人恶性胸膜间皮瘤DNA从头测序及基因突变分析

通过DNA从头测序分析人胸膜间皮瘤发生的高关联度突变基因。提取恶性胸膜间皮瘤(MPM)组织和正常胸膜组织DNA,构建基因文库,用Illumina HiSeqX Ten PE 150平台测序,将测序结果与人类基因组数据库的参考序列进行比对、注释,并对测序结果进行过滤、错误率分布检查、GC含量分布检查分析。MPM组织DNA平均过滤37829946 bp,错误率小于0.12%,GC含量占41.17%,而正常胸膜组织DNA平均过滤39089681 bp,错误率小于0.1%,GC含量占41.7%,两者测序质量均在Q 30(≥80%)以上,MPM为87.43%,正常胸膜为88.36%。以上高质量测序数据通过BWA比对到参考基因组(GRCh 37/hg 19),得到最初比对序列,利用重复标记后的比对序列进行覆盖度、深度等统计,覆盖深度达到10 X以上该突变位点可信。结果显示,实验病例XL14覆盖深度达到10 X的占98.59%,覆盖率达到99.83%;对照病例Z5占98.50%,覆盖率达到99.79%。对该序列进行基因注释分析,发现一系列单核苷酸多态性、基因插入缺失、基因结构变异、基因拷贝数变异,筛选出总变异位点数29277个,可能致病的变异位点数22个,致病性的变异位点数5个,不确定变异有害性的位点数为3353个,其余变异位点均为良性。进一步对突变基因进行富集、关联性分析,预测出突变基因TXNDC2与人胸膜间皮瘤的发生高度相关,相关系数达到0.8以上;突变基因PIEN、ABCC1、UGT1A7、UGT1A3、UGT1A4、UGT1A9、ALDH3B1、UGT1A5等与人胸膜间皮瘤有一定关联性,关联度在0~0.2之间。基因TXNDC2、PIEN、ABCC1、UGT1A7、UGT1A3、UGT1A4、UGT1A9、ALDH3B1、UGT1A5的变异可能与人胸膜间皮瘤的发生发展有关。本实验为人胸膜间皮瘤分子诊断提供了参考。

人胸膜间皮瘤ALDH3B1基因序列分析

通过人胸膜间皮瘤DNA从头测序,发现ALDH3B1基因突变与人胸膜间皮瘤发生发展有一定的关联。通过PCR扩增,得到52例人胸膜间皮瘤、11例人非胸膜间皮瘤样本的ALDH3B1基因片段,利用一代测序技术对人胸膜间皮瘤ALDH3B1基因突变进行验证。ALDH3B1基因片段系列比对结果显示:①与非胸膜间皮瘤患者相比,人胸膜间皮瘤患者ALDH3B1基因突变位点较多,有9个基因替换位点,一个基因颠换位点,3个基因片段严重缺失。②突变率较高的位点有:67789454 bp位点的碱基发生G-A替换,突变率为12.96%;67789380 bp位点的碱基发生G-A替换,突变率为9.43%;67789589 bp位点的碱基发生G-A替换,突变率为7.69%;67789407 bp位点的碱基发生C-T替换,突变率为7.55%。③突变位点较多的病例是XL1、XL36、XL47和XLZCH,它们各有四个突变位点;Z17例非胸膜间皮瘤患者有三个突变位点,且有基因片段严重缺失。④XL44ZL与XL44是同一病例的癌旁组织与癌组织,它们在67789454 bp位点的碱基发生发了G-A替换,其他突变未发生。⑤考查位点67789292 bp没有发生基因突变。结果表明,人胸膜间皮瘤的发生发展与ALDH3B1基因突变有关,但ALDH3B1基因是否能充当人胸膜间皮瘤的生物标志物仍需进一步扩大样本验证。

温热联合细胞周期特异性药物对恶性胸膜间皮瘤细胞的影响

通过体外实验研究温热联合细胞周期特异性药物羟基喜树碱（ＯＰＴ）对ＳＭＣ１ 恶性胸膜间皮瘤细胞株的影响。结果显示：经０１ μｇ／ｍ ｌ、１０ μｇ／ｍ ｌ、１００ μｇ／ｍ ｌＯＰＴ 处理４８ ｈ 对ＳＭＣ１ 细胞增殖有抑制作用，其抑制作用具有药物浓度依赖性，流式细胞仪测定显示经ＯＰＴ处理后细胞周期出现改变，Ｓ期细胞下降，Ｇ２＋ Ｍ 期细胞增加（Ｐ＜ ００５ 或Ｐ＜ ００１）；单独加温３９℃、４１℃、４３℃６０ ｍ ｉｎ 对ＳＭＣ１ 细胞增殖同样具有抑制作用，并有温度依赖性；温热联合ＯＰＴ 对ＳＭＣ１ 细胞增殖具有最佳抑制效果，该效果显现出温度药物浓度依赖性。