hsa-miR-340-5p靶基因预测及生物信息学分析

目的 通过对hsa-miR-340-5p的靶基因进行预测和生物信息学分析,探讨其靶基因所发挥的生物学功能及参与的信号传导通路。方法 应用RNAcentral和miRBase数据库在线对比分析miR-340-5p序列在不同物种之间的保守性。运用在线数据库DIANA-microT、Target Scan、miRWalk和miRDB分别预测hsa-miR-340-5p的靶基因,随后使用Venny2.1绘制韦恩图得到交集靶基因的集合,并对其交集靶基因的集合进行基因本体论(GO)功能注释分析、京都基因与基因组百科全书信号通路(KEGG Pathway)富集分析、蛋白互作(PPI)网络构建及关键(hub)基因筛选。结果 通过对比序列分析发现,miR-340-5p的成熟碱基序列在8个不同的物种中高度保守。采用4个miRNA靶基因在线数据库预测后,发现与hsa-miR-340-5p存在结合位点的交集靶基因集合共有92个,占其预测靶基因总和的1.9%。GO功能注释分析发现,hsa-miR-340-5p交集靶基因集合主要富集在核质、黏着斑、细胞间连接等细胞组分,同时,还参与了RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录和蛋白质结合等多种生物学过程和分子功能。KEGG Pathway富集分析发现,hsa-miR-340-5p所结合的交集靶基因集合主要富集在癌症中的蛋白多糖、癌症通路、人类嗜T细胞病毒Ⅰ型(HTLV-I)感染等7个信号通路中。基于hsa-miR-340-5p交集靶基因集合的PPI网络构建,筛选出了度(degree)值前10位的hub基因,分别是:母体抗生物皮肤生长因子同源物(SMAD)2、无翅型MMTV整合位点家族成员(WNT)3、激活素A的1C型受体(ACVR1C)、F-框蛋白(FBXO)30、重组人缺陷于清选蛋白neddylation蛋白1域含1(DCUN1D1)、PH结构域相互作用蛋白(PHIP)、CUB和Sushi多结构域(CSMD)3、分拣连接蛋白(SNX)9、人免疫缺陷病毒Ⅰ增强子结合蛋白(HIVEP)2、RWD结构域蛋白(RWDD)2A。结论 hsa-miR-340-5p调控的靶基因参与了癌症、炎症等疾病的多种生物学过程。

中药单体川楝素介导hsa-circ-0025583/hsa-miR-671-5p/SYNGR2轴调控乳腺癌生长的分子机制研究

目的 探究中药单体川楝素介导的hsa-circ-0025583/hsa-miR-671-5p/SYNGR2轴调控乳腺癌生长的分子机制。方法 选取南通第三人民医院乳腺外科于2020年4月—2022年4月收治的乳腺癌患者40例为研究对象,患者均在医院进行手术,取患者乳腺癌及癌旁组织作为实验材料,采用定量荧光聚合酶链反应(quantitative polymerase chain reaction, qPCR)对其hsa-circ-0025583及SYNGR2的表达水平进行测定;取乳腺癌细胞株T47D细胞,加入不同浓度的川楝素,比较不同浓度川楝素对细胞增殖的抑制率;对所选乳腺癌细胞株系进行预处理,A组不进行特殊处理,B组中加入0.5μmol/L的川楝素,C组对乳腺癌细胞进行转染,敲除hsa-miR-671-5p,并向其中加入0.5μmol/L的川楝素,比较其hsa-circ-0025583及SYNGR2的表达水平,上述实验重复3次。结果 与正常癌旁组织相比较,乳腺癌组织中提取的hsa-circ-0025583及SYNGR2 mRNA表达水平均降低,差异有统计学意义(P<0.05)。hsa-circ-0025583及SYNGR2 mRNA在乳腺癌组织中均低表达,具有正相关性(r=0.965,P<0.05)。随着川楝素浓度的升高,乳腺癌细胞增殖的抑制率逐渐升高,且与0μmol/L浓度组比较均具有统计学意义(P<0.05)。对数据进行处理,得出乳腺癌细胞在24 h及48 h的半数抑制浓度分别为0.78μmol/L、0.49μmol/L。与A、C组相比较,B组的hsa-circ-0025583及SYNGR2 mRNA的表达水平明显升高,差异有统计学意义(P<0.05);但A、C组间比较,差异无统计学意义(P>0.05)。与A、C组相比较,B组24 h及48 h侵袭细胞数量明显降低,差异有统计学意义(P<0.05);但A、C组间侵袭细胞数量比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论 川楝素通过介导hsa-circ-0025583/hsa-miR-671-5p/SYNGR2轴调控hsa-circ-0025583及SYNGR2水平,进而影响乳腺癌细胞的增殖及侵袭能力,抑制乳腺癌细胞的生长。

circBFAR调控hsa-miR-424-5p及PI3K-Akt信号通路基因促进胰腺癌进展的机制研究

目的探讨circBFAR在胰腺癌中的差异表达及其作用分子机制。方法在GSE69362数据集中分析circBFAR在胰腺癌和对照组织中的差异表达。利用TCGA数据库鉴定了胰腺癌和对照组织间的差异表达miRNAs(DEmiRs),并与circBFAR的靶标miRNAs进行交集分析。在GSE62452和GSE28735数据集中鉴定了胰腺癌和对照组织间的差异表达mRNAs(DEmRs),并与靶标DEmiRs的靶向调控mRNAs进行交集分析。对circBFAR靶标DEmiRs调控的DEmRs进行富集分析,筛选出参与PI3K-Akt信号通路的基因并绘制生存曲线。收集10例胰腺癌组织及相应的癌旁对照组织样本,进行RT-qPCR和Western blot检测PI3K-Akt信号通路基因的表达。在胰腺癌细胞系PANC-1中敲降circBFAR或hsa-miR-424-5p,将细胞分为五组进行实验:对照组;si-circNC组;si-circBFAR组;si-circBFAR+inhibitor NC组;si-circBFAR+hsa-miR-424-5p inhibitor组。利用CCK-8检测细胞活性,通过划痕实验和Transwell实验检测细胞迁移和侵袭,利用RT-qPCR和Western blot检测信号通路基因的表达。结果circBFAR在胰腺癌组织中的表达显著高于对照组(P<0.001)。在鉴定的靶标DEmiRs中,hsa-miR-424-5p在胰腺癌中低表达(P<0.01)。hsa-miR-424-5p调控的靶标DEmRs中,LAMA3、ITGA3、MET和AREG参与PI3K-Akt信号通路,在胰腺癌中高表达时患者预后不良(P<0.001)。RT-qPCR和Western blot检测结果显示,circBFAR、LAMA3、ITGA3、MET和AREG在胰腺癌患者中高表达,而hsa-miR-424-5p则低表达。在PANC-1细胞中转染si-circBFAR显著抑制了细胞增殖、迁移和侵袭,以及LAMA3、ITGA3、MET和AREG的表达。转染hsa-miR-424-5p inhibitor抑制了si-circBFAR对细胞的影响(P<0.01)。结论circBFAR通过调控hsa-miR-424-5p及其靶向基因LAMA3、ITGA3、MET和AREG的表达,参与PI3K-Akt信号通路,促进了胰腺癌的进展。抑制circBFAR可能成为胰腺癌治疗的潜在策略。

紫檀芪调控微小RNA-340-5p/髓细胞白血病-1轴对胆囊癌SD细胞生物学行为的影响实验研究

目的:探究紫檀芪(PTS)调控微小RNA-340-5p(miR-340-5p)/髓细胞白血病-1(MCL-1)轴对胆囊癌SD(GBC-SD)细胞增殖、凋亡、迁移和侵袭的影响。方法:体外培养人GBC-SD细胞,使用不同浓度PTS(0、5、10、20、40、80μmol/L)处理GBC-SD细胞,然后检测细胞存活率。将GBC-SD细胞分为对照组(DMEM培养基常规培养GBC-SD细胞)、PTS组(加入80μmol/L的PTS培养GBC-SD细胞)、PTS+空载质粒组(加入80μmol/L的PTS培养GBC-SD细胞,并转染空载质粒)、PTS+miR-340-5p沉默组[加入80μmol/L的PTS培养GBC-SD细胞,并转染miR-340-5p小干扰RNA(siRNA)质粒]。分别检测各组GBC-SD细胞增殖、凋亡、迁移和侵袭能力。实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测miR-340-5p和MCL-1 mRNA表达。蛋白印迹法检测MCL-1及增殖凋亡相关蛋白表达。双荧光素酶报告基因实验检测miR-340-5p与MCL-1的靶向关系。裸鼠移植瘤实验检测PTS对裸鼠肿瘤生长及miR-340-5p/MCL-1轴的影响。结果:随着PTS浓度的升高,GBC-SD细胞存活率逐渐降低(均P<0.05)。与对照组比较,PTS组细胞存活率、集落形成数、细胞迁移率、细胞侵袭数、MCL-1 mRNA和蛋白、Ki67、细胞周期蛋白D1(Cyclin D1)、B淋巴细胞瘤-2(Bcl-2)蛋白表达降低,细胞凋亡率、miR-340-5p、Bcl-2相关X蛋白(Bax)、活化的半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-3(Cleaved caspase-3)蛋白表达升高(均P<0.05)。沉默miR-340-5p可逆转PTS对GBC-SD细胞增殖、凋亡、迁移、侵袭及miR-340-5p/MCL-1轴的作用效果(均P<0.05)。miR-340-5p与MCL-1存在靶向调控关系。PTS能抑制裸鼠肿瘤生长和MCL-1 mRNA和蛋白表达,促进miR-340-5p表达(均P<0.05)。结论:PTS可通过上调miR-340-5p表达下调MCL-1表达,抑制GBC-SD细胞增殖、迁移和侵袭,促进GBC-SD细胞凋亡。

miR-340-5p靶向调控ARID1A对甲状腺癌活性、迁移和侵袭的影响

目的 探讨miR-340-5p靶向调控富含AT的相互作用结构域(ARID)1A对甲状腺癌活性、迁移和侵袭的影响。方法 通过实时荧光定-聚合酶链反应(RT-qPCR)和Western印迹检测miR-340-5p和ARID1A在甲状腺癌细胞中表达水平。通过噻唑蓝(MTT)和Transwell实验检测转染miR-340-5p抑制物后癌细胞活性、迁移和侵袭变化。双荧光素酶报告基因检测miR-340-5p和ARID1A的靶向结合关系。最后通过同时敲低miR-340-5p和ARID1A的回复实验验证miR-340-5p调控ARID1A影响癌症发展。结果 miR-340-5p在甲状腺癌细胞中明显高表达,ARID1A表达明显较低(P<0.05)。通过抑制BCPAP细胞中miR-340-5p表达明显减少了癌细胞活性、迁移和侵袭水平。miR-340-5p和ARID1A具有直接靶向结合关系。敲降ARID1A能够明显逆转miR-340-5p抑制物对BCPAP细胞活性、迁移和侵袭的抑制作用。结论 miR-340-5p是甲状腺癌中的促癌基因,ARID1A为miR-340-5p的靶标下游,miR-340-5p通过靶向调控ARID1A促进甲状腺癌细胞活性、迁移和侵袭。

老年急性缺血性脑卒中患者血清miR-340-5p及STING水平与病情及预后的关系

目的 探究老年急性缺血性脑卒中患者血清miR-340-5p及干扰素基因刺激蛋白(STING)水平与病情及预后的关系。方法 选择邯郸市中心医院2020年5月—2022年5月收治的老年急性缺血性脑卒中患者113例作为研究组,另选取同期正常健康者113例作为对照组。根据患者入院当天的美国国立卫生研究院卒中量表(NIHSS)评分评估神经缺损程度(<6分为轻度,6~<14分为中度,≥14分为重度),根据治疗3个月后改良Rankin量表(mRs)评分评估预后[预后良好(0~2分)、预后不良(≥3分)]。采用实时荧光定量PCR法检测血清miR-340-5p、STING表达水平,多因素logistic回归分析预后的影响因素。ROC曲线分析血清miR-340-5p、STING对预后的预测价值。结果 研究组血清miR-340-5p表达水平低于对照组(P<0.05),血清STING表达水平高于对照组(P<0.05)。神经缺损程度轻度37例、中度43例、重度33例,血清miR-340-5p在不同神经缺损程度患者中的表达水平为重度者<中度者<轻度者(P<0.05),而血清STING在不同神经缺损程度患者中的表达水平为重度者>中度者>轻度者(P<0.05)。预后良好74例,预后不良39例,预后不良组血清STING水平、入院时NIHSS评分均高于预后良好组(P<0.05),而血清miR-340-5p水平低于预后良好组(P<0.05)。多因素logistic回归分析结果显示:血清miR-340-5p为预后的保护因素(P<0.05),血清STING及NIHSS评分为其危险因素(P<0.05);ROC曲线显示,血清miR-340-5p、STING联合预测预后的曲线下面积大于各指标单独预测(P<0.05)。结论 血清miR-340-5p及STING表达水平均能反映老年急性缺血性脑卒中患者的病情,在预后预测方面具有一定的临床价值。

血清miR-340-5p、Bmi-1与老年急性脑梗死后血管性认知障碍的相关性研究

目的探讨血清微小RNA-340-5p(miR-340-5p)、B细胞特异性Moloney小鼠白血病病毒整合位点1(Bmi-1)与老年急性脑梗死后血管性认知障碍(VCI)的相关性。方法选取2021年3月至2023年2月就诊的103例老年急性脑梗死患者作为研究对象,根据MoCA评分将患者分为VCI组(n=60)和无VCI组(n=43)。比较2组患者的一般资料;采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)法检测2组血清中miR-340-5p、Bmi-1的表达情况;ENCORI预测miR-340-5p与Bmi-1的靶向关系;Pearson法分析VCI患者血清miR-340-5p与Bmi-1表达水平相关性;Spearman相关分析血清miR-340-5p、Bmi-1水平与MoCA评分的相关性;Logistic回归分析老年急性脑梗死患者发生VCI的影响因素;受试者工作特征(ROC)曲线分析血清miR-340-5p、Bmi-1水平对老年急性脑梗死患者发生VCI的诊断价值。结果VCI组患者吸烟史、既往脑梗病史占比显著高于无VCI组(P<0.05),MoCA评分显著低于无VCI组,差异有统计学意义(P<0.05);与无VCI组相比,VCI组miR-340-5p表达水平均明显降低(P<0.05),Bmi-1表达水平明显升高,差异有统计学意义(P<0.05);ENCORI网站预测结果显示,miR-340-5p与Bmi-1可能存在靶向关系;且VCI组患者血清miR-340-5p表达水平与Bmi-1呈负相关,血清miR-340-5p表达与MoCA评分呈正相关,Bmi-1表达与MoCA评分呈负相关(P<0.05);Logistics回归分析结果显示,MoCA评分、miR-340-5p是影响老年急性脑梗死患者发生VCI的保护因素(P<0.05),吸烟史、既往脑梗死病史、Bmi-1是影响老年急性脑梗死患者发生VCI的危险因素(P<0.05);ROC曲线分析结果显示,血清miR-340-5p、Bmi-1表达水平(AUC=0.851、0.886)对老年急性脑梗死后VCI有良好的诊断效果,且二者联合诊断效果更佳(AUC=0.947,Z二者联合-miR-340-5p=3.018、P=0.003,Z二者联合-Bmi-1=2.636,P=0.008)。结论老年急性脑梗死后VCI患者血清,miR-340-5p表达下调,Bmi-1表达上调,二者表达水平与老年急性脑梗死患者发生VCI过程密切相关。

CircCCND1调节miR-340-5p/TGIF1轴对H446肺癌细胞恶性生物学行为的影响

背景与目的 肺癌是常见的肺部恶性肿瘤,探究肺癌发生发展的分子机制是当前研究的热点。环状RNA细胞周期蛋白D1 (circular RNA Cyclin D1,CircCCND1)在肺癌中高表达,可能是治疗肺癌的潜在靶点。本研究旨在探讨CircCCND1调节miR-340-5p/转化生长因子β诱导因子同源框1 (transforming growth factor β-induced factor homeobox 1,TGIF1)轴对肺癌细胞恶性生物学行为的影响。方法 检测人正常肺上皮细胞BEAS-2B及人肺癌H446细胞中CircCCND1、miR-340-5p及TGIF1 mRNA表达。将体外培养的H446细胞分为对照组、CircCCND1 siRNA组、miR-340-5p mimics组、阴性对照组、CircCCND1 siRNA+miR-340-5p inhibitor组,检测细胞增殖、线粒体膜电位、凋亡、迁移和侵袭情况,以及各组细胞CircCCND1、miR-340-5p、TGIF1 mRNA、BCL2相关X蛋白(BCL2-associated X protein,Bax)、剪切的半胱天冬氨酸蛋白酶3 (cleaved Caspase-3)、N-钙黏蛋白(N-cadherin)、E-钙黏蛋白(E-cadherin)、TGIF1蛋白表达,并验证miR-340-5p与CircCCND1、TGIF1的靶向关系。结果 与BEAS-2B细胞相比,H446细胞CircCCND1、TGIF1 mRNA升高,miR-340-5p表达降低(P<0.05)。敲低CircCCND1或上调miR-340-5p表达可抑制H446细胞增殖、迁移、侵袭,降低TGIF1 mRNA和TGIF1蛋白表达,促进细胞凋亡;下调miR-340-5p可拮抗敲低CircCCND1对H446肺癌细胞恶性生物学行为的抑制作用。CircCCND1可能靶向下调miR-340-5p,miR-340-5p可能靶向下调TGIF1。结论 敲低CircCCND1可抑制肺癌H446细胞恶性行为,其作用可能是通过调控miR-340-5p/TGIF1轴实现的。

LncRNA TMPO-AS1调节miR-340-5p/RUNX1轴对结直肠癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响

目的探讨长链非编码RNA TMPO反义RNA1(LncRNA TMPO-AS1)调控miR-340-5p/RUNT相关转录因子1(RUNX1)轴对结直肠癌(CRC)细胞增殖、迁移和侵袭的影响。方法qRT-PCR检测人正常结肠上皮细胞HCoEpiC、人CRC细胞SW480、HCT116、LOVO、HT-29中TMPO-AS1、miR-340-5p、RUNX1表达;将HCT116细胞随机分为:si-ctrl组、si-TMPO-AS1组、mimics NC组、miR-340-5p组、si-TMPO-AS1+anti-miR-ctrl组、si-TMPO-AS1+anti-miR-340-5p组;qRT-PCR检测6组HCT116细胞TMPO-AS1、miR-340-5p、RUNX1水平;CCK-8法检测HCT116细胞活力;EDU法检测HCT116细胞增殖;Transwell检测HCT116细胞迁移和侵袭;western blot检测HCT116细胞RUNX1、PCNA、MMP-2表达;双荧光素酶报告基因实验分别验证TMPO-AS1和miR-340-5p、miR-340-5p和RUNX1的关系。结果与HCoEpiC细胞比较,不同CRC细胞中TMPO-AS1、RUNX1表达显著性升高,miR-424-5p表达显著性降低(P<0.05),且HCT116细胞变化结果更显著,后续实验选择HCT116细胞。与si-ctrl组比较,si-TMPO-AS1组HCT116细胞TMPO-AS1、RUNX1 mRNA水平、细胞活力A值、EDU阳性细胞率、迁移与侵袭细胞数、RUNX1、PCNA、MMP-2蛋白水平均显著性降低,miR-340-5p mRNA水平显著性升高(P<0.05);与mimics NC组比较,miR-340-5p组HCT116细胞RUNX1 mRNA水平、细胞活力A值、EDU阳性细胞率、迁移与侵袭细胞数、RUNX1、PCNA、MMP-2蛋白水平均显著性降低,miR-340-5p mRNA水平显著性升高(P<0.05);与si-TMPO-AS1+anti-miR-ctrl组比较,si-TMPO-AS1+anti-miR-340-5p组HCT116细胞RUNX1 mRNA水平、细胞活力A值、EDU阳性细胞率、迁移与侵袭细胞数、RUNX1、PCNA、MMP-2蛋白水平均显著性升高,miR-340-5p mRNA水平显著性降低(P<0.05);TMPO-AS1靶向负调控miR-340-5p表达,miR-340-5p靶向负调控RUNX1表达。结论沉默TMPO-AS1靶向上调miR-340-5p表达,从而下调RUNX1表达,抑制HCT116细胞增殖、迁移和侵袭。

CCCK-18CTRP-3miR-340-5p预测重症高血压性脑出血患者预后的价值

目的探讨CCCK-18、CTRP-3、miR-340-5p在重症高血压性脑出血患者中的表达及相关性。方法选取哈尔滨医科大学附属第一医院2019-10—2021-10收治的80例重症高血压性脑出血患者为观察组,另选取同期健康体检者80例为对照组,比较对照组与观察组血清CCCK-18、CTRP-3、miR-340-5p水平,依据mRS评分将观察组患者分为预后良好组(55例)和预后不良组(25例),比较不同预后患者一般资料及血清CCCK-18、CTRP-3、miR-340-5p水平,Logistic回归分析重症高血压性脑出血患者预后的影响因素,Pearson相关性分析CCCK-18、CTRP-3、miR-340-5p之间的相关性,ROC曲线分析血清CCCK-18、CTRP-3、miR-340-5p单独及三者联合预测高血压性脑出血预后的价值。结果观察组血清CCCK-18高于对照组,CTRP-3、miR-340-5p低于对照组(P<0.05)。预后良好组血清CCCK-18低于预后不良组,CTRP-3、miR-340-5p高于预后不良组(P<0.05)。Logistic回归分析显示,血清CCCK-18、CTRP-3、miR-340-5p均是重症高血压性脑出血患者预后的影响因素(P<0.05)。血清CCCK-18与血清CTRP-3、miR-340-5p呈负相关(r=-0.385,r=-0.406,P<0.05),三者联合检测预测患者预后的AUC值较高(P<0.05)。结论重症高血压性脑出血患者CCCK-18呈高表达,CTRP-3、miR-340-5p呈低表达,其对高血压脑出血病情判断和预后具有重要意义。

hsa-miR-204-5p对人脐静脉内皮细胞生物学行为的影响

目的:探究hsa-miR-204-5p对人血管内皮细胞活力、迁移、周期及凋亡等生物学行为的影响。方法:使用人脐静脉内皮细胞株EA.hy926构建过表达hsa-miR-204-5p(hsa-miR-204-5p mimics)模型。通过细胞划痕、Transwell、CCK-8、细胞周期和凋亡率等指标评估hsa-miR-204-5p对内皮细胞功能状态的影响。接着,使用RNA测序和RT-qPCR寻找并验证hsa-miR-204-5p的下游靶基因,将RNA测序中log2FC≤−0.5、P<0.05的基因和miRWalk数据库预测的hsa-miR-204-5p的下游靶基因取交集,并进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果:过表达hsa-miR-204-5p可以抑制EA.hy926细胞的活力和迁移能力,降低EA.hy926细胞的凋亡率,并使聚集在S期的细胞减少。富集分析结果发现hsa-miR-204-5p下游靶基因富集在MAPK信号通路,富集在此通路的基因为MAPT、PPP3R1、PRKACB、PTPRR、MAP2K4、CACNA2D2和RPS6KA6。RT-qPCR结果显示,过表达hsa-miR-204-5p后,MAPT和MAP2K4扩增结果较好且表达为下调。其中,MAPT下降趋势最明显。结论:hsamiR-204-5p可能通过抑制MAPT/MAPK信号通路而影响内皮细胞的活力、迁移和凋亡等生物学行为。

lncRNA EBLN3P调节miR-340-5p/线粒体转录因子A轴对非小细胞肺癌细胞恶性生物学行为的影响

目的:探讨长链非编码RNA EBLN3P调节微小RNA-340-5p(miR-340-5p)/线粒体转录因子A(TFAM)轴对非小细胞肺癌(NSCLC)细胞恶性生物学行为的影响及其机制。方法:使用NSCLC细胞系为研究对象。将A549细胞分为Ctrl组、si-NC组、si-EBLN3P组、si-EBLN3P+NC inhibitor组、si-EBLN3P+miR-340-5p inhibitor组,应用MTT、EdU、Transwell检测细胞增殖、迁移、侵袭;双荧光素酶报告基因实验验证EBLN3P、miR-340-5p、TFAM 3者间的靶向关系;分别检测TFAM、miR-340-5p、E-cadherin、N-cadherin蛋白表达。结果:EBLN3P在肺癌组织和细胞中表达上调;在NSCLC细胞中,TFAM表达上调,miR-340-5p表达降低。抑制EBLN3P表达可显著抑制NSCLC细胞增殖、迁移与侵袭,且E-cadherin蛋白表达上升,N-cadherin蛋白表达下降。EBLN3P、TFAM与miR-340-5p存在靶向关系。结论:EBLN3P在NSCLC组织与细胞中呈高表达,抑制EBLN3P表达可通过调节miR-340-5p/TFAM信号轴,抑制NSCLC细胞增殖、迁移与侵袭。

Hsa-miR-98-5p/DKK3信号轴对乳腺癌细胞生物学行为的影响

背景与目的:乳腺癌威胁着全世界女性的健康。虽然已发现大量微小RNA(microRNA,miRNA)在乳腺癌中异常表达,但仍需要构建一个完整的miRNA-信使RNA(messenger RNA,mRNA)网络。方法:利用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载乳腺癌相关数据集,分析肿瘤组织与正常组织之间差异表达的miRNA。利用miRDB、miRTarBase和StarBase数据库分析差异miRNA靶向的基因。使用R语言中的ClusterProfiler包对靶基因进行富集分析。使用String数据库联合Cytoscape 3.6.2软件进行蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析及Hub基因的筛选;构建miRNA-Hub mRNA调控网络确定研究信号轴,然后通过细胞实验进行验证。结果:采用TCGA数据集识别出两个差异miRNAs。3个数据库取交集预测得到278个靶基因。共鉴定出10个Hub基因,从构建的miRNA-Hub基因网络图中发现,hsa-miR-98-5p/DKK3轴可能在乳腺癌的进展中起关键作用。细胞功能学实验证实hsa-miR-98-5p可抑制细胞凋亡,促进细胞的增殖、迁移和侵袭。双荧光素酶报告基因实验进一步验证了hsa-miR-98-5p与DKK3的结合作用。结论:本研究首先通过生物信息学分析鉴定出一个与乳腺癌进展相关的hsa-miR-98-5p/DKK3轴,初步证实hsa-miR-98-5p可通过靶向DKK3抑制乳腺癌细胞凋亡,促进细胞的增殖、迁移和侵袭。

山奈酚通过上调miR-340-5p减轻脊神经结扎大鼠的神经性疼痛

目的探讨山奈酚(kaempferol,KAE)对脊神经结扎(spinal nerve ligation,SNL)大鼠神经性疼痛的作用机制。方法采用脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)诱导大鼠星形胶质细胞建立炎症模型,用山奈酚单独或与miR-340-5p抑制剂共同处理细胞,RT-qPCR检测miR-340-5p表达,ELISA检测炎症因子白细胞介素(interleukin,IL)-1β和肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)水平;荧光素酶报告基因实验验证AKT3与miR-340-5p的靶向关系;Western blotting检测自噬标志蛋白的表达。此外,建立SNL大鼠模型,山奈酚口服给药后,检测miR-340-5p表达,炎症因子以及自噬标志蛋白水平,并测定大鼠机械缩爪阈值和缩爪潜伏期。结果在LPS诱导的星形胶质细胞中,山奈酚上调miR-340-5p表达,抑制IL-1β和TNF-α分泌,转染miR-340-5p抑制剂则逆转山奈酚对miR-340-5p表达的促进作用以及对炎症因子分泌的抑制作用。AKT3被确定是miR-340-5p的靶基因。山奈酚上调miR-340-5p表达,进而阻断AKT3/mTOR信号通路,增强星形胶质细胞自噬。山奈酚给药的SNL大鼠表现出miR-340-5p表达上调,炎症因子分泌减少,自噬相关蛋白表达增加,机械缩爪阈值增加,缩爪潜伏期延长。结论山奈酚通过上调miR-340-5p靶向抑制AKT3/mTOR信号通路,抑制星形胶质细胞炎症反应,增强自噬,减轻SNL大鼠神经性疼痛。

血肿周围脑组织miR-340-5p、PDCD4表达水平与高血压性脑出血病人预后的关系

目的探讨高血压脑出血血肿周围脑组织miR-340-5p、程序性细胞死亡蛋白4(PDCD4)表达的相关性及临床意义。方法收集2016年9月至2020年9月手术切除的高血压性脑出血血肿周围脑组织217例,选择同期病理科尸检获取的正常脑组织标本50例作为对照。PCR检测脑组织miR-340-5p、PDCD4 mRNA水平。发病90 d用改良Rankin量表评分评估预后,0~2分为预后良好,3~5分为预后不良。结果217例中,预后良好148例,预后不良69例。血肿周围脑组织miR-340-5p水平明显低于对照组(P<0.05),而PDCD4 mRNA水平明显高于对照组(P<0.05)。血肿周围脑组织miR-340-5p水平与PDCD4 mRNA水平呈明显负相关(r=-0.683,P<0.05)。预后不良组血肿周围脑组织miR-340-5p水平明显低于预后良好组(P<0.05),而PDCD4 mRNA水平明显高于预后良好组(P<0.05)。多因素logistic回归分析显示,血肿周围脑组织miR-340-5p水平降低、PDCD4 mRNA水平增高是高血压性脑出血预后不良的独立危险因素(P<0.05)。ROC曲线分析显示,血肿周围脑组织miR-340-5p水平预测预后不良的最佳截断值为0.665,曲线下面积为0.808(95%置信区间0.733~0.882),灵敏度、特异度分别为70.97%、71.05%;PDCD4 mRNA的最佳截断值为1.425,曲线下面积为0.834(95%置信区间0.775~0.894),灵敏度、特异度分别为71.08%、68.35%。结论高血压性脑出血后,血肿周围脑组织miR-340-5p表达减少,可能通过负向调控PDCD4参与脑损伤病理过程。血肿周围脑组织miR-340-5p、PDCD4 mRNA表达水平对发病90 d预后评估具有一定临床价值。

miR-340-5p靶向DNMT1对高糖诱导的小鼠足细胞损伤的影响及其机制研究

目的:探讨miR-340-5p靶向DNA甲基转移酶1(DNMT1)对高糖诱导的小鼠足细胞损伤的影响和分子机制。方法:采用30 mmol/L的D-葡萄糖处理小鼠肾脏足细胞MPC5构建细胞损伤模型。将MPC5细胞分为正常对照(NG)组、高糖刺激(HG)组、HG+miR-NC组、HG+miR-340-5p组、HG+si-NC组、HG+si-DNMT1组、HG+miR-340-5p+pcDNA组和HG+miR-340-5p+pcDNA-DNMT1组。实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测miR-340-5p和DNMT1 mRNA的表达;流式细胞术检测细胞凋亡;蛋白质印记(western,Blot)检测DNMT1、肾病蛋白(nephrin)、肾小球足细胞裂隙膜蛋白(podocin)表达。双荧光素酶报告基因实验和Western Blot验证miR-340-5p对DNMT1的靶向调控关系。结果:与NG组比较,HG组MPC5细胞miR-340-5p、nephrin、podocin表达显著降低,DNMT1表达、细胞凋亡率显著升高;与HG+miR-NC组比较,HG+miR-340-5p组MPC5细胞nephrin和podocin表达显著升高,细胞凋亡率显著降低;与HG+si-NC组比较,HG+si-DNMT1组MPC5细胞nephrin、podocin和Bcl-2的表达显著升高,细胞凋亡率显著降低;与HG+miR-340-5p+pcDNA组比较,HG+miR-340-5p+pcDNA-DNMT1组MPC5细胞nephrin、podocin表达显著降低,细胞凋亡率显著升高。结论:miR-340-5p通过靶向DNMT1可抑制高糖诱导的小鼠足细胞损伤。

急性缺血性脑卒中患者血清miRNA-181c-5p,miRNA-340-5p和miRNA146a水平表达检测的诊断价值研究

目的探究急性缺血性脑卒中(acute ischemic stroke,AIS)患者血清miRNA-181c-5p,miRNA-340-5p和miRNA146a水平表达检测的诊断价值。方法选取西安医学院第一附属医院急诊科2019年5月~2020年3月收治的65例AIS患者为病例组,另选同期50例体检健康者为对照组。比较两组的糖尿病史、高血压史和高血脂史,采用实时灾光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)检测miRNA-181c-5p,miRNA-340-5p和miRNA146a的水平。采用美国国立卫生院卒中量表(NIH stroke scale,NIHSS)评估AIS患者的神经功能缺损程度。采用受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic,ROC)计算miRNA-181c-5p,miRNA-340-5p和miRNA146a的AIS诊断价值。结果两组的糖尿病史、高血压史和高血脂史比较差异无统计学意义(P>0.05)。相比于对照组,病例组血清中miRNA-181c-5p,miRNA-340-5p和miRNA146a水平均升高,其差异具有统计学意义(t=20.700,25.997,23.629,均P=0.000)。Pearson相关性分析结果显示,血清中miRNA-181c-5p,miRNA-340-5p和miRNA146a水平与NIHSS评分均呈显著正相关,其差异具有统计学意义(r=0.272,P<0.001;r=0.142,P=0.005;r=0.171,P=0.013)。miRNA-181c-5p,miRNA-340-5p和miRNA146a联合检测诊断AIS的灵敏度和特异度分别为71.2%和76.4%,高于三项单独和两两联合检测。结论miRNA-181c-5p,miRNA-340-5p和miRNA146a三者联合检测可进一步提高AIS患者的诊断率,为临床应用提供了可靠的理论基础。

长链非编码RNA X失活特异转录物调控miR-340-5p对卵巢癌细胞上皮间质转化的影响

目的探讨长链非编码RNA X失活特异转录物(lncRNA XIST)通过调控miR-340-5p对卵巢癌细胞上皮间质转化(EMT)的影响。方法实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测卵巢癌组织和细胞系中lncRNA XIST和miR-340-5p表达水平。A2780细胞分为Control组、si-NC组、si-lncRNA XIST组、si-lncRNA XIST+NC inhibitor组、si-lncRNA XIST+miR-340-5p inhibitor组。双荧光素酶实验证实lncRNA XIST和miR-340-5p的调控关系;划痕实验和Transwell法检测迁移和侵袭能力;RT-qPCR、Western blot和免疫荧光染色分析EMT标志蛋白(E-cadherin、N-cadherin、Vimentin)的mRNA和蛋白表达。结果在卵巢癌组织和细胞系中,lncRNA XIST高表达,miR-340-5p低表达(P<0.05)。选择lncRNA XIST表达最高的A2780细胞作为转染对象。lncRNA XIST能够直接靶向下调miR-340-5p表达(P<0.05)。转染si-lncRNA XIST后,lncRNA XIST水平、划痕愈合率、侵袭细胞数和N-cadherin、Vimentin表达降低,E-cadherin表达升高(P<0.05);共转染si-lncRNA XIST和miR-340-5p inhibitor后上述指标均得到逆转(P<0.05)。结论lncRNA XIST通过下调miR-340-5p促进卵巢癌细胞EMT。

Hsa-miR-486-5p的肿瘤及细胞骨架相关靶基因的预测分析

microRNAs的功能研究离不开其靶基因的预测。本文利用TargetScan预测软件预测分析hsa-miR-486-5p的肿瘤及细胞骨架相关靶基因。通过分析这些靶基因在肿瘤中的主要功能,为hsa-miR-486-5p的功能研究奠定基础,同时对其他microRNAs的功能研究提供有力的参考。

hsa-miR-21-5p靶基因预测及其在急性肾损伤中的调控机制

目的:对hsa-miR-21-5p进行靶基因预测及生物信息学分析,为验证hsa-miR-21-5p靶基因及进一步研究hsa-miR-21-5p在急性肾损伤(AKI)中的调控作用提供数据支持。方法:应用Pubmed、Google等检索工具,以miR-21和AKI为关键词,检索miR-21与AKI相关的所有文献;应用miRBase获取各物种miR-21-5p序列,分析保守性;利用miRecord数据库进行靶基因预测,选取PicTar、PITA、RNAhybrid和TargetScan预测靶基因交集和DIANA LAB-TarBase 6.0已有实验数据支持的hsa-miR-21-5p靶基因作为研究的基因集合,进行功能注释、功能富集性分析(GO-analysis)及信号转导通路富集性分析。结果:miR-21水平在AKI肾脏、血及尿中均升高。miR-21-5p在多物种间具有序列保守性。hsa-miR-21-5p预测靶基因富集于生长发育、物质代谢与合成、细胞运动、细胞周期、增殖、凋亡、分化等生物学过程及蛋白连接、转录因子活性、转移酶活性、染色质结合、核苷酸结合、核苷结合、核酸结合、转录激活活性、连接酶活性等分子功能上,存在于胞内细胞器、细胞器界膜、细胞器组分、蛋白复合体、非膜性细胞器、细胞器管腔、极性生长位点等细胞组分中。预测靶基因富集于P53、TGF-β、细胞周期、MAPK、腺癌、膀胱癌、癌症通路、小细胞肺癌、慢性粒细胞白血病、黑色素瘤、前列腺癌、脑胶质瘤、大肠癌、非小细胞肺癌、子宫内膜癌、肌萎缩性侧索硬化症共16条通路中。结论:(1)miR-21水平在AKI肾脏、血及尿中均升高,对AKI有保护作用;(2)miR-21-5p在多物种间具有高度保守性;(3)hsa-miR-21-5p参与了多种生理、病理过程;(4)hsa-miR-21-5p对多条通路具有调控作用,可能通过调节细胞凋亡、炎症反应等参与AKI病理生理过程。