基于ICA模式空间的基因分类

ICA是应用于盲源信号分离的一种统计方法。利用ICA对基因微阵列表达谱数据进行分解获得由基因模型谱和对应系数构成的线性谱模型,并在此基础上进行基因分类。由于基于ICA的一个模型谱并不能完整地代表一个具有生物意义的类别,并且模型谱之间不具正交性,在此线性模型下不能有效的表示基因数据,为此提出基于ICA的模式表达空间的概念,并在该模式空间中重新构造了基因的数据表达形式,并利用此表达形式进行基因分类。实验结果表明,该分类方法比线性谱模型下的基因分类具有更高的正确率。

基于ICA的AD样本的相关基因研究

为了克服每次运行独立成分分析算法(Independent Component Analysis,ICA)所得到不同的ICs对最后所选择的AD基因造成的不良影响,提出了一种应用ICA选择基因的改进方法。首先运行多次ICA算法,然后通过比较相关系数选出与AD相关的ICs,最后依据基因出现的频数选择相关基因。通过该方法寻找到39个在每个与AD相关的ICs中都过表达的基因,且其中有一个基因位于X染色体上,通过理论分析和实验结果表明该算法的确是一种可行性的方法。

尿路感染分离金黄色葡萄球菌生物膜形成能力及相关基因的分析

目的探讨尿路感染分离金黄色葡萄球菌的生物膜形成能力及相关基因分布,为预防和治疗临床感染提供理论基础。方法采用标准琼脂平板倍比稀释法检测最小抑菌浓度,菌落计数法检测细菌黏附能力,96孔板结晶紫染色法检测细菌生物膜形成能力,生物膜相关基因检测采用PCR扩增法。结果 11株金黄色葡萄球菌临床株对青霉素和红霉素耐药率较高,而对万古霉素和呋喃妥因全部敏感。所有菌株都有较强的黏附能力,而生物膜形成能力一般。其中10株菌株扩增出icaAD和icaBC基因。结论尿路感染金黄色葡萄球菌的黏附能力和生物膜形成能力具有菌株差异性,ica是金黄色葡萄球菌生物膜形成的重要基因。

金黄色葡萄球菌临床分离株生物膜形成能力及其相关基因的检测

目的:检测临床分离金黄色葡萄球菌(金葡菌)的生物膜形成能力及其相关基因。方法:用半定量微量平板法检测临床分离的92株金葡菌生物膜形成能力,并通过扫描电镜观察生物膜形态,用PCR法来检测生物膜形成的相关基因ica和sarA。结果:92株临床分离金葡菌菌株均可形成生物膜,PCR结果显示100%的分离株均含有sarA基因,78株(84.78%)含有ica基因。结论:临床分离的金葡菌都具有形成生物膜的能力,生物膜形成的相关基因ica和sarA的携带率较高。

3种液体培养基对表皮葡萄球菌生物膜形成的影响

目的探讨胰蛋白胨大豆肉汤(TSB)、LB和M-H 3种肉汤培养基对表皮葡萄球菌生物膜形成的影响。方法通过96孔和6孔板构建细菌生物膜,结晶紫染色对其进行半定量分析和显微镜观察生物膜形态,探讨TSB、LB和M-H肉汤培养基对表皮葡萄球菌生物膜形成的影响;提取细菌总RNA,逆转录后进行实时荧光定量PCR检测3种培养基对表皮葡萄球菌粘附基因表达量的影响。结果与LB(0.149±0.047)和M-H(0.323±0.003)培养基相比,TSB(2.954±0.287)培养基能显著促进表皮葡萄球菌生物膜的形成(TSB vs LB,t=16.706,P<0.01;TSB vs M-H,t=15.877,P<0.01);与LB培养基相比,TSB培养基可显著促进表皮葡萄球菌ica A基因的表达(t=9.667,P<0.01)并抑制icaR基因的表达(t=13.283,P<0.01)。结论与LB和M-H肉汤培养基相比,TSB培养基能显著促进表皮葡萄球菌生物膜的形成和粘附基因ica A的表达。

淫羊藿甙抑制肿瘤细胞端粒酶活性及其调节机制的研究

目的 :探讨中药单体淫羊藿甙 (ICA)抑制肿瘤HL 6 0细胞端粒酶活性及作用机制。方法 :采用MTT法 ,NBT染色法 ,TRAP PCR ,RT PCR法和流式细胞术。结果 :ICA显著抑制HL 6 0细胞端粒酶活性 ,且端粒酶活性下降与细胞表面粒细胞分化抗原CD11b表达率呈负相关 ;诱导HL 6 0细胞向粒细胞方向分化 ;改变HL 6 0细胞周期各时相的分布 ,表现为G0 /G1期细胞逐渐增多 ,S期细胞逐渐减少 ;上调分化相关基因p2 1、下调增殖相关基因c mycmRNA和蛋白表达水平。结论 :阐明了ICA显著抑制HL 6 0细胞端粒酶活性 ,并从基因 蛋白 细胞效应水平揭示了其调节端粒酶活性的可能机制。

乳腺癌患者术前P53癌基因蛋白的表达及意义

目的研究乳腺癌手术前细针穿刺涂片免疫细胞化学检测(ICA)P53基因蛋白的表达及意义。方法对86例乳腺癌手术前进行FNA涂片,应用ICA乳腺癌P53基因蛋白在FNA涂片上的表达情况,并与术后病理组织切片上的P53基因蛋白的表达进行对照。结果乳腺癌FNA涂片ICA检测P53基因蛋白的阳性率为30.2%(26/86),相应病理组织切片的阳性表达率为27.9%(24/86),手术前ICA和手术后免疫组化检测(IHA)P53基因蛋白的表达结果具有显著的一致性(2χ=53.71,P<0.005),两种方法之间无差异性。P53基因蛋白在FNA涂片上的阳性表达率与乳腺癌的病理组织学分级(2χ=8.671,P<0.025)、临床分期(2χ=10.20,P<0.01)明显正相关,与雌孕激素受体显著负相关(ER:2χ=18.38,P<0.005.PR:2χ=6.351,P<0.025)。结论乳腺癌P53基因蛋白在FNA涂片上的表达和组织切片上的表达具有显著的一致性,无差异性。P53阳性是乳腺癌不良生物学行为的指标。本研究对乳腺癌的早期诊断、早期判断其生物学行为、指导治疗判断预后具有重要意义。

基于遗传算法的基因分类

独立分量分析(ICA)是应用于基因分类的一种统计方法.但独立分量分析中的估计分离矩阵算法主要采用了随机梯度算法、自然梯度算法,这些基于梯度下降的寻优算法很容易陷入局部极值,所得结果不精确.本文提出了一种基于遗传算法的基因分类算法,其基本思想是利用遗传算法代替独立分量分析中的传统的估计分离矩阵算法,对基因表达式数据进行分类,从而克服了结果不精确的问题.分析和实验结果表明,该分类方法获得了更好的分类效果.

表皮葡萄球菌的生物膜形成及其相关基因的研究

[目的]研究表皮葡萄球菌的生物膜形成与其相关基因间的关系.[方法]用96孔聚乙烯板进行生物膜形成试验,以PCR法、RT-PCR法检测与生物膜形成相关的基因及其表达.[结果]aap是生物膜形成过程中的必须基因;bhp的编码表达与葡萄糖的存在有一定的关系;ica操纵子在合成PIA时不受葡萄糖添加的影响.[结论]ica操纵子、aap、bhp基因参与表皮葡萄球菌生物膜形成过程.

葡萄球菌生物膜形成影响因素的研究进展

细菌感染已成为临床中不能完全避免的情况,包括致病菌和条件致病菌。细菌生物膜成为细菌的有效保护途径,增强了细菌对抗机体的免疫防御作用及对抗生素的抵抗性。葡萄球菌生物膜形成受多因素及多基因调控,外部环境因素主要是机体免疫反应及外界有机物,内部基因调控主要是sar A、agr、aap、ica。本文就葡萄球菌生物膜的形成及影响生物膜形成的外部环境因素和内部基因调控因素进行综述,为葡萄球菌生物膜的靶向药物研究与治疗提供参考。

肌萎缩侧索硬化相关基因及临床特点的研究进展

肌萎缩侧索硬化(amyotrophic lateral sclerosis,ALS)是一组以选择性上、下运动神经元损害为特征的致死性神经变性疾病,患者多在3~5年发展为呼吸衰竭死亡。本文对国内外关于ALS相关基因及临床特点、基因型-表型用于临床诊断、基因研究新进展以及基因治疗进行综述。

ica操纵子对表皮葡萄球菌在不同骨科植入物表面黏附和生物膜形成的影响

目的探讨ica操纵子对表皮葡萄球菌在骨科植入物表面黏附和生物膜形成能力的影响,为临床骨科材料的使用提供理论依据。方法采用PCR扩增表皮葡萄球菌ica操纵子的icaADBC基因,荧光定量PCR检测ica操纵子基因的表达,苯酚-硫酸法检测细胞间多糖黏附素(PIA)的合成,黏附能力检测采用菌落平板计数法,生物膜形成能力检测采用结晶紫染色法。结果 11株表皮葡萄球菌临床菌株扩增出ica操纵子的icaADBC基因,且在菌株中均有表达。ica操纵子基因表达高的菌株其PIA分泌量较高。表皮葡萄球菌在骨组织上的黏附和生物膜形成能力最强,其次为钛合金和不锈钢。icaA基因表达与细菌在3种生物材料上的生物膜形成相关。结论表皮葡萄球菌在不同骨科植入物上具有不同的黏附和生物膜形成能力,ica操纵子基因通过调节PIA分泌量而影响表皮葡萄球菌生物膜的形成。

金黄色葡萄球菌生物被膜基因型的分子鉴定

本文选用常见的典型食源性微生物金黄色葡萄球菌,从食品微生物安全角度出发,采用生物被膜菌落结晶紫染色法定量检测58株金黄色葡萄球菌菌株生物被膜的形成能力。并对金黄色葡萄球菌生物被膜相关基因型进行分型研究,包括ica调控子分型(ica A、ica D、ica BC)与粘附特性分型(agr、atl E和aap)研究。结果显示,所有检测菌株均能生成生物被膜,其中3株能生成强粘附性生物被膜,占5.2%;生成中等生物被膜能力菌株有23株,占39.7%;32株金黄色葡萄球菌生成弱粘附生物被膜,占55.2%。实验所用的58株菌株中有48株能扩增出ica A基因,56株扩增出ica D基因,57株扩增出ica BC基因,56株扩增出agr,分别有53株和57株染色体中存在aap和atl E基因。本实验的结论:ica操纵子为金黄色葡萄球菌生物被膜形成所必须,aap基因可能作为促进金黄色葡萄球菌生物被膜形成的一个独立因素。而atl E,agr基因是金黄色葡萄球菌生物被膜粘附过程中形成所必须的调节因子。

基于临床与基因图谱的结肠癌基因标签提取

由于基因间的调控和相互作用表现为功能基因组合的形式,在对样本的分类能力是以特征集合的形式整体体现出来的.由此,考察由多个基因构成的基因簇作为区分常人和癌症患者的分类因素,利用独立成分分析(ICA)技术最大程度地降低基因之间的相互影响,从而获得基因簇信息.随后采用了支持向量机,依据提取出的基因簇进行分类,筛选出致病的癌症基因.为了能够得到最好的分类因素,将问题转化为稀疏表示的优化问题.此外,还利用含噪声的ICA和带松弛因子的非光滑优化模型来研究含噪声的基因图谱.最后,借助于条件概率模型,将临床结论与基因图谱相结合,对病人数据进行了筛选.

生物材料植入感染与表皮葡萄球菌生物膜形成的相关基因调控

表皮葡萄球菌是寄居于人体皮肤和黏膜表面的共生菌群,现已发现其是引发临床生物材料相关感染的主要条件致病菌,在生物材料植入感染中占有重要地位.医用生物材料表面细菌生物膜的形成是其主要致病因素,细菌生物膜可有效抵御机体的防御反应和抗生素治疗,导致生物材料植入感染难以彻底治愈,使感染呈慢性、持续性和反复性特点,从而在临床上造成了极高的死亡率.就表皮葡萄球菌生物膜的形成、胞间黏附素基因（ica）操纵子和附属基因调节子（agr）基因对表皮葡萄球菌生物膜的调控及其在临床生物材料植入感染中的作用等方面作一综述.

结合主成分与独立成分分析识别胃癌相关差异表达基因的方法研究

筛选潜在的差异表达基因能够帮助人们了解基因的功能及基因在疾病发生发展中的作用。由于主成分与独立成分分析的侧重点不同,因此,结合两种方法发展了一种识别胃癌相关差异表达基因新方法,以提高结果的准确度和可信度。从包含7129个基因和29个样本的胃癌基因表达谱数据中,新方法识别了16个与胃癌发生发展显著相关的差异表达基因,这些基因被认为值得进一步开展实验研究。研究结果对揭示胃癌发生与发展机制具有促进作用。