伊丽莎白安格斯三角梅转录组的SSR、SNP和InDel特征分析

【目的】基于转录组测序数据分析伊丽莎白安格斯三角梅SSR、SNP和InDel位点特征,为开发三角梅分子标记、选育无刺或少刺品种、品种鉴定及亲缘关系分析提供理论依据。【方法】以伊丽莎白安格斯三角梅3个时期的枝刺和茎段为材料,对其进行转录组测序,采用Trinity对获得的高质量测序数据进行序列组装,利用MISA和GATK3对SSR、SNP和InDel进行特征分析。【结果】18个样本转录组测序平均获得45905982bpRawdata,质控过滤后获得45640193 bp Clean data,拼接后获得312812条转录本和144512条Unigenes,有54516个SSR位点分布于40820条Unigenes上,发生频率为28.25%,平均分布距离为2.67kb,包含1个以上SSR位点的Unigenes10269条,占Unigenes总数的4.25%。在重复基元类型中,单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复数量占优势,其中单核苷酸重复数量最多(39904个,占比73.20%),其次为二核苷酸重复(8169个,占比14.98%)和三核苷酸重复(5899个,占比10.82%),五核苷酸重复最少(31个,占比0.06%)。单核苷酸~六核苷酸重复类型共检测到98种重复基元,出现频率为0.01%~25.71%,其中出现频率最高的基元为A/T(37151个),占SSR位点总数的68.15%。SSR各类型重复基元的重复次数集中在5~23次,SSR序列的长度10~60bp,平均长度为20.38bp。共检测到231248个SNP位点和99580个InDel位点,其中SNP位点平均分布距离为1.59 kb,InDel位点平均分布距离为0.68 kb,且均以含1个位点的Unigenes数量最多,Unigenes数量随SNP和InDel位点数量的增加而逐渐减少。【结论】伊丽莎白安格斯三角梅转录组中SSR位点数量多、类型丰富,分布特征明显,可用于开发大量SSR标记,SNP和InDel位点发生频率低于模式植物,有待深度挖掘。

基于BSA-seq技术对西瓜抗枯萎病生理小种1的基因定位

西瓜枯萎病是由尖孢镰刀菌西瓜专化型(Fusarium oxysporum f.sp.niveum)引起的土传真菌病害,是西瓜生产的限制因子。本研究以西瓜抗病种质“V13-9-3”和感病种质“W16-1”为亲本,构建了“W16-1”דV13-9-3”的F1、F2群体。苗期人工接种结果显示:F1植株表现抗病,F2群体的抗病∶感病分离比为3∶1,表明西瓜枯萎病生理小种1的抗性遗传受显性单基因控制。利用BSA技术,采用SNP指数和InDel指数法,将西瓜抗枯萎病基因Fon-1定位在1号染色体上2.20 Mb和2.32 Mb区域内,将这2种方法的定位结果取交集,最终将目标抗病基因区域缩小在2.20 Mb之内,该区域包含8个非同义突变基因和1个移码突变基因。利用荧光定量PCR检测这9个突变基因在接种枯萎病菌5 d和10 d后的表达量变化,发现抗病亲本“V13-9-3”中有7个基因的表达量显著高于感病亲本“W16-1”。研究通过结合SNP指数和InDel指数分析可以快速进行基因初定位,为西瓜抗枯萎病的分子机理研究提供理论依据。

基于38-plex InDels的青海地区三个族群遗传推断

目的基于38-plex InDels族群推断体系研究青海地区汉族、回族及撒拉族的族群成分与遗传结构。方法使用38-plex InDels复合扩增体系检测3个族群的220份样本并获取InDels位点分型,利用主成分分析、STRUCTURE聚类分析及系统发育树综合分析族群之间的遗传关系,使用族群推断软件DAA v1.0(DNA Ancestry Analyzer,DAA)对220份样本的族群来源进行分析,并与已知样本信息来源对比,计算体系推断结果的准确性。结果主成分分析和STRUCTURE聚类分析结果显示青海地区汉族、回族及撒拉族主要族群成分为东亚(占90%以上);系统发育树显示青海地区汉族、回族及撒拉族与其他东亚族群的亲缘关系较近,聚为一支;除4份样本祖先来源被归为欧亚混合族群外,其余样本祖先来源均为东亚或不排除东亚,推断准确率达95.24%以上。结论青海地区汉族、回族及撒拉族均为东亚族群,且青海地区回族和撒拉族相较青海地区汉族有着更近的遗传关系,使用38-plex InDels族群推断体系对青海地区汉族、回族及撒拉族进行遗传推断,结果可靠。

基于简化基因组测序筛选白斑狗鱼耐热性状关联的InDel标记

为了能给白斑狗鱼耐高温性状的改良提供有效的分子标记,本研究基于白斑狗鱼热敏感组(109尾)和耐高温组(103尾)进行简化基因组测序,对25个染色体中的InDel标记,以前两个PCA为协变量,利用MLM模型(Masked Language Mode)与白斑狗鱼的耐热性状进行了关联分析。结果显示,大部分InDel分布在内含子(63.69%),外显子分布的InDel位点较少(1.30%)。通过GWAS分析,发现5个位点与白斑狗鱼耐热性状显著关联,分别位于safb基因、未知基因LOC117593903和CLSTN2基因内含子中。其中9N del、4N del-1和4N del-2三个InDel位点均位于CLSTN2基因第3内含子,这3个位点在212尾个体中基因型分布高度连锁。本研究中发现的5个InDel突变可能会对白斑狗鱼的耐热性状产生显著的影响,可作为白斑狗鱼耐热性状改良的候选分子标记。进一步在验证群体中利用KASP技术对部分位点进行了验证。发现9N del位点DD基因型个体在热敏感组中占优势,DI基因型个体在耐高温组中占优势,与简化基因组测序结果基本一致。位于CLSTN2基因第2内含子的3个InDel位点可能影响CLSTN2基因的转录,该基因可能是白斑狗鱼耐高温性状相关的重要候选基因。研究结果为白斑狗鱼分子标记辅助育种提供了理论依据,为白斑狗鱼耐热性状的改良提供了候选分子标记。

基于转录组测序的花斑裸鲤SSR、SNP和InDel位点特征分析

为利用分子标记规模化开发与辅助花斑裸鲤(Gymnocypris eckloni)良种选育,以花斑裸鲤(2+龄)的鳃、肾脏和肝脏组织为材料,经总RNA提取和cDNA文库构建后采用Illumina Novaseq 2000平台进行转录组测序,并采用MISA和GATK3软件分析转录组的SSR、SNP和插入缺失标记(InDel)位点特征。结果表明:在486221条Unigenes序列中共发现了128727个SSR,出现频率为26.47%,平均每3.76 kb出现1个SSR;花斑裸鲤SSR包括6个重复类型,以单碱基和二碱基重复基元类型为主,分别占总SSR位点数的46.53%和42.45%,重复基元类型共77种,其中,A/T和AC/GT两种基元的出现频率最高,是花斑裸鲤SSR的优势重复基元;所有重复次数中出现次数最多的为5~15次,占所有SSR位点的87.52%;通过GATK3软件搜索得到399080个SNP位点,转换类型多于颠换类型,分别占总SNP的56.29%和43.71%,转换类型中A/G发生频率略高于C/T,而颠换类型中A/T发生频率最高,C/G发生频率最低;InDel分析显示,从花斑裸鲤转录组Unigenes中共筛选出254065个InDel位点,平均每1903 bp出现1个InDel位点,且SNP位点和InDel位点均以含1个位点的Unigenes数最多。研究表明,花斑裸鲤转录组中SSR、SNP和InDel位点非常丰富,这些位点对花斑裸鲤种质资源鉴定、种群遗传学研究及保护管理具有重要价值。

小麦抗吸浆虫主效QTL功能标记的开发

麦红吸浆虫(Sitodiplosis mosellana Géhin)是影响我国小麦生产的重要害虫之一。为提高抗麦红吸浆虫的选择效率和实现抗虫性与其它性状的聚合,本研究在前期定位基础上,对抗虫主效QTL(QSm.hbau-4A)3.4 Mb的候选目标区间内的序列差异进行开发和标记设计,并检测了标记在不同遗传背景材料间的检测效率。结果表明:在目标区间内存在371个SSR位点和3处插入缺失(InDel),据此开发出5个多态性标记。这些标记在由近等基因系构建的F2单株间的分型结果与相应品系的抗虫性符合程度约为90%左右。其中,标记Xcg116在检测到具有4AL抗虫主效位点QSm.hbau-4A的可能性超过80%(80%~88.89%);In1在不同抗性品种中的平均检测效率为67%左右(67.39%~70.97%)。研究认为Xcg116和In1这2个标记可用于对携带QSm.hbau-4A位点的小麦种质资源进行吸浆虫抗性筛选。

基于RAD-seq的菜心InDel标记开发及应用

【目的】开发多态性丰富的的InDel分子标记,为菜心育种提供研究基础。【方法】以Chiifu-401-42的基因组序列为模板,利用4份菜心材料的RAD-seq重测序数据,在全基因组范围内鉴定InDel位点。利用生物信息学方法筛选4份菜心材料间具有潜在多态性的InDel位点,挑选分布于10条染色体的80个InDel位点设计引物,对55份菜心种质材料进行遗传多样评价。【结果】通过与参考基因组序列比对,在4份菜心材料的重测序数据中共鉴定出84510个InDel位点,其中插入/缺失长度大于5 bp的3609个InDel位点在4份菜心材料间具有潜在多态性。挑选80个InDel位点进行PCR扩增验证,58个(72.5%)在4份测序样品中具有多态性,在55份菜心种质材料中检测到133个等位位点,多态性信息含量(PIC)为0.263~0.618,平均值为0.443。基于InDel标记的检测结果可知,55份菜心种质的遗传相似系数在0.366~0.756,平均值为0.570;在遗传相似系数为0.564时55份菜心种质被分为4个类群,但各类群间的耐热性没有明显差异。【结论】本研究开发的InDel标记具有良好的多态性,能有效地揭示不同菜心种质材料间的遗传距离,可为菜心遗传种质分析、新品种选育等方面提供可利用的标记信息。

内蒙古绒山羊KAP6.2基因多态性与生长性状和绒细度性状的关联分析

为探讨角蛋白关联蛋白6.2(keratin-associated protein 6.2,KAP6.2)基因遗传多态性与内蒙古绒山羊生长性状和绒细度性状的相关性,以期为内蒙古绒山羊遗传育种改良提供理论依据,本研究采集598只雌性内蒙古绒山羊耳组织,提取基因组DNA并进行PCR扩增,检测KAP6.2基因的插入/缺失(Insertion/Deletion,InDel)突变,分析突变位点与生长性状和绒细度性状的相关性。结果显示,在育成羊中,该突变位点与胸围和十字部显著相关(P<0.05),与体长、胸宽和胸深极显著相关(P<0.01);在成年羊中,该突变位点与胸宽显著相关(P<0.05),与胸围、十字部高和胸深极显著相关(P<0.01);在育成羊和成年羊全部群体中,该突变位点与体长、胸围、十字部高、胸深和胸宽极显著相关(P<0.01),与绒细度显著相关(P<0.05)。上述结果提示,KAP6.2基因外显子区24 bp InDel突变位点与内蒙古绒山羊部分生长性状显著或极显著相关,与绒细度显著相关,可作为内蒙古绒山羊部分生长性状和绒细度性状选育的遗传标记,为内蒙古绒山羊的选育提供科学依据。

辣椒种间杂交遗传特性

【目的】杂交育种是提高辣椒产量,改善辣椒品质的主要途径之一,为创制更多育种资源,提高辣椒杂交育种效率,通过种间杂交,测定辣椒种间杂交后代主要果实性状,分析主要性状的遗传特性,筛选高品质辣椒,为杂交育种和种质资源改良提供参考依据。【方法】以不同栽培种辣椒为研究对象,通过种间杂交获得子代,采用Indel分子标记技术检测种间杂交的成功率,采用高效液相测定果实辣素含量,用紫外分光光度计检测色价,采用SPSS和Origin 2019等软件分析辣椒果实性状、品质性状的遗传多样性和相关性。【结果】利用Indel标记对28份辣椒资源的杂交F 1真实性进行鉴定,一年生辣椒均可与魔鬼椒(ZL-280)和灌木椒(HY-1)杂交成功,主要果实性状的遗传特性均表现了超显性效应、加性效益和显性效应。但与鸟椒(X-260)未杂交成功,可能存在种间杂交障碍。【结论】辣椒不同种间杂交存在一定的杂交特性,一年生辣椒可顺利与魔鬼椒和灌木椒杂交,杂交后代的主要果实性状变异幅度大。

南瓜叶黄素基因紧密连锁的InDel分子标记开发及应用

本研究旨在开发与中国南瓜(Cucurbita moschata Duch.)叶黄素含量的数量性状基因座(Quantitative trait locus,QTL)紧密连锁且实用性强的分子标记,以加速南瓜的育种进程。前期在F_(2)代群体中定位到与叶黄素含量紧密连锁的主效QTL位点qlut11-a,在其两侧翼分子标记R1_38695和R2_55819之间开发了8对InDel分子标记。通过对F_(2)代群体及部分高代(F_(8)代)重组自交系株系进行基因型和叶黄素表型分析,明确了InDel分子标记G005310和G005670可有效筛选高叶黄素含量和低叶黄素含量材料,并在近等基因系构建中证实了其能用于创制高叶黄素含量的南瓜种质,BC5F1果实中的最高叶黄素含量约是低叶黄素含量亲本果实含量的2.8倍,且占高叶黄素含量亲本果实的96%。本研究结果为加速南瓜高叶黄素含量种质育种进程提供了更实用的分子标记。

性状鉴别联合InDel标记检测快速鉴定柑桔品种

品种鉴定是植物品种保护的前提。基于表型性状的DUS测试是受国际认可和具有法律依据的鉴定方法,但对果树开展完整的DUS测试,往往面临测试周期长和近似品种选择困难的挑战。基于分子标记的检测能准确揭示品种的遗传特征,但很难成功鉴定部分芽变、回交、高世代分离选种等育种方式获得的品种。根据《植物新品种特异性、一致性和稳定性测试指南柑桔(NY/T 2435—2013)》的柑桔性状表,对5个测试材料(未知柑桔品种)进行部分(101个)性状鉴别,结果表明它们之间无明显性状差异。与国家柑桔种质资源圃(重庆)1900份柑桔种质资源的性状数据进行比对,发现测试材料与无核金诺(Citrus reticulata Blanco‘KinnowLS’)在1个性状(果实质量)上有1个代码值的差异,与091无核沃柑(C.reticulata Blanco‘091 Seedless Orah’)在4个性状(果实质量、果面主色、果面油胞凹凸、果汁含酸量)上分别有1~2个代码值的差异,由此确认091无核沃柑和无核金诺为测试材料的近似品种。进一步利用33个适用于琼脂糖凝胶电泳检测InDel标记进行分子检测,结果表明5个测试材料之间无位点差异,测试材料与无核金诺有0个位点的差异,与091无核沃柑有12个位点的差异。综合两种方法所得结果,5个测试材料被鉴定为无核金诺。性状鉴别联合InDel标记检测是准确、快速鉴定未知柑桔品种的有效方案。

华中樱叶绿体基因组特征与分子标记

【目的】组装华中樱叶绿体基因组并进行序列特征分析和分子标记初步鉴定。【方法】分别应用SPAdes、prodigal v2.6.3、hmmer v3.1b2及aragorn v1.2.38软件进行华中樱叶绿体基因组组装、基因编码区注释、r RNA和t RNA预测。应用OGDRAW软件进行叶绿体基因组图谱绘制。运用DNAMAN软件对26个樱亚属物种和华中樱的叶绿体基因组序列进行多重比对,人工检索华中樱特有的SNP和InDel位点。应用Codon W1.4.2和EMBOSS的cusp软件分析叶绿体基因组中基因的相对同义密码子使用度。【结果】华中樱叶绿体基因组大小为158 019 bp,其中小单拷贝区(Small single copy,SSC)、大单拷贝区(Large single copy,LSC)和反向重复区(Inverted repeat,IR)大小分别为19 247、85 910和52 862 bp,总GC含量为36.7%。华中樱叶绿体基因组共编码130个基因,包括8个核糖体RNA基因、37个转运RNA基因以及85个蛋白编码基因。序列中有SSR位点240个,其中单核苷酸重复位点153个,二核苷酸重复位点12个,三核苷酸重复位点63个,四核苷酸重复位点11个,六核苷酸重复位点1个。通过与另外26种樱亚属植物叶绿体基因组序列进行多重比对,鉴定了华中樱潜在的种特异性SNP位点29个,InDel标记8个。对密码子进行统计可知,该物种的66种密码子编码了21种氨基酸,其中RSCU> 1的密码子共有32个,有29个以A/U结尾,这些密码子结尾具有A/U偏好性。【结论】华中樱叶绿体基因组是典型的环状四分体结构,其与其他蔷薇科植物叶绿体基因组大小相近。挖掘了一批SSR、SNP和InDel标记,可为华中樱谱系地理学、群体遗传学和种间杂种鉴定等研究提供参考。

基于InDel标记的长杂谷2922杂交种纯度鉴定

为了鉴定谷子杂交种长杂谷2922的纯度,本研究从11个候选InDel标记中筛选出在长杂谷2922及其双亲之间具有多态性的InDel标记Re2632,利用Re2632对长杂谷2922进行分子标记鉴定,并喷施除草剂进行验证。分子鉴定结果显示,杂交种纯度在20.83%~44.68%之间,平均纯度为33.72%。除草剂鉴定结果显示,杂交种纯度在18.32%~50.60%之间,平均纯度为32.59%。t测验结果显示,2种方法鉴定结果无显著差异,表明Re2632可以作为长杂谷2922分子鉴定的标记。

甜瓜控制单果重基因的精细定位及候选基因分析

轻果型材料1244(单果重22.59 g)和重果型材料MS-5(单果重814.97 g)配置杂交组合后获得F_(2∶3)分离群体,采用插入缺失(InDel)标记对控制单果重性状的主效QTL位点sfw2.2进行精细定位,进一步对定位区间内的注释基因进行分析,以确定关键候选基因。结果表明:控制单果重性状的主效QTL位点sfw2.2定位在标记CY InDel11和CY InDel16之间,包含3个已知功能基因。其中,纤维蛋白合成相关基因MELO3C029669的相对表达量在两个亲本间存在显著差异,推测其为控制甜瓜单果重的关键基因。根据基因在亲本间的序列差异,开发特异性InDel分子标记BCYInDel13对30份甜瓜材料苗期进行单果重性状的检测,检测准确率可达到90%,具有较高的准确性。

平菇基因组InDel标记开发及杂交菌株遗传多样性分析

以1株平菇白色变异菌株以及黑色出发菌株为试验材料,采用全基因组重测序技术对两个菌株进行重测序,针对InDel变异位点设计17对引物对两个菌株的孢子单核菌株及杂交菌株进行遗传多样性分析。结果表明:重测序获得平菇白色变异菌株1 763 Mb高质量数据,平菇黑色出发菌株1 779 Mb高质量数据,在平菇白色变异菌株检测到331 099个InDel变异位点,在平菇黑色出发菌株中检测到339 682个InDel变异位点。随机选择InDel变异位点并设计引物进行PCR扩增试验,最终选择17对引物对变异菌株的单核菌株以及杂交菌株进行PCR扩增,研究其遗传多样性;结果 17对引物中P4、P7、P8、P9、P14菌株具有明显的多态性。进一步对12个平菇杂交菌株进行扩增,共扩增出30条清晰条带,其中扩增条带最多的引物是P9菌株,共扩增出9条条带,扩增引物最少是P14菌株,扩增出3条条带,多态性位点占66%。用5对引物对12份材料进行遗传多样性分析,发现平菇P9菌株扩增条带中多数材料均能在760 bp处扩增出多态性条带。

利用InDel标记鉴定典湖1号杂交种纯度

典湖1号是宁波微萌种业有限公司育成的青梗菜新品种,但种子纯度鉴定速度限制了该品种的推广。为实现对该品种杂交种纯度的高通量快速鉴定,在典湖1号父母本(父本EPG-194,母本EPG-168)基因组重测序的基础上开发用于纯度检测的InDel标记。试验以典湖1号及其父母本DNA样品为材料筛选到亲本带型互补、扩增条带清晰和分离速度快的引物D1-7,并用该引物检测田间典湖1号F_(1)群体(EpG-194×EpG-168群体400株,EpG-168×EpG-194群体400株)。试验中,引物D1-7的分子检测结果显示,EpG-194×EpG-168群体和EpG-168×EpG-194群体分别存在非F_(1)杂株146和32株,田间表型鉴定发现EpG-194×EpG-168群体和EpG-168×EpG-194群体分别存在非F_(1)杂株146和32株,对比后二者鉴定的800株单株结果完全一致。结果表明,InDel分子标记引物D1-7准确鉴定了典湖1号群体中混杂的母本自交种,为之后典湖1号杂交种纯度的快速鉴定奠定了基础。

利用Samtools挖掘山羊生产繁殖相关Indels标记

随着研究的深入,从最初认为单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)是导致遗传和表型多样性的主要原因,逐渐意识到插入/缺失(insertion/deletion,Indel)的普遍存在,并且与山羊生产繁殖性状密切相关。随着山羊参考基因组序列的公布及测序成本的降低,为大规模开发山羊Indels标记提供了可能。本研究就12个山羊个体(大足黑山羊,DBG,n=6;内蒙古绒山羊,IMCG,n=6)全基因组重测序结果,利用Samtools筛选群体间的差异In-dels。结果表明,12个山羊个体获得192.747GB基因组数据,平均每个个体检测到高质量的Indels位点为334 151个;比较基因组获得2个群体特有的Indels分别为110和100个,注释基因38和30个。其中大足黑山群体特有su-fu、sycp2位点和内蒙古绒山羊群体特有kdm4c位点可能是山羊生长繁殖相关候选Indel标记,为进一步精细解析山羊生产繁殖性状遗传机理奠定基础。

基于38-plex InDels的西北地区人群遗传推断研究

目的基于38-plex InDels族群推断体系对中国西北地区新疆汉族、兰州汉族、兰州东乡族、兰州撒拉族、兰州裕固族5个族群的群体遗传结构和族群成分进行研究,评估该体系的推断效能。方法使用38-plex InDels体系检验西北地区5个族群共165份样本并获取InDel位点分型,使用Structure聚类分析、主成分分析及系统发育树综合分析族群间遗传关系,使用族群推断软件(DNA Ancestry Analyzer, DAA)对样本的族群来源进行推断,通过与已知样本信息以及27-plex SNPs族群推断体系检测结果的对比,分析38-plex InDels体系的推断效能。结果 Structure聚类分析和主成分分析显示5个族群的主要祖先成分均为东亚(占88%以上);系统发育树显示新疆汉族、兰州汉族、东乡族、撒拉族、裕固族均聚集到东亚一支,且兰州东乡族、撒拉族、裕固族遗传关系较近;两种族群推断体系检测结果一致性为95.15%(157/165)。结论新疆汉族、兰州汉族、东乡族、撒拉族、裕固族均为东亚族群,兰州东乡族、撒拉族、裕固族遗传关系更近。使用38-plex InDels族群推断体系研究西北地区5个族群的群体遗传结构和遗传关系,结果可供实践应用。

四倍体水稻回复二倍体品系的籼粳属性鉴定和杂种优势利用初探

本研究以8个四倍体水稻回复二倍体品系为材料,采用InDel分子标记法鉴定其籼粳属性;同时以回复二倍体品系为父本,分别与籼稻光温敏雄性不育系培矮64S、粳稻光温敏雄性不育系农垦58S配制杂交组合,进行亲本及杂种的遗传距离及聚类分析,考察杂种及其父本的产量相关性状,分析杂种的超父本优势、超标优势;另外,对亲本遗传距离与杂种优势的相关性进行分析,探讨利用亲本遗传距离预测杂种优势的可行性。结果表明:(1)回复二倍体品系的籼型基因频率分布在0.605~0.947之间,所有品系都兼有籼稻和粳稻遗传成分,但籼粳成分比例各不相同。(2)回复二倍体品系和培矮64S之间的遗传距离在0.21~0.42之间,回复二倍体品系和农垦58S之间的遗传距离在0.68~0.95之间;籼粳属性相同或相近的材料聚为一类,清晰显示了材料间的亲缘关系。(3)回复二倍体品系的杂种优势利用需要广亲和基因的参与,以具有广亲和基因的培矮64S为母本配制的杂交组合在单株有效穗数、每穗总粒数和每穗实粒数方面超父本优势和超标优势明显;在综合后的单株产量上8个杂交组合都表现出超父本优势和超标优势,尤其是杂交组合HYP2单株产量超标优势突出,高达45.92%。(4)亲本遗传距离与杂种F1的每穗总粒数和单株产量呈显著正相关,说明InDel遗传距离可以用于杂种优势预测。研究证实了籼粳亚种间四倍体水稻的回复二倍体品系兼有籼稻和粳稻遗传成分,遗传多样性丰富,利用这些回复二倍体品系能够配制出超强杂种优势组合,为通过以籼粳中间型品系与广亲和光温敏雄性不育系配组实现籼粳亚种间杂种优势利用提供了理论依据和参考;同时初步证实了“以多倍体为变异载体选育回复二倍体水稻”育种途径的可行性,为水稻育种提供了新的思路和途径。

沙田柚×枳杂交群体创建与InDel标记鉴定

【目的】以沙田柚为母本,枳为父本杂交,以期获得具有枳优良特性并与柚嫁接亲和性强的砧木品种。【方法】2018—2021年在广西阳朔进行常规有性杂交,共采集274个果实,已播种70个果实的种子获得1830株F1代植株,结合形态学与InDel分子标记对F1代进行鉴定。【结果】授粉果实种子数量及形态与母本沙田柚相似,数量多,平均达123粒,但较母本大并稍圆;含饱满种子与败育种子,饱满种子∶败育种子≈1∶2.64;其中28个杂交果实繁育群体的叶片均为三出复叶,计551株;42个杂交果实繁育群体的叶片均为单身复叶,计1279株,通过InDel标记鉴定出杂种苗698株。【结论】沙田柚×枳的杂交后代叶型差异较大,需结合InDel标记进行精准鉴定。