hsa-miR-4444调控的SLC12A3作为肾透明细胞癌潜在治疗靶点的生物信息学分析

目的应用生物信息学技术探索肾透明细胞癌(KIRC)的发病机制,为KIRC的诊断和治疗提供生物信息学依据。方法在GEO数据库中在线分析GSE16449中KIRC组织和正常肾组织的差异表达基因(DEGs),通过GO分析、KEGG通路富集分析以及蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络筛选关键基因(Hub基因),并在GEPIA数据库对Hub基因进行验证,运用Target Scan数据库预测调控靶基因的microRNAs,并用UALCAN分析microRNAs在KIRC组织中的表达及其与KIRC患者生存预后的关系。结果共筛选出120个DEGs。GO分析表明,DEGs主要参与血管生成、骨形态发生蛋白(BMP)信号通路的调节。KEGG通路富集分析表明,DEGs显著富集于氧化磷酸化、嘧啶代谢。PPI网络筛选出10个Hub基因。GEPIA数据库验证显示SLC12A3在KIRC组织中低表达,与KIRC患者的不良预后有关。hsa-miR-4444与SLC12A3 mRNA的3’未翻译区(3’UTR)结合。与正常组织相比,hsa-miR-4444在KIRC组织中表达明显上调,与KIRC患者预后具有一定相关性。结论SLC12A3是参与KIRC发生发展的重要基因,hsa-miR-4444靶向SLC12A3可用作KIRC潜在治疗靶点及预后生物标志物。

中药单体川楝素介导hsa-circ-0025583/hsa-miR-671-5p/SYNGR2轴调控乳腺癌生长的分子机制研究

目的 探究中药单体川楝素介导的hsa-circ-0025583/hsa-miR-671-5p/SYNGR2轴调控乳腺癌生长的分子机制。方法 选取南通第三人民医院乳腺外科于2020年4月—2022年4月收治的乳腺癌患者40例为研究对象,患者均在医院进行手术,取患者乳腺癌及癌旁组织作为实验材料,采用定量荧光聚合酶链反应(quantitative polymerase chain reaction, qPCR)对其hsa-circ-0025583及SYNGR2的表达水平进行测定;取乳腺癌细胞株T47D细胞,加入不同浓度的川楝素,比较不同浓度川楝素对细胞增殖的抑制率;对所选乳腺癌细胞株系进行预处理,A组不进行特殊处理,B组中加入0.5μmol/L的川楝素,C组对乳腺癌细胞进行转染,敲除hsa-miR-671-5p,并向其中加入0.5μmol/L的川楝素,比较其hsa-circ-0025583及SYNGR2的表达水平,上述实验重复3次。结果 与正常癌旁组织相比较,乳腺癌组织中提取的hsa-circ-0025583及SYNGR2 mRNA表达水平均降低,差异有统计学意义(P<0.05)。hsa-circ-0025583及SYNGR2 mRNA在乳腺癌组织中均低表达,具有正相关性(r=0.965,P<0.05)。随着川楝素浓度的升高,乳腺癌细胞增殖的抑制率逐渐升高,且与0μmol/L浓度组比较均具有统计学意义(P<0.05)。对数据进行处理,得出乳腺癌细胞在24 h及48 h的半数抑制浓度分别为0.78μmol/L、0.49μmol/L。与A、C组相比较,B组的hsa-circ-0025583及SYNGR2 mRNA的表达水平明显升高,差异有统计学意义(P<0.05);但A、C组间比较,差异无统计学意义(P>0.05)。与A、C组相比较,B组24 h及48 h侵袭细胞数量明显降低,差异有统计学意义(P<0.05);但A、C组间侵袭细胞数量比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论 川楝素通过介导hsa-circ-0025583/hsa-miR-671-5p/SYNGR2轴调控hsa-circ-0025583及SYNGR2水平,进而影响乳腺癌细胞的增殖及侵袭能力,抑制乳腺癌细胞的生长。

Hsa-miR-650通过靶向RAC1抑制NF2阴性脑膜瘤的生长

目的本文旨在确定NF2表达阴性脑膜瘤中潜在的miRNA-mRNA轴,研究它们的靶向关系,并确定它们的生物学功能。方法从基因表达数据库(GEO)下载包含与NF2阴性脑膜瘤相关数据的GSE17792数据集。使用R软件中的limma包确定差异表达的mi RNA(De MiRNAs)。应用miRWalk 2.0数据库获取De MiRNAs的靶基因。利用相互作用基因检索工具(STRING)数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络,并通过Cytoscape软件确定核心基因。对筛选出的miRNA进一步验证其表达和生物学作用。结果在NF2阴性脑膜瘤肿瘤样本与蛛网膜组织对照组比较中发现了86个差异mi RNA,其中包括52个上调的mi RNAs和34个下调的miRNAs。在这些差异miRNA中鉴定出与274个靶基因相关的14个mi RNAs,并基于这些数据构建miRNA-靶基因网络。通过cyto Hubba分析显示,在PPI网络中有两个mi RNAs(hsa-miR-650和hsa-miR-623)位于前20个关键核心基因之中。进一步的定量逆转录PCR(q RT-PCR)实验证实,相对于正常脑组织,hsa-miR-650在NF2阴性脑膜瘤中的表达显著增高。下调hsa-miR-650抑制了NF2阴性脑膜瘤细胞的增殖并诱导细胞凋亡。最后,确定RAC1是hsa-miR-650的靶基因。结论Hsa-miR-650作为肿瘤促进剂,可能作为治疗NF2阴性脑膜瘤患者的治疗靶点。

hsa-miR-22-3p靶基因预测及功能分析

本研究旨在通过生物信息学分析,预测和验证hsa-miR-22-3p的靶基因,并探讨其在不同物种、组织和信号通路中的功能。方法 本研究利用了多种在线数据库和软件,如miRBase、ClustalOmega、Cytoscape3.6.1等,进行了对不同物种间的miR-22-3p保守性分析。预测hsa-miR-22-3p的靶基因,绘制Venn图,得到交集靶基因集合。对交集靶基因进行GO功能注释和KEGG Pathway富集分析,探索其在生物过程和信号通路中的作用。预测交集靶基因编码蛋白质之间的相互作用关系,构建蛋白蛋白互作网络图谱,筛选出核心基因。结果 miR-22-3p是一种在多种生物中高度保守的miRNA,与心肌细胞分化和心血管疾病密切相关。hsa-miR-22-3p的36个交集靶基因在肿瘤、淋巴和腹腔等组织中表达较高,参与了组蛋白修饰、染色质重构、低氧应答等276个生物学过程,在乳腺癌、雌激素、FoxO、破骨细胞分化、肿瘤、PI3KAkt等8个信号通路中显著富集。hsa-miR-22-3p的10个核心基因ESR1、SIRT1、PTEN、CREB1、SP1、HDAC4、MECP2、YWHAZ、MAPK14、SNAI1在多种疾病中发挥重要作用,如肿瘤、糖尿病、神经退行性疾病、炎症、衰老、心肌肥厚、心肌缺血再灌注、心房纤维化、动脉粥样硬化等。结论 本研究为hsa-miR-22-3p在肿瘤、心血管等多种疾病中的关键调控机制提供了新的理解,也为肿瘤、心血管等疾病的早期诊疗提供了新的思路。

hsa-miR-204-5p对人脐静脉内皮细胞生物学行为的影响

目的:探究hsa-miR-204-5p对人血管内皮细胞活力、迁移、周期及凋亡等生物学行为的影响。方法:使用人脐静脉内皮细胞株EA.hy926构建过表达hsa-miR-204-5p(hsa-miR-204-5p mimics)模型。通过细胞划痕、Transwell、CCK-8、细胞周期和凋亡率等指标评估hsa-miR-204-5p对内皮细胞功能状态的影响。接着,使用RNA测序和RT-qPCR寻找并验证hsa-miR-204-5p的下游靶基因,将RNA测序中log2FC≤−0.5、P<0.05的基因和miRWalk数据库预测的hsa-miR-204-5p的下游靶基因取交集,并进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果:过表达hsa-miR-204-5p可以抑制EA.hy926细胞的活力和迁移能力,降低EA.hy926细胞的凋亡率,并使聚集在S期的细胞减少。富集分析结果发现hsa-miR-204-5p下游靶基因富集在MAPK信号通路,富集在此通路的基因为MAPT、PPP3R1、PRKACB、PTPRR、MAP2K4、CACNA2D2和RPS6KA6。RT-qPCR结果显示,过表达hsa-miR-204-5p后,MAPT和MAP2K4扩增结果较好且表达为下调。其中,MAPT下降趋势最明显。结论:hsamiR-204-5p可能通过抑制MAPT/MAPK信号通路而影响内皮细胞的活力、迁移和凋亡等生物学行为。

肿瘤相关成纤维细胞上调hsa-miR-18b-5p靶向FBXL3促进前列腺癌的增殖及转移

目的探讨受肿瘤相关成纤维细胞(CAFs)调控的hsa-miR-18b-5p在前列腺癌(PCa)中的表达水平及作用,并研究对其在PCa发生发展过程中的分子机制。方法利用生物信息学技术分析在PCa中高表达的miRNA,构建肿瘤相关成纤维细胞并与PCa细胞系共培养,验证CAFs对PCa细胞增殖和迁移的影响及对hsa-miR-18b-5p的调控作用;RT-qPCR验证20例患者癌组织及癌旁正常组织、前列腺正常上皮增生细胞及PCa各细胞系中hsa-miR-18b-5p的表达水平;通过脂质体法将阴性对照及hsamiR-18b-5p抑制物分别转染入PCa细胞C4-2、LNCAP中,分为NC inhibitor组和hsa-miR-18b-5p inhibitor组;采用细胞集落形成、CCK-8实验、划痕愈合、Transwell、IC_(50)实验、流式细胞术分别检测C4-2、LNCAP细胞增殖、迁移、侵袭、耐药能力、凋亡和周期;建立PCa裸鼠移植瘤模型,定期测量移植瘤的质量和体积,Kaplan-Meier生存曲线分析裸鼠生存情况;利用靶基因预测分析网站(Targetscan、Mirtarbase、miRDB、miRDIP)预测has-miR-18b-5p的靶基因,并通过双荧光素酶报告基因分析验证hsa-miR-18b-5p与靶基因的靶向关系,RT-qPCR、Western blotting检测各组细胞靶基因的表达水平。结果生物信息学分析结果显示,在PCa中高表达的miRNA有17个,结合差异表达程度以及相关文献筛选出拟研究的基因:miR-148a、miR-17、miR-18b-5p、miR-770、miR-297-3p。CAFs与PCa细胞系共培养后hsa-miR-18b-5p的表达水平升高(P<0.01),且促进PCa细胞的增殖与迁移(P<0.01),敲除has-miR-18b-5p可抵消CAFs对PCa细胞增殖及迁移的影响,确定has-miR-18b-5p为研究基因。与正常前列腺上皮细胞或肿瘤旁组织相比,PCa细胞或肿瘤组织中hsa-miR-18b-5p的表达升高(P<0.05);敲除hsa-miR-18b-5p可抑制C4-2、LNCAP细胞的增殖、迁移、侵袭以及耐药(P<0.05);敲除hsa-miR-18b-5p可抑制裸鼠移植瘤质量和体积的增长,增加裸鼠的生存时间(P<0.05)。靶基因预测分析网站显示,FBXL3是hsa-miR-18b-5p的一个潜在作用靶点,双荧光素酶报告基因证实has-miR-18b-5p与FBXL3基因间存在结合位点,且敲除hsa-miR-18b-5p可增加C4-2、LNCAP细胞中FBXL3的蛋白表达(P<0.05)。结论CAFs上调前列腺癌细胞hsa-miR-18b-5p的表达水平,后者可能通过靶向调控FBXL3基因的表达促进PCa细胞的增殖和转移。

hsa-miR-449a靶基因预测及生物信息学分析

目的:利用多种生物信息学数据库对hsa-miR-449a的靶基因及其生物学功能进行预测,为将来深入探索hsa-miR-449a的生物学功能及其对相关疾病的作用机制提供理论依据。方法:分析hsa-miR-449a在不同物种间的保守性及其在不同疾病中的表达情况;运用4个常用的在线数据库(mirDIP、TargetScan、miRDB、miRWalk)预测hsa-miR-449a的靶基因并取其交集,随后对其交集靶基因进行PPI网络构建、GO分析和KEGG Pathway分析。结果:hsa-miR-449a序列在10个物种间高度保守,并且在乳腺癌、卵巢癌、肺癌、子宫癌等疾病中表达明显增高;4个miRNA靶基因预测数据库取交集后共得到386个靶基因,它们广泛存在于染色质、突触、核浆、胞质等细胞组分中,主要参与调控RNA聚合酶Ⅱ启动子转录、细胞周期、信号转导等生物学过程,涉及P53、TGF-β、HIF-1、MAPK等信号通路,以及细胞衰老、胰岛素的分泌、甲状旁腺激素和醛固酮合成与分泌及神经系统的发育、肿瘤等疾病相关通路。结论:hsa-miR-449a广泛参与了细胞增殖与衰老等生命活动,以及癌症、心血管及神经系统疾病的发生发展过程。

hsa-miR-181a-5p靶基因预测及生物信息学分析

目的对hsa-miR-181a-5p进行系统的生物信息学分析,预测hsa-miR-181a-5p的靶基因、基因功能及信号通路,并对其进行生物学功能注释。方法利用数据库对hsa-miR-181a-5p基因定位,分析其序列保守性和在人类组织器官中的表达情况;利用数据库进行靶基因预测分析;并将预测交集靶基因进行GO功能分析及KEGG通路富集分析和蛋白间相互作用(PPI)网络分析;最后利用A549细胞进行hsa-miR-181a-5p转染实验,进行转录组测序同步验证生物信息学预测结果。结果发现基因定位于人类基因组chr1、chr9染色体,成熟序列在物种间具有高度保守性。3个数据库交集靶基因有483个,包含PTEN、MAPK8、AKT3等基因,其分布在胞浆等细胞组分,执行蛋白质结合等生物功能,并参与信号转导等生物学过程。靶基因富集于MAPK、PI3K-Akt、胰岛素抵抗、癌症中的miRNA等信号通路,其编码的蛋白间形成复杂网络图。实验后转录组测序结果验证了生信分析的准确性,对预测及富集结果提供了有力支撑。结论hsa-miR-181a-5p在多种生物学过程发挥重要作用,尤其是在神经系统疾病、血液免疫系统疾病以及癌症的发生发展中其将成为相关疾病发生机制和防治研究的新靶点。

hsa-miR-340-5p靶基因预测及生物信息学分析

目的 通过对hsa-miR-340-5p的靶基因进行预测和生物信息学分析,探讨其靶基因所发挥的生物学功能及参与的信号传导通路。方法 应用RNAcentral和miRBase数据库在线对比分析miR-340-5p序列在不同物种之间的保守性。运用在线数据库DIANA-microT、Target Scan、miRWalk和miRDB分别预测hsa-miR-340-5p的靶基因,随后使用Venny2.1绘制韦恩图得到交集靶基因的集合,并对其交集靶基因的集合进行基因本体论(GO)功能注释分析、京都基因与基因组百科全书信号通路(KEGG Pathway)富集分析、蛋白互作(PPI)网络构建及关键(hub)基因筛选。结果 通过对比序列分析发现,miR-340-5p的成熟碱基序列在8个不同的物种中高度保守。采用4个miRNA靶基因在线数据库预测后,发现与hsa-miR-340-5p存在结合位点的交集靶基因集合共有92个,占其预测靶基因总和的1.9%。GO功能注释分析发现,hsa-miR-340-5p交集靶基因集合主要富集在核质、黏着斑、细胞间连接等细胞组分,同时,还参与了RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录和蛋白质结合等多种生物学过程和分子功能。KEGG Pathway富集分析发现,hsa-miR-340-5p所结合的交集靶基因集合主要富集在癌症中的蛋白多糖、癌症通路、人类嗜T细胞病毒Ⅰ型(HTLV-I)感染等7个信号通路中。基于hsa-miR-340-5p交集靶基因集合的PPI网络构建,筛选出了度(degree)值前10位的hub基因,分别是:母体抗生物皮肤生长因子同源物(SMAD)2、无翅型MMTV整合位点家族成员(WNT)3、激活素A的1C型受体(ACVR1C)、F-框蛋白(FBXO)30、重组人缺陷于清选蛋白neddylation蛋白1域含1(DCUN1D1)、PH结构域相互作用蛋白(PHIP)、CUB和Sushi多结构域(CSMD)3、分拣连接蛋白(SNX)9、人免疫缺陷病毒Ⅰ增强子结合蛋白(HIVEP)2、RWD结构域蛋白(RWDD)2A。结论 hsa-miR-340-5p调控的靶基因参与了癌症、炎症等疾病的多种生物学过程。

Hsa-miR-148a-3p通过下调DUSP1基因促进乳腺癌细胞的恶性行为

目的通过生信分析结合体内外实验验证Hsa-miR-148a-3p调控双特异性磷酸酶1(DUSP1)对乳腺癌细胞生物学行为的影响。方法TCGA数据库下载数据并鉴定差异微小RNA(miRNA)和信使RNA(mRNA);数据库筛选差异miRNA靶基因;String和Cytoscape构建蛋白质互作网络及筛选TOP10 hub基因;TCGA数据库验证TOP10hub基因的表达;Cytoscape构建miRNA-TOP10hub基因网络。定量逆转录PCR(RT-qPCR)实验检测Hsa-miR-148a-3p和DUSP1在人乳腺癌组织和细胞中的表达。采用Hsa-miR-148a-3p mimic、Hsa-miR-148a-3p inhibitor及对照NC转染MCF-7细胞。分为NC组,NC mimics组,HsamiR-148a-3p mimics组,NC inhibitor组,Hsa-miR-148a-3p inhibitor组;荧光素酶报告基因实验验证Hsa-miR-148a-3p和DUSP1的结合;CCK-8,划痕实验,Transwell和细胞凋亡实验验证Hsa-miR-148a-3p对乳腺癌细胞增殖,迁移,侵袭和凋亡的影响。建立裸鼠成瘤模型,测量小鼠肿瘤质量和体积;Kaplan-Meier生存曲线分析小鼠生存情况;免疫组化检测DUSP1的表达水平。结果获得乳腺癌差异miRNA 54个(8个下调,46个上调),差异mRNA799个(509个下调,290个上调);54个差异miRNA预测靶基因3716个,与差异mRNA取交集,得到150个交集基因;蛋白-蛋白互作网络图中的TOP10hub基因为MET,LPAR1,LAMC1,FOS,EGFR,PIK3R1,DUSP1,GNAI1,LAMA4,NR3C1,这些基因在乳腺癌组织中均显著下调;双荧光素酶报告基因实验证实Hsa-miR-148a-3p能与DUSP1结合;RT-qPCR结果表明,Hsa-miR-148a-3p在乳腺癌组织和细胞中显著上调(P<0.01),而DUSP1则显著下调(P<0.01)。细胞实验结果表明,Hsa-miR-148a-3p促进乳腺癌细胞增殖,迁移和侵袭,抑制细胞的凋亡(P<0.01)。动物实验结果表明,Hsa-miR-148a-3p促进小鼠体内肿瘤质量和体积的增长(P<0.01),缩短小鼠的存活时间(P<0.01),免疫组化结果显示,Hsa-miR-148a-3p抑制DUSP1的表达水平(P<0.01)。结论Hsa-miR-148a-3p通过抑制DUSP1的表达而作为癌基因发挥作用,这有助于开发针对乳腺癌的新型治疗靶点。

微小RNA hsa-miR-93靶向STAT3提高鼻咽癌对放疗敏感性的机制研究

目的研究hsa-miR-93在鼻咽癌放疗抗拒过程中的作用及分子机制。方法以人鼻咽癌细胞株CNE-1、CNE-2、CNE-2R、HONE1、C666.1以及鼻咽上皮永生细胞NP460为研究对象,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)法检测各组细胞经放疗后hsa-miR-93的表达;采用Western blot法检测各组细胞经放疗后STAT3蛋白的表达;通过miRWalk软件和RNAHybrid软件预测hsa-miR-93和STAT3的结合作用及结合位点;通过双荧光素酶报告基因法检测hsa-miR-93对STAT3靶向结合情况;瞬时转染小分子模拟物或抑制剂调控hsa-miR-93的表达后,采用qRT-PCR和Western blot法检测STAT3的表达;转染siSTAT3沉默STAT3的表达后,通过细胞集落形成实验检测鼻咽癌细胞经放疗后的集落形成能力。结果与CNE-1、CNE-2细胞(相对放疗敏感)相比,hsa-miR-93在HONE1、CNE-2R细胞(相对放疗抗拒)中表达降低(P<0.001),且各组鼻咽癌细胞经放疗后hsa-miR-93的表达呈剂量及时间依赖性降低(P<0.05);与CNE-1、CNE-2细胞相比,STAT3在HONE1、CNE-2R细胞中表达升高,且各组鼻咽癌细胞经放疗后表达呈剂量及时间依赖性升高;经预测,hsa-miR-93可直接靶向结合STAT3。过表达hsa-miR-93可以在mRNA以及蛋白水平上显著抑制STAT3的表达(P<0.05),而抑制hsa-miR-93的表达可以显著上调STAT3的表达(P<0.05);过表达hsa-miR-93或沉默STAT3均使鼻咽癌细胞的集落形成显著减少(P<0.001);抑制hsa-miR-93减弱了鼻咽癌对放疗的敏感性,而同时抑制hsa-miR-93和STAT3后,可提高鼻咽癌对放疗的敏感性。结论hsa-miR-93可能通过靶向STAT3提高鼻咽癌对放疗的敏感性。

血清hsa-miR-34a-3p及hsa-miR-206表达对妊娠合并甲减患者子代心肌损害的预测研究

目的探讨血清hsa-miR-34a-3p及hsa-miR-206表达对妊娠合并甲状腺功能减退(简称甲减)患者子代心肌损害的预测价值。方法选取2019年8月至2021年8月宜宾市第二人民医院收治的妊娠合并甲减患者248例作为观察组,另选取同期健康体检孕妇236例为对照组,均采用实时荧光定量聚合酶链反应法检测血清hsa-miR-34a-3p及hsa-miR-206表达情况并进行比较;随访至妊娠结束,观察并比较两组子代心肌损害发生情况;观察组根据子代是否发生心肌损害将妊娠合并甲减患者进一步分为发生组和未发生组,比较此两组血清hsa-miR-34a-3p、hsa-miR-206水平;采用多因素Logistic回归分析法分析妊娠合并甲减患者子代心肌损害的影响因素,受试者工作特征(ROC)曲线分析各血清指标单项及联合对妊娠合并甲减患者子代心肌损害的预测价值。结果观察组血清hsa-miR-34a-3p、hsa-miR-206水平高于对照组(P<0.05);随访至妊娠结束,观察组子代心肌损害的发生率为20.97%(52/248),对照组子代心肌损害的发生率为1.69%(4/236);发生组血清hsa-miR-34a-3p、hsa-miR-206水平高于未发生组(P<0.05);多因素Logistic回归分析显示血清hsa-miR-34a-3p、hsa-miR-206、促甲状腺激素(TSH)、游离三碘甲状腺原氨酸(FT3)、游离甲状腺素(FT4)、总三碘甲状腺原氨酸(TT3)、总甲状腺素(TT4)均是影响妊娠合并甲减患者子代心肌损害的影响因素(P<0.05);ROC曲线分析显示,hsa-miR-34a-3p、hsa-miR-206联合预测妊娠合并甲减患者子代心肌损害的灵敏度均高于单独预测(P<0.05),曲线下面积(AUC)也高于单独预测(P<0.05),特异度与单独预测比较差异无统计学意义(P>0.05)。结论妊娠合并甲减患者血清hsa-miR-34a-3p、hsa-miR-206水平异常升高,此可能会增加子代心肌损害发生风险,且二者对妊娠合并甲减患者子代心肌损害具有一定的预测价值。

hsa-miR-423-5p激活IL1R1基因在冠心病中的作用机制

目的:通过人群表达水平及转录组测序分析hsa-miR-423-5p靶向目标基因在冠心病(CHD)中的作用机制。方法:选取广西医科大学第一附属医院收治的151例CHD患者(CHD组),同期选择健康体检者作为健康对照组。通过实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测外周血白细胞中hsa-miR-423-5p表达水平,通过Spearman相关分析对hsa-miR-423-5p与各临床指标的相关关系进行分析。在EA.hy 926细胞中过表达hsa-miR-423-5p后进行hsa-miR-423-5p的亚细胞定位实验及转录组测序。针对测序结果预测hsa-miR-423-5p的潜在靶基因,对其进行RT-qPCR实验验证并分析目标基因与hsa-miR-423-5p表达水平及各临床指标之间的相关关系。结果:CHD组外周血白细胞中hsa-miR-423-5p的表达水平显著低于健康对照组(P<0.05)。hsamiR-423-5p的表达量与总胆固醇(TC)呈负相关关系,与高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)呈正相关关系(P<0.05)。在EA.hy926细胞中过表达hsa-miR-423-5p,亚细胞定位实验显示hsa-miR-423-5p主要存在于细胞核内。转录组测序结果经过分析验证后,发现过表达hsa-miR-423-5p后可上调IL1R1表达。CHD组中IL1R1的表达水平低于健康对照组(P<0.01),IL1R1表达水平与hsa-miR-423-5p表达水平、HDL-C均呈正相关关系(P<0.01)。结论:hsa-miR-423-5p及IL1R1在CHD患者中呈低表达且与TC和HDL-C相关;hsa-miR-423-5p在内皮细胞上调IL1R1的表达进而影响血脂水平,提示hsa-miR-423-5p可能通过调控IL1R1基因影响脂质代谢及内皮细胞功能从而参与CHD的进展。

过表达Hsa-miR-133a-2对宫颈癌细胞增殖与侵袭的影响

目的 探究hsa-mir-133a-2对宫颈癌细胞表型的影响及其在宫颈癌细胞增殖与侵袭中的潜在分子机制。方法 通过癌症基因组图谱-宫颈鳞癌和腺癌(The Cancer Genome Atlas-Cervical squamous cell carcinoma and endocervical adenocarcinoma, TCGA-CESC)验证宫颈癌组织和癌旁组织中hsa-mir-133a-2的表达情况;对TCGA-CESC中提取的307例高表达和低表达hsa-mir-133a-2的宫颈癌患者的临床信息进行K-M生存分析以评估其预后价值;采用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)技术对正常宫颈细胞和宫颈癌细胞中hsa-mir-133a-2的表达进一步检测;采用细胞计数试剂盒-8(CKK8)和transwell法检测hsa-mir-133a-2对宫颈癌细胞增殖和侵袭的影响。结果 与宫颈癌癌旁组织细胞和正常宫颈细胞相比,hsa-mir-133a-2在宫颈癌细胞中表达水平均显著下调(P<0.05);K-M生存分析结果表明,高表达hsa-mir-133a-2的宫颈癌患者具有相对较长的总生存期(P<0.05);hsa-mir-133a-2模拟处理导致宫颈癌细胞的活力和侵袭能力降低,而hsa-mir-133a-2抑制剂处理的宫颈癌细胞的活力和侵袭能力均显著提高。结论 hsa-mir-133a-2可以抑制宫颈癌细胞的增殖与侵袭,为宫颈癌的临床治疗提供新的策略。

胃癌耐药相关hsa-miR-194-5p的靶基因预测及生物信息学分析

目的:研究胃癌耐药相关hsa-miR-194-5p的靶基因,并分析其参与的生物学过程和信号转导通路,为胃癌耐药机制的表观遗传学研究提供前期基础.方法:通过NCBI数据库检索hsa-miR-194-5p的基本信息;使用预测数据库预测hsa-miR-194-5p的靶基因;使用DAVID数据库对靶基因集合进行功能富集分析(GO)和信号转导通路富集分析(KEGG).结果:成熟的miR-194-5p序列多个物种之间具有高度保守性.预测靶基因共325个,参与的生物学过程主要有Golgi组织和细胞对DNA损伤刺激的反应(P<0.01),分子功能包括泛素蛋白连接酶结合和泛素介导的蛋白水解(P<0.01),细胞组分富集在细胞核和细胞表面,调控包括TGF-β和WNT等多条信号转导通路(P<0.01).结论:miR-194-5p的靶基因SMURF1、RAC1、MAPK1与胃癌细胞的增殖密切相关.

hsa-miR-767通过调控IGF1基因对乳腺癌细胞生物学行为的影响

目的:探讨hsa-miR-767调控IGF1对人乳腺癌细胞生物学行为的影响。方法:利用生信数据分析乳腺癌的差异基因,并构建miRNA-mRNA网络,筛选hsa-miR-767/IGF1信号轴进行验证。建立hsa-miR-767过表达和敲除MCF7细胞株,RT-qPCR验证hsa-miR-767的表达,双荧光素酶报告基因实验检测hsa-miR-767和IGF1的结合,CCK-8实验、划痕实验、Transwell实验和流式细胞术检测乳腺癌细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡能力。结果:识别出26个差异miRNA(DEMs)和1108个差异基因(DEGs)。预测获得靶基因254个,靶基因与测序DEGs取交集得到73个mRNA。鉴定出10个hub基因(IGF1、NTRK2、CEBPA、FOS、KLF4、GABRA1、NRG1、LPL、GABBR2、ANGPT1),其中IGF1所连接的基因较多,说明其在乳腺癌中较为重要。miRNA-mRNA网络图中发现hsa-miR-767/IGF1轴可能在乳腺癌中起关键作用。细胞实验证实hsa-miR-767表达水平在乳腺癌中上调(P<0.05),其能靶向结合IGF1;hsa-miR-767还可促进乳腺癌细胞的增殖、迁移和侵袭,抑制细胞的凋亡(P<0.05)。结论:hsa-miR-767可促进乳腺癌细胞的增殖、迁移和侵袭,抑制细胞凋亡,且可与IGF1结合。

hsa-miR-877-3p通过靶向MCM10调控卵巢癌细胞迁移和活性氧产生

目的探讨has-miR-877-3p调控卵巢癌细胞迁移和活性氧(ROS)产生的作用机制。方法运用生物信息学分析hsa-miR-877-3p在卵巢癌组织中表达,RT-qPCR检测卵巢癌细胞株中hsa-miR-877-3p表达。构建hsa-miR-877-3p过表达及抑制SKOV3细胞,RNA干扰技术敲低SKOV3细胞中MCM10基因,划痕实验及流式细胞术分别检测细胞迁移、ROS水平。结果hsa-miR-877-3p在卵巢癌中表达低于正常组织(P<0.01),其在卵巢癌细胞株SKOV3、A2780、A1847和8910中表达也降低(P<0.01)。hsa-miR-877-3p过表达抑制SKOV3细胞迁移、增加ROS水平(P<0.01),而抑制hsa-miR-877-3p表达增加SKOV3细胞迁移(P<0.01)。MCM10基因沉默抑制SKOV3细胞迁移、促进ROS表达(P<0.01)。结论hsa-miR-877-3p可以通过调控MCM10基因抑制SKOV3细胞迁移并提高其活性氧水平。

MS相关的hsa-miR-17-5p靶基因预测和关键基因筛选

目的对人类miR-17-5p(hsa-miR-17-5p)靶基因预测和富集分析,并结合基因的差异表达寻找多发性硬化症的生物学标志物。方法利用生物信息学方法,预测hsa-miR-17-5p靶基因,对预测结果进行基因本体数据库(Gene Ontology,GO)、京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genome,KEGG)富集分析,并构建蛋白质互作网络图(Protein-Protein Interaction Networks,PPI)。再结合多发性硬化症患者和健康对照组的差异表达基因,进一步筛选出hsa-miR-17-5p对多发性硬化症影响的关键基因。最后,利用RNA22 v2验证关键基因是否存在结合位点。结果不同网站预测后,取交集获取376个公共靶基因,这些靶基因有复杂的相互作用,主要存在于胞浆与核质,参与多种转录调控和蛋白质磷酸化等生物学过程,同时也与癌症、病毒感染和免疫系统等信号通路相关;靶基因和多发性硬化症患者的相对下调基因有三个共同基因PDLIM5、KCNB1、BTBD7。进一步验证上述关键基因结合位点,发现仅有PDLIM5存在P值小于0.05的结合位点。结论hsa-miR-17-5p靶基因参与多种生物学过程,而且PDLIM5、KCNB1、BTBD7基因很可能是hsa-miR-17-5p对多发性硬化症产生影响的重要桥梁,其中PDLIM5尤为重要。

外泌体hsa-miR-522-3p通过调节CDK6参与卵巢癌进程

目的:探讨外泌体hsa-miR-522-3p在卵巢癌发生发展中的作用及其潜在机制。方法:采用荧光实时定量PCR检测hsa-miR-522-3p在组织和细胞中的表达水平。使用EdU、Transwell和流式细胞术检测外泌体hsa-miR-522-3p对卵巢癌细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡的影响。通过荧光素酶测定和蛋白质印迹评估hsa-miR-522-3p对CDK6表达的调控作用。进一步构建裸鼠成瘤模型验证外泌体hsa-miR-522-3p对肿瘤生长的影响。结果:本研究发现hsa-miR-522-3p在卵巢癌组织、血浆外泌体及卵巢癌细胞的外泌体中表达显著升高。与NC组比较,hsa-miR-522-3p模拟物组细胞的迁移和侵袭能力显著增高且差异具有统计学意义(P<0.05)。此外,hsa-miR-522-3p抑制剂组可以促进caspase3和Bax的表达并抑制Bcl2的表达。荧光素酶报告结果显示,hsa-miR-522-3p能够靶向结合CDK6的3′-非翻译区(3′-UTR)来抑制其表达。裸鼠成瘤结果表明,外泌体hsa-miR-522-3p可增加瘤的体积及重量。结论:外泌体hsa-miR-522-3p通过调节CDK6参与卵巢癌的进程。本研究的发现将为外泌体hsa-miR-522-3p在卵巢癌发生中的机制提供新的见解。

肝癌病人血清中长链非编码RNA BSN-AS2、hsa-miR-4782-3p表达水平及其临床诊断价值分析

目的检测肝癌病人血清中长链非编码RNA BSN-AS2(lncRNA BSN-AS2)、hsa-miR-4782-3p表达水平,并分析两者在肝癌中的临床诊断价值。方法选取2018年3月~2020年3月在我院诊治的肝癌病人100例为研究组,另取同期体检健康者90例为对照组。采用实时定量聚合酶链式反应法(qRT-PCR)检测病人血清中lncRNA BSN-AS2、hsa-miR-4782-3p的表达水平;采用Spearman等级相关分析血清中lncRNA BSN-AS2与hsa-miR-4782-3p表达的相关性,同时分析二者与临床病理特征的关系;受试者工作特征(ROC)曲线分析血清lncRNA BSN-AS2、hsa-miR-4782-3p表达水平对肝癌的诊断效能。结果研究组血清lncRNA BSN-AS2的表达水平为(2.02±0.59),显著高于对照组的(1.05±0.25),研究组血清hsa-miR-4782-3p的表达水平为(0.69±0.15),低于对照组的(1.08±0.29),两组比较差异有统计学意义(P<0.05)。血清lncRNA BSN-AS2、hsa-miR-4782-3p表达水平与TNM分期、分化程度、甲胎蛋白(AFP)有关(P<0.05)。Spearman等级相关分析显示,肝癌病人血清lncRNA BSN-AS2与hsa-miR-4782-3p表达呈负相关(r=-0.536,P<0.05)。血清lncRNA BSN-AS2、hsa-miR-4782-3单独及联合诊断肝癌的AUC分别是0.890、0.856和0.937,灵敏度分别为87.00%、93.00%和86.00%,特异度分别为78.89%、70.00%和92.22%;二者联合优于lncRNA BSN-AS2、hsa-miR-4782-3p各自单独预测(Z^(二者联合-lncRNA BSN-AS)=2.481、P=0.013,Z_(二者联合-hsa-miR-4782-3P)=3.503,P=0.001)。结论肝癌病人血清lncRNA BSN-AS2表达水平显著升高,hsa-miR-4782-3p水平显著降低,可作为诊断肝癌的潜在分子标志物。