牛膝醇提物诱导兔骨髓间充质干细胞软骨分化的蛋白组学分析

背景:前期研究发现牛膝醇提物具有诱导骨髓间充质干细胞定向软骨细胞分化的作用,但具体作用蛋白靶点和网络机制不详。目的:观察牛膝醇提物诱导兔骨髓间充质干细胞软骨分化的蛋白质组学分析及蛋白质相互作用网络构建。方法:采用密度梯度离心联合细胞贴壁法分离培养新西兰大白兔骨髓间充质干细胞,取第3代细胞随机分成5组:空白组、对照组、牛膝醇提物低、中、高剂量组,连续成软骨诱导培养21 d后,用qRT-PCR检测Ⅱ型胶原mRNA表达及甲苯胺蓝染色鉴定软骨细胞形成,应用绝对定量同位素标记(iTRAQ)结合双向液相色谱-串联质谱(2DLC-MS/MS)技术对各组差异表达蛋白质进行鉴定,并对差异蛋白进行GO分析、KEGG分析及蛋白质网络相互作用分析。结果与结论:(1)qRT-PCR结果显示牛膝醇提物高剂量组较其他组Ⅱ型胶原mRNA表达明显增高(P<0.05),牛膝醇提物高剂量组甲苯胺蓝染色阳性,蛋白组学分析共鉴定到1354个差异蛋白点,上调蛋白633个,下调蛋白721个。(2)根据qRT-PCR结果对空白组、牛膝醇提物高剂量组、对照组3组差异表达蛋白进行生物信息分析。GO分析发现这些差异表达蛋白参与代谢、细胞分化、细胞周期与凋亡、炎症反应、免疫调控、氧化应激、磷酸化、泛素化、癌相关等;KEGG分析获得与骨关节病最相关的10个典型信号通路:白细胞介素17信号通路,Toll样受体信号通路,Wnt信号通路,PI3K-Akt信号通路,mTOR信号通路,Jak-STAT信号通路,NF-kappa B信号通路,MAPK信号通路,AMPK信号通路,HIF-1信号通路;根据组间差异蛋白,使用Cytoscape3.6.0软件成功构建蛋白互作网络图。(3)结果表明,牛膝醇提物可以通过调控氧化、细胞周期与凋亡、细胞结构改变、细胞分化、代谢及炎症损伤等环节诱导兔骨髓间充质干细胞成软骨分化,具有多靶点、多中心的网络调控作用,其具体作用机制有待进一步研究。

iTRAQ法分析原发性慢性闭角型青光眼患者血浆中蛋白组学变化

通过分析原发性慢性闭角型青光眼(CPACG)患者血浆中蛋白组学的变化,找出血浆差异蛋白(DEPs),发现该病可能存在的血浆蛋白标志物。采集实验对象血浆,通过同位素标记相对与绝对定量技术(iTRAQ)标记蛋白,液相色谱串联质谱(LC-MS/MS)检测后对DEPs进行基因本体论分析(GO分析)和基于京都基因与基因组百科全书分析(KEGG分析),根据DEPs的主要作用途径找出关键蛋白。质谱分析共筛选出143个有统计学意义的DEPs(P<0.05),其中49个上调,94个下调。GO分析明确DEPs分子功能、生物过程和细胞组成3个部分的分布情况。KEGG分析显示DEPs主要与代谢通路和补体凝集联级反应有关,根据作用机制不同分为以下3类:①调节青光眼视神经节细胞相关蛋白:肝细胞生长因子激动剂(HGFA);②氧化应激相关蛋白:超氧化物歧化酶(SOD)、谷胱甘肽过氧化酶(GPx-3)、过氧化物酶(Peroxiredoxin-2);③免疫反应相关蛋白:补体4(C4)、补体4结合蛋白(C4BP)。这些DEPs可能为临床诊断提供了新的血浆标志物,为明确CPACG的病理机制和临床诊断提供了新思路。

iTRAQ试剂结合二维液相色谱质谱联用技术对蛋白质进行鉴定和比较定量研究（英文）

采用相对和绝对定量同位素标签(iTRAQ)对蛋白质进行鉴定和比较定量,其能进一步比较更为复杂样品的蛋白质表达水平。将蛋白质样品用胰蛋白酶酶解,分别被几种分子量相等的iTRAQ标签中的一种标记,然后混合。混合后将被标记的多肽通过强阳离子交换色谱(SCX)和纳升反相色谱(RP)分离,结合质谱(MS)分析。结果表明,在保证95%的置信度下,共有54个唯一肽段和6个标准蛋白质被成功鉴定,包括大肠杆菌的β-半乳糖苷酶、β-乳球蛋白、小鸡溶菌酶,人血清铁传递蛋白的蛋白质定量表达水平在样品A和样品B中未表现出显著差异,但样品B中牛血清白蛋白(BSA)和α-乳白蛋白的数量均为样品A的一半。该结果与预期试验结果相符,且重复性好,表明此方法具有稳定性和可重复性,适用于蛋白质鉴定和表达水平的比较定量研究,此外,其能显著提高蛋白质混合物的研究通量。

再生蛋白质组学研究进展的力作——介绍《动物组织器官再生的比较蛋白组学研究》

由郑州大学出版社出版发行的《动物组织器官再生的比较蛋白质组学研究》一书是国家新闻出版广电总局“十三五”规划重点项目,获得国家出版基金资助。全书以大鼠肝再生以及分布于我国的蝾螈(Orientalis)断肢再生、三角涡虫(Japonica)头尾再生为研究对象,检测和分析了再生相关蛋白在动物组织器官中再生的生理、生化作用,包括细胞生长、细胞发育、细胞增殖、细胞分化、细胞凋亡、细胞的物质运输、细胞迁移、糖类代谢、脂类代谢、氨基酸代谢、蛋白质代谢、核酸代谢、有机酸代谢、维生素、辅助因子代谢、激素代谢、一氧化碳代谢、生物氧化及活性氧代谢,论述了细胞内环境的稳定、对刺激的反应、免疫反应、凝血反应、炎症反应、自噬反应等,以及调节这些生理生化活动的信号通路活性。

基于iTRAQ技术研究特发性羊水过多患者羊水蛋白组及差异蛋白的研究

目的:鉴定特发性羊水过多患者和正常妊娠孕妇羊水蛋白组学,筛选在特发性羊水过多发生发展中发挥重要作用的调控蛋白,以便深入了解羊水量调控机制。方法:收集特发性羊水过多者和正常妊娠者的羊水(6例)胎盘组织(40例),应用同位素标记相对与绝对定量(iTRAQ)技术鉴定羊水蛋白组。Western blot法检测羊膜、绒毛膜、胎盘绒毛组织中差异蛋白的表达。结果:羊水中共鉴定到1246个蛋白,357个差异蛋白,其中282个上调蛋白,75个下调蛋白(>1.2 or<0.83,P<0.05)。Western blot法结果显示,EPHB4蛋白在特发性羊水过多患者的羊膜、绒毛膜组织中表达上调,与羊水中表达水平一致。结论:首次利用iTRAQ技术鉴定特发性羊水过多患者羊水蛋白组,为羊水量的调节机制提供研究基础。EPHB4可能与羊水量异常相关。

基于iTRAQ技术研究滋阴降火方药知柏地黄丸对阴虚“上火”SD大鼠血清蛋白组的影响

目的:研究知柏地黄丸治疗阴虚"上火"的生物学机制。方法:应用iTRAQ-2DLC-MS/MS蛋白组学技术检测阴虚"上火"大鼠在知柏地黄丸治疗前后的血清蛋白组学表达谱,筛选并鉴定与知柏地黄丸治疗作用相关的蛋白质群,并应用生物信息学对差异表达的蛋白进行功能富集分析,揭示知柏地黄丸对阴虚"上火"治疗作用的生物学机制。结果:与正常大鼠比较,阴虚"上火"对照组大鼠血清中有47个差异蛋白,其中有20个表达上调,27个表达下调。知柏地黄丸治疗后,有19个差异蛋白恢复至正常或接近正常水平。通过生物信息学分析,发现这些蛋白主要集中在免疫反应与物质代谢过程。其中参与免疫反应的蛋白主要有有补体成分4(C4)、凝血因子X(F10)、激酶相关磷蛋白2(Skap2);参与代谢作用的蛋白有L乳酸脱氢酶A链(Ldha)、果糖二磷酸醛缩酶A(Aldoa)、花生四烯酸脂肪氧合酶(Alox12)、GDP分解酶抑制剂1(Arhgdia)、肌球蛋白轻链(Myl6)。结论:阴虚"上火"主要表现为机体免疫反应与物质代谢发生紊乱,知柏地黄丸可以通过调节免疫与物质代谢反应治疗阴虚"上火"。

基于iTRAQ技术分析两个不同生态区烟草叶片蛋白组的表达差异

种植在不同生态区的烟草具有不同的香型。但香型物质形成在蛋白组水平的分子机制尚不清楚。本研究用基团标记技术(iTRAQ)对种植在两个不同生态区的烟草主要生育时期叶片中蛋白质的表达进行定量研究及生物信息学分析。结果表明:在鉴定到的2005个蛋白中,有291个在两个生态区烟草4个重要生长发育期叶片中的表达有显著差异,团棵期、旺长期、现蕾期和生理成熟期差异表达蛋白的数目分别为:64、65、90、72。这些差异表达蛋白质主要位于细胞基质、细胞组分以及细胞器中,主要参与代谢过程、细胞组成以及对外界刺激的应激过程;参与光合作用、次生代谢途径的蛋白质在两个生态区的生理成熟期烟叶中的表达差异显著。这暗示不同生态区的烟草叶片蛋白组表达模式不同,参与光合作用和次生代谢物质生物合成相关蛋白质的差异表达,导致不同生态区的烟叶中形成不同的香型物质。

基于iTRAQ技术对桥本甲状腺炎血清蛋白组学变化的研究

目的探讨桥本氏甲状腺炎(Hashimoto`s Thyroiditis,HT)患者血清蛋白质组学变化,寻找HT患者差异蛋白,为HT的预防、诊断和治疗提供新的生物标志物。方法收集9例HT患者、14例对照组患者的外周血标本。应用相对和绝对定量同位素标记(iTRAQ)技术联合液相色谱法以及串联质谱分析对蛋白质进行鉴定和相对定量。结果与对照组相比,HT患者血清中共鉴定出有定量信息的蛋白质19个,包括4个上调蛋白和15个下调蛋白。对显著表达的CRTAC1、PI16、LUM、GPX3等上调蛋白及IGHG4、SERPINA5、SHBG、APOA等下调蛋白进行生物学功能分析,主要功能包括参与炎症反应、纤维化、应激反应、催化活性调节、内肽酶负调节、细胞蛋白质负调节、自身免疫等生物过程。结论本研究基于iTRAQ技术鉴定出桥本氏甲状腺炎的差异蛋白,生物学功能分析发现这些差异蛋白主要功能涉及炎症反应及纤维化、氧化应激等,参与自身免疫等多个生物过程,可能作为该病潜在的临床筛查生物学标志物。

二维电泳和iTRAQ的实验比较

对蛋白组学中的二维电泳和iTRAQ两种技术进行比较研究,为神经科学的蛋白组学研究提供选择参考。取生后1～3d C57Bl/6小鼠背根神经节进行培养,对照组加DMSO,实验组加JNJ460。分别用二维电泳和iTRAQ两种技术检测背根神经节细胞蛋白的变化,用4700 TOF/TOF串联飞行质谱仪检测变化蛋白的肽片段质量,用GPS软件检索Mascot蛋白质数据库,鉴定出匹配的蛋白。利用二维电泳技术观察到4种表达上调的蛋白,2种是结构蛋白,2种是信号转导蛋白。利用iTRAQ技术观察到22种表达上调的蛋白,其中10种是结构蛋白,3种是信号蛋白,2种是代谢蛋白,2种是降解蛋白化,2种是细胞基质蛋白及3种其它蛋白。利用二维电泳技术观察到发生表达变化的蛋白都位于胞浆内,而利用iTRAQ技术观察到的表达变化的蛋白有胞浆蛋白外,还有线粒体蛋白、膜蛋白和核蛋白。同时,利用二维电泳技术观察到的蛋白变化都在2倍以上,而利用iTRAQ技术计算出的蛋白变化在1.3至1.6倍之间。另,iTRAQ技术在鉴定大分子和小分子蛋白方面也有优势。结果表明iTRAQ技术比二维电泳技术能发现更多数量和更多种类的蛋白,但在比较胞浆蛋白的变化及蛋白量的变化方面二维电泳技术有一定的长处,对iTRAQ的实验结果有互补作用。

基于iTraq技术的加拿大一枝黄花提取物作用下铜绿微囊藻细胞差异表达蛋白

为研究加拿大一枝黄花提取物对藻类生长抑制作用的分子机理,应用iTraq技术结合LC-MS-MS,分析了铜绿微囊藻细胞蛋白质的差异表达.共鉴定出261种差异蛋白(变化倍数≥1.5),其中表达上调的220种,表达下调的41种.GO功能分类显示,加拿大一枝黄花提取物通过影响细胞代谢过程、蛋白质催化和结合功能等方式抑制藻细胞生长.KEGG通路分析表明,通路大类中富集程度位于前3位的均是代谢通路,包括能量代谢、碳水化合物代谢和氨基酸代谢,通路中富集程度最高的是糖酵解/糖异生通路.本研究发现了加拿大一枝黄花提取物对藻细胞生长抑制作用的分子靶点,为从分子层面阐明其抑藻作用提供参考,也为研究植物化感物质的抑藻机理提供了新方法.

基于iTRAQ技术分析脾虚痰浊动脉粥样硬化巴马猪小肠蛋白质组学变化

目的应用iTRAQ技术研究脾虚痰浊动脉粥样硬化(atherosclerosis,AS)巴马猪小肠蛋白质组学变化,在蛋白质水平上探讨脾虚痰浊AS猪小肠功能改变机制。方法10只健康半岁雄性广西巴马小型猪,随机分为正常对照组和脾虚痰浊AS组,每组5只。正常对照组每日给予基础饲料喂饲。脾虚痰浊AS模型组采用中医经典复合因素造模法,即饮食不节加劳倦过度造脾虚模型,配合现代医学冠脉内皮损伤手术造动脉粥样硬化模型。分离提取小肠总蛋白,以iTRAQ试剂标记后进行质谱检测并以软件分析差异表达的蛋白质,分析与小肠消化吸收、细胞炎症反应、脂质代谢等有关系的代表通路。结果iTRAQ技术分析发现:蛋白定量结果脾虚痰浊AS组与正常对照组相比,得到99个上调蛋白和47个下调蛋白,共计146个差异蛋白,具代表性蛋白8个,主要有胰脂肪酶相关蛋白2前体;MHCⅠ类抗原1-3前体;1-酰基-sn-甘油-3-磷酸酰基转移酶前体;钠/葡萄糖协同转运体1;ATP结合盒亚家族G成员2;纤维蛋白原链前体等。这些蛋白存在于3条代表性通路中,分别为甘油脂类代谢通路、胆汁酸分泌通路、细胞黏附分子通路等,这些蛋白参与的生物过程可能与脂类代谢、胆汁分泌、细胞炎症反应等密切相关。结论脾虚痰浊AS巴马猪小肠蛋白质组学改变可能与甘油脂类代谢、胆汁酸分泌、细胞炎症反应等密切相关,脾虚高脂状态小肠消化吸收功能异常,细胞炎症反应可能与AS形成密切相关。

红海榄根部盐胁迫反应的比较蛋白质组学分析

红海榄（Rhizophora stylosa）是一种典型的红树林盐生植物.本研究利用蛋白组学技术对淡栽（R0）和3%NaCl盐栽（R3）处理后的红海榄根部总蛋白进行了比较研究.双向电泳图谱的结果表明,R0和R3分别有981和972个蛋白点,蛋白点主要集中在分子量28-70 kD,等电点4.0-8.5之间.R0和R3之间差异明显的有15个蛋白点.其中,8个蛋白的表达量在R0中表达增高（10倍）,而在R3中相对下降.另外,7个蛋白的表达量在R0中较低,而在R3中表达量显著增高.对这15个蛋白点进行肽质量指纹图谱分析,10个蛋白点找到匹配蛋白.功能预测分析发现,在盐水栽培上调的蛋白质一般与逆境胁迫有关,淡水栽培上调的蛋白质一般与基本代谢有关.这些研究结果为进一步研究红海榄的耐盐机理提供了有意义的线索.

寻常型银屑病(湿热证)的血清蛋白组学表达研究

【目的】应用同位素相对标记与绝对定量技术(i TRAQ技术)对寻常型银屑病(湿热证)患者的血清蛋白进行定量分析,探求其与正常人的差异性表达蛋白质,从蛋白组学角度揭示湿热证的部分内涵。【方法】取寻常型银屑病(湿热证)患者(15例)及正常人(10例)血清,予纯化、去丰度等处理后,十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶(SDS-PAGE)电泳分离,经i TRAQ特异性标记酶解后的肽段,采用串联质谱分析鉴定其差异蛋白。【结果】共鉴定出787个蛋白质组,具有生物信息学分析(gene ontology,GO)功能注释的蛋白质共有718个;与正常人比较发现了651个显著性差异蛋白(P<0.05),其中有强显著性差异的蛋白418个(P<0.01)。【结论】寻常型银屑病(湿热证)患者血清中存在与正常人有差异性表达蛋白,但哪种蛋白在辨别寻常型银屑病"湿热证"中处于关键地位,以及湿热症状与蛋白之间的关系等,还有待进一步研究。

大鼠局灶性脑缺血脑组织的比较蛋白质组学研究

目的建立局灶性脑缺血模型,从蛋白质整体水平探讨脑缺血/再灌注的损伤机制。方法建立大鼠脑缺血2 h再灌注24 h的模型;提取脑组织总蛋白质,以双向电泳技术进行蛋白质分离,考马斯亮蓝染色,获得双向电泳图谱,利用专门的软件筛选出差异蛋白质,用MALDI-TOF-MS获得肽指纹图谱,MS-Fit数据库进行搜索,获得有关的蛋白质信息。结果局灶性脑缺血模型组与正常组脑组织的比较蛋白质组学研究。与模型组比较筛选出23个差异表达蛋白斑点,其中13个低表达,10个高表达,鉴定其中6个蛋白质,发现白细胞三烯A-4水解酶、促甲状腺激素释放激素降解胞外酶等与脑缺血相关的蛋白质。结论从蛋白质组学角度发现了一些与脑缺血相关的蛋白,有助于今后进一步研究脑缺血性损伤的保护机制。

中药干预下脾虚痰浊动脉粥样硬化巴马猪小肠差异蛋白组学及生物信息学分析

目的应用iTRAQ技术研究中药干预下脾虚痰浊动脉粥样硬化(AS)巴马猪小肠差异蛋白组学的表达影响。方法10只健康半岁雄性广西巴马小型猪,随机均分为模型组、中药治疗组。分离提取小肠总蛋白,以iTRAQ试剂标记后进行质谱检测并以软件分析差异表达的蛋白质,运用LCESI-MS/MS方法分析模型组和治疗组的蛋白组学差异;对差异蛋白进行GO功能注释、富集和KEGG通路富集并筛选出显著富集的蛋白。结果治疗组与模型组共筛选出差异蛋白189种,其中70个上调蛋白和119个下调蛋白。GO富集分析显示,这些差异蛋白主要富集于绑定、催化活性、运输活性、结构分子活性等生物过程;细胞、细胞组分、细胞器、细胞膜、胞外区等细胞成分;细胞过程、生物调节、生物过程调节、代谢过程、刺激应答、定位等分子功能。KEGG通路分析显示,细胞黏附分子通路变化最为显著,吞噬体、突出囊泡循环、氨基酸生物合成、胰岛素分泌、PPAR信号通路以及与脂代谢密切相关的脂肪消化和吸收、胆汁酸分泌通路显著变化。此外,与能量代谢密切相关的氧化磷酸化等通路蛋白亦发生改变。结论中药干预下脾虚痰浊AS巴马猪小肠差异蛋白组学改变可能与细胞炎症反应、甘油脂类代谢、胆汁酸分泌等密切相关,脾虚高脂状态小肠消化吸收功能异常,细胞炎症反应可能与AS形成密切相关,中药干预治疗靶点可能在以上方向。

激光捕获显微切割技术结合iTRAQ标记定量蛋白质组在结肠癌筛查中的应用研究

目的采用激光捕获显微切割技术(LCM)结合iTRAQ标记定量蛋白质组技术,筛查结肠癌间质的差异表达蛋白质。方法 (1)选择12对结肠腺癌标本为观察组,其配对正常结肠黏膜(与结肠癌标本至少相距10 cm以上)为对照组,采用LCM技术分别纯化其间质作为生物样本;(2)iTRAQ标记定量蛋白质组技术鉴定两组间的差异表达蛋白质;(3)采用Geneontology生物信息学软件(http://pantherdb.org/)对差异表达蛋白质进行细胞成分、生物学途径和分子功能分析。结果 (1)鉴定了70个差异表达蛋白,其中37个蛋白在结肠癌间质中高表达,33个蛋白在结肠癌间质中表达降低;(2)从生物学途径、细胞成分、分子功能三个方面对差异表达蛋白质进行分析。结论 (1)首次采用iTRAQ标记定量蛋白质组学和LCM结合的方法筛查结肠癌间质差异表达蛋白质;(2)GO功能分析显示了差异表达蛋白质的细胞成分、分子功能以及生物学功能。

不同预后小肠间质瘤的比较蛋白质组学分析

目的:分析不同预后小肠间质瘤病人组织蛋白质质点,寻找判断小肠间质瘤预后的候选蛋白质。方法:预后不良组和预后良好组小肠间质瘤组织各5例,经双向凝胶电泳分离总蛋白质,运用图像分析软件分析,对差异蛋白质点采用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱仪鉴定部分差异蛋白质点。结果:比较蛋白质组学共鉴定出蛋白质28个(预后不良组中9个蛋白质表达上调,19个蛋白质下调)。预后不良组小肠间质瘤组织中微管不稳定蛋白(stathmin)、血清结合珠蛋白(haptoglobin 2,HP-2)和微管蛋白表达明显升高。结论:不同预后小肠间质瘤组织的蛋白质谱存在差异,stathmin和HP-2及微管蛋白可能成为判断小肠间质瘤病人预后的3种因子,为今后小肠间质瘤病人的临床预后判断提供依据。

养心氏片抗抑郁作用的蛋白组学研究

目的应用相对和绝对定量同位素标记技术(ITRAQ)研究养心氏片对血管性抑郁小鼠(VD)海马组织蛋白质表达的影响,以探讨养心氏片抗抑郁的作用机制,并寻找可能的潜在生物标志物。方法60只ICR小鼠随机分为假手术组、模型组、氟西汀组、养心氏片组,每组15只。采用小鼠脑缺血再灌注诱导血管性抑郁模型,造模完成后行为学实验检测小鼠抑郁行为的变化,养心氏片组给予养心氏片1000mg/(kg·d),氟西汀组给予15 mg/(kg·d)灌胃给药,假手术组、模型组给予等体积的0.9%Na Cl。给药21 d后以提取的小鼠海马组织蛋白分析,获取的串联质谱数据通过Protein.pilot 4.5软件鉴定蛋白质,之后进行生物信息学分析。用实时定量PCR(RT-q PCR)验证部分差异蛋白的表达趋势。结果利用ITRAQ技术蛋白质组学方法一共鉴别得到了4300个蛋白质,通过对比模型组和假手术组,模型组和养心氏片组,共找到400个共同差异蛋白质。模型组和假手术组比较,其中上调130个(fold change>1.2,P<0.05),下调270个(fold change≤1.2,P<0.05)。模型组和养心氏片组比较,其中上调147个(fold change>1.2,P<0.05),下调253个(fold change≤1.2,P<0.05)。并最后筛查出涉及重要通路的Atp6v0a1、Stxbp1、Ap2a2、Slc6a11、Camk2b、Slc6a1、Camk2a、Npy、Gfap、Ntrk2、Grin2b、Gria2、Gria1、Dnm1、Atpif1、Ndufs7、Rab3a等25个相关蛋白,并对养心氏片组和模型组神经肽Y(NPY)、胶质纤维酸性蛋白(GFAP)、人神经营养性酪氨酸激酶2型受体Trk B、钙调蛋白依赖性蛋白激酶Ⅱa(CamkⅡa)、钙调蛋白依赖性蛋白激酶Ⅱb(CamkⅡb)、钠和氯依赖性GABA转运蛋白3(GAT3)、钠和氯依赖性GABA转运蛋白1(GAT1)7个差异蛋白进行m RNA层面的RT-q PCR验证,并对这些蛋白在m RNA水平的表达量和蛋白水平的表达量进行了相关性分析(R2=0.857,P=0.014)。结论利用基于ITRAQ技术的蛋白组学研究假手术组、血管性抑郁症模型组、养心氏片治疗组之间的表达差异性蛋白,最后发现养心氏片抗抑郁作用主要是影响了神经冲动的传导、神经递质的传递和释放、神经可塑性、氨基酸及能量代谢等过程。但这些蛋白在抑郁症的发生、发展过程中的作用尚未完全明确,需进一步深入研究。

Halomonas aquamarina盐敏感质膜蛋白组的研究

革兰氏阴性细菌外膜蛋白对细菌外部环境因素的调节功能已受到高度重视,但有关细菌质膜的作用报道极少.为研究质膜蛋白在抗盐机制中所起的作用,采用蛋白质组学技术比较深海中度嗜盐菌Halomonasaquamarina在生理(0.56mol/LNaCl)、较高(1mol/LNaCl)和高(2mol/LNaCl)浓度下质膜蛋白差异表达的结果.结果表明,高盐浓度下出现2个新蛋白,质谱分析证明其为ABC转运蛋白.这些发现对从细胞膜整体角度了解细菌的抗盐机理具有重要意义.

梅花鹿茸不同生长时期转录组及蛋白组联合分析

目的了解鹿茸再生及快速生长过程中基因和蛋白的动态变化,阐明鹿茸生长发育机制。方法以梅花鹿(Cervus nippon Temminck)的鹿茸[初生期(PS)、快速生长期(RG)、骨化期(OS)鹿茸组织]作为实验材料,基于Illumina Hiseq和iTRAQ技术在转录和蛋白水平进行分析,根据差异基因和差异蛋白结果筛选与鹿茸再生和快速生长有关的基因和蛋白。结果2组分别得到11294(PSvsRG)和4924(PSvsOS)个显著差异基因(DEGs),2组的蛋白组数据显示,分别得到236、211个差异蛋白(DAPs),相关性分析显示转录组和蛋白组数据相关性分析呈弱相关。在2组中分别有54、51个DEGs编码了其相应的DAPs,其中,在2组中分别得到35和20个在转录组和蛋白组中调节方向相同的DEGs和相应的DAPs。对候选基因/蛋白进行KEGG富集分析,分别富集到10和12个信号通路。其中,2组共同富集到的通路包括:血管平滑肌收缩、p53信号通路、黏着斑、蛋白质消化吸收、TGF-β信号通路、ECM-受体相互作用信号通路。只富集到快速生长期的信号通路包括:戊糖磷酸途径、糖酵解/糖异生、果糖和甘露糖代谢及代谢途径。只富集到骨化期的信号通路包括:破骨细胞分化、肌动蛋白细胞骨架的调节、紧密连接、RNA转运、mRNA监测途径信号通路。共有10个候选基因/蛋白(CALD1、THBS2S、COL9A、ALDO、COL1A、HSPG2、SIRPA、CSRP、MYH9、H1-5)注释到上述信号通路。结论在鹿茸生长发育期间许多基因和蛋白质在鹿茸快速生长期和骨化期表现出不同的丰度。转录组和蛋白组数据相关性较差。筛选出与鹿茸生长发育相关的蛋白为:CALD1、THBS2S、COL9A、ALDO、COL1A、HSPG2、SIRPA、CSRP、MYH9、H1-5以上结果为阐明鹿茸再生的分子机制提供了重要的理论依据。