目的运用网络药理学和分子对接的方法研究麻黄-苦杏仁药对治疗支气管哮喘的分子机制。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)查找麻黄、...目的运用网络药理学和分子对接的方法研究麻黄-苦杏仁药对治疗支气管哮喘的分子机制。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)查找麻黄、苦杏仁的有效成分及相关靶点,并运用Uniprot数据库对靶点进行人类基因名称标注并规范化处理。通过OMIM及GeneCards查找支气管哮喘疾病靶点。将中药的靶点与疾病靶点进行比对,找出药物与疾病的共同蛋白靶点。运用Cytoscape3.3.0构建"成分-靶点"网络,找出麻黄-苦杏仁的主要活性成分。运用String数据库对共同靶点进行蛋白相互作用网络(protein-protein interaction,PPI)分析,找出关键靶点蛋白。运用Bioconductor对共同蛋白靶点进行基因本体论(gene ontology,GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,预测麻黄-苦杏仁药对治疗疾病的作用机制。通过iGemdock及AutoDockTools软件对筛选出的主要活性成分与关键蛋白靶点的最优结合模式进行分子对接。结果筛选出麻黄-苦杏仁药对治疗支气管哮喘疾病的36个有效成分和80个有效靶点。其中主要活性成分8个,包括quercetin、kaempferol、luteolin、Stigmasterol、beta-sitosterol、Glabridin、(+)-catechin、naringenin。治疗疾病的关键靶点蛋白7个,分别是TP53、IL6、EGFR、VEGFA、CASP3、ESR1、MAPK8。GO功能富集共得到1591个条目,其中生物过程(BP)占比最高,达89%。KEGG通路富集分析得到127条信号通路,涉及的主要通路为TNF signaling pathway、PI3K-Akt signaling pathway、p53 signaling pathway、C-type lectin receptor signaling pathway。分子对接显示麻黄-苦杏仁药对的8个主要有效成分与7个关键靶点的最优结合模式都能完美对接。结论本研究显示了麻黄-苦杏仁药对可能通过调节TNF、PI3K-Akt、p53等信号通路来达到抗炎,降低气道高反应性以及气道上皮细胞损伤修复的功能,从而治疗支气管哮喘,也为后期实验验证提供了理论依据。展开更多
目的:基于数据挖掘分析中医药治疗社区获得性肺炎(community acquired pneumonia,CAP)的用药规律及核心配伍药对,通过网络药理学分析其作用机制,为临床诊断和治疗提供科学依据。方法:检索中国知网、万方医学数据库、维普资讯等数据库相...目的:基于数据挖掘分析中医药治疗社区获得性肺炎(community acquired pneumonia,CAP)的用药规律及核心配伍药对,通过网络药理学分析其作用机制,为临床诊断和治疗提供科学依据。方法:检索中国知网、万方医学数据库、维普资讯等数据库相关文献,提取符合标准的方药进行数据整理、描述性统计分析、关联规则、系统聚类,筛选出核心药对。通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)获取药物的有效化学成分及相应靶点,与OMIM、GeneCard、Grugbank数据库的疾病靶点形成交集靶点,构建疾病-药物-化学成分-交集靶点网络图和靶点间蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络,获得核心化学成分、核心靶点,进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析、京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,并通过分子对接进行验证。结果:麻黄-杏仁为治疗CAP的核心药对。槲皮素(quercetin)、植物甾醇(stigmasterol)、柚皮素(naringenin)、甘草查尔酮B(licochalcone B)、β-谷甾醇(β-sitosterol)为其发挥药效的核心化学成分。白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、丝氨酸激酶B(AKT1)、IL-1β、基质金属蛋白酶9、CXCL8为其核心靶点,分子对接显示核心靶点与核心化学成分之间有较强的亲和力,PI3K/AKT信号通路为主要作用通路。结论:中药治疗CAP的经典配伍是麻黄-杏仁,具有降气、止咳、平喘的作用,并含有多种抗炎、抗病毒成分,可作用于IL-6、AKT1、IL-1β等关键蛋白靶点,参与PI3K/AKT信号通路,进而发挥缓解肺部炎症、参与气道重塑过程、改善CAP患者临床症状的作用。展开更多
文摘目的运用网络药理学和分子对接的方法研究麻黄-苦杏仁药对治疗支气管哮喘的分子机制。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)查找麻黄、苦杏仁的有效成分及相关靶点,并运用Uniprot数据库对靶点进行人类基因名称标注并规范化处理。通过OMIM及GeneCards查找支气管哮喘疾病靶点。将中药的靶点与疾病靶点进行比对,找出药物与疾病的共同蛋白靶点。运用Cytoscape3.3.0构建"成分-靶点"网络,找出麻黄-苦杏仁的主要活性成分。运用String数据库对共同靶点进行蛋白相互作用网络(protein-protein interaction,PPI)分析,找出关键靶点蛋白。运用Bioconductor对共同蛋白靶点进行基因本体论(gene ontology,GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,预测麻黄-苦杏仁药对治疗疾病的作用机制。通过iGemdock及AutoDockTools软件对筛选出的主要活性成分与关键蛋白靶点的最优结合模式进行分子对接。结果筛选出麻黄-苦杏仁药对治疗支气管哮喘疾病的36个有效成分和80个有效靶点。其中主要活性成分8个,包括quercetin、kaempferol、luteolin、Stigmasterol、beta-sitosterol、Glabridin、(+)-catechin、naringenin。治疗疾病的关键靶点蛋白7个,分别是TP53、IL6、EGFR、VEGFA、CASP3、ESR1、MAPK8。GO功能富集共得到1591个条目,其中生物过程(BP)占比最高,达89%。KEGG通路富集分析得到127条信号通路,涉及的主要通路为TNF signaling pathway、PI3K-Akt signaling pathway、p53 signaling pathway、C-type lectin receptor signaling pathway。分子对接显示麻黄-苦杏仁药对的8个主要有效成分与7个关键靶点的最优结合模式都能完美对接。结论本研究显示了麻黄-苦杏仁药对可能通过调节TNF、PI3K-Akt、p53等信号通路来达到抗炎,降低气道高反应性以及气道上皮细胞损伤修复的功能,从而治疗支气管哮喘,也为后期实验验证提供了理论依据。
文摘目的:基于数据挖掘分析中医药治疗社区获得性肺炎(community acquired pneumonia,CAP)的用药规律及核心配伍药对,通过网络药理学分析其作用机制,为临床诊断和治疗提供科学依据。方法:检索中国知网、万方医学数据库、维普资讯等数据库相关文献,提取符合标准的方药进行数据整理、描述性统计分析、关联规则、系统聚类,筛选出核心药对。通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)获取药物的有效化学成分及相应靶点,与OMIM、GeneCard、Grugbank数据库的疾病靶点形成交集靶点,构建疾病-药物-化学成分-交集靶点网络图和靶点间蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络,获得核心化学成分、核心靶点,进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析、京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,并通过分子对接进行验证。结果:麻黄-杏仁为治疗CAP的核心药对。槲皮素(quercetin)、植物甾醇(stigmasterol)、柚皮素(naringenin)、甘草查尔酮B(licochalcone B)、β-谷甾醇(β-sitosterol)为其发挥药效的核心化学成分。白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、丝氨酸激酶B(AKT1)、IL-1β、基质金属蛋白酶9、CXCL8为其核心靶点,分子对接显示核心靶点与核心化学成分之间有较强的亲和力,PI3K/AKT信号通路为主要作用通路。结论:中药治疗CAP的经典配伍是麻黄-杏仁,具有降气、止咳、平喘的作用,并含有多种抗炎、抗病毒成分,可作用于IL-6、AKT1、IL-1β等关键蛋白靶点,参与PI3K/AKT信号通路,进而发挥缓解肺部炎症、参与气道重塑过程、改善CAP患者临床症状的作用。