入表达载体 ... 目的 :观察幽门螺杆菌 (H .pylori )flaA基因在大肠杆菌中的表达。方法 :用PCR方法扩增flaA基因 ,然后插入原核表达载体pMAL c2x进行融合表达。采用蛋白印迹法对表达产物进行鉴定。结果 :特异PCR和酶切鉴定证实flaA基因克隆入表达载体 ,并以融合蛋白形式MBP FLA高效表达 ,约占细胞总蛋白的 2 8%。该融合蛋白可与H .pylori阳性病人血清和小鼠H .pylori全菌抗体发生特异反应。结论 :成功构建了能高效表达H .pyloriFlaA蛋白的重组质粒 ,为H .pylori多价基因工程疫苗的研制奠定了基础。 展开更多
关键词 幽门螺杆菌 flaA 基因表达 鉴定
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禽致病性大肠杆菌双组分系统phoP/Q对鞭毛Ⅲ型分泌系统基因的调控预测 被引量:4
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作者 邓志文 王泽平 +4 位作者 李倩文 尹磊 涂健 宋祥军 祁克宗 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期821-829,共9页
本研究旨在探究禽致病性大肠杆菌(APEC)中双组分系统phoP/Q与鞭毛Ⅲ型分泌系统(鞭毛T3SS)蛋白之间的联系。运用软件进行功能分析,预测phoP/Q与鞭毛T3SS的关系,利用基因芯片技术对APEC野生株和ΔphoP/Q缺失突变株进行转录组的差异性比较... 本研究旨在探究禽致病性大肠杆菌(APEC)中双组分系统phoP/Q与鞭毛Ⅲ型分泌系统(鞭毛T3SS)蛋白之间的联系。运用软件进行功能分析,预测phoP/Q与鞭毛T3SS的关系,利用基因芯片技术对APEC野生株和ΔphoP/Q缺失突变株进行转录组的差异性比较,筛选鞭毛T3SS基座中变化较大基因,并用荧光定量PCR检测基因表达变化量。结果显示:经STRING预测发现phoP/Q可能通过调控鞭毛T3SS基因座附近的双组分系统来间接调控鞭毛T3SS。基因芯片筛选与荧光定量PCR检测发现phoP/Q缺失能使鞭毛T3SS核心组件的大部分基因表达差异显著,同时也影响了双组分中motA、motB与cheY的表达。本研究对phoP/Q双组分系统与鞭毛T3SS的关系进行了预测与探索,为进一步研究揭示细菌的活动与致病机制提供了新的切入点与研究方向。 展开更多
关键词 禽致病性大肠杆菌 phoP/Q 鞭毛T3SS 基因芯片
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问号钩端螺旋体鞭毛相关基因flhA、flhB_2和fliR的克隆及原核表达系统的构建 被引量:1
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作者 王欣莹 范洪学 严杰 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 2006年第1期5-7,11,共4页
目的克隆问号钩端螺旋体鞭毛相关基因flhA、flhB2和fliR,并构建其原核表达载体。方法按常规苯酚-氯仿法提取问号钩端螺旋体黄疸出血群赖型56601株基因组DNA,高保真PCR扩增flhA、flhB2和fliR基因片段,T-A克隆后测序,构建原核表达载体,采... 目的克隆问号钩端螺旋体鞭毛相关基因flhA、flhB2和fliR,并构建其原核表达载体。方法按常规苯酚-氯仿法提取问号钩端螺旋体黄疸出血群赖型56601株基因组DNA,高保真PCR扩增flhA、flhB2和fliR基因片段,T-A克隆后测序,构建原核表达载体,采用SDS-PAGE和免疫印迹法检测目的融合蛋白的表达。结果问号钩体56601株flhA、flhB2和fliR基因扩增片段的核苷酸序列与报道的相应序列同源性分别为100%、99·9%和99·9%,氨基酸序列同源性分别为100%、99·8%和100%。所构建的重组原核表达系统在IPTG的诱导下,能有效地表达目的融合蛋白Trx-FlhA、Trx-FlhB2和Trx-FliR,产量约为细菌总蛋白的10%。结论已成功构建了问号钩端螺旋体鞭毛相关基因flhA、flhB2和fliR原核表达系统。 展开更多
关键词 问号钩端螺旋体 鞭毛相关基因 克隆 表达
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宿主整合因子对伤寒沙门菌动力的影响 被引量:1
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作者 徐国新 朱晓珏 +1 位作者 王芳 陈龙 《江苏大学学报(医学版)》 CAS 2021年第1期61-63,68,共4页
目的:探究宿主整合因子(integration host factor,IHF)对伤寒沙门菌动力的影响及其潜在机制。方法:选用IHF两个亚基HimA和HimD的基因缺失株(△himA-pBAD、△himD-pBAD),并构建相应回补株(himA-C、himD-C),进行细菌动力实验,观察himA和h... 目的:探究宿主整合因子(integration host factor,IHF)对伤寒沙门菌动力的影响及其潜在机制。方法:选用IHF两个亚基HimA和HimD的基因缺失株(△himA-pBAD、△himD-pBAD),并构建相应回补株(himA-C、himD-C),进行细菌动力实验,观察himA和himD对伤寒沙门菌动力的影响。通过实时荧光定量PCR比较野生株(WT-pBAD)与△himA-pBAD、野生株与△himD-pBAD中鞭毛相关基因flhD、fliA和fljB等mRNA表达差异,分析IHF对鞭毛基因的调控作用。结果:与WT-pBAD相比,△himA-pBAD和△himD-pBAD动力均明显减弱(P均<0.05),himA-C、himD-C动力则基本一致。与WT-pBAD相比,△himA-pBAD、△himD-pBAD中鞭毛相关基因flhD、fliA和fljB的mRNA表达均显著降低(P<0.01或<0.05)。结论:IHF可能通过正向调节鞭毛相关基因flhD、fliA和fljB等转录,增强伤寒沙门菌的动力。 展开更多
关键词 伤寒沙门菌 宿主整合因子 动力 鞭毛基因
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肠炎沙门菌运动缺陷突变株的筛选及其突变基因鉴定
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作者 黄鹏 陈敬 +2 位作者 蔡媛 刘桂凤 耿士忠 《中国家禽》 北大核心 2022年第3期44-49,共6页
为挖掘介导肠炎沙门菌运动能力的功能基因,深入研究沙门菌运动及致病机制,采用转座子突变技术构建肠炎沙门菌C50041突变库,筛选获得运动性弱或无的突变株;在突变株运动缺陷表型确认后,提取细菌基因组DNA,PCR扩增转座子在细菌基因组中所... 为挖掘介导肠炎沙门菌运动能力的功能基因,深入研究沙门菌运动及致病机制,采用转座子突变技术构建肠炎沙门菌C50041突变库,筛选获得运动性弱或无的突变株;在突变株运动缺陷表型确认后,提取细菌基因组DNA,PCR扩增转座子在细菌基因组中所插入的侧翼序列,并对侧翼序列进行基因测序进行Blast比对相似度,确定突变失活的基因。结果显示:从Tn5转座子突变库中筛选了10000多株突变株,从中筛选出10株运动性缺陷的突变株,并成功PCR扩增每个突变株转座子侧翼序列,通过Blast比对初步确定fliP、fliD、rfaL、rfbK、cpsG、csrD 6个基因的失能导致肠炎沙门菌运动缺陷,其中fliD、fliP和cpsG为鞭毛合成相关基因,rfbK和rfaL为脂多糖合成相关基因,csrD为调控基因。研究结果为进一步探讨沙门菌运动性及致病机制奠定了基础。 展开更多
关键词 肠炎沙门菌 运动性 转座子 鞭毛 功能基因
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精子领在精子形成中的作用及功能研究进展
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作者 李永 王韦力 +3 位作者 谭琛 谢春波 涂超峰 谭跃球 《中国科学:生命科学》 CSCD 北大核心 2024年第1期34-45,共12页
精子领(manchette)是精子形成过程中短期存在的由微管和F-肌动蛋白组成的结构,其出现的时期是精子头部塑形、顶体形成和鞭毛组装的重要阶段.精子领的形成和解聚、精子领与细胞核的联系以及精子领相关的蛋白运输通路对于精子形成至关重要... 精子领(manchette)是精子形成过程中短期存在的由微管和F-肌动蛋白组成的结构,其出现的时期是精子头部塑形、顶体形成和鞭毛组装的重要阶段.精子领的形成和解聚、精子领与细胞核的联系以及精子领相关的蛋白运输通路对于精子形成至关重要.通过多组学结合模式动物等研究发现的精子领相关蛋白已超过100个,但这些蛋白在精子领中的具体分子机制和相关分子网络大部分并不清楚.本文对精子形成过程中这一神秘的精子领结构的形成和解聚及其在头部塑形和鞭毛组装中的作用及机制进行了系统的综述,并更新了参与精子领的蛋白谱系和可能的分子网络,总结了已有研究中与男性不育相关的精子领相关致病基因的研究进展,为深入理解精子领参与精子形成的分子机制提供理论依据. 展开更多
关键词 精子形成 鞭毛组装 头部塑形 精子领 基因突变
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杜氏盐藻寡糖基转移酶亚基STT3a功能结构域的克隆与表达分析 被引量:8
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作者 王翠 李杰 +2 位作者 柳丽平 曾磊 薛乐勋 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期760-766,共7页
为了研究STT3a基因在杜氏盐藻耐盐及鞭毛再生方面的作用,根据衣藻、拟南芥等STT3a蛋白的氨基酸高度保守序列VCVFTA、DVDYVL设计一对简并引物,采用RT-PCR及3'RACE的方法扩增杜氏盐藻STT3a蛋白功能结构域的cDNA序列。序列分析显示克隆... 为了研究STT3a基因在杜氏盐藻耐盐及鞭毛再生方面的作用,根据衣藻、拟南芥等STT3a蛋白的氨基酸高度保守序列VCVFTA、DVDYVL设计一对简并引物,采用RT-PCR及3'RACE的方法扩增杜氏盐藻STT3a蛋白功能结构域的cDNA序列。序列分析显示克隆的cDNA全长1650bp,具有一定保守性,与衣藻、拟南芥和人的相似性分别为48%、50%和46%。实时荧光定量PCR结果显示杜氏盐藻STT3amRNA水平随着盐浓度的升高而逐渐增加,其水平在3.5mol/LNaCl浓度时比在1.5mol/LNaCl浓度时升高了11倍(P<0.01)。另外,与没有脱鞭毛的杜氏盐藻相比,STT3amRNA在鞭毛再生过程中持续高表达。本研究显示杜氏盐藻STT3a基因的高表达可以增强其盐适应和鞭毛再生能力。 展开更多
关键词 杜氏盐藻 STT3a基因 耐盐 鞭毛再生
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基于转录组分析大肠杆菌响应亚碲酸盐的机制 被引量:1
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作者 胡苏姝 彭万里 +2 位作者 林双君 邓子新 梁如冰 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第7期2702-2718,共17页
亚碲酸盐对绝大多数微生物有高毒性,可用作抗菌剂;但其具体毒性机制仍不清楚。【目的】理解亚碲酸盐的毒性机制,揭示亚碲酸盐处理导致的代谢变化。【方法】本研究通过比较转录组分析与挖掘差异转录基因,探讨了大肠杆菌响应亚碲酸盐胁迫... 亚碲酸盐对绝大多数微生物有高毒性,可用作抗菌剂;但其具体毒性机制仍不清楚。【目的】理解亚碲酸盐的毒性机制,揭示亚碲酸盐处理导致的代谢变化。【方法】本研究通过比较转录组分析与挖掘差异转录基因,探讨了大肠杆菌响应亚碲酸盐胁迫的机制。【结果】Escherichia coli MG1655在10μg/mL亚碲酸盐处理1 h后,比较和分析了亚碲酸盐处理组与对照组的转录水平差异,发现细胞呈现一种明显的适应性变化,许多参与重要代谢途径的基因转录水平改变。其中,与核糖体代谢和鞭毛组装相关基因的转录水平发生显著变化,表明这两条途径很可能是亚碲酸盐作用的主要途径。与细胞能动性、金属离子代谢、细胞膜功能相关的基因的转录水平也发生了明显变化,可能是由于其参与了抵抗亚碲酸盐毒性的细胞代谢调节和损伤修复。【结论】本项工作有助于推动亚碲酸盐毒性机理的研究,促进亚碲酸盐的临床应用。 展开更多
关键词 亚碲酸盐 比较转录组 差异转录基因 核糖体代谢 鞭毛组装
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