线粒体单倍群M中mtDNA 5351G和6680C基因型与高原肺水肿易感性的关联

目的研究在汉族人群中,线粒体DNA(mtDNA)的单倍群M中mt5351G和mt6680C基因型与高原肺水肿(HAPE)易感的相关性。方法收集汉族HAPE患者标本206例,以及与其匹配的汉族健康对照标本144例。采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)的方法确定mtDNA的单倍群M和N,通过聚合酶链式反应-高温连接酶检测反应(PCR-LDR)的方法研究在mtDNA单倍群M中mt5351G、mt6680C基因型与HAPE易感的相关性。结果 mtDNA单倍群M和N在HAPE病例组的频率分别为49.0%和51.0%,在对照组中的频率分别为47.2%和52.8%,两组mtDNA单倍群M和N的频率无显著差异(P>0.05)。在mtDNA单倍群M中,mt5351G和mt6680C基因型在HAPE病例组频率显著高于其在对照组中的频率(均为12.0%比1.5%,P=0.016)。结论在单倍群M中mt5351G和mt 6680C基因型是汉族人群HAPE发病的危险因素,是汉族人群HAPE易感的遗传标记之一。

中国汉族高原肺水肿易感基因的全基因组关联研究

高原肺水肿(High-altitude pulmonary edema,HAPE)是一种特发于高原低氧环境的肺水肿,是遗传和环境因素共同作用的结果。为了寻找与中国汉族高原肺水肿相关的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)位点及易感基因,文章利用Affymetrix SNP Array 6.0芯片,对2010年5月至2012年7月在青海省玉树地区执行援建任务时来自平原地区的40例HAPE患者和33例健康对照进行全基因组SNP分型,通过PLINK软件对芯片结果进行全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS),筛选出在病例组和对照组中间有显著差异(P<10E-7)的SNP位点57个,通过对57个SNP位点附近74个基因进行GO与Pathway富集分析,发现这些基因与"前列腺素代谢"、"四烯酸代谢"、"氮代谢"显著相关(adjust P<0.05),以上代谢过程与HAPE病理生理机制相关。结果表明,高原肺水肿受遗传多态性影响,与多个基因以及位点相关。

高原肺水肿易感基因多态性的全基因组关联分析

目的:高原肺水肿严重影响高原人群的健康。筛选高原肺水肿易感基因以用于高原肺水肿易感者的评估及防护。方法:利用Affymetrix SNP Array 6.0芯片对23例高原肺水肿患者和17个健康对照进行全基因组SNP分型,利用PLINK软件进行了全基因组关联分析,利用GO和Pathway软件进行分析及作图。结果:全基因组关联分析获得39个相对显著的SNPs位点(P<10-4)。通过对这些SNP位点附近27个基因的GO和Pathway富集分析,发现这些基因主要参与细胞增殖调控过程、氮代谢过程和G蛋白耦联受体蛋白信号转导通路等。结论:本文发现的多态性位点及相关基因可能与高原肺水肿易感性相关。

热休克蛋白70基因rs1008438多态性与高原肺水肿的相关性

目的探讨热休克蛋白(HSP)70基因启动子区rs1008438位点单核苷酸多态性(SNP)与高原肺水肿(HAPE)之间的关系。方法采用PCR-DNA直接测序法检测100例HAPE组、200例健康对照组个体基因组rs1008438位点的基因分布,分析不同基因型与HAPE的关系;运用ELISA法检测不同基因型HAPE组和健康对照组白细胞细胞质和细胞核HSP70蛋白含量变化;应用蛋白质芯片技术和EVIDENCE180全自动芯片仪分析TNF-α、IL-1β、IL-6表达水平。结果HAPE组,健康对照组rs1008438的TT、GT、GG的基因型频率分别是76.0%、20.0%、4.0%,93.0%、6.5%、0.5%。统计处理显示,HAPE组TT基因型频率明显低于健康对照组(P<0.05);GT、GG基因型患HAPE的危险性是TT基因型的4.195倍,G等位基因相对T等位基因也能明显增加HAPE的发病风险(OR=4.178);ELISA检测结果显示,不同基因型HAPE组HSP70含量均高于健康对照组,且HSP70细胞核/细胞质比值TT基因型高于GT/GG基因型;蛋白质芯片检测表明,HAPE组血清中的TNF-α、IL-1β、IL-6表达水平均明显高于健康对照组。结论 rs1008438位点多态性与HAPE易感性相关,这种相关性可能是由于突变型在基因转录水平通过影响启动子活性而增强HSP70表达,从而导致HAPE的发生。

九个候选SNP位点与汉族HAPE相关性分析

目的探讨rs10932688、rs12655827、rs2017869、rs4572038、rs4984295、rs11581271、rs17052028、rs3009568、rs4906864多态性位点与HAPE相关关系。方法采用病例对照研究,选取汉族HAPE患者135例,汉族健康对照者137例。采用改良多重高温连接酶检测法检测rs10932688、rs12655827、rs2017869、rs4572038、rs4984295、rs11581271、rs17052028、rs3009568、rs4906864单核苷酸位点的多态性并行相关分析。结果 rs10932688、rs12655827、rs2017869、rs4572038、rs4984295、rs11581271、rs17052028、rs3009568的基因型频率在HAPE组和对照组之间差异均无统计学意义。rs4906864的基因型TT在HAPE组（14.8%）和对照组（0.08%）间差异有显著性（P〈0.05）,odds ratio为0.425（0.187-0.966）;等位基因T在HAPE组（38.5%）和对照组（29.9%）间差异有显著性（P〈0.05）,odds ratio为0.682（0.477-0.973）。结论 rs4906864的基因型TT和等位基因T在HAPE组和对照组间差异有显著性,可能与HAPE病理生理过程相关。

高原肺水肿患者rs1193789、rs1516386、rs474096、rs566456、rs2322433单核苷酸位点的多态性分析

目的探讨rs1193789、rs1516386、rs474096、rs566456、rs2322433多态性位点与高原肺水肿易感性的相关关系。方法选取133例汉族HAPE患者、135例汉族健康对照者,采用Sequenom Mass ARRAY?SNP分型检测技术对rs1193789、rs1516386、rs474096、rs566456、rs2322433多态性位点在两组样本中进行SNP分型。结果rs1193789、rs1516386、rs474096、rs566456、rs2322433的基因型AA在HAPE组和对照组之间均有显著性差异(P<0.05);其中rs474096的基因型AA在HAPE组的发病风险最高[OR(95%):3.027(1.474-6.215)];同时上述多态性位点的等位基因A也是HAPE发病的危险因素(OR值均大于1,P<0.05),其在HAPE组中的频率明显高于对照组,分别为54.17%、41.57%、54.51%、53.01%和59.40%。结论rs1193789、rs1516386、rs474096、rs566456、rs2322433的基因型AA和等位基因A可能与HAPE的发病有关。

低氧诱导因子2α基因多态性与汉族高原肺动脉高压的关联性

目的 探讨低氧诱导因子2α（HIF-2α）基因多态性与汉族高原肺动脉高压（HAPH）的关联性.方法 以移居高原（平均海拔3300m）且居住20年以上的汉族人群为研究对象,整群随机抽样收集49例HAPH患者为试验组（HAPH组）和39名非HAPH个体（均无呼吸及心脏疾病）为对照组.采用Sanger基因测序方法,测定所有对象HIF-2α基因5个位点（rs1562453、rs1867785、rs4953361、rs7598371、rs11125068）的基因型和等位基因,分析各位点基因型及等位基因的分布在两组间的差异.结果 HAPH组与对照组位点rs1562453三种基因型均为CC、CT、TT,其频率分别为49.0％、46.9％、4.1％比76.9％、17.9％、5.1％;等位基因为C和T,其频率分别为72.4％、27.6％比85.9％、14.1％;基因型及等位基因在组间差异均有统计学意义（基因型：P =0.017,等位基因：P=0.031）.HAPH组与对照组位点rs1867785三种基因型均为AA、AG、GG,其频率分别为46.9％、46.9％、6.1％比74.4％、25.6％、0.0％;等位基因为A和G,其频率为70.4％、29.6％比87.2％、12.8％;基因型及等位基因在组间差异均有统计学意义（基因型：P=0.020,等位基因：P =0.008）.Logistic回归分析结果显示,位点rs1562453三种基因型分布在两组间差异仍有统计学意义（Wald=9.561,P=0.008）,CT比CC（β=1.720,OR=5.580,P=0.011）.结论 HIF-2α位点rs1562453基因多态性可能与汉族HAPH遗传易感性相关,基因型为CT个体患HAPH的风险较CC人群高,等位基因T可能是HAPH的危险等位基因.