基于实时荧光定量PCR的番木瓜多重PCR高效检测方法

以pCaMV35S基因核酸检测试剂盒反应体系为基础,添加多重PCR反应所需的目标基因引物和番木瓜(Carica papaya L.)DNA,进行多重PCR反应,同时考察不合成荧光探针的情况下对目标基因进行实时荧光定量检测。结果表明,在实时荧光定量PCR反应体系中,多重PCR扩增的基因条带比常规PCR扩增的基因条带更亮,在不合成荧光探针的情况下实现目标基因的实时荧光定量PCR反应,以期建立一种基于实时荧光定量PCR的多重PCR检测方法。

猪链球菌9型荧光定量PCR检测方法的建立及应用

【目的】建立猪链球菌9型(SS9)的快速诊断和定量分析方法。【方法】根据GenBank已登录的SS9cps9H基因保守部分序列设计合成引物和TaqMan荧光探针,建立了SS9的TaqMan荧光定量PCR检测方法(Taq-Man FQ-PCR),并进行了敏感性、特异性和重复性试验;利用所建立的检测方法对河南省11例疑似猪链球菌临床样品进行了应用检测,并与常规PCR方法进行了对比。【结果】成功建立了SS9的FQ-PCR检测方法和定量标准曲线,FQ-PCR方法的检测灵敏度可达1.0拷贝/μL,特异性高且重复性良好;利用该方法对11份临床疑似猪链球菌感染组织病料进行的应用检测表明,其中有3份样品为阳性,与常规PCR方法检测的阳性符合率为100%。【结论】成功建立的SS9 FQ-PCR诊断方法,可用于临床SS9型病菌感染的快速诊断及样品中细菌含量的定量分析。

新型鸭呼肠孤病毒一步法TaqMan-MGB荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用

为建立一种快速、敏感和特异性检测新型鸭呼肠孤病毒(novel duck reovirus,NDRV)的方法,本研究根据GenBank数据库中NDRV S3基因保守序列设计1对特异性引物和1条MGB荧光探针,建立了一种检测NDRV的一步法MGB荧光定量RT-PCR方法,对其特异性、敏感性和重复性进行检验,并与普通RT-PCR进行比较。结果显示,扩增标准曲线相关系数为0.999,扩增产物的熔解曲线仅出现单特异峰。该方法对经典鸭呼肠孤病毒、H9N2禽流感病毒、鸭坦布苏病毒、A型鸭肝炎病毒、鸭新城疫病毒、鸭瘟病毒及番鸭细小病毒均未检测到信号,对NDRV的最小检出量为10拷贝·μL^-1。组内和组间变异系数均小于2%,重复性好。此外,利用该方法对239份疑似新型呼肠孤病毒病样品进行检测,常规RT-PCR检测时有75份为阳性,一步法TaqMan-MGB荧光定量RT-PCR方法检测时有100份为阳性,而且常规RT-PCR检测出的阳性样品用一步法TaqMan-MGB荧光定量RT-PCR检测时均为阳性,符合率为100%。该检测方法的建立为NDRV早期快速检测及定量分析提供新的方法。

鸭瘟病毒TaqMan实时荧光定量PCR方法的建立

根据鸭瘟病毒(DEV) gE基因的特征,设计特异性引物和探针,经条件优化后,建立检测DEV的TaqMan实时荧光定量PCR方法.结果表明:当gE基因含量为1.0×10~1～1.0×10~6拷贝·μL^(-1)时,建立的实时荧光定量PCR检测方法有良好的线性扩增,其标准曲线方程为:y=-3.480x+37.955,扩增相关系数为0.999;敏感性强,最低检测限为10拷贝·μL^(-1);特异性好,仅对DEV强毒株和弱毒活疫苗株检测到阳性扩增信号,对鸭源其他传染病病原(番鸭细小病毒、鹅细小病毒、鸭腺病毒A型、鸭甲肝病毒1型、鸭甲肝病毒3型、番鸭呼肠孤病毒、新型鸭呼肠孤病毒、H9N2亚型禽流感病毒、禽1型副粘病毒、鸭源大肠杆菌、鸭疫里默氏杆菌、鸭源禽多杀性巴氏杆菌)检测均为阴性;重复性好,组内变异系数和组间变异系数分别为0.62%～1.14%和0.69%～2.40%.对临床送检疑似DEV感染的14份样品进行检测,并与常规PCR方法、病毒分离鉴定进行比较,阳性率分别为85.71%(12/14)、71.43%(10/14)和57.14%(8/14);且与常规PCR方法、病毒分离鉴定的阳性符合率均为100%.本试验建立的TaqMan实时荧光定量PCR方法,可用于开发DEV快速诊断试剂盒,用于开展DEV流行病学调查.

Q热贝纳柯克斯体TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立

根据Q热贝纳柯克斯体(Coxiella burnetii)插入IS1111序列设计引物和探针,建立快速检测Q热的TaqMan实时荧光定量PCR方法。以梯度稀释含有目的扩增片段的重组质粒作为标准品,进行定量PCR反应。结果显示,该方法能够检测出10个拷贝数的阳性质粒;标准曲线相关系数为0.995,扩增效率为103%;结核分枝杆菌(M.tuberculosis)、衣原体(C.psittaci)、布鲁氏菌(Brucella.spp)及牛血液的核酸样本特异性检测结果均为阴性。本研究建立的TaqMan荧光定量PCR法灵敏度高、特异性好,对Q热的检测与鉴定中具有良好的应用前景。

2种结核分枝杆菌耐药基因突变检测方法诊断利福平耐药结核病的评估研究

目的评价荧光定量PCR探针熔解曲线法(简称Melt PCR法)和Gene Xpert MTB/RIF技术(简称Xpert法),用于临床涂阳标本诊断利福平耐药结核病(Rifampicin resistant tuberculosis,RR-TB)的检测效能及应用价值。方法随机收集2016年2月至2018年6月在河北省胸科医院就诊肺结核患者结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)涂阳标本278例,应用传统的结核菌比例法药敏试验(对照检测方法)、Melt PCR法和Xpert法同时进行RR-TB情况的检测,分析Melt PCR法和Xpert法检测RR-TB的效能。结果3种方法同时对278例MTB阳性标本的利福平耐药进行检测,耐药检出结果差异无统计学意义(P>0.05)。与传统药敏试验结果相比,Melt PCR法和Xpert法的敏感度、特异度、阳性预测值、阴性预测值、准确度和约登指数分别为97.96%、98.25%、92.31%、99.56%、98.20%、96.21%和95.92%、97.38%、88.68%、99.11%、97.12%、93.30%,Kappa值分别为0.940和0.904(P<0.05),均为高度一致。3种方法在痰液中的利福平耐药均显著高于支气管肺泡灌洗液,且差异具有统计学意义(P<0.05)。不同带菌量样本的利福平耐药检出结果差异无统计学意义(P>0.05)。结论Melt PCR法和Xpert法用于临床涂阳标本中检测RR-TB具有相似的高灵敏度和特异度等检测性能,可结合实际需求在耐多药结核病防治中推广和应用。

猫传染性腹膜炎病毒荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为快速、灵敏、准确检测猫传染性腹膜炎病毒(feline infectious peritonitis virus,FIPV),以FIPV N基因为靶序列设计合成特异性引物及TaqMan探针,建立了一种FIPV实时荧光定量RT-PCR检测方法,并对该方法的特异性、灵敏度和重复性进行了试验。结果表明:该方法灵敏度高,最低检测限为3.4 copies/μL;特异性强,与狂犬病毒、猫疱疹病毒、猫杯状病毒、猫细小病毒、犬流感病毒、犬瘟热病毒等均无交叉反应;重复性好,批内变异系数为0.99%~4.13%,批间变异系数为1.29%~4.64%。以上结果说明,本试验建立的实时荧光定量RT-PCR检测方法特异、敏感、重复性好,适用于FIPV的快速检测。

吖啶类荧光探针用于微量蛋白质测定的研究

目的：利用合成的3种新型的蛋白质分子荧光探针N-（2-二甲氨基）乙基-9-氯吖啶-4-甲酰胺（NCAF）、9-[（N-2-二甲氨乙基）吖啶-4-甲酰胺]-α-丙氨酸（NAFA）和4,9-二[N-（2-二甲氨基）乙基]-9-吖啶胺-4-甲酰胺（DNAF）结合荧光发射光谱,建立了3种新的微量蛋白质测定方法。方法：通过建立适宜的NCAF-SDS（十二烷基硫酸钠）、NAFA-SDS和DNAF-SDS荧光猝灭体系,牛血清白蛋白（BSA）的加入对体系的荧光具有恢复作用,并随着BSA加入浓度的增大,荧光恢复程度逐渐增强,并在一定的浓度范围内呈线性关系,由此建立了用新型吖啶类荧光探针测定BSA的荧光分析新方法。结果：从NCAF、NAFA到DNAF测定线性范围分别为5.0×10-9~6.8×10^-7,9.0×10^-9~8.2×10^-8和5.0×10^-9~8.3×10^-7mol·L^-1;测定灵敏度（3σ/K）分别为1.1×10^-10,3.8×10^-10和1.0×10^-10mol·L^-1。结论：该测定方法具有良好的荧光响应和稳定性,为微量蛋白质定量分析提供了新的技术体系。

基于探针技术的广义加标校正策略用于复杂体系中ATP的定量检测

以荧光标记的ATP适配体探针,结合广义标准加入多元校正策略,对复杂生物样本中ATP的含量进行准确检测。实验结果表明,ATP浓度在5~65μmol/L范围内,反应体系的荧光信号强度比值(F/F0)与ATP的浓度具有良好的线性关系,线性相关系数R2为0.987。选择细胞裂解液和血浆作为复杂样本模拟体系,对其中的ATP进行检测,与传统的单变量模型和PLS模型相比,基于探针技术的广义标准加入多元校正模型(GSAM_(probe))仅需要1个标准加入样本,即可实现对实际待测样本中目标物的准确定量。该校正策略有望应用于其他微量复杂样本或珍惜样本中目标物的快速、准确的定量分析。

荧光探针定量法检测小儿肺炎支原体临床应用研究

目的:探讨荧光探针定量(FQ-PCR)法检测小儿肺炎支原体的临床应用价值。方法:用荧光探针定量(FQ-PCR)法对小儿肺炎支原体DNA进行定量测定。同时用ELISA法MP-IgM(1周内、1周后)进行比较。结果:150例受检患儿中,FQ-PCR法阳性57例,阳性率占38%,DNA平均拷贝数4.65×106;1周内MP-IgM阳性15例,占10%;1周后MP-IgM阳性42例,占28%。FQ-PCR与1周后MP-IgM之间差异有显著性,X2=3.39(P<0.05),FQ-PCR与1周内MP-IgM有显著差异X2=32.27(P<0.005),1周之内与1周之后MP-IgM之间有显著性差异X2=13.91(P<0.005)。结论:应用FQ-PCR技术具有特异性强,灵敏度高,是早期快速诊断小儿肺炎支原体感染的可靠方法,值得推广使用。

猪流感病毒TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立

参照GenBank登录的猪流感病毒(swine influenza virus,SIV)基质蛋白(matrix protein,M)基因保守序列设计1对特异性引物和1个TaqMan探针,构建重组质粒作为绝对定量模板,通过优化反应体系及条件建立了检测SIV的荧光定量RT-PCR方法,测试了该方法的特异性、灵敏度及重复性。结果显示,建立的方法与猪瘟病毒、猪蓝耳病毒、猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪圆环病毒2型、猪伪狂犬病病毒、猪细小病毒和猪乙型脑炎病毒等不存在交叉反应,特异性强;最低检测限度为1.0拷贝/μL,比普通RT-PCR方法灵敏10倍;组内和组间重复性试验的变异系数分别在2.2%和1.9%以下,重复性较好;应用该方法对220份临床疑似猪流感样品进行检测,荧光定量RTPCR方法和普通RT-PCR检测率分别为2.7%和1.8%,阳性符合率为100%。结果表明,建立的TaqMan荧光定量RT-PCR方法特异性强、灵敏度高、重复性好,可快速检测样品中的各种SIV,从而更好地诊断和监测猪流感。

产气荚膜梭菌TaqMan实时荧光定量PCR特异性引物设计和方法验证

目的建立针对水样中产气荚膜梭菌检测的TaqMan实时荧光定量聚合酶链式反应(PCR)方法,并测试该方法在自来水样中的检测效果。方法选择位于该菌拟核中高度保守的plc基因,设计特异性引物和TaqMan探针,经优化后建立了针对该菌的TaqMan实时荧光定量PCR检测方法,结合滤膜法处理含有plc基因的标准菌株的模拟污染水样,并对所建立的方法进行测试。结果所建立的产气荚膜梭菌TaqMan实时荧光定量PCR检测方法具有高度的特异性,13株食源性致病菌、3株艰难梭菌及1株腐败梭菌的Ct值大于40;该方法的最低检出限为1×10 copies/μL,具有较高的灵敏性;对模拟污染水样的最低检测限为1.0×10^(2)CFU/mL。应用该方法对4份人工模拟污染阳性水样与90份自来水样进行检测发现,2份1.0×10^(2)CFU/mL的模拟污染水样可检出产气荚膜梭菌,2份1.0×10 CFU/mL的模拟污染水样与90份自来水样均未检出产气荚膜梭菌。结论所建立的产气荚膜梭菌TaqMan实时荧光定量PCR检测方法具有特异性好、灵敏性高的优点,对水体中产气荚膜梭菌的检测具有较高的应用价值。

培干扰素α1b原液中残留DNA定量PCR检测法的验证

目的验证聚乙二醇修饰的干扰素(培干扰素)α1b原液中残留DNA检测的实时荧光定量PCR(quantitative PCR,qPCR)。方法提取4批培干扰素α1b原液的残留DNA,使用qPCR检测试剂盒进行扩增反应,绘制标准曲线,建立残留DNA的qPCR检测方法,对建立的方法进行线性、重复性、准确性、精密度、定量限和耐用性的验证,并与探针杂交法进行比较。结果qPCR检测在300 pg/μl~30 fg/μl浓度范围内线性关系良好。6次检测相对标准偏差为7.45%;加标回收率为95.67%~129.28%;不同人员检测相对标准偏差小于30%;定量限为30 fg/μl。不同孵育温度条件下检测结果无明显差异,耐用性良好。探针杂交法与qPCR的检测结果均小于中国药典2020年版规定的10 ng/剂。结论qPCR检测培干扰素α1b原液中DNA残留具有良好的线性、重复性、准确性、精密度和耐用性,适用于该项检测。

鸭呼肠孤病毒TaqMan与SYBR Green荧光定量检测方法的建立及比较

本研究旨在针对新型鸭呼肠孤病毒(NDRV)建立两种快速、敏感、特异的荧光定量PCR诊断方法并对其临床实用性进行比较。试验根据呼肠孤病毒S1基因序列设计合成1对特异性引物和1条MGB探针,分别建立TaqMan和SYBR GreenⅠ两种荧光定量PCR检测方法,并对两种方法的特异性、灵敏性、重复性进行比较。结果显示,两种检测方法标准曲线的相关系数均为0.999,对鸭细小病毒(DPV)、A型鸭甲肝病毒(DHV-1)、C型鸭甲肝病毒(DHV-3)、鸭传染性支气管炎(IBV)、鸭坦布苏病毒(DTMUV)、鹅星状病毒(JSHV)的检测结果均为阴性,特异性良好。SYBR GreenⅠ法的最低检测限度为10;拷贝/μL,TaqMan法的最低检测限度为10;拷贝/μL,前者的灵敏度比后者高10倍。SYBR GreenⅠ法和TaqMan法重复性试验的组内和组间变异系数均分别小于2.1%和1.8%。利用这两种方法对临床30份疑似病料进行检测,其中TaqMan法检出29份,SYBR GreenⅠ法检出30份,符合率为97%。综上,两种荧光定量方法均可用于临床NDRV的检测,尤以SYBR GreenⅠ法灵敏度更高。

猪流行性腹泻病毒荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为建立一种快速、特异、灵敏检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)的荧光定量RT-PCR方法,参比NCBI中登录的S基因高度保守核苷酸序列,设计1对针对PEDV S基因的特异性引物和探针,建立TaqMan荧光定量RT-PCR方法。结果显示,建立的方法与猪圆环病毒2型、猪圆环病毒3型、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪轮状病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪德尔塔冠状病毒不存在交叉反应,具有较强的特异性;最低检测限度为1.0 copies/μL,比普通RT-PCR方法灵敏100倍;批内、批间重复性试验的变异系数分别在1.0%、2.8%以下,具有较好的重复性;对临床疑似样品进行检测,荧光定量RT-PCR方法与普通RT-PCR方法总符合率为80%,阳性符合率为100%。结果表明,建立的TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法特异性强、灵敏性高、重复性好。

蓝舌病实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为建立一种快速、灵敏、特异的检测蓝舌病的实时荧光定量RT-PCR方法,本研究参考2022年世界动物卫生组织《陆生动物诊断试验和疫苗手册》,合成一对针对蓝舌病病毒(Bluetongue virus,BTV)NS3基因的特异性引物和探针,建立TaqMan荧光定量RT-PCR方法.结果显示,建立的方法与流行性出血热病毒、牛病毒性腹泻病毒、水泡性口炎病毒、小反刍兽疫病毒不存在交叉反应,具有良好的特异性,最低检测限为6.685 copies/μL,批内、批间重复性试验的变异系数分别在0.9%、2.46%以下,具有较好的重复性.结果表明,建立的TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法特异性强、灵敏性高、重复性好,适用于BTV的快速检测.