FNR影响高产乙醇肺炎克雷伯菌产乙醇能力及转录组分析

目的探究fnr基因缺失对高产乙醇肺炎克雷伯菌产乙醇能力的影响,并对野生型菌株与Δfnr缺失菌株进行转录组测序分析。方法以高产乙醇肺炎克雷伯菌株TH1为背景,利用温敏型质粒介导的同源重组技术构建fnr基因的缺失菌株。PCR扩增并克隆fnr基因于pGEM-Teasy表达载体获得回补质粒,导入Δfnr缺失菌株得到回补株,并将pGEM-Teasy空质粒导入野生株及缺失株作为空载对照。通过顶空法检测基因fnr缺失对高产乙醇肺炎克雷伯菌株乙醇产量的影响。并对野生型菌株和Δfnr缺失菌株进行转录组测序,筛选差异表达基因并进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果通过PCR技术明确fnr基因缺失与回补菌株构建成功。乙醇含量测定结果显示基因fnr缺失后,高产乙醇肺炎克雷伯菌株的乙醇产量显著降低,且回补菌株的乙醇产量显著升高。转录组测序结果表明基因fnr缺失后561个基因表达上调,610个基因表达下调。KEGG富集分析结果表明,上调基因主要富集在包括氨基酸代谢、嘧啶代谢、三羧酸循环等通路,下调基因中富集到了包括氧化磷酸化、丙酮酸代谢、双组份系统、磷酸转移酶系统(PTS)、生物被膜形成、糖酵解/糖异生等通路。结论fnr基因的缺失显著降低了高产乙醇肺炎克雷伯菌株的乙醇产量,且全局性调控因子FNR能够正向促进糖酵解通路,抑制三羧酸循环通路。

基于时空同现挖掘技术的FNRB-Tree

FNR-Tree利用2D R-Tree和1D R-Tree的结构,很好地结合了时间和空间的索引.但是随着索引数据量的增多,R-Tree本身的两个问题凸显出来(1)更新效率不高;(2)查询效率不高.本文在考虑了移动对象的时空同现的模式基础上,提出了一种对FNR-Tree优化的索引树FNRB-Tree,对于相同时间具有相同子轨迹的移动对象进行了按照路段的索引合并,从而达到了对FNR-Tree进行批量更新的效果.实验结果表明,FNRB-Tree在大数据量的情况下,(1)更新效率进行了提高;(2)对于邻近查询的响应时间更短.

兰科植物FNR基因的密码子偏好性分析

为揭示兰科植物FNR基因的特性和密码子偏好性,采用DNAMAN、Codon W和SPSS软件及EMBOSS、SWISS-MODEL在线网站对17种兰科植物的FNR基因序列、氨基酸序列、同源区域及蛋白质三维结构进行分析。结果表明:兰科植物FNR基因普遍具有在A/T(U)与G/C之间较弱的密码子偏好性;密码子的末位在A和T(U)之间存在显著的T(U)偏好性,在C和G之间存在显著的C偏好性;NADP结合域比非结合域有较小的密码子偏好性;基于CDS和氨基酸聚类结果比基于RSCU聚类更接近于植物的进化分类;自然选择的作用是导致兰科植物FNR基因的密码子使用偏好性的主要成因。

香蕉枯萎病菌GATA转录因子基因Fnr1的克隆及序列分析

【目的】明确香蕉枯萎病菌(Fusarium oxysporum f.sp.cubense)2个生理小种(Foc1和Foc4)GATA转录因子基因(Fnr1)的序列差异,为进一步研究Fnr1在香蕉枯萎病菌致病过程中的作用奠定基础。【方法】根据番茄枯萎病菌2号生理小种(F.oxysporum f.sp.lycopersici race 2)和水稻恶苗病菌(Gibberella fujikuroi)的GATA转录因子的氨基酸序列设计引物,利用重叠延伸PCR和RT-PCR技术分别克隆了香蕉枯萎病菌2个生理小种的Fnr1的全长DAN,并对该基因所编码蛋白进行了氨基酸序列特征、系统发育与保守结构域分析。【结果】2个生理小种的Fnr1(分别命名为F1nr1和F4nr1)DNA片段全长分别为2 967 bp和2 958 bp,开放阅读框架分别为2 727 bp和2 718 bp,分别编码908个和905个氨基酸。F1nr1和F4nr1的预测氨基酸序列相似性为99%,与GenBank中公布的Fusarium spp.GATA转录因子氨基酸序列均有88%~99%相似性。氨基酸序列聚类分析显示,F1nr1和F4nr1与GenBank中已登陆的香蕉枯萎病菌1号生理小种(F.oxysporum f.sp.cubense race 1,Foc1)、尖孢镰刀菌(F.oxysporum)和番茄尖孢镰刀菌2号生理小种(F.oxysporum f.sp.lycopersici race 2)等物种的GATA转录因子蛋白高度同源。蛋白质保守域搜索表明,F1nr1和F4nr1具有GATA结合蛋白的功能域,属于GATA结合蛋白家族的一员。【结论】香蕉枯萎病菌Fnr1基因具备GATA构型转录因子家族的序列特征,推测该基因可能参与调控F.oxysporum f.sp.cubense氮调控相关基因的表达及致病性等。

编码Synechococcus sp. PCC 7002 FNR 中FNR区的基因克隆及其在大肠杆菌中的表达

用ＰＣＲ的方法克隆出了编码蓝细菌Ｓｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓｓｐ．ＰＣＣ７００２ＦＮＲ中ＦＮＲ区的基因ｐｅｔＨＬ，克隆到达载体ｐＥＴ３ａ上，转化大肠杆菌ＢＬ２１（ＤＥ３）后实现了大量表达。重组ＦＮＲ区（ｒＦＮＲＤ）经ＤＥＡＥＳｅｐｈｄｅｘＡ５０离子交换层析及ＳｅｐｈａｄｅｘＧ１００凝胶层析得到大量的电泳均一的ｒＦＮＲＤ。Ｎ末端氨基酸序列分析表明，表达产物确为ｐｅｔＨＬ所编码。且起始Ｍｅｔ翻译后未被除去。ｒＦＮＲＤ与ｒＦＮＲ的吸收光谱相同，其黄递酶活性的最适ｐＨ和最适温度也相同。

调控蛋白CRP和FNR对青霉素G酰化酶基因表达的影响

青霉素G酰化酶的表达受多种因素的调控。利用crp和fnr基因缺陷型菌株研究了葡萄糖阻遏和氧调控的机制。结果表明:FNR对pac表达不起调控作用,CRP对pac基因表达有正调控作用,并且CRP的结合位点位于结构基因上游的DNA序列上。随后,测定结构基因上游调控区的DNA序列,发现可能的CRP蛋白结合位点的同源保守序列为TGTGA。

克雷伯氏杆菌中FNR氧气调控蛋白三级结构的模建

利用Swiss-Model建立了克雷伯氏杆菌中FNR蛋白完整三级结构。模型的可靠性经Ramachandran图进行验证,分析发现模建蛋白85.8%残基φ和ψ角落在最佳区域,12.8%的残基落入其他许可区,0.5%的残基落在勉强许可区,0.9%的残基落在不允许区。经Scanprosite服务器对FNR蛋白功能域和活性位点进行搜索发现,FNR主要包括环核苷酸结合域和螺旋-转角-螺旋DNA结合域两个区域。同时对FNR蛋白中[4Fe-4S]簇结构的合理位置进行了探讨。

全局调控因子FNR对产肠毒素大肠杆菌生物学特性影响的研究

为研究全局调控因子富马酸盐和硝酸盐减少调控蛋白(FNR)对产肠毒素大肠杆菌(ETEC)生物学特性的影响,本研究通过Red同源重组方法构建了ETEC MD724-020菌株fnr基因的缺失株Δfnr及回补株Δfnr(pfnr),分别将ETEC野生株(WT)、Δfnr以及Δfnr(pfnr)同时接种于TSB液体培养基培养,测定fnr基因缺失前后ETEC的生长曲线,结果显示,与野生株相比,缺失fnr基因后其生长速率无明显变化。将3株菌分别接种于TSB固体培养基,通过测定游走直径比较分析野生株、缺失株和回补株的运动性,结果显示,与野生株相比,缺失株Δfnr的运动能力显著降低(P<0.05)。采用结晶紫法检测3株菌生物被膜(BF)形成能力,结果显示,相比WT和Δfnr(pfnr)株,缺失株Δfnr BF形成能力极显著下降(P<0.001)。将3株菌分别于含10%绵羊血的TSA平板上划线培养,进行溶血性试验,结果显示,相比WT和Δfnr(pfnr)株,Δfnr株溶血圈较野生株显著缩小。将3株菌分别与猪小肠上皮细胞IPEC-J2互作2 h后,通过平板计数法分析各菌株对该细胞的黏附能力,结果显示,与野生株相比,缺失株Δfnr对IPEC-J2细胞的黏附能力显著减弱(P<0.05)。提取上述互作后未黏附细菌的RNA,通过荧光定量PCR检测fnr基因缺失后对致病性ETEC相关毒力基因转录水平的影响,结果显示,与野生株相比,Δfnr株中eaeH、eltA和hlyA基因的转录水平均极显著下降(P<0.001)。本研究首次对全局调控因子FNR影响ETEC的运动性、溶血性、BF形成能力等生物学特性进行了研究,为进一步开展ETEC致病机理的研究提供了参考依据。

FNR类钢丝绳预变形器的设计

根据FNR类多层股不旋转钢丝绳的生产要求 ,对卧式可调式预变形器进行结构和工艺设计。各股压下量统一调节 ,各股变形量一致 ,从而保证钢丝绳的捻制质量 ,提高了工作效率。辊轴材料选用 5 0Cr,预变形器经过试用 ,捻制出符合标准的FNR35类钢丝绳。

B36-11 氧对于大肠杆菌ArcA和FNR调控系统和代谢反应的影响Levanon SS等

大肠杆菌具有多种精细的传感机制，以对氧的利用度和其它电子受体的存在作出应答。适应性应答通过一组综合调控子协调，包括单组分的Fnr蛋白和双组分的Arc系统。为了量化代谢中依赖于Arc和Fnr调控的作用，以最近开发的源于λ的重组系统构建了arcA和fnr突变株。在恒化培养的稳定状态下，通过葡萄糖限制培养基和不同氧浓度下的发酵途径研究了大肠杆菌野生型、arcA突变株、fnr突变株和arcA-fnr双突变株的代谢活性。发现ArcA在微氧条件下起显著作用，

半自动电控箱装载机FNR功能的应用研究

装载机全自动箱已自带FNR功能,非全自动电控箱的FNR功能通过FNR控制器实现。介绍一种通过继电器硬件电路实现半自动电控箱的FNR功能,为轮式装载机配置半自动电控箱,实现FNR功能提供一些参考。

星际迷航 雪佛兰FNR概念车

年轻的雪佛兰拥有天马行空的想法，他们最擅长于开发概念车，而且雪佛兰玩的概念总是相当超前，如果是第一眼见到它，你都不敢相信呈现在你眼前的是一辆车。

亚/硝酸盐电子受体及全局厌氧调节因子Fnr对地衣芽孢杆菌厌氧生长及代谢的影响

地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis)是一种重要的食品安全级菌株.目前地衣芽孢杆菌在工业生产中以好氧发酵为主,而对其厌氧生长及代谢特性认识不足,这限制了其应用的进一步拓展.在厌氧血清瓶培养条件下探究不同电子受体、不同KNO_(3)浓度以及全局厌氧调节因子Fnr对菌株生长和代谢的影响,同时对氮同化支路上的核心酶——硝酸盐还原酶进行了转录水平分析,以期系统全面阐述地衣芽孢杆菌的厌氧生理代谢特性.结果显示,地衣芽孢杆菌可以利用硝酸盐或亚硝酸盐厌氧生长,最大细胞浓度均在0.2 g/L左右.利用硝酸盐稳定期到达的时间较亚硝酸盐提前了12 h,但利用亚硝酸盐时pH降幅更小,稳定期时的菌体量更高.随着初始KNO_(3)添加量的提高,稳定期到达的时间逐渐推迟,且添加1.0 g/L KNO_(3)条件下葡萄糖消耗速率最快,达到0.94 gL^(-1)h^(-1).在代谢产物方面,乳酸的积累量与KNO_(3)添加量成负相关,而乙酸为正相关.添加0.5 g/L KNO_(3)时,乳酸为主要代谢产物,其对葡萄糖的转化率为0.55 g/g.进一步构建了fnr基因过表达的工程菌,发现narG、narH、narJ以及narI基因的转录强度相对于对照菌株分别提升了1.18、0.19、0.32和0.65倍,表明其对硝酸盐代谢支路具有激活效应.本研究表明硝酸盐或亚硝酸盐电子受体是地衣芽孢杆菌进行厌氧生长代谢所必需的无机化合物,且在添加1.0 g/L KNO_(3)的条件下其厌氧生长速率最快.

大肠杆菌0157：H7呼吸系统调控蛋白FNR对三型分泌系统调控的研究

目的了解大肠杆菌0157：H7FNR（fumarate nitrate reduction，富马酸硝酸盐还原）对三型分泌系统（type Ⅲ secretion system，T3SS）表达的影响。方法本研究采用kRed重组技术，利用PCR产物，通过Bet（a ssDNA annealing protein，ssDNA退火蛋白）和Exo（a5’-3’dsDNA exonuclease，5’-3’dsDNA外切酶）蛋白促进同位交换的方法，成功构建了．—矿突变株。结果虽然细胞黏附结果显示，与野生株相比，缺失株的黏附力并没有明显下降。但是T3SS的蛋白图谱显示．加突变株中蛋白分泌量有明显下降。结论推测可能是fnr基因敲除后导致高浓度的ClpXP（caseinolytic proteaseX＆P，酪蛋白水解酶X＆P）引起GrlA（global regulator of LEE activator）蛋白的降解，从而导致LEE（locus of enteroeyte effacement）表达的下降，造成T3SS蛋白分泌量的下降。

文心兰RFNR的克隆、亚细胞定位及其与LFNR不同的胁迫响应机制研究

以‘小樱桃’文心兰为材料克隆了铁氧还蛋白氧化还原酶(FNR)两种类型基因RFNR(Root-type Ferredoxin-NADP+oxidoreductase)和LFNR(Leaf-type Ferredoxin-NADP+oxidoreductase)。生物信息学分析表明,RFNR与LFNR都属于FNR-like超家族,具有黄素腺嘌呤二核苷酸(flavinadenine dinucleotide,FAD)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(nicotinamide adenine dinucleotide,NAD)功能结合域,在进化过程中比较保守;两种类型的FNR在氨基酸组成、蛋白结构和构型方面存在明显差异,RFNR比LFNR有更强的保守性。FNR蛋白亚细胞定位结果表明文心兰FNR蛋白都定位于叶绿体。实时荧光定量PCR分析表明,LFNR和RFNR具有器官表达特异性:LFNR更多地在叶中表达,RFNR更多地在根中表达;在软腐病胁迫下LFNR下调响应,RFNR上调响应;两种类型的FNR在盐胁迫以及高温胁迫处理时上调响应,但RFNR响应较快且强度更大;LFNR和RFNR在水杨酸(salicylicacid,SA)处理时轻微波动,茉莉酸甲酯(methyl jasmonate,MeJA)处理时呈现单峰反应。文心兰两种类型的FNR基因在不同类型的胁迫中显示相似的和有区别的表达特性,表明其具有不同的胁迫响应分子机理。

嗜水气单胞菌FNR的表达、纯化及酶活分析

铁氧还蛋白还原酶(Ferredoxin-NADP+reductases,FNR)是一种在生物体的多种代谢中起着重要作用的黄素酶.为探讨嗜水气单胞菌(Aeromona s hydrophila)XS91-4-1中FNR的功能和结构,通过克隆其FNR基因,构建重组表达载体pET42a-fnr,表达并分离纯化了具有活性的GST-FNR融合蛋白,根据米曼氏动力学测定了纯化蛋白对NADPH及EDTA-Fe3+的酶活力,采用生物信息学方法对XS91-4-1 FNR蛋白序列进行系统学分析,并初步预测了该蛋白三维结构.结果表明:重组质粒能够在宿主菌大肠杆菌(Escherichia coli)BL21中获得高效可溶性表达,经镍柱亲和层析法可纯化出电泳均一的目的蛋白,蛋白浓度为67.3μg/mL;纯化蛋白对NADPH的比活力为1.78 U/mg,对EDTA-Fe3+的比活力为1.13 U/mg,比活力比粗酶分别提高了约29和22倍;生物信息学分析表明XS91-4-1 FNR分布在Bacterial-class FNR分支上且具有与此类FNR相似的结构特点.上述结果显示嗜水气单胞菌FNR具有与已报道的FNR相似的基本特性,并推测其可能属于Bacterial-class FNR.

基于路网的移动对象索引机制研究

本文基于FNR-Tree的思想提出了一种新的索引算法FNR+-Tree,该算法可以实现基于轨迹的查询,而这正是FNR-Tree索引结构所欠缺的,接着给出了FNR+-Tree的数据结构和插入算法,查询算法,最后给出了两种索引结构的试验对比结果。

蓝细菌Synechococcus sp. PCC 7002 petH基因的高效表达及其产物的纯化

铁氧还蛋白ＮＡＤＰ＋氧还酶（ＦＮＲ）是光合电子传递中的关键酶之一。蓝细菌Ｓｙｎｅｃｈｏｃｏｃｕｓｓｐ．ＰＣＣ７００２中编码ＦＮＲ的ｐｅｔＨ基因被克隆到表达载体ｐＥＴ３ｄ上，在大肠杆菌中得到了高效表达，其表达量占大肠杆菌总蛋白的５０％以上。高效表达的产物以可溶性和包含体两种形式存在。可溶性部分具有ＦＮＲ的酶活性，在经过离子交换和凝胶层析后产生了电泳纯的ＦＮＲ。包含体形式的部分经６７ｍｏｌ／Ｌ尿素变性后，可在有黄素腺嘌呤二核苷酸（ＦＡＤ）存在条件下重新折叠成有活性的ＦＮＲ。这两种方式的ＦＮＲ其吸收光谱与从蓝细菌分离的ＦＮＲ的相同，吸收峰位置在２７３ｎｍ、３８５ｎｍ和４５６ｎｍ。氨基末端氨基酸序列分析表明此表达产物确为ｐｅｔＨ所编码。高效表达的ＦＮＲ能催化从Ｐ７００到ＮＡＤＰ＋的电子传递。其黄递酶的酶活性最适ｐＨ为８０，最适温度为３０℃。

蓝细菌Anacystis nidulans R-2藻胆体中43kD蛋白细胞定位的初步研究

高盐浓度条件下分离了蓝细菌AnacystisnidulansR-2的藻胆体,藻胆体中存在一种43kD的蛋白。Westernblotting分析表明,该蛋白能与蓝细菌Fd:NADP+氧还酶中FNR结构域的抗体发生反应,解聚的藻胆体具有FNR黄递酶的活性,初步证明该43kD蛋白就是Fd:NADP+氧还酶。TritonX-114分相实验表明,这种43kD的蛋白不能进入TritonX-114相。对藻胆体的部分解聚合实验表明,富含外周杆的组分中不存在43kD的蛋白。

纤连蛋白受体分子中N-糖链对其与纤连蛋白结合的影响

研究纤连蛋白受体（FnR）分子中N-糖链对其与纤连蛋白（Fn）结合的影响。利用纤连蛋白片断亲和层析柱和麦胚凝集素亲和层析柱，从人胎盘组织中纯化得到了FnR，经SDS-聚丙烯酞胺凝胶电泳证实为α和β两个亚基所组成。制备嵌合FnR的脂质体后，用糖甘酶处理以获得合不同糖链结构FnR脂质体，研究FnR分子中糖链在受体与配体结合中的作用。结果：用唾液酸酶处理嵌合FnR的脂质体，与Fn的粘附能力保持不变。嵌合FnR的脂质体单用p-N-乙酰氨基葡萄糖苷酶处理，或用唾液酶，β-N-乙酰氨基葡萄糖苷酶，β-半乳糖苷酶三者联合处理，其与Fn的粘附能力均下降50％。结论：FnR上糖链改变确实能影响FnR与Fn的结合，但FnR糖链上末端的唾液酸可能不影响两者的结合，而FnR糖链上末端或平分型N-乙酸氨基葡萄糖（GlcNAc）在两者结合时可能起重要作用。