SOX13基因来源环状RNA hsacirc0004777的特征分析及功能预测

目的探索SOX13基因来源的环状RNA hsairc004777的特征分析及功能预测。方法探究了hsairc004777的基本特征, 包括验证反向剪接位点, RNase R消化实验, 细胞内RNA的胞质胞核分布, 蛋白翻译潜能的预测。此外, 使用生物信息学方法, 预测hsairc004777结合的微小RNA(microRNA, miRNA)以及miRNA的靶基因, 并且构建了circRNA-miRNA-mRNA的网络图。再对预测到的miRNA的靶基因进行基因本体论(gene ontology, GO)功能富集分析和信号通路富集分析。结果 hsairc004777的形成是由SOX13基因第4号外显子反向剪接至第2号外显子, hsairc004777能抵抗RNase R处理, 主要分布在细胞质。生信预测hsairc004777通过作为hsa-miR-1225-3p、hsa-miR-637、hsa-miR-139-5p、hsa-miR-145-5p、hsa-miR-384、hsa-miR-660-5p、hsa-miR-942-5p、hsa-miR-331-3p这8个miRNA的海绵来发挥作用;hsairc004777潜在结合的8个miRNA的靶基因在对聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、DNA模板、骨骼肌细胞分化等生物过程显著富集。结论成功探索了SOX13基因来源的环状RNA hsairc004777的特征, 并且从circRNA-miRNA-mRNA网络图中预测了它的功能, 为进一步研究hsairc004777奠定了基础, 也为更深入研究SOX13提供了思路。