甲型流感病毒H1N1型灭活病毒标准物质研究

以人工培养真实病毒为原料,研制了一种甲型流感病毒H1N1型灭活病毒标准物质。该标准物质经化学灭活及灭活效果验证后,联合多家实验室采用数字PCR定量检测方法对拷贝数浓度进行定值,对标准物质的均匀性、稳定性及不确定度进行了评估。结果显示该标准物质均匀性良好,在-80~-70℃保存条件下稳定保存5个月,标准物质最终定值结果为(1384.5±249.3)copies/μL(k=2)。该标准物质可为H1N1型甲型流感病毒检测的全过程提供计量溯源和质量控制支撑,有助于提升相关核酸检测结果的准确性和可靠性。

高效化学偶联的H1N1灭活病毒核酸适配体比色传感器

以A型H1N1灭活流感病毒为例,建立一种高灵敏、高特异、便于产业化和高生物安全性的快速检测高传染性病原体的方法——磁交联沉淀-纳米金联用(MCP-GNP)比色法。首先,利用磁珠上活化的羧基与灭活病毒表面上蛋白质的一级胺基之间高效的化学偶联实现对灭活病毒的捕获;其次,将核酸适配体与捕获了灭活病毒的磁珠进行孵育,核酸适配体特异性识别H1N1灭活病毒,磁性分离后热洗脱磁珠上结合的核酸适配体;再次,对热洗脱的核酸适配体进行聚合酶链式反应(PCR)扩增;最后,利用纳米金对单链引物和双链扩增产物吸附能力的差异,实现对H1N1灭活病毒的比色检测。以H5N1灭活病毒为阴性对照组,检出限(S/N=3)为1 ng/L,是本课题组之前报道的特异性电化学阻抗传感器检出限的1/900。利用上述方法首次实现了对低病毒载量临床H1N1灭活病毒阳性咽拭子样本的比色检测。未经优化的条件下,从灭活病毒捕获到检测的全流程在3 h内完成,初步展示了其临床应用价值。此外,文中所有比色检测结果均与荧光定量PCR技术的测量结果一致,证实了方法的可靠性。本文的核心创新点是利用化学偶联进行超低质量浓度灭活病毒捕获,无需对病毒核酸进行提取和富集,更加便捷。此外,本研究利用H1N1灭活病毒的DNA核酸适配体实现病毒的特异性检测,不直接检测活病毒,具有高生物安全性。

实时荧光定量PCR检测H1N1亚型猪流感病毒

根据GenBank中H1N1亚型猪流感病毒NP基因的序列(DQ889686),利用Premier express设计并合成1对引物和相应的TaqMan探针,从猪流感病毒HN407株接种的鸡胚尿囊液中提取总RNA,经RT-PCR扩增NP基因。将鉴定正确的NP基因片段克隆入pGEM-T Easy载体中,转化大肠杆菌JM109,经PCR及测序鉴定后得到阳性重组质粒。以该阳性重组质粒为荧光定量PCR标准品模板建立标准曲线。对探针浓度、引物浓度、镁离子浓度和退火温度进行优化,建立了最佳的荧光定量PCR反应体系和扩增程序。经临床应用表明荧光定量PCR的建立为早期诊断猪流感病毒、定量分析猪流感病毒感染程度奠定了基础。

甲型H1N1流感病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立

为建立快速检测甲型H1N1流感病毒[Influenza A(H1N1)pdm09]的TaqMan荧光定量PCR方法,本研究根据甲型H1N1流感病毒血凝素(HA)基因保守序列,设计并合成了特异性引物和TaqMan MGB探针,采用实时荧光定量PCR技术检测甲型H1N1流感病毒。使用含有选定检测序列的重组质粒pMD-HA标准品绘制标准曲线,其相关系数为0.999,敏感性可达50 TCID50。本研究中,甲型H1N1流感病毒TaqMan荧光定量RT-PCR方法与经典H1N1、类禽H1N1、类人H1N1、H1N2、H3N2、H5N1和H9N2流感病毒无交叉反应。结果表明,该方法可以在人类和动物间有效地检测甲型H1N1流感病毒。

以金磁微球为载体的H5N1 AIV免疫PCR检测方法的建立

【目的】将高特异性的抗原-抗体反应与高灵敏性的PCR扩增技术相结合,建立快速检测低浓度H5N1禽流感病毒(Avianinfluenzavirus,AIV)的免疫PCR方法。【方法】以pUC19为模板,采用5′端标记有生物素的引物进行PCR扩增,制备含有生物素的报告DNA分子。以金磁微球为固相吸附载体,通过亲和素-生物素的桥联作用,将含有生物素的报告DNA分子与生物素标记的抗AIVH5N1血凝素蛋白的检测抗体分子连接,H5N1AIV与检测抗体结合后,体外扩增报告DNA,间接放大低含量病毒信号,建立可有效检测微量H5N1AIV的免疫PCR方法。对建立的免疫PCR方法的最适报告DNA浓度、最适链亲和素工作浓度、灵敏度和特异性进行确定和评价。【结果】建立的免疫PCR方法最适报告DNA质量浓度为1ng/mL,最适链亲和素工作质量浓度为20ng/mL,该方法可成功检测到10-4EID50/mL的H5N1AIV,而且特异性良好。【结论】建立的以金磁微球为吸附载体的免疫PCR是一种灵敏度高、特异性好的检测微量H5N1AIV的方法。

季节性流感病毒H1N1实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立一种快速定量检测季节性流感病毒H1N1核酸的实时荧光定量PCR检测方法及试剂盒。方法选择季节性流感病毒H1N1的保守基因NP基因作为检测靶目标,应用Clustal W软件进行序列同源性比对分析,筛选出季节性流感病毒H1N1特异性的保守序列作为引物候选区域,然后应用Primer Express及PrimerPremier 5.0软件包对候选引物进行进一步配对及筛选,得到最优特异性检测引物。同时,由病毒全长cDNA扩增出NP基因,琼脂糖凝胶电泳检测NP基因的扩增情况并对目的条带进行切胶回收及纯化,对回收后的NP全长基因进行核酸浓度测定,并换算成拷贝数,作为定量标准品。结果应用ABI公司的Power SYBR Green PCR MasterMix及StepOne实时荧光定量PCR仪,该检测系统灵敏度可达102 copies/μL,不同梯度标准品间线性关系(R2)达0.999,斜率为-0.3433,扩增效率为95.572%,所有标准品均在83.2℃出现尖且窄的特异性熔解峰。结论利用该检测系统可以快速定量检测季节性流感病毒H1N1,灵敏度高,可用作基础及临床实验室对季节性流感病毒H1N1感染的辅助诊断方法和临床效果的监测手段,对实验操作者要求相对较低,具有实际的应用价值。

甲型H1N1流感病毒核酸荧光定量RT-PCR检测技术

目的:建立基于TaqMan荧光探针技术的甲型H1N1流感病毒实时定量RT-PCR方法。方法:分析H1N1流感病毒基因特性,根据新发甲型H1N1流感病毒突变基因片段设计检测引物和TaqMan荧光探针,建立荧光定量RT-PCR检测体系,体外转录制备RNA标准品,进行特异性、敏感性、重复性及盲样检测评价实验。结果:可特异性有效检测新发甲型H1N1流感病毒核酸,与H1～H16流感病毒基因无交叉反应;对RNA标准品的检测敏感性达103拷贝/μL;重复性实验中,阳性标准品Ct值变异系数(CV)<10%,阴性标准品检测结果均呈阴性;12份盲样检测结果特异性好。结论:该荧光定量RT-PCR方法可作为甲型H1N1流感防控的病原快速诊断技术。

基于荧光熔解曲线模式RT-PCR快速检测H_5N_1亚型禽流感病毒

针对H5N1亚型禽流感病毒(AIV)的HA、NA基因保守序列设计2对引物,建立了SYBR GreenⅠ双重荧光RT-PCR(RRT-PCR)方法,实现了同一反应管内同时检测AIV的H5和N1亚型基因。熔解曲线分析显示,H5和N1扩增片段的熔解温度分别为(79.5±0.3)℃和(83.3±0.3)℃,无引物二聚体形成,扩增产物片段大小分别为150 bp和474bp,与预期大小相符,测序结果证实为H5和N1亚型基因的靶序列。该方法能从H5N1样本中检出阳性扩增信号,熔解曲线可见H5和N1双特异峰;而H5N2样本有阳性扩增,熔解曲线仅见H5单特异峰。AIV的其他HA亚型和其他病毒的RNA、DNA无扩增信号。本法最低可检测21.0拷贝.μL-1和19.5拷贝.μL-1H5和N1重组质粒,敏感度分别是RT-PCR的100、1 000倍。本研究建立的基于荧光熔解曲线模式RT-PCR可用于HN亚型AIV的检测。

SYBR GreenⅠ实时PCR检测甲型H1N1与季节性流感病毒方法的建立

目的建立一种检测甲型H1N1、季节性H1N1、H3N2与乙型流感病毒的SYBR GreenⅠ实时荧光PCR方法。方法设计针对甲型H1N1、季节性H1N1、H3N2与乙型流感病毒HA基因的引物,分别进行SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR反应,同时进行熔解曲线和Tm值分析,并作灵敏度和重复性试验。结果该方法与H5、H7、H9亚型流感病毒及副流感病毒1、2、3型均无交叉反应。构建的荧光定量标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系,扩增效率为:95.588%,检测灵敏度为101copies/反应体系,结果重现性好。成功地验证性检验了32份盲样标本。结论本研究建立的SYBR GreenⅠ实时荧光PCR方法敏感、不需荧光标记探针、成本低及高通量,能用于人类流感病毒的分型检测。

荧光定量RT-PCR检测甲型H1N1病毒核酸的临床意义

目的观察荧光定量RT-PCR技术在检测甲型H1N1病毒核酸的临床意义。方法对135例经确诊为甲型H1N1的感染患者的咽式子采用荧光定量PCR技术检测H1N1病毒核酸,同时对40例健康体检者的咽式子做为对照组一同进行甲型H1N1病毒核酸检测。结果 135例确诊为甲型H1N1的患者经荧光定量PCR检测阳性129例,符合率为96.99%。40例健康体检者结果全阴性。结论荧光定量PCR检测甲型H1N1病毒核酸具有快速、特异性高等特点,在采用此方法诊断甲型H1N1时,阳性即可确诊,阴性者要结合临床。

甲型H1N1流感病毒血凝素单克隆抗体轻链和重链可变区基因的巢式PCR扩增及序列分析

目的:采用巢式PCR对甲型H1N1流感病毒血凝素单克隆抗体的轻链和重链基因进行扩增,对获得的基因进行序列分析,并找出克隆鼠Igκ轻链和重链可变区基因的通用方法。方法:设计22对扩增鼠Igκ轻链可变区和重链可变区基因的引物,对6株鼠抗人甲型H1N1流感病毒血凝素单克隆抗体的轻链和重链可变区基因进行克隆并测序,与NCBI公布的鼠免疫球蛋白序列比对分析。结果:巢式PCR方法可以有效避免单克隆抗体克隆过程的假基因,并且得到的单克隆抗体的氨基酸序列均符合鼠免疫球蛋白可变区特征。结论:建立了克隆鼠免疫球蛋白轻链和重链可变区基因的通用方法,为后期克隆鼠源性单克隆抗体的可变区基因提供了基础,并为研究甲型H1N1流感病毒血凝素与抗体的结合位点提供了实验数据。

用旋转式荧光定量PCR分析甲型H1N1流感病毒传播的特点

目的:探讨旋转式荧光定量PCR仪在检测临床标本中的应用价值。方法:通过旋转荧光定量-PCR技术对可疑病例的咽拭子、鼻拭子进行检测。结果2009年检测出甲流患者791例,检出率为38.79%(791/2039);甲型H1N1 157例,检出率为7.7%(157/2039),2010年1-6月检测出甲型H1N1为21例,检出率为1.44%(21/1455)。结论本地区甲型H1N1流感是以普通甲流感染为主,甲型H1N1流感混在其中,本地区的传播高峰是在2009年10月,甲型H1N1流感病毒在2010年来传播呈明显减弱趋势。

应用RT-PCR技术检测甲型H1N1流感病毒

目的:探讨应用RT-PCR技术检验甲型H1N1流感病毒的意义。方法:对本地区甲型H1N1流感重症病例现场调查资料,采集病例双侧扁桃体及咽后壁咽拭子标本,采用RT-PCR和real-time RT-PCR方法进行H1型流感病毒的鉴别和亚型鉴定。结果:应用RT-PCR和real time RT-PCR检测咽拭子标本中的甲型流感病毒M基因、HA和NA基因及甲型H1N1流感病毒SwA基因及SwH基因。通过检测确定甲型H1N1型流感病毒。结论:应用RT-PCR技术检测甲型H1N1流感病毒,效率高,敏感性强,将为取得抗甲型H1N1流感病毒的最终胜利奠定坚实的科研基础。

快速检测人新甲型H1N1、季节性和乙型流感病毒多重PCR方法的建立

目的建立一种可以同时检测人类新甲型H1N1、季节性H1N1和H3N2亚型流感病毒及乙型流感病毒的多重PCR方法。方法根据以上4种流感病毒的特异性基因设计4对引物,建立可同时扩增出4个流感病毒特异性片段的多重PCR的方法。用人的GAPDH基因作为内参判断标本来源和实施质量控制的依据。并进行敏感性、特异性和盲样检测评价实验。结果该方法可同时扩增出流感病毒亚型的HA基因片段长度分别为106 bp(新甲型H1N1)、135 bp(季节性H1N1)、118 bp(季节性H3N2)、170 bp(乙型流感病毒)。该实验检测新甲型H1N1(A/colifornia/07/2009)的敏感性为102copies/反应。特异性实验结果显示每对引物只检测对应的病毒,32份盲样检测结果特异性好。结论该多重PCR方法可同时检测新甲型H1N1及季节性流感病毒,敏感性、特异性强,可用于人类流感病毒的鉴别分型检测。

Reference Gene Selection for Normalization of PCR Analysis in Chicken Embryo Fibroblast Infected with H5N1 AIV

Chicken embryo fibroblasts (CEFs) are among the most commonly used cells for the study of interactions between chicken hosts and H5N1 avian influenza virus (AIV).In this study,the expression of eleven housekeeping genes typically used for the normalization of quantitative real-time PCR (QPCR) analysis in mammals were compared in CEFs infected with H5N1 AIV to determine the most reliable reference genes in this system.CEFs cultured from 10-day-old SPF chicken embryos were infected with 100 TCID50 of H5N1 AIV and harvested at 3,12,24 and 30 hours post-infection.The expression levels of the eleven reference genes in infected and uninfected CEFs were determined by real-time PCR.Based on expression stability and expression levels,our data suggest that the ribosomal protein L4 (RPL4) and tyrosine 3-monooxygenase tryptophan 5-monooxygenase activation protein zeta polypeptide (YWHAZ) are the best reference genes to use in the study of host cell response to H5N1 AIV infection.However,for the study of replication levels of H5N1 AIV in CEFs,the β-actin gene (ACTB) and the ribosomal protein L4 (RPL4) gene are the best references.

几种甲型H1N1流感病毒SYBR Green I荧光RT-PCR检测方法的验证

目的比较和验证5种甲型H1N1流感病毒SYBR Green I荧光RT-PCR检测方法。方法首先使用美国NCBI网站的Primer-BLAST程序验证5种甲型H1N1流感病毒SYBR Green I荧光RT-PCR检测方法引物的理论特异性,然后使用猪流感H1N1病毒核酸、2009年新甲型H1N1流感病毒核酸、H5N1禽流感核酸、能力验证样品作为试验样品验证方法的实验特异性。结果理论验证结果显示5对来源于文献的引物均适合于猪流感的检测,前3对可用于新型甲型H1N1流感的检测,但只限于个别来源的毒株,与预期略有差别。实验验证结果显示,方法1可正确检出甲型流感病毒;方法2可正确检出猪流感H1N1亚型病毒、新甲型H1N1流感病毒核酸;方法3检测新甲型H1N1流感核酸时未获得阳性结果;方法4可以正确检测出猪流感H1病毒核酸;方法5可以正确检测出猪流感H1N1病毒核酸,但检测新甲型H1N1流感核酸、禽流感H5N1核酸时也为阳性。结论方法1可用于猪甲型流感和新甲型H1N1流感病毒的初筛;方法2可用于猪流感H1N1亚型病毒和新甲型H1N1流感病毒核酸的初筛;方法3不适合新甲型H1N1流感病毒核酸的检测;方法4可用于猪流感H1亚型的检测;方法5不适合于猪流感H1N1亚型病毒的检测。采用SYBR Green I荧光RT-PCR方法检测甲型H1N1流感病毒核酸,特异性普遍不十分理想,只能用于初筛检测。

定量实时PCR技术快速检测甲型H1N1流感病毒

目的:对采集来的疑似甲型H1N1流感患者咽拭标本进行核酸检测,不断摸索快速检测流感的PCR方法。方法:实验方法按照WHO标准的实时PCR(Real-time PCR)检测法操作,选取343份疑似甲型H1N1流感咽拭子采用实时定量核酸检测和快速分型。结果:在343份咽拭子标本检测结果中,甲型H1N1流感病毒核酸阳性为52份,阳性率15.16%,乙型流感病毒阳性11份,甲3型流感病毒阳性13份,甲1型流感病毒未检出。结论:实时PCR技术操作方法简便、耗时短、特异性强、灵敏度高,是一种适合应用于甲型H1N1流感病毒可靠、快速诊断的检测方法。

实时荧光定量PCR技术快速检测甲型H1N1流感病毒

目的对疑似甲型H1N1流感病毒携带者的标本进行病毒核酸确诊,进而探讨实时荧光定量PCR技术在甲型H1N1流感病毒检测诊断中的意义。方法选取2017年9—12月某院检验科工作人员采集的330份疑似甲型H1N1流感病毒携带者咽拭子标本,对其进行病毒核酸确诊检测,根据检测结果对甲型H1N1流感病毒、甲1型流感病毒、甲3型流感病毒以及乙型流感病毒进行临床分型。结果该组标本中检出甲型H1N1流感病毒核酸阳性标本108份,检出率为108/330(32.73%),检出甲1型流感病毒10份(3.03%),检出甲3型流感病毒21份(6.36%),未检出乙型流感病毒。结论临床上诊断甲型H1N1流感病毒时,采用实时荧光定量PCR技术,此种技术操作简单、快速、有着较强的特异性和较高的灵敏度。有着较高的应用价值。

实时荧光PCR技术在甲型流感H1N1检测中的作用

目的：探讨实时荧光PCR在甲型流感H1N1检测中的灵敏性和特异性；方法：选自本地区50例疑似流感病例，提取咽拭子样本，核酸分离试剂盒进行病毒RNA提取，每份样本分别使用4种反应液（FluA，SWH1，SWFLuA1和RNP）反应液进行检测，综合4种反应液的检测结果对样本进行判定；结果：50份标本中符合阳性判断标准25例，阳性率50％。阳性标本送广西疾控中心复核，25例样本复检全部符合甲型H1N1病毒核酸特征；结论甲型H1N1流感病毒RNA检测试剂盒，采用实时荧光PCR技术对流感病人检测敏感性高，特异性强，可适用于流感暴发疫情及临床重症病人的快速诊断。

H5N1禽流感病毒感染小鼠后内参基因的筛选

本研究旨在评定H5N1禽流感病毒(H5N1 avian influenza virus,H5N1 AIV)感染小鼠后,脾脏组织中6个候选内参基因酪氨酸3/色氨酸5-单加氧酶激活蛋白(tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein,Ywhaz)、次黄嘌呤磷酸核糖转移酶1(hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase 1,Hprt1)、琥珀酸脱氢酶A亚基(succinate dehydrogenase flavoprotein subunit,Sdha)、β-肌动蛋白(β-actin,Actb)、肽基脯氨酰异构酶A(peptidyl prolyl isomerase A,Ppia)和18S核糖体RNA(18S ribosomal RNA,18S rRNA)的稳定性。通过H5N1 AIV强毒株A/DK/GD/378/08感染小鼠,采用Real-time PCR方法分别于12、24、48、72、96、120和144 h检测感染组与对照组中6个候选内参基因的表达水平,然后用Genorm软件对内参的稳定性进行评价。结果表明,正常小鼠脾脏组织中6个内参基因稳定度由高到低分别为Ywhaz/Hprt、Sdha、Actb、Ppia、18S rRNA;H5N1 AIV感染的小鼠脾脏组织中6个内参基因稳定度由高到低分别为Ppia/Sdha、18S rRNA、Hprt、Ywhaz、Actb;综合评价正常和H5N1 AIV感染后小鼠脾脏组织中6个内参基因的表达稳定度由高到低分别为Sdha/Hprt1、Ywhaz、Ppia、Actb、18S rRNA。因此,小鼠脾脏组织中Ppia和Sdha是研究H5N1 AIV在机体中复制时最理想的2个内参基因;Sdha和Hprt1则是在研究H5N1 AIV与机体相互作用时最理想的2个内参基因。