肾透明细胞癌hsa-miR-193a的生物信息学分析及靶基因预测

目的:分析肾癌组织中miR-193a的表达情况,预测其靶基因,探讨其参与恶性肿瘤调控的分子机制。方法:利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库,分析miR-193a在肾透明细胞癌组织与正常组织之间的表达差异。利用Kaplan-Meier plotter数据库,对存在差异表达miR-193a的肾透明细胞癌患者进行生存分析。采用TargetScan7.2、miRDB、PicTar和miRTarBase进行靶基因预测,利用metascape网络在线分析数据库对hsa-miR-193a-3p的靶基因集合进行GO功能注释和KEGG通路富集分析。结果:miR-193a在肾透明细胞癌等多种肿瘤中表达上调,且其表达量与患者总生存时间存在显著负相关。hsa-miR-193a-3p靶基因GO功能主要包括发育过程、细胞成分组织或生物发生、生物过程的正负调节、节律过程等,KEGG信号通路主要富集在肾细胞癌、PI3K-Akt信号通路等方面。结论:hsa-miR-193a-3p可能通过调控多个靶基因参与肾透明细胞癌发生发展相关信号通路的调节,是一个非常具有研究价值的生物学靶标。

中药单体川楝素介导hsa-circ-0025583/hsa-miR-671-5p/SYNGR2轴调控乳腺癌生长的分子机制研究

目的 探究中药单体川楝素介导的hsa-circ-0025583/hsa-miR-671-5p/SYNGR2轴调控乳腺癌生长的分子机制。方法 选取南通第三人民医院乳腺外科于2020年4月—2022年4月收治的乳腺癌患者40例为研究对象,患者均在医院进行手术,取患者乳腺癌及癌旁组织作为实验材料,采用定量荧光聚合酶链反应(quantitative polymerase chain reaction, qPCR)对其hsa-circ-0025583及SYNGR2的表达水平进行测定;取乳腺癌细胞株T47D细胞,加入不同浓度的川楝素,比较不同浓度川楝素对细胞增殖的抑制率;对所选乳腺癌细胞株系进行预处理,A组不进行特殊处理,B组中加入0.5μmol/L的川楝素,C组对乳腺癌细胞进行转染,敲除hsa-miR-671-5p,并向其中加入0.5μmol/L的川楝素,比较其hsa-circ-0025583及SYNGR2的表达水平,上述实验重复3次。结果 与正常癌旁组织相比较,乳腺癌组织中提取的hsa-circ-0025583及SYNGR2 mRNA表达水平均降低,差异有统计学意义(P<0.05)。hsa-circ-0025583及SYNGR2 mRNA在乳腺癌组织中均低表达,具有正相关性(r=0.965,P<0.05)。随着川楝素浓度的升高,乳腺癌细胞增殖的抑制率逐渐升高,且与0μmol/L浓度组比较均具有统计学意义(P<0.05)。对数据进行处理,得出乳腺癌细胞在24 h及48 h的半数抑制浓度分别为0.78μmol/L、0.49μmol/L。与A、C组相比较,B组的hsa-circ-0025583及SYNGR2 mRNA的表达水平明显升高,差异有统计学意义(P<0.05);但A、C组间比较,差异无统计学意义(P>0.05)。与A、C组相比较,B组24 h及48 h侵袭细胞数量明显降低,差异有统计学意义(P<0.05);但A、C组间侵袭细胞数量比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论 川楝素通过介导hsa-circ-0025583/hsa-miR-671-5p/SYNGR2轴调控hsa-circ-0025583及SYNGR2水平,进而影响乳腺癌细胞的增殖及侵袭能力,抑制乳腺癌细胞的生长。

血清microRNA-21、microRNA-193a-3p表达与结直肠癌患者手术预后的关系

目的探究血清microRNA-21(miR-21)、microRNA-193a-3p(miR-193a-3p)水平与结直肠癌患者手术预后的关系。方法回顾性分析2020年1月—2022年1月苏州大学附属第一医院收治112例结直肠癌患者的病历资料。患者均接受结直肠癌根治术,术后随访16个月,记录患者的预后生存结局,多因素逐步Logistic回归分析结直肠癌患者手术预后的影响因素,评估血清miR-21、miR-193a-3p对结直肠癌患者预后的预测效能。结果112例结直肠癌患者死亡22例,病死率为19.64%;生存90例,生存率为80.36%。死亡组术前血清miR-21 mRNA相对表达量、临床分期Ⅲ期占比、淋巴结转移率均高于生存组(P<0.05),血清miR-193a-3p m RNA相对表达量低于生存组(P<0.05)。多因素逐步Logistic回归分析结果显示,临床分期Ⅲ期[OR=3.777(95%CI:1.399,10.194)]、淋巴结转移[OR=5.099(95%CI:1.715,15.156)]、miR-21表达升高[OR=4.889(95%CI:1.645,14.533)]、miR-193a-3p表达降低[OR=4.402(95%CI:1.481,13.084)]均是直肠癌患者预后的影响因素(P<0.05)。受试者工作特性曲线分析结果显示,血清miR-21、miR-193a-3p单一及联合预测结直肠癌预后的敏感性分别为69.04%(95%CI:0.487,0.813)、72.73%(95%CI:0.495,0.884)、86.36%(95%CI:0.640,0.964),特异性分别为62.22%(95%CI:0.513,0.720)、68.89%(95%CI:0.581,0.780)、90.00%(95%CI:0.814,0.950),曲线下面积分别为0.782、0.731和0.901。结论结直肠癌患者术前miR-21、miR-193a-3p表达与术后预后密切相关,且在结直肠癌患者的预后结局中表现出良好的预测效能。

局部晚期食管癌患者血清miR-193b、miR-330-5p水平与新辅助放化疗疗效的关系

目的探讨局部晚期食管癌患者血清微小RNA-193b(miR-193b)、miR-330-5p水平与新辅助放化疗疗效的关系。方法选取局部晚期食管癌患者180例,qRT-PCR法检测患者血清miR-193b、miR-330-5p。于新辅助放化疗后评估放化疗疗效,将完全缓解+部分缓解患者定义为放化疗有效者,疾病进展+稳定患者定义为放化疗无效者。比较新辅助放化疗有效与无效的局部晚期食管癌患者临床资料,取有统计学差异的临床资料进一步纳入多因素Logistic回归分析。采用多因素Logistic回归分析局部晚期食管癌患者新辅助放化疗无效的影响因素,并通过绘制受试者工作特征(ROC)曲线分析血清miR-193b、miR-330-5p对局部晚期食管癌患者新辅助放化疗无效的预测价值。结果180例局部晚期食管癌患者中行新辅助放化疗有效者84例、无效者96例,新辅助放化疗有效与无效的局部晚期食管癌患者肿瘤分化程度、肿瘤N分期、血清miR-193b、血清miR-330-5p比较差异均有统计学意义(P均<0.05)。多因素Logistic回归分析结果显示,低血清miR-193b、低血清miR-330-5p是局部晚期食管癌患者新辅助放化疗无效的独立危险因素(P均<0.05)。ROC曲线分析结果显示,血清miR-193b、血清miR-330-5p预测局部晚期食管癌患者新辅助放化疗无效的AUC依次为0.752、0.777,两项指标联合预测局部晚期食管癌患者新辅助放化疗无效的AUC为0.829。结论行新辅助放化疗有效的局部晚期食管癌患者血清miR-193b、miR-330-5p水平高于放化疗无效的患者,血清miR-193b、miR-330-5p低水平是局部晚期食管癌患者新辅助放化疗无效的独立危险因素,两者联合对局部晚期食管癌新辅助放化疗疗效具有一定预测价值。

胃癌根治性切除患者术前血清外泌体miR-193a和miR-208b水平表达及其对预后预测价值研究

目的探究胃癌(gastric cancer,GC)患者在根治性手术前血清外泌体微小核糖核酸(micro RNA,miR)-193a和微小核糖核酸(microRNA,miR)-208b水平表达及其预后预测价值。方法以新疆医科大学第一附属医院2018年3月~2020年3月收治的132例GC根治性切除术前患者为GC组,同期132例体检健康者为对照组。收集对比患者临床病理资料。血清外泌体miR-193a和miR-208b相对表达水平的检测采用实时荧光定量PCR(quantitative realtime polymerase chain reaction,qRT-PCR)法,Pearson法分析miR-193a和miR-208b的相关性。GC患者术前血清外泌体miR-193a,miR-208b表达与术后患者预后相关性采用Kaplan-Meier法分析;单因素及多因素COX回归分析患者预后的影响因素。结果GC组外泌体miR-208b表达水平较对照组明显升高(1.77±0.14 vs 1.02±0.01),miR-193a表达水平明显降低(0.52±0.06 vs 1.01±0.01),差异具有统计学意义(t=92.551,61.392,均P<0.05)。GC患者术前miR-193a与miR-208b的表达水平呈负相关(r=-0.409,P<0.05)。患者中TNM分期为I+II期、无淋巴结转移、无远处转移的miR-193a低表达比例和miR-208b高表达比例明显低于TNM分期为III+IV、有淋巴结转移、有远处转移患者,差异具有统计学意义(χ^(2)=5.008,4.397;7.142,4.688;4.407,5.189,均P<0.05)。miR-193a低表达患者三年累积生存率(30.43%)显著低于高表达(60.32%)患者(χ^(2)=17.861,P<0.001),miR-208b高表达患者三年累积生存率(27.14%)低于低表达(64.52%)患者(χ^(2)=16.340,P<0.001)。血清外泌体miR-193a(HR=0.493,95%CI:0.323~0.753)和miR-208b水平(HR=2.697,95%CI:1.382~5.262)是患者预后的独立影响因素(P<0.05)。结论术前血清外泌体miR-193a水平降低,miR-208b水平升高,两者表达水平与GC根治性切除术患者的预后有关。

Hsa-miR-650通过靶向RAC1抑制NF2阴性脑膜瘤的生长

目的本文旨在确定NF2表达阴性脑膜瘤中潜在的miRNA-mRNA轴,研究它们的靶向关系,并确定它们的生物学功能。方法从基因表达数据库(GEO)下载包含与NF2阴性脑膜瘤相关数据的GSE17792数据集。使用R软件中的limma包确定差异表达的mi RNA(De MiRNAs)。应用miRWalk 2.0数据库获取De MiRNAs的靶基因。利用相互作用基因检索工具(STRING)数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络,并通过Cytoscape软件确定核心基因。对筛选出的miRNA进一步验证其表达和生物学作用。结果在NF2阴性脑膜瘤肿瘤样本与蛛网膜组织对照组比较中发现了86个差异mi RNA,其中包括52个上调的mi RNAs和34个下调的miRNAs。在这些差异miRNA中鉴定出与274个靶基因相关的14个mi RNAs,并基于这些数据构建miRNA-靶基因网络。通过cyto Hubba分析显示,在PPI网络中有两个mi RNAs(hsa-miR-650和hsa-miR-623)位于前20个关键核心基因之中。进一步的定量逆转录PCR(q RT-PCR)实验证实,相对于正常脑组织,hsa-miR-650在NF2阴性脑膜瘤中的表达显著增高。下调hsa-miR-650抑制了NF2阴性脑膜瘤细胞的增殖并诱导细胞凋亡。最后,确定RAC1是hsa-miR-650的靶基因。结论Hsa-miR-650作为肿瘤促进剂,可能作为治疗NF2阴性脑膜瘤患者的治疗靶点。

LncRNA-CASC2竞争性结合miR-193a-5p调控GSDMD焦亡通路逆转非小细胞肺癌顺铂耐药的分子机制

目的探讨LncRNA-CASC2竞争性结合miR-193a-5p调控GSDMD焦亡通路逆转非小细胞肺癌顺铂耐药的分子机制。方法选用非小细胞肺癌(NSCLC)细胞系A549进行研究,建立耐药株A549/DDP,通过CCK8检测细胞对顺铂的敏感性验证耐药细胞株是否成功建立。利用PCR检测CASC2在A549和A549/DDP细胞中的表达情况以及对GSDMD2、miR-193a-5p表达的影响。通过生物信息学软件预测LncRNA-CASC2与miR-193a-5p、miR-193a-5p与GSDMD结合位点,利用荧光素酶报告基因分析CASC2与miR-193a-5p、miR-193a-5p与GSDMD靶向关系,Western blot检测LncRNA-CASC2竞争性结合miR-193a-5p调控GSDMD焦亡通路的蛋白表达变化。结果A549/DDP细胞的半抑制浓度值是A549细胞的10倍以上,表明已成功构建耐药细胞株A549/DDP。A549/DDP中CASC2表达较细胞A549降低(P<0.05)。CASC2 mimics可抑制细胞中miR-193a-5p表达,同时GSDMD表达上调(P<0.05)。CASC2与miR-193a-5p、miR-193a-5p与GSDMD具有明显靶向关系(P<0.05)。结论非小细胞肺癌细胞中LncRNA-CASC2、miR-193a-5p低表达与GSDMD的高表达,与非小细胞肺癌化疗耐药性密切相关,LncRNA-CASC2与miR-193a-5p相互作用调控GSDMD,促进肿瘤细胞耐药。

中熟中粳品种‘沪早粳193’的特征特性及其在上海地区的配套栽培技术

‘沪早粳193’是由上海市农业科学院作物育种栽培研究所选育的中熟中粳水稻新品种,该品种具有熟期早、耐高温、抗稻瘟病、抗倒伏、有香味、品质优等特点,适宜在上海市、江苏省、浙江省、安徽省等地的同一生态区内种植。为进一步促进‘沪早粳193’在上海市及其周边地区的推广应用,现对其特征特性和配套栽培技术要点进行总结和介绍。

lncRNA DANCR靶向调控miR-193a-3p表达对缺氧诱导的神经细胞氧化损伤的影响

目的:探讨长链非编码RNA(lncRNA)DANCR对缺氧诱导的大鼠肾上腺嗜铬细胞PC12氧化损伤的影响及其可能作用机制。方法:选取榆林市星元医院于2019年10月—2021年10月就诊的缺血性脑卒中病人40例为疾病组,以同期30名健康体检者为正常组,检测lncRNA DANCR、miR-193a-3p表达量,Pearson法分析血清lncRNA DANCR与miR-193a-3p的相关性;建立缺氧诱导的PC12细胞损伤模型,si-NC、si-DANCR、miR-NC、miR-193a-3p mimics分别转染至PC12细胞后缺氧处理24 h, si-DANCR+anti-miR-NC、si-DANCR+anti-miR-193a-3p分别共转染至PC12细胞后缺氧处理24 h;实时荧光定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)检测lncRNA DANCR、miR-193a-3p表达量;试剂盒检测乳酸脱氢酶(LDH)漏出率、丙二醛(MDA)含量、超氧化物歧化酶(SOD)活性;用凋亡试剂盒检测凋亡率;双荧光素酶报告实验检测lncRNA DANCR、miR-193a-3p靶向关系;蛋白质免疫印迹法(Western Blot)检测cleaved-Caspase-3、cleaved-Caspase-9蛋白表达量。结果:血清中lncRNA DANCR与miR-193a-3p表达呈负相关。缺氧处理后,PC12细胞中lncRNA DANCR表达量升高(P<0.05),miR-193a-3p表达量降低(P<0.05);分别与转染si-NC或miR-NC比较,转染si-DANCR或miR-193a-3p mimics后,缺氧诱导的PC12细胞LDH漏出率、MDA含量、凋亡率、cleaved-Caspase-3、cleaved-Caspase-9蛋白水平降低(P<0.05),SOD活性升高(P<0.05);与共转染si-DANCR+anti-miR-NC比较,共转染si-DANCR+anti-miR-193a-3p后,缺氧诱导的PC12细胞LDH漏出率、MDA含量、凋亡率、cleaved-Caspase-3、cleaved-Caspase-9蛋白水平升高(P<0.05),SOD活性降低(P<0.05)。结论:干扰lncRNA DANCR可通过促进miR-193a-3p表达而抑制氧化应激、细胞凋亡,从而减轻缺氧诱导的PC12细胞损伤,血清中lncRNA DANCR、miR-193a-3p水平对缺血性脑卒中病人具有预测价值,且联合诊断价值更高。

miR-193b-3p、PAK4过表达对人结肠癌细胞增殖凋亡和迁移侵袭的影响及靶向关系

目的观察微小核糖核酸193b-3p(miR-193b-3p)、P21活化蛋白激酶4(PAK4)过表达对人结肠癌细胞系HCT116细胞增殖凋亡和迁移侵袭的影响,并验证两者的靶向关系。方法体外培养人正常结肠黏膜上皮细胞FHC及人结肠癌细胞HCT116、SW480、LoVo,采用RT-PCR检测各细胞miR-193b-3p、P21活化蛋白激酶4(PAK4)mRNA。取生长状态良好的对数生长期HCT116细胞,分为4组,miR-NC组转染miRNA阴性对照、miR-193b-3p组转染miR-193b-3p模拟物、miR-193b-3p+PAK4-NC组转染miR-193b-3p模拟物+P21活化蛋白激酶4(PAK4)空载体、miR-193b-3p+PAK4组转染miR-193b-3p模拟物+PAK4过表达载体,分别采用RT-PCR、CCK-8试验、流式细胞术、Transwell实验检测各组细胞miR-193b-3p、PAK4 mRNA表达及增殖活性、凋亡率、迁移细胞数、侵袭细胞数。采用生物信息学软件Target Scan7.2预测miR-193b-3p与PAK4的靶向关系,并采用双荧光素酶报告基因实验进行验证。结果过表达miR-193b-3p后,HCT116细胞增殖活性、迁移及侵袭能力均明显下降,凋亡率明显升高,PAK4 mRNA表达水平降低(P均<0.05)。上调PAK4表达能够部分逆转过表达miR-193b-3p对HCT116细胞增殖活性、迁移及侵袭能力的抑制及对凋亡的促进作用(P均<0.05)。双荧光素酶报告基因显示miR-193b-3p能靶向结合PAK4的3'UTR区,抑制其荧光素酶活性(P<0.05)。结论miR-193b-3p过表达可抑制HCT116细胞增殖、迁移及侵袭,并促进其凋亡,miR-193b-3p与PAK4存在靶向关系。

hsa-miR-22-3p靶基因预测及功能分析

本研究旨在通过生物信息学分析,预测和验证hsa-miR-22-3p的靶基因,并探讨其在不同物种、组织和信号通路中的功能。方法 本研究利用了多种在线数据库和软件,如miRBase、ClustalOmega、Cytoscape3.6.1等,进行了对不同物种间的miR-22-3p保守性分析。预测hsa-miR-22-3p的靶基因,绘制Venn图,得到交集靶基因集合。对交集靶基因进行GO功能注释和KEGG Pathway富集分析,探索其在生物过程和信号通路中的作用。预测交集靶基因编码蛋白质之间的相互作用关系,构建蛋白蛋白互作网络图谱,筛选出核心基因。结果 miR-22-3p是一种在多种生物中高度保守的miRNA,与心肌细胞分化和心血管疾病密切相关。hsa-miR-22-3p的36个交集靶基因在肿瘤、淋巴和腹腔等组织中表达较高,参与了组蛋白修饰、染色质重构、低氧应答等276个生物学过程,在乳腺癌、雌激素、FoxO、破骨细胞分化、肿瘤、PI3KAkt等8个信号通路中显著富集。hsa-miR-22-3p的10个核心基因ESR1、SIRT1、PTEN、CREB1、SP1、HDAC4、MECP2、YWHAZ、MAPK14、SNAI1在多种疾病中发挥重要作用,如肿瘤、糖尿病、神经退行性疾病、炎症、衰老、心肌肥厚、心肌缺血再灌注、心房纤维化、动脉粥样硬化等。结论 本研究为hsa-miR-22-3p在肿瘤、心血管等多种疾病中的关键调控机制提供了新的理解,也为肿瘤、心血管等疾病的早期诊疗提供了新的思路。

miR-193b-3p过表达的HCT116外泌体对HUVEC增殖凋亡、迁移、血管形成影响及其与PAK4靶向关系

目的观察微小核糖核酸193b-3p(miR-193b-3p)过表达的人结直肠癌(CRC)细胞(HCT116)外泌体对人脐静脉内皮细胞(HUVEC)增殖凋亡、迁移、血管形成影响,并分析miR-193b-3p与p21活化蛋白激酶4(PAK4)的靶向关系。方法收集CRC患者血清和HCT116细胞上清外泌体,透射电镜实验和纳米颗粒示踪分析观察和鉴定外泌体,RT-q PCR实验检测外泌体miR-193b-3p和PAK4 m RNA。取人脐静脉内皮细胞(HUVEC),并分组,PBS组加入100μL的PBS,HCT116-Exo组加入100μL的HCT116细胞外泌体,HCT116-Exo+GW4869组先用GW4869(10μmol/L)处理30 min,然后加入100μL的HCT116细胞外泌体,采用Ed U实验、Transwell实验和成管实验检测各组HUVEC细胞增殖、迁移和血管形成能力。取对数生长期的HUVEC细胞,并分为miR-NC组、miR-193b-3p组,miR-NC组与转染miRNA阴性对照(miR-NC)的HCT116细胞外泌体共培养,miR-193b-3p组与转染miR-193b-3p模拟物(miR-193b-3p mimics)的HCT116细胞外泌体共培养,采用CCK8实验、流式细胞术实验和成管实验检测各组HUVEC细胞活性、细胞周期、细胞凋亡和血管形成能力。双荧光素酶报告基因系统检测miR-193b-3p和PAK4的靶向关系。结果CRC患者血清和细胞外泌体miR-193b-3p表达升高,PAK4 m RNA表达降低(P均<0.05);CRC细胞外泌体可促进HUVEC细胞的增殖、迁移和血管形成(P均<0.05);过表达CRC细胞外泌体miR-193b-3p增加HUVEC细胞活力和血管形成、加速细胞周期进程、抑制细胞凋亡(P均<0.05);miR-193b-3p直接靶向PAK4抑制其荧光素酶活性(P<0.05)。结论CRC血清、癌细胞外泌体miR-193b-3p表达升高,加入HCT116细胞外泌体的HUVEC细胞增殖、迁移和血管形成能力增强,加入转染miR-193b-3p mimics HCT116细胞外泌体的HUVEC细胞增殖、S期占比、血管形成能力升高及G_(0)/G_(1)期占比、凋亡率下降,miR-193b-3p与PAK4存在靶向关系。

hsa-miR-204-5p对人脐静脉内皮细胞生物学行为的影响

目的:探究hsa-miR-204-5p对人血管内皮细胞活力、迁移、周期及凋亡等生物学行为的影响。方法:使用人脐静脉内皮细胞株EA.hy926构建过表达hsa-miR-204-5p(hsa-miR-204-5p mimics)模型。通过细胞划痕、Transwell、CCK-8、细胞周期和凋亡率等指标评估hsa-miR-204-5p对内皮细胞功能状态的影响。接着,使用RNA测序和RT-qPCR寻找并验证hsa-miR-204-5p的下游靶基因,将RNA测序中log2FC≤−0.5、P<0.05的基因和miRWalk数据库预测的hsa-miR-204-5p的下游靶基因取交集,并进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果:过表达hsa-miR-204-5p可以抑制EA.hy926细胞的活力和迁移能力,降低EA.hy926细胞的凋亡率,并使聚集在S期的细胞减少。富集分析结果发现hsa-miR-204-5p下游靶基因富集在MAPK信号通路,富集在此通路的基因为MAPT、PPP3R1、PRKACB、PTPRR、MAP2K4、CACNA2D2和RPS6KA6。RT-qPCR结果显示,过表达hsa-miR-204-5p后,MAPT和MAP2K4扩增结果较好且表达为下调。其中,MAPT下降趋势最明显。结论:hsamiR-204-5p可能通过抑制MAPT/MAPK信号通路而影响内皮细胞的活力、迁移和凋亡等生物学行为。

肿瘤相关成纤维细胞上调hsa-miR-18b-5p靶向FBXL3促进前列腺癌的增殖及转移

目的探讨受肿瘤相关成纤维细胞(CAFs)调控的hsa-miR-18b-5p在前列腺癌(PCa)中的表达水平及作用,并研究对其在PCa发生发展过程中的分子机制。方法利用生物信息学技术分析在PCa中高表达的miRNA,构建肿瘤相关成纤维细胞并与PCa细胞系共培养,验证CAFs对PCa细胞增殖和迁移的影响及对hsa-miR-18b-5p的调控作用;RT-qPCR验证20例患者癌组织及癌旁正常组织、前列腺正常上皮增生细胞及PCa各细胞系中hsa-miR-18b-5p的表达水平;通过脂质体法将阴性对照及hsamiR-18b-5p抑制物分别转染入PCa细胞C4-2、LNCAP中,分为NC inhibitor组和hsa-miR-18b-5p inhibitor组;采用细胞集落形成、CCK-8实验、划痕愈合、Transwell、IC_(50)实验、流式细胞术分别检测C4-2、LNCAP细胞增殖、迁移、侵袭、耐药能力、凋亡和周期;建立PCa裸鼠移植瘤模型,定期测量移植瘤的质量和体积,Kaplan-Meier生存曲线分析裸鼠生存情况;利用靶基因预测分析网站(Targetscan、Mirtarbase、miRDB、miRDIP)预测has-miR-18b-5p的靶基因,并通过双荧光素酶报告基因分析验证hsa-miR-18b-5p与靶基因的靶向关系,RT-qPCR、Western blotting检测各组细胞靶基因的表达水平。结果生物信息学分析结果显示,在PCa中高表达的miRNA有17个,结合差异表达程度以及相关文献筛选出拟研究的基因:miR-148a、miR-17、miR-18b-5p、miR-770、miR-297-3p。CAFs与PCa细胞系共培养后hsa-miR-18b-5p的表达水平升高(P<0.01),且促进PCa细胞的增殖与迁移(P<0.01),敲除has-miR-18b-5p可抵消CAFs对PCa细胞增殖及迁移的影响,确定has-miR-18b-5p为研究基因。与正常前列腺上皮细胞或肿瘤旁组织相比,PCa细胞或肿瘤组织中hsa-miR-18b-5p的表达升高(P<0.05);敲除hsa-miR-18b-5p可抑制C4-2、LNCAP细胞的增殖、迁移、侵袭以及耐药(P<0.05);敲除hsa-miR-18b-5p可抑制裸鼠移植瘤质量和体积的增长,增加裸鼠的生存时间(P<0.05)。靶基因预测分析网站显示,FBXL3是hsa-miR-18b-5p的一个潜在作用靶点,双荧光素酶报告基因证实has-miR-18b-5p与FBXL3基因间存在结合位点,且敲除hsa-miR-18b-5p可增加C4-2、LNCAP细胞中FBXL3的蛋白表达(P<0.05)。结论CAFs上调前列腺癌细胞hsa-miR-18b-5p的表达水平,后者可能通过靶向调控FBXL3基因的表达促进PCa细胞的增殖和转移。

早期宫颈癌患者血清miR-193a-3p、miR-146b-5p的表达及对术后复发的预测效能

目的 探讨miR-193a-3p、miR-146b-5p在早期宫颈癌(ECC)血清中的表达量及其对术后复发的预测价值。方法 选取汉中市人民医院门诊收治的ECC患者(研究组)82例,另选取同期本院体检的健康女性(对照组)74例,比较2组血清miR-193a-3p、miR-146b-5p的表达量。根据是否复发将研究组分为复发亚组(n=23)和未复发亚组(n=59),单因素分析比较2亚组的临床资料和实验室指标;Logistic多因素回归分析影响术后复发的因素;ROC分析血清miR-193a-3p、miR-146b-5p表达量预测术后复发的价值。结果 研究组血清miR-193a-3p、miR-146b-5p表达量均低于对照组(P<0.05)。复发亚组高危型HPV阳性率、FIGO分期、宫颈浸润深度、淋巴结转移及鳞状细胞癌抗原(SCC-Ag)水平均高于未复发亚组(P<0.05),而血清miR-193a-3p和miR-146b-5p的表达量均低于未复发亚组(P<0.05);血清miR-193a-3p和miR-146b-5p的低表达、高危型HPV阳性、SCC-Ag均是影响术后复发的独立危险因素(P<0.05);血清miR-193a-3p、miR-146b-5p表达量预测术后复发的最佳截断值分别为0.57和2.12,二者联合预测的灵敏度、特异度和AUC分别为82.61%,96.61%和0.932。结论 血清miR-193a-3p、miR-146b-5p的表达在ECC患者呈低表达;二者均可作为预测ECC术后复发的敏感指标,且联合预测价值更高。

hsa-miR-449a靶基因预测及生物信息学分析

目的:利用多种生物信息学数据库对hsa-miR-449a的靶基因及其生物学功能进行预测,为将来深入探索hsa-miR-449a的生物学功能及其对相关疾病的作用机制提供理论依据。方法:分析hsa-miR-449a在不同物种间的保守性及其在不同疾病中的表达情况;运用4个常用的在线数据库(mirDIP、TargetScan、miRDB、miRWalk)预测hsa-miR-449a的靶基因并取其交集,随后对其交集靶基因进行PPI网络构建、GO分析和KEGG Pathway分析。结果:hsa-miR-449a序列在10个物种间高度保守,并且在乳腺癌、卵巢癌、肺癌、子宫癌等疾病中表达明显增高;4个miRNA靶基因预测数据库取交集后共得到386个靶基因,它们广泛存在于染色质、突触、核浆、胞质等细胞组分中,主要参与调控RNA聚合酶Ⅱ启动子转录、细胞周期、信号转导等生物学过程,涉及P53、TGF-β、HIF-1、MAPK等信号通路,以及细胞衰老、胰岛素的分泌、甲状旁腺激素和醛固酮合成与分泌及神经系统的发育、肿瘤等疾病相关通路。结论:hsa-miR-449a广泛参与了细胞增殖与衰老等生命活动,以及癌症、心血管及神经系统疾病的发生发展过程。

hsa-miR-181a-5p靶基因预测及生物信息学分析

目的对hsa-miR-181a-5p进行系统的生物信息学分析,预测hsa-miR-181a-5p的靶基因、基因功能及信号通路,并对其进行生物学功能注释。方法利用数据库对hsa-miR-181a-5p基因定位,分析其序列保守性和在人类组织器官中的表达情况;利用数据库进行靶基因预测分析;并将预测交集靶基因进行GO功能分析及KEGG通路富集分析和蛋白间相互作用(PPI)网络分析;最后利用A549细胞进行hsa-miR-181a-5p转染实验,进行转录组测序同步验证生物信息学预测结果。结果发现基因定位于人类基因组chr1、chr9染色体,成熟序列在物种间具有高度保守性。3个数据库交集靶基因有483个,包含PTEN、MAPK8、AKT3等基因,其分布在胞浆等细胞组分,执行蛋白质结合等生物功能,并参与信号转导等生物学过程。靶基因富集于MAPK、PI3K-Akt、胰岛素抵抗、癌症中的miRNA等信号通路,其编码的蛋白间形成复杂网络图。实验后转录组测序结果验证了生信分析的准确性,对预测及富集结果提供了有力支撑。结论hsa-miR-181a-5p在多种生物学过程发挥重要作用,尤其是在神经系统疾病、血液免疫系统疾病以及癌症的发生发展中其将成为相关疾病发生机制和防治研究的新靶点。

miR-193-5p联合Toll样受体4评估IgA肾病患者肾间质纤维化程度的价值分析

IgA肾病是一种以IgA免疫复合物在肾小球沉积引起的慢性肾脏疾病,占所有原发性肾小球疾病的30%~40%[1]。临床上诊断主要依靠肾活检和免疫病理;但是肾活检有一定的创伤性,并发症较多,而且穿刺取样不当可能造成结果不准确[2]。因此迫切需要寻找一种潜在的无创生物标志物用于IgA肾病的早期诊断。

弥漫性大B细胞淋巴瘤组织中miR-193a-3p、miR-146b-5p的表达量及临床意义探究

目的:探讨分析弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)组织中miR-193a-3p、miR-146b-5p的表达量及临床意义。方法:选取DLBCL患者76例(纳入DLBCL组)及淋巴结反应性增生(RHL)患者70例(纳入RHL组),采用实时荧光定量PCR法检测所有患者淋巴组织中miR-193a-3p、miR-146b-5p的表达水平,并分析二者的表达水平与DLBCL临床特征的关系。结果:miR-193a-3p及miR-146b-5p在DLBCL组中的表达水平均低于RHL组(P<0.05),二者的表达水平与Ann-Arbo分期、国际预后指数(IPI)评分有关。miR-193a-3p、miR-146b-5p的表达水平与DLBCL的临床分期呈负相关,随着miR-193a-3p、miR-146b-5p表达水平的降低,DLBCL临床分期越高(P<0.05)。淋巴组织中miR-193a-3p、miR-146b-5p表达下调是DLBCL临床高分期的危险因子(OR>1,P<0.05)。结论:DLBCL组织中miR-193a-3p、miR-146b-5p表达水平下调,可能参与了DLBCL的发生、发展,二者的表达水平与DLBCL的临床分期有关,可作为DLBCL临床诊治的重要参考依据。

‘沪早粳193’在崇明区的种植表现及栽培技术

随着国家粮食安全战略的提出,发展优质高产水稻对满足人们的优质稻米需求及稳定社会发展具有重要意义。‘沪早粳193’是由上海市农业科学院和扬州大学以‘沪香粳106’为母本、‘松早香1号’为父本,选育出的特早熟粳型品种,该品种具有熟期早、米质优、抗倒性强、耐热性好等特点。为促进‘沪早粳193’在上海市及其周边地区的推广种植,现将该品种在崇明区种植的产量表现、主要农艺性状及配套栽培技术等进行总结。