高产小粒咖啡叶绿体基因组密码子偏好性分析

【目的】分析高产小粒咖啡叶绿体基因组密码子的使用模式及其偏好性影响因素,确定合适的异源表达宿主,为探究咖啡的系统进化分析及基因功能验证特别是异源表达提供参考依据。【方法】从GenBank数据库检索下载高产小粒咖啡(MK353209)的完整叶绿体基因组序列,从中选择长度大于300 bp,以ATG开始,TAG、TAA和TGA结尾,内部不存在终止密码子及重复序列的51条编码区序列(CDS),运用EMBOSS在线网站和CodonW 1.4.2等分析软件,系统分析高产小粒咖啡基因组密码子使用特征及其影响因素,并与模式生物的密码子使用频率比较。【结果】高产小粒咖啡基因组的密码子第1位(GC1)、第2位(GC2)和第3位(GC3)的GC含量和3个位置的平均GC含量(GC)均未超过50.00%,30个RSCU>1.00的密码子中,以A/T结尾的密码子占比96.67%,以G/C结尾的密码子占比3.33%,表明高产小粒咖啡叶绿体基因组倾向于使用A/T结尾的密码子。有效密码子数(ENC)、密码子适应指数(CAI)、最优密码子使用频率(Fop)的平均值分别为46.97、0.167和0.353,暗示高产小粒咖啡叶绿体基因密码子偏好性较弱。20个高频密码子分别为GCT、TGT、GAT、GAA、TTT、GGA、CAT、ATT、AAA、TTA、AAT、CCT、CAA、AGA、TCT、ACT、GTA、GTT、TAT和TAA。中性绘图、ENC-plot、PR2-plot和对应分析结果显示,密码子的偏好性受到自然选择、突变等因素的共同影响,其中自然选择起决定作用。密码子使用频率比较结果显示,与拟南芥、烟草、大肠杆菌和酿酒酵母密码子使用频率相比,高产小粒咖啡分别有23.44%、15.63%、40.63%和15.63%的密码子使用模式差异较大。最终确定了21个最优密码子,其中57.14%的密码子以T结尾,38.10%的密码子以A结尾,4.76%的密码子以G结尾。【结论】高产小粒咖啡叶绿体基因组密码子的偏好性较弱,仅对A/T结尾的密码子呈偏好性,其受到自然选择、突变、基因表达水平、基因长度等多种因素的共同影响。酿酒酵母和烟草更适合作为高产小粒咖啡基因的异源表达受体系统。

缅甸小粒种咖啡生产考察报告

通过国家农业部"走出去"科技合作项目,云南农垦热带农业科技合作代表团应邀对缅甸小粒种咖啡生产进行实地考察,了解缅甸农业机构开展国际合作、咖啡研究及种植生产技术出现快速发展的状况。缅甸种植小粒种咖啡采取高荫蔽度的间作模式,虽然单株产量不高,但是咖啡品质好,已成为精品咖啡,进入以美国为主的国际市场,获得了较好的经济效益。此外,缅甸有较好的咖啡生长的自然条件,土地肥沃、资源丰富,具有今后开展中缅咖啡项目合作的良好基础。

初加工对不同产地小粒咖啡活性成分及风味酶活性的影响

目的探究初加工对不同产地(产地一:DG村;产地二:XW咖啡庄园)小粒咖啡活性成分和风味酶活性的影响。方法采用比色法测定生豆及其副产物中多酚、黄酮、多糖含量。采用酶活性检测试剂盒测定其过氧化氢酶(catalase,CAT)、脂氧合酶(lipoxygenase,LOX)、β-葡萄糖苷酶(β-glucosidase,β-GC)和脂肪酶(lipase,LPS)活性。结果多酚、黄酮含量总体来看产地一高于产地二,其中产地一所有生豆样品多酚含量均大于40.00 mg/g;黄酮含量均大于4.00 mg/g,蜜处理生豆黄酮含量最高达到了5.40 mg/g,且生豆样品的多酚、黄酮含量均比副产物的多。多糖含量最高为产地二的日晒果皮,为28.26 mg/g。此外,产地一生豆样品的CAT、β-GC和LPS总体活性强于产地二;产地一副产物的LOX和β-GC整体活性高于产地二,CAT和LPS整体活性相反。结论初加工对生豆及副产物样品的活性成分和风味酶活性均有影响,且产地一的样品略优于产地二的样品。