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Corrigendum to ‘Nanopore-based Fourth-generation DNA Sequencing Technology' [GPB 144(2015)–GPB 13/1(4–16)] 被引量:9
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作者 Yanxiao Feng Yuechuan Zhang +2 位作者 Cuifeng Ying Deqiang Wang Chunlei Du 《Genomics, Proteomics & Bioinformatics》 SCIE CAS CSCD 2015年第3期200-201,共2页
The authors regret that there were typos in the online version of Figure 4 published in Issue 1,2015.In the figure legend boxes of panels F and G,‘‘Ni’’should be corrected to‘‘N’’for the labeling of the green ... The authors regret that there were typos in the online version of Figure 4 published in Issue 1,2015.In the figure legend boxes of panels F and G,‘‘Ni’’should be corrected to‘‘N’’for the labeling of the green curves.The figure in the printed version has been corrected.The correct Figure 4 is shown below.The authors would like to apologize for any inconvenience caused. 展开更多
关键词 EELS Figure Corrigendum to GPB 13/1 GPB 144 Nanopore-based fourth-generation dna sequencing technology
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水生生物环境DNA监测技术的发展、应用与标准化 被引量:2
2
作者 谷思雨 陈凯 +13 位作者 金小伟 李文攀 陈晓飞 熊晶 汤敏喆 姜传奇 熊杰 李涛 张琪 崔永德 曾宏辉 何舜平 王业耀 缪炜 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期1443-1458,共16页
水生态系统是保障国家生态安全的重要基础。水生生物在水生态系统中扮演着核心角色,是研究水体演变的重要依据,是维护水生态健康的关键。传统水生生物调查和监测通常采用形态学方法,但其存在专业知识要求高、难以标准化和自动化及费时... 水生态系统是保障国家生态安全的重要基础。水生生物在水生态系统中扮演着核心角色,是研究水体演变的重要依据,是维护水生态健康的关键。传统水生生物调查和监测通常采用形态学方法,但其存在专业知识要求高、难以标准化和自动化及费时耗力等缺陷。环境DNA(Environmental DNA,简称eDNA)技术是一种通过监测环境中存在的DNA片段来识别特定生物物种的方法,可以实现基于水体中DNA分子进行水生生物的鉴定和监测,为水生生物的常态化监测提供了一个准确、便捷、可标准化和自动化实施的方案。文章介绍了eDNA技术的基本原理,总结回顾了eDNA技术从萌芽到广泛科研应用的发展历史和过程,介绍了基于eDNA的宏条形码和宏基因组等各类水生生物鉴定监测技术;阐述了eDNA技术在保护种、入侵种及生物类群监测和水生态评估等各领域的应用;分析了eDNA技术当前面临的物种参考序列数据库不完善等各类挑战;提出了通过优化完善数据库、样品采集方法、评价指标和参数、样品保藏、数据分析和存储等来推动eDNA技术标准化和自动化,以解决当前面临的挑战。同时,基于eDNA技术当前的发展阶段,提出了在我国水体结合专业形态分类鉴定开展水生生物eDNA技术标准化监测的实施建议。 展开更多
关键词 环境dna技术 标准化 水生生物监测 宏条形码测序技术 宏基因组测序技术 edna数据库
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重症肌无力患者血浆染色体外环状DNA的分子特征
3
作者 黄睿 郭莹玉 +1 位作者 吴青峻 邹丽辉 《中国神经免疫学和神经病学杂志》 CAS 2024年第2期83-90,共8页
目的对重症肌无力(myasthenia gravis,MG)患者血浆染色体外环状DNA(extrachromosomal circular DNA,eccDNA)进行全长测序,分析eccDNA的分子特征及潜在功能,初步探索eccDNA在MG发病过程中的作用机制。方法收集2例MG患者及2例性别、年龄... 目的对重症肌无力(myasthenia gravis,MG)患者血浆染色体外环状DNA(extrachromosomal circular DNA,eccDNA)进行全长测序,分析eccDNA的分子特征及潜在功能,初步探索eccDNA在MG发病过程中的作用机制。方法收集2例MG患者及2例性别、年龄与之匹配的健康人血浆样本,基于滚环扩增和纳米孔测序全新技术平台,对血浆eccDNA进行全长测序,分析比较MG患者与健康人血浆eccDNA的长度分布、染色体来源、基因组元件分布及eccDNA相关差异基因功能富集情况。结果在MG患者和健康对照者中,长度为250~500 bp的eccDNA均分布最多,且MG患者在150~300 bp之间eccDNA呈现另一分布高峰,对照组则在此区间的eccDNA丰度极低。健康对照组eccDNA在1号染色体上分布最多,而MG患者组eccDNA在2号染色体上分布最多;MG患者eccDNA来源基因组元件在内含子、远端基因间区占比均高于健康对照者,而外显子区占比均低于健康对照者。相较于健康对照组,MG患者组eccDNA差异基因富集的通路多与氯离子通道活性、氯离子跨膜转运、钙离子结合及细胞信号传导有关。结论MG患者与健康人血浆eccDNA的分子特征(大小分布、染色体来源、基因组元件分布、eccDNA基因功能富集)存在差异,提示eccDNA可能通过基因表达调控、细胞信号传导、神经突触发育及免疫功能调节等潜在功能影响MG的发生发展,eccDNA可能成为MG早期诊断和疗效监测的新型生物标志物。 展开更多
关键词 染色体外环状dna 重症肌无力 滚环扩增 纳米孔测序
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Corrigendum to Nanopore-based Fourth- generation DNA Sequencing Technology' [GPB 144 (2015)- GPB 13]1 (4-16)]
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作者 Yanxiao Feng Yuechuan Zhang +2 位作者 Cuifeng Ying Deqiang Wang Chunlei Du 《Genomics, Proteomics & Bioinformatics》 SCIE CAS CSCD 2015年第6期383-383,共1页
The authors regret that there was an incorrect citation in the Table 1 of the article "Nanopore-based Fourth-generation DNA Sequencing Technology", which was published in the journal Genomics, Proteomics & Bioinfor... The authors regret that there was an incorrect citation in the Table 1 of the article "Nanopore-based Fourth-generation DNA Sequencing Technology", which was published in the journal Genomics, Proteomics & Bioinformatics, Issue 1, 2015. In the table, the image in the 4th row originally appeared in the article "Nanopore-based sequence-specific detection of duplex DNA for geno- mic profiling" published by Nano Letters in 2010. Therefore, Ref. [8], which was associated with the image in the current Table l, should be replaced by the reference: Singer A, Wanunu M, Morrison W, Kuhn H, Frank-Kamenetskii M, Meller A. Nanopore- based sequence specific detection of duplex DNA for genomic profiling. Nano Lett 2010; 10:738-42." The copy right permission of this article has been obtained. The authors would like to apologize for any inconvenience caused. 展开更多
关键词 EELS Figure Corrigendum to GPB 13/1 GPB 144 Nanopore-based fourth-generation dna sequencing technology
原文传递
DNA测序技术的发展历史与最新进展 被引量:47
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作者 解增言 林俊华 +1 位作者 谭军 舒坤贤 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第8期64-70,共7页
DNA测序技术是现代分子生物学研究中最常用的技术。从1977年第一代测序技术的出现,经过30多年的发展,DNA测序技术取得重大进展,以高通量为特点的第二代测序技术逐步成熟并商业化,以单分子测序为特点的第三代测序技术也已经出现。介绍每... DNA测序技术是现代分子生物学研究中最常用的技术。从1977年第一代测序技术的出现,经过30多年的发展,DNA测序技术取得重大进展,以高通量为特点的第二代测序技术逐步成熟并商业化,以单分子测序为特点的第三代测序技术也已经出现。介绍每一代测序技术的特点,并重点介绍了第二代测序技术及其应用。展望新的测序技术对于未来生物学研究及人们自身健康与人类疾病等方面研究的影响。 展开更多
关键词 第一代dna测序技术 第二代dna测序技术 第三代dna测序技术 高通量 单分子测序
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DNA测序技术及其应用研究进展 被引量:16
6
作者 刘朋虎 林冬梅 +1 位作者 林占熺 李晶 《福建农业学报》 CAS 2012年第10期1130-1133,共4页
本文首先介绍了第一代、第二代、第三代DNA测序技术的原理、特点,在此基础上介绍了第二代测序技术在基因组测序、重测序,RNA测序,宏基因组,DNA甲基化等方面的应用。第一代测序技术以Sanger测序法为代表,操作繁琐、成本较高,不能满足大... 本文首先介绍了第一代、第二代、第三代DNA测序技术的原理、特点,在此基础上介绍了第二代测序技术在基因组测序、重测序,RNA测序,宏基因组,DNA甲基化等方面的应用。第一代测序技术以Sanger测序法为代表,操作繁琐、成本较高,不能满足大规模测序的需要。第二代测序技术以高通量、低成本为主要特点,主要包括Illumina公司的Solexa测序技术、罗氏公司的454测序技术和ABI公司的SOLiD测序技术,目前已广泛应用于生命科学研究的各个领域。第三代测序技术以单分子测序为主要特点,目前已经初见端倪,但是还没有被大规模广泛应用。 展开更多
关键词 dna测序技术 第二代测序技术 第三代测序技术 高通量 基因组学
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第三代DNA测序及其相关生物信息学技术发展概况 被引量:6
7
作者 杨悦 杜欣军 +3 位作者 梁彬 郭季冬 程晓真 王硕 《食品研究与开发》 CAS 北大核心 2015年第10期143-148,共6页
本文介绍了第三代DNA测序的技术原理及应用现状,并对相关的生物信息学技术进行了综述。第三代测序技术以单分子测序为主要特点,目前已广泛应用于食品科学及生命科学研究的各个领域,其代表有Heliscope Bio Science公司的SMS技术、Pacific... 本文介绍了第三代DNA测序的技术原理及应用现状,并对相关的生物信息学技术进行了综述。第三代测序技术以单分子测序为主要特点,目前已广泛应用于食品科学及生命科学研究的各个领域,其代表有Heliscope Bio Science公司的SMS技术、Pacific Bio Sciences公司的SMRT技术等。本文同时归纳总结了基因组学相关的生物信息学发展状况及常用的数据库。 展开更多
关键词 基因组学 第三代dna测序技术 生物信息学 数据库
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古DNA实验体系及技术 被引量:15
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作者 盛桂莲 赖旭龙 侯新东 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期116-125,共10页
古DNA研究至今已经历20多年时间,近年来,在生物系统进化和谱系发生等方面有着越来越广泛的应用.我国古DNA研究起步较晚,主要集中于我国近几千年来古人类DNA提取和个体及群体遗传关系的研究,其他动植物古DNA研究相对较少.国际上古DNA研... 古DNA研究至今已经历20多年时间,近年来,在生物系统进化和谱系发生等方面有着越来越广泛的应用.我国古DNA研究起步较晚,主要集中于我国近几千年来古人类DNA提取和个体及群体遗传关系的研究,其他动植物古DNA研究相对较少.国际上古DNA研究不仅涉及内容广泛,而且在实验体系的规范和结果论证等方面有着严格的标准.本文系统介绍了规范古DNA实验体系的具体建立方法,强调空白提取对照、PCR水对照等各类对照的设立及可重复性实验在古DNA序列可靠性验证中的重要作用;并对近年来古DNA研究的新方法、新技术,如多重PCR、第二代高通量测序技术等进行了详细介绍. 展开更多
关键词 dna 实验体系 多重PCR 高通量测序技术 可靠性验证
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昆虫与寄主植物营养关系的DNA分子追踪 被引量:3
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作者 王倩 包伟方 +2 位作者 曾娟 杨益众 陆宴辉 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期472-480,共9页
农田生态系统中昆虫与寄主植物的食物营养关系错综复杂,利用田间直接观察法、肠道内含物形态学分析、同位素标记等方法都难于全面解析,常造成营养关系的缺失。近年来,DNA分子追踪技术迅速发展,利用一段较短的DNA序列能有效鉴别植食性昆... 农田生态系统中昆虫与寄主植物的食物营养关系错综复杂,利用田间直接观察法、肠道内含物形态学分析、同位素标记等方法都难于全面解析,常造成营养关系的缺失。近年来,DNA分子追踪技术迅速发展,利用一段较短的DNA序列能有效鉴别植食性昆虫取食寄主植物的种类,为这一领域研究提供了新方法。本文全面介绍了3种DNA分子追踪技术——诊断PCR技术、克隆测序技术和下一代测序技术(next generation sequencing,NGS)。其中诊断PCR技术包括单一PCR技术和多重PCR技术,适用于目标昆虫与已知寄主植物之间的营养关系分析;克隆测序技术能够在寄主植物种类未知的前提下,解析目标昆虫完整的寄主植物种类信息;下一代测序技术实现了短时间内对混合样品的测序,加之昆虫与植物DNA条形码序列数据库大量扩增,有效地提高寄主植物的鉴别能力。诊断PCR技术和克隆测序技术已在追踪地下害虫的取食行为、植食性昆虫取食范围及其在寄主植物间的转移与选择习性等方面被广泛应用,且进展明显。综合考虑各种技术的优缺点,本文提出将DNA分子追踪技术与同位素标记等其他方法相结合的研究策略,以便系统解析农田生态系统中昆虫与寄主植物之间的营养关系。 展开更多
关键词 dna分子追踪技术 诊断PCR 克隆测序 下一代测序 植食性昆虫 寄主植物 营养关系
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基于免扩增高通量测序的转基因定量检测方法研究
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作者 李凯 付军 +2 位作者 陈锐 陈笑芸 李亮 《生物技术进展》 2024年第4期610-617,共8页
转基因定量检测在食品安全监管和消费者知情权保障中扮演着重要角色。当前,数字PCR方法被广泛认可为核酸精准定量的黄金标准,但缺乏与之相互验证的新型核酸定量技术,这在一定程度上限制了其应用。然而,近年来高通量测序技术的兴起为解... 转基因定量检测在食品安全监管和消费者知情权保障中扮演着重要角色。当前,数字PCR方法被广泛认可为核酸精准定量的黄金标准,但缺乏与之相互验证的新型核酸定量技术,这在一定程度上限制了其应用。然而,近年来高通量测序技术的兴起为解决这一难题提供了新的可能性。尽管高通量测序技术主要用于核酸定性序列测定,但其在核酸定量领域的应用潜力尚未充分挖掘。以含有转基因T-NOS、P-35S、CP4-EPSPS和大豆内标准基因Lectin的质粒DNA标准物质为检测对象,采用免扩增建库的方法,比较了NGS、三代测序以及数字PCR定值的差异。结果表明,NGS测序结果与数字PCR结果存在显著性差异,这一发现突显了目前核酸定量技术中的挑战和需求。然而,值得注意的是,三代测序结果与数字PCR检测结果一致性良好,显示了其作为转基因核酸精准定量方法的潜力。这一发现为未来转基因产品标识阈值的制定提供了技术上的支撑和参考,为食品安全监管提供了新的技术途径。 展开更多
关键词 质粒dna 标准物质 测序技术 dPCR
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DNA微阵列技术在CYP2C19基因多态性检测中的应用 被引量:2
11
作者 邱萍英 许莹 +2 位作者 胡国艳 王华成 林裕龙 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第7期490-492,共3页
目的探讨DNA微阵列技术检测CYP2C19基因多态性的应用价值。方法用PCR结合DNA微列阵技术检测300例精神疾病患者的CYP2C19基因型,并用DNA测序法验证DNA微列阵技术检测结果的可靠性。结果 CYP2C19基因型检测结果分别为快代谢型109例(36.3%)... 目的探讨DNA微阵列技术检测CYP2C19基因多态性的应用价值。方法用PCR结合DNA微列阵技术检测300例精神疾病患者的CYP2C19基因型,并用DNA测序法验证DNA微列阵技术检测结果的可靠性。结果 CYP2C19基因型检测结果分别为快代谢型109例(36.3%),中等代谢型158例(52.7%),慢代谢型33例(11.0%);DAN微阵列技术检测结果与DNA测序法结果完全一致;患者性别之间基因型和表型所占比例差异均无统计学意义(P均>0.05)。结论 DNA微阵列技术检测CYP2C19基因多态性具有快速、准确的特点,可替代DNA测序法用于个体化医疗。 展开更多
关键词 dna微阵列技术 基因多态性 dna测序 基因变异
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DNA测序技术概述 被引量:12
12
作者 占爱瑶 罗培高 《生物技术通讯》 CAS 2011年第4期584-588,共5页
DNA测序技术作为现代生命科学研究的核心技术之一,自上世纪70年代中期DNA发明以来发展迅速。我们简要综述现有的几代DNA测序技术的原理及其发展历程,并对未来可能出现的第三代测序进行预测。
关键词 dna测序 新一代测序 单分子测序 直接测序
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水稻小粒矮突变性状与T-DNA插入标签的共分离检测 被引量:3
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作者 马玉银 张亚芳 +6 位作者 潘存红 李爱宏 吴旭江 左示敏 陈宗祥 吴昌银 潘学彪 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第6期571-577,共7页
从T-DNA水稻标签系中发现1个标签系中出现了小粒矮(sgd)突变性状的分离。为克隆该突变基因和进行基因功能研究,对该突变体进行了遗传分析。该标签系存在多个插入事件,且T3代发现目标突变性状分离系中,另一个非目标插入事件已经纯合,故特... 从T-DNA水稻标签系中发现1个标签系中出现了小粒矮(sgd)突变性状的分离。为克隆该突变基因和进行基因功能研究,对该突变体进行了遗传分析。该标签系存在多个插入事件,且T3代发现目标突变性状分离系中,另一个非目标插入事件已经纯合,故特异PCR检测不能确认小粒矮突变性状与T-DNA插入共分离。但通过TAIL-PCR方法,获得了插入点侧翼的水稻基因组序列,并证实该侧翼序列与小粒矮突变性状共分离。 展开更多
关键词 T—dna标签技术 侧翼序列 共分离 水稻 小粒矮突变
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基于流动注意力机制的非侵入性癌症检测
14
作者 孙浩峻 吴飞 张开昱 《现代电子技术》 北大核心 2024年第22期139-145,共7页
在癌症检测领域,细胞游离DNA的高通量测序技术已引发一场重大变革,为非侵入性癌症检测提供了新的可能性。利用测序数据做出可靠且精确的预测至关重要,但是测序成本高昂。针对这一需求,提出一种基于流动注意力机制的深度学习模型。通过... 在癌症检测领域,细胞游离DNA的高通量测序技术已引发一场重大变革,为非侵入性癌症检测提供了新的可能性。利用测序数据做出可靠且精确的预测至关重要,但是测序成本高昂。针对这一需求,提出一种基于流动注意力机制的深度学习模型。通过定义差异甲基化区域对数据进行预处理,使得满足深度学习数据量的要求,并整合全基因组双硫酸盐测序数据中的DNA序列和甲基化信息,以实现对髓母细胞瘤患者进行预测。实验结果表明,该方法提高了诊断过程的准确性,且受试者工作特征曲线面积达到99.73%,展示了深度学习技术在癌症早期诊断中的潜在应用前景。 展开更多
关键词 非侵入性癌症检测 流动注意力机制 细胞游离dna 高通量测序技术 深度学习 差异甲基化区域
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外周血ctDNA在结直肠癌中的临床筛查研究 被引量:1
15
作者 马玉红 刘永瑛 +3 位作者 赵良玉 辛国军 唐媛媛 李玉珍 《宁夏医学杂志》 CAS 2022年第5期392-395,共4页
目的探究外周血循环肿瘤DNA(ctDNA)在结直肠癌中的临床筛查研究价值。方法对行根治性手术的97例结直肠癌患者的临床及随访资料进行分析。收集所有患者的一般资料及术前1 d、术后1个月的外周血癌胚抗原(CEA)水平及外周血ctDNA基因检测结... 目的探究外周血循环肿瘤DNA(ctDNA)在结直肠癌中的临床筛查研究价值。方法对行根治性手术的97例结直肠癌患者的临床及随访资料进行分析。收集所有患者的一般资料及术前1 d、术后1个月的外周血癌胚抗原(CEA)水平及外周血ctDNA基因检测结果,收集患者手术中肿瘤组织标本免疫组化结果及基因的检测结果并进行比较;分析外周血ctNDA与CEA对于检查结直肠癌的诊断效能。结果肿瘤组织S-P免疫组化检测MLH1/MSH2/MSH6/PMS2蛋白结果与肿瘤组织基因测序同样的基因位点结果一致,两者检测的灵敏度、特异度及准确率均为100%;外周血ctDNA基因检测的结果与肿瘤组织基因检测结果相同,灵敏度为88.5%,特异度为100%,准确率为89.7%;术前,结肠癌患者每2 mL外周血ctDNA含量为(17.95±8.40)ng,直肠癌患者每2 mL外周血ctDNA含量为(11.73±5.39)ng,Wilcoxon秩和检验结果显示,差异有统计学意义(P<0.05);术前外周血ctDNA诊断结直肠癌患者的灵敏度为76.3%、准确率为76.3%;前CEA检测灵敏度与准确率均显著低于术前外周血ctDNA诊断(P<0.05);术后外周血ctDNA预测结直肠癌复发的灵敏度为100%、特异度为78.4%、准确率为80.4%;术后检测外周血CEA预测结直肠癌复发的灵敏度为33.3%、特异度为73.9%、准确率为76.3%。结论结直肠癌患者采用ctDNA基因检测与肿瘤组织活检的结果一致,两种方式在临床可以依据患者个人情况灵活使用;结肠癌患者外周血ctDNA含量高于直肠癌患者,更容易在ctDNA中检测到基因突变的发生;外周血ctDNA诊断结直肠癌灵敏度较高,能够作为一种新的肿瘤标志物用于早期诊治与预后辅助诊断中。 展开更多
关键词 循环肿瘤dna 结直肠癌 二代测序技术 临床筛查
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实时荧光PCR与DNA测序技术检测手足口病病毒结果分析 被引量:2
16
作者 卢艳玲 《实验与检验医学》 CAS 2021年第3期534-537,共4页
目的探讨实时荧光PCR与DNA测序技术检测手足口病病原体的临床价值。方法前瞻性选取2017年03月~2019年06月诊治的126例疑似感染手足口病患儿进行研究,经病毒分离培养确诊为手足口病共92例,且予以实时荧光PCR与DNA测序技术检测,对比检测... 目的探讨实时荧光PCR与DNA测序技术检测手足口病病原体的临床价值。方法前瞻性选取2017年03月~2019年06月诊治的126例疑似感染手足口病患儿进行研究,经病毒分离培养确诊为手足口病共92例,且予以实时荧光PCR与DNA测序技术检测,对比检测后的阳性预测值、阴性预测值,以及EV、EV-71、CA-16检出率,评估实时荧光PCR与DNA测序技术诊断手足口病病毒的AUC值、敏感度、特异度及约登指数。结果126例疑似感染手足口病患儿经病毒分离培养确诊为手足口病共92例、百分比为73.02%;其中检出EV病毒48例、占52.17%,检出EV-71病毒32例、占34.78%,检出CA-16病毒16例、占17.39%;经实时荧光PCR检测后阳性例数为90例、阳性预测值为96.77%,检出EV病毒47例、占52.22%,检出EV-71病毒31例、占34.44%,检出CA-16病毒12例、占13.33%;与金标准相比,差异无统计学意义(P均>0.05)。经DNA测序技术检测后阳性例数为71例、阳性预测值为83.53%,检出EV病毒38例、占53.52%,检出EV-71病毒20例、占28.17%,检出CA-16病毒13例、占18.31%;低于金标准(P均<0.05);且实时荧光PCR的准确率均高于DNA测序技术,而误诊率、漏诊率低于DNA测序技术(P均<0.05)。ROC曲线分析显示,实时荧光PCR、DNA测序技术诊断手足口病的AUC分别为(0.945、0.680,P<0.05),敏感度分别为97.80%、77.20%,特异度分别为91.20%、58.80%。结论实时荧光PCR与DNA测序技术在手足口病病毒检测结果中,前者更加快捷,灵敏度、特异度更高。 展开更多
关键词 实时荧光PCR dna测序技术 手足口病 病毒
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适用于二代测序技术的细菌DNA提取方法的比较研究 被引量:4
17
作者 陈佩 岳巧云 +3 位作者 刘德星 陈利伟 邱德义 何秋星 《检验检疫学刊》 2018年第2期55-60,29,共7页
为建立用于二代测序技术的最适细菌DNA提取方法。分别用磁珠法、热裂解法、试剂盒法(有溶菌酶处理和无溶菌酶处理)、超声波法、超声+热裂解法共6种方法提取等量混合的细菌DNA,特异性扩增其16S r RNA的V3-V4高变区基因,经二代测序并分析... 为建立用于二代测序技术的最适细菌DNA提取方法。分别用磁珠法、热裂解法、试剂盒法(有溶菌酶处理和无溶菌酶处理)、超声波法、超声+热裂解法共6种方法提取等量混合的细菌DNA,特异性扩增其16S r RNA的V3-V4高变区基因,经二代测序并分析结果中的细菌种类及其相对含量分布。6种方法的测序结果中,细菌种类鉴定结果无明显差异;而在磁珠法和试剂盒法(有溶菌酶处理)结果中,不同细菌的含量分布最为接近样品中的真实情况。在6种方法中,磁珠法和试剂盒法(有溶菌酶处理)适合于二代测序技术中混合细菌DNA的提取。 展开更多
关键词 二代测序技术 细菌dna提取方法 16S r RNA V3-V4高变区
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实时荧光PCR技术在手足口病检测中的应用价值分析
18
作者 王秀霞 李俊平 《系统医学》 2024年第15期17-20,共4页
目的 探析实时荧光聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)技术在手足口病检测中的应用价值。方法 非随机选取2021年1月—2023年11月高唐县疾病预防控制中心收治的100例疑似感染手足口病患儿为研究对象,均进行实时荧光PCR检查、... 目的 探析实时荧光聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)技术在手足口病检测中的应用价值。方法 非随机选取2021年1月—2023年11月高唐县疾病预防控制中心收治的100例疑似感染手足口病患儿为研究对象,均进行实时荧光PCR检查、DNA测序技术检查,以病毒分离培养结果为金标准,对比两种技术的诊断情况。结果 病毒分离培养结果显示100例疑似患儿中有73例确诊。实时荧光PCR技术诊断效能灵敏度97.26%(71/73)、特异度88.89%(24/27)、准确度95.00%(95/100)、阳性预测值95.95%(71/74)、阴性预测值92.31%(24/26)明显高于DNA测序技术的72.60%(53/73)、55.56%(15/27)、68.00%(68/100)、81.54%(53/65)、42.86%(15/35),差异有统计学意义(χ^(2)=17.340、7.477、24.175、7.462、15.821,P均<0.05)。实时荧光PCR技术的病毒亚型检出率高于DNA测序技术,差异有统计学意义(P均<0.05)。结论 在手足口病检测中,实时荧光PCR技术的应用价值高于DNA测序技术,更利于为后续治疗提供可靠参考依据。 展开更多
关键词 实时荧光PCR技术 手足口病 dna测序技术 临床诊断 诊断效能
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第三代测序细菌基因组DNA提取方法的比较 被引量:6
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作者 穰杰 李莉 +4 位作者 唐琼 杨琦 何恋 丁学知 夏立秋 《湖南师范大学自然科学学报》 CAS 北大核心 2015年第6期14-20,共7页
为筛选有效提取细菌菌株总DNA的方法,分别采用SDS法、CTAB-SDS法、试剂盒法和改良试剂盒法对苏云金芽胞杆菌、粘细菌和放线菌进行总DNA的提取、电泳检测、NanoDrop 2000测定、PCR扩增.对放线菌和苏云金芽胞杆菌,用改良试剂盒法所提取的... 为筛选有效提取细菌菌株总DNA的方法,分别采用SDS法、CTAB-SDS法、试剂盒法和改良试剂盒法对苏云金芽胞杆菌、粘细菌和放线菌进行总DNA的提取、电泳检测、NanoDrop 2000测定、PCR扩增.对放线菌和苏云金芽胞杆菌,用改良试剂盒法所提取的总DNA纯度较高,电泳条带清晰,DNA主带位于23 kb,单位体积菌液所提取到的总DNA较SDS法和CTAB-SDS法高,能满足下游的PCR扩增等分子操作.对待测样品所做的质检报告也证实样品合格,可用于后续建库、测序.而粘细菌提取到的总DNA由于它们的OD260/230在2.0以下,没有达到第三代测序样品的要求.改良试剂盒法所提取到的总DNA大多数可以满足第三代测序技术样品制备的要求. 展开更多
关键词 第三代测序技术 dna提取方法 CTAB-SDS法 改良溶液型试剂盒法
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致瘤性DNA病毒的整合机制及致瘤效应 被引量:2
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作者 喻正源 宋亚莉 +5 位作者 龚朝建 曾朝阳 卢建红 李小玲 熊炜 李桂源 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2014年第4期324-331,共8页
恶性肿瘤是一种严重危害人类生命和健康的疾病,而致瘤性DNA病毒是多种恶性肿瘤的主要致病因子.致瘤性DNA病毒的整合可以使宿主细胞正常组织逐步向炎症组织转变,并可导致癌变.病毒整合可引起宿主细胞基因组不稳定和重排,产生新的融合基因... 恶性肿瘤是一种严重危害人类生命和健康的疾病,而致瘤性DNA病毒是多种恶性肿瘤的主要致病因子.致瘤性DNA病毒的整合可以使宿主细胞正常组织逐步向炎症组织转变,并可导致癌变.病毒整合可引起宿主细胞基因组不稳定和重排,产生新的融合基因,并导致宿主基因表达异常,也是病毒本身得以复制,逃避宿主免疫识别并长期维系自我生存的机制之一.本文综述了目前对致瘤性DNA病毒整合规律以及致瘤性DNA病毒整合致瘤效应的研究和进展,并展望致瘤性DNA病毒整合的研究方向以及在肿瘤发生、发展、诊断和治疗上的应用前景. 展开更多
关键词 致瘤性dna病毒 整合 肿瘤 基因组 新一代测序技术
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