Hsa-miR-335-5p及其靶基因预测肝癌肝移植术后肿瘤复发的生物信息学分析

目的利用公共基因表达数据库挖掘肝癌肝移植术后复发与未复发患者的基因表达数据,通过差异分析为临床监测肝癌肝移植术后肿瘤复发寻找新的分子标志物。方法在基因表达数据库GEO中以“肝癌”“肝移植”和“miRNA”为关键词进行检索,寻找目标数据集,利用GEO2R分析目标数据集中肝癌肝移植术后复发和未复发患者组织样本中的差异微RNA(miRNA);通过miRTarBase和DIANA-TarBase v7.0数据库预测差异miRNA的靶基因,然后与GEPIA数据库中肝细胞肝癌组织中表达上调的基因取交集即共表达靶基因;利用Enrichr数据库对共表达靶基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,利用STRING数据库构建共表达差异靶基因的蛋白互作(PPI)网络图,通过Cytoscape软件筛选符合要求的关键基因并构建互作网络图,应用GEPIA数据库对共表达靶基因进行生存预后分析。结果按照筛选条件最终获得GSE30297为研究的目标数据集,利用GEO2R在线分析共获得上调miRNA 612个,下调miRNA 13个。结合既往文献报道及数据支持,最终分析确定hsa-miR-335-5p为本研究的目标miRNA,通过数据库预测hsa-miR-335-5p靶基因共得到185个共表达基因,进一步分析显示hsa-miR-335-5p与血管内皮生长因子A(VEGFA)、CXC趋化因子配体(CXCL)9、CC趋化因子配体(CCL)20、分泌型焦磷酸蛋白1(SPP1)、CXCL2、低聚果糖、葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)、CCL19、硬脂酰辅酶A去饱和酶、角鲨烯环氧化酶、细胞色素P450家族7亚家族A成员1、胸腺基质淋巴细胞生成素、糖原磷酸化酶B(PYGB)、细胞色素P450家族26亚家族A成员1、神经肽Y受体Y1、γ-氨基丁酸B型受体亚单位1、果糖二磷酸醛缩酶A、酰基辅酶A合成酶长链家族成员1、胞嘧啶脱氨酶、死骨片1等基因均有明显的结合位点。通过公共数据库对核心靶基因进行生存分析发现VEGFA、SPP1、PYGB、G6PD与肝癌预后明显相关。结论通过生物信息学分析,hsa-miR-335-5p及其调控的靶基因可为临床监测肝癌肝移植术后复发寻求潜在分子标志物提供新的思路。

hsa-miR-335靶基因预测及生物信息学分析

目的对hsa-miR-335进行系统的生物信息学分析,预测hsa-miR-335可能参与的生物学过程,为本研究小组深入研究其在脂肪细胞分化中的功能和机制奠定基础。方法通过miRbase获取并分析hsa-miR-335序列特征;应用TargetScan,PicTar及miRanda预测hsa-miR-335的靶基因,并结合已证实的靶标基因,进行功能注释(Gene Ontol-ogy)和Pathway富集分析(Pathway Enrichment)。应用NCBI Mapviewer、UCSC Genome Browser等工具对hsa-miR-335进行启动子相关预测。结果 miR-335在各物种之间具有高度保守性,其靶基因功能富集于胰腺外分泌、脂质激酶活性调控、wnt受体信号的调控、细胞周期等生物学过程(P>0.01),其靶基因信号通路富集于促性腺激素释放激素信号通路、MAPK信号通路、胰岛素信号通路、细胞周期等信号转导通路(P<0.05)。启动子预测提示hsa-miR-335为基因内miRNA,在基因组上下游10kb以内存在CpG岛,转录起始位置(TSS)、Poly A信号、转录因子结合位置(TFBS)。结论 hsa-miR-335预测的靶基因集合富集于多个生物学过程,与肥胖密切相关,并可能存在其独立的转录调控机制。为后续miR-335在肥胖人脂肪细胞中生物学功能研究奠定基础。

中药单体川楝素介导hsa-circ-0025583/hsa-miR-671-5p/SYNGR2轴调控乳腺癌生长的分子机制研究

目的 探究中药单体川楝素介导的hsa-circ-0025583/hsa-miR-671-5p/SYNGR2轴调控乳腺癌生长的分子机制。方法 选取南通第三人民医院乳腺外科于2020年4月—2022年4月收治的乳腺癌患者40例为研究对象,患者均在医院进行手术,取患者乳腺癌及癌旁组织作为实验材料,采用定量荧光聚合酶链反应(quantitative polymerase chain reaction, qPCR)对其hsa-circ-0025583及SYNGR2的表达水平进行测定;取乳腺癌细胞株T47D细胞,加入不同浓度的川楝素,比较不同浓度川楝素对细胞增殖的抑制率;对所选乳腺癌细胞株系进行预处理,A组不进行特殊处理,B组中加入0.5μmol/L的川楝素,C组对乳腺癌细胞进行转染,敲除hsa-miR-671-5p,并向其中加入0.5μmol/L的川楝素,比较其hsa-circ-0025583及SYNGR2的表达水平,上述实验重复3次。结果 与正常癌旁组织相比较,乳腺癌组织中提取的hsa-circ-0025583及SYNGR2 mRNA表达水平均降低,差异有统计学意义(P<0.05)。hsa-circ-0025583及SYNGR2 mRNA在乳腺癌组织中均低表达,具有正相关性(r=0.965,P<0.05)。随着川楝素浓度的升高,乳腺癌细胞增殖的抑制率逐渐升高,且与0μmol/L浓度组比较均具有统计学意义(P<0.05)。对数据进行处理,得出乳腺癌细胞在24 h及48 h的半数抑制浓度分别为0.78μmol/L、0.49μmol/L。与A、C组相比较,B组的hsa-circ-0025583及SYNGR2 mRNA的表达水平明显升高,差异有统计学意义(P<0.05);但A、C组间比较,差异无统计学意义(P>0.05)。与A、C组相比较,B组24 h及48 h侵袭细胞数量明显降低,差异有统计学意义(P<0.05);但A、C组间侵袭细胞数量比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论 川楝素通过介导hsa-circ-0025583/hsa-miR-671-5p/SYNGR2轴调控hsa-circ-0025583及SYNGR2水平,进而影响乳腺癌细胞的增殖及侵袭能力,抑制乳腺癌细胞的生长。

多囊卵巢综合征患者血清miR-335-5p、miR-141-3p水平变化及其诊断价值

目的探究多囊卵巢综合征(PCOS)患者血清微小RNA-335-5p(miR-335-5p)、miR-141-3p水平变化及其诊断价值。方法选择2019年2月—2022年6月南通市中医院妇科治疗PCOS患者145例为PCOS组,根据胰岛素抵抗指数(HOMA-IR)分为IR亚组和非IR亚组;根据体质量指数(BMI)分为肥胖亚组和非肥胖亚组;根据睾酮水平分为高雄激素亚组和非高雄激素亚组;另选取同时期女性健康体检者110例为健康对照组。荧光定量PCR检测并比较2组血清miR-335-5p、miR-141-3p水平,以及2指标在不同临床/病情特点中的差异;Pearson相关或Spearman秩相关系数描述血清miR-335-5p、miR-141-3p与临床指标之间相关性;多因素Logistic分析影响PCOS发生的因素;ROC曲线分析血清miR-335-5p、miR-141-3p水平对PCOS的诊断价值。结果PCOS组患者的BMI、空腹胰岛素(FINS)、黄体生成素(LH)、睾酮(T)水平及HOMA-IR显著高于健康对照组(t/P=4.881/<0.001、16.326/<0.001、37.901/<0.001、43.690/<0.001、15.395/<0.001);与健康对照组比较,PCOS组患者血清miR-335-5p、miR-141-3p水平均下降(t/P=10.516/<0.001、8.767/<0.001);IR亚组、肥胖亚组、高雄激素亚组血清miR-335-5p、miR-141-3p水平均低于非IR亚组、非肥胖亚组、非高雄激素亚组(t/P=2.882/0.005、3.783/<0.001,5.196/<0.001、4.515/<0.001,5.069/<0.001、4.296/<0.001);相关性分析显示,血清miR-335-5p、miR-141-3p水平均与IR、BMI、睾酮呈负相关(P均<0.01);血清miR-335-5p低、miR-141-3p低、BMI高、FINS高、LH高、睾酮高、HOMA-IR高均为影响PCOS发生的危险因素[OR(95%CI)=1.812(1.348~2.436)、2.536(1.647~3.842)、2.913(1.523~5.573)、1.293(1.207~1.385)、1.692(1.180~2.427)、3.452(2.518~4.733)、4.620(1.916~11.139)];血清miR-335-5p、miR-141-3p及二者联合诊断PCOS患者的曲线下面积(AUC)分别为0.818、0.733、0.873,二者联合检测较血清miR-335-5p、miR-141-3p单独检测更具诊断效能(Z=2.882、4.767,P均<0.001)。结论血清miR-335-5p、miR-141-3p在PCOS患者中低表达,可能参与了PCOS患者IR、肥胖及高雄激素分泌,二者联合诊断对PCOS更具诊断效能。

Hsa-miR-650通过靶向RAC1抑制NF2阴性脑膜瘤的生长

目的本文旨在确定NF2表达阴性脑膜瘤中潜在的miRNA-mRNA轴,研究它们的靶向关系,并确定它们的生物学功能。方法从基因表达数据库(GEO)下载包含与NF2阴性脑膜瘤相关数据的GSE17792数据集。使用R软件中的limma包确定差异表达的mi RNA(De MiRNAs)。应用miRWalk 2.0数据库获取De MiRNAs的靶基因。利用相互作用基因检索工具(STRING)数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络,并通过Cytoscape软件确定核心基因。对筛选出的miRNA进一步验证其表达和生物学作用。结果在NF2阴性脑膜瘤肿瘤样本与蛛网膜组织对照组比较中发现了86个差异mi RNA,其中包括52个上调的mi RNAs和34个下调的miRNAs。在这些差异miRNA中鉴定出与274个靶基因相关的14个mi RNAs,并基于这些数据构建miRNA-靶基因网络。通过cyto Hubba分析显示,在PPI网络中有两个mi RNAs(hsa-miR-650和hsa-miR-623)位于前20个关键核心基因之中。进一步的定量逆转录PCR(q RT-PCR)实验证实,相对于正常脑组织,hsa-miR-650在NF2阴性脑膜瘤中的表达显著增高。下调hsa-miR-650抑制了NF2阴性脑膜瘤细胞的增殖并诱导细胞凋亡。最后,确定RAC1是hsa-miR-650的靶基因。结论Hsa-miR-650作为肿瘤促进剂,可能作为治疗NF2阴性脑膜瘤患者的治疗靶点。

血管性认知功能障碍病人血清微RNA-335-5p、血清应答因子水平及其临床意义

目的 探究血管性认知功能障碍(VCI)病人血清微RNA(miR)-335-5p、血清应答因子(SRF)水平及临床意义。方法以石家庄市人民医院2019年1月至2020年12月因脑卒中治疗后6个月出现VCI的110例病人为研究对象(VCI组),其中非痴呆型血管性认知功能障碍(VCIND)者48例(VCIND组)、血管性痴呆(VD)者62例(VD组)。同时间段该院脑卒中未合并认知障碍者110例为对照组。分析各组病人发病时(入院次日)、发病后6个月、发病后1年血清miR-335-5p、SRF水平。logistic回归模型分析脑卒中病人发生VCI的影响因素。Pearson法分析血清miR-335-5p与SRF水平的相关性。受试者操作特征曲线(ROC曲线)分析血清miR-335-5p、SRF水平对VCI的预测价值。结果 VCI组发病时miR-335-5p水平0.76±0.15低于对照组1.06±0.07,而SRF水平1.52±0.24高于对照组1.01±0.09,差异有统计学意义(P<0.05)。发病时,对照组、VCIND组、VD组的miR-335-5p水平逐次降低(1.06±0.07比0.86±0.17比0.68±0.14),SRF水平依次增加(1.01±0.09比1.32±0.25比1.67±0.24),差异有统计学意义(P<0.05)。VD组、VCIND组受试者在发病后6个月及1年时SRF水平低于发病时,而miR-335-5p水平高于发病时(P<0.05)。三组蒙特利尔认知评估量表(MoCA)评分、miR-335-5p、SRF组间、时间、交互作用差异有统计学意义(P<0.05)。发病时,VCI组血清miR-335-5p与SRF水平存在负相关性(r=-0.64,P<0.001)。年龄、美国国立卫生研究院卒中量表(NIHSS)评分、miR-335-5p、SRF是影响脑卒中病人VCI的危险因素(P<0.05)。ROC分析显示,血清miR-335-5p、SRF、miR-335-5p联合SRF预测脑卒中后VCI的曲线下面积为0.88[95%CI:(0.84,0.93)]、0.90[95%CI:(0.86,0.95)]、0.93[95%CI:(0.89,0.97)]。结论VCI病人血清miR-335-5p水平明显降低,而SRF水平升高,二者水平变化与VCI严重程度有关,是导致脑卒中后VCI的影响因素,且二者联合对脑卒中后VCI有较高预测效能。

艾拉莫德联合甲氨蝶呤治疗难治性类风湿关节炎疗效及对患者血清微小RNA-141和微小RNA-335-5p表达的影响

目的:观察艾拉莫德联合甲氨蝶呤治疗难治性类风湿关节炎(RA)的疗效及对患者血清微小RNA-141(miR-141)和miR-335-5p表达的影响。方法:将难治性RA患者80例随机分为甲氨蝶呤组(单纯甲氨蝶呤治疗,40例)和联合艾拉莫德组(艾拉莫德联合甲氨蝶呤治疗,40例),均治疗3个月。比较两组临床疗效、免疫功能指标、骨代谢指标、炎症因子水平、症状改善情况以及miR-141和miR-335-5p表达水平。记录治疗期间不良反应发生情况。结果:联合艾拉莫德组总有效率高于甲氨蝶呤组(P<0.05)。两组血清免疫球蛋白G(IgG)、免疫球蛋白A(IgA)、免疫球蛋白M(IgM)、Ⅰ型胶原交联羧基末端肽(CTX-Ⅰ)、类风湿因子(RF)、分泌型糖蛋白-3α(Wnt-3α)、白细胞介素-1(IL-1)、IL-6、C-反应蛋白(CRP)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、miR-141水平,以及28个关节疾病活动度(DAS28)评分、关节压痛指数、关节肿胀指数较治疗前降低,且联合艾拉莫德组低于甲氨蝶呤组(均P<0.05)。血清miR-335-5p、骨碱性磷酸酶(B-ALP)水平较治疗前升高,且联合艾拉莫德组高于甲氨蝶呤组(均P<0.05)。晨僵时间较治疗前缩短,且联合艾拉莫德组短于甲氨蝶呤组(均P<0.05)。治疗期间,联合艾拉莫德组与甲氨蝶呤组总不良反应发生率比较差异无统计学意义(P>0.05)。结论:相较于单纯甲氨蝶呤治疗,艾拉莫德联合甲氨蝶呤可进一步改善难治性RA患者免疫功能,改善相关细胞因子水平及炎症反应,缓解患者症状,同时具有良好安全性。艾拉莫德的治疗作用可能与调控血清miR-141、miR-335-5p水平有关。

miR-143-5p和miR-335-5p在宫颈癌组织中的表达及临床意义

目的分析微小核糖核酸-143-5p(miR-143-5p)和miR-335-5p在宫颈癌组织中的表达及其临床意义。方法选择2018年7月—2020年6月康复大学青岛中心医院/青岛市中心医院肿瘤妇科二科手术治疗的宫颈癌患者120例,随访期间失访5例,根据随访结果将患者分为预后良好组78例和预后不良组37例;采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)法检测宫颈癌组织及其癌旁组织中miR-143-5p、miR-335-5p的相对表达量;多因素Logistic回归分析影响宫颈癌患者预后的因素;受试者工作特征(ROC)曲线分析miR-143-5p、miR-335-5p预测宫颈癌患者预后的价值。结果癌组织中miR-143-5p、miR-335-5p水平低于癌旁组织(t/P=22.710/<0.001、22.950/<0.001);FIGO分期为Ⅲ~Ⅳ期、肿瘤中低分化、有淋巴结转移的宫颈癌患者癌组织中miR-143-5p、miR-335-5p水平低于FIGO分期为Ⅰ~Ⅱ期、肿瘤高分化、无淋巴结转移的患者(miR-143-5p:χ^(2)/P=3.041/0.003、3.573/0.001、3.443/0.001;miR-335-5p:χ^(2)/P=5.769/<0.001、2.890/0.005、2.738/0.007);预后不良组癌组织miR-143-5p、miR-335-5p水平低于预后良好组(t/P=3.718/<0.001、3.150/0.002);预后良好组患者FIGO分期Ⅰ~Ⅱ期、无淋巴结转移比例高于预后不良组(χ^(2)/P=18.261/<0.001、9.635/0.002);FIGO分期Ⅲ~Ⅳ期是影响宫颈癌患者预后的危险因素[OR(95%CI)=4.105(1.484~11.353)],而miR-143-5p高、miR-335-5p高是其保护因素[OR(95%CI)=0.196(0.084~0.458)、0.220(0.088~0.549)];癌组织miR-143-5p、miR-335-5p及二者联合预测宫颈癌患者预后的AUC分别为0.743、0.726、0.879,二者联合优于各自单独预测价值(Z/P=2.346/0.019、2.601/0.009)。结论miR-143-5p、miR-335-5p在宫颈癌组织中呈下调表达,二者联合预测宫颈癌患者预后的价值较高。

血清PCT、IL-6、CRP/ALB、miR335-5-p对结直肠癌术后肠梗阻的预测价值分析

目的探讨血清降钙素原(PCT)、白细胞介素-6(IL-6)、C反应蛋白/清蛋白(CRP/ALB)、微小RNA-335-5p(miR-335-5p)对结直肠癌(CRC)术后肠梗阻的预测价值。方法选取2022年7月至2023年7月该院收治并进行手术治疗的100例CRC患者,观察术后1周患者有无肠梗阻情况发生,根据发生情况将其分为肠梗阻组(13例)和非肠梗阻组(87例)。对比两组临床资料及血清PCT、IL-6、CRP/ALB、miR-335-5p水平,采用Logistic多因素回归分析CRC术后发生肠梗阻的危险因素,并分析血清PCT、IL-6、CRP/ALB、miR-335-5p对CRC术后发生肠梗阻的预测价值。结果CRC患者术后血清PCT、IL-6、CRP/ALB、miR-335-5p水平均高于术前(P<0.05)。100例CRC手术患者中,术后2周内发生肠梗阻共13例(13.00%)。肠梗阻组直肠肿瘤、临床分期Ⅲ期占比高于非肠梗阻组,腹腔镜手术占比低于非肠梗阻组(P<0.05)。肠梗阻组血清PCT、IL-6、CRP/ALB水平高于非肠梗阻组,miR-335-5p水平低于非肠梗阻组(P<0.05)。血清PCT、IL-6、CRP/ALB是CRC术后肠梗阻发生的独立危险因素(P<0.05),miR-335-5p是保护因素(P<0.05)。血清PCT、IL-6、CRP/ALB、miR-335-5p及联合预测CRC术后发生肠梗阻的曲线下面积(AUC)为0.818、0.805、0.862、0.938、0.980,联合预测的AUC高于单项检测(Z_(PCT-联合检测)=2.193,Z_(IL-6-联合检测)=2.210,Z_(CRP/ALB-联合检测)=2.188,Z_(miR-335-5p-联合检测)=2.437,P<0.05)。结论CRC患者术后血清PCT、IL-6、CRP/ALB、miR-335-5p对其肠梗阻的发生具有一定预测价值,联合检测很大程度上可提高预测术后肠梗阻发生的准确性。

hsa-miR-22-3p靶基因预测及功能分析

本研究旨在通过生物信息学分析,预测和验证hsa-miR-22-3p的靶基因,并探讨其在不同物种、组织和信号通路中的功能。方法 本研究利用了多种在线数据库和软件,如miRBase、ClustalOmega、Cytoscape3.6.1等,进行了对不同物种间的miR-22-3p保守性分析。预测hsa-miR-22-3p的靶基因,绘制Venn图,得到交集靶基因集合。对交集靶基因进行GO功能注释和KEGG Pathway富集分析,探索其在生物过程和信号通路中的作用。预测交集靶基因编码蛋白质之间的相互作用关系,构建蛋白蛋白互作网络图谱,筛选出核心基因。结果 miR-22-3p是一种在多种生物中高度保守的miRNA,与心肌细胞分化和心血管疾病密切相关。hsa-miR-22-3p的36个交集靶基因在肿瘤、淋巴和腹腔等组织中表达较高,参与了组蛋白修饰、染色质重构、低氧应答等276个生物学过程,在乳腺癌、雌激素、FoxO、破骨细胞分化、肿瘤、PI3KAkt等8个信号通路中显著富集。hsa-miR-22-3p的10个核心基因ESR1、SIRT1、PTEN、CREB1、SP1、HDAC4、MECP2、YWHAZ、MAPK14、SNAI1在多种疾病中发挥重要作用,如肿瘤、糖尿病、神经退行性疾病、炎症、衰老、心肌肥厚、心肌缺血再灌注、心房纤维化、动脉粥样硬化等。结论 本研究为hsa-miR-22-3p在肿瘤、心血管等多种疾病中的关键调控机制提供了新的理解,也为肿瘤、心血管等疾病的早期诊疗提供了新的思路。

hsa-miR-204-5p对人脐静脉内皮细胞生物学行为的影响

目的:探究hsa-miR-204-5p对人血管内皮细胞活力、迁移、周期及凋亡等生物学行为的影响。方法:使用人脐静脉内皮细胞株EA.hy926构建过表达hsa-miR-204-5p(hsa-miR-204-5p mimics)模型。通过细胞划痕、Transwell、CCK-8、细胞周期和凋亡率等指标评估hsa-miR-204-5p对内皮细胞功能状态的影响。接着,使用RNA测序和RT-qPCR寻找并验证hsa-miR-204-5p的下游靶基因,将RNA测序中log2FC≤−0.5、P<0.05的基因和miRWalk数据库预测的hsa-miR-204-5p的下游靶基因取交集,并进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果:过表达hsa-miR-204-5p可以抑制EA.hy926细胞的活力和迁移能力,降低EA.hy926细胞的凋亡率,并使聚集在S期的细胞减少。富集分析结果发现hsa-miR-204-5p下游靶基因富集在MAPK信号通路,富集在此通路的基因为MAPT、PPP3R1、PRKACB、PTPRR、MAP2K4、CACNA2D2和RPS6KA6。RT-qPCR结果显示,过表达hsa-miR-204-5p后,MAPT和MAP2K4扩增结果较好且表达为下调。其中,MAPT下降趋势最明显。结论:hsamiR-204-5p可能通过抑制MAPT/MAPK信号通路而影响内皮细胞的活力、迁移和凋亡等生物学行为。

肿瘤相关成纤维细胞上调hsa-miR-18b-5p靶向FBXL3促进前列腺癌的增殖及转移

目的探讨受肿瘤相关成纤维细胞(CAFs)调控的hsa-miR-18b-5p在前列腺癌(PCa)中的表达水平及作用,并研究对其在PCa发生发展过程中的分子机制。方法利用生物信息学技术分析在PCa中高表达的miRNA,构建肿瘤相关成纤维细胞并与PCa细胞系共培养,验证CAFs对PCa细胞增殖和迁移的影响及对hsa-miR-18b-5p的调控作用;RT-qPCR验证20例患者癌组织及癌旁正常组织、前列腺正常上皮增生细胞及PCa各细胞系中hsa-miR-18b-5p的表达水平;通过脂质体法将阴性对照及hsamiR-18b-5p抑制物分别转染入PCa细胞C4-2、LNCAP中,分为NC inhibitor组和hsa-miR-18b-5p inhibitor组;采用细胞集落形成、CCK-8实验、划痕愈合、Transwell、IC_(50)实验、流式细胞术分别检测C4-2、LNCAP细胞增殖、迁移、侵袭、耐药能力、凋亡和周期;建立PCa裸鼠移植瘤模型,定期测量移植瘤的质量和体积,Kaplan-Meier生存曲线分析裸鼠生存情况;利用靶基因预测分析网站(Targetscan、Mirtarbase、miRDB、miRDIP)预测has-miR-18b-5p的靶基因,并通过双荧光素酶报告基因分析验证hsa-miR-18b-5p与靶基因的靶向关系,RT-qPCR、Western blotting检测各组细胞靶基因的表达水平。结果生物信息学分析结果显示,在PCa中高表达的miRNA有17个,结合差异表达程度以及相关文献筛选出拟研究的基因:miR-148a、miR-17、miR-18b-5p、miR-770、miR-297-3p。CAFs与PCa细胞系共培养后hsa-miR-18b-5p的表达水平升高(P<0.01),且促进PCa细胞的增殖与迁移(P<0.01),敲除has-miR-18b-5p可抵消CAFs对PCa细胞增殖及迁移的影响,确定has-miR-18b-5p为研究基因。与正常前列腺上皮细胞或肿瘤旁组织相比,PCa细胞或肿瘤组织中hsa-miR-18b-5p的表达升高(P<0.05);敲除hsa-miR-18b-5p可抑制C4-2、LNCAP细胞的增殖、迁移、侵袭以及耐药(P<0.05);敲除hsa-miR-18b-5p可抑制裸鼠移植瘤质量和体积的增长,增加裸鼠的生存时间(P<0.05)。靶基因预测分析网站显示,FBXL3是hsa-miR-18b-5p的一个潜在作用靶点,双荧光素酶报告基因证实has-miR-18b-5p与FBXL3基因间存在结合位点,且敲除hsa-miR-18b-5p可增加C4-2、LNCAP细胞中FBXL3的蛋白表达(P<0.05)。结论CAFs上调前列腺癌细胞hsa-miR-18b-5p的表达水平,后者可能通过靶向调控FBXL3基因的表达促进PCa细胞的增殖和转移。

hsa-miR-181a-5p靶基因预测及生物信息学分析

目的对hsa-miR-181a-5p进行系统的生物信息学分析,预测hsa-miR-181a-5p的靶基因、基因功能及信号通路,并对其进行生物学功能注释。方法利用数据库对hsa-miR-181a-5p基因定位,分析其序列保守性和在人类组织器官中的表达情况;利用数据库进行靶基因预测分析;并将预测交集靶基因进行GO功能分析及KEGG通路富集分析和蛋白间相互作用(PPI)网络分析;最后利用A549细胞进行hsa-miR-181a-5p转染实验,进行转录组测序同步验证生物信息学预测结果。结果发现基因定位于人类基因组chr1、chr9染色体,成熟序列在物种间具有高度保守性。3个数据库交集靶基因有483个,包含PTEN、MAPK8、AKT3等基因,其分布在胞浆等细胞组分,执行蛋白质结合等生物功能,并参与信号转导等生物学过程。靶基因富集于MAPK、PI3K-Akt、胰岛素抵抗、癌症中的miRNA等信号通路,其编码的蛋白间形成复杂网络图。实验后转录组测序结果验证了生信分析的准确性,对预测及富集结果提供了有力支撑。结论hsa-miR-181a-5p在多种生物学过程发挥重要作用,尤其是在神经系统疾病、血液免疫系统疾病以及癌症的发生发展中其将成为相关疾病发生机制和防治研究的新靶点。

不同施肥措施对玉米鲁玉335生长发育及产质量的影响

本研究以玉米品种鲁玉335为试验材料,研究不同施肥措施对玉米生长发育、产量和品质的影响。结果表明:不同施肥措施处理下玉米生长季株高和叶片SPAD值均表现为在有机肥全量替代氮肥减少10%处理下有最大值;穗粒数、百粒重、产量、籽粒氨基酸含量、粗蛋白含量和淀粉含量均在有机肥全量替代氮肥减少10%处理下有最大值,分别为329粒、31.17 g、13 307.98 kg/hm^(2)、3.34%、8.41%和68.02%。因此,在博兴县鲁玉335种植过程中,可推荐利用有机肥替代常规氮肥,且以减少10%的氮肥施加效果最优。

基于AM335X的ARM主板设计

针对目前较为广泛使用的小型化嵌入式系统,提出了一款基于AM335X处理器的ARM主板的设计方案,并完成了软硬件设计。主板硬件部分以ARM处理器为核心,扩展出串口、网口、USB接口、LCD及触摸屏接口等功能供用户使用,软件部分以WinCE 7.0为操作系统,开发与需求相关的应用程序,并为硬件的各个功能提供了驱动。实际应用结果表明:主板的功能强大,系统稳定可靠,操作简便,并且成本低、功耗低,能够满足小型化嵌入式设备的应用。

基于鲁玉335玉米生长需求的精准施肥技术研究

通过对鲁玉335玉米生长特点和养分需求的深入分析,探讨精准施肥技术在该玉米品种种植中的应用效果。结合现代农业技术手段,如土壤测试、植株监测和远程遥感等,制订个性化的施肥方案,并动态调整施肥配方和施肥量,以实现精准施肥,得出了一套可行的精准施肥方案,为提高鲁玉335玉米产量和质量提供了理论支持。

SA335P91钢种焊缝侧母材硬度控制

SA335P91钢焊缝硬度高,焊接后需及时进行热处理,为保证焊缝硬度在标准范围内,将热处理温度提至上限(760+10℃),此做法可能造成焊缝两侧母材低于180HB,DL/T 438—2016《火力发电厂金属技术监督规程》中规定管件硬度为180~250HB。文章通过实例进行分析,改进和加强热处理工艺,保证了焊缝两侧母材的硬度。

人骨髓间充质干细胞外泌体来源的miR-335-5p促进人牙周膜干细胞的成骨分化:基于下调DKK1表达

目的探讨人骨髓间充质干细胞(hBMMSCs)外泌体来源的miR-335-5p调控DKK1对人牙周炎中牙周膜干细胞(PDLSCs)成骨分化的影响及其作用机制。方法提取hBMMSCs外泌体,通过透射电镜、Western blot以及PKH67标记鉴定外泌体,通过TNF-α诱导PDLSCs构建牙周炎细胞模型。提取的外泌体与TNF-α诱导的PDLSCs共同培养。qRT-PCR检测miR-335-5p,促炎因子IL-1β、IL-6、IL-8和成骨标志基因RunX2、OCN、BMP-2 mRNA表达。茜素红和ALP染色检测钙结节,Western blot检测DKK1蛋白表达,双荧光素酶报告实验验证miR-335-5p与DKK1的靶向关系。结果提取的hBMMSCs外泌体中CD9和CD81显著表达(P<0.05)。hBMMSC外泌体降低TNF-α诱导的hPDLSCs中促炎细胞因子IL-1β(P<0.01)、IL-6(P<0.05)、IL-8(P<0.05)的mRNA表达并促进成骨标志基因RunX2(P<0.01)、OCN(P<0.05)、BMP-2(P<0.001)mRNA和钙结节生成。miR-335-5p在hBMMSCs外泌体中高表达,过表达miR-335-5p靶向下调DKK1(P<0.001),抑制促炎细胞因子IL-1β、IL-6、IL-8的表达(P<0.001),促进成骨标志物BMP-2、OCN、RunX2的mRNA表达以及钙结节生成(P<0.001)。结论hBMMSC外泌体来源的miR-335-5p靶向下调DKK1,促进hPDLSCs成骨分化,抑制牙周炎的发展进程。

2017-2021年东北春玉米中熟组区域试验中 先玉335农艺性状及产量表现

为了综合评价玉米品种先玉335在国家区域试验中的表现情况,分析其近5年的生育期、农艺性状及产量变化情况,并对其变异系数和显著性进行分析。结果表明,种子萌发期干旱使玉米出苗期、抽雄期、吐丝期、成熟期延后;气候变化导致年度间各性状变异系数表现为秃尖长>穗位>株高>产量>百粒重>穗长>出籽率>穗行数,秃尖变化最大,其次是穗位、株高、产量。变异系数小于5%的有穗长、穗行数、百粒重、出籽率的,说明这几个性状较稳定,在2018-2019年春季干旱少雨,夏季降雨量也较少的情况下对气候变化不敏感。2017年茎腐病发病率较高,为13.65%。2018年种子出苗期遭遇干旱,拔节期、灌浆期降雨量过多,极端天气造成空秆率较高,为3.43%,产量较低,为11770.50 kg·hm^(-2),其他年份产量较平稳。2020年遭遇台风倒折、倒伏率较高。说明不同年份先玉335性状表现不同,可利用其优良性状组配新的杂交组合,培育出高产、优质玉米新品种。

hsa-miR-340-5p靶基因预测及生物信息学分析

目的 通过对hsa-miR-340-5p的靶基因进行预测和生物信息学分析,探讨其靶基因所发挥的生物学功能及参与的信号传导通路。方法 应用RNAcentral和miRBase数据库在线对比分析miR-340-5p序列在不同物种之间的保守性。运用在线数据库DIANA-microT、Target Scan、miRWalk和miRDB分别预测hsa-miR-340-5p的靶基因,随后使用Venny2.1绘制韦恩图得到交集靶基因的集合,并对其交集靶基因的集合进行基因本体论(GO)功能注释分析、京都基因与基因组百科全书信号通路(KEGG Pathway)富集分析、蛋白互作(PPI)网络构建及关键(hub)基因筛选。结果 通过对比序列分析发现,miR-340-5p的成熟碱基序列在8个不同的物种中高度保守。采用4个miRNA靶基因在线数据库预测后,发现与hsa-miR-340-5p存在结合位点的交集靶基因集合共有92个,占其预测靶基因总和的1.9%。GO功能注释分析发现,hsa-miR-340-5p交集靶基因集合主要富集在核质、黏着斑、细胞间连接等细胞组分,同时,还参与了RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录和蛋白质结合等多种生物学过程和分子功能。KEGG Pathway富集分析发现,hsa-miR-340-5p所结合的交集靶基因集合主要富集在癌症中的蛋白多糖、癌症通路、人类嗜T细胞病毒Ⅰ型(HTLV-I)感染等7个信号通路中。基于hsa-miR-340-5p交集靶基因集合的PPI网络构建,筛选出了度(degree)值前10位的hub基因,分别是:母体抗生物皮肤生长因子同源物(SMAD)2、无翅型MMTV整合位点家族成员(WNT)3、激活素A的1C型受体(ACVR1C)、F-框蛋白(FBXO)30、重组人缺陷于清选蛋白neddylation蛋白1域含1(DCUN1D1)、PH结构域相互作用蛋白(PHIP)、CUB和Sushi多结构域(CSMD)3、分拣连接蛋白(SNX)9、人免疫缺陷病毒Ⅰ增强子结合蛋白(HIVEP)2、RWD结构域蛋白(RWDD)2A。结论 hsa-miR-340-5p调控的靶基因参与了癌症、炎症等疾病的多种生物学过程。