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Hsa-miR-1在人食管癌细胞株中的表达及生物信息学分析 被引量:1
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作者 蒋森 付海龙 +3 位作者 徐广峰 王秀芳 赵亚萍 杜云翔 《山东医药》 CAS 2012年第43期32-35,共4页
目的探讨Hsa-miR-1在人类食管癌发病中的作用,并对其生物学特征及功能进行预测分析,从而为后续Has-mir-1功能的研究提供线索。方法通过实时荧光定量PCR法,检测人食管癌细胞株KYSE-150和正常食管上皮细胞株Het-1A中Hsa-miR-1的相对表达水... 目的探讨Hsa-miR-1在人类食管癌发病中的作用,并对其生物学特征及功能进行预测分析,从而为后续Has-mir-1功能的研究提供线索。方法通过实时荧光定量PCR法,检测人食管癌细胞株KYSE-150和正常食管上皮细胞株Het-1A中Hsa-miR-1的相对表达水平;应用miRBase获取、分析Hsa-miR-1序列特征并比较其同源性大小;应用HGNC、NCBI mapviewer、UCSC Browser工具分析Hsa-miR-1所在基因组特征;应用TargetScan6.1、PicTar及miRanda预测Hsa-miR-1的靶基因,取三者预测结果交集,并结合已证实的靶基因,进行功能注释(Gene Ontolo-gy)和通路富集分析(Pathway enrichment)。结果 KYSE150中Hsa-miR-1表达显著低于Het-1A细胞;Hsa-miR-1在物种进化上具有很强的保守性,其靶基因显著富集在癌症通路、与癌症发生相关的信号通路以及心肌通路中。结论 Hsa-miR-1可能参与了食管癌的发病机制,其预测靶基因集合富集于多个生物学过程并且显著富集于癌症通路;此为后续Hsa-miR-1生物学功能的研究奠定了基础。 展开更多
关键词 hsa—mir-1 细胞株 生物信息学 食管肿瘤 食管癌
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人支气管上皮hsa-miR-148a-3p低表达细胞株的建立
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作者 谢杏 柯跃斌 +5 位作者 刘庆成 刘建军 毛侃琅 徐新云 夏菠 杨淋清 《癌变.畸变.突变》 CAS CSCD 2014年第3期204-208,212,共6页
目的:建立稳定的hsa-miR-148a-3p低表达人支气管上皮细胞株(16HBE)。方法:根据miRBase中提供的序列信息设计hsa-miR-148a-3p tough decoy RNA(TuD RNA),并将其连接到慢病毒载体pLKO.1-puro上。将重组慢病毒载体转染至293FT细胞并包装为... 目的:建立稳定的hsa-miR-148a-3p低表达人支气管上皮细胞株(16HBE)。方法:根据miRBase中提供的序列信息设计hsa-miR-148a-3p tough decoy RNA(TuD RNA),并将其连接到慢病毒载体pLKO.1-puro上。将重组慢病毒载体转染至293FT细胞并包装为慢病毒后,收集病毒上清,感染正常16HBE细胞。用嘌呤霉素筛选出has-miR-148a-3p低表达的16HBE细胞株,通过荧光定量PCR对其进行鉴定,然后对筛选出的细胞分别采用荧光定量PCR和Western blot检测DNA甲基转移酶1(DNMT1)mRNA和蛋白的表达水平。结果:测序结果表明含hsa-miR-148a-3p TuD RNA的重组慢病毒载体构建成功;荧光定量PCR检测显示has-miR-148a-3p低表达的16HBE细胞株has-miR-148a-3p的表达量比正常16HBE细胞低44%(P<0.01),其作用靶基因DNMT1的mRNA和蛋白表达水平分别为正常细胞的3.4倍和2.0倍(P均<0.01)。结论:成功建立hsa-miR-148a-3p低表达的16HBE细胞,hsa-miR-148a-3p的低表达能提高DNMT1 mRNA和蛋白的表达水平。 展开更多
关键词 hsa—mir-1 48a-3p DNA甲基转移酶1 16HBE细胞 慢病毒
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Hsa-miR-218靶向调控LASP1对宫颈癌HeLa细胞生长的影响 被引量:9
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作者 邱瑜 黄建平 +3 位作者 周勤仙 王欢 石回刚 何金花 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第9期1572-1577,共6页
目的:探讨人微小RNA-218(Homo sapiens microRNA-218,hsa-miR-218)对宫颈癌HeLa细胞生长的影响及分子机制。方法:构建hsa-miR-218的重组慢病毒表达载体pmiR-218,并将pmiR-218感染至HeLa细胞,台盼蓝拒染法检测细胞数量的变化,WST-8法检... 目的:探讨人微小RNA-218(Homo sapiens microRNA-218,hsa-miR-218)对宫颈癌HeLa细胞生长的影响及分子机制。方法:构建hsa-miR-218的重组慢病毒表达载体pmiR-218,并将pmiR-218感染至HeLa细胞,台盼蓝拒染法检测细胞数量的变化,WST-8法检测细胞活力,构建萤光素酶报告基因载体验证miR-218与LIM和SH3蛋白1(LASP1)的相互结合作用,real-time PCR检测LASP1的mRNA相对表达水平,Western blot检测LASP1蛋白的表达水平。结果:经DNA测序证实与设计完全一致,测序结果显示成功构建了重组慢病毒表达载体pmiR-218。pmiR-218转染HeLa细胞72 h后HeLa细胞存活数量为176±9,对HeLa细胞活力的抑制率具有时间效应关系,较空白对照组比较,差异显著(P<0.05);萤光素酶活性结果显示,克隆LASP1-3’UTR的质粒与miR-218 mimics共转染293T细胞,引起萤光素酶活性的减低;real-time PCR结果显示转染pmiR-218后,miR-218表达水平增加;过表达miR-128能下调LASP1 mRNA及蛋白的相对表达水平,与空白对照组及阴性对照组比较,差异显著(P<0.01)。结论:pmiR-218有效抑制HeLa细胞的生长,并具有时间-效应关系,其机制可能是miR-218通过靶向结合LASP1的3’UTR,从而下调其在HeLa细胞的表达有关。 展开更多
关键词 人微小RNA-218 LIM和SH3蛋白1 宫颈癌 HeLa细胞
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真核表达Hsa-miR-1基因及其检测方法的建立 被引量:1
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作者 胡徐庞 李伟 +7 位作者 曹跃芬 张璇 黄青红 徐科 杨耿兵 魏旭斌 钱程 刘立 《浙江理工大学学报(自然科学版)》 2011年第5期783-788,共6页
获得Hsa-miR-1的方法主要由人工合成,需耗费很高的成本与时间。文章通过将Hsa-miR-1前体部分连接至pcDNA3.0,可实现Hsa-miR-1基因的高表达。构建含有Hsa-miR-1基因表达前体的表达载体pcDNA-Hsa-miR-1和含有与Hsa-miR-1基因完全互补序列... 获得Hsa-miR-1的方法主要由人工合成,需耗费很高的成本与时间。文章通过将Hsa-miR-1前体部分连接至pcDNA3.0,可实现Hsa-miR-1基因的高表达。构建含有Hsa-miR-1基因表达前体的表达载体pcDNA-Hsa-miR-1和含有与Hsa-miR-1基因完全互补序列的检测载体pEGFP-C1-CM1。通过共转染pcDNA-Hsa-miR-1和pEGFP-C1-CM1检测Hsa-miR-1基因的表达,并采用Taqman探针法定量检测Hsa-miR-1基因表达水平,成功构建了可高效表达Hsa-miR-1基因的真核生物质粒pcDNA-Hsa-miR-1,并首次建立起Hsa-miR-1基因的检测系统pEGFP-C1-CM1,该检测系统的建立将为今后Hsa-miR-1在肿瘤细胞中的研究提供准确、快捷的检测方法。 展开更多
关键词 hsa-mir-1载体 Taqman探针检测 pcDNA-hsa-mir-1 pEGFP-C1-CM1
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微RNA hsa-miR-125a-5p通过激活p53诱导肺癌SPC-A-1细胞凋亡的研究 被引量:2
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作者 江黎黎 《辽东学院学报(自然科学版)》 CAS 2019年第2期89-96,共8页
为了探讨微RNA hsa-miR-125a-5p对肺癌细胞凋亡的影响及其可能的调控机制,通过实时定量RT-PCR (qRT-PCR法)检测hsa-miR-125a-5p在不同细胞系表达的相对含量,流式细胞术检测肺癌细胞的凋亡情况,Western blot和RT-PCR检测p53蛋白和mRNA表... 为了探讨微RNA hsa-miR-125a-5p对肺癌细胞凋亡的影响及其可能的调控机制,通过实时定量RT-PCR (qRT-PCR法)检测hsa-miR-125a-5p在不同细胞系表达的相对含量,流式细胞术检测肺癌细胞的凋亡情况,Western blot和RT-PCR检测p53蛋白和mRNA表达情况,进一步的功能性实验选择SPC-A-1细胞进行。结果显示,与人支气管上皮HBE细胞相比较,hsa-miR-125a-5p在不同的肺癌细胞系中表达下降。在功能获得性实验中,hsa-miR-125a-5p促进凋亡,hsa-miR-125a-5p过表达能够增加野生型p53 mRNA和蛋白表达;阻断野生型p53能够减弱hsa-miR-125a-5p在凋亡中的作用。在功能丧失性实验中,阻断hsa-miR-125a-5p能够降低野生型p53的mRNA和蛋白表达,阻断野生型p53同样能够减弱hsa-miR-125a-5p抑制剂在凋亡中的作用。最后,在p53缺陷细胞系H1299中转染正义或反义miR-125a-5p混合物,结果显示凋亡率均没有明显变化。上述研究表明,微RNA hsa-miR-125a-5p在肺癌细胞SPC-A-1中通过激活p53诱导凋亡。这些结果将为miR-125a家族在肺癌中的作用提供新的视点。 展开更多
关键词 凋亡 hsa-mir-125a-5p 肺癌 SPC-A-1细胞株 缺陷细胞系H1299 mir-125a P53
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肺癌组织中lncRNA ZFAS1和hsa-miR-372-3p的表达与患者恶性特征及预后的关系 被引量:3
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作者 杨晔 党荣广 +2 位作者 张静 董超 宋雪晶 《基础医学与临床》 2022年第12期1861-1866,共6页
目的探究肺癌组织中长链非编码RNA锌指结构反义转录本1(lncRNA ZFAS1)、hsa-miR-372-3p表达水平及与患者恶性特征及预后的关系。方法选取2015年3月至2016年10月在石家庄市人民医院诊治的82例肺癌患者。RT-qPCR检测肿瘤组织和癌旁组织ZF... 目的探究肺癌组织中长链非编码RNA锌指结构反义转录本1(lncRNA ZFAS1)、hsa-miR-372-3p表达水平及与患者恶性特征及预后的关系。方法选取2015年3月至2016年10月在石家庄市人民医院诊治的82例肺癌患者。RT-qPCR检测肿瘤组织和癌旁组织ZFAS1和miR-372-3p的表达,分析ZFAS1、miR-372-3p水平与肺癌患者恶性特征的关系;Pearson分析肿瘤组织中ZFAS1和miR-372-3p的关系;用Kaplan-Meier分析ZFAS1、miR-372-3p水平与肺癌患者预后生存期的关系;COX回归分析对肺癌患者预后产生影响的因素。结果与癌旁组织相比,肿瘤组织中ZFAS1、miR-372-3p表达水平均显著升高(P<0.05)。肿瘤组织ZFAS1、miR-372-3p表达水平与TNM分期、浸润胸膜、是否发生淋巴结转移、肿瘤分化程度有关(P<0.05)。肿瘤组织中ZFAS1和miR-372-3p表达水平呈显著正相关(r=0.477,P<0.001)。ZFAS1和miR-372-3p高表达组患者5年内生存率均明显低于低表达组(P<0.05)。TNM分期、淋巴结转移、ZFAS1、miR-372-3p是肺癌患者发生不良预后的独立危险因素(P<0.05)。结论肿瘤组织中ZFAS1、miR-372-3p呈异常高表达,其高水平与肺癌患者恶性特征及预后不良有关,是肺癌患者预后不良的独立危险因素。 展开更多
关键词 肺癌 长链非编码RNA 锌指结构反义转录本1 hsa-mir-372-3p
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hsa-miR-1-3p、FN1、DKK1在子痫前期中的表达及相关性研究
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作者 王小佩 杨幼林 陈怡 《中国优生与遗传杂志》 2023年第8期1610-1614,共5页
目的 探讨hsa-miR-1-3p、FN1、DKK1在子痫前期中的表达及意义,分析其潜在相关性和临床应用价值。方法 选取子痫前期表达谱芯片GSE30186和GSE44711数据集,生物信息学分析hsa-miR-1-3p、FN1、DKK1的表达情况和相关性,并经realtime PCR和... 目的 探讨hsa-miR-1-3p、FN1、DKK1在子痫前期中的表达及意义,分析其潜在相关性和临床应用价值。方法 选取子痫前期表达谱芯片GSE30186和GSE44711数据集,生物信息学分析hsa-miR-1-3p、FN1、DKK1的表达情况和相关性,并经realtime PCR和免疫组化初步检验其相关性。结果 FN1和DKK1 mRNA在表达谱芯片和收集的子痫前期组织中相对于正常组织均高表达(P<0.05),FN1和DKK1蛋白表达在子痫组织中相较于正常组织具有更高水平的表达。hsa-miR-1-3p在子痫前期组织中表达水平低于正常对照组织(P<0.05)。生物信息学分析预测hsa-miR-1-3p居于连接FN1和DKK1的关键位置。结论 FN1和DKK1在子痫前期中高表达,hsa-miR-1-3p可能是潜在调控FN1和DKK1表达水平的关键因素,hsa-miR-1-3p、FN1、DKK1是子痫前期患者中的有效生物标志物。 展开更多
关键词 子痫前期 hsa-mir-1-3p 纤维连接蛋白1 分泌性蛋白dickkopf1 生物标志物
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特发性癫痫患者外周血差异表达miRNA分析
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作者 仲婷 景燕 +2 位作者 陆明佳 党辉 李红燕 《实用心脑肺血管病杂志》 2023年第9期27-32,共6页
目的分析特发性癫痫患者外周血差异表达miRNA。方法选取2019年1月至2020年1月在新疆维吾尔自治区人民医院神经内科治疗的特发性癫痫患者12例为病例组,选取同期于新疆维吾尔自治区人民医院门诊进行体检的健康者12例为对照组。采集受试者... 目的分析特发性癫痫患者外周血差异表达miRNA。方法选取2019年1月至2020年1月在新疆维吾尔自治区人民医院神经内科治疗的特发性癫痫患者12例为病例组,选取同期于新疆维吾尔自治区人民医院门诊进行体检的健康者12例为对照组。采集受试者外周血,采用Illumina HiSeq 2000测序仪进行高通量测序,采用edgeR软件筛选差异表达miRNA,采用qPCR检测差异表达miRNA表达水平。结果共完成24个样本测序。各样本原始序列数据统计分析结果显示,原始序列中碱基的测序质量值>20的碱基占总碱基的百分比为92.56%~97.32%,原始序列中碱基的测序质量值>30的碱基占总碱基的百分比为88.01%~93.50%,碱基G和C的数量总和占总碱基数量的百分比为45.29%~52.09%;各样本样品待分析数据统计分析结果显示,原始序列中碱基的测序质量值>20的碱基占总碱基的百分比为95.87%~98.85%,原始序列中碱基的测序质量值>30的碱基占总碱基的百分比为95.30%~96.85%,碱基G和C的数量总和占总碱基数量的百分比为40.38%~47.58%。共检测出146个差异表达miRNA,与对照组相比,研究组共有98个miRNA表达上调,48个miRNA表达下调;其中差异倍数最大的5个差异表达miRNA分别为hsa-let-7b-3p、hsa-let-7f-1-3p、hsa-miR-92a-1-5p、hsa-miR-219a-2-3p、hsa-miR-6810-3p。扩增曲线分析结果显示,样本均经历了良好的扩增过程。熔解曲线分析结果显示,大多数曲线为单峰。病例组hsa-let-7b-3p、hsa-miR-92a-1-5p表达水平低于对照组,hsa-miR-6810-3p表达水平高于对照组(P<0.05)。结论与健康人相比,特发性癫痫患者外周血共有98个miRNA表达上调,48个miRNA表达下调;其中差异倍数最大的5个差异表达miRNA分别为hsa-let-7b-3p、hsa-let-7f-1-3p、hsa-miR-92a-1-5p、hsa-miR-219a-2-3p、hsa-miR-6810-3p,且可能只有hsa-let-7b-3p、hsa-miR-92a-1-5p、hsa-miR-6810-3p参与了特发性癫痫的发生发展。 展开更多
关键词 癫痫 特发性癫痫 微RNAS hsa-let-7b-3p hsa-mir-92a-1-5p hsa-mir-6810-3p
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