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The Relationship between Apolipoprotein B Gene Loci Polymorphisms and Coronary Heart Disease. 被引量:5
1
作者 Qu Wan-yun,et al. Beijing Railway General Hospital, Beijing 100038. Chin J Med Lab Tech 1994 《Chinese Medical Journal》 SCIE CAS CSCD 1994年第7期26-26,共1页
The authors utilized the polymerase chain reaction to rapidly and accurately type a variable number of tandemly repeated loci (VNTR loci) of the 3’ flanking region of apolipoprotein B (apo B) gene, and studied the re... The authors utilized the polymerase chain reaction to rapidly and accurately type a variable number of tandemly repeated loci (VNTR loci) of the 3’ flanking region of apolipoprotein B (apo B) gene, and studied the relationship between this loci polymorphisms and coronary heart disease (CAD); comparisons were made with relative diseases and 展开更多
关键词 APOB The Relationship between Apolipoprotein B gene loci Polymorphisms and Coronary Heart Disease gene
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ADAMTS-7基因rs3825807及rs1994016位点多态性与KD发病及CAL的关联性分析
2
作者 张亚南 李卓颖 +2 位作者 杨作成 黄利华 芮兆梅 《中南医学科学杂志》 CAS 2024年第2期206-209,共4页
目的分析ADAMTS-7基因rs3825807、rs1994016位点多态性与川崎病(KD)发病及其冠状动脉损伤(CAL)是否存在关联性。方法选取KD患儿100例为KD组,健康体检儿童100例为健康组。提取两组外周血DNA进行基因测序,比较两组ADAMTS-7基因rs3825807... 目的分析ADAMTS-7基因rs3825807、rs1994016位点多态性与川崎病(KD)发病及其冠状动脉损伤(CAL)是否存在关联性。方法选取KD患儿100例为KD组,健康体检儿童100例为健康组。提取两组外周血DNA进行基因测序,比较两组ADAMTS-7基因rs3825807位点及rs1994016位点的多态性差异。KD组根据是否存在冠状动脉损伤分为冠状动脉损伤组(KD-CAL组)和无冠状动脉损伤组(KD-NCAL组),比较两组ADAMTS-7基因rs3825807位点及rs1994016位点的多态性差异。结果KD组与健康组比较,KD-NCAL组与KD-CAL组比较,ADAMTS-7基因rs3825807位点A、G等位基因频率和AA、AG、GG基因型频率以及rs1994016位点C、T等位基因频率和CC、CT、TT基因型频率差异均无统计学意义(P>0.05)。结论ADAMTS-7基因rs3825807、rs1994016位点多态性与KD的发病及CAL不存在明显关联性。 展开更多
关键词 川崎病 冠状动脉损伤 ADAMTS-7基因 基因多态性 rs3825807位点 rs1994016位点
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柯乐猪XDH基因多态性鉴定及其对繁殖性状的影响
3
作者 向进 熊力 +6 位作者 李维 谢婷婷 杨齐心 杨红文 王春源 吴燕 张依裕 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1863-1872,共10页
【目的】明确黄嘌呤脱氢酶基因(XDH)单核苷酸多态性(SNP)位点与柯乐猪繁殖性状的关联性,为加速柯乐猪的育种进程提供理论依据。【方法】选取87头健康经产柯乐母猪为研究对象,采用Sanger测序法筛查出XDH基因SNP位点,利用SPSS 22.0中的一... 【目的】明确黄嘌呤脱氢酶基因(XDH)单核苷酸多态性(SNP)位点与柯乐猪繁殖性状的关联性,为加速柯乐猪的育种进程提供理论依据。【方法】选取87头健康经产柯乐母猪为研究对象,采用Sanger测序法筛查出XDH基因SNP位点,利用SPSS 22.0中的一般线性模型(GLM)分析SNP位点与柯乐猪繁殖性状指标(产活仔数、初生窝重、平均初生重、断奶仔猪数、断奶窝重及平均断奶重)的关联性,并通过RNAfold web server、ExPASy-ProtParam、NovoPro和SWISS-MODEL等在线软件进行生物信息学分析。【结果】在柯乐猪XDH基因上共筛选获得12个SNPs位点,分别是第33内含子上的g.108047658C>G和g.108047680C>A位点,第34内含子上的g.108048009C>T、g.108048044T>C、g.108048046T>C、g.108048047C>T、g.108048054C>T、g.108048153A>T、g.108048208A>G、g.108048212T>C和g.108048242C>T位点,第34外显子上的g.108047915G>A位点。12个SNPs位点均存在3种基因型,属于中度多态位点(0.25<PIC<0.50);g.108048047C>T、g.108048208A>G、g.108048242C>T、g.108048044T>C、g.108048046T>C和g.108048212T>C位点的基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡状态(PHWE>0.05),其余6个SNPs位点的基因型分布则显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态(PHWE<0.05)。除g.108047658C>G位点与g.108047680C>A位点、g.108048044T>C位点与g.108048046T>C位点、g.108048046T>C位点与g.108048047C>T位点间存在强连锁不平衡关系外,其余各SNP位点间均不存在强连锁不平衡关系。g.108047658C>G和g.108047915G>A位点对柯乐猪产活仔数的影响达显著水平(P<0.05,下同),g.108047658C>G位点表现为CG基因型个体的产活仔数显著高于GG基因型个体,g.108047915G>A位点表现为AG基因型个体的产活仔数显著高于AA基因型个体。g.108047915G>A位点突变导致柯乐猪XDH基因mRNA二级结构发生改变,最小自由能由-1508.90 kcal/mol上升到-1507.80 kcal/mol;且XDH基因等位基因G的突变还导致其编码蛋白分子式、相对分子量、理论等电点(pI)、不稳定系数及蛋白高级结构发生改变。【结论】柯乐猪XDH基因第33内含子g.108047658C>G位点和第34外显子g.108047915G>A位点对其产活仔数的影响达显著水平,可作为柯乐猪繁殖性状改良的潜在分子辅助标记。 展开更多
关键词 柯乐猪 XDH基因 SNP位点 繁殖性状 产活仔数
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中华绒螯蟹MIH基因SNP位点筛选及其与生长性状的关联分析
4
作者 丁秀芳 冯文荣 +2 位作者 李建林 苏胜彦 唐永凯 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第6期1053-1059,共7页
为明确蜕皮抑制激素基因(MIH)对中华绒螯蟹的生长调控机制,本研究选取100只中华绒螯蟹幼蟹个体,分析幼蟹MIH基因的单核苷酸多态性(SNP)位点及基因型,并对与生长指标相关的多态性位点进行连锁不平衡和单倍型分析,进一步明确多态性位点单... 为明确蜕皮抑制激素基因(MIH)对中华绒螯蟹的生长调控机制,本研究选取100只中华绒螯蟹幼蟹个体,分析幼蟹MIH基因的单核苷酸多态性(SNP)位点及基因型,并对与生长指标相关的多态性位点进行连锁不平衡和单倍型分析,进一步明确多态性位点单倍型与生长性状之间的相关性。结果显示,在中华绒螯蟹幼蟹MIH基因中共筛选鉴定出5个SNP位点,其中3个位点(C640G、C2529T和G2595T)与中华绒螯蟹生长性状具有相关性;3个相关位点中共检测到5种单倍型,其中H1单倍型(GCG)的占比最高(68.8%),为优势单倍型;H3单倍型(GTT)个体的生长性状指标最高,显著高于H2单倍型(CCG)。本研究得到的中华绒螯蟹MIH基因上3个与生长性状相关的SNP位点,可作为候选分子标记用于中华绒螯蟹优质品种选育。 展开更多
关键词 中华绒螯蟹 MIH基因 单核苷酸多态性(SNP)位点 单倍型 生长性状
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基于全基因组关联分析的水稻穗长QTL定位及其候选基因分析
5
作者 祝小雅 闫蕴韬 +3 位作者 桂金鑫 石居斌 张海清 贺记外 《湖南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期1-9,共9页
分别于2021年和2022年在湖南长沙种植254份水稻3K种质资源,在成熟期测定各种质的穗长。结合种质基因型进行全基因组关联分析,共检测到3个穗长QTL,分布于水稻第1、5、6号染色体,分别命名为qPL-1、qPL-5和qPL-6,相对贡献率为9.06%~28.27%... 分别于2021年和2022年在湖南长沙种植254份水稻3K种质资源,在成熟期测定各种质的穗长。结合种质基因型进行全基因组关联分析,共检测到3个穗长QTL,分布于水稻第1、5、6号染色体,分别命名为qPL-1、qPL-5和qPL-6,相对贡献率为9.06%~28.27%;结合QTL区间内基因功能注释和基因不同单倍型的穗长差异显著性分析结果,最终获得qPL-1、qPL-5和qPL-6的候选基因,其中qPL-6与sped1-D共定位,Os01g0715600、Os05g0132700为调控穗长的新候选基因;对Os01g0715600、Os05g0132700和Os06g0597500的单倍型进行聚合分析,发现这3个基因存在累加效应。 展开更多
关键词 水稻 穗长 数量性状位点 候选基因 单倍型 基因聚合
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服用硝苯地平原发性高血压患者的药物基因组学研究
6
作者 秦丽 卢峰 +5 位作者 陈海赑 李华 张志勇 穆怀彬 李斯 郑文成 《临床误诊误治》 CAS 2024年第10期55-62,共8页
目的基于药物基因组学技术,分析服用硝苯地平原发性高血压患者药物相关基因多态性分布情况,评估基因导向使用硝苯地平的应用价值。方法选取2021年10月至2023年10月收治的485例服用硝苯地平的原发性高血压患者作为研究对象,分析硝苯地平... 目的基于药物基因组学技术,分析服用硝苯地平原发性高血压患者药物相关基因多态性分布情况,评估基因导向使用硝苯地平的应用价值。方法选取2021年10月至2023年10月收治的485例服用硝苯地平的原发性高血压患者作为研究对象,分析硝苯地平药物相关基因,并进一步分析各基因多态性位点基因型分布情况,比较不同疗效、有无下肢水肿患者各基因多态性位点基因型分布情况,行单因素、多因素Logistic回归分析基因多态性位点与疗效、下肢水肿的关系。结果细胞色素P450(CYP)3A5*3 A6986、尿素转运型糖蛋白A2抗体(SLC14A2)rs1123617、SLC14A2 rs3745009、CYP3A4 rs2242480、肾上腺素能α_(1)A受体(ADRA1A)rs1048101、肾上腺素能β1受体(ADRB1)c.1165、肾上腺素能β2受体(ADRB2)rs1042713、血管紧张素转换酶(ACE)rs4646994基因多态性均符合Hardy-Weinberg平衡定律,说明样本具有代表性。不同疗效、有无下肢水肿患者CYP3A5*3 A6986、CYP3A4 rs2242480、ADRB1 c.1165、ADRB2 rs1042713、ACE rs4646994位点基因型比较,差异有统计学意义(P<0.05,P<0.01);而SLC14A2 rs1123617、SLC14A2 rs3745009、ADRA1A rs1048101位点基因型比较无统计学差异(P>0.05)。单因素、多因素Logistic回归分析显示,CYP3A5*3 A6986 G>A、CYP3A4 rs2242480 C>T、ADRB1 c.1165 C>G、ADRB2 rs1042713 G>A、ACE rs4646994 I>D与服用硝苯地平原发性高血压患者疗效、下肢水肿显著相关(P<0.01)。结论服用硝苯地平原发性高血压患者药物相关基因多态性与疗效、下肢水肿密切相关,可为临床医师制订个性化治疗方案提供参考。 展开更多
关键词 药物基因组学 高血压 硝苯地平 基因多态性 基因位点 相关性
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玉米双胚遗传机制研究进展
7
作者 高婧 秦梦凡 +1 位作者 李坤 李武 《中国农学通报》 2024年第29期1-7,共7页
高产一直是玉米育种的研究热点,传统方式提高玉米产量已进入瓶颈期,玉米双胚这种特殊遗传现象可能为获得高产提供突破性方向。为了解双胚现象发生的遗传机制,本文归纳了包括玉米等多种作物双胚、多胚现象的前人研究,从多维度整合了相关... 高产一直是玉米育种的研究热点,传统方式提高玉米产量已进入瓶颈期,玉米双胚这种特殊遗传现象可能为获得高产提供突破性方向。为了解双胚现象发生的遗传机制,本文归纳了包括玉米等多种作物双胚、多胚现象的前人研究,从多维度整合了相关的遗传表现、细胞学观察、生理生化特性、分子机制研究等内容。此外,本文总结了有关双胚的部分研究方法,为双胚性状的分子遗传机制及玉米高产育种研究提供可行性参考。通过前人研究,本文发现玉米双胚基因挖掘方面暂未有突破性进展,因此预测有关双胚现象的研究重点仍是影响双胚性状表达的关键遗传位点的定位与候选基因的挖掘,以进一步解析玉米双胚现象的分子网络机制,为指导玉米高产育种提供理论支撑。 展开更多
关键词 玉米 双胚现象 高产 遗传位点 双胚基因 分子机制 高产育种
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长顺绿壳蛋鸡GRIN1基因3′非翻译区的多态性及其与蛋壳品质的关联性
8
作者 罗华伦 王春源 +2 位作者 吴燕 向进 张依裕 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期56-63,共8页
【目的】探索长顺绿壳蛋鸡GRIN1基因3′非翻译区(untranslated region,UTR)多态性对蛋壳品质的影响。【方法】选择185只健康蛋鸡,测定其第45周龄产蛋的蛋质量、蛋形指数、蛋壳强度、蛋壳厚度和蛋壳质量5个指标;使用NCBI和PrimerPremier ... 【目的】探索长顺绿壳蛋鸡GRIN1基因3′非翻译区(untranslated region,UTR)多态性对蛋壳品质的影响。【方法】选择185只健康蛋鸡,测定其第45周龄产蛋的蛋质量、蛋形指数、蛋壳强度、蛋壳厚度和蛋壳质量5个指标;使用NCBI和PrimerPremier 3.0设计引物,采用正向测序法筛选GRIN1基因在3′UTR区域的SNP位点。【结果】GRIN1基因的3′UTR检测到4个SNP位点:g.30871C>T、g.31017A>G、g.31158A>C和g.31166G>C,其中仅g.31158A>C和g.31166G>C之间存在强连锁不平衡,且g.30871C>T和g.31017A>G都极显著偏离哈代—温伯格平衡(P<0.01)。g.31017A>G与蛋壳品质的关联分析中,GG基因型的蛋质量显著高于AA基因型(P<0.05)。4个SNP位点共产生5个单倍型(H1、H2、H3、H4、H5)和8个双倍型(H1H1、H1H2、H1H3、H2H2、H2H3、H2H4、H3H5、H4H4),双倍型H3H5的蛋质量显著高于双倍型H2H2和H2H3(P<0.05),双倍型H3H5的蛋壳质量显著高于双倍型H2H2(P<0.05),其他双倍型指标间的差异未达到显著水平(P>0.05)。【结论】长顺绿壳蛋鸡GRIN1基因与蛋壳品质存在显著关联;g.31017A>G对蛋壳品质有显著影响,能够作为改善蛋壳品质的分子标记位点参考。 展开更多
关键词 长顺绿壳蛋鸡 GRIN1基因 3′非翻译区 SNP位点 蛋壳品质
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Introduction of rol Genes into Cotton (Gossypium hirsutum L.) Genome and Effects of Transgene Expression on the Plant Development 被引量:3
9
作者 LIUHai-yan YANGYe-hua WUZheng-bin WANGXue-kui YAOMing-jin 《Agricultural Sciences in China》 CAS CSCD 2004年第10期728-737,共10页
The rol genes cloned from Agrobacterium rhizogenes were transferred to the cotton genomevia Agrobacterium-mediated transformation. Molecular analyses and developmentalidentification of the putative transgenic plants w... The rol genes cloned from Agrobacterium rhizogenes were transferred to the cotton genomevia Agrobacterium-mediated transformation. Molecular analyses and developmentalidentification of the putative transgenic plants were carried out by means of PCR,Southern blotting and field characterization. The results showed that the expression ofrol genes greatly increased the rooting ability of the transgenic plants, and changed theplant development. Highly male-sterile plants with strong apical dominance and fertileplants with short internodes, stunted growth and improved economic characteristics weresegregated from the T1 transgenic lines of wild rol B gene and the rol B gene driven by35S promoter. The transgenic lines of rol ABC construct usually had normal boll settingand slow growth. Therefore we concluded that the rol genes, modified in suitable ways,could be used to create new cotton varieties with some highly valuable characteristics. 展开更多
关键词 Upland cotton rol gene Rooting loci Root growth Transformation Developmental character Agrobacterium rhizogenes
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Gene Mapping of Brachytic Stem and Its Effect on Main Agronomic Traits in Soybean 被引量:1
10
作者 CUI Shi-you MENG Qing-chang HUANG Fang ZHAO Tuan-jie GAI Jun-yi YU De-yue 《Agricultural Sciences in China》 CAS CSCD 2005年第10期728-732,共5页
Brachytic stem is a major trait in plant type .of soybean and its yield potential may be higher under high population when compared with normal stem. In the present investigation, 152 recombinant inbred line (RIL) f... Brachytic stem is a major trait in plant type .of soybean and its yield potential may be higher under high population when compared with normal stem. In the present investigation, 152 recombinant inbred line (RIL) families derived from the cross of Bogao (normal stem) and Nannong 94-156 (brachytic stem) were used to map genes and QTLs of three plant type traits and to identify the effects of brachytic stem on agronomic traits such as yield. The primary results indicated that brachytic stem (sb) and determinate growth habit (drl) were mapped on linkage groups B2 and L, three major QTLs related to plant height were detected and mapped on linkage group L near drl, another minor QTL was mapped near sb on linkage group B2-1. Lines with brachytic stem had shorter plant height, lower biomass, yield, harvest index and pods per plant, and essentially no differences in days to maturity and 100-seed weight when compared with normal stem lines. It was obvious that the effect of brachytic stem on yield was due to the decreased height, biomass and harvest index. 展开更多
关键词 Brachytic stem gene mapping Quantitative trait loci (QTL) Agronomic trait SOYBEAN
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Genetic bases of source-,sink-,and yield-related traits revealed by genome-wide association study in Xian rice 被引量:10
11
作者 Yun Wang Yunlong Pang +4 位作者 Kai Chen Laiyuan Zhai Congcong Shen Shu Wang Jianlong Xu 《The Crop Journal》 SCIE CAS CSCD 2020年第1期119-131,共13页
The source-sink relationship determines the ultimate grain yield.We investigated the genetic basis of the relationship between source and sink and yield potential in rice.In two environments,we identified quantitative... The source-sink relationship determines the ultimate grain yield.We investigated the genetic basis of the relationship between source and sink and yield potential in rice.In two environments,we identified quantitative trait loci(QTL)associated with sink capacity(total spikelet number per panicle and thousand-grain weight),source leaf(flag leaf length,flag leaf width and flag leaf area),source-sink relationship(total spikelet number to flag leaf area ratio)and yield-related traits(filled grain number per panicle,panicle number per plant,grain yield per plant,biomass per plant,and harvest index)by genome-wide association analysis using 272 Xian(indica)accessions.The panel showed substantial variation for all traits in the two environments and revealed complex phenotypic correlations.A total of 70 QTL influencing the 11 traits were identified using 469,377 high-quality SNP markers.Five QTL were detected consistently in four chromosomal regions in both environments.Five QTL clusters simultaneously affected source,sink,source–sink relationship,and grain yield traits,probably explaining the genetic basis of significant correlations of grain yield with source and sink traits.We selected 24 candidate genes in the four consistent QTL regions by identifying linkage disequilibrium(LD)blocks associated with significant SNPs and performing haplotype analysis.The genes included one cloned gene(NOG1)and three newly identified QTL(qHI6,qTGW7,and qFLA8).These results provide a theoretical basis for high-yield rice breeding by increasing and balancing source–sink relationships using marker-assisted selection. 展开更多
关键词 RICE GWAS Source–sink relationship Quantitative trait loci/locus(QTL) Candidate gene
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玉米自交系籽粒响应高温胁迫的转录组分析 被引量:2
12
作者 汤彬 耿存娟 +7 位作者 曾强 郭欢乐 李涵 曹钟洋 邓力超 彭明 周虹 陈志辉 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2023年第4期11-19,共9页
玉米籽粒发育时期对高温胁迫十分敏感,严重影响玉米的产量和品质。为研究不同耐高温玉米自交系籽粒响应高温胁迫的基因表达差异,在基因水平解析不同玉米种质响应高温胁迫的分子机制,以前期筛选的耐高温自交系XN202和敏感自交系CT110为材... 玉米籽粒发育时期对高温胁迫十分敏感,严重影响玉米的产量和品质。为研究不同耐高温玉米自交系籽粒响应高温胁迫的基因表达差异,在基因水平解析不同玉米种质响应高温胁迫的分子机制,以前期筛选的耐高温自交系XN202和敏感自交系CT110为材料,利用RNA-Seq技术挖掘正常和高温胁迫下授粉后15 d玉米籽粒的差异表达基因(DEG)。与对照相比,XN202和CT110分别检测到1517,1012个DEGs,共同的DEGs有142个,包含7个转录因子。不同耐高温玉米自交系的籽粒对高温胁迫的响应存在明显差异,通过基因本体(GO)功能注释和全基因组及代谢途径数据库(KEGG)信号通路富集分析筛选出DNA复制、核小体、微小染色体维持复合物、DNA引物酶-多聚酶α复合体、营养库活性、丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢等共同参与响应高温胁迫的应答过程。通过生物信息学分析,共有374个DEGs位于已报道的玉米耐高温相关性状QTL区间,其中42个DEGs为已报道的耐高温相关基因。综上所述,高温胁迫下玉米籽粒会形成复杂的细胞保护和防御系统,AP2/ERF、MYB、bHLH、NAC、HSF、HSP等耐高温相关的DEGs可能在分子调控网络中发挥重要作用。 展开更多
关键词 玉米 耐热性 转录组测序 差异表达基因 数量性状位点(QTL)
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辣椒疫病研究进展 被引量:3
13
作者 雷刚 周坤华 +5 位作者 陈学军 黄月琴 袁欣捷 李歌歌 谢媛媛 方荣 《江西农业学报》 CAS 2023年第6期39-48,共10页
因辣椒—疫霉菌互作的分子机制解析是抗性育种的基础,本文从辣椒疫霉菌的宿主和辣椒病害症状、疫霉菌致病因子及其致病机制、辣椒疫病抗性相关基因和抗性网络研究等3个方面综述了近年来辣椒—疫霉菌互作机制的研究进展,以期为进一步深... 因辣椒—疫霉菌互作的分子机制解析是抗性育种的基础,本文从辣椒疫霉菌的宿主和辣椒病害症状、疫霉菌致病因子及其致病机制、辣椒疫病抗性相关基因和抗性网络研究等3个方面综述了近年来辣椒—疫霉菌互作机制的研究进展,以期为进一步深入解析其分子机制提供理论参考。 展开更多
关键词 辣椒疫病 辣椒疫霉菌 效应子 QTL 抗性基因
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甘蓝型油菜千粒重全基因组关联分析 被引量:3
14
作者 肖小军 韩德鹏 +8 位作者 周会汶 肖国滨 郑伟 李亚贞 黄天宝 肖富良 陈明 吕伟生 周庆红 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期510-517,共8页
为指导千粒重遗传改良,挖掘甘蓝型油菜千粒重显著关联单核苷酸多态性(SNP)位点及相关候选基因,以300份甘蓝型油菜种质资源为材料,对千粒重进行一年两地表型考察,结合该群体前期开发的201 817个SNP标记,采用一般线性模型(GLM)和混合线性... 为指导千粒重遗传改良,挖掘甘蓝型油菜千粒重显著关联单核苷酸多态性(SNP)位点及相关候选基因,以300份甘蓝型油菜种质资源为材料,对千粒重进行一年两地表型考察,结合该群体前期开发的201 817个SNP标记,采用一般线性模型(GLM)和混合线性模型(MLM)进行全基因组关联分析,对性状显著关联SNP位点两侧100kb区域内相关候选基因进行功能预测。结果表明,300份甘蓝型油菜千粒重在两地均表现出广泛的表型变异,筛选出6份千粒重较高的油菜种质资源。基于GLM、MLM模型分别检测到24个和10个与油菜千粒重显著关联的SNP,其中有8个SNP在2个模型中均被检测到,位于第C02号染色体上Bn-C02-22853028的表型贡献率最大。6个位点附近找到HWS、DA1、DA2、CPL3、bZIP、CSPs、PTR2、ARF2、TRM61等9个拟南芥已报道粒重基因的同源基因。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 全基因组关联分析 千粒重 SNP位点 同源基因
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甘蓝型油菜每角果粒数全基因组关联分析 被引量:1
15
作者 肖小军 陈明 +5 位作者 韩德鹏 余跑兰 郑伟 肖国滨 周庆红 周会汶 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期143-151,共9页
为挖掘甘蓝型油菜每角果粒数显著关联单核苷酸多态性(SNP)位点及相关候选基因。本研究以300份甘蓝型油菜自交系为试验材料,对甘蓝油菜每角果粒数进行一年两地表型考察,并结合该群体前期开发的201817个SNPs标记,采用一般线性模型(GLM)和... 为挖掘甘蓝型油菜每角果粒数显著关联单核苷酸多态性(SNP)位点及相关候选基因。本研究以300份甘蓝型油菜自交系为试验材料,对甘蓝油菜每角果粒数进行一年两地表型考察,并结合该群体前期开发的201817个SNPs标记,采用一般线性模型(GLM)和混合线性模型(MLM)进行全基因组关联分析(GWAS),此外,对性状显著关联SNP位点两侧100 kb区域内相关候选基因进行功能预测。300份甘蓝型油菜每角果粒数在两地均表现出广泛的表型变异,筛选出2份每角果粒数较多的油菜种质资源。基于GLM模型检测到39个与油菜每角果粒数显著关联SNPs,采用MLM分析发现,两地共检测到的3个每角果粒数显著关联SNPs位点均在GLM检测到。8个位点附近找到CIK,ERF022和EDE1等19个拟南芥已报道角果籽粒发育相关的同源基因。研究结果有助于解析甘蓝型油菜每角果粒数的遗传基础,为研究每角果粒数的调控机制、指导每角果粒数的遗传改良奠定基础。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 全基因组关联分析 每角果粒数 SNP位点 同源基因
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贵州杂交黄牛MSTN基因cDNA克隆、生物信息学及多态性分析 被引量:1
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作者 王可人 游绍航 +1 位作者 主性 田兴贵 《家畜生态学报》 北大核心 2023年第4期13-21,共9页
为比较贵州杂交黄牛肌肉生长抑制素(Myostatin,MSTN)性质、结构和多态性与本地黄牛的差别,该研究先通过RT-PCR克隆MSTN基因cDNA并进行生物信息学分析,再通过PCR-SSCP结合直接测序法筛查贵州本地黄牛和杂交黄牛MSTN基因外显子多态性。结... 为比较贵州杂交黄牛肌肉生长抑制素(Myostatin,MSTN)性质、结构和多态性与本地黄牛的差别,该研究先通过RT-PCR克隆MSTN基因cDNA并进行生物信息学分析,再通过PCR-SSCP结合直接测序法筛查贵州本地黄牛和杂交黄牛MSTN基因外显子多态性。结果在贵州杂交黄牛MSTN基因CDS区序列发现4个突变位点,其中3个为错义突变:76 bp处G/A替换,引起天冬酰胺变为天冬氨酸;79 bp处G/A替换,引起丝氨酸变为甘氨酸;1066 bp处G/A替换,引起谷氨酸变为赖氨酸。267 bp处G/A替换与525 bp处A/G替换,为同义突变。MSTN蛋白基本理化性质和结构与普通牛基本一致,但有细微的差别;通过基因同源性和系统进化树,结合motif、蛋白保守域和结构域分析,可知MSTN基因在哺乳动物中高度保守,但也存在遗传多样性。贵州本地黄牛外显子发现3个SNP位点,分别为g.6279107 G>C、g.6281238 T>C和g.6283933 A>C,贵州杂交黄牛中未发现多态位点。单倍型分析共发现6种单倍型和14种双倍型,双倍型H3H5频率最高,且杂交牛的双倍型均为H3H5,之后可一步将此与生长性状进行关联分析研究。 展开更多
关键词 贵州杂交黄牛 肌肉生长抑制素基因 基因克隆 生物信息学 多态位点
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Wnt3a基因多态性与崇仁麻鸡皮肤毛囊性状相关性研究
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作者 陈春 康昭风 +3 位作者 魏岳 黎观红 武艳平 谢金防 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期2810-2823,共14页
旨在基于基因多态性分析Wnt家族成员3a(wnt family member 3a,Wnt3a)基因遗传变异位点与崇仁麻鸡皮肤毛囊密度的相关性。本研究随机选取600只在相同环境和相同管理水平下饲养至上市日龄(120 d),健康且状况良好的崇仁麻鸡,其中原种母鸡20... 旨在基于基因多态性分析Wnt家族成员3a(wnt family member 3a,Wnt3a)基因遗传变异位点与崇仁麻鸡皮肤毛囊密度的相关性。本研究随机选取600只在相同环境和相同管理水平下饲养至上市日龄(120 d),健康且状况良好的崇仁麻鸡,其中原种母鸡200只,公鸡100只和B系母鸡200只,公鸡100只。屠宰后选取背部、胸部和大腿部皮肤相同的位置测量毛囊密度,通过皮肤组织切片HE染色的方法观察毛囊的形态结构并测量毛囊直径和皮肤厚度。采血提DNA用PCR扩增后直接测序的方法筛选Wnt3a基因遗传变异位点,并与鸡皮肤毛囊密度进行相关性分析。通过实时荧光定量PCR技术检测Wnt3a基因在不同皮肤部位的表达量。结果表明:1)原种和B系同性别同皮肤部位相比较,原种母鸡背部毛囊密度极显著高于B系(P<0.01),大腿部毛囊密度显著高于B系(P<0.05),背部和大腿部毛囊直径显著低于B系(P<0.05)。原种公鸡背部皮肤毛囊密度极显著高于B系(P<0.01),胸部毛囊密度极显著低于B系(P<0.01),背部和大腿部毛囊直径显著低于B系(P<0.05)。B系公鸡胸部皮肤厚度显著高于原种(P<0.05),B系公、母鸡大腿皮肤厚度均显著高于原种(P<0.05)。2)Wnt3a基因筛选出的3个SNPs位点与各部位皮肤毛囊密度进行相关性分析后发现,g.2555812 T>C和g.2555377 T>C位点的CC基因型个体背部皮肤毛囊密度显著高于其他基因型个体背部(P<0.05)。3)实时荧光定量PCR结果显示,Wnt3a基因在原种和B系鸡的3个皮肤部位的毛囊组织上都有比较高的表达量,且在原种背部的表达量显著高于在B系背部的表达量(P<0.05)。综上所述,崇仁麻鸡原种皮肤毛孔相较于B系更加细密,Wnt3a基因g.2555812 T>C位点的CC基因型和g.2555377 T>C位点的CC基因型是崇仁麻鸡皮肤毛囊的有利基因型,可选作鸡皮肤毛囊密度性状的分子标记。本研究探讨了作为毛囊生长发育的候选基因Wnt3a的遗传效应及SNPs与皮肤毛囊性状的相关性,以期为优质鸡胴体包装性状的分子标记筛选与标记辅助选择提供参考依据。 展开更多
关键词 崇仁麻鸡 毛囊性状 Wnt3a基因 SNP位点 荧光定量
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HLA-B和-DRB1、HLA-DQB1和-DPB1座位基因重组的分析
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作者 陈晨 王炜 +3 位作者 陈男英 董丽娜 章伟 朱发明 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期855-859,共5页
目的:探讨2个家系人类白细胞抗原(HLA)座位的重组情况。方法:采集家系成员的外周血,提取基因组DNA,采用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针技术(PCR-SSO)和二代测序技术检测HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1和-DPB1座位,通过家系遗传分析... 目的:探讨2个家系人类白细胞抗原(HLA)座位的重组情况。方法:采集家系成员的外周血,提取基因组DNA,采用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针技术(PCR-SSO)和二代测序技术检测HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1和-DPB1座位,通过家系遗传分析确定个体HLA单体型。结果:家系1中单体型HLA-A*11:01~C*03:04~B*13:01~DRB1*12:02~DQB1*03:01~DPB1*05:01:01G与HLA-A*03:01~C*04:01~B*35:03~DRB1*12:01~DQB1*03:01~DPB1*04:01:01G在HLA-B和HLA-DRB1座位间进行了交换,形成HLA-A*11:01~C*03:04~B*13:01~DRB1*12:01~DQB1*03:01~DPB1*04:01:01G。家系2中单体型HLA-A*02:06~C*03:03~B*35:01~DRB1*08:02~DQB1*04:02~DPB1*13:01:01G与HLA-A*11:01~C*07:02~B*38:02~DRB1*15:02~DQB1*05:01~DPB1*05:01:01G在HLA-DQB1和HLA-DPB1座位间进行了交换,形成HLA-A*02:06~C*03:03~B*35:01~DRB1*08:02~DQB1*04:02~DPB1*05:01:01G。结论:2个中国汉族人群家系分别发生了HLA-B和-DRB1、HLA-DQB1和-DPB1座位间的基因重组。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原(HLA) 基因重组 二代测序 HLA-B和HLA-DRB1座位 HLA-DQB1和HLA-DPB1座位
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多鳞[鱼喜](Sillago sihama)高密度遗传连锁图谱构建及生长性状QTL定位分析
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作者 田昌绪 朱奕安 +6 位作者 钟键 林星桦 叶明慧 黄洋 张玉蕾 朱春华 李广丽 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期194-203,共10页
为构建多鳞[鱼喜](Sillago sihama)遗传连锁图谱并鉴定生长等重要经济性状数量性状位点(QTL),实验通过基因分型测序(GBS)技术对163个多鳞[鱼喜]个体(2个亲本和161个全同胞家系F1代)进行测序及标记分型,并通过复合区间定位法对该物种的... 为构建多鳞[鱼喜](Sillago sihama)遗传连锁图谱并鉴定生长等重要经济性状数量性状位点(QTL),实验通过基因分型测序(GBS)技术对163个多鳞[鱼喜]个体(2个亲本和161个全同胞家系F1代)进行测序及标记分型,并通过复合区间定位法对该物种的体重、体高、体厚、眼径、体长和背鳍前长6个生长性状进行QTL定位分析。结果显示,多鳞[鱼喜]首张高密度遗传连锁图谱全长2 154.803 c M,标记间平均遗传距离0.455 c M,共有4 735个SNP标记分配到24个连锁群。QTL定位分析结果发现在6个生长性状中共检测到20个生长显著相关QTL位点,分布在8个连锁群上,单个QTL的LOD值范围为3.02~4.23,可解释的表型变异范围为0.14%~8.42%。其中,在连锁群LG08聚集了8个生长性状显著相关的QTL。通过对候选QTL区间内的基因进行功能注释,共筛选到了19个潜在生长调控相关基因,包含igf1、igf2、sstr5、sst1a、tgfbr2、gas1、igfals、gfg6、gfg20、bmp7、kdm5c、tti1以及rbm10等。实验获得的遗传标记及相关候选基因是多鳞[鱼喜]生长相关性状标记辅助选择(MAS)的有用基因资源,为进一步研究鱼类生长调控机制提供了更多的理论依据。 展开更多
关键词 多鳞[鱼喜] 基因分型测序(GBS) 数量性状位点(QTL) 生长相关性状 候选基因
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中国及中亚以东南部分绵羊群体的遗传多样性 被引量:7
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作者 杨章平 常洪 +2 位作者 孙伟 耿荣庆 角田健司 《西北农业学报》 CAS CSCD 2004年第2期1-6,共6页
以中心产区典型群简单随机抽样的方法,抽样检测65只同羊、63只湖羊的5项体尺、5项形态特征、6项生态特征及10个血液蛋白质结构基因座基因频率,引用国内外相关研究资料。(1)对国内的6个绵羊群体的17项指标进行主成分分析,并根据各群体主... 以中心产区典型群简单随机抽样的方法,抽样检测65只同羊、63只湖羊的5项体尺、5项形态特征、6项生态特征及10个血液蛋白质结构基因座基因频率,引用国内外相关研究资料。(1)对国内的6个绵羊群体的17项指标进行主成分分析,并根据各群体主成分值进行聚类,结果表明,国内6个绵羊群体被明显分为牧区、农牧交错区的蒙古羊、滩羊和农区的大尾寒羊、小尾寒羊、湖羊、同羊两大类。(2)在10个结构基因座基因频率基础上,计算中亚以东南12个绵羊群体平均座位纯合度和杂合度,比较其遗传多样性,依杂合度的高低分为3类。结果表明:绵羊的4项生态指标、2项形态特征及4项体尺对绵羊品种间差异起决定作用;湖羊、同羊及蒙古羊系统的另两个群体Kh和Ub具丰富的遗传多样性。 展开更多
关键词 中国 中亚以东南地区 绵羊 群体 遗传多样性 主成分分析 聚类分析 结构基因座 杂合度
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