中药单体川楝素介导hsa-circ-0025583/hsa-miR-671-5p/SYNGR2轴调控乳腺癌生长的分子机制研究

目的 探究中药单体川楝素介导的hsa-circ-0025583/hsa-miR-671-5p/SYNGR2轴调控乳腺癌生长的分子机制。方法 选取南通第三人民医院乳腺外科于2020年4月—2022年4月收治的乳腺癌患者40例为研究对象,患者均在医院进行手术,取患者乳腺癌及癌旁组织作为实验材料,采用定量荧光聚合酶链反应(quantitative polymerase chain reaction, qPCR)对其hsa-circ-0025583及SYNGR2的表达水平进行测定;取乳腺癌细胞株T47D细胞,加入不同浓度的川楝素,比较不同浓度川楝素对细胞增殖的抑制率;对所选乳腺癌细胞株系进行预处理,A组不进行特殊处理,B组中加入0.5μmol/L的川楝素,C组对乳腺癌细胞进行转染,敲除hsa-miR-671-5p,并向其中加入0.5μmol/L的川楝素,比较其hsa-circ-0025583及SYNGR2的表达水平,上述实验重复3次。结果 与正常癌旁组织相比较,乳腺癌组织中提取的hsa-circ-0025583及SYNGR2 mRNA表达水平均降低,差异有统计学意义(P<0.05)。hsa-circ-0025583及SYNGR2 mRNA在乳腺癌组织中均低表达,具有正相关性(r=0.965,P<0.05)。随着川楝素浓度的升高,乳腺癌细胞增殖的抑制率逐渐升高,且与0μmol/L浓度组比较均具有统计学意义(P<0.05)。对数据进行处理,得出乳腺癌细胞在24 h及48 h的半数抑制浓度分别为0.78μmol/L、0.49μmol/L。与A、C组相比较,B组的hsa-circ-0025583及SYNGR2 mRNA的表达水平明显升高,差异有统计学意义(P<0.05);但A、C组间比较,差异无统计学意义(P>0.05)。与A、C组相比较,B组24 h及48 h侵袭细胞数量明显降低,差异有统计学意义(P<0.05);但A、C组间侵袭细胞数量比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论 川楝素通过介导hsa-circ-0025583/hsa-miR-671-5p/SYNGR2轴调控hsa-circ-0025583及SYNGR2水平,进而影响乳腺癌细胞的增殖及侵袭能力,抑制乳腺癌细胞的生长。

miR-192-5p在增生性瘢痕组织及成纤维细胞中的表达及调控

背景:研究表明,miRNAs的表达与肝纤维化、肾纤维化及皮肤纤维化发生有关;并证实在痛风性关节炎中miR-192-5p与表皮调节素存在靶向调控关系。目的:探讨miR-192-5p在增生性瘢痕中的表达及调控作用,并验证miR-192-5p与表皮调节素之间存在靶向调控关系。方法:①在新疆医科大学第一附属医院收集6例增生性瘢痕组织及6例正常皮肤组织,采用qRT-PCR法检测miR-192-5p与表皮调节素mRNA表达。②组织块法获取原代增生性瘢痕成纤维细胞,传代培养至3-6代用于后续实验,实验分为3个组:阴性对照组、miR-192-5p模拟物组和miR-192-5p抑制物组,分别转染对应的序列。采用CCK-8法和EdU试剂盒检测细胞增殖活力,划痕实验检测细胞迁移能力,流式细胞术检测细胞凋亡,qRT-PCR和Western blot法检测表皮调节素、Ⅰ型胶原、Ⅲ型胶原和α-SMA的基因和蛋白表达,生物信息学网站预测miR-192-5p靶点,双荧光素酶实验验证靶向结合。结果与结论:①与正常皮肤组织及其成纤维细胞相比,miR-192-5p和表皮调节素在增生性瘢痕和增生性瘢痕成纤维细胞中均呈高表达(P<0.05或P<0.01);②过表达miR-192-5p后,与阴性对照组比较,细胞增殖能力增强(P<0.05),EdU阳性细胞率增加(P<0.01);抑制miR-192-5p后细胞活力降低(P<0.05),EdU阳性细胞率减少(P<0.05);③过表达miR-192-5p 24 h后,与阴性对照组比较,模拟物组细胞划痕间面积、细胞凋亡率减小(P<0.05),miR-192-5p抑制物组细胞划痕间面积、细胞凋亡率增加(P<0.01);④转染48 h后,miR-192-5p模拟物组表皮调节素mRNA及蛋白水平显著降低、Ⅰ型胶原、Ⅲ型胶原和α-平滑肌肌动蛋白mRNA及蛋白水平显著增高(P<0.05或P<0.01);miR-192-5p抑制物组上述4项指标呈现相反的变化(P<0.05或P<0.01);⑤Targetscan网站预测表皮调节素与miR-192-5p有潜在结合位点;⑥双荧光素酶实验显示,miR-192-5p能够与表皮调节素靶向结合。结果说明:miR-192-5p过表达可降低表皮调节素的表达,二者可能存在负向调控;提示通过调控表皮调节素可能起到抑制增生性瘢痕成纤维细胞增殖的作用。

miR-192-5p靶向CKIP-1促进骨质疏松患者骨髓间充质干细胞成骨分化

背景:酪蛋白激酶2结合蛋白1(casein kinase 2-interaction protein-1,CKIP-1)是一种重要的骨形成负调控基因,其敲除鼠骨质显著增强、骨形成和骨密度也显著提高。而miRNA作为较早发现的小分子调控物,对大多数编码基因具有调控作用,在成骨分化中发挥重要作用。目的:探讨miRNA/CKIP-1对骨质疏松患者骨髓间充质干细胞成骨分化的影响及其分子机制。方法:采用miRNA-Seq技术检测2022年3-6月在开封市中心医院骨外科就诊32例骨质疏松患者及同期体检中心健康人群骨髓间充质干细胞中miRNA的变化情况;利用Targetscan网站预测靶向调控CKIP-1的miRNA,利用荧光素酶报告基因实验检测miRNA与CKIP-1启动子区DNA的结合;在骨髓间充质干细胞中转染miR-192-5p类似物(miR-192-5p mimics)/阴性对照(NC mimics)或miR-192-5p抑制剂(miR-192-5p inhibitor)/阴性对照(NC inhibitor),成骨诱导后第7,14天,通过实时荧光定量PCR技术及茜素红染色检测成骨标志基因Runt相关转录因子2(Runx2)、骨钙素、抗骨桥蛋白、骨唾液蛋白及CKIP-1的表达水平和骨髓间充质干细胞向成骨细胞分化的情况;采用蛋白质免疫印迹实验及茜素红染色检测miR-192-5p/CKIP-1/轴对细胞成骨分化的的调控作用。结果与结论:与健康组相比,骨质疏松组有16个miRNA表达明显升高,53个miRNA表达明显降低(P<0.05);利用Targetscan网站预测,并通过荧光素酶报告基因实验验证,发现miR-192-5p与CKIP-1有互补的核苷酸序列(P<0.05);过表达miR-192-5p,Runx2、骨钙素、骨桥素和骨唾液蛋白的表达水平显著升高(P<0.05),抑制miR-192-5p,Runx2、骨钙素、骨桥素和骨唾液蛋白的表达水平显著降低(P<0.05),而沉默CKIP-1的表达后,Runx2、骨钙素及骨桥素的蛋白水平增加(P<0.05),逆转了敲低miR-192-5p对细胞成骨分化的抑制作用。上述结果证实,miR-192-5p在骨质疏松症中表达降低;miR-192-5p通过靶向抑制CKIP-1的表达,促进骨髓间充质干细胞成骨分化。

hsa-miR-204-5p对人脐静脉内皮细胞生物学行为的影响

目的:探究hsa-miR-204-5p对人血管内皮细胞活力、迁移、周期及凋亡等生物学行为的影响。方法:使用人脐静脉内皮细胞株EA.hy926构建过表达hsa-miR-204-5p(hsa-miR-204-5p mimics)模型。通过细胞划痕、Transwell、CCK-8、细胞周期和凋亡率等指标评估hsa-miR-204-5p对内皮细胞功能状态的影响。接着,使用RNA测序和RT-qPCR寻找并验证hsa-miR-204-5p的下游靶基因,将RNA测序中log2FC≤−0.5、P<0.05的基因和miRWalk数据库预测的hsa-miR-204-5p的下游靶基因取交集,并进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果:过表达hsa-miR-204-5p可以抑制EA.hy926细胞的活力和迁移能力,降低EA.hy926细胞的凋亡率,并使聚集在S期的细胞减少。富集分析结果发现hsa-miR-204-5p下游靶基因富集在MAPK信号通路,富集在此通路的基因为MAPT、PPP3R1、PRKACB、PTPRR、MAP2K4、CACNA2D2和RPS6KA6。RT-qPCR结果显示,过表达hsa-miR-204-5p后,MAPT和MAP2K4扩增结果较好且表达为下调。其中,MAPT下降趋势最明显。结论:hsamiR-204-5p可能通过抑制MAPT/MAPK信号通路而影响内皮细胞的活力、迁移和凋亡等生物学行为。

糖尿病肾病患者血清LncRNA KCNQ1OT1、miR-192-5p与白蛋白尿短期进展及预后的关系

目的分析糖尿病肾病(DN)患者血清长链非编码RNA KCNQ1反向链/反义转录物1(LncRNA KCNQ1OT1)、微小核糖核酸-192-5p(miR-192-5p)与白蛋白尿短期进展及预后的关系。方法选取2021年4月—2022年12月康复大学青岛中心医院/青岛市中心医院内分泌风湿免疫科收治的DN患者102例为观察组,根据2次检测(间隔6个月)24 h尿白蛋白及SCr水平分为未进展亚组(n=78)和进展亚组(n=24),根据随访1年预后情况分为预后良好亚组(n=84)和预后不良亚组(n=18),选择同期医院健康体检者58例为健康对照组。采用qRT-PCR检测血清LncRNA KCNQ1OT1、miR-192-5p相对表达量;Pearson法分析LncRNA KCNQ1OT1与miR-192-5p的相关性;多因素Logistic回归分析患者白蛋白尿短期进展的影响因素;绘制受试者工作特征(ROC)曲线分析血清LncRNA KCNQ1OT1,miR-192-5p对患者预后的预测价值。结果与健康对照组比较,观察组血清LncRNA KCNQ1OT1水平升高,miR-192-5p水平降低(t/P=17.619/<0.001、16.120/<0.001);与未进展亚组比较,进展亚组血清LncRNA KCNQ1OT1水平升高,miR-192-5p水平降低(t/P=7.698/<0.001、9.485/<0.001);与未进展亚组比较,进展亚组患高血压比例降低及FPG、HbA_(1c)、BUN、SCr升高,差异均有统计学意义(χ^(2)/P=9.835/0.002,t/P=2.593/0.011、2.356/0.020、4.582/<0.001、3.139/0.002);与预后良好亚组比较,预后不良亚组血清LncRNA KCNQ1OT1水平升高,miR-192-5p水平降低(t/P=7.602/<0.001,9.380/<0.001);LncRNA KCNQ1OT1与miR-192-5p呈负相关(r/P=-0.452/<0.001);高血压、血清LncRNA KCNQ1OT1水平升高为患者白蛋白尿短期进展的危险因素[OR(95%CI)=1.532(1.058~2.219)、1.638(1.100~2.438)],miR-192-5p水平升高为患者白蛋白尿短期进展的保护因素[OR(95%CI)=0.671(0.517~0.871)];LncRNA KCNQ1OT1、miR-192-5p以及二者联合预测患者预后的AUC分别为0.808、0.822、0.896,联合预测显著优于各自单独预测(Z/P=2.030/0.042、2.116/0.034)。结论DN患者血清LncRNA KCNQ1OT1水平升高,miR-192-5p水平降低,两者均为DN患者发生白蛋白尿短期进展的影响因素,且对患者预后具有一定辅助预测价值。

hsa-miR-340-5p靶基因预测及生物信息学分析

目的 通过对hsa-miR-340-5p的靶基因进行预测和生物信息学分析,探讨其靶基因所发挥的生物学功能及参与的信号传导通路。方法 应用RNAcentral和miRBase数据库在线对比分析miR-340-5p序列在不同物种之间的保守性。运用在线数据库DIANA-microT、Target Scan、miRWalk和miRDB分别预测hsa-miR-340-5p的靶基因,随后使用Venny2.1绘制韦恩图得到交集靶基因的集合,并对其交集靶基因的集合进行基因本体论(GO)功能注释分析、京都基因与基因组百科全书信号通路(KEGG Pathway)富集分析、蛋白互作(PPI)网络构建及关键(hub)基因筛选。结果 通过对比序列分析发现,miR-340-5p的成熟碱基序列在8个不同的物种中高度保守。采用4个miRNA靶基因在线数据库预测后,发现与hsa-miR-340-5p存在结合位点的交集靶基因集合共有92个,占其预测靶基因总和的1.9%。GO功能注释分析发现,hsa-miR-340-5p交集靶基因集合主要富集在核质、黏着斑、细胞间连接等细胞组分,同时,还参与了RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录和蛋白质结合等多种生物学过程和分子功能。KEGG Pathway富集分析发现,hsa-miR-340-5p所结合的交集靶基因集合主要富集在癌症中的蛋白多糖、癌症通路、人类嗜T细胞病毒Ⅰ型(HTLV-I)感染等7个信号通路中。基于hsa-miR-340-5p交集靶基因集合的PPI网络构建,筛选出了度(degree)值前10位的hub基因,分别是:母体抗生物皮肤生长因子同源物(SMAD)2、无翅型MMTV整合位点家族成员(WNT)3、激活素A的1C型受体(ACVR1C)、F-框蛋白(FBXO)30、重组人缺陷于清选蛋白neddylation蛋白1域含1(DCUN1D1)、PH结构域相互作用蛋白(PHIP)、CUB和Sushi多结构域(CSMD)3、分拣连接蛋白(SNX)9、人免疫缺陷病毒Ⅰ增强子结合蛋白(HIVEP)2、RWD结构域蛋白(RWDD)2A。结论 hsa-miR-340-5p调控的靶基因参与了癌症、炎症等疾病的多种生物学过程。

miR-192-5p和miR-22-3p在痛风性关节炎患者中的表达水平及调节机制

目的:分析痛风性关节炎患者血清miR-192-5p和miR-22-3p的表达水平及调节机制。方法:将秦皇岛市第一医院2020年1月2021年12月收治65例痛风性关节炎患者和65例健康体检人员分别分为观察组和对照组,采用实时荧光定量PCR法检测患者血清miR-192-5p和miR-22-3p的表达水平及相对表达量,采用红细胞沉降压积仪检测红细胞沉降率(ESR),用全自动生化分析仪检测血尿酸(BUA)。结果:与对照组比较,观察组患者血清miR-192-5p和miR-22-3p相对表达量升高(均P<0.05),ESR和BUA升高(均P<0.05),血清TNF-α、IL-6、IL-1β和IL-10表达水平升高(均P<0.05),Th1细胞表达水平和Th1/Th2比值升高(均P<0.05),Th2细胞表达水平降低(P<0.05)。ROC曲线分析发现,血清miR-192-5p和miR-22-3p在痛风性关节炎中具有良好的诊断效能。结论:痛风性关节炎患者血清miR-192-5p和miR-22-3p异常升高,其可能机制与炎症反应和免疫反应相关。

hsa-miR-423-5p激活IL1R1基因在冠心病中的作用机制

目的:通过人群表达水平及转录组测序分析hsa-miR-423-5p靶向目标基因在冠心病(CHD)中的作用机制。方法:选取广西医科大学第一附属医院收治的151例CHD患者(CHD组),同期选择健康体检者作为健康对照组。通过实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测外周血白细胞中hsa-miR-423-5p表达水平,通过Spearman相关分析对hsa-miR-423-5p与各临床指标的相关关系进行分析。在EA.hy 926细胞中过表达hsa-miR-423-5p后进行hsa-miR-423-5p的亚细胞定位实验及转录组测序。针对测序结果预测hsa-miR-423-5p的潜在靶基因,对其进行RT-qPCR实验验证并分析目标基因与hsa-miR-423-5p表达水平及各临床指标之间的相关关系。结果:CHD组外周血白细胞中hsa-miR-423-5p的表达水平显著低于健康对照组(P<0.05)。hsamiR-423-5p的表达量与总胆固醇(TC)呈负相关关系,与高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)呈正相关关系(P<0.05)。在EA.hy926细胞中过表达hsa-miR-423-5p,亚细胞定位实验显示hsa-miR-423-5p主要存在于细胞核内。转录组测序结果经过分析验证后,发现过表达hsa-miR-423-5p后可上调IL1R1表达。CHD组中IL1R1的表达水平低于健康对照组(P<0.01),IL1R1表达水平与hsa-miR-423-5p表达水平、HDL-C均呈正相关关系(P<0.01)。结论:hsa-miR-423-5p及IL1R1在CHD患者中呈低表达且与TC和HDL-C相关;hsa-miR-423-5p在内皮细胞上调IL1R1的表达进而影响血脂水平,提示hsa-miR-423-5p可能通过调控IL1R1基因影响脂质代谢及内皮细胞功能从而参与CHD的进展。

胃癌耐药相关hsa-miR-194-5p的靶基因预测及生物信息学分析

目的:研究胃癌耐药相关hsa-miR-194-5p的靶基因,并分析其参与的生物学过程和信号转导通路,为胃癌耐药机制的表观遗传学研究提供前期基础.方法:通过NCBI数据库检索hsa-miR-194-5p的基本信息;使用预测数据库预测hsa-miR-194-5p的靶基因;使用DAVID数据库对靶基因集合进行功能富集分析(GO)和信号转导通路富集分析(KEGG).结果:成熟的miR-194-5p序列多个物种之间具有高度保守性.预测靶基因共325个,参与的生物学过程主要有Golgi组织和细胞对DNA损伤刺激的反应(P<0.01),分子功能包括泛素蛋白连接酶结合和泛素介导的蛋白水解(P<0.01),细胞组分富集在细胞核和细胞表面,调控包括TGF-β和WNT等多条信号转导通路(P<0.01).结论:miR-194-5p的靶基因SMURF1、RAC1、MAPK1与胃癌细胞的增殖密切相关.

血清中miR-140-3p、miR-192-5p、miR-223-3p联合检测对早期鼻咽癌的诊断价值

目的探讨血清中miR-140-3p、miR-192-5p、miR-223-3p联合检测对早期鼻咽癌的诊断价值。方法纳入收治的早期鼻咽癌患者90例为研究组,鼻咽炎患者90例为炎症组、90例健康体检者为对照组。检测3组血清中miR-140-3p、miR-192-5p、miR-223-3p的表达水平。用受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC)的AUC分析血清中miR-140-3p、miR-192-5p、miR-223-3p检测在早期鼻咽癌中的诊断意义。结果研究组、炎症组、对照组血清中miR-140-3p、miR-192-5p、miR-223-3p的表达水平具有显著差异(P<0.05)。血清中miR-140-3p、miR-192-5p、miR-223-3p单项检测研究组与炎症组的灵敏度为91%、89%、98%,特异度分别为90%、90%、94%。血清中miR-140-3p、miR-192-5p、miR-223-3p单项检测研究组与对照组的灵敏度为96%、94%、95%,特异度均为95%。血清中miR-140-3p、miR-192-5p、miR-223-3p联合检测对早期鼻咽癌的诊断灵敏度为94.44%,特异度为93.89%,准确度为94.07%。结论血清中miR-140-3p、miR-192-5p、miR-223-3p的表达水平检测可作为早期鼻咽癌的潜在标志。

MS相关的hsa-miR-17-5p靶基因预测和关键基因筛选

目的对人类miR-17-5p(hsa-miR-17-5p)靶基因预测和富集分析,并结合基因的差异表达寻找多发性硬化症的生物学标志物。方法利用生物信息学方法,预测hsa-miR-17-5p靶基因,对预测结果进行基因本体数据库(Gene Ontology,GO)、京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genome,KEGG)富集分析,并构建蛋白质互作网络图(Protein-Protein Interaction Networks,PPI)。再结合多发性硬化症患者和健康对照组的差异表达基因,进一步筛选出hsa-miR-17-5p对多发性硬化症影响的关键基因。最后,利用RNA22 v2验证关键基因是否存在结合位点。结果不同网站预测后,取交集获取376个公共靶基因,这些靶基因有复杂的相互作用,主要存在于胞浆与核质,参与多种转录调控和蛋白质磷酸化等生物学过程,同时也与癌症、病毒感染和免疫系统等信号通路相关;靶基因和多发性硬化症患者的相对下调基因有三个共同基因PDLIM5、KCNB1、BTBD7。进一步验证上述关键基因结合位点,发现仅有PDLIM5存在P值小于0.05的结合位点。结论hsa-miR-17-5p靶基因参与多种生物学过程,而且PDLIM5、KCNB1、BTBD7基因很可能是hsa-miR-17-5p对多发性硬化症产生影响的重要桥梁,其中PDLIM5尤为重要。

miR-192-5p在恶性肿瘤中作用机制的研究进展

恶性肿瘤是威胁人类健康的常见疾病,其治疗也是加重社会经济负担的主要因素之一。恶性肿瘤患者的死亡率高,预后极差。因此,如何提高恶性肿瘤患者的生存率、改善预后至关重要。miRNA是一类小的非编码RNA,通过参与基因表达的转录后调控,在肿瘤细胞的增殖、分化、迁移和凋亡等过程中发挥重要作用。近年来,人们逐渐开始研究miR-192-5p在恶性肿瘤中的表达及作用,本文将对miR-192-5p在不同恶性肿瘤中作用机制的研究进展进行综述。

异钩藤碱上调miR-192-5p对TNF-α诱导的人支气管上皮细胞凋亡和炎症因子释放的作用及其机制

目的:探讨异钩藤碱(IRN)对肿瘤坏死因子α(TNF-α)诱导的人支气管上皮细胞(16HBE)凋亡和炎症因子释放的影响,并阐明其可能的作用机制。方法:采用不同浓度[(0(对照组)、2.5、5.0、10.0、20.0、30.0和40.0μmol·L^(-1)]IRN处理16HBE细胞24 h后,采用20 mg·L^(-1)TNF-α处理细胞18 h。将16HBE细胞分为对照组、TNF-α组(20 mg·L^(-1))、IRN组(20μmol·L^(-1))、TNF-α+IRN组(20 mg·L^(-1)TNF-α和20μmol·L^(-1)IRN)、TNF-α+IRN+miR-192-5p inhibitor组(20 mg·L^(-1)TNF-α、20μmol·L^(-1)IRN和50 nmol·L^(-1)miR-192-5p inhibitor)以及TNF-α+IRN+pcDNA3.1 CXCR5组[20 mg·L^(-1)TNF-α、20μmol·L^(-1)IRN和2μmol·L^(-1)pcDNA3.1-C-X-C趋化因子受体5(CXCR5)]。采用CCK-8法检测各组16HBE细胞活性,实时荧光定量PCR(RT-qPCR)法检测各组16HBE细胞中miR-192-5p和CXCR5 mRNA表达水平,Western blotting法检测各组16HBE细胞中白细胞介素1β(IL-1β)、单核细胞趋化蛋白1(MCP-1)、Bcl-2、Cleaved-Caspase3、CXCR5以及磷酸化的p38、c-Jun氨基末端激酶(JNK)、c-Jun和核因子-κB(NF-κB)p65蛋白表达水平,ELISA法检测各组16HBE细胞上清液中IL-1β和MCP-1水平,流式细胞术检测各组16HBE细胞凋亡率,TargetScan7.1网站预测靶基因并通过双荧光素酶报告基因实验验证miR-192-5p与CXCR5之间的靶向结合关系。结果:与对照组比较,不同浓度TNF-α组细胞活性明显降低(P<0.05);与对照组组比较,5.0、10.0、20.0和30.0μmol·L^(-1)IRN组细胞活性升高(P<0.05)。与对照组比较,TNF-α组16HBE细胞中miR-192-5p和Bcl-2蛋白表达水平明显降低(P<0.05),IL-1β、MCP-1、Cleaved-Caspase-3、p-p38、p-JNK、p-c-Jun和p-NF-κBp65蛋白表达水平,细胞凋亡率以及上清液中IL-1β和MCP-1水平明显升高(P<0.05);与TNF-α组比较,TNF-α+IRN组16HBE细胞中miR-192-5p和Bcl-2蛋白表达水平明显升高(P<0.05),IL-1β、MCP-1、Cleaved-Caspase-3、p-p38、p-JNK、p-c-Jun和p-NF-κBp65蛋白表达水平,细胞凋亡率以及上清液中IL-1β和MCP-1水平明显降低(P<0.05);与TNF-α+IRN+NC inhibitor组比较,TNF-α+IRN+miR-192-5p inhibitor组16HBE细胞中miR-192-5p和Bcl-2蛋白表达水平明显降低(P<0.05),IL-1β、MCP-1、Cleaved-Caspase-3、p-p38、p-JNK、p-c-Jun和p-NF-κBp65蛋白表达水平,细胞凋亡率以及上清液中IL-1β和MCP-1水平明显升高(P<0.05)。与NC mimic和NC inhibitor组比较,miR-192-5p mimic组16HBE细胞中CXCR5 mRNA和蛋白表达水平明显降低(P<0.05),miR-192-5p inhibitor组16HBE细胞中CXCR5mRNA和蛋白表达水平明显升高(P<0.05)。与对照组比较,TNF-α组16HBE细胞中CXCR5蛋白表达水平明显升高(P<0.05),细胞活性明显降低(P<0.05),细胞凋亡率明显升高(P<0.05),上清液中IL-1β和MCP-1水平明显升高(P<0.05);与TNF-α组比较,TNF-α+IRN组16HBE细胞中CXCR5蛋白表达水平明显降低(P<0.05),细胞活性明显升高(P<0.05),细胞凋亡率明显降低(P<0.05),上清液中IL-1β和MCP-1水平明显降低(P<0.05);与TNF-α+IRN+pcDNA3.1组比较,TNF-α+IRN+pcDNA3.1 CXCR5组16HBE细胞中CXCR5蛋白表达水平明显升高(P<0.05),细胞活性明显降低(P<0.05),细胞凋亡率明显升高(P<0.05),上清液中IL-1β和MCP-1水平明显升高(P<0.05)。结论:IRN能减轻TNF-α诱导的人支气管上皮细胞凋亡和炎症因子释放,其作用机制可能与miR-192-5p/MAPKs/NF-κB信号通路有关。

Hsa-miR-98-5p/DKK3信号轴对乳腺癌细胞生物学行为的影响

背景与目的:乳腺癌威胁着全世界女性的健康。虽然已发现大量微小RNA(microRNA,miRNA)在乳腺癌中异常表达,但仍需要构建一个完整的miRNA-信使RNA(messenger RNA,mRNA)网络。方法:利用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载乳腺癌相关数据集,分析肿瘤组织与正常组织之间差异表达的miRNA。利用miRDB、miRTarBase和StarBase数据库分析差异miRNA靶向的基因。使用R语言中的ClusterProfiler包对靶基因进行富集分析。使用String数据库联合Cytoscape 3.6.2软件进行蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析及Hub基因的筛选;构建miRNA-Hub mRNA调控网络确定研究信号轴,然后通过细胞实验进行验证。结果:采用TCGA数据集识别出两个差异miRNAs。3个数据库取交集预测得到278个靶基因。共鉴定出10个Hub基因,从构建的miRNA-Hub基因网络图中发现,hsa-miR-98-5p/DKK3轴可能在乳腺癌的进展中起关键作用。细胞功能学实验证实hsa-miR-98-5p可抑制细胞凋亡,促进细胞的增殖、迁移和侵袭。双荧光素酶报告基因实验进一步验证了hsa-miR-98-5p与DKK3的结合作用。结论:本研究首先通过生物信息学分析鉴定出一个与乳腺癌进展相关的hsa-miR-98-5p/DKK3轴,初步证实hsa-miR-98-5p可通过靶向DKK3抑制乳腺癌细胞凋亡,促进细胞的增殖、迁移和侵袭。

藤梨根提取物通过调控miR-192-5p/ARPP19轴影响结直肠癌细胞的增殖和凋亡

背景藤梨根提取物(rattan root extract,RRE)可抑制胃癌、肺癌等肿瘤细胞增殖,具有一定抗肿瘤作用,但其是否影响结直肠癌细胞的恶性表型还未知.miR-192-5p在结直肠癌组织中表达降低,且其低表达与肿瘤大小等临床病理特征相关,可作为结直肠癌诊治的潜在生物学标志物.StarBase生物信息学软件预测显示,环腺苷酸调节的磷酸化蛋白19(cAMP-regulated phosphoprotein 19,ARPP19)可能是miR-192-5p的靶基因.本研究假设RRE可通过调控miR-192-5p/ARPP19轴影响结直肠癌细胞增殖和凋亡.目的探讨RRE对结直肠癌SW480细胞增殖和凋亡的影响及作用机制.方法RRE干预SW480细胞后,MTT检测细胞增殖,流式细胞术检测细胞凋亡,蛋白质印迹法检测细胞中CyclinD1、C-caspase-3和ARPP19蛋白水平,RT-qPCR检测细胞中miR-192-5p和ARPP19 mRNA水平.转染miR-192-5p模拟物或ARPP19小干扰RNA至SW480细胞,上述相同方法观察过表达miR-192-5p或抑制ARPP19表达对SW480细胞增殖、凋亡及CyclinD1和C-caspase-3蛋白表达的影响.双荧光素酶报告基因实验验证miR-192-5p和ARPP19调控关系.结果RRE可降低SW480细胞存活率及ARPP19 mRNA和蛋白的表达(P<0.05),增加SW480细胞凋亡率及C-caspase-3蛋白和miR-192-5p的表达(P<0.05).过表达miR-192-5p或抑制ARPP19表达均可降低SW480细胞存活率及CyclinD1蛋白表达(P<0.05),而提高SW480细胞凋亡率及C-caspase-3蛋白表达(P<0.05).miR-192-5p在SW480细胞中靶向负调控ARPP19表达.抑制miR-192-5p表达可逆转RRE对SW480细胞增殖、凋亡及CyclinD1和C-caspase-3蛋白表达的影响.抑制ARPP19表达可逆转抑制miR-192-5p表达对RRE处理的SW480细胞增殖、凋亡及CyclinD1和C-caspase-3蛋白表达的影响.结论RRE可有效抑制结直肠癌SW480细胞增殖,促进细胞凋亡,其作用机制与调miR-192-5p/ARPP19轴有关.

Hsa-miR-486-5p的肿瘤及细胞骨架相关靶基因的预测分析

microRNAs的功能研究离不开其靶基因的预测。本文利用TargetScan预测软件预测分析hsa-miR-486-5p的肿瘤及细胞骨架相关靶基因。通过分析这些靶基因在肿瘤中的主要功能,为hsa-miR-486-5p的功能研究奠定基础,同时对其他microRNAs的功能研究提供有力的参考。

hsa-miR-21-5p靶基因预测及其在急性肾损伤中的调控机制

目的:对hsa-miR-21-5p进行靶基因预测及生物信息学分析,为验证hsa-miR-21-5p靶基因及进一步研究hsa-miR-21-5p在急性肾损伤(AKI)中的调控作用提供数据支持。方法:应用Pubmed、Google等检索工具,以miR-21和AKI为关键词,检索miR-21与AKI相关的所有文献;应用miRBase获取各物种miR-21-5p序列,分析保守性;利用miRecord数据库进行靶基因预测,选取PicTar、PITA、RNAhybrid和TargetScan预测靶基因交集和DIANA LAB-TarBase 6.0已有实验数据支持的hsa-miR-21-5p靶基因作为研究的基因集合,进行功能注释、功能富集性分析(GO-analysis)及信号转导通路富集性分析。结果:miR-21水平在AKI肾脏、血及尿中均升高。miR-21-5p在多物种间具有序列保守性。hsa-miR-21-5p预测靶基因富集于生长发育、物质代谢与合成、细胞运动、细胞周期、增殖、凋亡、分化等生物学过程及蛋白连接、转录因子活性、转移酶活性、染色质结合、核苷酸结合、核苷结合、核酸结合、转录激活活性、连接酶活性等分子功能上,存在于胞内细胞器、细胞器界膜、细胞器组分、蛋白复合体、非膜性细胞器、细胞器管腔、极性生长位点等细胞组分中。预测靶基因富集于P53、TGF-β、细胞周期、MAPK、腺癌、膀胱癌、癌症通路、小细胞肺癌、慢性粒细胞白血病、黑色素瘤、前列腺癌、脑胶质瘤、大肠癌、非小细胞肺癌、子宫内膜癌、肌萎缩性侧索硬化症共16条通路中。结论:(1)miR-21水平在AKI肾脏、血及尿中均升高,对AKI有保护作用;(2)miR-21-5p在多物种间具有高度保守性;(3)hsa-miR-21-5p参与了多种生理、病理过程;(4)hsa-miR-21-5p对多条通路具有调控作用,可能通过调节细胞凋亡、炎症反应等参与AKI病理生理过程。

Hsa-miR-205-5p对食管鳞癌细胞系耐药的影响

目的研究hsa-miR-205-5p对食管鳞癌铂类化疗耐药的影响。方法首先用RT-PCR法检测hsa-miR-205-5p在食管鳞癌耐药细胞系EcA109和敏感细胞系KYSE150中的表达。然后在EcA109和KYSE150中分别转染hsa-miR-205-5p mimics,mimics NC和hsa-miR-205-5p inhibitor,inhibitor NC,用MTT和CCK8法检测奥沙利铂浓度为60,120,240,480,960μmol/L对细胞增殖的影响。结果 hsa-miR-205-5p在食管癌耐药细胞系EcA109比在敏感细胞系KYSE150中低表达(P<0.05)。MTT和CCK8实验结果表明,与转染NC组相比,随着奥沙利铂浓度的增加,转染hsa-miR-205-5p mimics组的EcA109细胞抑制率上升(P<0.05),转染hsa-miR-205-5p inhibitor组的KYSE150细胞抑制率下降(P<0.05)。结论转染hsa-miR-205-5p mimics后Ec A109细胞对奥沙利铂敏感性提高,转染hsa-miR-205-5p inhibitor后KYSE150细胞对奥沙利铂耐药性增加。说明hsa-miR-205-5p过表达可抑制食管鳞癌细胞产生耐药性。

hsa-miR-192-3p的靶基因预测及功能分析

通过生物信息学方法预测hsa-miR-192-3p的靶基因及其靶基因的可能功能。首先通过miRbase在线数据库对hsamiR-192-3p的碱基序列及序列在各物种间的保守性进行分析,再通过miRGator v3. 0在线数据库查看hsa-miR-192-3p在各个组织器官中的表达丰富度情况;其次,应用Target Scan和miRanda在线数据库预测hsa-miR-192-3p的靶基因;最后,将预测得到的两个数据库的靶基因交集用DAVID在线数据库进行功能富集分析和信号转导通路富集分析。结果表明:hsa-miR-192-3p在人、家鼠、猕猴等生物中存在高度保守性; hsa-miR-192-3p在胃肠道、肾脏、肝胆系统、干细胞、鼻、脾、胸腺中表达丰富度较高;通过两个靶基因预测软件预测的靶基因取交集后共有190个;功能富集分析发现hsa-miR-192-3p靶基因富集在细胞质、细胞核、质膜、高尔基体等15个细胞组件(p<0. 05),参与蛋白结合、GTP酶活性、锌离子跨膜转运蛋白活性等7个分子功能(p<0. 05),涉及金属离子运输、RNA聚合酶II启动子的转录阳性调控、基因表达调节、钙离子跨膜运输、胚胎发育等18个生物过程(p<0. 05);预测靶基因集合显著富集于癌症通路与催乳素信号通路中(p<0. 05)。得出结论:hsa-miR-192-3p预测的靶基因集合富集于多个生物过程,与肿瘤密切相关,生物信息预测为今后的研究奠定了一定的理论基础,为后续实验验证提供了研究方向。

肝癌相关hsa-miR-483-5p的靶基因预测及生物信息学分析

目的通过生物信息学分析方法预测miR-483-5p的靶基因和信号通路,为进一步分析其在肝癌发生、发展中的调控机制提供理论依据。方法利用starBase靶基因数据库预测hsa-miR-483-5p靶基因集,利用STRING数据库和Cytoscape软件构建miRNA潜在靶点蛋白质相互作用(PPI)网络图,再将预测的靶基因利用软件R 3.6.3进行基因本体(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。结果hsa-miR-483-5p预测的靶基因一共278个。GO功能富集分析结果显示,hsa-miR-483-5p的靶基因主要富集在细胞的焦点粘连、细胞基质黏着小带、细胞-基质结等细胞组分;参与蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性等分子功能(P值均<0.05)。KEGG信号通路富集分析表明,hsa-miR-483-5p的靶基因信号通路显著富集在焦点粘连通路和胰岛素信号通路(P值均<0.05)。其中,MAPK1和MAPK3同时出现在所有的细胞组分、分子功能和信号通路中,处于信号转导网络的核心位置。结论hsa-miR-483-5p可能通过靶基因参与多种生物学过程,推测其在肝癌中的作用可能与MAPK1和MAPK3的调控密切相关。