利用癌症基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)和国际肿瘤基因组协作组(International Cancer Genome Consortium,ICGC)数据库收集肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者的RNA测序信息.首先,通过非负矩阵分解(non-negative m...利用癌症基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)和国际肿瘤基因组协作组(International Cancer Genome Consortium,ICGC)数据库收集肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者的RNA测序信息.首先,通过非负矩阵分解(non-negative matrix factorization,NMF)聚类方法和加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)筛选出参与HCC免疫反应机制的关键基因.利用套索(the least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)回归分析构建预后基因模型,并用基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)方法分析生物学功能.随后,对不同风险组患者使用单样本基因集富集分析(single sample genes set enrichment analysis,ssGSEA)评估两组间免疫浸润和相关功能差异.使用“RMS”R软件包结合独立危险因素构建列线图以预测患者的总体生存时间.最后,利用人类蛋白质图谱数据库(Human Protein Atlas,HPA)与实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,RT-qPCR)进行临床初步验证.总之,本文在风险评分的基础上整合患者临床特征,构建了一个可验证、可重复的列线图,为临床肿瘤患者的精准治疗提供可靠的参考.展开更多
本研究旨在筛选与乙肝阳性转移性肝细胞癌相关的基因并揭示其潜在的分子机制。利用GEO数据库中GSE364数据集,筛选在肝内扩散转移组和门静脉癌栓转移组都差异表达的基因,DAVID对差异表达基因进行GO与信号通路富集分析,并用STRING和Cytosc...本研究旨在筛选与乙肝阳性转移性肝细胞癌相关的基因并揭示其潜在的分子机制。利用GEO数据库中GSE364数据集,筛选在肝内扩散转移组和门静脉癌栓转移组都差异表达的基因,DAVID对差异表达基因进行GO与信号通路富集分析,并用STRING和Cytoscape构建蛋白互作网络,随后用mi Rwalk 2.0筛选可能参与肝细胞癌转移的miRNAs,构建miRNA-枢纽基因调控网络。之后使用Smoami R DB 2.0和c Bio Portal分析枢纽基因突变与circRNA和肝细胞癌预后的关系。我们获得在肝内扩散转移组和门静脉癌栓转移组都差异表达的基因701个,富集分析发现这些基因主要涉及血管生成和血管内皮生长因子信号转导等信号通路。从构建的蛋白互作网络中获得参与蛋白互作模式1的15个枢纽基因,GO分析发现其主要参与RNA加工、代谢、剪接等生物过程。构建的miRNA-枢纽基因调控网络中有4个miRNA参与两个枢纽基因的调控,此外肝细胞癌中SRSF1基因有突变并可转录为hsa_circ_0044757,SNRNP200基因突变与患者预后相关。本研究发现的差异表达基因和枢纽基因,有助于我们认识乙肝相关性肝细胞癌转移的分子机制,并可作为新的用于诊断和预后判断的分子标志物。展开更多
目的:预测三七主要活性成分治疗肝细胞癌的作用靶点,探讨其多成分-多靶点-多通路的作用机制。方法:通过TCMSP数据库筛选三七的主要活性成分,并利用SEA数据库预测上述成分的潜在作用靶点;从人类基因组注释(Genecards)数据库获得肝细胞癌...目的:预测三七主要活性成分治疗肝细胞癌的作用靶点,探讨其多成分-多靶点-多通路的作用机制。方法:通过TCMSP数据库筛选三七的主要活性成分,并利用SEA数据库预测上述成分的潜在作用靶点;从人类基因组注释(Genecards)数据库获得肝细胞癌相关靶点;利用Venn软件对两者取交集获得三七治疗肝细胞癌的作用靶点。使用Cytoscape3.7.1软件构建有效成分-靶点网络。应用R语言软件包clusterProfiler对上述靶点进行基因本体论(gene ontology,GO)与代谢通路(metabolic pathway,KEGG)富集分析。结合BioGrid、InWeb_IM、OmniPath数据库构建靶点蛋白相互作用(target protein interaction,PPI),由Cytoscape软件进行可视化并进行网络拓扑分析以获得核心靶点。利用SYBYL-X2软件对核心靶点和对应活性成分进行分子对接验证结合强度。结果:共获得槲皮素、β-谷甾醇、豆甾醇、人参皂苷rh2等7个主要活性成分,可作用于肝细胞癌相关的32个靶点;这些靶点显著富集于核受体活性、转录因子活性,直接配体调节序列特异性DNA结合、类固醇激素受体活性、癌症中的蛋白多糖、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药等多个GO和KEGG条目。结论:三七治疗肝细胞癌作用体现了中药多成分、多靶点、多通路的特点,为三七有效成分的筛选及深入研究提供一定科学依据。展开更多
目的采用网络药理学阐明参芪扶正注射液多成分、多靶点、多途径的作用特点,进一步研究肝癌治疗可能药效的物质基础及作用机制。方法采用中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database an...目的采用网络药理学阐明参芪扶正注射液多成分、多靶点、多途径的作用特点,进一步研究肝癌治疗可能药效的物质基础及作用机制。方法采用中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)数据库,分别检索并收集黄芪与党参的活性成分及其对应的靶标。通过在线人类孟德尔网(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)和人类基因组注释数据库(Genecard)收集与肝癌相关的靶标,并与药物成分所对应的靶标相比较筛选出相同部分,即获得黄芪-党参与肝癌重合的潜在靶基因。可视化Cytoscape 3.6.1软件建立对药物与疾病靶点相映射得到参芪扶正注射液治疗原发性肝癌的作用靶点,运用STRING软件构建"化合物-靶点"作用网络与蛋白质相互作用网络,筛选发挥治疗作用的关键成分与关键靶点,对关键靶点进行基因本体(gene ontology,GO)和pathway富集分析获知其潜在作用机制。结果共筛选出参芪扶正注射液35个候选活性成分,其中主要发挥抗肝癌的活性成分有木犀草素、槲皮素、异鼠李素和芒柄花素,主要作用靶点有JUN、RELA、MAPK1、MAPK14、AKT1、ESRI和RB1。GO富集分析主要集中于RNA聚合酶Ⅱ近端启动子序列特异性DNA结合、DNA结合转录激活因子活性和RNA聚合酶Ⅱ特异性、细胞因子受体结合等生物学过程。KEGG分析主要集中于流体剪切应力与动脉粥样硬化、人巨细胞病毒感染、细胞凋亡和白细胞介素17(interleukin 17,IL-17)信号通路等生物学通路。结论参芪扶正注射液治疗原发性肝癌是通过调控肿瘤微环境、抑制IL-17等信号通路,对原发性肝癌的发生和转移发挥防治作用。展开更多
文摘利用癌症基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)和国际肿瘤基因组协作组(International Cancer Genome Consortium,ICGC)数据库收集肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者的RNA测序信息.首先,通过非负矩阵分解(non-negative matrix factorization,NMF)聚类方法和加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)筛选出参与HCC免疫反应机制的关键基因.利用套索(the least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)回归分析构建预后基因模型,并用基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)方法分析生物学功能.随后,对不同风险组患者使用单样本基因集富集分析(single sample genes set enrichment analysis,ssGSEA)评估两组间免疫浸润和相关功能差异.使用“RMS”R软件包结合独立危险因素构建列线图以预测患者的总体生存时间.最后,利用人类蛋白质图谱数据库(Human Protein Atlas,HPA)与实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,RT-qPCR)进行临床初步验证.总之,本文在风险评分的基础上整合患者临床特征,构建了一个可验证、可重复的列线图,为临床肿瘤患者的精准治疗提供可靠的参考.
文摘本研究旨在筛选与乙肝阳性转移性肝细胞癌相关的基因并揭示其潜在的分子机制。利用GEO数据库中GSE364数据集,筛选在肝内扩散转移组和门静脉癌栓转移组都差异表达的基因,DAVID对差异表达基因进行GO与信号通路富集分析,并用STRING和Cytoscape构建蛋白互作网络,随后用mi Rwalk 2.0筛选可能参与肝细胞癌转移的miRNAs,构建miRNA-枢纽基因调控网络。之后使用Smoami R DB 2.0和c Bio Portal分析枢纽基因突变与circRNA和肝细胞癌预后的关系。我们获得在肝内扩散转移组和门静脉癌栓转移组都差异表达的基因701个,富集分析发现这些基因主要涉及血管生成和血管内皮生长因子信号转导等信号通路。从构建的蛋白互作网络中获得参与蛋白互作模式1的15个枢纽基因,GO分析发现其主要参与RNA加工、代谢、剪接等生物过程。构建的miRNA-枢纽基因调控网络中有4个miRNA参与两个枢纽基因的调控,此外肝细胞癌中SRSF1基因有突变并可转录为hsa_circ_0044757,SNRNP200基因突变与患者预后相关。本研究发现的差异表达基因和枢纽基因,有助于我们认识乙肝相关性肝细胞癌转移的分子机制,并可作为新的用于诊断和预后判断的分子标志物。
文摘目的:预测三七主要活性成分治疗肝细胞癌的作用靶点,探讨其多成分-多靶点-多通路的作用机制。方法:通过TCMSP数据库筛选三七的主要活性成分,并利用SEA数据库预测上述成分的潜在作用靶点;从人类基因组注释(Genecards)数据库获得肝细胞癌相关靶点;利用Venn软件对两者取交集获得三七治疗肝细胞癌的作用靶点。使用Cytoscape3.7.1软件构建有效成分-靶点网络。应用R语言软件包clusterProfiler对上述靶点进行基因本体论(gene ontology,GO)与代谢通路(metabolic pathway,KEGG)富集分析。结合BioGrid、InWeb_IM、OmniPath数据库构建靶点蛋白相互作用(target protein interaction,PPI),由Cytoscape软件进行可视化并进行网络拓扑分析以获得核心靶点。利用SYBYL-X2软件对核心靶点和对应活性成分进行分子对接验证结合强度。结果:共获得槲皮素、β-谷甾醇、豆甾醇、人参皂苷rh2等7个主要活性成分,可作用于肝细胞癌相关的32个靶点;这些靶点显著富集于核受体活性、转录因子活性,直接配体调节序列特异性DNA结合、类固醇激素受体活性、癌症中的蛋白多糖、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药等多个GO和KEGG条目。结论:三七治疗肝细胞癌作用体现了中药多成分、多靶点、多通路的特点,为三七有效成分的筛选及深入研究提供一定科学依据。
文摘目的采用网络药理学阐明参芪扶正注射液多成分、多靶点、多途径的作用特点,进一步研究肝癌治疗可能药效的物质基础及作用机制。方法采用中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)数据库,分别检索并收集黄芪与党参的活性成分及其对应的靶标。通过在线人类孟德尔网(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)和人类基因组注释数据库(Genecard)收集与肝癌相关的靶标,并与药物成分所对应的靶标相比较筛选出相同部分,即获得黄芪-党参与肝癌重合的潜在靶基因。可视化Cytoscape 3.6.1软件建立对药物与疾病靶点相映射得到参芪扶正注射液治疗原发性肝癌的作用靶点,运用STRING软件构建"化合物-靶点"作用网络与蛋白质相互作用网络,筛选发挥治疗作用的关键成分与关键靶点,对关键靶点进行基因本体(gene ontology,GO)和pathway富集分析获知其潜在作用机制。结果共筛选出参芪扶正注射液35个候选活性成分,其中主要发挥抗肝癌的活性成分有木犀草素、槲皮素、异鼠李素和芒柄花素,主要作用靶点有JUN、RELA、MAPK1、MAPK14、AKT1、ESRI和RB1。GO富集分析主要集中于RNA聚合酶Ⅱ近端启动子序列特异性DNA结合、DNA结合转录激活因子活性和RNA聚合酶Ⅱ特异性、细胞因子受体结合等生物学过程。KEGG分析主要集中于流体剪切应力与动脉粥样硬化、人巨细胞病毒感染、细胞凋亡和白细胞介素17(interleukin 17,IL-17)信号通路等生物学通路。结论参芪扶正注射液治疗原发性肝癌是通过调控肿瘤微环境、抑制IL-17等信号通路,对原发性肝癌的发生和转移发挥防治作用。
