Hsa-miR-219-5p靶基因的预测及其生物信息学分析

采用多种生物学软件对hsa-mi R-219-5p的靶基因进行预测及生物功能分析。结果表明mi R-219-5p在多个物种间高度保守。所预测的126个靶基因集合主要富集在转录调控、RNA合成调控、细胞代谢调控、DNA结合等生物学功能(P<0.01),并显著地富集在MAPK信号通路以及前列腺癌,胃癌,肝癌等疾病信号通路(P<0.01)。

中药单体川楝素介导hsa-circ-0025583/hsa-miR-671-5p/SYNGR2轴调控乳腺癌生长的分子机制研究

目的 探究中药单体川楝素介导的hsa-circ-0025583/hsa-miR-671-5p/SYNGR2轴调控乳腺癌生长的分子机制。方法 选取南通第三人民医院乳腺外科于2020年4月—2022年4月收治的乳腺癌患者40例为研究对象,患者均在医院进行手术,取患者乳腺癌及癌旁组织作为实验材料,采用定量荧光聚合酶链反应(quantitative polymerase chain reaction, qPCR)对其hsa-circ-0025583及SYNGR2的表达水平进行测定;取乳腺癌细胞株T47D细胞,加入不同浓度的川楝素,比较不同浓度川楝素对细胞增殖的抑制率;对所选乳腺癌细胞株系进行预处理,A组不进行特殊处理,B组中加入0.5μmol/L的川楝素,C组对乳腺癌细胞进行转染,敲除hsa-miR-671-5p,并向其中加入0.5μmol/L的川楝素,比较其hsa-circ-0025583及SYNGR2的表达水平,上述实验重复3次。结果 与正常癌旁组织相比较,乳腺癌组织中提取的hsa-circ-0025583及SYNGR2 mRNA表达水平均降低,差异有统计学意义(P<0.05)。hsa-circ-0025583及SYNGR2 mRNA在乳腺癌组织中均低表达,具有正相关性(r=0.965,P<0.05)。随着川楝素浓度的升高,乳腺癌细胞增殖的抑制率逐渐升高,且与0μmol/L浓度组比较均具有统计学意义(P<0.05)。对数据进行处理,得出乳腺癌细胞在24 h及48 h的半数抑制浓度分别为0.78μmol/L、0.49μmol/L。与A、C组相比较,B组的hsa-circ-0025583及SYNGR2 mRNA的表达水平明显升高,差异有统计学意义(P<0.05);但A、C组间比较,差异无统计学意义(P>0.05)。与A、C组相比较,B组24 h及48 h侵袭细胞数量明显降低,差异有统计学意义(P<0.05);但A、C组间侵袭细胞数量比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论 川楝素通过介导hsa-circ-0025583/hsa-miR-671-5p/SYNGR2轴调控hsa-circ-0025583及SYNGR2水平,进而影响乳腺癌细胞的增殖及侵袭能力,抑制乳腺癌细胞的生长。

circBFAR调控hsa-miR-424-5p及PI3K-Akt信号通路基因促进胰腺癌进展的机制研究

目的探讨circBFAR在胰腺癌中的差异表达及其作用分子机制。方法在GSE69362数据集中分析circBFAR在胰腺癌和对照组织中的差异表达。利用TCGA数据库鉴定了胰腺癌和对照组织间的差异表达miRNAs(DEmiRs),并与circBFAR的靶标miRNAs进行交集分析。在GSE62452和GSE28735数据集中鉴定了胰腺癌和对照组织间的差异表达mRNAs(DEmRs),并与靶标DEmiRs的靶向调控mRNAs进行交集分析。对circBFAR靶标DEmiRs调控的DEmRs进行富集分析,筛选出参与PI3K-Akt信号通路的基因并绘制生存曲线。收集10例胰腺癌组织及相应的癌旁对照组织样本,进行RT-qPCR和Western blot检测PI3K-Akt信号通路基因的表达。在胰腺癌细胞系PANC-1中敲降circBFAR或hsa-miR-424-5p,将细胞分为五组进行实验:对照组;si-circNC组;si-circBFAR组;si-circBFAR+inhibitor NC组;si-circBFAR+hsa-miR-424-5p inhibitor组。利用CCK-8检测细胞活性,通过划痕实验和Transwell实验检测细胞迁移和侵袭,利用RT-qPCR和Western blot检测信号通路基因的表达。结果circBFAR在胰腺癌组织中的表达显著高于对照组(P<0.001)。在鉴定的靶标DEmiRs中,hsa-miR-424-5p在胰腺癌中低表达(P<0.01)。hsa-miR-424-5p调控的靶标DEmRs中,LAMA3、ITGA3、MET和AREG参与PI3K-Akt信号通路,在胰腺癌中高表达时患者预后不良(P<0.001)。RT-qPCR和Western blot检测结果显示,circBFAR、LAMA3、ITGA3、MET和AREG在胰腺癌患者中高表达,而hsa-miR-424-5p则低表达。在PANC-1细胞中转染si-circBFAR显著抑制了细胞增殖、迁移和侵袭,以及LAMA3、ITGA3、MET和AREG的表达。转染hsa-miR-424-5p inhibitor抑制了si-circBFAR对细胞的影响(P<0.01)。结论circBFAR通过调控hsa-miR-424-5p及其靶向基因LAMA3、ITGA3、MET和AREG的表达,参与PI3K-Akt信号通路,促进了胰腺癌的进展。抑制circBFAR可能成为胰腺癌治疗的潜在策略。

hsa-miR-204-5p对人脐静脉内皮细胞生物学行为的影响

目的:探究hsa-miR-204-5p对人血管内皮细胞活力、迁移、周期及凋亡等生物学行为的影响。方法:使用人脐静脉内皮细胞株EA.hy926构建过表达hsa-miR-204-5p(hsa-miR-204-5p mimics)模型。通过细胞划痕、Transwell、CCK-8、细胞周期和凋亡率等指标评估hsa-miR-204-5p对内皮细胞功能状态的影响。接着,使用RNA测序和RT-qPCR寻找并验证hsa-miR-204-5p的下游靶基因,将RNA测序中log2FC≤−0.5、P<0.05的基因和miRWalk数据库预测的hsa-miR-204-5p的下游靶基因取交集,并进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果:过表达hsa-miR-204-5p可以抑制EA.hy926细胞的活力和迁移能力,降低EA.hy926细胞的凋亡率,并使聚集在S期的细胞减少。富集分析结果发现hsa-miR-204-5p下游靶基因富集在MAPK信号通路,富集在此通路的基因为MAPT、PPP3R1、PRKACB、PTPRR、MAP2K4、CACNA2D2和RPS6KA6。RT-qPCR结果显示,过表达hsa-miR-204-5p后,MAPT和MAP2K4扩增结果较好且表达为下调。其中,MAPT下降趋势最明显。结论:hsamiR-204-5p可能通过抑制MAPT/MAPK信号通路而影响内皮细胞的活力、迁移和凋亡等生物学行为。

肠易激综合征患者血清miR-219a-5p和miR-338-3p水平与肠道微生物及炎症因子水平的关系

目的探讨肠易激综合征(IBS)患者血清微小RNA-219a-5p(miR-219a-5p)和微小RNA-338-3p(miR-338-3p)水平与肠道微生物及炎症因子水平的关系。方法选取2019年10月至2022年10月湖北民族大学附属民大医院收治的90例IBS患者作为观察组,另选取同期在该院体检的90例健康者作为对照组。比较两组血清miR-219a-5p和miR-338-3p水平、肠道微生物数量及炎症因子[高敏C-反应蛋白(hs-CRP)、白细胞计数(WBC)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、白细胞介素(IL)-6、IL-1α、IL-1β、IL-10]水平。采用Pearson相关分析IBS患者血清miR-219a-5p、miR-338-3p水平与肠道微生物数量、炎症因子水平及Chao 1指数的相关性。结果观察组血清miR-219a-5p、miR-338-3p水平及Chao I指数明显低于对照组(P<0.05)。观察组双歧杆菌、乳酸杆菌数量低于对照组,大肠埃希菌、链球菌数量高于对照组,差异均有统计学意义(P<0.05)。观察组hs-CRP、TNF-α、IL-6、IL-1α、IL-1β水平及WBC高于对照组,IL-10水平低于对照组,差异均有统计学意义(P<0.05)。Pearson相关性分析结果显示,IBS患者血清miR-219a-5p、miR-338-3p水平与双歧杆菌、乳酸杆菌数量及IL-10水平均呈正相关(P<0.05),与大肠埃希菌、链球菌数量及hs-CRP、TNF-α、IL-6、IL-1α、IL-1β、WBC及Chao 1指数均呈负相关(P<0.05)。结论IBS患者血清miR-219a-5p、miR-338-3p水平与肠道微生物数量及炎症因子水平有相关性,可能成为IBS诊断和治疗的血清指标。

Hsa-miR-98-5p/DKK3信号轴对乳腺癌细胞生物学行为的影响

背景与目的:乳腺癌威胁着全世界女性的健康。虽然已发现大量微小RNA(microRNA,miRNA)在乳腺癌中异常表达,但仍需要构建一个完整的miRNA-信使RNA(messenger RNA,mRNA)网络。方法:利用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载乳腺癌相关数据集,分析肿瘤组织与正常组织之间差异表达的miRNA。利用miRDB、miRTarBase和StarBase数据库分析差异miRNA靶向的基因。使用R语言中的ClusterProfiler包对靶基因进行富集分析。使用String数据库联合Cytoscape 3.6.2软件进行蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析及Hub基因的筛选;构建miRNA-Hub mRNA调控网络确定研究信号轴,然后通过细胞实验进行验证。结果:采用TCGA数据集识别出两个差异miRNAs。3个数据库取交集预测得到278个靶基因。共鉴定出10个Hub基因,从构建的miRNA-Hub基因网络图中发现,hsa-miR-98-5p/DKK3轴可能在乳腺癌的进展中起关键作用。细胞功能学实验证实hsa-miR-98-5p可抑制细胞凋亡,促进细胞的增殖、迁移和侵袭。双荧光素酶报告基因实验进一步验证了hsa-miR-98-5p与DKK3的结合作用。结论:本研究首先通过生物信息学分析鉴定出一个与乳腺癌进展相关的hsa-miR-98-5p/DKK3轴,初步证实hsa-miR-98-5p可通过靶向DKK3抑制乳腺癌细胞凋亡,促进细胞的增殖、迁移和侵袭。

hsa-miR-340-5p靶基因预测及生物信息学分析

目的 通过对hsa-miR-340-5p的靶基因进行预测和生物信息学分析,探讨其靶基因所发挥的生物学功能及参与的信号传导通路。方法 应用RNAcentral和miRBase数据库在线对比分析miR-340-5p序列在不同物种之间的保守性。运用在线数据库DIANA-microT、Target Scan、miRWalk和miRDB分别预测hsa-miR-340-5p的靶基因,随后使用Venny2.1绘制韦恩图得到交集靶基因的集合,并对其交集靶基因的集合进行基因本体论(GO)功能注释分析、京都基因与基因组百科全书信号通路(KEGG Pathway)富集分析、蛋白互作(PPI)网络构建及关键(hub)基因筛选。结果 通过对比序列分析发现,miR-340-5p的成熟碱基序列在8个不同的物种中高度保守。采用4个miRNA靶基因在线数据库预测后,发现与hsa-miR-340-5p存在结合位点的交集靶基因集合共有92个,占其预测靶基因总和的1.9%。GO功能注释分析发现,hsa-miR-340-5p交集靶基因集合主要富集在核质、黏着斑、细胞间连接等细胞组分,同时,还参与了RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录和蛋白质结合等多种生物学过程和分子功能。KEGG Pathway富集分析发现,hsa-miR-340-5p所结合的交集靶基因集合主要富集在癌症中的蛋白多糖、癌症通路、人类嗜T细胞病毒Ⅰ型(HTLV-I)感染等7个信号通路中。基于hsa-miR-340-5p交集靶基因集合的PPI网络构建,筛选出了度(degree)值前10位的hub基因,分别是:母体抗生物皮肤生长因子同源物(SMAD)2、无翅型MMTV整合位点家族成员(WNT)3、激活素A的1C型受体(ACVR1C)、F-框蛋白(FBXO)30、重组人缺陷于清选蛋白neddylation蛋白1域含1(DCUN1D1)、PH结构域相互作用蛋白(PHIP)、CUB和Sushi多结构域(CSMD)3、分拣连接蛋白(SNX)9、人免疫缺陷病毒Ⅰ增强子结合蛋白(HIVEP)2、RWD结构域蛋白(RWDD)2A。结论 hsa-miR-340-5p调控的靶基因参与了癌症、炎症等疾病的多种生物学过程。

Hsa-miR-486-5p的肿瘤及细胞骨架相关靶基因的预测分析

microRNAs的功能研究离不开其靶基因的预测。本文利用TargetScan预测软件预测分析hsa-miR-486-5p的肿瘤及细胞骨架相关靶基因。通过分析这些靶基因在肿瘤中的主要功能,为hsa-miR-486-5p的功能研究奠定基础,同时对其他microRNAs的功能研究提供有力的参考。

hsa-miR-21-5p靶基因预测及其在急性肾损伤中的调控机制

目的:对hsa-miR-21-5p进行靶基因预测及生物信息学分析,为验证hsa-miR-21-5p靶基因及进一步研究hsa-miR-21-5p在急性肾损伤(AKI)中的调控作用提供数据支持。方法:应用Pubmed、Google等检索工具,以miR-21和AKI为关键词,检索miR-21与AKI相关的所有文献;应用miRBase获取各物种miR-21-5p序列,分析保守性;利用miRecord数据库进行靶基因预测,选取PicTar、PITA、RNAhybrid和TargetScan预测靶基因交集和DIANA LAB-TarBase 6.0已有实验数据支持的hsa-miR-21-5p靶基因作为研究的基因集合,进行功能注释、功能富集性分析(GO-analysis)及信号转导通路富集性分析。结果:miR-21水平在AKI肾脏、血及尿中均升高。miR-21-5p在多物种间具有序列保守性。hsa-miR-21-5p预测靶基因富集于生长发育、物质代谢与合成、细胞运动、细胞周期、增殖、凋亡、分化等生物学过程及蛋白连接、转录因子活性、转移酶活性、染色质结合、核苷酸结合、核苷结合、核酸结合、转录激活活性、连接酶活性等分子功能上,存在于胞内细胞器、细胞器界膜、细胞器组分、蛋白复合体、非膜性细胞器、细胞器管腔、极性生长位点等细胞组分中。预测靶基因富集于P53、TGF-β、细胞周期、MAPK、腺癌、膀胱癌、癌症通路、小细胞肺癌、慢性粒细胞白血病、黑色素瘤、前列腺癌、脑胶质瘤、大肠癌、非小细胞肺癌、子宫内膜癌、肌萎缩性侧索硬化症共16条通路中。结论:(1)miR-21水平在AKI肾脏、血及尿中均升高,对AKI有保护作用;(2)miR-21-5p在多物种间具有高度保守性;(3)hsa-miR-21-5p参与了多种生理、病理过程;(4)hsa-miR-21-5p对多条通路具有调控作用,可能通过调节细胞凋亡、炎症反应等参与AKI病理生理过程。

Hsa-miR-205-5p对食管鳞癌细胞系耐药的影响

目的研究hsa-miR-205-5p对食管鳞癌铂类化疗耐药的影响。方法首先用RT-PCR法检测hsa-miR-205-5p在食管鳞癌耐药细胞系EcA109和敏感细胞系KYSE150中的表达。然后在EcA109和KYSE150中分别转染hsa-miR-205-5p mimics,mimics NC和hsa-miR-205-5p inhibitor,inhibitor NC,用MTT和CCK8法检测奥沙利铂浓度为60,120,240,480,960μmol/L对细胞增殖的影响。结果 hsa-miR-205-5p在食管癌耐药细胞系EcA109比在敏感细胞系KYSE150中低表达(P<0.05)。MTT和CCK8实验结果表明,与转染NC组相比,随着奥沙利铂浓度的增加,转染hsa-miR-205-5p mimics组的EcA109细胞抑制率上升(P<0.05),转染hsa-miR-205-5p inhibitor组的KYSE150细胞抑制率下降(P<0.05)。结论转染hsa-miR-205-5p mimics后Ec A109细胞对奥沙利铂敏感性提高,转染hsa-miR-205-5p inhibitor后KYSE150细胞对奥沙利铂耐药性增加。说明hsa-miR-205-5p过表达可抑制食管鳞癌细胞产生耐药性。

miR-219-5p靶向SOX5在口腔癌中的作用初探

目的 研究miR-219-5p与SOX5在口腔鳞状细胞癌中是否存在差异性表达,并探讨miR-219-5p对SOX5的靶向调控作用,方法 运用口腔鳞状细胞癌细胞株SCC4及SCC9,人正常皮肤成纤维细胞系(HF)作为对照,对miR-219-5p与SOX5在个细胞系中的表达情况进行检测(RT-qPCR、Western blot);并在SCC4及SCC9细胞株中验证miR-219-5p对SOX5表达的靶向调控作用。结果 与正常人纤维细胞相比,miR-219-5p的表达水平显著降低,而SOX5的表达水平显著增加,差异有统计学意义(P <0.05);miR-219-5p与SOX5的表达水平具有负相关(P <0.05);在SCC4及SCC9细胞中,miR-219-5p通过结合3’非编码区(3’-UTR)靶向调控SOX5的表达。结论 miR-219-5p可能通过对SOX5的靶向调控参与了口腔鳞状细胞癌的发生发展,为协助临床预后评估和/或筛选治疗的新候选药物提供了科学依据。

hsa-miR-150-5p的生物信息学分析

目的探讨hsa-miR-150-5p在其基因家族的进化关系及可能介入的生物学过程。方法利用人类miRNA表达数据库(HMED)获得hsa-miR-150-5p在不同组织和疾病中特异性表达丰度信息,运用miRBase、Clustalw2和MEGA5.0分析软件获取hsa-miR-150-5p的染色体定位、碱基序列比对特征和进化规律等基本信息,通过miRDB、PicTar和TargetScan进行靶基因预测,采用基因本体(GO)和代谢通路富集分析(KEGG)对靶基因的生物学功能注释分析,进一步认识hsa-miR-150-5p的生物学功能。结果通过同源性搜索在miRBase数据中获得miR-150基因家族成员的序列36条,分布于23个物种。多序列比对发现miR-150基因家族成员序列碱基保守性很高,其中有16个碱基完全保守,6个碱基相对保守。进化分析表明人类的miR-150与青鳉、三文鱼、钳鱼、斑马鱼的分子系统进化关系较远,与其他18个物种的进化关系较近。对miRDB、PicTar和TargetScan预测的靶基因进行交集后共得到25个靶基因,GO分析结果显示靶基因参与多个信号通路的调节,包括转录因子、锌指蛋白、Toll样受体信号通路的转导蛋白、ATP偶联的离子型通道受体和细胞因子信号传导抑制蛋白等。结论 hsa-miR-150-5p在多种组织和疾病中表达,分布具有组织特异性,可能在机体的多种生理、病理过程中发挥重要作用,并可能通过调控多个靶基因而参与各个信号通路调节。

miR-219-5p对胰腺癌细胞增殖、凋亡和侵袭的影响及机制

目的探讨miR-219-5p对胰腺癌细胞增殖、凋亡和侵袭的影响及机制。方法采用实时荧光定量PCR技术(q PCR)检测miR-219-5p在胰腺癌细胞系Panc-1、As PC-1及Bxpc-3和正常胰腺导管上皮细胞系HPDE6-C7中的表达。选取Panc-1细胞系,分成两组,对照组(NC组)转染阴性对照序列scramble,miR-219-5p组转染miR-219-5p mimics,MTT实验和流式细胞仪分析两组细胞增殖和凋亡情况,采用Transwell实验测定两组细胞侵袭能力,Western blotting法检测表皮生长因子受体(EGFR)和裂解型Caspase 3(Cleaved Caspase-3)蛋白表达。结果 miR-219-5p在胰腺癌细胞系Panc-1、As PC-1及Bxpc-3中的相对表达量低于正常胰腺导管上皮细胞系HPDE6-C7(P均<0.01);miR-219-5p组在72、96及120 h 490 nm处的OD值低于NC组(P均<0.01),细胞凋亡率高于NC组(P均<0.01);miR-219-5p组、NC组细胞侵袭数分别为(75.3±6.9)、(172.5±10.5)个/视野,两组细胞侵袭数比较,P<0.01;miR-219-5p组、NC组EGFR相对表达量分别为0.31±0.09、1.0,两组比较,P<0.01;miR-219-5p组、NC组Cleaved Caspase 3蛋白相对表达量分别为2.7±0.15、1.0,两组比较,P<0.01。结论 miR-219-5p在胰腺癌细胞系中呈低表达,miR-219-5p过表达可抑制胰腺癌细胞增殖和侵袭,并诱导细胞凋亡;其机制可能与miR-219-5p下调EGFR蛋白和上调Cleaved Caspase-3蛋白表达有关。

血清hsa-miR-486-5p在乳腺癌早期诊断中的价值

目的探讨与乳腺癌早期诊断密切相关的血清microRNA(miRNA)的临床价值。方法对乳腺癌发生发展4个阶段(正常-非典型增生-原位癌-浸润性癌)的组织进行miRNA高通量测序,以得到与疾病进展密切相关的目标miRNA,进而利用RT-qPCR技术分析目标miRNA在4个阶段血清中的表达情况。结果 hsa-miR-486-5P在乳腺癌发生发展4个阶段的组织和血清中均随疾病进展呈下调状态,在早期乳腺癌患者血清中呈明显低表达,与乳腺癌分子分型无关(P>0.05)。早期乳腺癌组低表达的血清hsa-miR-486-5p与正常对照组相比呈显著差异性(P<0.01);ROC曲线分析结果显示ROC曲线下面积(AUC值)为81.2%(95%CI:0.707～0.917),灵敏度和特异度分别为62.5%和90.3%。结论血清hsa-miR-486-5p可以作为诊断早期乳腺癌的生物标志物,具有较高的临床应用价值。

健脾合剂调控miRNA-219a-5p、miRNA-338-3p干预IBS-D大鼠的作用机制研究

目的基于miRNA-219a-5p、miRNA-338-3p探讨健脾合剂干预腹泻型肠易激综合征(Diarrhea-predominant irritable bowel syndrome,IBS-D)大鼠的作用机制。方法采用急-慢应激法联合番泻叶灌胃法制备IBS-D大鼠模型,分组后给予健脾合剂干预。实验过程中及治疗完成后,记录大鼠一般情况、体质量及粪便性状;采用直肠扩张下腹壁回缩反射(Abdominal withdrawal reflex,AWR)评分检测大鼠的疼痛阈值,评估IBS-D大鼠的内脏敏感性;采用显色基质鲎试剂检测大鼠血液中的细菌内毒素含量,观察其肠道通透性变化;观察大鼠结肠黏膜组织病理,对其肠黏膜状态进行评估;并使用RT-PCR法检测大鼠结肠黏膜miR-219a-5p、miR-338-3p的含量。结果粪便性状评分、内脏敏感性测定、组织病理结果表明IBS-D大鼠模型制备成功。与空白组比较,模型组大鼠大便稀溏甚则水样,体质量下降;健脾合剂治疗后,低剂量组及高剂量组大鼠大便成形,粪便Bristol评分显著降低,体质量有所增加。内脏敏感性结果显示,IBS-D大鼠内脏疼痛阈值下降;健脾合剂干预后,低剂量组及高剂量组大鼠内脏疼痛阈值有所升高,内脏敏感性降低。显色基质鲎试剂检测结果显示,IBS-D大鼠血清内毒素含量升高;健脾合剂干预后,低剂量组及高剂量组大鼠内毒素含量较前下降,肠道通透性降低。大鼠结肠粘膜病理结果表明,IBS-D大鼠结肠组织黏膜上皮轻度破损,局部可见水肿。健脾合剂治疗后,低剂量组及高剂量组大鼠结肠黏膜上述情况得到有效改善。Realtime PCR法检测大鼠结肠粘膜结果显示,IBS-D大鼠结肠黏膜miR-219a-5p、miR-338-3p水平显著降低,健脾合剂治疗后,高剂量组大鼠miR-219a-5p、miR-338-3p含量有所升高。结论健脾合剂对改善IBS-D症状具有一定的作用,健脾合剂能够增加IBS-D大鼠结肠黏膜miR-219a-5p、miR-338-3p水平,提示其可能通过对miR-219a-5p、miR-338-3p的调控降低IBS-D大鼠的肠道通透性及内脏敏感性,从而发挥疗效。

hsa-miR-423-5p激活IL1R1基因在冠心病中的作用机制

目的:通过人群表达水平及转录组测序分析hsa-miR-423-5p靶向目标基因在冠心病(CHD)中的作用机制。方法:选取广西医科大学第一附属医院收治的151例CHD患者(CHD组),同期选择健康体检者作为健康对照组。通过实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测外周血白细胞中hsa-miR-423-5p表达水平,通过Spearman相关分析对hsa-miR-423-5p与各临床指标的相关关系进行分析。在EA.hy 926细胞中过表达hsa-miR-423-5p后进行hsa-miR-423-5p的亚细胞定位实验及转录组测序。针对测序结果预测hsa-miR-423-5p的潜在靶基因,对其进行RT-qPCR实验验证并分析目标基因与hsa-miR-423-5p表达水平及各临床指标之间的相关关系。结果:CHD组外周血白细胞中hsa-miR-423-5p的表达水平显著低于健康对照组(P<0.05)。hsamiR-423-5p的表达量与总胆固醇(TC)呈负相关关系,与高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)呈正相关关系(P<0.05)。在EA.hy926细胞中过表达hsa-miR-423-5p,亚细胞定位实验显示hsa-miR-423-5p主要存在于细胞核内。转录组测序结果经过分析验证后,发现过表达hsa-miR-423-5p后可上调IL1R1表达。CHD组中IL1R1的表达水平低于健康对照组(P<0.01),IL1R1表达水平与hsa-miR-423-5p表达水平、HDL-C均呈正相关关系(P<0.01)。结论:hsa-miR-423-5p及IL1R1在CHD患者中呈低表达且与TC和HDL-C相关;hsa-miR-423-5p在内皮细胞上调IL1R1的表达进而影响血脂水平,提示hsa-miR-423-5p可能通过调控IL1R1基因影响脂质代谢及内皮细胞功能从而参与CHD的进展。

Hsa-miR-335-5p及其靶基因预测肝癌肝移植术后肿瘤复发的生物信息学分析

目的利用公共基因表达数据库挖掘肝癌肝移植术后复发与未复发患者的基因表达数据,通过差异分析为临床监测肝癌肝移植术后肿瘤复发寻找新的分子标志物。方法在基因表达数据库GEO中以“肝癌”“肝移植”和“miRNA”为关键词进行检索,寻找目标数据集,利用GEO2R分析目标数据集中肝癌肝移植术后复发和未复发患者组织样本中的差异微RNA(miRNA);通过miRTarBase和DIANA-TarBase v7.0数据库预测差异miRNA的靶基因,然后与GEPIA数据库中肝细胞肝癌组织中表达上调的基因取交集即共表达靶基因;利用Enrichr数据库对共表达靶基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,利用STRING数据库构建共表达差异靶基因的蛋白互作(PPI)网络图,通过Cytoscape软件筛选符合要求的关键基因并构建互作网络图,应用GEPIA数据库对共表达靶基因进行生存预后分析。结果按照筛选条件最终获得GSE30297为研究的目标数据集,利用GEO2R在线分析共获得上调miRNA 612个,下调miRNA 13个。结合既往文献报道及数据支持,最终分析确定hsa-miR-335-5p为本研究的目标miRNA,通过数据库预测hsa-miR-335-5p靶基因共得到185个共表达基因,进一步分析显示hsa-miR-335-5p与血管内皮生长因子A(VEGFA)、CXC趋化因子配体(CXCL)9、CC趋化因子配体(CCL)20、分泌型焦磷酸蛋白1(SPP1)、CXCL2、低聚果糖、葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)、CCL19、硬脂酰辅酶A去饱和酶、角鲨烯环氧化酶、细胞色素P450家族7亚家族A成员1、胸腺基质淋巴细胞生成素、糖原磷酸化酶B(PYGB)、细胞色素P450家族26亚家族A成员1、神经肽Y受体Y1、γ-氨基丁酸B型受体亚单位1、果糖二磷酸醛缩酶A、酰基辅酶A合成酶长链家族成员1、胞嘧啶脱氨酶、死骨片1等基因均有明显的结合位点。通过公共数据库对核心靶基因进行生存分析发现VEGFA、SPP1、PYGB、G6PD与肝癌预后明显相关。结论通过生物信息学分析,hsa-miR-335-5p及其调控的靶基因可为临床监测肝癌肝移植术后复发寻求潜在分子标志物提供新的思路。

子宫肌瘤患者血清和组织中hsa-miR-15b-5p,hsa-miR-21-5p的水平与组织中ER,PR蛋白表达的相关性研究

目的检测子宫肌瘤患者血清和组织中hsa-miR-15b-5p和hsa-miR-21-5p水平,并分析其与组织中雌激素受体(estrogen receptor,ER)、孕激素受体(progesterone receptor,PR)蛋白之间的相关性,进而探讨子宫肌瘤发生发展的作用机制。方法选取2019年8月~2020年12月于陆军军医大学士官学校附属医院妇科就诊的60例子宫肌瘤患者作为研究对象,另取同期因子宫脱垂行切除术的60例患者作为对照,通过免疫组化SP法和Westerblot法检测所有患者肌瘤组织和正常肌层组织中ER和PR蛋白的相对表达;术前采所有患者的空腹外周静脉血,通过qRT-PCR法分别检测患者血清和组织中hsa-miR-15b-5p和hsa-miR-21-5p mRNA的相对表达水平,并分析组织中hsa-miR-15b-5p和hsa-miR-21-5p水平与ER,PR蛋白表达的相关性。结果免疫组化结果显示,ER蛋白在子宫肌瘤组和正常子宫肌层组的阳性表达率分别为73.3%(44/60)和38.3%(23/60)(χ^(2)=14.903,P=0.002),PR蛋白在子宫肌瘤组和正常子宫肌层组阳性表达率分别为65.0%(39/60)和31.7%(19/60)(χ^(2)=13.348,P=0.005),差异均有统计学意义。Westernblot结果显示,子宫肌瘤组ER水平(0.98±0.21)较正常子宫肌层组(0.62±0.15)显著升高(t=22.147,P<0.001),子宫肌瘤组PR水平(0.80±0.14)较正常子宫肌层组(0.38±0.08)亦显著升高(t=38.265,P<0.001),差异均有统计学意义。qRT-PCR结果表明,与正常子宫肌层组相比,hsa-miR-15b-5p(1.98±0.12 vs 1.02±0.11)和hsa-miR-21-5p(2.21±0.15 vs 0.93±0.18)mRNA在子宫肌瘤患者血清中表达水平均显著增加(t=46.080,63.944,均P<0.001),在肌瘤组织中两者表达水平较正常肌层组织亦显著升高(t=39.852,52.046,均P<0.001),差异均有统计学意义。Pearson法分析发现,组织中hsa-miR-15b-5p和hsa-miR-21-5p表达水平与ER和PR蛋白表达水平呈明显正相关(r=0.744~0.902,均P<0.001)。结论hsa-miR-15b-5p和hsa-miR-21-5p在子宫肌瘤患者血清和组织中表达水平均显著升高,子宫肌瘤组织中ER和PR蛋白亦呈高表达,并且hsa-miR-15b-5p和hsa-miR-21-5p水平与ER和PR表达水平呈明显正相关,可能协同诱导子宫肌瘤发生发展。

胃癌耐药相关hsa-miR-194-5p的靶基因预测及生物信息学分析

目的:研究胃癌耐药相关hsa-miR-194-5p的靶基因,并分析其参与的生物学过程和信号转导通路,为胃癌耐药机制的表观遗传学研究提供前期基础.方法:通过NCBI数据库检索hsa-miR-194-5p的基本信息;使用预测数据库预测hsa-miR-194-5p的靶基因;使用DAVID数据库对靶基因集合进行功能富集分析(GO)和信号转导通路富集分析(KEGG).结果:成熟的miR-194-5p序列多个物种之间具有高度保守性.预测靶基因共325个,参与的生物学过程主要有Golgi组织和细胞对DNA损伤刺激的反应(P<0.01),分子功能包括泛素蛋白连接酶结合和泛素介导的蛋白水解(P<0.01),细胞组分富集在细胞核和细胞表面,调控包括TGF-β和WNT等多条信号转导通路(P<0.01).结论:miR-194-5p的靶基因SMURF1、RAC1、MAPK1与胃癌细胞的增殖密切相关.

吗啡通过miR-219-5p/NF-κB信号通路调控肺癌细胞增殖、迁移和侵袭

目的探讨吗啡对肺癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响及其作用机制。方法不同浓度吗啡处理肺癌细胞A549,噻唑蓝(MTT)检测细胞增殖,Transwell小室法检测细胞迁移和侵袭,Western印迹检测细胞中基质金属蛋白酶(MMP)-2、MMP-9、细胞周期蛋白(Cyclin)D1、核因子(NF)-κB p65蛋白表达,实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)检测miR-219-5p表达。在A549细胞中转染miR-219-5p,或转染anti-miR-219-5p并使用25μmol/L吗啡处理,观察其对细胞增殖、迁移、侵袭及相关蛋白表达的影响。结果5、10、25μmol/L吗啡明显减少A549细胞存活率(P<0.05)。10、25μmol/L吗啡显著减少迁移细胞数、侵袭细胞数、MMP-2、MMP-9蛋白表达(P<0.05),并显著提高miR-219-5p表达(P<0.05)。高表达miR-219-5p明显减少A549细胞中CyclinD1、MMP-2、MMP-9表达量、细胞存活率、迁移细胞数和侵袭细胞数(P<0.05)。低表达miR-219-5p可以部分逆转吗啡对A549细胞增殖、迁移、侵袭、CyclinD1、MMP-2、-9、NF-κB p65蛋白表达的抑制作用。结论吗啡通过miR-219-5p/NF-κB信号通路抑制肺癌细胞增殖、迁移和侵袭。