【目的】试验旨在对hsa-miR-21-5p的序列保守性和靶基因进行生物信息学分析,为进一步探讨其在卵母细胞成熟过程中的功能及调节机制提供思路。【方法】从GEO数据库获取人卵母细胞不同成熟阶段对应的卵丘细胞基因表达谱数据(GSE31681),利...【目的】试验旨在对hsa-miR-21-5p的序列保守性和靶基因进行生物信息学分析,为进一步探讨其在卵母细胞成熟过程中的功能及调节机制提供思路。【方法】从GEO数据库获取人卵母细胞不同成熟阶段对应的卵丘细胞基因表达谱数据(GSE31681),利用R软件筛选差异表达基因(DEGs),通过FunRich软件预测DEGs的靶向miRNAs,找出hsa-miR-21-5p靶向的DEGs,获得miRNA-mRNA关系对;利用BLAST程序进行相似性比对,通过Mega 11.0软件构建系统进化树,采用ViennaRNA Web Services预测pre-miR-21-5p的二级结构;使用miRTarBase网站预测hsa-miR-21-5p靶基因,并进行GO功能和KEGG通路富集分析;通过STRING数据库建立蛋白质互作网络,并利用Cytoscape软件进行可视化分析。【结果】共筛选出7个卵母细胞成熟过程中GV/MⅡ期对应卵丘细胞中hsa-miR-21-5p靶向的DEGs。对物种间miR-21-5p序列分析发现,人pre-miR-21-5p与小鼠、褐家鼠、黄牛、绵羊、笔尾树鼩、猕猴的相似性均达95%以上,且miR-21-5p在进化过程中高度保守。ViennaRNA Web Services预测结果显示,pre-miR-21-5p的二级结构具有典型的单一茎环结构。靶基因预测发现,hsa-miR-21-5p共有潜在的723个靶基因。GO功能富集结果显示,靶基因主要富集到细胞增殖调控、内源性凋亡信号通路、蛋白激酶活性的正向调节等功能。KEGG通路富集表明,靶基因主要富集到MAPK和p53等信号通路。蛋白互作分析发现,靶基因MYC、FOXO 3、STAT 3等编码的蛋白与其他蛋白存在较多靶向关系,参与了PI3K/Akt、JAK-STAT等信号通路。【结论】miR-21-5p在生物进化过程中具有高度保守性,其主要通过调节卵丘细胞中相关基因的表达来调控MAPK和p53等信号通路,进而在卵母细胞成熟过程中发挥作用。展开更多
目的检测子宫肌瘤患者血清和组织中hsa-miR-15b-5p和hsa-miR-21-5p水平,并分析其与组织中雌激素受体(estrogen receptor,ER)、孕激素受体(progesterone receptor,PR)蛋白之间的相关性,进而探讨子宫肌瘤发生发展的作用机制。方法选取2019...目的检测子宫肌瘤患者血清和组织中hsa-miR-15b-5p和hsa-miR-21-5p水平,并分析其与组织中雌激素受体(estrogen receptor,ER)、孕激素受体(progesterone receptor,PR)蛋白之间的相关性,进而探讨子宫肌瘤发生发展的作用机制。方法选取2019年8月~2020年12月于陆军军医大学士官学校附属医院妇科就诊的60例子宫肌瘤患者作为研究对象,另取同期因子宫脱垂行切除术的60例患者作为对照,通过免疫组化SP法和Westerblot法检测所有患者肌瘤组织和正常肌层组织中ER和PR蛋白的相对表达;术前采所有患者的空腹外周静脉血,通过qRT-PCR法分别检测患者血清和组织中hsa-miR-15b-5p和hsa-miR-21-5p mRNA的相对表达水平,并分析组织中hsa-miR-15b-5p和hsa-miR-21-5p水平与ER,PR蛋白表达的相关性。结果免疫组化结果显示,ER蛋白在子宫肌瘤组和正常子宫肌层组的阳性表达率分别为73.3%(44/60)和38.3%(23/60)(χ^(2)=14.903,P=0.002),PR蛋白在子宫肌瘤组和正常子宫肌层组阳性表达率分别为65.0%(39/60)和31.7%(19/60)(χ^(2)=13.348,P=0.005),差异均有统计学意义。Westernblot结果显示,子宫肌瘤组ER水平(0.98±0.21)较正常子宫肌层组(0.62±0.15)显著升高(t=22.147,P<0.001),子宫肌瘤组PR水平(0.80±0.14)较正常子宫肌层组(0.38±0.08)亦显著升高(t=38.265,P<0.001),差异均有统计学意义。qRT-PCR结果表明,与正常子宫肌层组相比,hsa-miR-15b-5p(1.98±0.12 vs 1.02±0.11)和hsa-miR-21-5p(2.21±0.15 vs 0.93±0.18)mRNA在子宫肌瘤患者血清中表达水平均显著增加(t=46.080,63.944,均P<0.001),在肌瘤组织中两者表达水平较正常肌层组织亦显著升高(t=39.852,52.046,均P<0.001),差异均有统计学意义。Pearson法分析发现,组织中hsa-miR-15b-5p和hsa-miR-21-5p表达水平与ER和PR蛋白表达水平呈明显正相关(r=0.744~0.902,均P<0.001)。结论hsa-miR-15b-5p和hsa-miR-21-5p在子宫肌瘤患者血清和组织中表达水平均显著升高,子宫肌瘤组织中ER和PR蛋白亦呈高表达,并且hsa-miR-15b-5p和hsa-miR-21-5p水平与ER和PR表达水平呈明显正相关,可能协同诱导子宫肌瘤发生发展。展开更多
文摘【目的】试验旨在对hsa-miR-21-5p的序列保守性和靶基因进行生物信息学分析,为进一步探讨其在卵母细胞成熟过程中的功能及调节机制提供思路。【方法】从GEO数据库获取人卵母细胞不同成熟阶段对应的卵丘细胞基因表达谱数据(GSE31681),利用R软件筛选差异表达基因(DEGs),通过FunRich软件预测DEGs的靶向miRNAs,找出hsa-miR-21-5p靶向的DEGs,获得miRNA-mRNA关系对;利用BLAST程序进行相似性比对,通过Mega 11.0软件构建系统进化树,采用ViennaRNA Web Services预测pre-miR-21-5p的二级结构;使用miRTarBase网站预测hsa-miR-21-5p靶基因,并进行GO功能和KEGG通路富集分析;通过STRING数据库建立蛋白质互作网络,并利用Cytoscape软件进行可视化分析。【结果】共筛选出7个卵母细胞成熟过程中GV/MⅡ期对应卵丘细胞中hsa-miR-21-5p靶向的DEGs。对物种间miR-21-5p序列分析发现,人pre-miR-21-5p与小鼠、褐家鼠、黄牛、绵羊、笔尾树鼩、猕猴的相似性均达95%以上,且miR-21-5p在进化过程中高度保守。ViennaRNA Web Services预测结果显示,pre-miR-21-5p的二级结构具有典型的单一茎环结构。靶基因预测发现,hsa-miR-21-5p共有潜在的723个靶基因。GO功能富集结果显示,靶基因主要富集到细胞增殖调控、内源性凋亡信号通路、蛋白激酶活性的正向调节等功能。KEGG通路富集表明,靶基因主要富集到MAPK和p53等信号通路。蛋白互作分析发现,靶基因MYC、FOXO 3、STAT 3等编码的蛋白与其他蛋白存在较多靶向关系,参与了PI3K/Akt、JAK-STAT等信号通路。【结论】miR-21-5p在生物进化过程中具有高度保守性,其主要通过调节卵丘细胞中相关基因的表达来调控MAPK和p53等信号通路,进而在卵母细胞成熟过程中发挥作用。
文摘目的检测子宫肌瘤患者血清和组织中hsa-miR-15b-5p和hsa-miR-21-5p水平,并分析其与组织中雌激素受体(estrogen receptor,ER)、孕激素受体(progesterone receptor,PR)蛋白之间的相关性,进而探讨子宫肌瘤发生发展的作用机制。方法选取2019年8月~2020年12月于陆军军医大学士官学校附属医院妇科就诊的60例子宫肌瘤患者作为研究对象,另取同期因子宫脱垂行切除术的60例患者作为对照,通过免疫组化SP法和Westerblot法检测所有患者肌瘤组织和正常肌层组织中ER和PR蛋白的相对表达;术前采所有患者的空腹外周静脉血,通过qRT-PCR法分别检测患者血清和组织中hsa-miR-15b-5p和hsa-miR-21-5p mRNA的相对表达水平,并分析组织中hsa-miR-15b-5p和hsa-miR-21-5p水平与ER,PR蛋白表达的相关性。结果免疫组化结果显示,ER蛋白在子宫肌瘤组和正常子宫肌层组的阳性表达率分别为73.3%(44/60)和38.3%(23/60)(χ^(2)=14.903,P=0.002),PR蛋白在子宫肌瘤组和正常子宫肌层组阳性表达率分别为65.0%(39/60)和31.7%(19/60)(χ^(2)=13.348,P=0.005),差异均有统计学意义。Westernblot结果显示,子宫肌瘤组ER水平(0.98±0.21)较正常子宫肌层组(0.62±0.15)显著升高(t=22.147,P<0.001),子宫肌瘤组PR水平(0.80±0.14)较正常子宫肌层组(0.38±0.08)亦显著升高(t=38.265,P<0.001),差异均有统计学意义。qRT-PCR结果表明,与正常子宫肌层组相比,hsa-miR-15b-5p(1.98±0.12 vs 1.02±0.11)和hsa-miR-21-5p(2.21±0.15 vs 0.93±0.18)mRNA在子宫肌瘤患者血清中表达水平均显著增加(t=46.080,63.944,均P<0.001),在肌瘤组织中两者表达水平较正常肌层组织亦显著升高(t=39.852,52.046,均P<0.001),差异均有统计学意义。Pearson法分析发现,组织中hsa-miR-15b-5p和hsa-miR-21-5p表达水平与ER和PR蛋白表达水平呈明显正相关(r=0.744~0.902,均P<0.001)。结论hsa-miR-15b-5p和hsa-miR-21-5p在子宫肌瘤患者血清和组织中表达水平均显著升高,子宫肌瘤组织中ER和PR蛋白亦呈高表达,并且hsa-miR-15b-5p和hsa-miR-21-5p水平与ER和PR表达水平呈明显正相关,可能协同诱导子宫肌瘤发生发展。